1F31A

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with a trisaccharide
Total Genus 374
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
374
sequence length
1290
structure length
1280
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQEASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Toxin
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
total genus 374
structure length 1280
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1f31A02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1f31A03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1f31A04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1f31A01
3BX1C 3VUOA 4AGGA 4GA9A 4AVTA 5EC5A 2Q9XA 3CA3A 2GNTA 1FWVA 2IHOA 3SLIA 1HWOB 1MZ5A 3H0OA 4A7KA 3WNXA 3RQ0A 4XBLA 4K1ZA 4IQPA 4XDQA 5G00A 4KBBA 1IOAA 1S0EA 1V6VA 5JOZA 1G9DA 1GNZA 2ETFA 1DQOA 3ZSKA 4IYBA 4XZPA 1QXMA 4ISQA 2K4AB 3S8KA 2ZGLA 5BP5C 1MD6A 3FLTA 4Y22B 4LO1C 3QIZA 3APBA 4YZ3A 1KITA 3UL2A 4UW3A 5FRAA 4XBNA 3N7MA 4F34A 1R8NA 3GNEA 3B00A 3ILRA 5KXBA 1H30A 4D69A 4LBNA 4XBQA 4ELCA 4LBQD 2ERFA 3SH3A 4OWJA 2A6XA 2WQZC 4XJZA 4AGVA 2ZGKA 1ZB7A 3OY8B 4BOWA 4EJ5A 1LEDA 1LENA 2VUAA 4Q26A 5F8SA 5BQMB 1LCLA 1MC9A 1GYKA 2UWAA 1UN1A 2A6VA 1KDMA 2DV9A 5HCBA 1WBFA 1TEIA 4XILA 5DUYA 3B3QE 1RY7A 1XYFA 1YVGA 1FMMS 2CY6A 1VCLA 3WCSA 4Q8KA 3NV1A 2VW0A 5BP5A 1SLCA 1W3AA 4LO1A 1HKDA 2JE9A 1FMZA 3S8JA 3FJDA 2VW2A 3HN1A 5BXRA 1VAMA 1JYCA 3O0VA 4GAIA 4LO0C 4DPNA 2NYYA 3AJZA 2E6VA 1QQKA 1ULDA 3WVJA 3AYEA 2ARXA 4IHZA 3A07A 1AVWB 4YW5A 1TP0A 3FJ9A 3TB0A 5CA6A 3VT0A 5EXOA 3BWIA 1QOTA 3I2AA 2HYKA 4ZFWB 3BADA 5BXTA 1ZL5A 3OYWB 3F1RA 4XFUA 5F8YA 4Y1YA 4ATEA 3IPVA 4M01A 1V6JA 3CQAA 1VAVA 3WG1A 1YF8B 4YGDA 3QLQA 3ZC8A 2ISEA 2Z48A 5IK5A 4WV8A 1Q8SA 4YM0A 1CONA 3V0AB 3BA4A 3F62B 4G9MA 3ZXDA 1II4A 5HPZA 3PVEA 1ISWA 3B9UA 3D5OA 1FYUA 2VW1A 4ZXKA 1D2SA 2EXKA 4BM8A 4OEGA 1QNWA 1BFGA 3ATGA 4Y1VA 3WHUA 1PC8B 3PG0A 2IMCA 3VT1A 4GKXA 1UPSA 1SLBA 2ZAAA 3WG4A 1UAIA 4QBCA 4XMIA 1FX5A 1Z2VA 1W6PB 3SH4A 