The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
226
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structure length |
198
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Chain Sequence |
AALIQNLRDSYTETSSFAVIEEWAAGTLQEIEGIAKAAAEAHGVIRNSTYGRAQAEKSPEQLLGVLQRYQDLCHNVYCQAETIRTVIAIRIPEHKEEDNLGVAVQHAVLKIIDELEIKTLGSGEKSGSGGAPTPIGMYALRESPSLLLELRQIDADFMLKVELATTHLSTMVRAVINAYLLNWKKLIQPRTGTDHMVS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the activation of 20S proteasomes by 11S regulators.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEASOME COMPONENT C7-ALPHA
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase activator
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| total genus |
65
|
| structure length |
198
|
| sequence length |
226
|
| chains with identical sequence |
d, e, f, g, h, i, j, k, l, m, n, o, p
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| c | PF02252 | PA28_beta | Proteasome activator pa28 beta subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Proteasome activator pa28, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JTL O; 1Z7Q c; 1AVO B; 1YAU O; 1YA7 O; 1FNT c; 3JRM O; 3IPM O; 3JSE O; 1YAR O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2H7V C; 3EH1 A; 1R5I D; 4NY3 A; 3C63 A; 1UG7 A; 3GM1 A; 1B68 A; 4IRU A; 1HW2 A; 1W2W A; 2YL3 A; 4RBN A; 3DE9 A; 2MYS A; 3QVZ A; 1C17 M; 1YAU O; 2BC5 A; 4G7H F; 4G7O F; 4XPX A; 2ZXO A; 1SF8 A; 5L0D A; 2HZ8 A; 3US6 A; 1XZQ A; 4C3D A; 4P9T A; 5JLI A; 1BBH A; 1C02 A; 1JRA A; 3EGX A; 3AGU A; 3F46 A; 3LNR A; 2EIN C; 5CI8 A; 3ATP A; 2Q00 A; 2QY9 A; 4UDV A; 1RKC A; 2VCA A; 2PX0 A; 3RVZ A; 3W2W A; 2L81 A; 3GWL A; 3K66 A; 1BR2 A; 2KK1 A; 4N6H A; 2EPO A; 1FR0 A; 1KNY A; 3RVY A; 2EIL C; 4MVU A; 2HSB A; 3RFY A; 3DAF A; 4W8P A; 4XEV A; 5CIV A; 1LIH A; 3FHD A; 1VK5 A; 3B71 A; 5T3W A; 4OIO F; 1ZHZ A; 1M2O A; 3IPM O; 4YL3 A; 3RYL A; 3IQT A; 4NTF A; 2PNO A; 1WGW A; 3SZR A; 3EQL F; 3MLG A; 1JPN A; 2RD9 A; 1H9G A; 2YKZ A; 3TQO A; 1A7E A; 2Q3T A; 4MTG A; 4EBB A; 3PHF 2; 1ZVZ A; 2BE5 F; 3ABL C; 3LLK A; 4Z9J A; 2WB7 A; 5E2Q A; 3ZTZ A; 4DJ9 A; 5L0F A; 3T6B A; 4WGY A; 4GEH A; 1RXQ A; 2OQM A; 