1FB0A

Crystal structure of thioredoxin m from spinach chloroplast (reduced form)
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
EVQDVNDSSWKEFVLESEVPVMVDFWAPWCGPCKLIAPVIDELAKEYSGKIAVYKLNTDEAPGIATQYNIRSIPTVLFFKNGERKESIIGAVPKSTLTDSIEKYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two functionally different thioredoxins in spinach chloroplasts.
pubmed doi rcsb
molecule tags Electron transport
source organism Spinacia oleracea
molecule keywords THIOREDOXIN M
total genus 30
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1fb0A00
2V32A 3CTGA 4HS1A 1NHOA 4E8EA 2OE3A 1ON4A 3IPZA 2QKEA 3HXSA 5GSTA 1TXXA 2YNXA 4ID0A 1V2AA 3VPQA 4F2IA 1SYRA 3G7YA 2R2JA 2C0FA 3HHVA 4DSRA 4BL7A 2YP6A 3UJ1A 4GQFA 4LMVA 5J41A 5B7CA 1X9WB 4MZCA 2B7JA 1W89A 2NDOA 1V98A 4Z7XA 1ZZYA 3VWUA 4L5OA 3A2VA 1M9AA 2XBQA 2WJUA 4HQSA 4EXJA 2LQOA 1M2DA 1HQOA 2GZZA 1MDIA 4O5RA 1Y6EA 3ED3A 5IMAA 4JU5A 4NAXA 1DBYA 4ZXGA 1DSBA 2RM5A 3MAKA 1J0FA 2DMLA 2CV4A 4J57E 4NXIA 3M1GA 4NV5A 3GKXA 4IVFA 5D8IA 2XPEA 3ZL5A 3CRTA 3KM6A 1QUWA 3ZFBA 1Q4JA 4G2EA 2GDRA 5IPHA 1PA3A 1B4PA 2WFCA 4JZQA 2VLTA 1VF1A 1RQMA 1SKWB 3R2QA 4ZL7A 3FYGA 1W4VA 2DJ0A 4K0GA 3ERWA 3GSTA 1TW9A 5ELAA 2HSHA 3E0UA 2PWJA 2WRTA 1SJZA 2AB6A 2PBJA 2X8CA 2I4AA 1TJDA 3GH9A 2OA7A 3NOFA 3MWHA 2ZUPA 1O85A 2MYGA 2VIMA 3LXTA 3TKQA 1G6YA 2GQKA 4OFNA 1NM3A 1T3BA 4MK3A 1Q98A 3K8NA 4CDOA 3D5JA 2AJQB 1FVKA 2MMOA 4YAPA 5G5EA 1A23A 2L4QA 3TKPA 3KXOA 5G31A 3UEMA 5G2ZA 1OC8A 3CTFA 2CX4A 2H6YA 4OMVA 5ECSA 3W8SA 4EL1A 2A2SA 5G1KA 4X43A 1GH2A 1GTBA 1VF3A 2KP2A 5COHA 2CAIA 2LNSA 2FNOA 4CHSA 2L6DA 5INYA 4JRRA 2E2MA 4IP6A 3BCIA 3F8UA 3F4SA 4WXTA 2VCZA 4MA9A 3HJOA 2K6VA 1M9BA 4KDYA 1RW1A 2WULA 3KD0A 4TW5A 1TRSA 2P0GA 3C1SA 5CP1A 1WPIA 4ZIJA 2B1LA 5D9XA 3EC3A 1BG5A 4KA0A 2PVOC 2LKUA 3FR6A 4TVEA 3RPNA 5J5NA 2YJHA 3BD2A 2JZRA 1M99A 3APSA 2DBCA 1O6JA 4DVCA 1XW5A 4DSQA 3E9JB 1EV9A 18GSA 2ES7A 4EF0A 2IMDA 1R5AA 4XS6A 4BWQA 2HYXA 4MH2A 4TN8A 5IPGA 3VI5A 3F0IA 3NIVA 4H86A 2DC5A 2X99A 2JL4A 2ON5A 