1FQ4A

Crystal structure of a complex between hydroxyethylene inhibitor cp-108,420 and yeast aspartic proteinase a
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDTENGGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGWTGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDIGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords SACCHAROPEPSIN
publication title X-ray structures of five renin inhibitors bound to saccharopepsin: exploration of active-site specificity.
pubmed doi rcsb
total genus 87
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 2000-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq4A02
3CYWA 2Q55A 5KQFA 1HVSA 5P03A 4EJLA 1EPRE 3EXOA 4DJVA 3PEPA 2ANLA 5P2KA 4CPQA 5COKA 1SBGA 5OZJA 3S43A 4GJAA 5P78A 5P76A 4D8CA 2P3CA 5DQ5A 5P6ZA 3IN3A 4ZSRA 5P4UA 3JW2A 1GVWA 3KMXA 5P1RA 4Y5MA 5AH7A 5P69A 3MSJA 1ZSRA 3LIYA 2CEJA 5DQCA 4HDBA 1LF4A 1YM4A 3OU4A 3NSHA 4K9HA 3ER5E 5P3UA 4S1GA 5OZNA 3VYDA 5ENMA 1C6YA 3TH9A 2PYMA 3QROA 5E5KA 2QZWA 5P1YA 2AVSA 1Q9PA 4EHCA 5P7QA 3TPRA 2ZDZA 3DV5A 4CKUA 2XFKA 1SDVA 3Q4BA 4OBHA 5P02A 5P0XA 5P44A 5P7ZA 4EXHA 5P3TA 5P5AA 1PPKE 3K5DA 2OHQA 1EPLE 2QU3A 5P3HA 3OGQA 5P7BA 4GJ9A 4N00A 5P0IA 4RLDA 1XE6A 3FNTA 5P43A 2H6TA 3S7MA 1DMPA 1PPME 1D4KA 4LBTA 2NPHA 4PZXA 3R1GB 2IGYA 5OYUA 5P13A 3GGXA 3PGIA 3KN0A 1APTE 2QNPA 1M4HA 3SO9A 1A8GA 4Y3QA 4Y5AA 2VKMA 1MIQA 2ZJLA 5P0CA 4L7HA 2Q11A 2QHZA 5P7LA 1ODYA 3T6IA 2VNMA 2ZJKA 3FNSA 1HVLA 2HB3A 5BWYA 5P7AA 3KFSA 5P3CA 1EPPE 4K8SA 2NMZA 2WKZA 1G2KA 5P2NA 1K1TA 3KDDA 1IIQA 1FQ5A 1HVJA 3H5BA 3UDQA 2G1OA 5AHAA 3NUOA 4FE6A 4Y5NA 2XYFA 3OAGA 2VIJA 4J1FA 1WKRA 2FDPA 4Y3LA 3UDYA 2PQZA 5P0QA 5HDUA 4WY6A 2Z4OA 3T11A 5P4YA 1EBWA 2BPYA 5P4CA 3NDXA 1HIVA 5P2LA 2JE4A 4Y37A 5P55A 1FQ7A 3UDNA 5P63A 2BPXA 5P5NA 1MVPA 1SIVA 4JPEA 4PYVA 1AM5A 2VJ7A 3OK9A 2ER7E 4DH6A 4J1EA 2HC0A 2HIZA 1IZEA 4Y41A 4Y3TA 5HDVA 1C70A 4RVJA 5JFUA 2FIVA 4D89A 1BWAA 3OHHA 2P4JA 1UH9A 3IVIA 3JVWA 2NXLA 3TPLA 3NU9A 5P2IA 5OZ9A 1TW7A 5P0VA 2Q64A 3PLDA 4TVHA 4DI2A 5AH9A 2AOGA 