1F6RA

Crystal structure of apo-bovine alpha-lactalbumin
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
EQLTKCEVFRELKDLKGYGGVSLPEWVCTTFHTSGYDTQAIVQNNDSTEYGLFQINNKIWCKDDQNPHSSNICNISCDKFLDDDLTDDIMCVKKILDKVGINYWLAHKALCSEKLDQWLCEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
molecule keywords ALPHA-LACTALBUMIN
publication title Crystal structures of apo- and holo-bovine alpha-lactalbumin at 2. 2-A resolution reveal an effect of calcium on inter-lobe interactions.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 123
sequence length 123
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1f6rA00
1LZAA 1IVMA 4J1BA 4TX7A 1JJ3A 4NGWA 3TXKA 1YL1X 2H9JA 2I25L 1IWZA 1UCOA 1JUGA 1XEKA 1LSMA 4WM5A 4M6DA 3B6LA 1KXXA 1QSWA 2D6BA 1LZDA 1P2CC 5KXPA 1JTTL 2CDSA 4QDNA 1OP9B 1GBXA 2DQEY 1RFPA 2HU3A 2HTXA 3AJNA 3CQLA 3J4GA 2LHMA 6LYTA 1QTKA 3A34A 2DQCY 1XGUC 3B0IA 1LYYA 1GXV2 1NMMA 3QE8A 4FDYA 1LZ9A 4DC4A 9LYZA 5C6LA 1DXJA 1QQYA 1GF6A 3N9AA 4N5RA 1OUHA 4PHIA 4CJ2A 3EO5A 2LYMA 1JITA 1IP4A 1BB6A 2MECA 5DN4A 5II3A 1OQMA 3CT1A 4ETCA 1UICA 1ZVHL 3ZVQB 1I56A 4YM8A 4WO6A 1IP7A 1JTOL 2DQIY 4QY9A 1YAPA 1LSAA 3ATOA 1GFUA 3LZ2A 4NHPA 4NHIA 1GF4A 3N9CA 4PRUA 4WM2A 1E8LA 1LZCA 4A7DA 1QDTA 1UIBA 1XGQC 1D0KA 1FLQA 5APCA 1WTMA 3WPJA 2C8PA 5HNCA 194LA 1IR7A 4H9FA 4WLYA 1C43A 5KXKA 4DDAA 2YBNA 1G7LC 1LYSA 1AT6A 4UWNA 7LYZA 5FELA 5KXMA 1IC7Y 1REYA 1LMPA 1WQMA 3G3BB 1IY3A 2Z38A 4P2EA 3EBAB 5IHGA 4G4CA 1GB7A 1BWJA 1NDGC 2HEEA 8LYZA 5LXWA 1DI3A 2ZIJA 2BQIA 3AGGG 4ETDA 3WW6A 4HTKA 4KT3A 3AGHA 1GB5A 1JKAA 1NQIA 1TEWA 5B1GA 3J6KA 4YEMA 1DKJA 1GFEA 5I4XA 4NHQA 1CJ8A 5F9XA 1YAQA 3AYQA 4H90A 4M4OA 5F16A 5FHWA 1T6VL 3TMWA 3WUMA 3VWOA 2BQLA 3QNGA 3G3AB 4I8SA 2W1LA 1D9UA 2D91A 5DM9A 5LVIA 2W1YA 4Z3MA 1OUDA 3LZTA 1LSYA 1GFVA 1GB3A 1F6SA 4HPEA 5FDJA 3ULRA 1LSFA 5KXZA 1IY4A 1AT5A 2D4JA 1LSEA 4OWBA 3CB7A 4XYYA 4YENA 1IWXA 