The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
MDRVLSRADKERLLELLKLPRQLWGDFGRMQQAYKQQSLLLHPDKGGSHALMQELNSLWGTFKTEVYNLRMNLGGTGFQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure of the N-terminal J domain of murine polyomavirus T antigens. Implications for DnaJ-like domains and for mutations of T antigens.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
LARGE T ANTIGEN
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Murine polyomavirus
|
| total genus |
19
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| structure length |
79
|
| sequence length |
79
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-07-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | DnaJ domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GH6 A; 1NZ6 A; 2N05 A; 1FAF A; 1WJZ A; 2PF4 E; 3UCS C; 2QWN B; 2Y4T A; 2OCH A; 2CTP A; 4J80 A; 3AG7 A; 2N04 A; 2L6L A; 2M6Y A; 2Y4U A; 1BQ0 A; 2GUZ A; 1BQZ A; 2CTR A; 1FPO A; 2CTQ A; 1N4C A; 2LO1 A; 3UO2 A; 3APQ A; 4J7Z A; 2QWO B; 1IUR A; 3APO A; 2KQX A; 2CUG A; 1HDJ A; 4RWU A; 2QSA A; 1XBL A; 2YUA A; 2QWQ B; 2LGW A; 2QWP B; 3UO3 A; 2DMX A; 2GUZ B; 4IT5 A; 2CTW A; 2EJ7 A; 2DN9 A; 2YS8 A; 3BVO A; 2QWR B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ABK B; 2W0F C; 3WU2 Z; 5B1A B; 3UM7 A; 5KUM A; 1U96 A; 3K04 A; 4G27 B; 4LF7 B; 4LFA O; 1O9H A; 3CB2 A; 1T5E A; 4FLW A; 3L73 H; 1NH2 B; 5LGT A; 1P7G A; 1V54 C; 4FFK A; 1SET A; 3UKM A; 4Q20 A; 4DR1 B; 4WBN A; 2Q68 A; 3MAQ A; 5IJ9 A; 2EIJ C; 4MVR A; 2EIN B; 2LQT A; 4R50 A; 2Y48 A; 4DR5 O; 1VP7 A; 1M57 C; 4FPP A; 3OAA G; 2OWO A; 1L0L H; 1M5I A; 4NVP A; 1SQQ H; 1AJP A; 1P49 A; 1YCI A; 1KP3 A; 2RN9 A; 3ETQ A; 4ZHQ B; 4IL6 Z; 3K0G A; 1Y66 A; 3VQV A; 1XBL A; 1WP7 A; 2ADP A; 1G8M A; 1YDX A; 1MNG A; 2IH1 C; 3AG3 C; 5IYZ B; 1H2K A; 1P4R A; 2XND G; 3ICX A; 2DYS B; 1COW G; 3CD6 V; 1DK1 A; 1IBK O; 4FFB B; 2JGD A; 4QJF B; 1XNR O; 2YXY A; 4UFZ A; 4GKK O; 1HNZ O; 3HKE B; 4JYA O; 1SQX H; 4LF9 O; 1AP5 A; 4CBC A; 3SJB C; 4XDJ A; 2ITC C; 3G4S V; 1GH6 A; 