3HAUA 1HRNA 1BXQA 3L5CA 2IQGA 1G6LA 1DIFA 3TL9A 2BKSA 5P18A 5P41A 3R4BA 5P0UA 5T4SA 3OADB 1W6HA 3ER3E 3EKXA 4ZPGA 3K1WA 5OZRA 4DVFA 5P4BA 3B7VA 5P0BA 4K4RA 5P7RA 3PMUA 4Y5PA 3EKVA 4KB9A 5P5CA 5P7OA 3L5FA 2JJJA 2RSPA 3SABA 4EXGA 5P07A 2NNPA 5P5FA 3QRSA 4Y9WA 3VV8A 5HCTA 3IVHA 4I0JA 1LF2A 3QVCA 1MUIA 5P2MA 2WF2A 2PYNA 5P0OA 2WF4A 1OEWA 1D4YA 1LF3A 4ACXA 2V13A 5P3JA 5P58A 4Y6MA 5P0WA 2IL2A 3BVBA 4I0HA 1B5FB 3U6AA 3B80A 5C9DA 2IRZA 4YOBA 1NPWA 4KE1A 4Y4EA 5AHBA 4COEA 3PWMA 4U7VA 2OHNA 5OZHA 4GJ6A 4ZEAA 1LEEA 4ACUA 4YA8A 2AVVA 4OD9B 1NPAA 2B42A 1A30A 5P3LA 1F34A 2R38A 5PEPA 5DR8A 1BVGA 3HZCA 2MIPA 5P6EA 2Q3KA 3BVAA 3TKGA 3T7QA 4HDFA 4FM7A 1RPIA 3KFPA 3SA6A 5P7VA 1IVPA 1BAIA 1M0BA 2IGXA 3OQFA 4Y5EA 3NU3A 5OZEA 5P0FA 5P29A 5P31A 4GJCA 5P53A 2G22A 5P8EA 3PHVA 5OZCA 5P1KA 4B0QA 2H6SA 5P0KA 1A8KA 3UDRA 2J9JB 3H0BA 4Y4AA 3DCKA 4DQFA 5P64A 4XKXA 5P6UA 5P6AA 4Y5KA 5ER2E 2RENA 5P4JA 3VEUA 3U7SA 1FQXA 5P5TA 5OZ4A 5P89A 1D4SA 5OZYA 5P7KA 4HLAA 3HBOA 2IKUA 5OZFA 4DJQA 4NJTA 5P4SA 3Q6YA 2HPFA 5P6DA 3G72A 5P2SA 5P7DA 5P19A 2WEBA 5AH6A 5P6FA 3S56A 1HOSA 5P47A 1KJGA 1QDMA 4CPUA 5OZGA 3ZKQA 3OXVA 1B6LA 5P6YA 1BV7A 3D1XA 4FSEA 4GIDA 4RCFA 1RQ9A 5HVPA 2HS1A 1SDUA 4RRNA 2QD6A 4FRJA 2VNNA 4HA5A 2Q5KA 3DM6A 3EKQA 2G26A 5P8HA 3SA3A 3QS1A 1ZBGA 3OXXA 1T7IA 3FNUA 1IVQA 3GI0A 2IENA 4BELA 3L5BA 3RTNA 4APRE 1LYBB 1HTEA 3K5CA 5OZQA 2V12C 2CENA 5OZ0A 2V0ZC 5BS4A 3VSXA 4Y4DA 5P6VA 3PCWA 5P3QA 1MT8A 1MPPA 4F73A 5P77A 3ZMGA 2BKTA 5P7MA 4YCTA 5P5ZA 5P4RA 2OHTA 2I1AA 3WZ6A 1K6CA 3QP0A 5P09A 5P62A 3BHEA 1GVVA 5P30A 4MC9A 1HPOA 3HVPA 3Q3TA 3NWXA 3DCRA 5P7JA 3NYGA 5P5VA 3HVGA 3LZYA 4AA8A 2JYSA 5OZSA 3EKYA 4Y3ZA 1APUE 3T7XA 4Z4XA 1HSHA 1SIPA 5P4FA 5P0GA 4ZLSA 1HVRA 2WECA 2BPVA 3PBZA 3OU1B 4BFDA 4YBFA 5I70A 3UDMA 2QMFA 3NDWA 4B00A 3UQWA 3GGAA 5CLMA 3K5FA 4GJDA 4J5JA 5IVTA 3PI5A 4J55A 4QGIA 4DQHA 1LS5A 5OZWA 2PSVA 1AZ5A 4RYCA 5KR2A 5P8PA 1IBQA 3GI5A 5P83A 5HU1A 5P0AA 3EKTA 2VIEA 5OZIA 5P2BA 5OZ5A 3FX5A 3MWSA 1BBSA 3GGUA 2NMYA 2ZHTA 1QBUA 4J0YA 5IVRA 2UPJA 2B8VA 4CP7A 