1FEJC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fejC00
4R92A 3CKRA 3GGUA 5OYTA 4YCTA 1FIVA 1MIQA 1HIIA 5P1KA 3IN4A 1XS7D 4L7HA 1LEEA 3FSMA 4L1AA 5P6KA 3URLA 5P0SA 5DQ1A 3KMXA 4JECA 4GB2A 4Y4XA 4Y5BA 1IZEA 5P53A 2G20A 2PQZA 5P3XA 4F73A 1APWE 5P7VA 2VA7A 2R38A 2BBBA 4DVFA 5OZ1A 5P4CA 3EKQA 5P4HA 2XFJA 5I3YA 4Y50A 1NPAA 1HRNA 1LF4A 3PMUA 5P3RA 2J9KA 3EKXA 4Y35A 3K5FA 1W5VA 3HAUA 1PROA 1FQ6A 4Y3QA 5P58A 3QROA 4MC2A 1BV7A 2RSPA 1BWAA 3WB5A 3OU3A 1HOSA 5P43A 2O4PA 4LHHA 1HTRB 5P24A 5IS4A 5P71A 1GNMA 4RCDA 1MEUA 4TRWA 5P4WA 3IGBA 5P3LA 3EL5A 3SA7A 1LF3A 3IXKA 5P4BA 4PZXA 4MC1A 3UDRA 3ZKGA 1EPPE 1G6LA 3D1YA 2ZHUA 4YHQA 3GI0A 2FNSA 1QBSA 1OEXA 2I4VA 5P8OA 5P44A 5BWYA 4BFBA 5P3PA 4CPXA 4ZPGA 3IXOA 3B80A 1K1TA 5OZVA 1HHPA 1W5WA 1EEDP 5P5XA 3S7MA 3IN3A 5P4LA 2WEDA 5P26A 3OADA 2EWYA 1XN2A 3GW5A 5JG1A 1DIFA 2P3CA 4EJKA 3QN8A 3F9QA 3MXDA 1HVHA 5P1JA 1YM2A 1Z1HA 2PYMA 4Q5MA 5B18A 4Y4AA 2I0DA 5OZDA 5DPZA 2AOCA 5P6QA 4Y5LA 5P23A 2O4SA 2A4FA 4Y3HA 5P70A 1DMPA 5OZ3A 5P8RA 1YG9A 4MC9A 5OZOA 1G35A 4FRJA 3NU3A 5P4EA 4TVGA 5P0NA 3O9EA 5OZBA 3K4VC 5P60A 5P0KA 5P3ZA 3NUOA 3KA2A 5P22A 5P2KA 1K6PA 1SP5A 3KFNA 5P4OA 4H3FA 4OBZB 3S43B 3SFCA 5P8KA 2I4DA 4YD6A 1ENTE 3OQDA 1HXWA 3BUHA 3L58A 5P2IA 5OYSA 1FMXA 5P3BA 1LYAA 5P5JA 3OQKA 5SY3A 3HLOA 3PHVA 3PI5A 1IDAA 1MT9A 1A8KA 1EPQE 3FNTA 1HBVA 5APRE 1K6VA 5E5KA 1W51A 4GIDA 5P8AA 4AA9A 3OUCA 1J71A 5P16A 2NNKA 3OXXA 4Y3DA 3TOFA 4J0PA 1BILA 5HDUA 5DGWA 1LS5A 1SGZA 5P2JA 3VCMA 3G6ZA 3K1WA 5OZCA 1N49A 5P66A 5P1AA 2AVSA 4Y43A 3OQAA 5OYYA 4L7JA 3AUPA 3DOXA 5P6WA 3S2OA 5P5OA 3EMYA 5P29A 1MSMA 5P27A 4Q1XA 2B7FA 3DV1A 2BB9A 5P5SA 1T3RA 3GGVA 3QRVA 5F01A 4TRZA 2CEMA 4HE9A 1B6MA 3S8IA 1M43A 4Y4BA 5P3MA 4ER4E 2CEJA 5P3GA 3QI1A 2O4NA 3ER5E 5P1DA 5P0TA 5PEPA 3UDQA 5P6OA 2VIJA 5P7UA 2AVOA 5P17A 3FKTA 4EJLA 2QK5A 3CIDA 1BXOA 4K4QA 5IVSA 3Q6YA 3ZL7A 3VG1A 1C6ZA 1FMUA 2ZJHA 4Y56A 5HDZA 4Y3ZA 2AOGA 3SACA 