1FFIC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ffiC00
3APPA 4L1AA 4B77A 4Y3NA 3NDUA 5OZXA 4YHQA 4GJDA 1LYAB 2ZJLA 4I11A 5P09A 4I0IA 5OZNA 3UFNA 1RPIA 5P19A 2B7FA 3CYWA 4H3FA 3SFCA 2QMGA 5ISJA 1AM5A 2I0DA 5OZZA 5P00A 3VEUA 2O40A 1FMXA 5P1SA 3RSXA 1C6ZA 4YD3A 2HPFA 4ZIPA 4J1KA 1KJGA 2WJOA 3IXJA 3L58A 1TQFA 3PLLA 4R95A 3PGIA 5SY2A 3LHGA 4DFGA 2ZJMA 5P6ZA 4MC2A 4ER4E 5P6JA 5P0SA 4DJYA 2I4VA 4GB2A 4Y50A 1DIFA 3G70A 3EL5A 2WL0A 1LYAA 3LIZA 5P8UA 3UTLA 2BPXA 5P8HA 3KT5A 3PHVA 3S56A 5P6UA 3SA4A 2IEOA 4GIDA 3VFAA 2RENA 1GNNA 2QZWA 4CPXA 3KFNA 3S2OA 1AVFA 5IVRA 2QZXA 5DR4A 1GNMA 4YD4A 3KF0A 3EKQA 1EPPE 4Y43A 4NJTA 4D83A 5OYRA 4NJVA 3VG1A 2NXDA 1BDQA 3D1YA 5P7IA 1SBGA 1HVKA 5P72A 3UDRA 5I3XA 5P8SA 3CYXA 5P0CA 3S43A 3CKRA 1QBUA 4HA5A 5AHAA 5DQCA 4FRSA 4Y36A 3APRE 3K5CA 3DCRA 2OHKA 2QD8A 2G94A 1META 1SP5A 2I1AA 5OYQA 4EP3A 3O9FA 1HTRB 1W5VA 4FM8A 3S45A 5P2KA 2I4XA 4A6CA 3PMYA 5P2ZA 3SM1A 5P2YA 1T6GA 5P7XA 4J1CA 5P47A 1BIMA 4N00A 5KQXA 3TKGA 5P5YA 2QHYA 2HB2A 5DQ1A 4Q5MA 5P6PA 3OUDA 1LZQA 2G1RA 1MTRA 1W6IA 3LZSA 4ZSRA 2ZJJA 5P0TA 4ZSPA 1HRNA 5P6OA 3SA9A 3NXEA 4I0DA 3VSXA 1MVPA 1MRWA 4Y5PA 2HAHA 5P55A 2WF2A 1QS8A 5P82A 3EKYA 5P5OA 3PRSA 4APEA 3PVKA 1M4HA 1FQ6A 3IGBA 1B6KA 5HE5A 1B6JA 4I12A 5TOLA 5P5PA 1QBRA 4R5NA 3BVBA 3LIYA 4RCFA 4OBKA 5P65A 3H0BA 1IVQA 2AIDA 3DV5A 2RKGA 5P0RA 3MXEA 3Q4BA 2RMPA 3OWNA 4Y3ZA 1D4HA 2O4KA 4EYRA 1ER8E 4K4RA 2JXRA 4D88A 2FNTA 4I0ZA 5OZKA 5P2JA 2OHQA 4YCYA 2VJ7A 3DCKA 2PSUA 4RVIA 3T7XA 3RTNA 3EL0A 1KJ7A 3A2OA 2IQGA 1NSOA 3FV3A 5P7HA 1RNEA 3VF7A 3UQWA 2PK5A 3U7SA 4RROA 4Y3YA 5OYSA 5KQZA 3UQXA 3Q5HA 2WF3A 2QK5A 1FQ4A 1HIHA 3DK1A 5OZ1A 3NUJA 5AH8A 5P7WA 4DPFA 2V12C 3OQ7A 3VV8A 2ZHVA 3DUYA 4EP2A 4MC6A 5P8JA 3KYRA 3ECGA 2Z4OA 3HAWA 1T6EX 5P5LA 5P75A 4Y3FA 2PMAA 5P0EA 5I3VA 3TH9A 1QDMA 1NPAA 4B0QA 3KFRA 4K4QA 1PPKE 1D4SA 1K2BA 1KJHA 1GVXA 5CLMA 1IIQA 5P02A 1G0VA 5HDXA 2OHRA 2QI6A 4OD9A 1TSUA 3SQFA 1PSAA 