1FMBA

Eiav protease complexed with the inhibitor hby-793
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
VTYNLEKRPTTIVLINDTPLNVLLDTGADTSVLTTAHYNRLKYRGRKYQGTGIGGVGGNVETFSTPVTIKKKGRHIKTRMLVADIPVTILGRDILQDLGAKLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase (acid proteinase)
molecule keywords EIAV PROTEASE
publication title Structure of equine infectious anemia virus proteinase complexed with an inhibitor.
pubmed rcsb
source organism Equine infectious anemia virus
total genus 22
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmbA00
3MXEA 4GJDA 3MXDA 3O99A 5AHCA 2VIJA 2AQUA 4NPUA 2WECA 4KUPA 2R3WA 3L5DA 3SPKA 4Y3FA 2OHRA 5DQ4A 1BAIA 5P61A 3ZPTA 1TQFA 5P4QA 3JVWA 2WF1A 1F34A 5P12A 5P6TA 3WB4A 2B8VA 5P8KA 1HWRA 2QMPA 3AIDA 2OHSA 3O9BA 4YDGA 2B60A 4D85A 2QCIA 2XFJA 3PBDA 3EBZA 3KDDA 4EJ8A 3T3CA 5P1ZA 3LHGA 3EC0A 4ZIPA 4L7GA 5P4ZA 2G24A 5HE4A 1WKRA 5P5HA 3N4LA 3ZMGA 3PCWA 2PK5A 3OK9A 3AUPA 5P6EA 1M4HA 3TL9A 2AZ8A 3K5GA 2P4JA 4PHVA 1ODYA 5P4WA 1DP5A 1SDTA 5P5DA 3S8IA 5P4NA 1GNOA 5ENMA 1FMXA 2BPWA 1K2CA 5P7GA 2XYEA 5P0PA 2G20A 2RMPA 4K4PA 5COKA 4J0ZA 5P7SA 5P7WA 4AUCA 4J1HA 3VV7A 5PEPA 4FSLA 2PSVA 3D1YA 4J17A 3UDQA 4OD9B 5P46A 2O4PA 2V10C 2ZJKA 2QU3A 5P09A 4A4QA 1AJVA 5EZZA 4DJUA 3CKPA 3B80A 5P4TA 3K5DA 5P0UA 5P3SA 5P8QA 4DQGA 2BBBA 3CIDA 1ZSFA 2FDPA 3H0BA 5P8NA 2R38A 2ER0E 4RCFA 5P6ZA 3INHA 3FNSA 1LF2A 3CYWA 5P2JA 4Y9WA 1FQ8A 1UPJA 2AZ9A 1W5VA 4EHCA 4Y5LA 5P2IA 3EKWA 3D1XA 4L7JA 3PRSA 2NPHA 2F3KA 7UPJA 4PZWA 1KZKA 1A9MA 1LZQA 3SA6A 3PM4A 4X2LA 3O9EA 3L5FA 3D20A 3PLLA 4I1CA 3DM6A 4X7IA 3LZUA 5P75A 5AHBA 4DQEA 2PSUA 1Z1RA 3IXKA 3LNKA 4H3FA 5P0NA 5P1EA 3CKTA 3QP0A 4ZSPA 3QN8A 5B18A 1EPRE 3QIHA 3HW1A 3VYEA 5P1AA 2P83A 4RGHA 3VYFA 3MSLA 5DQ5A 3Q5HA 4Y3AA 5P5YA 2ZHVA 3PSUA 5SZ9A 2EWYA 5P1YA 3RTNA 3DOXA 5P6JA 4Y3NA 3T7XA 3NSHA 5DQCA 1EC0A 4GB2A 1B6PA 1PROA 3TTPA 2AZCA 5P1OA 5P8RA 5P4KA 5T4SA 5OZDA 5P7ZA 1BDLA 3L38A 3OXVA 3UHLA 2VJ9A 4ZSMA 3EL9A 5P4HA 5P55A 2B42A 5P6PA 3DUYA 5P0KA 5P49A 4EXHA 1FMUA 5HCOA 3B7VA 5P7XA 5P1HA 4F75A 2G22A 3R4BA 5P30A 3NDUA 4LHHA 3DCRA 1ME6A 2AOFA 5C9FA 3OUDA 5P1KA 5P52A 3U6AA 5P0YA 4Y3MA 5P4FA 5P6NA 3K4VC 5OZ2A 4XX3A 3O9LB 3EMYA 1EPPE 5P7LA 4DFGA 3PMYA 3S53A 5COOA 5P6GA 3HVGA 3ZPUA 4CMSA 3VLAA 2HB2A 2JXRA 2NNPA 4B00A 2PWCA 2V00A 5OZOA 4Y56A 5KR0A 2VIZA 3EM4A 5P77A 1YT9A 4IVTA 1HTGA 5P0OA 1RPIA 5P2SA 1A8KA 5P62A 3HD8A 2ZJJA 5OYXA 5HCTA 5P65A 2IL2A 4ACXA 5P27A 4DJVA 3UDKA 5JG1A 4EQ0A 1SDVA 4H3GA 5IVSA 5P6VA 5DPZA 4Y3RA 4FL8A 4LC7A 3ST5A 2CENA 3R2FA 4I12A 3OTSA 3BHEA 5OZGA 3T7PA 3L59A 3WZ8A 3PWWA 5P04A 3TOGA 5DGWA 5OZ4A 5P4PA 3OTYA 4FGXA 1FMBA 2NMZA 4U7VA 5P11A 1BDQA 1MSNA 4Y5GA 3OGQA 4QGIA 3WSJA 3CMSA 5P1DA 1MRXA 2AZBA 5P50A 1PPLE 4BEKA 3URLA 1M43A 4HDFA 5ENKA 3VYDA 2I4UA 2ZHUA 5FIVA 5IVTA 4FE6A 2QAKA 3OUDB 3INFA 3NUJA 5AH9A 3LIXA 3KFSA 2G1NA 2ZJHA 3EKQA 4Y3TA 5P57A 2QZLA 3K4VA 4AA9A 1HIHA 4N00A 1EPME 3F9QA 2VKMA 5P2WA 2IGXA 4EJKA 4Y44A 4Y3ZA 2NTRA 1FIVA 4A6CA 3OXCA 3OUBA 2XYFA 4RRNA 4GJCA 3HLOA 3SA8A 1OHRA 5P7VA 4OBGA 1W5XA 4RVIA 5P0AA 5IS4A 1GKTA 4PZXA 5P45A 5AH7A 3BRAA 2IQGA 3S7LA 4CPUA 2F8GA 2JYSA 4HVPA 3QVIA 1EEDP 5P88A 5P8JA 5P7CA 4RVXA 3OHHA 5P02A 1BBSA 1VIJA 5P8GA 4GJ5A 3UF3A 2I4QA 4QJ7A 5P20A 1J71A 5P0TA 4DJQA 5P28A 5P7TA 4NJVA 3UCBA 4Y50A 5P3YA 5P6KA 2QZXA 3TKWA 2VA5A 4FM7A 2QD6A 3SA3A 4GJ6A 4Q1WA 1SH9A 1IZDA 3GI0A 5P18A 3L3AA 5P3TA 5OZVA 5P2UA 5P60A 5P5UA 1A30A 2I0AA 4Y3LA 1RV7A 1MPPA 3NUOA 2OHKA 4Y4XA 4RVJA 4RCEA 3LZVA 4RCDA 1TSUA 1K1TA 5P7OA 5P38A 4ZPFA 3TOHA 3R1GB 2IDWA 3EKXA 6UPJA 1W6HA 3OQ7A 5P14A 5I3VA 4OBJA 5P0ZA 5P1VA 3KFRA 4I0EA 2ZGAA 4BFDA 3PBZA 5P4UA 4DQCA 1G35A 3NR6A 2Q55A 2J9JA 5OZPA 1SIVA 5P0VA 1IDAA 5P1WA 3EL4A 1B6MA 2Q5KA 3NU5A 3LZYA 5P54A 3UFNA 4Y54A 2V12C 3HVPA 5KOSA 5DR0A 1PSNA 4UPJA 5DQ1A 4DVFA 5OZNA 1SP5A 5P1BA 5P40A 4J1EA 1QDMA 4NJSA 1FQXA 1K1UA 3EKVA 1A94A 5P3LA 2V0ZC 3PGIA 1QBUA 2I0DA 1B6KA 1GNNA 1HSHA 3D3TA 2OHTA 2HS2A 3KN0A 4Z50A 5P1NA 1TZSA 1FGCC 1W5WA 3O9HA 1SIPA 4H3IA 5SY3A 4I0JA 1BVEA 1HPXA 5P80A 4Y3SA 5P7HA 3PSGA 4Y3HA 4B72A 1AM5A 5P2LA 