2ZYEA 2NTRA 1QS8A 3S85A 1MT7A 4EP3A 3INHA 1APUE 2MIPA 4J1KA 4FGXA 5DR8A 1BIMA 4ZE6A 3WZ7A 5OZ8A 5P30A 2AODA 3WSJA 5OZZA 1CMSA 4Y3PA 3VSWA 5P69A 1TCWA 5P8VA 2R5PA 2VIZA 5P5DA 3ZLQA 4CMSA 1PPLE 5P8TA 4NJTA 3KDBA 4I0ZA 2Q54A 1KZKA 1KJ7A 5SY2A 3TKGA 3Q3TA 3QVIA 3D91A 3LPJA 4QJ2A 3GI4A 3OXWA 2BKTA 4FS4A 2V12C 7HVPA 4XX3A 2NNPA 1EC3A 4D89A 3EKWA 4ER1E 3EXOA 4Y47A 5BRYA 1HVIA 2VJ6A 4GJ9A 3R4BA 4OBDA 5P8DA 3TOHA 1ZP8A 1C70A 5I3WA 2WEAA 3CKTA 5DR1A 4EHCA 5OZIA 3KN0A 2G27A 2AZBA 5P2QA 3RSXA 1LYBB 1RNEA 1ZSFA 4RRNA 5P7BA 5P1BA 5P50A 2QHZA 3MSLA 1Q9PA 3KDCA 3LPKA 3UHLA 4KE1A 5P0QA 4Y39A 4NJSA 2RENA 1HPSA 1WBKA 5P5EA 3UFNA 4L7GA 3CICA 2QMGA 5P4TA 3SA9A 4J0TA 1GKTA 5P82A 2QI5A 3OU1A 2OHRA 1BV9A 4QJAA 2FXDA 5P39A 4PYVA 2XYFA 3D20A 3TPPA 4L6BA 5OZGA 4QJ6A 3T6IA 4RGHA 3KFPA 2AOEA 4Z2ZA 2ER7E 1NPVA 5OZLA 4Y5EA 5P5FA 1B5FA 2QNQA 1CZIE 3KT5A 5AHBA 4I0JA 5P05A 3NUJA 1MUIA 1BBSA 2AZ8A 3LZSA 2QI0A 1RL8A 4S1GA 5UPJA 3PCWA 3NXNA 3R0WA 5P7OA 5P85A 1W5YA 2NXLA 3VF3A 4D8CA 5KQYA 5DGUA 2ZDZA 3PVKA 3H0BA 1HVJA 3OU4A 5P55A 5P09A 2NMYA 2VIYA 5F00A 2PSGA 3TOGA 4J1FA 3MWSA 5KAOA 4J0YA 5KQFA 3L5EA 2FDEA 4QJ7A 1YX9A 5P3FA 4R5NA 2WJOA 3HBOA 1F34A 2FXEA 4JOOA 2R3TA 3PWWA 2RKGA 5EZXA 5P37A 6UPJA 2V11C 2QZLA 4Q1YA 5KOSA 2I4QA 3SO9A 4QLHA 3QAAA 4OC6A 1HTEA 1FKNA 2B8LA 3SLZA 3ZPUA 3RTMA 1FQ7A 1IBQA 2AOIA 1EBKC 5OZKA 4Y4TA 3VF7A 1OD1A 3VYDA 2O40A 4QJ8A 5IVTA 5P2XA 5P7NA 1HVKA 3VF5A 1A9MA 1B6JA 5P64A 1IIQA 5P0CA 5P76A 4B70A 1LF2A 4B0QA 4HLAA 5OZEA 5P0UA 3QP0A 1FQXA 5OZYA 5P1RA 2AQUA 5P2CA 4Y3LA 2BPYA 4DQEA 5DR0A 2FIVA 2Q3KA 3DCKA 1SDTA 5P2GA 5I3VA 3Q4BA 4OD9A 2FGUA 1U8GA 5P25A 5P4GA 4ACUA 5P2AA 2P3BB 1K2BA 3QRSA 5P7LA 5P8QA 3O9LB 4Y3XA 1K2CA 4WTUA 4Y3MA 4ZEAA 3SKGA 2AZ9A 1MPPA 5P8LA 3BVBA 4R8YA 3KF0A 3VUCA 4EXGA 3FNSA 1EPRE 2XFKA 1FFIC 5SXNA 5P72A 4Y4GA 5P2HA 5P31A 3K5DA 5P3HA 4BEKA 1E80E 2ZHVA 1APTE 4FRKA 1D4KA 1XL2A 2I4UA 3PB5A 1XN3A 5P6YA 2ZJMA 3WZ6A 