The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
154
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structure length |
154
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Chain Sequence |
MVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDIYIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKQGVRVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGNFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural dynamics of ligand diffusion in the protein matrix: A study on a new myoglobin mutant Y(B10) Q(E7) R(E10).
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
MYOGLOBIN
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| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| source organism |
Physeter catodon
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| total genus |
65
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| structure length |
154
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| sequence length |
154
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-06-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5JGG A; 4G1V A; 5JGG B; 1CP0 A; 1MBO A; 3UH7 A; 3M3A A; 2MGE A; 3CIU A; 3CIU B; 3NMM B; 2ZLU B; 3HYU A; 3TLD A; 3HYU B; 1YIE A; 1MOB A; 1A4F A; 4GZG A; 2MGK A; 1JY7 A; 3ZOL A; 5ILM A; 4MQG A; 108M A; 3UH3 A; 3S48 C; 1UX8 A; 2QSS A; 2QSS B; 1YHE A; 1CH7 A; 3PT8 A; 2ZSQ A; 2C0K A; 5ILE A; 2G0S A; 1QSI A; 1QSI B; 2W31 A; 1JPB A; 2SPN A; 4MQJ B; 1Y7C A; 2GKN A; 1Y7C B; 2GNW A; 2BLH A; 3FS4 A; 3FS4 B; 1XZ7 A; 1XZ7 B; 2ZT4 A; 1MDN A; 1F5O A; 1O1L B; 1MOD A; 1KFR A; 2O5T X; 3K3U A; 1X9F D; 3O7N A; 101M A; 3GQG A; 4M4B A; 1MWD A; 4M4B B; 1AJ9 A; 1AJ9 B; 1HGA A; 1ABW B; 1I3D A; 1BBB A; 1BBB B; 1Y5K B; 3MYN A; 1MZ0 A; 103M A; 2HBE B; 4QAU A; 3BCQ A; 3BCQ B; 4MXK A; 1DXD A; 2ZLT B; 1JWN A; 5SW7 A; 1F5P A; 1JF4 A; 1J3Y B; 1HAB A; 1VXA A; 1HCO A; 112M A; 2BLJ M; 3S65 B; 2DXM A; 1MTK A; 2DXM B; 1NZ4 A; 1DXT B; 1HSY A; 4NI1 A; 4NI1 B; 1RPS A; 1RPS B; 1A6N A; 3QM5 A; 4HRT B; 1TES A; 3UHR A; 3WFU A; 1WLA A; 1JZL A; 2D2N A; 2D2N B; 1MYT A; 1GCW A; 3MOU A; 2ZSS A; 1Y0W B; 1OJ6 A; 3ARL A; 4HHB A; 2BW9 M; 3SZK A; 2VYZ A; 3SZK B; 3GK9 A; 3WCW D; 1Y7G A; 1XZ2 B; 1Y7G B; 1TU9 A; 3PIA A; 3PIA B; 1MNJ A; 1A9W E; 3QM6 A; 2RI4 B; 1SDL A; 1SDL B; 2FRI X; 2R1H B; 3OZU A; 2V1F A; 3OK5 A; 2ZSY A; 2ZSN A; 