The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
115
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sequence length |
386
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structure length |
386
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Chain Sequence |
VTSEQLLFLEAWRAVDRAYVDKSFNGQSWFKLRETYLKKEPMDRRAQTYDAIRKMLAVLDDPFTRFLEPSRLAALRRGTAGSVTGVGLEITYDGGSGKDVVVLTPAPGGPAEKAGARAGDVIVTVDGTAVKGMSLYDVSDLLQGEADSQVEVVLHAPGAPSNTRTLQLTRQKVTINPVTFTTCSNVAAAALPPGAAKQQLGYVRLATFNSNTTAAAQQAFTELSKQGVAGLVLDIRNNGGGLFPAGVNVARMLVDRGDLVLIADSQGIRDIYSADGNSIDSATPLVVLVNRGTASASEVLAGALKDSKRGLIAGERTFGKGLIQTVVDLSDGSGVAVTVARYQTPAGVDINKIGVSPDVQLDPEVLPTDLEGVCRVLGSDAAPRLF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
PHOTOSYSTEM II D1 PROTEASE
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| publication title |
Crystal structures of the photosystem II D1 C-terminal processing protease.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Scenedesmus obliquus
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
115
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| structure length |
386
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| sequence length |
386
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| ec nomenclature |
ec
3.4.21.102: C-terminal processing peptidase. |
| pdb deposition date | 2000-07-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03572 | Peptidase_S41 | Peptidase family S41 |
| A | PF17820 | PDZ_6 | PDZ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Transcription Regulator spoIIAA | Transcription Regulator spoIIAA | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JXT A; 3QYR A; 4ELX A; 3QKA A; 3MFM A; 4B3H A; 2LC7 A; 2LUI A; 1X5N A; 1MJ3 A; 2V90 A; 2I0I A; 3KTJ A; 3OC7 A; 4U0H A; 4HOP A; 3STJ A; 3QWD A; 5G1E A; 3MH6 A; 5FIF A; 1Q3P A; 3T8A A; 4EMP A; 1N7T A; 1KY9 A; 3SHU A; 5E0S A; 3ZWA A; 3NFK A; 1WI2 A; 4JVT A; 2J5I I; 4G69 A; 4GVC A; 2FZS A; 4NMQ A; 4K78 A; 4FN7 A; 2DC2 A; 4U0G A; 2KJP A; 1ON3 A; 1YG6 A; 1U3B A; 1TP5 A; 3OME A; 3Q7H A; 3Q0G A; 3DOR A; 2BZR A; 4Q2Q A; 5IKL B; 4NMS A; 1W9E A; 2F9Y B; 1UEZ A; 2F0A A; 1GQ4 A; 1L6O A; 4IZD A; 5HET A; 1UFX A; 3NJB A; 5F67 A; 