2OHSA 4GJ6A 4J0ZA 5OZWA 1D4JA 1QDMA 4Y3GA 1LYWA 1FLHA 5P0EA 4ZLSA 5P5ZA 3TPJA 5P74A 4CP7A 5OZAA 1T6GA 3SQFA 3I7EA 4Y44A 2F8GA 5E5JA 3UFLA 1FEJC 2PH6A 1HPVA 4I0IA 5EZZA 2R9BA 5P0JA 3DM6A 5OZMA 3TPRA 4FIVA 3CMSA 1AJXA 3R2FA 4GJCA 4DI2A 2QCIA 4LC7A 3HD8A 1B6LA 1WKRA 1HIHA 3KMYA 1E82E 2FDPA 1EPOE 5HE7A 4FSEA 4OBFA 2WECA 3O9DA 5P8JA 3FIVA 4OBHA 4LP9A 3OTYA 2F3KA 2VNMA 5P79A 4DFGA 5P0RA 3HVGA 3B7VA 3EKPA 1GNOA 4N00A 2I0AA 1C6XA 1ZLFA 5COPA 3UDHA 2Z4OA 2AOFA 1T7JA 6APRE 1LYAB 2NR6A 5P8GA 3OQ7A 1HSHA 1AIDA 2VS2A 5P4PA 5HE5A 1W5XA 5JFUA 5P28A 5OYQA 3BHEA 4J1HA 2CENA 3M9FA 5P0MA 3ER3E 5P47A 5P4QA 2WF4A 2F80A 2FS4A 5P11A 5P2LA 5P6VA 4HDPA 3SM1A 5P5WA 1YT9A 5P0OA 4ZSPA 3ZPSA 5P8IA 3L5BA 4H3IA 3VV8A 5P75A 2NMZA 3JVWA 3L5CA 3I8WA 4PHVA 4Y5PA 5P2ZA 7UPJA 4I12A 2HS1A 4GZFA 4EXHA 4J17A 4K8SA 4B1CA 2B7ZA 3NDUA 4Y5CA 3S45A 3NYGA 3VYEA 1GVXA 2PWCA 3UDJA 3EL4A 4ACXA 5P32A 5P4YA 2QNPA 3AIDA 4IVSA 4GJ5A 2SAMA 3R1GB 2Q15A 1TSQA 5P6CA 5P2EA 5KR0A 5P45A 4D88A 2J9JB 2G1NA 3T11A 2UXZA 3SABA 5P1SA 2PYNA 2QD8A 3PSGA 2OHUA 5P1GA 5OZUA 5P8FA 2HB4A 2I4XA 2QZXA 5P7WA 4B1DA 5P2VA 1MT8A 2QI6A 4B72A 5P36A 4Y5GA 1K6CA 5P46A 5P3YA 3BGCA 3ST5A 3SA5A 4ZPFA 5CLMA 2BJUA 3OTSA 4RZ1A 5P5TA 5P0FA 2FNTA 4H1EA 5ER1E 5P06A 3VFAA 1APVE 1YTIA 3O9HA 1HEGE 3O9IA 4CPTA 5P5HA 5DQCA 2G21A 4KE0A 5P7IA 2H6TA 1G0VA 5P1NA 4LL3A 3EM6A 4GJ7A 4FLGA 4CPUA 2BPWA 5OYXA 5P7FA 5P6HA 3APRE 5P4SA 1TCXA 3LITA 3QVCA 4FM6A 3NDWA 4HZTA 3TTPA 2WF0A 2QZKA 4COEA 1PSNA 5P01A 3EL0A 3PBDA 4Y4WA 1ZSRA 4I0HA 2F3FA 1YM4A 3OY4A 4A6BA 3HW1A 2AOJA 4X2LA 4Y58A 5P12A 5P7AA 3HAWA 4J5JA 4I10A 5P19A 5P1XA 3RTHA 2B8VA 3SPKA 3PBZA 5AHCA 2AVMA 1IZHA 4TRYA 4Y5MA 5P61A 4GJAA 5P3WA 4LXAA 3SM2A 5P62A 3OAGB 5P3SA 4DJWA 3ZKSA 4Y53A 2WF2A 3Q70A 1RV7A 5P1TA 2FLEA 5P40A 3CKPA 3MSKA 5P0LA 1HSIA 4PZWA 4NJUA 3DUYA 2P8HA 4DJRA 1HIVA 1SIVA 5OZ7A 3WZ8A 5P8SA 4E43A 2HIZA 2XFIA 3KFRA 5P7JA 3VLAA 3MSJA 5P52A 3SKFA 5P38A 