3AG1 C; 2XM0 A; 3QZC A; 4MS2 A; 1OCR C; 3W8I A; 1YA9 A; 4I1M A; 2GA0 A; 2J46 A; 5TJ5 E; 1E84 A; 1J8M F; 4DBR A; 1OW6 A; 3MYF A; 1M56 C; 3MYI A; 4I1O B; 2A0B A; 2CDQ A; 2EIM C; 4JC7 A; 3ZSU A; 4CSA C; 2OU6 A; 3HKK A; 3WG7 C; 1YDI A; 1Y4C A; 3IEE A; 4OIN F; 3ZQY A; 4U5H A; 4E0I A; 2YL0 A; 4IAR A; 3EZH A; 4MVS A; 3WAQ A; 5DS4 A; 2ZXW C; 1VB5 A; 3SEO A; 3QVY A; 3R7C A; 3TOL A; 4EBJ A; 5HSW A; 2GDC A; 2A0U A; 4G7Z F; 2Q9B A; 2I15 A; 2WZF A; 3AOU A; 2Y69 C; 3DI5 A; 1Q0G A; 3N24 A; 3N0T A; 2Y3G A; 3QTH A; 4GYT A; 4ANJ A; 1XWJ A; 3KMI A; 4FES A; 4CS9 C; 5DVW A; 3K1I A; 3A11 A; 4DVZ A; 3CAX A; 3GEH A; 1QVX A; 1APC A; 2W9Y A; 3G50 A; 1O87 A; 1YZA A; 1VYI A; 3Q7L A; 5A6J A; 1PV3 A; 3C7J A; 2V26 A; 3OWT A; 2NSG A; 1Q0F A; 4JZA A; 4E7Z A; 3ZG1 A; 3V5Y A; 1KU2 A; 1U89 A; 1GM5 A; 5E3C A; 1YVI A; 1LKX A; 4XPW A; 5A6B D; 4W8K A; 1JR8 A; 3W4Y A; 3RQE A; 3H2U A; 4NC3 A; 3FOP A; 4CBE A; 1RMV A; 3ZC4 A; 3DM5 A; 2R7T A; 2HSQ A; 1SZI A; 2DYR C; 3JTL O; 4AK9 A; 4M63 A; 3B0P A; 3EHN A; 4BPM A; 3UMH A; 1ORS C; 2AWY A; 2A69 F; 1OXB A; 3G4Z A; 4MVZ A; 3ASN C; 4U5B E; 5IY5 C; 1DOV A; 2ZPA A; 4XLP F; 4BEJ A; 5L0H A; 3CZ6 A; 1Z3I X; 2NG1 A; 2CW0 F; 3S9O A; 5COF A; 3DJU B; 4ULV A; 3UMK A; 1OCZ C; 3NG1 A; 3DWW A; 4MVM A; 1ZZP A; 1PD1 A; 4LDQ A; 3RIP A; 4CS8 A; 3U8V A; 2VB6 A; 3SXZ A; 2XLE A; 5FCL A; 1NFN A; 3NMJ A; 3DJN B; 2L6F A; 4JJG A; 1TWH A; 1NBB A; 3ITF A; 2HV7 A; 1ZU4 A; 3C18 A; 5BQI A; 2P7V A; 4IGG A; 2ICW G; 4EIY A; 5B1B C; 3K6B A; 2M64 A; 3KKB A; 1QPU A; 2HMQ A; 2IXN A; 3O10 A; 2Q9A A; 1YLM A; 3NYM A; 3Q6M A; 4JRZ A; 1ORY A; 2XL6 A; 1V74 B; 3O6X A; 4KNW A; 4LDR A; 3NRH A; 4YL1 A; 4FAP B; 5K0I A; 2AP3 A; 2AWC A; 4R32 A; 5KYY A; 3L34 A; 1HY5 A; 2W45 A; 4A4A A; 3HJC A; 4LLE A; 2L6H A; 3CEX A; 4U5C E; 5JSL A; 1VOM A; 1K05 A; 3GWN A; 1IZM A; 4QDL A; 4Z9I A; 1V54 C; 1OR3 A; 3GM2 A; 2YL7 A; 4CDV A; 3V5Z A; 3ABM C; 1M2V A; 1YJG A; 3KPH A; 3NYL A; 3AQC A; 4O6M A; 1A7V A; 2VAS A; 4J7T A; 1R4T A; 2D4U A; 5JS5 A; 1MMD A; 5DQT A; 4OIQ F; 1NSG B; 1G8X A; 2MHR A; 1GGQ A; 1BR4 A; 4Q4Z F; 1TWA A; 1ZW3 A; 2R25 A; 5BQG A; 2XS1 A; 5AGF A; 3T6G B; 5EGY A; 1I4Z A; 4XTK A; 1T6U A; 1LM3 B; 2P1A A; 2OJQ A; 2VH3 A; 4X0R A; 3ABK