4MXI A; 3KHF A; 3QXZ A; 2D90 A; 1X0U A; 3TZ3 A; 5JBX A; 3LNY A; 2KOM A; 1VAE A; 2OQS A; 2I04 A; 4KFV A; 5C9G A; 2QKV A; 3CYY A; 3ZWB A; 2EEI A; 2OMJ A; 4B3J A; 1G9O A; 3CBZ A; 2BYG A; 3SUZ A; 2FW2 A; 1WIF A; 2EEH A; 3V5I A; 3B76 A; 1X8S A; 5G1R A; 1Y8T A; 3TSV A; 5HFB A; 3V5E A; 2CS5 A; 3TVW A; 3RRV A; 2VSS F; 3SFJ A; 1W9Q A; 1JXZ A; 1WDM A; 3R9T A; 1HNO A; 3T8B A; 3RST A; 1V62 A; 2ZPL A; 2QKT A; 4Q1I A; 4ZDB A; 1I16 A; 4U19 A; 2I0L A; 1RJM A; 3CC0 A; 4Q0G A; 2DM8 A; 1WDL A; 2Q9V A; 1UM1 A; 4EDJ A; 5HF1 A; 3PDV A; 1EF8 A; 2Q35 A; 4U1A A; 3GDU A; 2YT7 A; 2UZC A; 2VSU C; 2DJT A; 2VSS E; 4ZDD A; 3R0H A; 4KNP A; 2JOA A; 4ZDE A; 5E11 A; 3WG5 A; 2JIN A; 4Z8J A; 2JRE A; 1TE0 A; 2OCS A; 3NFL A; 4LMM A; 4JSB A; 4JYJ A; 3P85 A; 3O46 A; 4QII A; 1OBY A; 3TV5 A; 3HIN A; 3HRX A; 1WG6 A; 2QQ3 A; 2VSU A; 2YT8 A; 1WDK A; 2IEX A; 3P5M A; 4JOT A; 1UEW A; 2KL1 A; 3HPK A; 4JOJ A; 1TP3 A; 3GJ9 A; 2QKU A; 2K1Z A; 3U9S B; 4KFW A; 5I7Z A; 3TLF A; 2H2B A; 1VRG A; 1K32 A; 3R0O A; 1WZ8 A; 4K75 A; 1N7F A; 4NNQ A; 3PV4 A; 1J7X A; 2H2C A; 2K20 A; 5INI A; 2EJ5 A; 2DMZ A; 2VZ5 A; 2DAZ A; 3N6R B; 1PJH A; 3EGH C; 3DJ3 A; 4I4Z A; 3TT6 A; 1Q52 A; 1XZ9 A; 1RGR A; 4GM2 A; 2L4T A; 4NMP A; 1PIX A; 3ID3 A; 1UJV A; 3ID4 A; 3GKB A; 4HNK A; 3QK8 A; 2O2T A; 2HE2 A; 5FHT A; 4L8K A; 4K6Y A; 3FDU A; 1MFG A; 2EDP A; 3M6M A; 4OMR A; 4OLQ A; 4FB8 A; 3H0S A; 4KPK A; 5FUS A; 2KYL A; 2D3T A; 2C8T A; 2P3W A; 4P2A B; 5HFC A; 3QGL A; 1X6D A; 2OPG A; 1O8U A; 3HP0 A; 5DZK A; 4Q6H A; 1VA8 A; 2IWN A; 4OEP A; 1UJU A; 2F9I B; 5GND A; 4OG1 A; 2LA8 A; 2Q3G A; 1U38 A; 4GVD A; 3JU1 A; 1D5G A; 4Q3H A; 4MI2 A; 2VWR A; 5INF A; 1RY4 A; 2R4H A; 4Z33 A; 4IC6 A; 1WI4 A; 4JYL A; 3TRR A; 3VQG A; 2J5S A; 2I1N A; 4P0C A; 1GQ5 A; 2VRF A; 5C90 A; 1K39 A; 5DU4 A; 4FND A; 4LK5 A; 4OAJ A; 4MOU A; 3LAO A; 5DTH A; 3I4W A; 1Y7O A; 3Q1T A; 1UIT A; 2W4F A; 2L4S A; 1YBO A; 4YYX A; 3T89 A; 1X5Q A; 4K72 A; 3K82 A; 3RL7 A; 3GCO A; 3ZW8 A; 3CBY A; 1VCW A; 5HEY A; 3QXI A; 4HOP B; 3QO6 A; 3CS0 A; 4GHN A; 2GTR A; 3H0U A; 1IU0 A; 5ING A; 4XHV A; 2CE3 A; 3OTP A; 5EYZ A; 1UYT A; 3P2L A; 2KJD A; 2J5I A; 4JCQ A; 3KZD A; 3RSI A; 5F3X A; 3OT6 A; 1UYS A; 2G5M B; 2PNT A; 4HC8 A; 4NMV A; 4JOK A; 5HJ1 A; 2KBS A; 2KOH A; 4H11 