4AA8A 1TSUA 3CYWA 4OBZA 3OU1B 3S43A 4ZSQA 2Q63A 4CPWA 3DK1A 1FG6C 4F74A 1IZDA 4Y54A 4Y57A 5P03A 1GVUA 1QBUA 4Y4JA 5P3KA 5P49A 3GGXA 3NDTA 5BS4A 5P5KA 4NKKA 1RQ9A 2AZCA 5P4KA 4YOAA 2VJ9A 2OHQA 3SAAA 3TPLA 5AHAA 4NPUA 1SDVA 3UDNA 1ER8E 4K4PA 2XYEA 5COKA 5DQ2A 3FNUA 2JJIA 2RKFA 5AH9A 2V16C 1HTFA 1TZSA 2AVQA 5P7YA 5P10A 1Z8CA 5P0ZA 4I1CA 3UDYA 1B11A 1UH8A 3HDKA 3LNKA 5COOA 2QD6A 3OUDB 5HCTA 5P04A 1D4HA 3EKYA 4R93A 3OUBA 3PLLA 4D83A 4X7IA 4Y9WA 1IZIA 5P3DA 4Y5AA 4Y6MA 2FMBA 4ZPEA 2QNNA 3ZKNA 1HVSA 3UQWA 3LINA 3G70A 3QPJA 3URIA 3R0YA 4EQ0A 3O99A 5P2RA 1SIPA 4Y3YA 2JJJA 4HDBA 5P3EA 4FL8A 5P2BA 5P7MA 4GMIA 2VNNA 4F75A 4XX4A 4ER2E 5P5GA 3LZVA 4WY1A 5P81A 2ZJJA 3PWMA 2QU3A 3IXJA 5P5BA 2ER6E 5P8CA 2IRZA 3PRSA 1DP5A 3U71A 1PPKE 1GVTA 1FQ5A 3SA8A 5P7DA 2R5QA 3LIXA 3PGIA 3N3IA 1SMRA 5AH7A 3L5DA 5P8BA 1EAGA 1YTHA 4FM7A 1D4LA 1NPWA 2R8NA 4EQJA 5P1HA 5P5RA 3PLDA 3G72A 5P4JA 2ZHTA 1HTGA 5P3JA 1RPIA 4RRSA 5P6NA 2HM1A 1WBMA 3LIZA 3INDA 3Q5HA 3IVHA 5P1WA 1OHRA 5P0PA 4DQFA 4L1AB 5P42A 4K9HA 1BVGA 1FMBA 2ZHSA 4FSLA 4YA8A 2AVVA 1YTJA 2PWRA 4YDFA 4FAEA 2ER0E 2P83A 4LAPA 4A6CA 2NXDA 3PMYA 5HCOA 3VYFA 4WY6A 3TKWA 1QRPE 2Q55A 5P13A 4OBJA 4CPQA 5P5QA 1MTBA 1DAZC 4R91A 4A4QA 1UH9A 5KOQA 3DCRA 4DJPA 5P0BA 5P4IA 3VLBA 1FFFC 5P7SA 4DJQA 5P6MA 5OZ5A 2BQVA 2G1OA 3OWNA 1GVVA 5P84A 2I1AA 2QHCA 3TH9A 1MSNA 4CKUA 3A2OA 2Q5KA 3NU5A 3IVIA 4OBKA 1ODWA 5P41A 3K5CA 1META 1SH9A 5P0VA 5J25A 5P6UA 4RVXA 1GVWA 1AJVA 1T7IA 4YD5A 3LIVA 5P18A 2HPEA 3BGBA 5P1EA 3EKTA 3LZUA 3QIHA 3S54A 3O9CA 1E5OE 3N4LA 4DH6A 4RYGA 2WF1A 1FF0C 4B05A 2VA6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R92 A;  3CKR A;  3GGU A;  5OYT A;  4YCT A;  1FIV A;  1MIQ A;  1HII A;  5P1K A;  3IN4 A;  1XS7 D;  4L7H A;  1LEE A;  3FSM A;  4L1A A;  5P6K A;  3URL A;  5P0S A;  5DQ1 A;  3KMX A;  4JEC A;  4GB2 A;  4Y4X A;  4Y5B A;  1IZE A;  5P53 A;  2G20 A;  2PQZ A;  5P3X A;  4F73 A;  1APW