2HC0A 3VF3A 1XE6A 4TRWA 4FGXA 5OZBA 2B42A 4PPHA 1MIQA 3LIVA 5P1VA 3S7LA 2OHSA 2O4NA 4JOOA 4Y51A 5P4OA 2V00A 4OBDA 5P7JA 5HTZA 1PFZA 2H6SA 3SPKA 3OGPA 2QCIA 4Q1WA 2WHHA 3L59A 5HD0A 5P5MA 5DR1A 2Q64A 4ER2E 2QZLA 5ENMA 4Y57A 5HVPA 3L3AA 4I0GA 3UDHA 3WB5A 3H5BA 2BQVA 1Q9PA 5P3DA 5JG1A 4CPTA 5OYZA 5P73A 4J5JA 4GJCA 2AOEA 3QBHA 5J25A 1G6LA 3NR6A 5P1KA 5P4LA 3OAGA 3SKFA 3PM4A 1YTJA 2QAKA 5HCTA 6UPJA 4GJ6A 1YX9A 5P0VA 3O99A 1UH9A 4ACUA 3INDA 4YBIA 3K5DA 2I4UA 5P8IA 2BBBA 5P7MA 4Y38A 5OYWA 1YG9A 5P4MA 4JP9A 5KAOA 4CP7A 4IVSA 2AVOA 1SDUA 4Y5GA 2WF1A 4RVJA 4Y9WA 3I6OA 4Y41A 4LXAA 5P04A 5OZSA 4EXGA 5P5WA 1FKNA 1W5YA 5P24A 3ZKXA 5P3IA 5P6HA 5P1PA 4H3JA 1CPIA 2PWCA 3SM2A 2R8NA 3NXNA 2FDPA 4Y3MA 1UH7A 4ZSMA 2BPZA 4Z4XA 3FKTA 5P2XA 3EC0A 5P74A 3EL9A 5P40A 4FM6A 4I0HA 5EZZA 4LP9A 5COOA 3L5CA 2IKUA 5OZYA 4Y56A 1D4JA 2NMZA 5P8KA 4ZLSA 3SA5A 5P7AA 1BWAA 4XKXA 5P6DA 2WEZA 2JJIA 2FGVA 4DJOA 5P8MA 1YM4A 1FFIC 5P0WA 4AA8A 3I8WA 1AZ5A 3NU4A 4M8YA 5SXNA 3O9LA 5P0DA 5OZ6A 2ASIA 4FLGA 2QNPA 5P7VA 4WY1A 3ZKGA 5PEPA 3ZKMA 1ZBGA 4D85A 5OZ5A 1ZAPA 4LXKA 1MPPA 2QNQA 3MSJA 3OHHA 4I8WA 3OGQA 2HPEA 3IN4A 5BWYA 5P6EA 1ZLFA 3INHA 5P7FA 3UPJA 1HTFA 3VYEA 4ZPFA 3CKPA 5EZXA 3FSMA 3NU3A 3NU9A 5P54A 2HS2A 4M8XA 5P4JA 5P8EA 2R3TA 3UF3A 5P20A 3MWSA 1BWBA 3LZUA 4R8YA 2B7ZA 4Y44A 1IVPA 1HPSA 2QI4A 1DPJA 2XYFA 5OZMA 1EPME 2V13A 2FLEA 5C9DA 5P2OA 1HSGA 5OZ8A 2QI5A 4GJ8A 3S53A 5P2LA 5P1JA 5OYVA 1A9MA 4OBZB 4RYCA 3NDWA 2QHCA 2CENA 3VFBA 3URJA 4Y5LA 4JPCA 1APUE 3KDCA 1FGCC 3O9EA 1YTIA 1LV1A 4HZTA 2G1NA 5P59A 1GVVA 4F73A 1HEGE 2FXDA 5P1OA 1XE5A 5P28A 4Y4BA 2VNMA 5OZLA 4Y3LA 4L1AB 3KDDA 3K1WA 5P30A 5P5RA 3OOTA 4CPUA 5P4BA 4L7GA 4HDBA 3LZVA 1XN2A 3EM3A 2QI1A 4NKKA 2FXEA 1FQ7A 1ME6A 5P42A 3UCBA 3PSYA 3QIHA 5P5CA 1BDLA 4DJRA 2NNPA 4YCTA 1B6LA 5P2VA 4RRSA 2RKFA 5P1WA 2AVVA 4QJAA 3VSWA 5P5HA 3ZKSA 4TRZA 2BPYA 4FRKA 5P3CA 5OYTA 3VUCA 3OUBA 5P6BA 1HVLA 1MT8A 2IRZA 2OF0A 3OTYA 