C; 3LES A; 4I44 A; 3TOM A; 2XLH A; 4MVQ A; 3UMI A; 1OW8 A; 2LFF A; 2YLD A; 5KYN A; 4YT5 A; 3U2M A; 4PAC A; 1OR2 A; 3M79 A; 5AC5 A; 4MTO A; 1ORJ A; 1H7I A; 2AVK A; 3KYI A; 4JCH A; 3QW1 A; 4ONS A; 2OG2 A; 4BJ6 A; 2ZXP A; 3F47 A; 5T3T A; 2MWQ A; 3DAG A; 3JSZ A; 4OIR F; 2R02 A; 3DKA A; 3TJ6 A; 2EPL X; 5F5H A; 1LVK A; 2L6G A; 1YAR O; 2B0J A; 3K7D A; 1SYQ A; 2DB4 A; 1CGO A; 2LCH A; 2PF4 E; 2F22 A; 3NMK A; 5DS6 A; 4XEK A; 5B3I A; 5JVE A; 5KYX A; 2YLI A; 3BEH A; 3R2P A; 1PCX A; 3B9Q A; 1OKK A; 3EGX B; 4WGZ A; 1WOL A; 4XPY A; 4PFP A; 2J0X A; 3HNI A; 4JTA B; 4EBK A; 1E83 A; 4C7O A; 2JD3 A; 4YT8 A; 3TJ5 A; 3GM3 A; 4Z9H A; 3S0X A; 2FGY A; 4DVY P; 3V5X A; 4WJ0 A; 4ZLD A; 1RKE A; 2DI3 A; 3GAN A; 3S29 A; 1S05 A; 5JRA A; 3DMD A; 2UUI A; 4EKW A; 4XWJ A; 2P0N A; 1ZHY A; 5KYU A; 2L9J A; 2HS5 A; 2NSF A; 5F28 E; 1PD0 A; 1MND A; 2KJG A; 2YZS A; 2LQG A; 1SR2 A; 3AG4 C; 4EWC A; 1WWP A; 4K7B A; 4L6R A; 3U8P A; 2VCB A; 3LEV A; 2WVO A; 2KGO A; 3NMI A; 4JJF A; 1HW1 A; 1Z5Z A; 4JUR I; 3SP1 A; 1NG1 A; 3JSE O; 4E0H A; 2YWA A; 3OA1 A; 2HKV A; 2J0W A; 4PJL A; 2H8A A; 4PJN A; 4BJ5 C; 1JPJ A; 4LAC B; 2EPN A; 1RCP A; 5EK0 A; 3B0U X; 4ZLC A; 4U5E E; 2R7S A; 1MMG A; 1T6Q A; 4MW3 A; 2GFH A; 1K40 A; 2KYH A; 2DYS C; 1NFO A; 3M1C B; 3N2Z B; 1YA7 O; 5COG A; 4B6I A; 4U9E A; 4N6C A; 1U0B B; 3ZDL A; 3EFO A; 5A69 A; 1I5N A; 4U5D E; 2HMZ A; 2NUP A; 1E2X A; 3HTK C; 4J30 B; 4XEF A; 1TFO B; 1TR2 A; 1DOW A; 4FX5 A; 1QKR A; 4HFF B; 2R7O A; 3U3B A; 4K0D A; 1VYK A; 3E70 C; 1G5Z A; 3C8Z A; 3H65 A; 3CQZ A; 4E17 A; 3L1M A; 4RDA A; 2EPK X; 3I5Q A; 2W4B A; 2C04 A; 4JE9 A; 2WL8 A; 3RF3 A; 1LI5 A; 3T9O A; 4YK5 A; 3ZVR A; 3T6J A; 2A1D D; 4U9D A; 1LS1 A; 3LAY A; 3AG3 C; 2LD6 A; 2W4M A; 5D91 A; 1VMA A; 4D4N A; 1NLX A; 4JIO A; 1ZHX A; 1JOG A; 3LLI A; 3RH3 A; 4PK4 A; 3C62 A; 3MFN A; 4PR9 A; 4F4B A; 1TWC A; 1VTM P; 3RKO F; 1Y6D A; 3L8I A; 5DLJ A; 4OIP F; 2WZL A; 1EA8 A; 2ZXR A; 2J7P A; 2PFD A; 2XSE A; 4ER9 A; 3NDB B; 3SXM A; 3PCV A; 1S7Z A; 4AE4 A; 1EQ1 A; 2A6E F; 3G4X A; 3U9M A; 2HJM A; 3HLZ A; 4P6I C; 4I3M A; 1H9T A; 1IW7 F; 3MBG A; 1U6H A; 2E87 A; 4CIP A; 1MNE A; 5B3S C; 4E7S A; 3AG2 C; 2GWW A; 1K04 A; 2J9U A; 4XLN F; 4AE4 B; 1AEP A; 1ZW2 