1FQ7A

X-ray structure of inhibitor cp-72,647 bound to saccharopepsin
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDTENGGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGWTGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDIGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords SACCHAROPEPSIN
publication title X-ray structures of five renin inhibitors bound to saccharopepsin: exploration of active-site specificity.
pubmed doi rcsb
total genus 70
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 2000-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq7A02
1K2BA 5P3JA 3TPRA 4Y5EA 3UQPA 3PWMA 3TPJA 4FSEA 1MT7A 4I12A 1LYBA 1KJGA 5P54A 5P7LA 4JOOA 5DR4A 1LEEA 2HS2A 5BRYA 3EL9A 3EL5A 5P7RA 4Y5MA 5P1CA 2F80A 5P0HA 1MESA 5P10A 1HIIA 4I0IA 5P66A 2RSPA 4MC9A 2Q54A 4U7VA 1HVIA 1RV7A 1FKNA 3ZKIA 3N4LA 2IS0A 4ER4E 1DIFA 3DCRA 2AVMA 1MTRA 2ZJMA 5P8EA 2P3DA 5P0KA 9HVPA 4LXMA 2VS2A 5T4SA 3L5FA 3OHFA 4NKKA 1D4YA 3S54A 3UDJA 3WB4A 2JJIA 5KR8A 3OADA 2J9KA 3TKWA 5P1UA 1W6HA 3GI4A 4FRJA 2FXDA 2HB4A 4QJ8A 3O9LA 3MWSA 3KT2A 2IGYA 3EM4A 1UH8A 1BAIA 5COKA 5OZSA 5SXNA 5P3XA 4HDFA 3VFBA 5P01A 2ZHTA 4L1AB 2FDEA 3FNSA 2B7FA 1YT9A 3QP0A 1FEJC 3APRE 2P3CA 4DV9A 3TPLA 5P70A 3VV7A 3JVWA 3R0WA 5IVQA 5P02A 2OHQA 3UQUA 3VLBA 2IEOA 1HTRB 5P1AA 2XYFA 4FRKA 2OAHA 5P8VA 2WECA 1HHPA 1NH0A 1D4KA 3VYDA 4Y50A 5P3ZA 3VF3A 3LZYA 5P7PA 4Y3QA 1EBKC 2PSVA 5P0LA 5P7MA 5P4SA 5P36A 5OZ5A 1ZPAA 5P11A 4FCOA 1EAGA 5OZ4A 2Q63A 2QCIA 2B8VA 4Y6MA 2VJ9A 4Y5BA 2Z54A 4WTUA 5P0SA 3EC0A 5P2GA 5P2CA 1W5WA 1EC3A 2WL0A 4EWOA 2I0AA 3BVAA 5P0ZA 1KJ7A 2Q11A 4OBHA 5OZ7A 3PRSA 5P1SA 3QBHA 4LXKA 4Y45A 1D4IA 5P6BA 1LYAA 5OZAA 4Y57A 4YBIA 7UPJA 5HDZA 5P7NA 4Y39A 1HIHA 4GJCA 4OD9A 5P0PA 1DPJA 3GI5A 2NR6A 5ER1E 2QU2A 4PZXA 3U6AA 5P8DA 3ZKXA 4U7QA 3TL9A 1D4JA 