1F6RA

Crystal structure of apo-bovine alpha-lactalbumin
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
EQLTKCEVFRELKDLKGYGGVSLPEWVCTTFHTSGYDTQAIVQNNDSTEYGLFQINNKIWCKDDQNPHSSNICNISCDKFLDDDLTDDIMCVKKILDKVGINYWLAHKALCSEKLDQWLCEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
publication title Crystal structures of apo- and holo-bovine alpha-lactalbumin at 2. 2-A resolution reveal an effect of calcium on inter-lobe interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ALPHA-LACTALBUMIN
total genus 44
structure length 123
sequence length 123
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1f6rA00
2Y8PA 1LYSA 1C7PA 4HTNA 2DQEY 2HUBA 4WLDA 1BQLY 1HSWA 1IWWA 3ZVQB 6LYZA 1LHKA 4NEBA 4B0DA 1LJIA 2G4NA 5LAGA 1IC5Y 2AUBA 2YVBA 2DQHY 4I0CA 5AMYA 3LYMA 1TCYA 1GFRA 2BQEA 1LSYA 1D6PA 4H9AA 4NHQA 1GBSA 2I26L 1DPXA 1UIEA 1WQOA 2DQIY 4N1CC 4N5RA 5LVKA 2BQIA 2W1XA 4HV2A 1IP1A 2CDSA 4XADA 1WVUA 4OWHA 3A94A 5F16A 5E9RA 1IX0A 1LZTA 4HJZA 4TTDA 5L3HA 4NGVA 1GDXA 1UBZA 4C5FA 2YBJA 4NHIA 1IOQA 3TXBA 4EOFA 1UC0A 2LZ2A 1DI4A 5HLLA 3TXKA 208LA 1QUSA 1GB2A 3QY4A 4ANRA 5C6IA 4CFPA 5KJ9A 2LYOA 1AM7A 4NSIA 1AZFA 1GFKA 1FBIX 1LHHA 1HEWA 1UUZC 2LYMA 5B1GA 4GCEA 1WTMA 1CKGA 4HTQA 4LFXA 2XTHA 1IO5A 2ZQ3A 4PRQA 2LYZA 1OUBA 4IASA 4UWVA 2YBNA 5II3A 5FCPA 2Z39A 5DN4A 194LA 2Z38A 2H9JA 4WL6A 3WU9A 1VDPA 2MEDA 3TXDA 1J1PY 1XGPC 4KL7A 4H8YA 1HFXA 1LZ8A 1IC7Y 3T6UA 4N8ZA 4NGWA 2W1YA 4WOAA 5ILFA 3TXFA 3T36A 3ZEKA 5KXPA 4KT3A 1ZVHL 1HMLA 1CJ9A 1C45A 1LKSA 4LYCA 1HF4A 3WVXA 2Z18A 4WM4A 1IP2A 3WPLA 3AGHA 5LAFA 5DN5A 1EQ4A 4WM1A 1YROA 3LYTA 3TXHA 1GEVA 1LMAA 3P4ZA 1UACY 1PS5A 1IP4A 5I54A 3N9CA 1BWIA 3CB7A 4LYBA 4CHXA 1JJ3A 5L3IA 1B5ZA 1GB7A 4UWNA 1IIZA 3B72A 1BHZA 1HEQA 3W6DA 5APFA 4XJHA 1D0MA 4LZTA 4NGLA 3AGIA 1GF6A 4GCCA 1IY3A 4Z41A 1BB7A 1WQNA 5B06A 4HJVA 4DC4A 1IOCA 1NMMA 9LYZA 1REMA 1VDQA 1JHLA 3EXDA 3BKVA 4ETDA 1IWXA 1B2KA 1JIYA 1DKJA 2ZIKA 4LYOA 4XJIA 5LYMA 5LVHA 4MSTA 1G7HC 1JKCA 3FI7A 3TMVA 3WH1A 4N0JA 4DD0A 3ULRA 6LYTA 1LYYA 5F81A 2XBRA 2ZIJA 1B5XA 1P2CC 3AZ5A 3F6ZA 2HEAA 3LZTA 1LJ4A 1LZGA 4O34A 5F9XA 4ML7A 1HERA 