4EB6 A; 4IIJ B; 4FJC C; 1RM1 C; 3WB2 A; 2HLD G; 4NXM B; 3AK1 A; 1XI1 A; 3MD0 A; 4TT3 G; 2CTR A; 4JAU A; 4A5U B; 3HKD A; 4MS2 A; 3IGA C; 3CSX A; 2LGQ A; 3ASO C; 1Q6H A; 4RUE A; 2LGW A; 3CRM A; 1ZAU A; 3DC6 A; 1Q3E A; 1MA1 A; 4NTY A; 1JX9 A; 2CH7 B; 1FFX B; 3ETG A; 1AVM A; 2GDS A; 1BHB A; 3ASN B; 2JS3 A; 5BXZ A; 1XOU A; 2UXD O; 3TJT A; 4B7E A; 1K7D A; 5EBL C; 1YI2 V; 1TVK B; 3D8C A; 3F7V C; 2D2C B; 3IC9 A; 3E35 A; 2UXX A; 4UCO A; 4MVQ A; 1GMG A; 4GCZ A; 4CS3 A; 1MSW D; 2WPD G; 5LYJ A; 4OX9 O; 1FYJ A; 2FML A; 1I94 O; 1IBL O; 4J80 A; 4YHH O; 4DV0 O; 4DV2 O; 3P3N A; 4N21 A; 4MVZ A; 4DYL A; 1FXV A; 4CC6 A; 1RPO A; 3BAA A; 1YIJ V; 4PDV A; 3W7U A; 3ETD A; 3HPL C; 2BSK A; 1VQK V; 4CH4 A; 2YIB D; 1H38 A; 1BGY H; 2DJV A; 3W7X A; 1OV9 A; 4FLV A; 3H1J H; 1ZX3 A; 1XMQ B; 1GO3 F; 2LFS A; 5F2V O; 2Q69 A; 2DE0 X; 5CA1 A; 1SRY A; 3UO3 A; 3M99 B; 2IU0 A; 4P2Z A; 1L1F A; 4RO2 A; 1F7Y A; 2WA3 A; 3JD2 A; 3ABK C; 4QGP A; 4QPJ A; 2XAQ A; 3H1K H; 2W6J G; 1N34 B; 5B1A C; 1IVS A; 2WLL A; 5H2F Z; 2XUM A; 4DV5 O; 1HDJ A; 3L9D A; 3T1Y B; 2HHH B; 1S3J A; 2D3O W; 3OEH G; 5LXT A; 3M7M X; 2ARH A; 2BTO A; 5FNV A; 4U3F H; 5IY5 C; 3A0B Z; 2QWR B; 1XL4 A; 3R65 A; 2Y4T A; 1UJW B; 4UB8 Z; 2WLK A; 3ZRW B; 4E2L A; 4PA9 A; 4B7K A; 3X2Q B; 2EIN C; 4JV5 B; 3OFN G; 4ZI7 B; 3OTF A; 1W59 A; 1OJH A; 5EC2 C; 3JAR B; 3ZMS A; 4DV1 B; 3SYQ A; 5ITZ B; 2GTS A; 4O4J B; 4DW0 A; 4B3M B; 5L3F A; 3B8N A; 2ZT9 B; 1EN6 A; 5IT9 N; 3OR7 C; 4WFG A; 5KHI A; 4YY3 O; 4JYB A; 2XAS A; 1WP8 A; 1FJG O; 3K9S A; 2DYS C; 3JSL A; 4JI5 B; 2CGN A; 1XUQ A; 3SPI A; 1PKX A; 3K0D A; 2WSS G; 4D7T A; 4YJ2 A; 1XMO B; 1G1X B; 3SPG A; 4MVO A; 1GN4 A; 4F6R B; 4B3R O; 4IYH A; 3ZN1 A; 1N32 B; 2M7W A; 1PPJ H; 5KMG B; 1N0N A; 4DRX B; 2CDY A; 1OCZ B; 2EX3 A; 2E3C A; 3HB3 B; 2OCC B; 1K97 A; 3SGI A; 3TCU A; 3JAS A; 2RJZ A; 1BMF G; 2QE7 G; 3K5O A; 4LFA B; 4BAY A; 3VQX A; 3L72 H; 4H0L B; 1NTM H; 3ASN C; 3K58 A; 5JJN B; 2AGA A; 4HNA A; 3LNN A; 5L3G A; 1ZL8 B; 1YTF D; 2R9R B; 2DN9 A; 3C90 A; 3AG1 B; 1VQP V; 1OCR C; 2P6J A; 3SJQ C; 2ZD9 A; 2VWK A; 2K1E A; 1WA8 B; 1DF5 A; 3CWB H; 3SYP A; 5KX5 A; 2RNB A; 1W0J G; 2ZM6 O; 3CME V; 3A2F A; 3RYC B; 3L74 H; 4I5S A; 5LP6 B; 4PDL A; 4LH6 A; 3H9V A; 1AIL A; 3KZI Z; 3T1C A; 4WFE A; 3K03 A; 2GUZ A; 3E22 A; 1Q6I A; 1TGO A; 3CP1 A; 2YI9 A; 1S5L Z; 1TA8 A; 1XNR B; 4DO2 A; 4GKK B; 3D36 C; 4JYA B; 3CXH F; 2IM9 A; 4LF9 B; 2YID A; 2EJ7 A; 2BE3 A; 4TV9 B; 5FL7 G; 4TQD A; 4UVA A; 3ZED A; 5LOV A; 1MAB G; 3QO8 A; 4LH7 A; 2XTA A; 1BQZ A; 1WNS A; 1F4M A; 1JR9 A; 1MSD A; 3SPJ A; 4FLZ A; 4GT1 A; 4TUY B; 1JPX A; 4GUN A; 1AR4 A; 4LF4 B; 3OEE G; 5K1X A; 2Y69 B; 4X1K A; 3CCQ V; 1NI8 A; 1QCE A; 3KG2 A; 3HKB A; 1P7B A; 1RSO B; 3I5D A; 1VAR A; 5LBQ A; 2W0X A; 1VF7 A; 1TUE B; 4MW8 A; 2BOB C; 4JI8 B; 2UXD B; 3X2Q C; 3G67 A; 2QJ1 A; 3OMA B; 3BPZ A; 1Q86 W; 2A79 B; 2JK5 C; 3J7A U; 1ZTE A; 2P67 A; 5KUK A; 2K9P A; 1NBM G; 3WG7 B; 4BIZ A; 1K5S A; 1I08 A; 1OCO B; 4FIP C; 4DUY O; 4OX9 B; 4LF5 O; 2EIL B; 1NKD A; 1IBL B; 1I7F A; 1NH2 D; 2H8P C; 4WBN B; 4YHH B; 4DV0 B; 4DV2 B; 4U3J A; 5IJ9 B; 5CA0 A; 3FAV B; 5B1N A; 3CYO A; 4R7C A; 4AIL C; 1JJO A; 4UCV A; 2VRZ A; 4LNU A; 5LA6 A; 2RQ6 A; 1HW7 A; 3T2M A; 5K1P A; 5AG2 A; 2UU9 O; 4DR3 B; 2W6I G; 5JCO A; 4DUZ O; 2Q73 A; 2P7T C; 1X4T A; 1CXZ B; 4H13 B; 2HFE C; 5C8Y B; 1FS0 G; 3APO A; 3T1Y O; 5B3S B; 4HAM A; 3G6B A; 2YXH A; 1NQT A; 5BMV A; 3GVM A; 1F51 A; 4JI6 O; 1H8H G; 2NNU A; 2QTO A; 3SR2 C; 3CC7 V; 4U7N A; 4QNH B; 2Q4P A; 5CN0 A; 1XRE A; 3CPW U; 1OCZ C; 3JCZ A; 5IWA B; 3ZN0 A; 2OCC C; 4EB6 B; 1TUB B; 2ZE7 A; 2YSU B; 3U10 A; 2CK3 G; 4I0X A; 4O4H A; 4PA3 A; 4HYO A; 4FVM A; 1ZUQ A; 2Y0P A; 4PHZ A; 4GX5 A; 3CJH A; 1NR1 A; 3AG1 C; 4GLX A; 3FFQ A; 3APQ A; 3CRQ A; 2Z5U A; 2PTM A; 3B8M A; 5JH7 B; 2PY5 A; 2QWQ B; 4UV9 A; 2ZKO A; 3C3T A; 1AR5 A; 1BE3 H; 4UV8 A; 5LP6 C; 1Z5V A; 1XMO O; 1CEZ A; 4YY3 B; 1FJG B; 1NVP B; 4PI2 A; 2ETN A; 4GYC B; 2NN4 A; 1K33 A; 2PUS A; 4GZR B; 4B3T O; 3CCM V; 4JI2 O; 4OPH A; 3K5M A; 1R3L C; 1JQ0 A; 5EC1 C; 2BTQ A; 4LC1 A; 4RQE A; 1H2L A; 5CBF A; 3ZX6 A; 1Y4M A; 4PJ0 Z; 2R70 A; 1N8R