A; 1T6I A; 3UNG C; 4JTD B; 3L8J A; 4QI0 A; 4IAQ A; 4G78 A; 1LI7 A; 4H4K C; 3SXY A; 2Y3D A; 2KSF A; 3GEI A; 4PFO A; 1EKY A; 1UFB A; 2OOC A; 2H7B A; 3VF0 A; 3ZQV A; 1EI7 A; 3EH2 A; 2PX3 A; 3I5P A; 3U5S A; 4C3B A; 4P9F A; 2G3K A; 3DM9 B; 1HMD A; 1RJ9 A; 3S28 A; 3U9J A; 2FAP B; 4C3E A; 4CX9 A; 4E18 A; 1GS9 A; 4IWB A; 4YJW A; 1QQ3 A; 2VC9 A; 2J9V A; 2Y39 A; 3EG9 A; 3L0I A; 4U5G A; 2Y3H A; 1NU7 D; 2IXM A; 3HNL A; 2XM4 A; 5BQH A; 2ASR A; 2XLD A; 5KYY B; 2CCY A; 4FWV A; 2IXO A; 4J32 B; 4EUK B; 3EGD A; 1Q0K A; 2G62 A; 5HV9 A; 2LK4 A; 2OJE D; 5E33 A; 1FFT C; 2Q4F A; 3C8G A; 4KI2 A; 2ETS A; 1WN0 A; 1M2V B; 1OKK D; 3T4R A; 2HUJ A; 3KL4 A; 1D0Y A; 2YRF A; 3NKD A; 3K1H A; 2XXA A; 5L0G A; 2B0H A; 4YN0 B; 5B1A C; 4JW1 A; 4KNV A; 5L3Q A; 1T5O A; 1MMA A; 2IYL D; 3KYJ A; 4IAO A; 3IQ6 A; 3WHN A; 5KYW A; 1JMW A; 3Q7G A; 4A2N B; 1ZHT A; 2XLV A; 2KQ9 A; 2FFH A; 4N4W A; 4U5F E; 1FTS A; 3M4B A; 3M15 A; 5A6A A; 1CPQ A; 1KTM A; 1Z6A A; 4CSA A; 1ST6 A; 2O9X A; 3TUL A; 4YT4 A; 3LUT B; 1HE1 A; 2J9W A; 1A0B A; 1AUE A; 5DQZ A; 2HFI A; 5KYW B; 4MVO A; 4CDY A; 2LFD A; 1WAT A; 4LDK A; 5T1D B; 5L0I A; 2QE9 A; 3MX3 A; 2CNW A; 3TK0 A; 4DRJ B; 3GOR A; 4PJM A; 2P61 A; 4MND A; 4BG0 A; 2KW3 C; 3LS0 A; 2IXP A; 1VLS A; 2R7V A; 2XL4 A; 2IOQ A; 4EHP A; 2R7R A; 4CS9 A; 1XZP A; 4CS8 C; 1HE9 A; 5BUO A; 2XLW A; 1CGM E; 3AQB A; 1D1C A; 4KBL A; 3FMS A; 1TKN A; 2YL1 A; 4LLC A; 2R7W A; 1QLE C; 1V55 C; 2GAQ A; 4NCQ A; 5KYX B; 1NU9 C; 1GQA A; 3DXJ F; 4MQ9 F; 2JX0 A; 4N06 A; 4OD4 A; 4C7O B; 5A6K A; 1V4A A; 2R05 A; 2JPU A; 3U3F A; 1T01 A; 3IQC A; 4KC9 A; 2XRH A; 5COM A; 2EPM X; 2TMV P; 2IM8 A; 2XS8 A; 1TWG A; 3JRM O; 2AU5 A; 3JRT A; 3FVY A; 2YQY A; 3LEO A; 3VRC A; 3SXK A; 4DOZ A; 3VYW A; 1RKE B; 2OKU A; 4YWQ A; 4MW8 A; 4JVS A; 4ULW A; 2UUH A; 5L0C A; 4MVR A; 3LNM B; 3RQF A; 4RD9 A; 5KYU B; 1LPE A; 3ZWI A; 2M4E A; 3PMR A; 1L3P A; 3W2V A; 3ECS A; 3DZA A; 2OEX A; 3FXH A; 4IJJ A; 1LS4 A; 2Q9C A; 256B A; 1MMN A; 3RW0 A; 2QNL A; 4BJ1 A; 2R9R B; 3QMK A; 4NQF A; 4BJT A; 1A41 A; 1E86 A; 5F5F A; 1OCC C; 1CGN A; 4JEB A; 3Q6N A; 1E85 A; 4DRI B; 4BEM J; 1LE2 A; 4DBQ A; 1T9K A; 4MTF A; 5JP7 A; 3S90 A; 3U0C A; 3J06 A; 1YYJ A; 2J7P D; 3ASO C; 3HNJ A; 