5P07A 5P67A 1AAQA 5P11A 5OYXA 2QHZA 2HB4A 3PB5A 4Y4WA 5P5UA 5P1HA 5P0JA 5P3EA 3JVWA 2XFJA 5P5XA 1MTBA 2A4FA 1FG6C 2XFKA 2IS0A 2VIEA 5P4GA 1APTE 3URLA 3UDYA 2VIJA 1IZIA 3BXRA 4RGHA 4Y4ZA 3TPLA 1CZIE 1ODYA 5IVSA 2O4PA 3EM4A 3O9GA 5E5KA 5P51A 4JECA 4H3GA 1K6CA 3Q3TA 5P2AA 2NXMA 5P69A 4I0FA 5KQYA 5P3FA 4Y3HA 1T3RA 5KOSA 1AJXA 3KT2A 3S8IA 4BEKA 1FF0C 3RSVA 2UXZA 1HPOA 5P68A 2FGUA 3S43B 4GJAA 1T7IA 5P8AA 1Z8CA 2EWYA 4Y3QA 3SLZA 5BS4A 3PBZA 3QRVA 1NH0A 5HCOA 5DQ4A 5OZOA 3G72A 3RVIA 1DAZC 5P3BA 2IDWA 5P58A 5P10A 4GMIA 2ZHSA 1IZHA 5CONA 1HIVA 3SABA 3OK9A 5P0MA 4QJ7A 5JFUA 4TVHA 4Q1XA 4XX3A 2VIZA 4DH6A 4Y3EA 4L7HA 3WB4A 3OUDB 4U7VA 2B8LA 3EKWA 5P5DA 1PPME 5P6XA 3HVGA 4Y35A 4EJ8A 5ER2E 4GZFA 3O9DA 3SA7A 4DJUA 5DGWA 1DW6C 2R5PA 5P0ZA 5P53A 5P4HA 2OAHA 4H1EA 1VIJA 2V16C 4Y4EA 4KB9A 2R9BA 5P3KA 1KZKA 5SZ9A 4I1CA 3NWXA 5HU0A 1MT7A 5P50A 4Y45A 1MRXA 2P83A 5P2DA 3O9HA 5P6KA 1LYBA 3ZKNA 1FLHA 3BGCA 3OU1A 1OD1A 1HVSA 2BB9A 3OXWA 4PYVA 4J55A 5P05A 1XDHA 1SIVA 4DQBA 1K6PA 4ZPGA 5P56A 4FCOA 5P80A 3Q6YA 2QI3A 3FNUA 4DV9A 5P3YA 1W50A 5P7KA 3EM6A 3GGXA 1HVHA 5P66A 5P4UA 1E82E 5ENKA 1EBZA 2V0ZC 2I4DA 5P2RA 5HE4A 5IVQA 5OZ2A 3NU6A 3ZPUA 3QROA 5DPZA 5P5JA 3ST5A 4KUPA 1LF3A 1PROA 2UPJA 3KMXA 2QMFA 2ZHTA 1BVGA 1ZTZA 1XL5A 2ZDZA 2VJ9A 5P7QA 2AVSA 4J17A 5P6NA 5IS4A 1EPLE 4D8CA 5P77A 4FRIA 5P4KA 3OHFA 5P06A 5KOQA 4RZ1A 5P18A 2ER9E 1MT9A 5P1AA 3OQDA 5P12A 2BPWA 5P2MA 1BV7A 2AODA 4AA9A 5P36A 1HVRA 4OC6A 1W5XA 3BVAA 1ZJ7A 2OHMA 3PI5A 5P52A 3D3TA 4EQ0A 2A1EA 4DJVA 1QBSA 3QRMA 1HSIA 1IDAA 2VIYA 1YTHA 3L5DA 9HVPA 2F80A 3OXXA 5P6AA 4J54A 4KE1A 3O9BA 1OHRA 5P3XA 5P46A 2AZBA 5P1LA 3QVIA 4DJPA 1MEUA 4OD9B 5P01A 2PYMA 1AIDA 5P4PA 3MSLA 4FRJA 1EPQE 3CMSA 3T7PA 5OZVA 1ENTE 3VCMA 3HAUA 4EWOA 3GW5A 3TOFA 1SMRA 3FIVA 5ER1E 1ZP8A 5UPJA 5HDVA 5P3HA 2ZGAA 4DVFA 2BKTA 4Y3XA 2IL2A 4GYEA 5P14A 3TL9A 5P5QA 3WZ7A 5P2GA 3HD8A 1M43A 4LXMA 1LEEA 5P35A 5P0BA 2J9KA 1T7JA 1HIIA 5P70A 