E;  5P7V A;  2VA7 A;  2R38 A;  2BBB A;  4DVF A;  5OZ1 A;  5P4C A;  3EKQ A;  5P4H A;  2XFJ A;  5I3Y A;  4Y50 A;  1NPA A;  1HRN A;  1LF4 A;  3PMU A;  5P3R A;  2J9K A;  3EKX A;  4Y35 A;  3K5F A;  1W5V A;  3HAU A;  1PRO A;  1FQ6 A;  4Y3Q A;  5P58 A;  3QRO A;  4MC2 A;  1BV7 A;  2RSP A;  1BWA A;  3WB5 A;  3OU3 A;  1HOS A;  5P43 A;  2O4P A;  4LHH A;  1HTR B;  5P24 A;  5IS4 A;  5P71 A;  1GNM A;  4RCD A;  1MEU A;  4TRW A;  5P4W A;  3IGB A;  5P3L A;  3EL5 A;  3SA7 A;  1LF3 A;  3IXK A;  5P4B A;  4PZX A;  4MC1 A;  3UDR A;  3ZKG A;  1EPP E;  1G6L A;  3D1Y A;  2ZHU A;  4YHQ A;  3GI0 A;  2FNS A;  1QBS A;  1OEX A;  2I4V A;  5P8O A;  5P44 A;  5BWY A;  4BFB A;  5P3P A;  4CPX A;  4ZPG A;  3IXO A;  3B80 A;  1K1T A;  5OZV A;  1HHP A;  1W5W A;  1EED P;  5P5X A;  3S7M A;  3IN3 A;  5P4L A;  2WED A;  5P26 A;  3OAD A;  2EWY A;  1XN2 A;  3GW5 A;  5JG1 A;  1DIF A;  2P3C A;  4EJK A;  3QN8 A;  3F9Q A;  3MXD A;  1HVH A;  5P1J A;  1YM2 A;  1Z1H A;  2PYM A;  4Q5M A;  5B18 A;  4Y4A A;  2I0D A;  5OZD A;  5DPZ A;  2AOC A;  5P6Q A;  4Y5L A;  5P23 A;  2O4S A;  2A4F A;  4Y3H A;  5P70 A;  1DMP A;  5OZ3 A;  5P8R A;  1YG9 A;  4MC9 A;  5OZO A;  1G35 A;  4FRJ A;  3NU3 A;  5P4E A;  4TVG A;  5P0N A;  3O9E A;  5OZB A;  3K4V C;  5P60 A;  5P0K A;  5P3Z A;  3NUO A;  3KA2 A;  5P22 A;  5P2K A;  1K6P A;  1SP5 A;  3KFN A;  5P4O A;  4H3F A;  4OBZ B;  3S43 B;  3SFC A;  5P8K A;  2I4D A;  4YD6 A;  1ENT E;  3OQD A;  1HXW A;  3BUH A;  3L58 A;  5P2I A;  5OYS A;  1FMX A;  5P3B A;  1LYA A;  5P5J A;  3OQK A;  5SY3 A;  3HLO A;  3PHV A;  3PI5 A;  1IDA A;  1MT9 A;  1A8K A;  1EPQ E;  3FNT A;  1HBV A;  5APR E;  1K6V A;  5E5K A;  1W51 A;  4GID A;  5P8A A;  4AA9 A;  3OUC A;  1J71 A;  5P16 A;  2NNK A;  3OXX A;  4Y3D A;  3TOF A;  4J0P A;  1BIL A;  5HDU A;  5DGW A;  1LS5 A;  1SGZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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