3P64A 3WYHA 4B4EA 1LZYA 4HTKA 3WPKA 1QTEA 5LYTA 2XJWA 1IWVA 1OUEA 4RW2A 3W6BA 1DXJA 2HEFA 2WARA 1GAZA 1GDWA 3CT0A 1JJ0A 4H8XA 1GBWA 3RU5A 1GD6A 4H94A 5KXMA 1DZBX 1FLQA 1LZEA 1LZRA 1LMOA 5I4XA 1BVXA 1BB3A 1H6MA 1JWRA 1LJEA 1IR7A 5FSTA 1G7LC 1C10A 1A2YC 1LKRA 3MGWA 4DD9A 1GAYA 1LMCA 1UA6Y 1LZNA 4YENA 4Z98A 5FELA 4ETCA 5C6JA 1HENA 1GB6A 3N9AA 2FBDA 4OWEA 1XEJA 1LJFA 1GEZA 1LSNA 3IJVA 5KXYA 1UIDA 4WO9A 1WQPA 4NG8A 4ETBA 1XGQC 4G49A 1C46A 1LMTA 1YKYX 1LAAA 1LMQA 4OOTA 5T3FA 4DT3A 2Z12A 3ATOA 3TXIA 4H9FA 4XJBA 1J1XY 1QUTA 2D91A 1OUHA 135LA 1F6RA 3BKHA 4PRUA 2XBSA 5ILCA 3A34A 4M4OA 1HHLA 4GN3A 3A92A 1BB5A 4GCDA 1GF5A 4WM5A 1LZBA 1C43A 4B4JA 2I25L 4KXIA 3E3DA 1LHIA 4DD1A 2A7FA 2VB1A 1A4VA 1NBYC 5J7CA 1GFUA 4RW1A 5APEA 5KXXA 1NDGC 5DM9A 1FLUA 4N9RA 2FYDA 1GFGA 1GE0A 4TSCA 4NHTA 2C8OA 3OJPA 4NIJA 3OK0A 2CWIA 4R6CA 1KIPC 4G4CA 1KXXA 1GBOA 3AW7A 5LVGA 3W3EA 4DDBA 1TDYA 2C8PA 2F4GA 1YQVY 2NWDX 4KPMA 1GFJA 1GXXA 1G7MC 1HSXA 7LYZA 1YKZX 1G7IC 5LXWA 1IC4Y 1KIRC 4BS7A 2D4IA 5KXSA 2LZTA 1IR8A 1GFVA 2DQGY 4HSFA 4PGJB 1F10A 2MEHA 4NWEA 4C3WA 5F14A 4H93A 3AJNA 4DD2A 5LVJA 1GB9A 1YIKA 2HEDA 1GFAA 3ATNA 3AGGG 4B49A 5K7OA 3LZ2A 2MEIA 1BB6A 1JTPL 3A6CY 4J0LA 3B6LA 4PHIA 5F9UA 5M1YA 2BQAA 1LSDA 2B5ZA 1ZMYL 2HU3A 1LSMA 1LHLA 2YBIA 1RI8B 5KXLA 1DKKA 1D0LA 1UIHA 3VWOA 1I56A 3KAMA 4W94A 5KXTA 4OOOA 1GE1A 1LSBA 1GF0A 3B0IA 3CQLA 4GLAA 4GLVA 3WU7A 1JSEA 2BQDA 1JUGA 3A96A 4TWSA 1NQIA 4RLMA 1WTNA 1GBYA 2F4AA 5KXNA 5A3EA 1CKFA 1LZSA 1E8LA 4NGZA 1IR9A 4BAFA 3CT5A 5LINA 1DQJC 2ZILA 1REYA 2W1MA 4XJFA 1KXYA 1J1OY 1V7SA 1IP6A 2DBTA 1LSZA 1OUAA 1REZA 4B1AA 2HTXA 1GF7A 3J6KA 1T3PA 207LA 2PC2A 1DI3A 3WVYA 1G7JC 1QDTA 1LHJA 2YBLA 4WLYA 1GF9A 4R0FA 1XFPL 4U3XB 1B7QA 1DPWA 1MLCE 1JTTL 3IJUA 1LZ1A 5KXZA 4NGKA 1YAPA 4AXTA 3AW6A 4J1BA 1JKBA 2DQAA 3ZVQA 1LMPA 2BLXA 154LA 3LYZA 4WMGA 4YM8A 4NSJA 1YKXX 1C08C 4ET8A 5LA5A 5FDJA 1FLWA 2BQNA 1RJCB 1I20A 1QIOA 1GF3A 1B5WA 1FKQA 4TSBA 3WW5A 4ETEA 3TMUA 3HBDA 5E4PA 1V7TA 3TMWA 3WMKA 4XJGA 1W08A 4G4HA 1OP9B 4WLXA 2G4PA 2MECA 3P68A 4H9CA 4N1EI 5L9JA 1REXA 1F0WA 4M6DA 4H9IA 4UWUA 1GBZA 4LT3A 1BWJA 3D9AC 