1N1VA 2LTNA 4FVVA 2EXIA 3USUA 2A3XA 5DSSB 2VLCA 3VKOA 3WDTA 3ENRA 2ZQNA 1KQRA 4CTEA 1DZCA 1DIWA 1CR7A 3I2XA 4LO8B 2HWAA 3POYA 4UW5A 4CRQA 3VKLA 1V6UA 1JT3A 3CRHA 1TOOA 3HBWA 5CB7A 2A97A 3CA6A 1QDOA 2YZ4A 2I2SA 4DCKC 1CPMA 1JYIA 4JAWA 5GZFA 1WUVA 3T2TA 2A75A 2ZBJA 4FGFA 2A7AA 1J0SA 1OQ1A 4ENDA 1J1TA 3Q7WA 1XTGA 3WDYA 4LO2A 4G6MA 4I4QA 4USOA 1C1LA 1OFSA 4DRRA 4GWMA 2DU1A 1ILR1 4G9NA 1Q03A 2E7TA 2KI6B 4AN7B 4LO7B 4UW4A 4P9XA 4KEJA 1HQLA 5JVVA 4NO4A 2DVGA 5GLVA 3CRGA 4R9CA 3B9CA 3AH2A 4JKQA 2R0FA 2BEBA 2P39A 4Y20A 1WW5A 1DLLA 2K8RA 3ZXGA 2MC2A 3VSFA 1KJLA 3A22A 3A21A 4BMBA 4Z8SB 2V73A 3NV4A 5AVAA 3BA7A 3MALA 2F2FA 3JRRA 2DVDA 1DQ0A 4ITCA 4H9WA 2GZBA 2ZGSA 3VV1A 4FQ4A 3WHTA 4IZEA 1PZ9A 3BIWE 4KTXA 2A6ZA 4I4VA 4YZ2A 3OJVA 4XJWA 1WBLA 1TFMB 3IAGC 2L5XA 3FFZA 3ZURA 3POSA 3WDUA 5BQUC 2AR6A 2GMMA 3CA1A 1W6OA 2FHRA 3DGTA 1BASA 5CNAA 1O4ZA 2YMZA 2X2TA 3QW7A 4XJUA 3OPZA 4Q1RA 4EEEB 3GALA 5JDBA 3P53A 3AJ6A 4PBPA 4ATFA 4II0A 1AXZA 4QD2B 4LO7C 3LTQA 2D6KA 4I30A 1SLTA 2KI4A 2G7KA 4ZBVB 3BONA 3FJ8A 4YZ4A 1AX1A 4M3CF 3AFKA 3QYDA 1MZ6A 3WDXA 3Q7XA 2OVUA 4WBCA 3AZVA 2YUGA 4X3AA 4WVWA 3ZPYA 4LBOA 2Y9XE 4XTPA 2WNEA 4KEKA 2QN0A 4LO3A 5GLZA 1M16A 3AJYA 5DG2A 3INAA 2ZHMA 5L73A 2VSEA 1ZL6A 1QQLA 3IM5A 1WCSA 4LBKA 1HLCA 1Z4SA 4OWLA 4QKRA 1W6NA 4QO3A 3AH1A 1SZ6B 3T1MA 3KQRA 1T9FA 4OWKA 3WDWA 1XQNA 4DFSA 2FGFA 1ENRA 1QNYA 2CNAA 1YI7A 4EFPA 1UZYA 1QGLA 1DQ2A 1GSLA 3WO3A 1N3OA 2W52A 2RG9B 3ZUSA 4Q27A 3TC2A 1LU2A 1RITA 4QBVA 3ZSJA 4I96A 2EF6A 2XOAA 4YZ5A 4YGEA 1W0OA 3IIRA 3O0WA 1WD4A 3NBDA 4JKXB 3NBEA 1JN2P 1EV2A 2D6MA 4L8QA 3OJMA 4JRAA 4FPKA 5DUWA 4ZLBB 5GM0A 5T50A 1SCSA 1IILA 1LGBA 4HANA 1FATA 2DRZA 4HA2A 3BAUA 3WINA 4YW3A 5DUUA 1FNZA 3POKA 4QD2C 3FBYA 3MW3A 3O3QA 3UJ4A 3WV6A 4YG6A 2AFGA 3I8TA 1CQ9A 1KRIA 4JP0A 1SBDA 4XJ9A 2ZHLA 2SLIA 3QJ0A 2LIEA 1CESA 2ESUA 2GMEA 4MYEA 3AZWA 2DYCA 1A78A 2PHUA 2ENRA 1G8WA 1V6OA 1Q8VA 3K1XA 2NN8A 4LBJA 1HDKA 1V6MA 3IPVB 1NUNA 1PWAA 1SR4C 2AENA 3JU9A 1K5UA 4JQ0A 5FREA 3DDBA 1LHWA 2GNMA 3MPPG 2K43A 