1FKNA

Structure of beta-secretase complexed with inhibitor
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
391
structure length
391
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords MEMAPSIN 2
publication title Structure of the protease domain of memapsin 2 (beta-secretase) complexed with inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 391
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2000-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fknA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fknA02
4DQBA 5P1VA 3VFBA 3FNUA 4Y3LA 5P4TA 5P61A 2IRZA 5P4CA 4Y5CA 2Z4OA 1APVE 1SBGA 3BXSA 3GGUA 1BIMA 1WBMA 5OYUA 5OZDA 2ZJIA 2QP8A 3EMYA 3FX5A 3NXNA 4Y57A 3NU6A 3RVIA 3L5CA 4DFGA 5P02A 1NSOA 4CPUA 5P5YA 1LV1A 3CYWA 4RYCA 4EJLA 4Y5AA 4LXMA 5DGUA 3GI5A 4Z4XA 5P7UA 4LAPA 5C9BA 4I8ZA 5P07A 3LPKA 3URLA 4F74A 4FM7A 3VV7A 5P5PA 1SIVA 5P5FA 2VJ6A 1AJXA 1FIVA 4YD6A 4DJVA 4TRYA 3KMXA 1HRNA 5DQ5A 1EC0A 5P1SA 4OBDA 3WZ8A 4X2LA 2AODA 4Y3PA 5DR3A 2F8GA 4I11A 2FGVA 4AMTA 2XFIA 1BXOA 5HU1A 1HVKA 4DPIA 5P0XA 1SMRA 1HSIA 5P5HA 3VCMA 3VUCA 2I0AA 5DR1A 1Q9PA 3EL1A 3O9DA 5P0EA 1APWE 3IA9A 3NYGA 5OZUA 3UQWA 4AUCA 2G69A 5P6IA 4FSLA 4APEA 5P3QA 4XX4A 3TPJA 1ZLFA 5P64A 5I3WA 2G1RA 5P8GA 3EKPA 5P8CA 1VIKA 4Y4GA 5P35A 1K2BA 4B1DA 3UHLA 5P6XA 1T7IA 2ZGAA 5P4YA 4Y5KA 3NUJA 3RU1A 3D3TA 1MUIA 4Y5BA 5P7BA 5E5JA 5P6QA 1YTHA 1YTIA 5P45A 4I1CA 1MPPA 1ODXA 1Z1RA 5OZAA 2RKFA 4Y35A 4TRZA 1TW7A 1IZDA 3BC4A 4LHHA 4QJ2A 4ACUA 2R9BA 5P4WA 3S43A 4Q5MA 4OC6A 3QI1A 4Y5GA 3R1GB 1HPVA 5P8FA 1MERA 3HD8A 5P0LA 3NR6A 5OZMA 4D88A 4DQHA 3HVPA 5AHCA 2F80A 5P7FA 4EXHA 3KF0A 4YOAA 4GJAA 5P3BA 5OZSA 5OZNA 3UQRA 8HVPA 5OZ2A 3T3CA 1FB7A 4JPEA 2RKGA 2QI0A 4L7JA 4NJUA 3ZKIA 1A8GA 2FXEA 7HVPA 2FXDA 2I4DA 4Y4BA 5OZOA 5HE5A 5P4JA 4LBTA 5OYVA 