5P5UA 5P8OA 1B11A 5DGUA 1ODYA 2R5PA 1YM2A 5IE1A 5HTZA 3R0YA 3D20A 5OZQA 5P16A 4GYEA 2G27A 5P5OA 5P4ZA 3SM2A 4LAPA 3KDCA 3INEA 4IVSA 5P2KA 1PPKE 3KN0A 3D1ZA 2V0ZC 5HDUA 5KOSA 2NXLA 1ENTE 5AGZA 4JP9A 3URLA 5OYVA 2XFIA 1M4HA 1W51A 3DJKA 3Q3TA 4KUPA 1BXOA 3PB5A 1HSGA 3UHLA 4D85A 3PGIA 3TOFA 1XN3A 5P4FA 2I4VA 1HPSA 5P8SA 2R38A 5P00A 3UDYA 3EKQA 1LF3A 4J0YA 3WB5A 2I4UA 4Y5GA 4Q1YA 1EBYA 3ZMGA 2WF0A 1QS8A 4J54A 5P3SA 4D88A 3OUDA 4JPEA 2IKUA 4GB2A 5P0GA 4AA8A 2WEAA 2NXMA 5OYTA 4H3FA 5IVRA 4XX3A 3K5CA 3K4VA 5P6RA 5JG1A 1QBRA 2JE4A 4I10A 2WF1A 4GJ6A 5P87A 1C70A 3INHA 5P52A 2BKTA 1CPIA 2PYMA 5OZJA 5P47A 2P3AA 3S85A 1N49A 2Q55A 2I0DA 4NJUA 3NU4A 5P29A 5ISJA 4I8WA 4I0ZA 3JVYA 4HE9A 3ZOVA 5ER2E 2BPZA 5P5BA 1DMPA 5OZZA 5EZXA 5P8PA 4APRE 5JFUA 1MIQA 4Y3MA 4MC6A 1FMUA 1FMXA 5P80A 2QNQA 5P7UA 3BC4A 3LZUA 4Y3AA 2FGUA 2ANLA 4LP9A 1Z1HA 3ER5E 4I0GA 4R91A 3OU1A 4X2LA 3O9CA 3NWXA 5P6CA 3L3AA 2QZWA 5P0DA 5P4AA 3PSYA 5OZGA 4QJ6A 5P2FA 4Y4DA 3CICA 5P33A 3NXNA 5P6FA 3BXRA 5APRE 1D4SA 4WY6A 5J25A 4AZYA 3IN4A 4GJBA 4J1IA 4OBZA 3PMUA 5P2VA 1LYWB 1W50A 3L38A 2XFJA 3Q4BA 5P5KA 2NMZA 4TVHA 4L7JA 3TKGA 3SA9A 2HC0A 2QI3A 4AA9A 4GJAA 1RNEA 4K4QA 4I11A 5P40A 4YA8A 4N00A 3Q70A 1UH9A 4OBGA 3VG1A 5P0VA 3KF0A 5P0UA 2NXDA 4Y36A 5P51A 4DJQA 4ZSPA 1YG9A 2I4DA 2AVSA 5P3CA 3PJ6A 5P4BA 1ZP8A 4Y5KA 5HCOA 3S2OA 5P2QA 1QBUA 2VJ7A 5P28A 3FSMA 2WJOA 4R92A 4GJ7A 3QPJA 4HLAA 3TTPA 5P6ZA 3D3TA 4ZSRA 5P3EA 2R5QA 5P1QA 2I4QA 4Y58A 4ACXA 1OHRA 3LIYA 5P06A 1YTIA 2FMBA 2ZYEA 5P5LA 5P3HA 4S1GA 1B6JA 3NDWA 5P67A 4Z22A 5P82A 3S43A 4DJWA 4R8YA 2WEDA 2AODA 2NNKA 3SAAA 4Y4EA 5P09A 5BS4A 3NDUA 3EL0A 2I1AA 2PMAA 4J1FA 2Q5KA 3SKGA 2OHSA 4DFGA 2RKFA 1TSQA 4Y3FA 5P32A 4Y44A 3UDPA 4KE1A 1AM5A 2SAMA 3OXWA 5P0EA 1B5FA 1MRWA 5P2JA 1OD1A 3L58A 5P4DA 1K6TA 1ZTZA 1APUE 5KR2A 1W5XA 3NLSA 1NPVA 