1LPIA 2ZNXY 1B7NA 3WXTA 3WW6A 1GB5A 5DLAA 5EBHA 4NGJA 3CT1A 1IY4A 1FLYA 1LHMA 2IHLA 3EO5A 3B0KA 3GXRA 3LYOA 3QNGA 4LGKA 1WQMA 2N5ZA 5HQ1A 1OUCA 4II8A 4XYYA 1LOZA 4RDSA 1GBXA 3G3AB 134LA 1IWTA 1LZ9A 1XGUC 2BQJA 1GPQC 2YSSC 1GHLA 1LCNA 1OUJA 4H1PA 4PPOA 4I8SA 1GWDA 3AZ6A 5HMVA 1LSGA 4IJ4A 4NY5A 1LJ3A 4H90A 3TXEA 1OUGA 4NWHA 4YOPA 2F2NA 1JITA 2CJLA 2BQOA 1LYOA 3G3BB 4H91A 2Z2EA 1BWHA 4NGOA 5KKJA 5LYZA 4ZEEA 1TEWA 3WUMA 2BLYA 1UIBA 3CSQA 4CGEA 1QSAA 1XGRC 2BQBA 4Z3MA 1CJ8A 3A3QA 4WG7A 1GE4A 4H9BA 4EMNA 5KXRA 1VDSA 1WQQA 4NGIA 3IWRA 3A8ZA 3HBHA 2BAAA 4DYGA 153LA 4LYZA 1CNSA 4ET9A 8LYZA 1JJ1A 2G4QA 2ZWBA 1NDMC 3CSZA 3SP3A 4AGAA 1PZYA 2HEEA 2A7DA 1JISA 2BQGA 1EL1A 4TUNA 5B05A 3B0OA 2HU1A 2YDGA 1BVKC 4NGYA 1B5UA 1NBZC 2D6BA 2RSCA 1IP5A 4WM3A 1LZ4A 1JTOL 3AZ7A 5FEKA 1LMNA 1DI5A 2EPEA 1ALCA 3RW8A 1B7SA 1SLYA 1VDTA 1MELL 1B7PA 2FYCA 1T6VL 4NSHA 1LZ6A 2Q0MX 1CJ6A 4GN5C 5D5FA 2CGIA 1KXWA 2D4KA 4DD3A 1LZAA 2LHMA 2Z2FA 2BQLA 1HMKA 5I53A 4A7DA 1XEKA 3LN2A 2W1LA 4L41A 1NKHA 3TXGA 1NWGA 3A67Y 5APDA 4WM6A 1LJNA 2DQDY 5IELA 4QDNA 4IATA 4DD7A 1LZCA 1YANA 1AKIA 3WUAA 1D9UA 3WU8A 1YL1X 1GF4A 4E3UA 5KXOA 2YBMA 2MEFA 1UIFA 1H87A 5LA8A 1GFTA 1F6SA 3J4GA 4OWBA 5HMJA 4LYMA 1IOSA 5FHWA 1B5YA 1HELA 3RNXA 5KKIA 5I4YA 3QE8A 1W6ZA 1IVMA 4NSGA 3TMXA 1D6QA 5LVIA 4LYTA 4MCKA 3N9EA 1OUFA 5D5CA 1RFPA 4PJ2C 4NHSA 193LA 1HEOA 1ZVYB 1LSAA 1UIAA 4QEQA 4TX7A 4QGZA 4ZIXA 1EQ5A 1N4FA 3D3DA 2ZNWY 3M18B 5DL9A 1UICA 5JENB 4ZFPA 3AZ4A 4G9SA 3RZ4A 3W6FA 2H9KA 1GB8A 3P66A 4XENA 4WLTA 4D9ZA 3A95A 4OWCA 5B59A 2MEAA 3W6CA 1TAYA 4CJ2A 1LSFA 2GV0A 4DWXA 4NHPA 1GE2A 2EQLA 4YEOA 2BPUA 1OUDA 4XN6A 4YF2A 1JSFA 4H92A 1IWYA 1OQMA 3AYQA 2I6ZA 3CSRA 4NG1A 3HFMY 1GB0A 1RCMA 1B7OA 4P2EA 3W6EA 1CKCA 1VFBC 1WVVA 2BQHA 4WG1A 1HC0A 1BB4A 2DKVA 4HP0A 1LSCA 1QQYA 2DQJY 1NHEA 1YAMA 4HV1A 4QY9A 1B0DA 4X3BA 4B4IA 1B5VA 1GF8A 1D0KA 3WXUA 1UCOA 4GN4A 3W6AA 1IP3A 1O23A 1LYZA 4NFVA 4LT2A 2Z19A 1CKDA 3M3UA 3A91A 4Z46A 1CJ7A 4H9EA 1LSEA 2ZYPA 4J1AA 5HNLA 3EMSA 1VATA 5A3ZA 2DQFC 1JKAA 2BQMA 2EKSC 1ZV5L 4G4BA 1FKVA 3WUNA 1HEMA 1LZ5A 1OUIA 4BAPA 2EIZC 2FBBA 1EQEA 1GFEA 5I5QA 3FE0A 