2AUBA 1QUTA 4CFOA 2DBTA 2F4GA 4UWVA 5L9JA 2DQGY 4WLDA 1UACY 1YL0X 1IORA 1G7MC 1IP2A 3A94A 1GB2A 1KXWA 1GE3A 4LGKA 5LVJA 2F30A 3A91A 4H93A 2G4NA 4ETBA 1HF4A 1IP5A 2LYOA 3CSZA 4ET9A 1IP3A 2CJLA 4HV1A 4GCBA 4HPIA 5DLAA 1B7NA 5KJ9A 5I4WA 1KIQC 1JTPL 2FYCA 1SLYA 1HMLA 1LKRA 2BQOA 4GN5C 4CFPA 4W94A 4XJBA 1XGTC 1YKXX 1W6ZA 1HEPA 1LJKA 1VFBC 4G49A 4G4BA 3EXDA 4IASA 1JPOA 2MEGA 1LMOA 4ETAA 3TMVA 4XJDA 4GCEA 4PGJB 5F14A 4XADA 4RW2A 5IDDA 3P64A 5I5QA 1JWRA 2N5ZA 2BQMA 1GF9A 1KXYA 1QTEA 3CT0A 3FI7A 1LHJA 1UA6Y 3N9EA 4G9SA 4GCCA 5LINA 2HEFA 1H6MA 1NWGA 1GEZA 3AGIA 4OWHA 4WG7A 3TMXA 5APDA 1XEJA 1WQNA 1YKYX 4J1AA 5LAFA 1HSXA 4RLNA 3WPLA 3BKHA 4GLAA 2WARA 3OK0A 1BWHA 1LOZA 1AM7A 1HELA 4II8A 1PZYA 1LZRA 1LJGA 2F2NA 4LT1A 3WH1A 3HBDA 1VAUA 4XN6A 4EOFA 3WUAA 1UIFA 4PPOA 3W3EA 4C5FA 3WU9A 2G4QA 1B7LA 2GV0A 1LZ1A 5FEKA 4DDBA 5LVGA 1BB4A 1BHZA 1LZNA 4RDSA 4FJRA 1B0DA 1HERA 4B4JA 3WL2A 1N4FA 4KXIA 1NDMC 2EKSC 1TAYA 3QY4A 4J7VA 4MSTA 2I26L 1H87A 1LSZA 1HHLA 4H9BA 1OUAA 2HEBA 1BQLY 1GBWA 3WVYA 1B7MA 1UIAA 4CGEA 2MEAA 5IELA 4H9EA 1B5ZA 1VDTA 2BQAA 4NGYA 1MELL 1JKBA 1YIKA 2Y8PA 1IOSA 1NBZC 1YQVY 4HTQA 134LA 1YAOA 4OWAA 5LYZA 4XENA 5E4PA 3K3TA 2BQJA 1OUFA 1WQOA 3EMSA 3WU7A 2FBBA 3W6DA 4DD3A 1G7HC 2BLYA 4QGZA 1B5YA 4XJFA 4HP0A 1CKHA 2BQKA 2YSSC 1GF3A 1IP1A 2HUBA 4NGJA 4LFPA 3LYTA 3A93A 3RW8A 2DQHY 5LYMA 1LZGA 2NWDX 1OUJA 1LMQA 1HEQA 1B2KA 4WLXA 4YOPA 3ZEKA 2Z2EA 2HU1A 4NSJA 4BS7A 1GFGA 1GFHA 2EIZC 3WU8A 1LMNA 1LZBA 2YBHA 4N1EI 3TXDA 1GE1A 1IIZA 1GF0A 2D4KA 3ATNA 153LA 4HJYA 3W6FA 1RCMA 1B7SA 4LYBA 1IC5Y 1LSGA 2HEAA 1QIOA 3FE0A 4GLVA 2I6ZA 4H8XA 5D5CA 1HENA 1TDYA 5KKJA 1LJEA 1V7TA 3P68A 5FSTA 1JJ0A 1UUZC 5LYTA 2Z37A 4D9ZA 4AXTA 1LSPA 3LHMA 3WULA 4KPMA 1XSFA 1B5XA 2A7DA 3A67Y 3D9AC 5LVKA 3P65A 4AGAA 5KY1A 1HFYA 2CWIA 4NG1A 1BVKC 4DWXA 1FKQA 4Z98A 5K7OA 1LHLA 4XJGA 1HMKA 1NHEA 1LMCA 3AW6A 1LZEA 5KXTA 1IWVA 3WPKA 1EL1A 