2IS0A 3HDKA 3CIBA 4EJKA 5P4KA 5BS4A 3OU4B 2WL0A 5P3HA 2QD6A 4MC2A 4NKKA 4JOOA 1HTGA 1TCWA 4Y3SA 1AM5A 1W6HA 4U8WA 6FIVA 5P1IA 5OYQA 1EEDP 2QU2A 2QMGA 5P1DA 5P5TA 4EQ0A 1ZPKA 1D4SA 1GNMA 3BVBA 1K1TA 2OHQA 4I8WA 1AZ5A 2FDPA 5DGWA 3WB4A 3LNKA 1KZKA 2IDWA 4RZ1A 3OUCA 1JLDA 4GYEA 5P5DA 2ZHUA 4CPTA 5P5RA 3VV8A 3EL4A 5P7HA 5P5QA 2FGUA 2BQVA 3HW1A 5P5LA 5P29A 3OY4A 4LC7A 5P3VA 1YG9A 1QBSA 2QNPA 5P42A 2IQGA 5P6UA 5P40A 2AZ8A 2G1NA 1SIPA 5P5CA 4CP7A 1A9MA 5P3KA 5P37A 3PBDA 3ZMGA 1IDAA 5P1TA 3OADA 1E5OE 4J1HA 2FS4A 2XFKA 5E5KA 3H0BA 2NTRA 5P5VA 3HLOA 4X7IA 5P7EA 5P12A 3UDPA 4Y4TA 1HVRA 2G20A 2BPWA 3OQDA 3SLZA 5P2YA 5P7XA 5KOQA 3DM6A 2NPHA 3APRE 1B5FA 3ER3E 1IVQA 2B42A 5P84A 3UDRA 3LZVA 2O4LA 4Y53A 2F3KA 4Y51A 3INEA 5P38A 3UTLA 3VF7A 1J71A 4DUSA 4L1AB 1UH7A 4J1IA 5P11A 2AQUA 3PHVA 5OZEA 3UF3A 2J9JA 4I10A 4Y3YA 4Y3DA 4L7HA 3EKQA 3RTMA 2PMAA 4HZTA 1HXBA 1LYWB 5P7DA 4FS4A 3HZCA 2WJOA 3PMYA 3DV5A 2IGYA 1B6PA 2JYSA 4GIDA 2QHCA 1IZHA 2QNNA 4DI2A 5P39A 5P46A 5F00A 2NMZA 4RGHA 3OXXA 3WB5A 3EM3A 1YTGA 5OYRA 4D83A 3KDCA 5AH9A 4FAEA 5P66A 4OBGA 5P2NA 1HPXA 4EWOA 3QPJA 5OZZA 1HVSA 2PSVA 5P3IA 4AA9A 4PYVA 3SA8A 3KDBA 3K4VC 4JECA 5AGZA 9HVPA 2PYMA 1FGCC 1MSMA 5HVPA 4FCOA 2J9KA 1NPAA 1QBUA 3OGQA 3IAWA 1D4HA 3O9EA 2WEAA 5P0BA 5P8JA 5P6GA 2ZDZA 4EJ8A 3I2LA 5P85A 3B80A 5P48A 1XN3A 1MT9A 4DV9A 1W5XA 1HTFA 1WKRA 3LPIA 4Q1XA 4R92A 4CPSA 5P73A 1BAIA 4J1CA 4B05A 4FL8A 3BUFA 2HB3A 2VJ7A 1HIHA 4J5JA 3OAGB 3HBOA 1FQ7A 5P6FA 4Y5MA 4D89A 1ODYA 4EP3A 2OHPA 1W50A 3Q3TA 5DQ2A 3Q6YA 4I0EA 4Y3GA 3TOHA 4YD7A 2IGXA 4J0VA 3O9IA 3EKWA 3WZ6A 3GGXA 2PK6A 3URJA 2WF0A 4Y41A 1EC2A 1G6LA 3L5FA 2O4NA 3OUBA 5DR8A 5P5WA 4I12A 1SGZA 2AVMA 5OZ3A 4J0PA 5P7ZA 1MT7A 3OHFA 5P0NA 4COEA 5OZKA 1FQ5A 1LYBA 4Y3TA 2B8LA 4WTUA 5P4MA 2PH6A 1IIQA 3T7PA 5COPA 5P8OA 1F7AA 1OEWA 