5P1JA 4CKUA 2QK5A 5CLMA 4HZTA 3NWQA 1MT9A 1W6IA 1PPME 5P23A 4HDBA 1FG6C 4HLAA 4GJ8A 5P6WA 3IGBA 5DR7A 2O40A 1CZIE 4TVHA 5P3BA 2WF2A 4TRWA 1D4IA 5P7NA 2G69A 1ZJ7A 4GJ9A 4DJYA 2F3EA 4PYVA 5P7EA 2IEOA 2Q11A 3T7QA 2WF4A 5COPA 2R9BA 4I8ZA 1RL8A 1DAZC 4TRYA 5P5QA 5P3NA 4I10A 1DPJA 5P4CA 1DW6C 4WTUA 3FSMA 3ZOVA 2JJJA 1C6XA 2NNKA 2J9JB 4DH6A 5OZJA 1E5OE 1OEXA 1SGUA 5P32A 2QNPA 5P2TA 3EKTA 2UY0A 3NDWA 1B5FA 1PSOE 4CPQA 2FXEA 4K4QA 5OZYA 5P67A 4D88A 2BPYA 2HIZA 5DGUA 4Y39A 5P19A 3FIVA 5P3CA 2G1YA 5KQYA 5P2RA 1HSIA 2FDEA 5P5XA 3PI5A 5P6XA 4K4RA 5P35A 3ER3E 5P39A 3Q70A 4Y5AA 2Q15A 1YTGA 4GIDA 3UQXA 3EKYA 1BIMA 2AOIA 2AOCA 2WHHA 5OZMA 4I11A 2OF0A 5P4OA 2ZHTA 4XXSA 5P8UA 4M8YA 1BV7A 4RRSA 5P0XA 2VJ6A 1HIVA 4WY6A 3OU4A 1BDRA 3PWRA 1TCXA 1EPOE 2VA6A 2PC0A 4LBTA 3SABA 5P2DA 4EJDA 4Y41A 2ER9E 1EBYA 2FDDA 5OZIA 3ZLQA 4J0TA 5P82A 4D83A 2NXDA 2B7FA 3OQAA 1A8GA 2BPXA 5P5ZA 5P4IA 5P0RA 5P7PA 1MRWA 3TH9A 4Y5EA 1N49A 4EXGA 3OHFA 2WEBA 3VFBA 4Y3WA 5P4RA 2QI4A 3ZKXA 1HTEA 1EBWA 3TPLA 5P03A 5P2BA 3O9GA 4GJBA 5P8PA 1PSAA 4DJPA 3APRE 3IN3A 3DCKA 5P0QA 2FGUA 5P37A 2ER7E 1TSQA 3HAWA 5KOQA 4Y4EA 3KF0A 2PYNA 3BXRA 1SMRA 5P4JA 5I3YA 5OZ3A 1HOSA 3S45A 4OBFA 4DUSA 2AOHA 2BKTA 3D91A 3UPJA 4QJAA 2IGYA 5JFUA 3EM3A 5P1XA 2QU2A 1PFZA 3UDPA 1B5FB 4H1EA 5P44A 2O4SA 2R43A 5P26A 3NLSA 2VIYA 5P79A 5P4MA 3OGPA 2ZHSA 3GI5A 5ISKA 5P59A 4EP3A 5P3QA 5P1SA 5P5PA 4HE9A 4B0QA 2ZDZA 4YCTA 2OHPA 1KJGA 3OOZA 2OHQA 5P0LA 5P5SA 1XN3A 1BXQA 2VJ7A 2I4VA 5P87A 4Y5NA 4FM6A 4YCYA 2B8LA 3OU4B 1MESA 2AVOA 4I0ZA 4R93A 5AH6A 1EPLE 3EM6A 5P3MA 3L5EA 1LEEA 1META 4DQHA 5P3UA 3OXWA 3PWMA 4J0VA 1FB7A 1NH0A 1B11A 4I0DA 5KQZA 2MIPA 1DIFA 4IVSA 5I70A 3NU6A 2G94A 5P2OA 3U71A 3PJ6A 4JPEA 3D1ZA 4ZLSA 4PPHA 1GVXA 4HA5A 4CPXA 4BELA 5P4DA 5I3WA 4YOAA 2IS0A 4EQJA 3L5BA 5P81A 4APRE 3QS1A 2FXDA 4J54A 3VF3A 3UDHA 1HVRA 2VNNA 5P6AA 5E5KA 5IVQA 1FQ4A 4J1FA 5P6MA 4Y58A 1MTRA 5P24A 5OZ1A 1LV1A 1MERA 5OZLA 4QJ2A 5P00A 1YTIA 5P8SA 4Y4ZA 3S54A 3UQUA 5P74A 2V16C 1MT7A 2JJIA 2HM1A 4TRZA 3K1WA 1QBRA 