1HWNB 4I4YA 2ET2A 4M3CE 2D6PA 2P3KA 3QR5A 2KM2A 3IKWA 1BFBA 4ZGRB 2YXSA 3T1LA 2WSVA 3NV3A 2QYIB 1JHNA 2EXHA 5JOXA 1N47A 4M00A 3WMVA 3AK0A 1ULEA 1R8OA 2R49A 3OJ2A 3PVOA 1Q1UA 1CPNA 2AXMA 3LSDA 4J2KA 3V64A 3UJOA 3DDAA 3MW4A 4BLJA 3O0XA 3AP5A 1IOBA 3FJBA 2DREA 2RQ9A 1W6MB 3T8SA 1MS1A 4YFWA 7I1BA 2W68A 3USUB 4AN6A 3PUBA 3FJEA 2DURA 2Y9WC 2NZ9A 1C1FA 1WD3A 1RINA 4FOYA 4HJJA 2NP0A 3BAVA 1N1SA 3WG2A 5IK7A 1SR4A 3ILFA 5F5QA 2A3YA 1BYHA 1W0PA 4YW2A 3AP4A 4I4XA 2YY1A 4AVVA 1CVNA 3LCPA 3MW2A 4RL7A 1G82A 4FPJA 2KKIA 3K3QB 1W6QA 4TLPA 2I1BA 4L4HA 3NBCA 1MS5A 1HWMB 5KXDA 2A71A 3ILAA 4QALA 3IN9A 1PUUB 4YM2A 1QOOA 2FFVA 2GALA 1B09A 2EXJA 4FP3A 1LOFA 4Z9WB 2ZQOA 2CWMA 4A7ZA 2ZGQA 3O4BA 1BFFA 3BAQA 4GXLA 4X37A 3M2MA 3EF2A 1ZKWA 2AYHA 3DEBA 2ZR1B 4NOTA 4FP2A 4YLZA 3N7JA 5GZDA 3UDAA 4I4RA 4FPGA 2WJSA 1QF3A 2OUHA 3FJJA 4BPZA 5DG1A 4QKSA 4Y20B 4I7IA 3DS9A 1PZZA 1ISVA 2FO1A 3NJ5A 2CL2A 3V79C 1XZZA 3E8LC 1GZ9A 4P0LA 2NMOA 5IT6A 3FLPA 5JOWA 4EL4A 1G9FA 4PF5A 1YTOA 1L2HA 1C57A 5GLUA 3OGGA 5T55A 1AVAC 2PHRA 3AYCA 2UWBA 1FQ9A 1S0FA 4FOQA 3ZC9A 4YOLA 3QW5A 4ZFUB 4Y24A 1AXYA 3WMUA 2VXTI 3AP7A 3BOPA 3M3CA 4WVVA 1LOBA 2P3IA 1W6OB 2VY0A 4RA0A 5EHAA 5E88A 4I4OA 1JQZA 4LO2C 3FUQA 1EPWA 4TZDA 1DQ4A 1IRPA 4Q9GA 5F8WA 3AXDA 1JT5A 1O4YA 2UWCA 3DSEA 3H6SE 3O12A 1UX6A 3JUTA 4GOVA 2PHFA 1F31A 3HOMA 3W9TA 2PHXA 1M2TB 5GZGA 4OW4A 1IHKA 1Q56A 4P6AA 3NF3A 5D63A 4KEIA 1HWPB 4H55A 5JLVA 2ZGMA 3C2UA 3O49A 5HCAA 4I0YA 2ZZJA 2NVHA 1G7YA 3FJCA 4LBMA 3AZXA 1MS0A 1ONKB 4XTMA 1QDCA 2HW9A 1PUMB 5H9QA 2JDZA 5DZFA 3RTIB 1DGLA 1S0IA 3LSEA 1AFCA 1TIEA 1DQGA 3IM6A 3WLUA 4BQ1A 1W6NB 4FPLA 3IMNA 1AZDA 2F2FC 3BAOA 5HCFA 1ULGA 3KM5A 2R1BA 4U36A 1YO8A 3C89A 3CA4A 1JTCA 4M3CA 2WT0A 2AQZA 4CZSA 1UL9A 2JECA 2X2SA 2W2DA 4R9AA 4IONA 1QMJA 4AWDA 5T52A 5GZCA 2G7NA 1ENQA 2P34A 1MS3A 1JXNA 2JE7A 4XE9A 3NWKA 1ZM1A 3P6JA 1P63A 2ZGTA 1WBAA 2UU8A 5DZUA 4Q2FA 4YGBA 3UJQA 3D4KA 1BFCA 3Q9OA 4K21A 2V5YA 3WA1A 4X38A 2DRYA 3BB2A 2ILPA 2D3RA 3FJKA 5SV8A 1LU1A 1N1TA 1G9AA 3H6QA 1I1BA 