W; 1FD9 A; 3CRA A; 4B3S O; 3RWR D; 5LGN A; 3UT5 A; 2BSK B; 1KKD A; 4B3R B; 4K8Z A; 4YIO A; 3T4D A; 4IGG A; 2F4V O; 5IE9 A; 2CTW A; 4JZ2 A; 1X59 A; 1R6K A; 2ADQ B; 2Y69 C; 3G80 A; 4KUM A; 3O65 A; 5IYC O; 2GSM B; 2WA4 A; 1KEC A; 2A3Q A; 4L87 A; 5EYP A; 4DK0 A; 1SC5 B; 5CA1 B; 1ARO P; 2X6B A; 4X65 O; 4I50 A; 2EUL A; 3N2G B; 2H3O A; 3K59 A; 3K79 A; 1SQF A; 5B1B B; 4DR4 O; 4FZ0 A; 5JQG A; 2JRI A; 2WLI A; 2E5L O; 2KG7 A; 4J7K A; 3HKC A; 3EHB B; 3WG7 C; 1OCO C; 2P06 A; 2EIL C; 3PN1 A; 2AZ0 A; 2JGU A; 1YIT V; 5BZB A; 2PGG A; 1HR0 B; 2R72 A; 4ZBM A; 5E1A C; 4J9Y B; 1S72 V; 2ATK C; 5LHG A; 2ZM6 B; 1EZJ A; 1QLE B; 2DWD C; 4BR6 A; 4FM2 A; 2IJJ A; 2QM7 A; 1YSC A; 1IXM A; 1PNK A; 3OGI B; 5DED A; 2OTL V; 4E4E A; 2LW7 A; 4LFB O; 1N4C A; 2QA4 V; 1K92 A; 2MW2 B; 4LF4 O; 1DF4 A; 2FL4 A; 4NB5 A; 2Q6A A; 2QKA A; 2BCC H; 2CAZ C; 3RT3 C; 5B3S C; 2PI4 A; 3QTC A; 1N0J A; 2B1G A; 4C7U A; 1WJZ A; 4PEL A; 1SA0 A; 2JDI G; 4UB6 Z; 4KHP O; 3A8T A; 5D5P A; 1QQC A; 2VQF O; 4JI8 O; 1VQN V; 3LDE A; 4KXR A; 3ZHR A; 4YJ2 B; 5LHI A; 5KA5 A; 1HNX O; 4FLT A; 1FKA O; 1FXK A; 2RMK B; 3I56 V; 2XT9 A; 1EM1 A; 1V9P A; 4X1I A; 3VQY A; 1VQ7 V; 4DV7 O; 4JI7 O; 1GM7 A; 2YEV A; 4PA7 A; 2F93 B; 3H1I H; 4J41 A; 3MHH C; 2Q0A A; 4DXW A; 3AG4 B; 2C2A A; 4UCU A; 4LR3 A; 3JAS B; 3DSQ A; 3BA9 A; 4DR3 O; 1PM9 A; 2ZE6 A; 4DUY B; 1NU1 H; 4LF5 B; 3W7T A; 3BEH A; 1XEQ A; 4KL1 A; 2YDE A; 4XBF A; 1MMM A; 1PNM A; 4O4L A; 5FLX N; 2ZNJ A; 1YZB A; 5A9G A; 3H1H H; 3TK1 A; 1O9G A; 1V55 B; 3B4S A; 1R3I C; 1J5E B; 1GKF A; 1H2S B; 2OTJ V; 1W2B U; 4O2A A; 4CS4 A; 2UU9 B; 2QWO B; 4O4I A; 4ZOL A; 2OT5 A; 1VF5 B; 3QVN A; 1BSM A; 3E86 A; 2B5U A; 4DUZ B; 3B09 A; 5IWA O; 4GX2 A; 2ZIN A; 2XAG A; 1SQG A; 3ZCC A; 4WF9 V; 2PYL A; 1S5J A; 2YUA A; 2H94 A; 1Z2G A; 2RDC A; 1QVG U; 1R6T A; 5JWP A; 3ZMZ A; 3G71 V; 1S0V A; 2DQ0 A; 2Y0I A; 2GUZ B; 4KP4 A; 4BWA A; 2LFR A; 3E22 B; 2YS8 A; 5CBG A; 3D3I A; 1YEW A; 4J9Z B; 4JI6 B; 4XDK A; 4FLX A; 3AK3 A; 1KU9 A; 1R1B A; 5IYB O; 3NR7 A; 1JJ2 U; 3AG2 B; 3K06 A; 3T4Z A; 1NR7 A; 