2EKU A; 2ZLW A; 2ZLW B; 1ABY A; 4LPI A; 1M6M A; 1ABY B; 1JL7 A; 1FSL A; 2DN1 A; 2H35 A; 2DN1 B; 2H35 B; 2DN2 A; 2PEG A; 3EDA A; 2DN2 B; 2VYW A; 1VWT A; 1YOI A; 2ZST A; 1LTW A; 1MOH A; 1SI4 B; 3HXN A; 3HXN B; 3A59 A; 3A59 B; 3NL7 B; 4MPM A; 3ZJS A; 1CPW A; 2OHA A; 5EOH A; 1V4U A; 1V4U B; 2ZSR A; 3WCT C; 1CH4 A; 2O5M X; 1HBG A; 1H1X A; 2GTL C; 1VRE A; 3ONZ A; 3ONZ B; 1NPG A; 1BIJ A; 2G0Z A; 3WCU C; 1Y0C B; 2MGI A; 2BWH A; 4B3W A; 2VEE A; 3R0G A; 1Y4G A; 1Y4G B; 4WCH D; 3U3E A; 2G0R A; 1G09 A; 1LFY A; 1UFJ A; 2MYC A; 1N9X A; 4N8T A; 3K9Z A; 5E83 A; 3ZJM A; 5E83 B; 4C44 A; 1HBA A; 3D1K A; 3D1K B; 5JDO C; 3G52 A; 3G4U A; 2HHD A; 2HHD B; 5M3S A; 3E5O A; 3UHX A; 106M A; 1NZ3 A; 1NWI A; 3B75 A; 3B75 B; 1Y2Z A; 1YOH A; 1Y2Z B; 3UHB A; 1C7B A; 5HLX A; 2D6C A; 1HGB B; 1LFQ A; 1LFQ B; 3WCV B; 1A3O B; 1MWB A; 1GVH A; 4HSX A; 1O1K A; 4H2L A; 2V1K A; 1O1K B; 2GKM A; 3QJB A; 3QJB B; 2Z6N A; 2Z6N B; 3KMF A; 2XYK A; 3ZH0 A; 2D5X A; 1MYF A; 2D5X B; 2ZT1 A; 1CLS B; 2VEB A; 1B86 B; 4YU4 B; 4VHB A; 2VHB A; 1A00 A; 1Y8W A; 1A00 B; 1YEN A; 1FHJ A; 1GDI A; 1A6G A; 1UFP A; 3OJ1 A; 1ECA A; 1JL6 A; 1NIH A; 2DHB A; 1JW8 A; 2FRF A; 4IRO A; 1IWH A; 1IWH B; 2V1E A; 3GOU A; 3IA3 B; 3QJD A; 1AJG A; 1DXV A; 4O35 A; 1DXV B; 1QI8 A; 1QI8 B; 1VXH A; 1J41 A; 2PGH A; 2PGH B; 3WCT D; 3EDB A; 1HDS A; 1HDS B; 1Y4B A; 1YZI A; 1YZI B; 3RJN B; 2ZS1 A; 2ZS1 B; 1X3K A; 2GTL D; 2OIF A; 3PEL A; 3UHQ A; 4MQH A; 3PEL B; 3WCU D; 5E29 A; 5E29 B; 3O89 A; 3DHT B; 1Y8K A; 1Y8K B; 1U7S A; 4F4O A; 4F6B A; 4F4O B; 3HC9 A; 1RQ4 B; 1OUU B; 3QJE B; 3ODQ A; 3ODQ B; 1LH7 A; 3OZW A; 1YGF A; 1YGF B; 1UVX A; 1DTI A; 1O1P A; 2ZWJ A; 1O1P B; 1Y0D B; 3HEP A; 1S5X A; 1MNH A; 1S5X B; 7HBI A; 2M6Z A; 2M6Z B; 3K8B A; 3ZJO A; 3K8B B; 5JDO D; 2EVP A; 2MGC A; 1CQX A; 2LH5 A; 1PBX A; 3UHV A; 1C40 B; 1PBX B; 3WTG B; 3UGZ A; 4BJA A; 1CBL A; 2R4W A; 2D60 A; 2D60 B; 1NQP A; 1DLW A; 2W72 B; 5EQM A; 1Y0A A; 1Y0A B; 4KMV A; 1JP8 A; 1YVT B; 3PI3 A; 2QFN A; 1SWM A; 5HU6 B; 2EVK A; 1CIK A; 1XY0 A; 1MLJ A; 3FH9 A; 3FH9 B; 1CG8 A; 1OUT A; 1OUT B; 1HDB A; 1HDB B; 1Y8I B; 3GYS A; 4HRR A; 4HRR B; 2QMB A; 2WY4 A; 1VXC A; 1DWS A; 3TM3 A; 2GL3 A; 2HBC B; 3WFT A; 2XKI A; 4XDI A; 1X9F A; 1X9F B; 2HHE A; 2HHE B; 3UBC A; 5ILR A; 3ED9 A; 1MYH A; 2HBF A; 2ZS0 C; 2HBF B; 1UC3 A; 4YU3 A; 4X0L A; 2OH9 A; 4YU3 B; 1URY A; 3EU1 B; 4MQI B; 4F69 A; 3G4R A; 