1VEDA 4FJRA 1LTMA 1JEFA 4LT1A 3WPJA 1B7MA 4RLNA 5KXKA 3A93A 4YEMA 1XEIA 4HPEA 1HFZA 1Z55A 3A3RX 3WL2A 2DQCY 1UIGA 2BQCA 4WO6A 3RT5X 4DDCA 4ETAA 1XSFA 1B7LA 1IP7A 1YAOA 1YAQA 2ZYCA 1LZDA 3A90A 4HPIA 4DDAA 1BGIA 4MR1A 3EBAB 5LIOA 4OW1A 1AT5A 4BADA 1IWZA 1CKHA 1RE2A 1IOTA 1I1ZA 2ZQ4A 2HECA 1HNLA 3LHMA 1B7RA 1TBYA 1VAUA 1GB3A 2F30A 2Z37A 5KY1A 4HJYA 3K3TA 2HEBA 2H5ZA 5HNCA 1IEEA 5B07A 1IWUA 2X0AA 1HEPA 4LFPA 133LA 4H9HA 4LT0A 4XJDA 3A6BY 1FN5A 5IDDA 1LSPA 1GE3A 4WM2A 5IHGA 1WQRA 1HFYA 1QDRA 1SQ2L 3HBEX 1JPOA 4H8ZA 3WULA 1LJJA 1GXV2 1YL0X 2BQKA 1KIQC 3GXKA 4W96A 1XGTC 4WL7A 5APCA 4CFOA 2BQFA 1LJHA 4GCFA 3AB6A 1LJKA 2MEGA 132LA 3TXJA 5I4WA 1B9OA 2MEBA 1NF5A 1FDLY 2D4JA 5C6LA 4FDYA 2MEEA 1QSWA 1QTKA 5B1FA 4OWAA 1AT6A 4J7VA 4GCBA 2IFFY 5KXWA 1YILA 1JKDA 1INUA 1IORA 1LJGA 2YBHA 3P65A 1GFHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y8PA 4HTNA 4PK0A 256LA 2HUBA 1KW7A 1IWWA 2G4NA 5LAGA 2RAZX 1L54A 3GUNA 1GFRA 4NHQA 4N1CC 4N5RA 5LVKA 3RZEA 1C68A 2W1XA 195LA 3FA0A 4ET9A 4NHIA 3TXBA 110LA 1QUSA 1L10A 3QY4A 4ANRA 5KJ9A 1AZFA 190LA 176LA 4HTQA 215LA 3F8VA 2Z39A 2H9JA 1QTCA 3DN0A 3TXDA 1L75A 1LZ8A 4W58A 5ILFA 2B73A 219LA 5KXPA 1ZVHL 1LGXA 1HMLA 1CJ9A 1L05A 1L74A 1QUDA 2OTYX 4WM4A 1IP2A 3L64A 5LAFA 5DN5A 4WM1A 3LYTA 104LA 1GEVA 1LMAA 1UACY 4ARJA 209LA 3PBLA 4LYBA 1IIZA 3OE6A 5APFA 1L27A 4I7TA 1BB7A 1L50A 4HJVA 1NMMA 2OE7X 2O79A 9LYZA 1JHLA 173LA 2ZIKA 4XJIA 1DKJA 5LYMA 5LVHA 1JKCA 3WH1A 4N0JA 4DD0A 1LYYA 3C8RA 1B5XA 3HH6A 3DN6A 4B4EA 5LYTA 3OE0A 4RW2A 1DXJA 1JTMA 1JJ0A 1CTWA 1GD6A 4H94A 1FLQA 1LZRA 1LMOA 1G0KA 4EPIA 214LA 1KW5A 3MGWA 1LMCA 5C6JA 4YENA 170LA 143LA 4ETCA 1L48A 1LI2A 1L60A 1XEJA 1L96A 261LA 1T8GA 1XGQC 1LMTA 2L78A 1LAAA 1LMQA 1J1XY 135LA 3DKEX 3BKHA 1G1VA 1P56A 5ILCA 3A34A 1P46A 1BB5A 1GF5A 1QTDA 250LA 4KXIA 118LA 3E3DA 1LHIA 1C63A 1T97A 2OU8A 4NHTA 3OJPA 102LA 4G4CA 3RUNA 4DDBA 3G3VA 1DYEA 3HH5A 236LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Y8P A;  1LYS A;  1C7P A;  4HTN A;  2DQE Y;  2HUB A;  4WLD A;  1BQL Y;  1HSW A;  1IWW A;  3ZVQ B;  6LYZ A;  1LHK A;  4NEB A;  4B0D A;  1LJI