4Y4JA 3RTMA 4YDFA 3S43A 2NR6A 1E82E 3SO9A 3URIA 3T11A 3SM2A 1XDHA 4JP9A 5P0DA 5P7AA 5P15A 5P58A 4LXAA 2QI1A 4YD5A 2ER6E 5HTZA 3Q3TA 1QBSA 3FKTA 3NDXA 3OXXA 3ZKGA 4J1KA 4B1EA 5KR8A 5P8MA 1BWAA 5P0MA 5DR4A 1MTBA 5P6UA 3LIYA 3GI6A 3MSJA 1CPIA 4GYEA 1JLDA 2VIEA 1BVGA 1D4YA 1RNEA 3KDCA 1WBMA 1E81E 5KQXA 5P5CA 2WEAA 4K9HA 1FQ5A 3G6ZA 3N3IA 1HHPA 5P0EA 5P0GA 5P3AA 5C9BA 2BJUA 3I7EA 4D8CA 3PHVA 5P2HA 2A4FA 5BWYA 3GI4A 3KFPA 2OHNA 5P89A 5P7UA 5P72A 4BFBA 4JPCA 3LITA 2QD8A 2BPVA 2QI6A 1KJHA 4EWOA 1FLHA 3OQDA 5P6LA 5KR2A 5P2VA 3K5CA 5AGZA 4DJOA 1CMSA 5P5AA 4EPJA 3BUFA 3DV1A 4HDPA 2G1OA 1LYAA 5P1QA 5P1CA 1AXAA 5P3JA 3S56A 2XFIA 4EJLA 3R0YA 3TLHA 4Y4TA 5AH8A 1EBZA 5P1PA 3MWSA 3S43B 5P8CA 3SM1A 2BKSA 1FFIC 4J5JA 1IZIA 5E5JA 3PCZA 1RQ9A 5P6HA 3GGXA 2IKOA 1K2BA 5P1LA 3R0WA 3ZKSA 4K8SA 4Y6MA 4DPIA 5P5JA 2BB9A 3SLZA 3TPRA 1HPSA 3EXOA 3NXEA 5P17A 1EBKC 5P2YA 4F73A 4FRKA 5OYVA 2QMGA 5P2GA 4YCKA 1WBKA 2P3BA 1ODWA 3QRSA 5AHAA 2RKFA 3VF7A 4ZSQA 1MIQA 4FRIA 3JW2A 2QI7A 1T6EX 2WEDA 3PB5A 1XE6A 1APVE 2CEMA 4I0FA 2ZHRA 5OZRA 1HVKA 5KQFA 1UH7A 1MUIA 2QNNA 1HVLA 3OADA 1D4SA 4YHQA 5P22A 1SMEA 1IZHA 5OZ0A 4J1CA 4QJ8A 5OZHA 5OZTA 3SA9A 4JECA 3IVIA 5P7FA 4Y45A 5J25A 4B77A 3UDRA 1ZLFA 2HAHA 2QHZA 4APEA 3UTLA 3CYXA 3KMYA 1PPKE 1HSGA 4CP7A 5OZQA 3ER5E 5P8VA 5OYRA 2AVVA 1OEWA 1YX9A 2AOGA 1YTHA 4NPTA 5P5EA 5JODA 5P4XA 3BVBA 4A6BA 4FM8A 4OBZA 5P8LA 2QI0A 5P2MA 5P6OA 1AAQA 2PH6A 3MSKA 5P68A 4U7QA 5EZXA 2ZJLA 3TPJA 2SAMA 5P2KA 5P48A 5SY2A 5P31A 1C6YA 4B1CA 1E80E 5P7YA 5P08A 5OZWA 2QP8A 4Y53A 3FX5A 5P5LA 2O4NA 3VSWA 4NJTA 5ER2E 4WY1A 1MEUA 4LXMA 5P7JA 3LPJA 5P4LA 5HD0A 2FLEA 4Y4AA 2R3TA 3LIZA 3PEPA 5P43A 1MSMA 4I0IA 3VUCA 5BS4A 3H5BA 1YTJA 5P7BA 1D4LA 1HTRB 1C70A 5P64A 1ZP8A 3VLBA 1ER8E 2P3BB 3NYGA 3S7MA 5OZFA 5P63A 3ZKQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MXE A;  4GJD A;  3MXD A;  3O99 A;  5AHC A;  2VIJ A;  2AQU A;  4NPU A;  2WEC A;  4KUP A;  2R3W A;  3L5D A;  3SPK A;  4Y3F A;  2OHR A;  5DQ4 A;  1BAI A;  5P61 A;  3ZPT A;  1TQF A;  