4KE0A 4B1DA 1XDHA 3L58A 5P4IA 3ZKMA 4FRKA 1EPME 4QJ2A 3ZKXA 5P2RA 3EL9A 2AOHA 4ZPFA 6UPJA 5P8UA 1FGCC 5P51A 4NJVA 3NDTA 5P8OA 4QJAA 2ER6E 2APRA 2I4DA 4CPXA 3KDCA 2XFIA 3S2OA 4FSLA 1T6GA 3KFRA 3NU5A 4LHHA 3S43B 3ECGA 2G1YA 5OZDA 3VF5A 1XE5A 1ZSFA 5P0JA 3O9CA 3O9AA 4EP2A 1T6EX 2QZXA 4I12A 1YTGA 5OYWA 2WHHA 4Y44A 3OOZA 3OU4B 2BBBA 4OC6A 1DAZC 1YTJA 2R5PA 5OZ7A 5P12A 1HPVA 5KQZA 3PRSA 3SFCA 2RKGA 5P5PA 1UPJA 4XX4A 5P5BA 5KQXA 3O9LA 1HSIA 2ZJNA 1FQ6A 5P1GA 5P71A 2WJOA 2FNTA 5I3XA 4RCDA 3LIQA 5P1DA 5SY2A 2AZBA 1W51A 2OHSA 3RSXA 3BRAA 5B18A 3VCMA 4OBFA 4FAFA 3DOXA 3SA5A 1HIIA 5OYYA 1IZHA 4L1AA 3OQKA 3URJA 1EC1A 1B11A 2AQUA 2PWCA 5P28A 4YD5A 4U8WA 1KJFA 1APVE 4FS4A 3LIXA 5P60A 3VLBA 4Y51A 5KOSA 5P06A 5P6SA 5DGUA 3FSMA 3LIZA 5P6MA 5P5DA 5P2ZA 1BILA 3LZVA 5P1QA 3L5EA 3Q70A 3UFNA 3OWNA 5P01A 5P6XA 4CMSA 1F7AA 1HVKA 2ZE1A 3PWWA 1IDAA 3I6OA 5P4NA 4R91A 5DPZA 5P25A 4J0VA 4YHQA 5P6HA 3URLA 1FF0C 5P8TA 2QZLA 4QJ6A 2AZ8A 4HVPA 5P70A 3C9XA 3IAWA 5KR0A 5HDZA 5KR8A 3UQPA 4OBGA 1EEDP 5P72A 2QI6A 4EJDA 4Q5MA 2SAMA 4A4QA 5P1PA 3PWRA 5P0RA 3S8IA 3MSKA 4YD6A 1MSMA 2AZCA 5P3BA 4Y3PA 4J1KA 5P4DA 1DP5A 1EC0A 1NPVA 4L6BA 5P5JA 4J1IA 2V11C 4H3GA 3L5DA 3PMYA 2F8GA 5P14A 5P86A 1FEJC 3PB5A 3UQUA 3CIBA 5UPJA 4FCOA 2EWYA 2QI3A 1D4IA 2WL0A 3NXNA 3OGPA 5P3MA 2HM1A 7HVPA 2FNSA 4Z50A 2QI1A 4Y5LA 1KZKA 2NNKA 5P8FA 3MSLA 5COPA 4DV9A 5P7CA 2AOIA 5P2AA 1FKNA 5P56A 1XN2A 3CYXA 4B77A 2R5QA 5P3NA 4FLGA 4B72A 2AOCA 3PLLA 2AODA 3OTYA 1MT7A 5P26A 5P5OA 4YD4A 4FM8A 5P46A 4EJKA 3DK1A 2OHLA 5P35A 1XL2A 4A6BA 5P5KA 3KT2A 1GVTA 1W6IA 5P4AA 5P0LA 5P6IA 1ODWA 4Q1NA 3RU1A 5P23A 4DJWA 1MESA 3QRVA 1TZSA 4AMTA 3SPKA 5P6CA 1HEGE 4LAPA 3I25A 2O4NA 1SDTA 4E43A 5P4GA 4FL8A 5P84A 3OUAA 5P1JA 5P4OA 1HTGA 3IXOA 3UFLA 5P5RA 4R8YA 3PCZA 4DJXA 4QJ8A 4Q1XA 3EBZA 3R0YA 4Y3JA 1AJVA 5P79A 5OYRA 2R8NA 4FIVA 4I1CA 3S54A 3T7PA 4FAEA 4RCEA 1K2BA 5JODA 3INEA 1OHRA 4YDGA 2PK5A 1FMBA 5AHCA 3L38A 3SKGA 2FXDA 1QBTA 5P42A 2QI5A 4R5NA 4EQ0A 5P2CA 5OZVA 5P2HA 1W5YA 2QD8A 3CMSA 2IDWA 4EPJA 4B1CA 4TVGA 4ZSMA 