4X39A 3RRDA 1NXD1 1I3HA 5E24E 5BVPI 4Y26A 4C1WA 4JPZA 1DZDA 5H9SA 3CU1B 3B69A 5GZEA 3VT2A 3FUOA 2DUOA 4LO3C 1I1EA 2ARBA 2E53A 4HL0A 5DZGA 1IKPA 1WW6A 5DVHA 1MACA 4TYSA 4I37A 1WW7A 1LESA 3D3XA 4YM3A 3PHZA 2D7IA 3AX4A 1WLCA 2ZMLA 1N4KA 4XFTA 1VLNA 1BLAA 2ZHKA 2MIBA 2D43A 3AYAA 1GLHA 1BJQA 4DRVA 2Q5TA 4I1BA 3WO2A 3OBRA 4IZXA 3CA0A 5D62A 1N1YA 3FGMA 1FN0A 4JC1A 1UZZA 2XHLA 3LLPA 1ULCA 3V65A 5T5JA 3FJFA 3ZX7A 4QC4A 3FIEA 3ZUQA 3ASIA 3BRFA 2AGSA 3CNAA 2AUYA 3C88A 1DJSB 3WUDA 2ES3A 2PELA 3AZYA 1ITBA 2GN3A 2R16A 3UK9A 2ISGA 5E8AA 4J2SA 1UKGA 2KH2A 2IMBA 2DS0A 3WINC 1KDKA 4L4IA 4OEFA 3FIIA 1HKNA 4YGCA 1DQ5A 1DFQA 4WZFA 5CAZA 4R6UB 4EFRA 1Q8PA 4R9DA 2E51A 2JJ6A 3ZSLA 5FZUA 1JBCA 4I8MA 2P2KA 1ABRB 4GAFA 3CAHA 2SBAA 2GNBA 4FPEA 4FPFA 1LHUA 2IMAA 1W6QB 1ZA4A 5H9RA 1SLAA 3RMYA 3I29B 1MR5A 4LBLA 41BIA 3ZYRA 1FGAA 2YV8A 3N7KA 2OUJA 2ZHNA 2DU0A 3FLRA 2DUQA 1IKQA 1GANA 1GZWA 1R1ZA 1CVSA 2DVAA 1W3GA 1ZKXA 4I4UA 5BXSA 1MS9A 2AREA 3VKNA 1T4QA 3H6RA 4ISRA 2D7RA 4ZKTB 3OBTA 2GN7A 4ZOTA 4XOGA 2VH9A 1ISYA 3A4UA 3QIYA 3A0NA 1ISZA 4ZJXA 1IT0A 2BQPA 4LBQA 2VSAA 2BFHA 1LOAA 4EB2B 1APNA 1F5FA 1DYKA 1JLXA 2W08A 4XIOA 2FPQA 4I4SA 2WRYA 4I1EA 2D6OX 2VXRA 4FPHA 1D0HA 3BAGA 3M3OA 1IS6A 1YBIA 1N3PA 2ISHA 1JLYA 1NLSA 1SBEA 4FOVA 4EFQA 4I2SA 3ZXEA 1OKQA 3RSJA 2OW4A 1WBCA 2P23A 1BXHA 1BA7A 4IY8A 3W59A 3WO4A 2TEPA 3Q7YA 1Z0HA 4GWNA 1IS4A 3BTAA 1LJ7A 4XFSA 5I1BA 4I4PA 1N3QA 2A70A 3V0BA 3PVNA 4XYXA 1GBGA 2H0BA 4EKXB 3VKFC 3BRDA 3AJ5A 3FJIA 1PZ8A 1AJKA 2E4MA 2D3SA 3POWA 2P37A 1SBFA 3AXEA 5IK8A 5IUQA 3N36A 3AKGA 1S0CA 1H9WA 2A5ZA 3M3EA 4D0TA 1LOFC 2C5DA 3L2YA 3HSMA 2JKBA 5D61A 5FZYA 2ZACA 2D20A 2ZGRA 3SH5A 4XJ8A 1LEMA 1S0JA 2ZMNA 3WG3A 4Q91A 1IS3A 2DVFA 1V6KA 1HCEA 2ZGOA 5CBLA 4K20A 1AVUA 4CJMA 2RSTA 3UD7A 1HIBA 3PMEA 3ZXFA 1MVEA 2A8AA 4P9YA 2F8XC 2G7PA 2CTVA 3VSZA 4OEEA 2DTWA 1ONAA 1QU0A 4D0ZA 1YYNA 3AP6A 1X50A 4YW4A 4K1YA 3W58A 2R9KB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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