1RQ9A 1ENTE 3I8WA 5P5GA 4HA5A 5HDVA 4TVGA 5P10A 5P6BA 3RSXA 2VIYA 5P2DA 5P0DA 4B1EA 4XX3A 2OF0A 3OXCA 1NH0A 2QU3A 5P4ZA 3CIDA 4OD9A 1NPWA 5P41A 2HAHA 3MSKA 1BBSA 4GJ8A 2PSGA 4B72A 3NU5A 1ZJ7A 5KQZA 2NNPA 2PH8A 1SP5A 4NJVA 2BPVA 1PFZA 3A2OA 4Y50A 3VYEA 2XYFA 2OHRA 4GJ5A 2VJ9A 2OHUA 5P87A 3JVYA 5P2BA 2HS2A 3EC0A 5P0PA 1OEXA 4LL3A 3EBZA 3S2OA 3PMUA 2AZBA 5P7YA 3S85A 3LZSA 3QAAA 5P09A 5P03A 2ER6E 1LYAB 2HIZA 3UPJA 3PRSA 3S54A 4YOBA 4A4QA 2F3FA 5OZ9A 3ST5A 5P8AA 3OXWA 5APRE 3DJKA 1EPNE 2VNNA 1K2CA 5P77A 1KJ4A 1ZPAA 2IENA 1MIQA 1KJ7A 2NXDA 3BGBA 3Q4BA 4DVFA 3O9FA 3L3AA 1MVPA 3IXOA 3OU1A 1QS8A 1T6EX 4ACXA 4DJPA 3BHEA 1APTE 3N4LA 4PHVA 5P8DA 3QVCA 3ZKXA 3GGVA 3SA3A 5J25A 1HVCA 5P1BA 3C9XA 4L7GA 3HAWA 5OZVA 5P34A 1BVGA 5OZGA 1HPOA 1MRWA 3PSYA 3CMSA 1MESA 5P1AA 3FNSA 4JP9A 5P3GA 3VLBA 4GJ6A 5P4VA 1ZBGA 5P0AA 3SKFA 5HE4A 5OZJA 2QI3A 5OZ0A 5P0IA 5P30A 2RSPA 1BVEA 1EPQE 4HDFA 5OZ4A 3PGIA 4CPQA 2Q15A 4RCDA 1XE5A 4L6BA 1D4JA 2VNMA 2JE4A 1EPLE 5P1EA 1UH8A 1T3RA 5P74A 5P63A 5P59A 2AVSA 5HD0A 3SM1A 4DJWA 3LIVA 4JPCA 5OZLA 3FIVA 2B7ZA 2V11C 5BWYA 5HCOA 4EQJA 2ZJLA 2QHZA 5HCTA 3KT5A 5P3YA 2NXLA 3URIA 1FMXA 5B18A 4IVSA 1MTBA 2ER0E 3NDUA 4HEGA 5ENMA 2P3AA 2ZE1A 4Y6MA 3SPKA 5P7AA 1MRXA 1D4KA 2VA6A 3FSMA 3NLSA 5I3YA 5P4OA 5P5JA 1GVXA 2WECA 1FFFC 5JFUA 5P80A 1DP5A 4NPUA 3LIXA 3I6OA 5P57A 5P76A 5P0RA 2CENA 4HE9A 3TLHA 2QAKA 4DJYA 5P17A 3ZPUA 3ZLQA 2XYEA 1OHRA 5P05A 5P4HA 4BEKA 1BV7A 4Y3HA 2FLEA 4Y3AA 1YM2A 5P7OA 3EL0A 3K5GA 5P2VA 3M9FA 4YD5A 5P32A 2MIPA 4ZSPA 2PK5A 2Q3KA 5P1LA 5P53A 3L5BA 5P49A 2EWYA 3INFA 2XFJA 2G94A 5P3ZA 5P8LA 4DJUA 2F3EA 5P3FA 4H3IA 2WF2A 4I0HA 2IL2A 4F75A 5P1WA 5P3AA 3OUDA 4CPWA 2VKMA 5P04A 5P7SA 2R3TA 1PPLE 3QRVA 1GNNA 3EM6A 3PVKA 5OZ7A 5P3UA 7UPJA 3GI4A 4Y44A 1AVFA 2FMBA 1D4LA 1EPOE 1U8GA 3SA6A 3KFSA 2ZHRA 