4FRSA 4Y43A 5P5SA 2JXRA 1K1UA 3UQXA 4I0ZA 5P1SA 4Y4XA 2F3KA 3K5GA 5P36A 2WEZA 2ZHRA 3VYEA 5P8SA 1FG6C 5P1IA 4Y3GA 1MSNA 4MC1A 5DQ4A 5P17A 3UQRA 3BGCA 5P2EA 2I4QA 4CPTA 1PPLE 3NXEA 2PH6A 2XFJA 1W5WA 3QIHA 3O9BA 5P1FA 3ZL7A 5P11A 3SKFA 5P8RA 4HDPA 3EL0A 1W5VA 4RYGA 3CKRA 5P2DA 4IVTA 4DFGA 5P1CA 4RGHA 1E82E 5ER1E 2QAKA 5P00A 4DJRA 4Y3EA 3KA2A 3ZLQA 3ST5A 2ER9E 4YBIA 4LP9A 4Y50A 3WZ7A 2P3BA 4U7QA 1EPNE 4FRIA 1HEFE 2P3DA 5OZLA 5P8NA 3NWQA 3CKTA 4Y3HA 2FDDA 2R43A 1IZIA 3UDKA 3KMYA 3PI0A 5P75A 5P1LA 5SZ9A 1GNMA 5P5XA 3ZPTA 4RZ1A 3OY4A 5I3VA 3LIVA 3Q5HA 1FQ4A 5P6JA 1ZTZA 1ME6A 3I8WA 4DQEA 4ZE6A 1J71A 5OZKA 3JVYA 5P4VA 3AUPA 1QBSA 5P1UA 4I11A 1FFFC 1KJ4A 3O9HA 3INDA 1LV1A 4LC7A 3BXSA 4CPRA 2ZYEA 5OZ1A 3ZPUA 4Z2ZA 1FQ8A 1ZPAA 4R92A 1E81E 5JFPA 2R9BA 4I8ZA 5P88A 5P0NA 1W5XA 2R3WA 2G1RA 1K6VA 1YX9A 5P8DA 2ZHSA 1UH8A 2O4PA 2J9KA 4IVSA 3HDKA 2VIZA 1CPIA 1HVIA 3O9GA 5P8VA 1XS7D 1RL8A 3O99A 4APEA 5P6RA 2Q54A 3K4VC 1ZAPA 1PSOE 4YOAA 4Y4ZA 3OUCA 2NTRA 5P8AA 3VG1A 4Y56A 3M9FA 1HBVA 2V10C 1WBKA 1RV7A 4HE9A 3LPKA 4EWOA 1KJ7A 5P3VA 4ZSPA 1CMSA 2HPEA 1GNNA 2O4SA 2I0AA 5P3RA 4OBJA 5DQ1A 2B7FA 3QPJA 3TLHA 4Y4WA 5P8BA 2P8HA 1MT9A 5P4TA 2V16C 5P4EA 1BVEA 5P8LA 2QP8A 2AZ9A 5P2JA 5P48A 4Y36A 4YDFA 1M43A 4ER4E 2CEMA 4NJUA 3PVKA 1TCWA 2G21A 5P0TA 2HAHA 2PSGA 3ZOVA 4BFBA 1ZP8A 5P7FA 5F00A 4M8XA 5P5GA 3K4VA 3RTMA 2I4UA 4F76A 5HE7A 5P4LA 2WF1A 4CPSA 4TRZA 1META 4H3IA 2IEOA 5P08A 4YD7A 1U8GA 3INFA 5EZZA 4R95A 4Y3DA 4L7JA 2FGUA 3EM6A 2QD7A 2VA5A 4I0EA 4OC6B 4JOOA 5P1XA 4J0ZA 3OTSA 3VFAA 3LZSA 2QMGA 2OHUA 5OZ6A 3IXKA 5P6QA 2OHPA 1G0VA 5P52A 4QLHA 5P0MA 5P4XA 1AVFA 3O9LB 3OXWA 4DJPA 1HXWA 1YM2A 2HB4A 5P49A 3WZ8A 2A4FA 1RNEA 4PHVA 5OZBA 4ER1E 3OUBA 5ISKA 1Z1RA 3DJKA 3NUJA 3KT5A 5P5MA 2BPWA 1E80E 3OUDA 5CONA 3FIVA 4L1AB 2QCIA 5SY3A 5P8GA 5P2VA 2A1EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CYW A;  2Q55 A;  5KQF A;  1HVS A;  5P03 A;  4EJL A;  1EPR E;  3EXO A;  4DJV A;  3PEP A;  2ANL A;  5P2K A;  4CPQ A;  5COK A;  1SBG A;  5OZJ A;  3S43 A;  4GJA A;  