4MZWA 4JE1A 4N0ZA 3FRCA 4WR5A 5D9VA 2R37A 3PINA 4V1Ag 2GSQA 4ML1A 1WP0A 3KEBA 4ACSA 3DD3A 1TKDB 2YOIA 4IW9A 1PGTA 1UA5A 2AHEA 4KDXA 2J9HA 3HVVA 1GTIA 5KN0A 3HVSA 3IDVA 2LQQA 3F3QA 4FH8A 2I3YA 4OCEA 1TTZA 1A2JA 2H73A 2VCWA 3M9JA 3ZFLA 5IMZA 3HJPA 4ZL8A 2VL2C 2MMZA 1H4OA 1Z5YE 1C72A 1T1VA 1ZGNA 1Y25A 3VFIA 3FR9A 4MJAA 5ECPB 1XWCA 2H1DA 4Q5FA 4G10A 5DAKA 4HU7A 5G5FA 5DVBA 3QCPA 4NHWA 2A2RA 4JBBA 3LEFA 2IN3A 1DE2A 3P7XA 2ZNMA 5EL8A 3TJJA 3CXGA 1JZOA 1NSWA 6GSYA 2YWNA 4ZB9A 1PL2A 2H1BA 5FWGA 3C7MA 5E4WA 3TJKA 1USBA 2B6MA 1BEDA 1PRXA 1XVWA 5ECIB 1TK8B 3TRQA 5J3RA 3ZLPA 1YZXA 1BX9A 4WKWA 3VPTA 2QGVA 1KEBA 2C4JA 3P90A 3QAVA 2OJLA 3FZ9A 1H75A 3GH6A 2H75A 1EEMA 3L78A 1KTEA 3CBUA 4KGIA 1THOA 3KGKA 2ZCTA 2HSYA 4WBRD 2F51A 2PERA 4GXZA 5DAKB 4OD7A 5IIZA 1A2LA 5H5RA 4ISDA 5J9CA 3L0HA 3QMXA 4QL7A 2K8VA 2YCDA 2CT6A 2M80A 1AXDA 1EP7A 2H6ZA 3GA4A 5CNWA 1R4WA 2LUSA 3KJYA 5HFKA 3LJRA 2VCQA 2O8VB 2IJYA 1ACVA 5F0GA 3L9UA 3L9VA 4F0BA 1GUHA 11GSA 4E8HA 1LU4A 3TGZA 3EINA 3US3A 1XPVA 3HZ4A 2G0FA 3GX8A 4HI7A 2DJKA 2AAWA 2C3QA 5DDLA 3DGQA 5H5QA 1ZOFA 2L5LA 2LRTA 1S3CA 4HU9A 1OYJA 2V1MA 3G9BA 1CQHA 1LJRA 3HCZA 1GTAA 3LQ7A 4POKA 4NPBA 4K7OA 2IMKA 3GRXA 3IK7A 1M2BA 4ZB6A 3LORA 2C8UA 4XRAA 3J7Yb 2RUEA 3IBHA 2GZYA 1BAYA 3DWVA 3GURA 1SL0B 1AC1A 2WS2A 5F06A 2REMA 1K0BA 2FY6A 2LS5A 1GSQA 1A8LA 5LD0A 4K8MA 1AIUA 4L0UA 3RHCA 3KP9A 2GQMA 3UOMA 3UIWA 3IV4A 1SJ6A 3GL3A 3P2AA 4MF6A 3Q19A 1WE0A 3KZQA 3S9FA 1AW9A 6GSVA 2DMMA 2IL3A 3O76A 1XBSA 3DXBA 2L5OA 1X9SB 3PR8A 5A5KA 3RBTA 1ML6A 4GSSA 3MDKA 2V2GA 1M0UA 4N30A 1XFLA 1TU7A 5F8BA 3IK9A 3VWWA 1LBKA 3BOAA 3Q18A 4WBJA 4IKHA 3M9KA 1QK8A 1IYHA 5G1LA 1QXHA 4OFMA 2WCIA 1FG4A 1SD8A 2KOKA 3APOA 1XWGA 4FO5A 1SK2A 3F9UA 3IOSA 1PX6A 2VL3A 4ZBAA 3DIEA 4O92A 3H1NA 3TOTA 4AJ6A 2CAQA 4IGJA 3GNJA 2F8AA 1SJIA 3JCML 2LRNA 3TRXA 4HUAA 2DSAA 4LLRA 1TK5B 1T7PB 4KCEA 2XPDA 4I8BA 3RHBA 2E2GA 5ECMB 2X64A 2C3TA 2HZFA 1HNAA 1XCCA 4ECBA 5IMDA 4WR4A 1FB6A 3N5OA 2VM2A 3L9SA 5IOWA 4IQAA 2K18A 3SWLA 3LSZA 5GZZB 16GSA 