1BB7A 4GN4A 4TTDA 3HFMY 1LYZA 2YVBA 3B0KA 2A7FA 4H91A 4NGIA 1GE0A 1REXA 4NGVA 4ANRA 2Z12A 2LZTA 5B1FA 3A3RX 4TWSA 4QEQA 5F9UA 3HBEX 5I53A 1JHLA 5I4YA 5T3FA 3CSRA 1LMTA 3RU5A 1JISA 4N8ZA 2X0AA 1G7IC 1DI4A 1GFAA 1LHMA 1GEVA 1WTNA 2B5ZA 1IR9A 1DPWA 1ALCA 4ML7A 1LSNA 4B4EA 1GXXA 1HSWA 2CGIA 4ZEEA 1IR8A 1NF5A 1REZA 1JSEA 2Z18A 3T36A 5ILFA 5KKIA 1IWYA 4WL6A 3W6BA 2YBJA 1FLYA 4LYZA 5HLLA 2H5ZA 1FKVA 3W6AA 5KXLA 2YBMA 1YROA 1GPQC 1I20A 2IHLA 1BWIA 4NHTA 4G4HA 3TXJA 1KIRC 1XGPC 1NBYC 4ZIXA 4XJIA 1JEFA 207LA 1GFJA 1CJ7A 1GB9A 1T3PA 4TUNA 3A6CY 2DQDY 1HFXA 3LYOA 3AZ5A 2IFFY 3TXBA 2MEHA 2PC2A 4IJ4A 4NIJA 4O34A 1GFRA 4BAPA 1FN5A 1VATA 4N1CC 1IOQA 1IC4Y 1LZTA 3M3UA 4J0LA 4LT2A 1ZVYB 4GCDA 4DD1A 5KXOA 4YEOA 3B0OA 2BQCA 1HFZA 1AKIA 3A95A 4H92A 4WM3A 5LA8A 1LZ5A 1BVXA 2DQJY 3AZ7A 2LZ2A 5C6JA 3GXKA 4H9IA 4IATA 5LAGA 1LJFA 3A92A 3MGWA 1FDLY 4LYMA 5HMJA 1JKCA 4LFXA 4UWUA 3AZ4A 3WUNA 1IWUA 1HEOA 2ZQ4A 1D6QA 5KXYA 4RLMA 1C10A 2ZNWY 1JIYA 1YKZX 4H94A 2YBIA 1GBYA 1G7JC 1VDSA 1GE2A 1QSAA 3OJPA 1B5UA 2BQNA 1W08A 1EQEA 4H8ZA 1SQ2L 1LKSA 154LA 1YANA 1LZ6A 4LT3A 2HEDA 1OUBA 3RZ4A 1LJHA 5FCPA 1GWDA 1RE2A 1LSCA 2XTHA 1GBSA 4NGLA 4HJVA 1IWTA 4WM4A 1GF7A 1F0WA 2FBDA 4L41A 5APFA 2MEIA 4ETEA 4ZFPA 4BAFA 1O23A 1GB6A 3GXRA 4DD0A 3AW7A 2Z2FA 3CSQA 1GAZA 1ZV5L 4Z41A 4WL7A 5LIOA 1IP6A 1FLWA 3TXGA 2BLXA 4I0CA 1C45A 1WQQA 4Z46A 5L3IA 1GBOA 4H9AA 1ZMYL 5DN5A 1LJ4A 4HTNA 4R6CA 4DD9A 4WMGA 3F6ZA 1UIEA 1CKCA 3W6CA 5EBHA 1UIHA 3T6UA 5B59A 1C7PA 1F6RA 5F81A 3D3DA 4WG1A 4W96A 1OUCA 1WQRA 4DT3A 1CJ9A 4OW1A 1CNSA 1LSDA 2BPUA 4B1AA 1LMAA 3LYZA 1IX0A 5DL9A 1F10A 4PJ2C 4H8YA 2YBLA 4WLTA 2BQDA 3TXEA 1EQ4A 1WVVA 2H9KA 4NSHA 1XEIA 3CT5A 2F4AA 5LA5A 3TXHA 4B0DA 4E3UA 4LYTA 2BQFA 4ET8A 3E3DA 1GAYA 1HEWA 3WXUA 1LZSA 2BQGA 5I54A 1WQPA 1JKDA 3WVXA 1GFTA 3AZ6A 3LN2A 1OUEA 1C46A 1DQJC 2BAAA 2YDGA 1CKDA 5KXNA 3TXIA 2D4IA 4CHXA 1FBIX 3A6BY 3BKVA 1QDRA 