5P3AA 3OU3A 2VIEA 2ZJIA 5P3RA 3T7QA 3NU5A 2V00A 3ER3E 3PI5A 3SO9A 4ZPGA 5P76A 3EKTA 1SH9A 2HB3A 5B18A 3UQXA 3SA4A 4Y4GA 2QD6A 3NDXA 5P03A 1VIJA 2OHPA 3HAUA 2IRZA 5OYZA 2ZHRA 3PHVA 3UDMA 2JJJA 1EPLE 1TSUA 3TOGA 2HPEA 2NTRA 4D8CA 3INFA 4Y5LA 2QU3A 5HU0A 3PM4A 2PWCA 4CKUA 2QMPA 4K9HA 5P75A 4J0ZA 1FQ5A 3TH9A 5P6PA 1FB7A 4FRSA 1QRPE 1IBQA 1HOSA 2BPYA 2PQZA 5P3DA 3OTSA 4Y4XA 3O9EA 1EPME 3BUFA 4PHVA 5P6LA 5P6TA 3SA5A 1MRXA 4EP2A 5P6GA 1IZDA 1TZSA 5HU1A 5DGWA 1U8GA 4FE6A 3NXEA 2BKSA 4Y4ZA 4RYCA 5P49A 4Y9WA 5P43A 2BPWA 5P5DA 5P8RA 2IDWA 2P83A 1EPRE 1LYBB 5P4EA 1MT8A 1FLHA 5OYXA 4EYRA 5OYYA 3EKXA 3DV5A 5OZ1A 5P41A 1EEDP 4XXSA 2NPHA 5P0TA 1DAZC 3DM6A 4LC7A 3SA7A 5IS4A 4RCDA 1M43A 3R1GB 2R43A 5DQ5A 3NUOA 5P6NA 1MTBA 3WZ7A 5OZCA 1C6YA 1FQXA 2Z4OA 3K5DA 1ME6A 3MXEA 4CPSA 5P4GA 4CMSA 5P79A 3OADB 5ISKA 4BFDA 5P5FA 5SZ9A 2ZJNA 4HDPA 3QRSA 5F00A 5P1JA 3O9LB 4DJXA 2AVQA 2PH8A 5P2AA 1FMBA 5DQ1A 5P7EA 5P4RA 5P6JA 5P3PA 5JFPA 4JECA 4DJOA 1T7JA 5P64A 5P1MA 4Y35A 2J9JA 5P1RA 3VFAA 5EZZA 5OZDA 4I0EA 5OYWA 5P24A 2HIZA 3GGXA 4YD4A 2PK5A 5IVTA 1QDMA 5P0AA 4AUCA 1E82E 4XX4A 3SABA 4DJYA 4DJVA 3EMYA 3IGBA 1AIDA 5ENKA 3S7MA 3UFNA 4QJ7A 2P3BA 5P6AA 5P4HA 5P1VA 3EM6A 4EJ8A 5P19A 5P1NA 2R9BA 3NUJA 3UDRA 4J1KA 2NMYA 5P60A 5KR1A 3RU1A 2BQVA 3KM4A 2NNPA 5P71A 1ZJ7A 5P59A 4YCKA 1HVHA 2G69A 4Y3JA 2IQGA 1HPXA 3UDHA 3EL1A 4EP3A 2PC0A 4Y3XA 3VUCA 3G72A 3VEUA 5P3TA 5P7JA 5P5IA 5P08A 1SMEA 1OEXA 3LPKA 3B7VA 4RZ1A 2B8LA 3N3IA 1SIVA 1LYAB 4I0DA 1DP5A 3A2OA 3D1YA 5KQXA 4PEPA 5P18A 5P5YA 3GI6A 3FNTA 3ZPUA 1BVGA 3SKFA 3T6IA 5P8FA 3O9HA 4OD9B 2VNNA 4CPQA 2QHZA 3OK9A 3RTNA 5P2LA 1B6MA 3FNUA 3PCZA 1HTEA 4DJPA 3HDKA 5KQFA 5P38A 2WEZA 5P3QA 5P63A 1HEFE 4GJDA 5P1KA 3S7LA 1PFZA 3L5DA 2A1EA 1TCWA 1MVPA 3H0BA 4Y4WA 5OYUA 4DH6A 5C9BA 2JXRA 3TLHA 4D89A 5P3OA 4NJSA 3UDNA 2G1NA 