1YKAA 5EY6A 3UARA 1GTUA 4AJ7A 1G6WA 4POMA 2C0DA 1GWCA 2C0EA 2CZ3A 2H0HA 1X5CA 1OVNA 1OAZA 2XHFA 4MJBA 3GIXA 4WEYA 4YAVA 1XZOA 1K3LA 2OKAA 1V57A 2OE1A 3GYKA 3GTUA 4MP4A 3ME7A 3IC4A 4IELA 5HR2A 4KW6A 5ECNB 4WF4A 4WF5A 4MH3A 1PKZA 3KH7A 5C00A 3UBLA 2P5QA 4KAEA 14GSA 1O7UA 2RUFA 2EIRA 5F05A 3Q6OA 3UL3A 1JZDA 3ZMLA 6GSUA 2C0GA 1B9YC 2DJ1A 3GKMA 3QFAC 4ZBBA 3GX0A 3ZMKA 3DMLA 2DJ3A 4HQZA 4PQHA 2BJXA 2YZHA 2M72A 4BVXA 5ABRA 2HI7A 5D93A 3D4MA 2X8GA 4O7HA 3WT1A 3RAZA 3TKSE 1F3BA 1QQ2A 3ERFA 1PX7A 4ECJA 3IHQA 1E2YA 4X1UA 2PPTA 2H70A 4NWYA 2WB9A 3F6DA 3D0ZA 5CRDA 2YZUA 1U3AA 3HYPA 4YQVA 3EMPA 3GTUB 1XXUA 4GSNA 4EDZA 1ZYQB 2VCTA 2AYTA 3KP8A 3TJFA 1E6BA 5ECKB 3D21A 3IAM2 4TR1A 2B5EA 3GN3A 1XW6A 1XOAA 2VL2A 3EURA 3F63A 2C80A 2EC4A 4L0WA 3GMFA 3VWXA 8GSSA 1AQWA 5D73A 2YWIA 3FR3A 5A4VA 2VCXA 3GKNA 5CRWA 4TR0A 3F4RA 3APQA 1YF1A 1R5PA 4PUAA 2TRCP 4V2NA 3TCOA 4AF2A 3HA9A 2PU9C 3PGTA 5B6MA 2R3XA 3KMNA 1S3AA 4TR3A 1F9MA 1SK1A 3WYWA 3EE2A 1GSYA 3Q74A 22GSA 3H8QA 3FZAA 3GKKA 2JU5A 1YQ1A 5GAPD 1TRVA 1OE7A 2JSZA 2CA8A 3MNGA 3QOUA 4JEDA 2H76A 1UC7A 4HJMA 3EVIA 5DQYA 3KTLA 4BA7A 4F82A 3CSIA 1MDJA 2F9SA 4TR1B 3J7Yk 5CAXA 2GQLA 3D22A 1SENA 4MLYA 3W8JA 1AQXA 1TRUA 4PXOA 2MBSA 4K7NA 2FWEA 1WJKA 1G0TA 1I9DA 1T4YA 5L71A 2CZ2A 3IAS2 2GVPA 1DUGA 2PMTA 6GSWA 4KUNA 2VLUA 2MZCA 2K9FA 1F2EA 1MEKA 4L8EA 3DKSA 3VI7A 1GSSA 4AJ8A 2IWTA 4AGSA 1GNEA 2VD1A 5KEJA 3GUSA 1K3YA 1QGVA 4TOPA 3O6TA 1VF2A 3TOUA 13GSA 1KNGA 4O32A 1FW1A 1TU8A 1JLVA 3RPPA 1YJ6A 1X5DA 1ZL9A 4IN0A 2M46A 3DVWA 2LJAA 2I81A 2I9HA 1SD9A 2FD3A 2WZ9A 2QC7A 1WRYA 1SL1B 4GRFA 4K1FA 1OE8A 1K3OA 1VF4A 4PQIA 1Z6MA 1M2AA 1G7EA 4G9HA 2HRFA 2GT6A 3FW2A 2VM1A 2VD0A 2AUVA 3V1WA 3A5WA 3ZTLA 4RUVA 2H66A 5JWRB 2WDUA 1B48A 4KE3A 4P3YB 3N9JA 2WGRA 2O85A 3DVXA 1PKWA 1T4ZA 2PGTA 5ID2A 2AV4A 3TKSC 2P5RA 4GF0A 1IYIA 5AN1A 2MMAA 4EKZA 4OFTA 4KCAA 1FAAA 3P8WA 4IJIA 1JLWA 2MMNA 1EZKA 5J9BA 1FO5A 3IA1A 4J56E 3G7IA 4OO4A 2V6OA 5IMFA 2PN8A 2F8FA 5ECOB 2JSYA 3GFKA 1Z6NA 1U6TA 3GL5A 2H74A 1WOUA 