5C6IA 1MLCE 1GB0A 3IJVA 4LYOA 4EMNA 3RT5X 1YAMA 4OOOA 1IOTA 4WO9A 4NSIA 5KXWA 133LA 3P66A 4B4IA 1LAAA 1D6PA 1OUIA 4WM6A 3WW5A 1V7SA 5KXRA 1B5VA 1RI8B 1I1ZA 5HMVA 2EPEA 3WMKA 1INUA 2BQBA 1DI5A 1WVUA 2ZILA 4OOTA 1GF8A 2VB1A 1LSBA 1IOCA 1CKFA 1GHLA 2EQLA 2RSCA 1A2YC 2Z39A 4WOAA 3A3QA 4NY5A 1J1XY 1AZFA 1IEEA 1VEDA 2MEEA 2W1XA 5KXSA 5JENB 132LA 1DPXA 1HEMA 5LVHA 1LJNA 4KL7A 1DKKA 4R0FA 2HECA 4HJZA 2ZWBA 1LTMA 1LPIA 1UIDA 1VDQA 1GD6A 1DZBX 135LA 1LYOA 3P4ZA 1B7RA 2ZQ3A 4OWCA 2MEBA 1GB8A 208LA 1QUSA 1YILA 1Z55A 4HSFA 4XJHA 6LYZA 1A4VA 1GBZA 5J7CA 1XGRC 1GF5A 1LJJA 1LZ8A 5A3EA 1CJ6A 4H1PA 2BQHA 4GCFA 1REMA 5B06A 3IJUA 3HBHA 1EQ5A 4N0JA 4NGKA 2C8OA 3A8ZA 1IO5A 1B7PA 4NSGA 4LT0A 5KXXA 1GDXA 1LHIA 2W1MA 1PS5A 3IWRA 5L3HA 1OUGA 3AB6A 4X3BA 2FYDA 4PRQA 3WYHA 4RW1A 3TXFA 4N9RA 4YF2A 1UBZA 5A3ZA 1LJIA 3TMUA 4DD2A 2XJWA 4DDCA 2XBSA 1HNLA 2DQAA 5D5FA 2BQEA 3KAMA 193LA 4GN3A 5B05A 1B7OA 1UC0A 1JSFA 1RJCB 3LYMA 2MEDA 4WM1A 1KIPC 5M1YA 1LZYA 1LZ4A 4NG8A 5ILCA 4HV2A 5E9RA 4MCKA 2MEFA 1HC0A 5B07A 4H9HA 3RNXA 2XBRA 3ZVQA 2LYZA 1NKHA 4B49A 1J1OY 2G4PA 2Q0MX 2ZIKA 1LJ3A 4TSBA 1TBYA 4DD7A 4NWHA 1B5WA 1XFPL 1GDWA 1BB5A 1D0LA 5APEA 1BGIA 1LHHA 2ZNXY 2ZYPA 2DQFC 1B7QA 4H9CA 4NFVA 4DYGA 1UIGA 1IWWA 4MR1A 4LZTA 4NGZA 3A90A 5HNLA 3WXTA 1VDPA 4NGOA 1LCNA 1FLUA 3M18B 3W6EA 4LYCA 4NHSA 1LHKA 1GFKA 1D0MA 1BB3A 5HQ1A 4C3WA 4NEBA 1CKGA 1GE4A 4NWEA 5AMYA 4U3XB 1TCYA 2DKVA 4OWEA 1J1PY 3SP3A 4TSCA 1B9OA 2Z19A 2ZYCA 1C08C 3B72A 3A96A 4BADA 1JJ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZAA 4J1BA 3CDOA 4TX7A 1IWZA 128LA 1LYJA 1L86A 1P2CC 2CDSA 1GBXA 4ARMA 1L16A 226LA 1QTKA 3B0IA 1NMMA 1LYFA 9LYZA 3N9AA 3OE0A 1OUHA 4PHIA 4W53A 3EO5A 195LA 2MECA 1JTNA 3CT1A 1CUQA 3V2YA 1ZVHL 4WO6A 1IP7A 1JTOL 2DQIY 1YAPA 1LSAA 3ATOA 4WM2A 3LZ2A 4NHPA 1GF4A 3N9CA 1C6BA 1KS3A 4I7MA 4YX7C 5KXKA 194LA 4WLYA 1C43A 1C6HA 2O4WA 1G7LC 4UWNA 