5P34A 1N49A 4RLDA 3PWRA 5P43A 5P4EA 2MIPA 4ZE6A 5AH6A 3UDMA 5P31A 3NU5A 3OAGB 5AH7A 1BV9A 4PHVA 3ZKQA 2VA5A 5P8BA 4Y54A 4EHCA 1BBSA 1TCXA 3CKTA 1FQ5A 3KFPA 2IGXA 4J0PA 3JW2A 1HVJA 3Q70A 5P4NA 3TNEA 2H6TA 7HVPA 4Y58A 1IBQA 5P2EA 1SGUA 2G1SA 5P8OA 5P4SA 5P17A 4D89A 3EL1A 3ER3E 2CEJA 5P23A 2V10C 5P79A 4DQFA 4WTUA 2FMBA 3GI4A 1VIKA 4AMTA 5OZFA 3URIA 3QPJA 4OBHA 1LYWA 3RU1A 3PSUA 5P5NA 3N3IA 2G21A 4DQCA 5P4CA 2G22A 1HXWA 2OHTA 4DQEA 4Y5BA 3CICA 5P7ZA 5P78A 2PK6A 3HLOA 2WEAA 3OUAA 5P1QA 2VKMA 3IA9A 1SH9A 2OHNA 3QRSA 3VLAA 2HS1A 5OZRA 3O9CA 2HM1A 4LAPA 4B1DA 5P1IA 1KJ4A 2FIVA 5P86A 4J1IA 1UPJA 1NPWA 4Y5CA 4K9HA 5P83A 4Y4JA 2AVMA 4Y47A 3O9LB 4YDGA 2APRA 3BC4A 3QI1A 4R93A 1HPVA 4FIVA 4YCKA 3AUPA 3UFLA 3OQKA 2AZ8A 5P0NA 1FG8C 5P1TA 2VS2A 3UDNA 5P7CA 2WEBA 2G1YA 3NWQA 3SA3A 5I70A 5P62A 5P0QA 3R1GB 1RQ9A 5P1MA 2QMPA 3HDKA 4DJXA 4Y48A 5P1CA 4Y4AA 5P4DA 8HVPA 1YT9A 1APWE 4LC7A 3UDQA 4YBFA 4COEA 3BUGA 4E43A 4OBGA 5P38A 5P6YA 5P3PA 1RL8A 5OZIA 5AHCA 5OZ4A 5P0FA 4EPJA 3NYGA 3L5BA 1QRPE 5P8CA 2F3FA 3B7VA 1FMUA 3GGUA 1GVTA 1ZSRA 3TLHA 2ANLA 2PWRA 3IAWA 3LIXA 5P71A 5P2UA 1MSNA 5JFPA 4HLAA 4OBJA 5P76A 4FAEA 1D4LA 3D1XA 2BJUA 3K4VC 2NTRA 1EPOE 3OY4A 5P2SA 1EAGA 5KR0A 1ZPKA 2F3KA 5P22A 4FM7A 4CPRA 3MXDA 5P8DA 3I25A 1B6MA 3OQFA 5IE1A 3GGAA 4I10A 5OZQA 3S7MA 3PJ6A 4ER1E 2O4LA 3F9QA 5P8LA 1IZDA 2SAMA 1EC1A 4B78A 4Y53A 4AUCA 5P6IA 5B18A 3CIDA 2ZJNA 3KA2A 4FS4A 5P63A 1M0BA 5P3RA 1XN3A 5P0HA 4Y37A 1TW7A 3JVYA 4YD5A 4EXHA 5P44A 4Y6MA 4L7JA 2PSVA 5COKA 2IKOA 1BXOA 2NPHA 5P3NA 2Q11A 1HPXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3APP A;  4L1A A;  4B77 A;  4Y3N A;  3NDU A;  5OZX A;  4YHQ A;  4GJD A;  1LYA B;  2ZJL A;  4I11 A;  5P09 A;  4I0I A;  5OZN A;  3UFN A;  1RPI A;  5P19 A;  2B7F A;  3CYW A;  4H3F A;  3SFC A;  2QMG A;  5ISJ A;  1AM5 A;  2I0D A;  5OZZ A;  5P00 A;  3VEU A;  2O40 A;  1FMX A;  5P1S A;  3RSX A;  1C6Z A;  4YD3 A;  2HPF A;  