3A2XA 2OACA 4EUYA 2GS3A 2FGXA 1GUKA 4BWSA 3FHKA 4IHUA 4GQCA 1TP9A 2B1KA 5DJLA 4RI7A 4Q5QA 1FVJA 2JZTA 5ID2B 2B5XA 4HZ4A 2GSSA 2RLIA 4IS0A 1F37A 4XS1A 2FHEA 3PH9A 2X8HA 3I43A 2DJ2A 2LJKA 1JZWA 1TRWA 3IRAA 3ZVJD 3GHAA 4DSSA 2OADA 5LCZA 1O73A 3HJMA 1PQNA 1J9BA 2JZSA 4KSMA 1GULA 4MF7A 4ZBDA 5JCWA 4OO5A 3EU3A 4GLTA 2H72A 2FLSA 5KN3A 1OC3A 2G2QA 4RQRA 1EOGA 2O7KA 5KN1A 4YQMA 2R4VA 3GV1A 1HD2A 2DJJA 1ZMAA 4QL9A 5GSSA 3I6AA 5B8AA 1Z7PA 1HNBA 2LSTA 1EGRA 4PX1A 4V2LA 4K9ZA 2H30A 4GTUA 2HT9A 5F07A 4QQ7A 3FK8A 1YDKA 3DEXA 4LA1A 2VUPA 1MTCA 3KMOA 2H1GA 3NZNA 2C1YA 1KBNA 1GSUA 3F3RA 3WGEA 1XWKA 2R6KA 4DSSB 1ABAA 1M7TA 4YH2A 2VCVA 4GSTA 1SYXA 3ZVJA 1FB0A 3ZIJA 2NVLA 1UN2A 5DQSA 4PUFC 1JFUA 1PSQA 4DEJA 2L4CA 2C3NA 1A2MA 3LYKA 2L6CA 3BJ5A 5ECHB 1AAZA 1GL8A 1QMVA 3ZITA 1QFNA 1URMA 5IMVA 4IQ1A 5JCUA 4TXVA 5C04A 3TDGA 9GSSA 6GSXA 5A4UA 1TI3A 1ERTA 1TOFA 1T00A 3D4TA 2L59A 3ZZXA 4K2DA 5HR0A 1GSFA 4PNGA 1JZRA 4JR4A 4NV2A 5EVOA 1XVQA 1B8XA 2LRCA 2H8LA 4NMUA 3KCMA 1SK0A 3C1RA 3E3EA 1WMJA 2TIRA 4RI6A 1Z7RA 3EYTA 1XWBA 1X9MB 1Z3EA 4I2UA 1TK0B 4PGTA 4Q5NA 2VOCA 1XWAA 2IIYA 3F4TA 4MJCA 4I6XA 1PN9A 1THXA 4IBPA 1O81A 1WIKA 2FWGA 3QPMA 2H01A 2Z9SA 2JADA 1Z9HA 5G30A 2LNTA 3L4NA 4ECCA 4Q5RA 5H5SA 2ALBA 1MD3A 4I2TA 3QD9A 4N10A 3SBCA 4F03A 6GSTA 4MCUA 4EDYA 4N0VA 5GAND 4V2MA 3AY8A 4MABA 2YPMA 3M3MA 3QDNA 2HXKA 4PURA 3LFLA 4TRXA 4TXOA 1V58A 3FZ4A 3I69A 2NBSA 3VWVA 4K7IA 1EEJA 3EU4A 1EWXA 4HEA2 2LJRA 2GZPA 2V6KA 2H0GA 4WETA 2H1AA 5IMCA 1R26A 4MDCA 2RM6A 3LXZA 2YV9A 1UVZA 2NTOA 3ZRDA 2FWFA 2BTOT 2FA4A 4LL4B 4KNDA 2EIQA 4MJEA 1J08A 2YV7A 3H4KA 4HZ2A 2CX3A 4MPGA 3TKRA 5ECQB 4XCSA 3KIJA 2FCHA 1A24A 3EWLA 2I1UA 3I9V2 1K0OA 1GNWA 1U88A 4X0XA 4D73A 4FIWA 3WGXA 3TJBA 4EO3A 3A2WA 4ZL9A 1SL2B 2GSTA 3QFBC 4TXOB 2LV3A 2O87A 1V40A 1GSDA 4PNFA 4K0NA 5HR1A 3WT2A 2LEGA 2YANA 5DCHA 2GSRA 1YY7A 3HKRA 3ME8A 5JCGA 2PUKC 5JWOB 3DYRA 3CRUA 2FWHA 4XRDA 1OKDA 3GSSA 3UMAA 4HDEA 1XIYA 2IMIA 4L5LA 3G7JA 1X0RA 4ZB8A 5IOXA 5CREA 1BQ7A 3VLNA 3TKSA 3HD5A 1EOHA 