2W6W A; 4C0N A; 1YE0 B; 3DHR A; 1LFZ A; 1LFZ B; 3ASE A; 1S6A A; 1HHO A; 1HHO B; 1J7W A; 1HBR A; 3RJ6 A; 5AZQ A; 1HBR B; 1Y8H A; 1KD2 A; 3HHB B; 3AQ8 A; 1KD2 B; 1DXC A; 3WI8 A; 1XZ4 A; 1JZK A; 1XZ4 B; 1F63 A; 1MBI A; 2EB9 A; 1MNK A; 1Y4R B; 1Y4V A; 3IC0 A; 3IC0 B; 1YDZ A; 5CN5 A; 1YDZ B; 3UHE A; 1MBD A; 4FWY A; 3OVU C; 1UIW A; 2O5Q X; 2AUP A; 1YMA A; 1YIH A; 1OR4 A; 1YIH B; 2NSS A; 1LFT A; 1BZR A; 1O1J A; 3A5G A; 3ZOM A; 3WCW B; 2D2M D; 3HRW B; 1V4W A; 1V4W B; 3NG6 B; 4ROM A; 4ROM B; 1A0Z A; 2D5Z A; 1Q1F A; 1MLQ A; 2RAO A; 5CNC A; 4B4Y A; 2RAO B; 3MJP A; 5CND A; 3MJP B; 4SDH A; 2LH1 A; 1MBA A; 2OHB A; 1QXE A; 1QXE B; 3GQP B; 1VXD A; 1ABS A; 3NMM A; 2ZLU A; 5MBA A; 3E5I A; 1JF3 A; 1YMC A; 1V07 A; 4WJG A; 1DXU A; 1NAZ A; 1YGD B; 1DXU B; 2HZ3 A; 3VRF B; 1W92 A; 1BZZ A; 2O5B X; 2MGD A; 1BZZ B; 1YHR B; 1THB A; 2G12 A; 1THB B; 2HBD B; 1RVW A; 1RVW B; 5EU2 A; 1MLH A; 1Y5F B; 2HBS A; 1I3E A; 2HBS B; 4MQJ A; 1DWT A; 1A6K A; 5CN6 A; 3MJU A; 3MJU B; 1O1L A; 2ZFB B; 4MBN A; 5CHR A; 3UGY A; 2ZS0 D; 2LH2 A; 1CIO A; 1SDK A; 1SDK B; 3ZJP A; 1ABW A; 3UHH A; 1LA6 B; 2AA1 A; 2AA1 B; 1Y5K A; 2W6V B; 3MBA A; 2MGL A; 2R4X A; 2HBE A; 2ZLT A; 3HF4 B; 4PQ6 A; 3BJ3 B; 1M6C A; 4DWU A; 1OFJ A; 3BA2 A; 1J3Y A; 2R80 B; 1RQA B; 1FSX A; 1Y7Z A; 3AQ7 A; 1FSX B; 1Y7Z B; 5EV5 A; 3S65 A; 4KMW A; 1YH9 B; 1DXT A; 1ASH A; 1RQ3 A; 1RQ3 B; 5AB8 A; 1CQ2 A; 5HAV A; 2MGM A; 6HBW B; 3UHI A; 1HBS A; 4HRT A; 1N9I A; 1HBS B; 2NRL A; 3ZJH A; 1IT2 A; 3QMA A; 4G51 A; 4G51 B; 1UX9 A; 3ZJN A; 3QM8 A; 4WJG 1; 4U8U C; 1Y83 A; 1Y83 B; 3ZJQ A; 4N7N A; 1MYJ A; 4N7N B; 4NXA A; 1BZP A; 1Y0W A; 1BAB B; 1N9F A; 1MLF A; 5HLU A; 1S5Y A; 1S5Y B; 1XZ2 A; 3QZX A; 3MYM A; 1URV A; 1CMY A; 1CMY B; 2RI4 A; 1OR6 A; 3LHB A; 1B0B A; 2R1H A; 2IG3 A; 5EYJ A; 3W4U A; 3W4U B; 1S0H B; 1MOC A; 3UHC A; 1Y4F B; 1YG5 B; 105M A; 1IT3 A; 4ZVA A; 1XQ5 A; 1XQ5 B; 1HBI A; 1NS6 A; 1EBC A; 1NS6 B; 4FWZ A; 3UHU A; 1LFV B; 3BOM B; 1MLU A; 3WCP B; 1SI4 A; 3NL7 A; 3VRG A; 1HDA A; 3VRG B; 3M39 A; 1HDA B; 1DUO A; 4MAX A; 3WCT B; 1MLG A; 2ZSP A; 2HCO A; 1Y85 A; 2HCO B; 1Y85 B; 1CG5 A; 2GTL A; 1CG5 B; 2GTL B; 3WCU A; 3WCU B; 1HBH A; 2O5O X; 1HBH B; 1QXD B; 1IRC A; 3G53 A; 1Y0C A; 1JP9 A; 1DUK A; 1EBT A; 3AT5 B; 1M9P A; 1M9P B; 1Y22 A; 5EET A; 1Y22 B; 1FDH A; 1R1X A; 2VLX A; 1R1X B; 5ILP A; 1VXG A; 1H97 A; 2LHB A; 1D8U A; 2W6Y A; 3QQR A; 3G4V