5P4VA 4Q5MA 5I3WA 5P4JA 2AOJA 2AZCA 2ZGAA 2FDPA 2G22A 4YD7A 4LXAA 5OZ8A 1HEGE 5P53A 2WKZA 5P7YA 5CLMA 3KA2A 5P89A 2AVOA 2AOEA 3S53A 3LPIA 4MC2A 4COEA 4FIVA 5P3VA 5KOQA 4YDGA 4F74A 2CEJA 1GVVA 1NPWA 4Y3RA 5P4CA 4A6BA 3UFLA 3I2LA 2QMGA 1K6PA 5P50A 1G6LA 5P48A 5P84A 3KFRA 5HVPA 3FV3A 4F73A 3RTHA 3GGUA 3OUDB 3K4VC 3IVIA 1YTJA 3PLLA 5BWYA 4LL3A 2WF2A 1ZSFA 3LINA 4Y5AA 2VA7A 5P0XA 2ZHVA 5OZRA 2OF0A 4CPTA 5P7IA 4J5JA 5I3VA 1PPME 5P4IA 4Y3HA 1W6IA 2FLEA 3PLDA 3HVGA 4PPHA 2G24A 1PSNA 5COOA 5HCTA 2WHHA 3FX5A 3KFPA 5PEPA 4Y54A 1GVUA 1Z8CA 5AHAA 3HAWA 5P69A 1ODXA 5P2WA 3AIDA 3VF5A 5AH9A 4YBFA 5HE7A 5P6KA 5P35A 5AH8A 4ZE6A 1A8KA 2FXEA 1SDVA 1JLDA 1TW7A 1BDLA 5P1DA 1B6PA 5P8JA 5I3YA 4J1HA 4OC6A 1FF0C 2VIZA 2VJ6A 1XDHA 3G70A 2ER6E 2QD8A 3OU1B 4DQGA 1EBWA 3BGBA 5P5ZA 1QBTA 1E80E 4K8SA 5P1WA 2R8NA 2ER0E 4Y3ZA 4CPXA 4I0FA 3SA6A 5P5JA 3Q6YA 1BWBA 2G1YA 5KQYA 5P07A 3TOHA 3OGQA 2B7ZA 3PWWA 3PCWA 1KJFA 3LIQA 3KMXA 4OBZB 4B0QA 5P1IA 4Y51A 4Z50A 1APVE 5P8NA 4RGHA 1HVSA 5E5KA 3OQFA 5P86A 2A4FA 4H3JA 5P04A 1XN2A 4YHQA 3C9XA 5P1YA 4Y43A 1LS5A 4B1EA 3OUCA 3PVKA 2ZE1A 5P7VA 1IDBA 1FGCC 4KE0A 4FSLA 1GVWA 5P7BA 4ER1E 3RSVA 5OZWA 3PBDA 5P3NA 5P77A 1XE6A 3ZPSA 1IZHA 4H1EA 5JODA 1D4LA 1Z1RA 1MSNA 4Y5NA 3DUYA 3QROA 5P62A 2P4JA 2ER7E 4Y3GA 3U7SA 4DVFA 4OBFA 3MXDA 3S56A 1MEUA 5P31A 3S43B 1A9MA 2V12C 5DQCA 3LIZA 5OZHA 4DJUA 3R2FA 2V11C 4NJTA 1FG6C 5TOLA 3EM3A 2O4PA 5P4UA 3QVIA 1PSOE 5P23A 3LZSA 2QHYA 5P2EA 1IZEA 4TVGA 4RRNA 1APWE 1UH7A 1HSHA 1B5FB 3OU4A 1K6VA 4I1CA 5P4KA 5AHCA 1WKRA 4FM7A 1APTE 3OTYA 3GGAA 2H6SA 4DQHA 4H3IA 5P7SA 4FAFA 1MPPA 3EL4A 1LV1A 1HXBA 5OYSA 3DCKA 5P7HA 1HVRA 3KYRA 3ZKSA 2PWRA 5I70A 1BVEA 1XL5A 2ZHUA 5P4NA 5P8AA 4ER2E 4TRYA 2R3TA 4Y37A 5P7GA 5P4MA 4R93A 3OOTA 1BILA 5P0OA 2IGXA 1EBZA 5P0MA 3SM1A 1PSAA 3I6OA 1FQ6A 1AJVA 2PSUA 