5P4Q A;  3JVW A;  2WF1 A;  1F34 A;  5P12 A;  5P6T A;  3WB4 A;  2B8V A;  5P8K A;  1HWR A;  2QMP A;  3AID A;  2OHS A;  3O9B A;  4YDG A;  2B60 A;  4D85 A;  2QCI A;  2XFJ A;  3PBD A;  3EBZ A;  3KDD A;  4EJ8 A;  3T3C A;  5P1Z A;  3LHG A;  3EC0 A;  4ZIP A;  4L7G A;  5P4Z A;  2G24 A;  5HE4 A;  1WKR A;  5P5H A;  3N4L A;  3ZMG A;  3PCW A;  2PK5 A;  3OK9 A;  3AUP A;  5P6E A;  1M4H A;  3TL9 A;  2AZ8 A;  3K5G A;  2P4J A;  4PHV A;  1ODY A;  5P4W A;  1DP5 A;  1SDT A;  5P5D A;  3S8I A;  5P4N A;  1GNO A;  5ENM A;  1FMX A;  2BPW A;  1K2C A;  5P7G A;  2XYE A;  5P0P A;  2G20 A;  2RMP A;  4K4P A;  5COK A;  4J0Z A;  5P7S A;  5P7W A;  4AUC A;  4J1H A;  3VV7 A;  5PEP A;  4FSL A;  2PSV A;  3D1Y A;  4J17 A;  3UDQ A;  4OD9 B;  5P46 A;  2O4P A;  2V10 C;  2ZJK A;  2QU3 A;  5P09 A;  4A4Q A;  1AJV A;  5EZZ A;  4DJU A;  3CKP A;  3B80 A;  5P4T A;  3K5D A;  5P0U A;  5P3S A;  5P8Q A;  4DQG A;  2BBB A;  3CID A;  1ZSF A;  2FDP A;  3H0B A;  5P8N A;  2R38 A;  2ER0 E;  4RCF A;  5P6Z A;  3INH A;  3FNS A;  1LF2 A;  3CYW A;  5P2J A;  4Y9W A;  1FQ8 A;  1UPJ A;  2AZ9 A;  1W5V A;  4EHC A;  4Y5L A;  5P2I A;  3EKW A;  3D1X A;  4L7J A;  3PRS A;  2NPH A;  2F3K A;  7UPJ A;  4PZW A;  1KZK A;  1A9M A;  1LZQ A;  3SA6 A;  3PM4 A;  4X2L A;  3O9E A;  3L5F A;  3D20 A;  3PLL A;  4I1C A;  3DM6 A;  4X7I A;  3LZU A;  5P75 A;  5AHB A;  4DQE A;  2PSU A;  1Z1R A;  3IXK A;  3LNK A;  4H3F A;  5P0N A;  5P1E A;  3CKT A;  3QP0 A;  4ZSP A;  3QN8 A;  5B18 A;  1EPR E;  3QIH A;  3HW1 A;  3VYE A;  5P1A A;  2P83 A;  4RGH A;  3VYF A;  3MSL A;  5DQ5 A;  3Q5H A;  4Y3A A;  5P5Y A;  2ZHV A;  3PSU A;  5SZ9 A;  2EWY A;  5P1Y A;  3RTN A;  3DOX A;  5P6J A;  4Y3N A;  3T7X A;  3NSH A;  5DQC A;  1EC0 A;  4GB2 A;  1B6P A;  1PRO A;  3TTP A;  2AZC A;  5P1O A;  5P8R A;  5P4K A;  5T4S A;  5OZD A;  5P7Z A;  1BDL A;  3L38 A;  3OXV A;  3UHL A;  2VJ9 A;  4ZSM A;  3EL9 A;  5P4H A;  5P55 A;  2B42 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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