A; 4WYT A; 4UU5 A; 3MOY A; 5KDR A; 2VSV A; 1UM7 A; 2KPL A; 3ISA A; 3KQF A; 1ZUB A; 5DUC A; 2D8I A; 3PEA A; 2A81 A; 3GF7 A; 1V1T A; 3SWX A; 4FGM A; 2DEO A; 2J5I B; 4L6W A; 1NF3 C; 3SOE A; 4DI1 A; 1NZY A; 2RRM A; 2LOB A; 1UEP A; 4K2N A; 3CH8 A; 2AIN A; 5HDY A; 5CTC A; 1T2M A; 2G2L A; 5KDR B; 1WFG A; 4ZU2 A; 5MGB A; 5GLJ A; 3KTH A; 2RCZ A; 5FB8 C; 2ZL0 A; 1FC6 A; 4NNM A; 2CSJ A; 1BFE A; 2W7R A; 3KTK A; 3QMJ A; 4JWV A; 2EDZ A; 5DU8 A; 5EZ0 A; 2PKU A; 1HZD A; 5JXB A; 3I1E A; 3VIV A; 2MHO A; 2EXG A; 2Z17 A; 1R6J A; 5HF4 A; 1PDR A; 4RYF H; 1Z87 A; 1FC7 A; 2GZV A; 3KTG A; 5E0N X; 4ZDF A; 2R3Y A; 5CTB A; 1Q51 A; 1XNY A; 3WKM A; 1IU2 A; 3ID2 A; 4ELW A; 1RZX A; 2A7S A; 1SG4 A; 3QJM A; 4F47 A; 3PV5 A; 5B6L A; 3MH7 A; 2PZD A; 1XNW A; 2H3L A; 1UYV A; 3DJA A; 3KTI A; 3TT7 A; 2ZPM A; 2MX6 A; 2HE4 A; 1ON9 A; 2X24 A; 1WF7 A; 1OD4 A; 2Q34 A; 3L4F D; 3M6N A; 4NMR A; 4RYF A; 3QIK A; 1OBX A; 5H3J A; 4E35 A; 5HFD A; 3I18 A; 2M0U A; 3MH4 A; 2X58 A; 2I4S A; 2QG1 A; 2ZL4 A; 2AWW A; 4EML A; 2M0V A; 1X45 A; 5E22 A; 4JOP A; 2H3M A; 2VSP A; 1BE9 A; 2VPH A; 1FCF A; 2KJK A; 1W2X A; 2OSG A; 3GDV A; 3PV2 A; 4NXQ A; 4REY A; 2VSU F; 3KZE A; 3K50 A; 1WF8 A; 1SOT A; 5HFE A; 5DTW A; 1I92 A; 4JOG A; 2LC6 A; 2PPY A; 3PZK A; 2YTW A; 4WCZ A; 3STA A; 5KJP A; 2EV8 A; 2ENO A; 2ZQR A; 4Z0M A; 2EDV A; 1RJN A; 4FNB A; 4ASI A; 4OEO A; 3H0J A; 3ZW9 A; 1WHA A; 2EGN A; 3ST9 A; 5E6P B; 2F6Q A; 3BEZ A; 1V6B A; 4ZDC A; 2VSU E; 1UJD A; 2KG2 A; 2VRE A; 3I47 A; 4JL7 A; 2QT5 A; 2J5G D; 2I6V A; 4IZB A; 2FE5 A; 2D92 A; 2ZL2 A; 2V1W A; 4K29 A; 3CBX A; 1NTE A; 3PS4 A; 3SLL A; 4QFE A; 3NGH A; 3QE1 A; 1VJ6 A; 5E21 A; 2M10 A; 1N7E A; 3IAV A; 3H02 A; 1MFL A; 1WH1 A; 2DLS A; 5D13 A; 2KA9 A; 3K1R A; 2JIL A; 4WYO B; 2CBY A; 4YLH A; 4F8K A; 3R69 A; 4FJW D; 4NXP A; 3U9R B; 3QJN A; 1YG8 A; 2A7K A; 2OGP A; 1P1E A; 2HW5 A; 1UHP A; 4Q2O A; 4L8N A; 3G64 A; 2W3P A; 2ZQQ A; 4O06 A; 4AMH A; 1N6F A; 1DUB A; 3ZWC A; 4G2R A; 2DLU A; 2PKT A; 3IB9 A; 3ZRT A; 1N6E A; 2F9Y A; 4JOR A; 3K8X A; 2PDZ A; 2PA1 A; 2M0T A; 3LNX A; 3PGQ A; 2IWQ A; 3SHW A; 4N6X A; 5HEB A; 3FF6 A; 4JOF A; 5HFF A; 4JCS A; 4JJT A; 1WFV A; 1HNU A; 4KWB A; 4JCR A; 2WL7 A; 2JIK A; 2EJY A; 2PBP A; 3WKL A; 3H0Q A; 1V5L A; 2F6I A; 4Q2P A; 4R2Z