3JYY A; 2CGE A; 3FAP B; 4QI2 A; 2R7Q A; 2LSE A; 1FFH A; 1VLT A; 1Z23 A; 3JT1 A; 2YHS A; 1SMY F; 2Z15 A; 3JYH A; 3UGP A; 3DE8 A; 3GEE A; 3DD7 A; 5E3A A; 4D4X A; 3OEO A; 3U2L A; 4BJ6 C; 3V7O A; 1L7C A; 3E9V A; 1YYX A; 2J9B A; 3EFO B; 3GOD A; 3IHU A; 4AL1 A; 1M6T A; 2YVK A; 4PJJ A; 2NUP B; 4CS7 A; 5JT4 A; 2HV6 A; 3A9C A; 3TD7 A; 4GQH A; 3JCU Q; 3SNH A; 3HNK A; 2D5R B; 1D0Z A; 1M57 C; 2L7A A; 2RSE B; 2X51 A; 3QW0 A; 3WOD F; 3IQ5 A; 1J8Y F; 4NTB A; 3S84 A; 4J7Y A; 4Q5S F; 1OQC A; 2A68 F; 2DGJ A; 2J45 A; 1D1A A; 3POV A; 3AGT A; 2EIK C; 4H54 A; 1BDJ B; 1BZ4 A; 2YLG A; 4DXW A; 5L3V A; 1ZYR F; 5AC4 A; 3X2Q C; 2VCC A; 1G4U S; 2V3C C; 4IB4 A; 1F1M A; 1TQG A; 3FAJ A; 3LJB A; 1OCO C; 3M4C A; 4AX2 A; 3LS1 A; 2WVN A; 2XLO A; 3O55 A; 3UR3 C; 4O6Y A; 1BR1 A; 1G4W R; 3VM6 A; 4XQ1 A; 1YZC A; 3FOO A; 4CJO A; 1Z7Q c; 3C8G D; 4CDA A; 4JKV A; 5D92 A; 3PDM P; 2I8B A; 2XLM A; 2HJ3 A; 3NYJ A; 5CI9 A; 4JCZ A; 3EPV A; 3I4U A; 4O7G A; 2Q7R A; 1TFK B; 2OCC C; 2QLA A; 3X1O A; 2CYD A; 4O6N A; 4HE8 D; 1I4Y A; 1FMV A; 1H6G A; 2OEV A; 4YT2 A; 2XL8 A; 2QTV A; 3ZIB A; 1FAP B; 1FMW A; 1OW7 A; 2ZD9 A; 4YL0 A; 2KC3 A; 2G3V A; 1Q0M A; 1WTY A; 2LP4 A; 3NKE A; 3O39 A; 1HMO A; 1ZU5 A; 4JEA A; 2PBE A; 1Q0D A; 4WAB A; 3W8H A; 1Z63 A; 2BL2 A; 4OD5 A; 2J8W A; 1CPR A; 1D0X A; 2WVQ A; 2NPU A; 1C03 A; 3SYN A; 2NUT A; 4CIH A; 2QUP A; 2Y3B A; 3VAY A; 5A6B A; 2LIG A; 3K33 A; 2CNW D; 2WZG A; 1AVO B; 2H7O A; 1RJ9 B; 1QZX A; 2PP4 A; 1ZHW A; 3H2V A; 2YEV A; 3K1I C; 5JUA A; 1A7D A; 1FNT c; 3UGO A; 3EG9 B; 2KNH A; 3EZI A; 2IBF A; 3S27 A; 5EHH A; 2R7X A; 2NUT B; 3KH2 A; 1NZE A; 2R7U A; 5L0J A; 4G0H A; 5GPG B; 1QSP A; 4AL0 A; 1O5H A; 3EGD B; 3JZ0 A; 1OXK A; 4LER A; 3C8G B; 4CJG A; 3EJN A; 1O3U A; 4K1O A; 3BRJ A; 4HEA J; 3ZTM A; 5DS5 A; 1LE4 A; 4HFK B; 2C03 A; 2X0C A; 1JAF A; 1N1C A; 2A6H F; 2XXA B; 4Q7C A; 3CSK A; 4JTC B; 4NTA A; 4BJ5 A; 5FZT A; 1D1B A; 3FDQ A; 3AJM A; 3EHM A; 2P6V A; 3B29 A; 1WAS A; 4O79 A; 4DRH B; 3RQG A; 1MQV A; 2R03 A; 3B0V C; 2EIJ C; #chains in the Genus database with same CATH homology 3JTL O; 1Z7Q c; 1AVO B; 1YAU O; 1YA7 O; 1FNT c; 3JRM O; 3IPM O; 3JSE O; 1YAR O;
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