3VEUA 4D85A 3UDQA 3NU3A 3S43B 4OC6B 1A30A 3TKGA 4Z2ZA 1ZP8A 1IZIA 5P47A 1YM4A 1K6CA 2AVOA 5HE7A 5P5AA 1FQXA 2OHSA 4KE1A 3G70A 4Y4AA 5P6JA 4NJTA 4GJCA 4MC6A 5P7PA 4Y4WA 4YHQA 4Y37A 5P43A 1LZQA 4RVIA 5P58A 5P31A 3INDA 5P2WA 5P4BA 5AHBA 1K1UA 2BB9A 3DK1A 2BPXA 4CMSA 5P0KA 1W5VA 5OZXA 4KUPA 4B78A 1A8KA 2FIVA 3RTNA 1D4IA 2QZXA 2I4WA 5P5IA 3T11A 1ZSFA 3VSWA 4WY6A 3UDJA 1FMBA 1HPSA 1QRPE 5P82A 2Q11A 4A6BA 5P1HA 4BFBA 2ZJKA 3SAAA 4EYRA 5P6SA 4Q1WA 5OZ1A 4BELA 2WHHA 3I25A 4RYGA 4R5NA 4UPJA 5P23A 3OTSA 4S1GA 4M8YA 2UPJA 1LS5A 4I0ZA 2G26A 4Z22A 2QD7A 5P7JA 5P2CA 1ZAPA 4DQCA 3FV3A 2V00A 3OGPA 1XN2A 5P67A 4Y38A 4MC9A 2AIDA 2AOIA 4YD4A 3OADB 5P1FA 5P3JA 2AOEA 4N00A 2A4FA 4MC1A 5P4EA 5OYZA 3CICA 5P2LA 2R43A 2CEMA 1SDUA 2H6TA 4FRIA 3UQUA 1C6YA 1GVUA 1IVPA 5P0MA 4AA8A 1EBZA 4OBZA 4QGIA 3CKPA 5OZWA 4YD3A 3IN3A 2VA7A 5P0JA 4H3FA 1B5FB 5P16A 5P14A 3S53A 5P00A 3BRAA 4FRKA 1FG6C 2G21A 5P44A 5P4LA 2V16C 5OZHA 5P69A 3NXEA 5P5OA 4K8SA 5OZIA 3OQFA 1PSAA 2Q5KA 5OYSA 5P7QA 2FDDA 3HVGA 3O9LA 1LF2A 5P5UA 5P6TA 4Y4DA 3VG1A 3L58A 4Y54A 1C70A 1HVIA 3KFRA 5P54A 2UY0A 3B7VA 2I4XA 3WZ7A 2J9JB 5T4SA 1PROA 1FQ8A 1W6IA 4HDPA 2WKZA 3EKXA 1BXQA 1BDRA 5P01A 5P6DA 2HS1A 3GI0A 5P7GA 2R5PA 2R5QA 4Y45A 5P0SA 3U71A 1HEFE 2O40A 3PM4A 5P1GA 5ISJA 4F73A 1LYWA 2ASIA 4QJ9A 1QDMA 1KJGA 5P2GA 1PSOE 1XE6A 3QS1A 3LIZA 5OZPA 3T7QA 2P3BA 5P5BA 3DUYA 5P8QA 4FRSA 2Q55A 3TPLA 2BJUA 2WF4A 2AOJA 5P5KA 5AH8A 3VFAA 5IVRA 1G35A 5P4SA 3QVIA 5P0HA 1BWBA 4RRSA 1EPME 1DW6C 4RVXA 1B6MA 3FNTA 5P3DA 2G22A 5P25A 1ME6A 3PWMA 3SM2A 1FMUA 2QI7A 5P2FA 4K4QA 3DV1A 3BXRA 4YDFA 4EJDA 4I0GA 4NJSA 1WBKA 5KR8A 5P6EA 3TOFA 4A6CA 1HEGE 2Q63A 4ZEAA 3GI6A 2QCIA 3NDXA 5P3TA 2OAHA 2OHLA 1EC3A 5P5EA 5P56A 4YBIA 5OZTA 4FM6A 4Y3FA 4K4RA 3D1XA 3OXVA 4WY1A 1TSUA 1B11A 2QZKA 4ER2E 5DR4A 3UDYA 1DIFA 