A;  2G4N A;  5LAG A;  1IC5 Y;  2AUB A;  2YVB A;  2DQH Y;  4I0C A;  5AMY A;  3LYM A;  1TCY A;  1GFR A;  2BQE A;  1LSY A;  1D6P A;  4H9A A;  4NHQ A;  1GBS A;  2I26 L;  1DPX A;  1UIE A;  1WQO A;  2DQI Y;  4N1C C;  4N5R A;  5LVK A;  2BQI A;  2W1X A;  4HV2 A;  1IP1 A;  2CDS A;  4XAD A;  1WVU A;  4OWH A;  3A94 A;  5F16 A;  5E9R A;  1IX0 A;  1LZT A;  4HJZ A;  4TTD A;  5L3H A;  4NGV A;  1GDX A;  1UBZ A;  4C5F A;  2YBJ A;  4NHI A;  1IOQ A;  3TXB A;  4EOF A;  1UC0 A;  2LZ2 A;  1DI4 A;  5HLL A;  3TXK A;  208L A;  1QUS A;  1GB2 A;  3QY4 A;  4ANR A;  5C6I A;  4CFP A;  5KJ9 A;  2LYO A;  1AM7 A;  4NSI A;  1AZF A;  1GFK A;  1FBI X;  1LHH A;  1HEW A;  1UUZ C;  2LYM A;  5B1G A;  4GCE A;  1WTM A;  1CKG A;  4HTQ A;  4LFX A;  2XTH A;  1IO5 A;  2ZQ3 A;  4PRQ A;  2LYZ A;  1OUB A;  4IAS A;  4UWV A;  2YBN A;  5II3 A;  5FCP A;  2Z39 A;  5DN4 A;  194L A;  2Z38 A;  2H9J A;  4WL6 A; 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 2BQM A;  2EKS C;  1ZV5 L;  4G4B A;  1FKV A;  3WUN A;  1HEM A;  1LZ5 A;  1OUI A;  4BAP A;  2EIZ C;  2FBB A;  1EQE A;  1GFE A;  5I5Q A;  3FE0 A;  1VED A;  4FJR A;  1LTM A;  1JEF A;  4LT1 A;  3WPJ A;  1B7M A;  4RLN A;  5KXK A;  3A93 A;  4YEM A;  1XEI A;  4HPE A;  1HFZ A;  1Z55 A;  3A3R X;  3WL2 A;  2DQC Y;  1UIG A;  2BQC A;  4WO6 A;  3RT5 X;  4DDC A;  4ETA A;  1XSF A;  1B7L A;  1IP7 A;  1YAO A;  1YAQ A;  2ZYC A;  1LZD A;  3A90 A;  4HPI A;  4DDA A;  1BGI A;  4MR1 A;  3EBA B;  5LIO A;  4OW1 A;  1AT5 A;  4BAD A;  1IWZ A;  1CKH A;  1RE2 A;  1IOT A;  1I1Z A;  2ZQ4 A;  2HEC A;  1HNL A;  3LHM A;  1B7R A;  1TBY A;  1VAU A;  1GB3 A;  2F30 A;  2Z37 A;  5KY1 A;  4HJY A;  3K3T A;  2HEB A;  2H5Z A;  5HNC A;  1IEE A;  5B07 A;  1IWU A;  2X0A A;  1HEP A;  4LFP A;  133L A;  4H9H A;  4LT0 A;  4XJD A;  3A6B Y;  1FN5 A;  5IDD A;  1LSP A;  1GE3 A;  4WM2 A;  5IHG A;  1WQR A;  1HFY A;  1QDR A;  1SQ2 L;  3HBE X;  1JPO A;  4H8Z A;  3WUL A;  1LJJ A;  1GXV 2;  1YL0 X;  2BQK A;  1KIQ C;  3GXK A;  4W96 A;  1XGT C;  4WL7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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