1G7OA 2E7PA 4LMWA 2B3SA 3H93A 5AIVA 3TJGA 1U3IA 1B4QA 4D73B 2LTKA 5FT3A 2RIIA 5DBQA 4ULXA 6GSSA 1HNCA 4BVYA 3LG6A 12GSA 3LYPA 3CMIA 1ST9A 2K8SA 3IE3A 5LNKe 2YN1A 2HZEA 3C8EA 3VURA 1A0RP 7GSSA 2R5GA 4KSOA 10GSA 2L57A 2VLVA 3TB2A 4F0CA 1GLPA 1ERWA 1PL1A 1JHBA 1O8WA 2EIOA 4K6XA 4KB3A 1XOBA 1F3AA 2XC2A 1ERUA 2VAFA 3CYNA 5AISA 4NHZA 3U6VA 4BPYA 2OBIA 2D2ZA 5ELGA 3KTBA 1X5EA 3F6FA 5CRHA 3ZIVA 4JR6A 3MSZA 2ON7A 3D6IA 4YQUA 4I5QA 4EC0A 2J23A 1GP1A 5KN2A 3FY7A 1K0AA 4KX4A 1EGOA 2GTUA 3UVTA 20GSA 1PD21 5IO0A 1AUCA 4ILFA 2HZEB 4IP1A 5D96A 4J2FA 3KH9A 4XIHA 3UVHA 4XS4A 3QAGA 1NHYA 2QSIA 5CRGA 3HDCA 2DLXA 4PQ1A 1SKRB 5AGYA 2NPBA 1K0DA 1ILOA 5JWQB 5IO2A 4LL1B 3C71A 5J4UA 2YWMA 1TDIA 2HFDA 2IPAA 4N11A 1FOVA 2KHPA 1K0MA 2KUCA 3HY2A 4XHMA 4MZBA 1EV4A 2N5AA 3ZREA 2JACA 1I5GA 2DIZA 2FA8A 1WWJA 4KDUA 1OKTA 2F3MA 3WD6A 4OWYA 2OE0A 2V41A 3ERGA 4HOJA 4I97A 5IQYA 5HFGA 1DE1A 1ZYEA 3BCKA 3M0FA 1GLQA 1RK4A 3HVXA 3VK9A 5AIXA 5D9WA 4MMMA 1GUMA 3QAWA 1AQVA 5B8BA 2CQ9A 3H79A 3DRNA 3LWAA 1XW9A 5ECRB 1FHEA 1HYUA 4XTSA 4XS4B 2H71A 5ENUA 2CVKA 4OCFA 4FYBA 2A4VA 2CVBA 2IMFA 3TRPA 3W6GA 1BYEA 1YKCA 2YJ7A 2IFQA 5EPFA 5DALA 1OC9A 2BMXA 4GCIA 17GSA 2HLSA 2TRXA 3FZ5A 2VO4A 3EMXA 3IXRA 4KH7A 3TUEA 3CSHA 2H19A 2HRNA 5B6NA 4GWRA 4EVMA 2KLXA 4ZILA 1GSEA 4HJ2A 5FHIA 1YEXA 1NW2A 1A8YA 3FEUA 3LGCA 5CYYA 4TR4A 1MD4A 1A0FA 3HZ8A 1GRXA 2DIYA 5IM9A 3BBYA 1TI1A 4RQXA 1K0CA 2N5BA 1V9WA 3A3TA 1EP8A 4MF5A 5HR3A 2P31A 3O3TA 1K0NA 1F6MC 1ERVA 2GGTA 3WGDA 2N5FA 2B5YA 2YWOA 2PVQA 1SKSB 3FKFA 2OBKA 5E59A 4IJ3A 3ISOA 2IFQB 5DALB 1OC9B 4POBA 3ZYWA 2KP1A 1VGLA 4EE0A 1T8EB 1U87A 4MPFA 5CO3A 4POLA 2IMEA 2CVDA 2HNLA 3UBKA 1ZCPA 3IR4A 2H6XA 3RDWA 1VRSD 3QR6A 2FUG2 2O89A 5DCGA 19GSA 1YF0A 5DJMA 4TKYA 2XBIA 3M8NA 2H0IA 5A4WA 1SU9A 2HE3A 3OR5A 1CQGA 4V1Ap 1YEPA 1BJXA 3U5RE 2MBTA 1B9XC 1N2AA 3CSJA 1S3DA 1MDKA 4F9ZA 4ML6A 5D9TA 3UAPA 2B7KA 4FYUA 1O8XA 5HQPA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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