4ZIP A;  4J1K A;  1KJG A;  2WJO A;  3IXJ A;  3L58 A;  1TQF A;  3PLL A;  4R95 A;  3PGI A;  5SY2 A;  3LHG A;  4DFG A;  2ZJM A;  5P6Z A;  4MC2 A;  4ER4 E;  5P6J A;  5P0S A;  4DJY A;  2I4V A;  4GB2 A;  4Y50 A;  1DIF A;  3G70 A;  3EL5 A;  2WL0 A;  1LYA A;  3LIZ A;  5P8U A;  3UTL A;  2BPX A;  5P8H A;  3KT5 A;  3PHV A;  3S56 A;  5P6U A;  3SA4 A;  2IEO A;  4GID A;  3VFA A;  2REN A;  1GNN A;  2QZW A;  4CPX A;  3KFN A;  3S2O A;  1AVF A;  5IVR A;  2QZX A;  5DR4 A;  1GNM A;  4YD4 A;  3KF0 A;  3EKQ A;  1EPP E;  4Y43 A;  4NJT A;  4D83 A;  5OYR A;  4NJV A;  3VG1 A;  2NXD A;  1BDQ A;  3D1Y A;  5P7I A;  1SBG A;  1HVK A;  5P72 A;  3UDR A;  5I3X A;  5P8S A;  3CYX A;  5P0C A;  3S43 A;  3CKR A;  1QBU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2AOI A;  5P32 A;  5I3Y A;  3BUH A;  1E80 E;  3TKW A;  1D4I A;  5P6M A;  4K4P A;  4DJQ A;  5P0X A;  3NSH A;  1EC2 A;  2ZHR A;  5P6F A;  3O9A A;  5P45 A;  3SKG A;  1HWR A;  5P27 A;  3B80 A;  1WBM A;  4J0V A;  3GGV A;  3RTM A;  5P1F A;  5OYU A;  5AHB A;  5OZ0 A;  3LIQ A;  2OHU A;  4H3I A;  1EPR E;  1RV7 A;  5P3A A;  1MER A;  2ZE1 A;  2ZYE A;  3OQA A;  4B00 A;  3INE A;  4FE6 A;  1ZSF A;  3RTH A;  4YOB A;  2P4J A;  5P4T A;  2BKS A;  5P5A A;  3VF5 A;  3BGB A;  5P26 A;  3PEP A;  5APR E;  4BFB A;  2OHL A;  3D1Z A;  1D4K A;  3PWW A;  3LNK A;  4CPQ A;  5P0K A;  4NJU A;  3S85 A;  4TRY A;  1PPL E;  4B72 A;  3S54 A;  3PLD A;  2IGY A;  2ER7 E;  5P5G A;  5HU1 A;  4U7Q A;  3T11 A;  1LF4 A;  2RSP A;  5P41 A;  4U8W A;  3KM4 A;  3WZ8 A;  3OOZ A;  2OHP A;  5F01 A;  4R91 A;  4L6B A;  5DQ2 A;  5OZG A;  5P48 A;  2PH6 A;  2P3C A;  2WF4 A;  2CEM A;  5P6V A;  3SO9 A;  2AZ9 A;  2XYE A;  5P03 A;  4HDF A;  1LYB B;  4Y5N A;  3LZY A;  5P2H A;  3WZ6 A;  3U71 A;  1XL2 A;  5P1B A;  2NNK A;  5P0A A;  1ZPA A;  4QLH A;  1G35 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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