4GJ5A 1HRNA 4Y3EA 4I0JA 2FNSA 5P5AA 2F3EA 2VA6A 5P8MA 3KMYA 6UPJA 4ZSQA 1T3RA 4J55A 5P2HA 3SA3A 4J1CA 2AZBA 4YOAA 5P0NA 3LITA 2QHCA 1A94A 2G1RA 5UPJA 1BV9A 1C6ZA 1A8GA 3K5FA 4D83A 2O40A 3I25A 4XKXA 1XL2A 3IN3A 4EJLA 5P7ZA 1BWAA 3VV8A 3OQAA 5P68A 4B78A 4HA5A 1B6LA 1RQ9A 1ER8E 1HTGA 1ODWA 4B77A 3O9BA 1SGZA 4Y48A 3D1XA 5P05A 5P6QA 5P3KA 1AZ5A 1GNNA 1HVKA 4OBDA 1Q9PA 1E81E 3RVIA 1VIKA 4DPIA 1HIVA 3ST5A 1FFIC 2QD7A 5P5VA 1EC0A 3OWNA 5P7XA 3VYEA 5DR7A 5P0IA 2QI7A 5P0BA 1W5VA 2BBBA 4E43A 5KAOA 1BBSA 4EPJA 5P4YA 5P46A 4Y3DA 1KJHA 5SY2A 5P8KA 3NDTA 2B60A 5P20A 5P6MA 4BEKA 3CIBA 1NSOA 4FGXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K2B A;  5P3J A;  3TPR A;  4Y5E A;  3UQP A;  3PWM A;  3TPJ A;  4FSE A;  1MT7 A;  4I12 A;  1LYB A;  1KJG A;  5P54 A;  5P7L A;  4JOO A;  5DR4 A;  1LEE A;  2HS2 A;  5BRY A;  3EL9 A;  3EL5 A;  5P7R A;  4Y5M A;  5P1C A;  2F80 A;  5P0H A;  1MES A;  5P10 A;  1HII A;  4I0I A;  5P66 A;  2RSP A;  4MC9 A;  2Q54 A;  4U7V A;  1HVI A;  1RV7 A;  1FKN A;  3ZKI A;  3N4L A;  2IS0 A;  4ER4 E;  1DIF A;  3DCR A;  2AVM A;  1MTR A;  2ZJM A;  5P8E A;  2P3D A;  5P0K A;  9HVP A;  4LXM A;  2VS2 A;  5T4S A;  3L5F A;  3OHF A;  4NKK A;  1D4Y A;  3S54 A;  3UDJ A;  3WB4 A;  2JJI A;  5KR8 A;  3OAD A;  2J9K A;  3TKW A;  5P1U A;  1W6H A;  3GI4 A;  4FRJ A;  2FXD A;  2HB4 A;  4QJ8 A;  3O9L A;  3MWS A;  3KT2 A;  2IGY A;  3EM4 A;  1UH8 A;  1BAI A;  5COK A;  5OZS A;  5SXN A;  5P3X A;  4HDF A;  3VFB A;  5P01 A;  2ZHT A;  4L1A B;  2FDE A;  3FNS A;  2B7F A;  1YT9 A;  3QP0 A;  1FEJ C;  3APR E;  2P3C A;  4DV9 A;  3TPL A;  5P70 A;  3VV7 A;  3JVW A;  3R0W A;  5IVQ A;  5P02 A;  2OHQ A;  3UQU A;  3VLB A;  2IEO A;  1HTR B;  5P1A A;  2XYF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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