1QLN A; 5L3D A; 3UO2 A; 1PV0 A; 3ML0 A; 2JEX A; 5L3C A; 1WPB A; 5HFL A; 4FFB A; 4TV8 B; 4MTG A; 4D6T H; 1VQO V; 3GWK C; 5B1B C; 1WAZ A; 3BFR A; 3RVY A; 5EZY A; 1S77 D; 4MVS A; 3JAW A; 3ZIA G; 1ORQ C; 4OXS A; 4PDM A; 2R9A A; 3CXC U; 4TOI A; 2DYR B; 4EKW A; 4MVU A; 4QE7 A; 5KAI Z; 1TAE A; 4MSW C; 1R6N A; 4UCT A; 1BZK A; 2DW4 A; 1K5Q A; 3BA8 A; 3JAL A; 1US6 A; 1QLE C; 4MT8 A; 3RYH A; 3E89 A; 4DR6 B; 4WFB V; 4J7Z A; 4PI0 A; 4CH3 A; 4B3T B; 5JVD A; 4G28 B; 4JI2 B; 4FZ1 A; 4U3J B; 4WFA V; 1I5Y A; 1JFF A; 1E79 G; 1B06 A; 3OM3 B; 2ZR2 A; 4LNU B; 4I55 B; 2GBO A; 2ZDI C; 1TVK A; 3OD4 A; 4LFC O; 4B3S B; 1B6Q A; 1QBZ A; 4JI4 O; 4O2B B; 1Y74 A; 1K4C C; 1K4D C; 3ABL B; 1Q5O A; 1YJ9 V; 2DWE C; 2OIE A; 1DGS A; 5GTI Z; 2AW9 A; 2F4V B; 1IBM O; 1U97 A; 3N27 A; 4UUJ C; 2E75 B; 2UUC O; 5LL6 Y; 2UXC O; 3CC2 V; 1ROP A; 1M56 B; 3RGB A; 2XHB A; 1R3J C; 4X65 B; 1MZF A; 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2LO1 A; 3LSU A; 1G4Y B; 2KQX A; 1YVW A; 4AHC A; 5EYP B; 1J5E O; 3CHX A; 4I50 B; 5E79 Z; 2DYR C; 2A0L A; 2JEU A; 2X6A A; 1KQS U; 4K35 A; 3ZBH A; 4BIU A; 5KHG A; 1NTZ H; 4DR2 O; 1AI5 A; 1XDC A; 4DRX A; 3RYF A; 1AI6 A; 2KG7 B; 2BOC C; 3HKC B; 4RWU A; 4JPR A; 1IZ3 A; 1QR9 A; 4UCR A; 2DMX A; 1D5A A; 1CP9 A; 2JGD B; 2P4K A; 3GWO A; 2YIB A; 1JCH A; 4QIW F; 4R8C A; 5D5Q A; 3JSN A; 2CE4 A; 4IHJ A; 4W4L A; 4X62 O; 2Q8V A; 3OTO O; 3JAK A; 5GON A; 2Q7H A; 2QTS A; 1M1K W; 3LDD A; 3CCV V; 3LSQ A; 1K34 A; 3TXS A; 3CCL V; 2IJI A; 1VQ5 V; 4CH5 A; 2UUA B; 1PL0 A; 3JD1 A; 4JTC B; 2WLH A; 2EZP A; 3VBB A; 5JJJ B; 2QKS A; 5BR8 O; 3CE2 A; 3T1H O; 2JS5 A; 3HKD B; 1YXB A; 4CH6 A; 4X66 O; 3SYC A; 3IJ4 A; 4X9Q A; 2IH3 C; 3RYC A; 2MK3 A; 4L8J A; 3CCE V; 3I55 V; 3IAY A; 5LP6 A; 2JIZ G; 3EXA A; 5L3B A; 4AQY O; 1SA0 B; 1GN2 A; 2IJK A; 1DLB A; 1M56 C; 2WLN A; 3L70 H; 4TSF G; 4DV4 O; 1VIB A; 2N05 A; 4G2K A; 4PDR A; 1Q81 W; 3O9O A; 3FB7 C; 2P22 C; 5EK0 A; 1GN6 A; 3AG7 A; 4QE9 A; 4HBN A; 4BW5 A; 1FXK B; 1D5N A; 3CCR V; 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