A; 2B7H B; 1BZ6 A; 1GJN A; 3RGK A; 3NML A; 1MBS A; 5CN9 A; 3WFW A; 4ILZ A; 3PI8 A; 1CBM A; 3PI8 B; 3R5I A; 3R5I B; 1R1Y A; 1R1Y B; 2MGJ A; 3MKB A; 3MKB B; 2HBG A; 4MU5 A; 1NZ2 A; 2FRK X; 1U7R A; 4U8U D; 1X46 A; 1COH B; 1HGB A; 1C7D B; 4UZV A; 3WCV A; 1A3O A; 1K1K A; 1K1K B; 3H57 A; 2Z85 A; 1QPW B; 3UH5 A; 1MLR A; 2ZFO C; 3UHZ A; 5B84 A; 2HZ2 A; 1A3N B; 2AV0 A; 2AUQ A; 3UHY A; 1CLS A; 1MYM A; 3LB3 A; 1RSE A; 2G14 A; 1B86 A; 1WVP A; 2QLS A; 2QLS B; 1DM1 A; 1HV4 A; 1HV4 B; 1SHR A; 4YU4 A; 1SHR B; 1YHU C; 1DO7 A; 5F0B A; 4F6J A; 3BJ2 A; 3BJ2 B; 1BVD A; 3QM9 A; 4L2M A; 1IOP A; 1YEQ B; 1GLI B; 1NWN A; 3S1J A; 3PT7 B; 1IBE B; 1Y09 B; 3SDN A; 2MGF A; 3WFX A; 2EF2 A; 2MB5 A; 5IKS A; 2R4Y A; 1MLN A; 3ARK A; 5HY8 A; 5D1V A; 5HY8 B; 2ZT0 A; 1ECO A; 2YRS B; 3EOK A; 3EOK B; 2NX0 A; 1A6M A; 2MYB A; 1KR7 A; 1YEU A; 3DHT A; 1YEU B; 2MGB A; 1RQ4 A; 1UVY A; 1OUU A; 3QJE A; 1FAW A; 1FAW B; 3AT6 A; 3AT6 B; 1YFF A; 1YFF B; 1Y0D A; 1Y31 B; 2BMM A; 3M3B A; 6HBI A; 1NPF A; 2XKG A; 1MLK A; 3LR9 A; 2VRY A; 3UHD A; 2D2M C; 3VRE A; 3VRE B; 2IN4 A; 1C40 A; 2ZSZ A; 3WTG A; 4PQB A; 5HLQ A; 5KKK A; 1L2K A; 2NRM A; 2VYY A; 1XZV A; 1XZV B; 4MQK B; 2W72 A; 1CH5 A; 5E6E A; 5E6E B; 3ZJI A; 1G08 A; 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1LFL B; 3GQP A; 4NK2 A; 1S61 A; 3G46 A; 1ECD A; 5JDO F; 3KUO A; 4FC3 A; 4FC3 B; 1YGD A; 4FH6 A; 3G4Y A; 3VRF A; 1MCY A; 3LQD A; 2G10 A; 3LQD B; 1YHR A; 1MWC A; 2HBD A; 1YIE B; 1A4F B; 1JY7 B; 1EWA A; 1QSH A; 4MQG B; 3S1I A; 1QSH B; 1Y5F A; 1GDL A; 1HBB A; 5CMV A; 1HBB B; 1Z8U B; 1YHE B; 3UH6 A; 1DTM A; 3PT8 B; 3M38 A; 2ZFB A; 1J7Y A; 4MQC A; 1J7Y B; 4MQC B; 4TYX A; 1ITH A; 1XXT A; 2G3H A; 109M A; 1LA6 A; 1XXT B; 5EE4 C; 2W6V A; 3QM7 A; 1MLO A; 2CMM A; 3ECX A; 2BLI A; 4HBI A; 4H0B A; 3HF4 A; 3BJ3 A; 4ODC A; 4ODC B; 3GQG B; 3BJ1 A; 5C6Y A; 3BJ1 B; 1VHB A; 2R80 A; 1RQA A; 5AZR A; 1HGA B; 1YH9 A; 4JYQ A; 3ZJR A; 6HBW A; 1C7C A; 2H8D A; 1C7C B; 2H8D B; 2Z8A A; 1YE2 A; 1YE2 B; 1V9Q A; 1LH3 A; 5SW7 B; 1Y7D A; 1CO9 A; 1Y7D B; 1HAB B; 4U8U A; 1HCO B; 4U8U B; 2QU0 A; 2QU0 B; 1NXF A; 4ZVB A; 1DO4 A; 5EYS A; 2QRW A; 3P5Q A; 1N9H A; 3P5Q B; 1BAB A; 5B85 A; 2GDM A; 3UHW A; 1MYZ A; 1MGN A; 1MYG A; 2BK9 A; 3DUT A; 3DUT B; 1YCA A; 2Z6T A; 4MBA A; 2NSR A; 3AQ5 A; 1GCW B; 2D2N C; 1MTJ A; 2FAL A; 1BZ0 A; 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