5P78 A;  5P76 A;  4D8C A;  2P3C A;  5DQ5 A;  5P6Z A;  3IN3 A;  4ZSR A;  5P4U A;  3JW2 A;  1GVW A;  3KMX A;  5P1R A;  4Y5M A;  5AH7 A;  5P69 A;  3MSJ A;  1ZSR A;  3LIY A;  2CEJ A;  5DQC A;  4HDB A;  1LF4 A;  1YM4 A;  3OU4 A;  3NSH A;  4K9H A;  3ER5 E;  5P3U A;  4S1G A;  5OZN A;  3VYD A;  5ENM A;  1C6Y A;  3TH9 A;  2PYM A;  3QRO A;  5E5K A;  2QZW A;  5P1Y A;  2AVS A;  1Q9P A;  4EHC A;  5P7Q A;  3TPR A;  2ZDZ A;  3DV5 A;  4CKU A;  2XFK A;  1SDV A;  3Q4B A;  4OBH A;  5P02 A;  5P0X A;  5P44 A;  5P7Z A;  4EXH A;  5P3T A;  5P5A A;  1PPK E;  3K5D A;  2OHQ A;  1EPL E;  2QU3 A;  5P3H A;  3OGQ A;  5P7B A;  4GJ9 A;  4N00 A;  5P0I A;  4RLD A;  1XE6 A;  3FNT A;  5P43 A;  2H6T A;  3S7M A;  1DMP A;  1PPM E;  1D4K A;  4LBT A;  2NPH A;  4PZX A;  3R1G B;  2IGY A;  5OYU A;  5P13 A;  3GGX A;  3PGI A;  3KN0 A;  1APT E;  2QNP A;  1M4H A;  3SO9 A;  1A8G A;  4Y3Q A;  4Y5A A;  2VKM A;  1MIQ A;  2ZJL A;  5P0C A;  4L7H A;  2Q11 A;  2QHZ A;  5P7L A;  1ODY A;  3T6I A;  2VNM A;  2ZJK A;  3FNS A;  1HVL A;  2HB3 A;  5BWY A;  5P7A A;  3KFS A;  5P3C A;  1EPP E;  4K8S A;  2NMZ A;  2WKZ A;  1G2K A;  5P2N A;  1K1T A;  3KDD A;  1IIQ A;  1FQ5 A;  1HVJ A;  3H5B A;  3UDQ A;  2G1O A;  5AHA A;  3NUO A;  4FE6 A;  4Y5N A;  2XYF A;  3OAG A;  2VIJ A;  4J1F A;  1WKR A;  2FDP A;  4Y3L A;  3UDY A;  2PQZ A;  5P0Q A;  5HDU A;  4WY6 A;  2Z4O A;  3T11 A;  5P4Y A;  1EBW A;  2BPY A;  5P4C A;  3NDX A;  1HIV A;  5P2L A;  2JE4 A;  4Y37 A;  5P55 A;  1FQ7 A;  3UDN A;  5P63 A;  2BPX A;  5P5N A;  1MVP A;  1SIV A;  4JPE A;  4PYV A;  1AM5 A;  2VJ7 A;  3OK9 A;  2ER7 E;  4DH6 A;  4J1E A;  2HC0 A;  2HIZ A;  1IZE A;  4Y41 A;  4Y3T A;  5HDV A;  1C70 A;  4RVJ A;  5JFU A;  2FIV A;  4D89 A;  1BWA A;  3OHH A;  2P4J A;  1UH9 A;  3IVI A;  3JVW A;  2NXL A;  3TPL A;  3NU9 A;  5P2I A;  5OZ9 A;  1TW7 A;  5P0V A;  2Q64 A;  3PLD A;  4TVH A;  4DI2 A;  5AH9 A;  2AOG A;  3HAU A;  1HRN A;  1BXQ A;  3L5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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