A; 4FZW C; 3HVQ C; 1OD2 A; 4QIJ A; 2VSS A; 1QAU A; 1TG6 A; 2KAW A; 4NNL A; 2CSS A; 1XX4 A; 2Q2X A; 4PQW A; 2AWU A; 2FCF A; 1FC9 A; 2M3M A; 2F5Y A; 3RLE A; 3BPP A; 2YUB A; 2YUY A; 2KV8 A; 3EGG C; 3QDO A; 2VX2 A; 1OBZ A; 1U39 A; 2EEJ A; 3GF3 A; 3TMH A; 4Q6S A; 4WZ8 B; 1NZY B; 3PE8 A; 4FZW A; 3HPM A; 1WJL A; 3GCN A; 1B8Q A; 2EGO A; 2DUB A; 3AXA A; 1V5Q A; 3RL8 A; 3U9T B; 4KD6 A; 3GGE A; 3ID1 A; 3VQF A; 3FY5 A; 1N99 A; 4Q2N A; 2EHR A; 1GM1 A; 1SZO A; 2FBM A; 3TDC A; 1XO6 A; 2KRG A; 3NJD A; 3GLM A; 1W9O A; 2JXO A; 1SOZ A; 3E17 A; 4YDP A; 1UF1 A; 5A2P A; 3T3W A; 3BF0 A; 3OU0 A; 3MT6 A; 3L3S A; 2QBW A; 3GSL A; 3H81 A; 1EY3 A; 5DL1 A; 3LKE A; 3IBB A; 3QRE A; 2FN5 A; 3R9S A; 1TYF A; 1M5Z A; 1UIY A; 1Z86 A; 3R9Q A; 1U37 A; 3R68 A; 2KPK A; 4K76 A; 1UYR A; 4JCT A; 5E1Y A; 4ELS A; 1WHD A; 3MYB A; 2EEG A; 4NEK A; 1XNV A; 3HE2 A; 1KWA A; 1QAV A; 1Y7N A; 2KOJ A; 3DIW A; 4WYU A; 1EF9 A; 2DB5 A; 1Q3O A; 4NMO A; 4JOH A; 2HGA A; 1LCY A; 4IZC A; 4EMM A; 2REY A; 4I52 A; 4E3B A; 1N6D A; 2WTB A; 4I42 A; 2EAQ A; 5G1Q A; 3DJ1 A; 2E7K A; 3HLN 1; 2AWX A; 2NP9 A; 1DCI A; 4E34 A; 2L97 A; 2X7Z A; 1ZOK A; 3PDZ A; 1QLC A; 2OS6 A; 2J5G A; 1P1D A; 2KQF A; 4K3W A; 3R6H A; 1QAV B; 1X5R A; 4JOE A; 3GMA A; 5DU6 A; 5G1S A; 4NXR A; 4RCN A; 1MC7 A; 5DZK H; 2EGK A; 2FNE A; 3TVU A; 2DKR A; 2OZF A; 2PG8 A; 5DUF A; 1Q7X A; 1TQ3 A; 4B3I A; 2IWP A; 5DTP A; 3GDS A; 4MPA A; 4FN8 A; 3TSW A; 2F9I A; 5HED A; 2UZF A; 1VB7 A; 4U18 A; 3TSZ A; 1KEF A; 1UEQ A; 3T88 A; 1IHJ A; 5G1D A; 1OZI A; 5E0S H; 5JBW A; 4NMT A; 3BPU A; 3O5N A; 2M0Z A; 3Q0J A; 2Z9I A; 5DKP A; 4JFC A; 4RI0 A; 4UU6 A; 2IWO A; 1RGW A; 2JWE A; 4U0G H; 2ZL3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JXT A; 3LDF A; 3QYR A; 4ELX A; 3QKA A; 3MFM A; 4B3H A; 2LC7 A; 1WXW A; 1H4X A; 2LUI A; 1X5N A; 3AGE A; 1MJ3 A; 2V90 A; 2I0I A; 3KTJ A; 5EUS A; 3OC7 A; 4U0H A; 3QDQ A; 4HOP A; 3STJ A; 3QWD A; 5G1E A; 3MH6 A; 5FIF A; 1Q3P A; 3T8A A; 4EMP A; 1N7T A; 1KY9 A; 3SHU A; 5E0S A; 3ZWA A; 3NFK A; 3BPT A; 1WI2 A; 4JVT A; 2J5I I; 4G69 A; 4GVC A; 2FZS A; 4NMQ A; 4K78 A; 4FN7 A; 2DC2 A; 3KDG A; 2KJP A; 4U0G A; 3MGL A; 1ON3 A; 1YG6 A; 1U3B A; 1TP5 A; 3OME A; 3Q7H A; 3Q0G A; 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