2HM1A 1GNOA 3BVAA 5P2AA 2IKOA 3G72A 3L59A 3ZKSA 4DPFA 3BUHA 2VS2A 3ECGA 6UPJA 3KN0A 5OZCA 3ZKQA 4DQGA 4B1CA 3VLAA 2BPYA 4FRJA 2VIEA 1YT9A 2HPFA 2V12C 1HBVA 5OZ6A 3ER5E 1IZEA 2BPZA 3NU9A 1FF0C 5IE1A 5P1RA 1ODWA 4ZE6A 3KFNA 3IVIA 2BKSA 5P7KA 3ZKMA 5P2OA 1UH9A 4FLGA 2G24A 5P3WA 3R0WA 5P26A 5KR0A 4J54A 1HSHA 4ZSMA 2B60A 5P4GA 2NNKA 4H1EA 5KR1A 5IVTA 2QHYA 5P7LA 5HDUA 5P6MA 4Y3QA 4OD9B 5P2MA 4QJAA 4R95A 4LXKA 4KB9A 5P1JA 1BV9A 4Y3JA 1HXWA 3SFCA 5P5ZA 2PSUA 5P8HA 5KQXA 3G6ZA 3SA7A 3TOGA 2ER9E 1DPJA 3ZPTA 5HU0A 3PJ6A 5P28A 3PI5A 2QI5A 3MXDA 4OBJA 5P6CA 5P8SA 1IBQA 5COKA 1HSGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DQB A;  5P1V A;  3VFB A;  3FNU A;  4Y3L A;  5P4T A;  5P61 A;  2IRZ A;  5P4C A;  4Y5C A;  2Z4O A;  1APV E;  1SBG A;  3BXS A;  3GGU A;  1BIM A;  1WBM A;  5OYU A;  5OZD A;  2ZJI A;  2QP8 A;  3EMY A;  3FX5 A;  3NXN A;  4Y57 A;  3NU6 A;  3RVI A;  3L5C A;  4DFG A;  5P02 A;  1NSO A;  4CPU A;  5P5Y A;  1LV1 A;  3CYW A;  4RYC A;  4EJL A;  4Y5A A;  4LXM A;  5DGU A;  3GI5 A;  4Z4X A;  5P7U A;  4LAP A;  5C9B A;  4I8Z A;  5P07 A;  3LPK A;  3URL A;  4F74 A;  4FM7 A;  3VV7 A;  5P5P A;  1SIV A;  5P5F A;  2VJ6 A;  1AJX A;  1FIV A;  4YD6 A;  4DJV A;  4TRY A;  3KMX A;  1HRN A;  5DQ5 A;  1EC0 A;  5P1S A;  4OBD A;  3WZ8 A;  4X2L A;  2AOD A;  4Y3P A;  5DR3 A;  2F8G A;  4I11 A;  2FGV A;  4AMT A;  2XFI A;  1BXO A;  5HU1 A;  1HVK A;  4DPI A;  5P0X A;  1SMR A;  1HSI A;  5P5H A;  3VCM A;  3VUC A;  2I0A A;  5DR1 A;  1Q9P A;  3EL1 A;  3O9D A;  5P0E A;  1APW E;  3IA9 A;  3NYG A;  5OZU A;  3UQW A;  4AUC A;  2G69 A;  5P6I A;  4FSL A;  4APE A;  5P3Q A;  4XX4 A;  3TPJ A;  1ZLF A;  5P64 A;  5I3W A;  2G1R A;  5P8G A;  3EKP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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