3HH5A 1TLAA 5FELA 1L93A 3G3BB 2Z38A 4G4CA 2HEEA 5LXWA 2ZIJA 3AGGG 3WW6A 4KT3A 1JKAA 5B1GA 5I4XA 1G0QA 1DKJA 1LGWA 1CJ8A 1YAQA 3AYQA 1XJUA 4H90A 1L74A 5FHWA 3VWOA 2W1LA 2D91A 3OE6A 217LA 2W1YA 3LZTA 1GFVA 1QTBA 3HH3A 1C6KA 1IY4A 2D4JA 3L64A 185LA 1QUTA 4CFOA 240LA 2DBTA 2OU9A 1G7MC 1C69A 5LVJA 2F30A 1L95A 1L00A 3A91A 1D2WA 4ET9A 1IP3A 4HV1A 4GCBA 4HPIA 1D3JA 5KJ9A 1JTPL 1L65A 4G4BA 1JPOA 2MEGA 3TMVA 4XJDA 4PGJB 5F14A 5IDDA 2OU8A 2N5ZA 2BQMA 1GF9A 1LGXA 3CT0A 4GCCA 1LHJA 1UA6Y 1NWGA 3HU8A 1GEZA 3AGIA 192LA 1OYUA 5APDA 1YKYX 3BKHA 2WARA 1CU5A 1CV3A 1HELA 4I7SA 2LZMA 1CU3A 3WUAA 4I7LA 3WU9A 1B7LA 1LZ1A 1BHZA 1B0DA 1HERA 4ARQA 1G07A 1H87A 1HHLA 157LA 1UIAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZA A;  1IVM A;  4J1B A;  4TX7 A;  1JJ3 A;  4NGW A;  3TXK A;  1YL1 X;  2H9J A;  2I25 L;  1IWZ A;  1UCO A;  1JUG A;  1XEK A;  1LSM A;  4WM5 A;  4M6D A;  3B6L A;  1KXX A;  1QSW A;  2D6B A;  1LZD A;  1P2C C;  5KXP A;  1JTT L;  2CDS A;  4QDN A;  1OP9 B;  1GBX A;  2DQE Y;  1RFP A;  2HU3 A;  2HTX A;  3AJN A;  3CQL A;  3J4G A;  2LHM A;  6LYT A;  1QTK A;  3A34 A;  2DQC Y;  1XGU C;  3B0I A;  1LYY A;  1GXV 2;  1NMM A;  3QE8 A;  4FDY A;  1LZ9 A;  4DC4 A;  9LYZ A;  5C6L A;  1DXJ A;  1QQY A;  1GF6 A;  3N9A A;  4N5R A;  1OUH A;  4PHI A;  4CJ2 A;  3EO5 A;  2LYM A;  1JIT A;  1IP4 A;  1BB6 A;  2MEC A;  5DN4 A;  5II3 A;  1OQM A;  3CT1 A;  4ETC A;  1UIC A;  1ZVH L;  3ZVQ B;  1I56 A;  4YM8 A;  4WO6 A;  1IP7 A;  1JTO L;  2DQI Y;  4QY9 A;  1YAP A;  1LSA A;  3ATO A;  1GFU A;  3LZ2 A;  4NHP A;  4NHI A;  1GF4 A;  3N9C A;  4PRU A;  4WM2 A;  1E8L A;  1LZC A;  4A7D A;  1QDT A;  1UIB A;  1XGQ C;  1D0K A;  1FLQ A;  5APC A;  1WTM A;  3WPJ A;  2C8P A;  5HNC A;  194L A;  1IR7 A;  4H9F A;  4WLY A;  1C43 A;  5KXK A;  4DDA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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