1FWWA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, a5p and cadmium
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus 91
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fwwA00
2CU0A 3W2NA 1XUUA 3CEUA 4RLIA 5EY5A 3TMLA 3L9CA 5LNWA 4BR1A 3T44A 3I68A 3KXQA 3MP4A 2R94A 4IXHA 1Q6RA 3IIZA 3NPWA 1VH7A 2JKAA 5F2LA 3MUXA 5E93A 3W1AA 4MY1A 2NUWA 3TH6A 3CPRA 1M7PA 1I2NA 3G0XA 5HJLA 1YXYA 3FLUA 2PRMA 4N9BA 4X22A 3TU9A 4RZ4A 4O17A 1RQEA 3OVPA 1TPWA 1W3IA 3LBMA 3CEPA 3L0GA 4IJBA 1H62A 2JBMA 2FPTA 1TRIA 4K39A 4JNMA 4JXCA 3DFOA 1MEIA 1IIHA 1TPUA 4R7JA 3NQFA 3P8IA 4KFNA 1PS9A 1Q3NA 4UXDA 5DBUA 4QM1A 4UTJA 5G4WA 3G3MA 4K36A 3UZ5A 4WZHA 2E6YA 3FIGA 4UNKA 3EX1A 2GVJA 3A24A 7TIMA 3LI1A 5T26A 1KBIA 1WX0A 2FB3A 3NZ1A 2A5HA 1TB3A 1FWSA 4RV8A 2WSQA 2ZRWA 1KM2A 4Y96A 3FA5A 1FDJA 4QITA 4FNPA 3OVQA 1S5TA 3M44A 4DO6A 1QPOA 2V5BA 1WA3A 1OF8A 3NQ8A 3T78A 4OGZA 5CGQA 5DXXA 2V9DA 3U2OA 3GIYA 4O19A 1ZAHA 4O8RA 1IXPA 1KM4A 4JTHA 5C55A 3QC3A 3CB8A 1UBSA 3LHWA 4IGHA 1P1XA 5CPLA 5SWUA 2EPHA 4NJGA 1W56A 2Y62A 3HG2A 5K9DA 4CLMA 2GVLA 3FJLA 1J2WA 3E0IA 3UPWA 1TPH1 1G7VA 1QFEA 3N73A 2BXVA 4WJEA 3QM3A 4O50A 5DBTA 2VFIA 1IF2A 2QUTA 3P61A 1S3HA 4O4VA 3TQVA 1U83A 4WOQA 1QO2A 2F84A 4XUGA 3NEVA 4PCFA 1OFOA 1PE1A 1RVGA 4XTDA 1VLWA 5H2ZA 4UTHA 3DKJA 4LT9A 5CZSA 2NUYA 3PBYA 3KAOA 1JCMP 2QCCA 5K2ZA 3I7QA 3PBVA 1DQWA 2AQWA 4MVAA 4Z0JA 1LRQA 5IBXA 2NUXA 3G1VA 1G4EA 3LHVA 1UUOA 2RDWA 3G0SA 3QSRA 3PWAA 2B7QA 1C9DA 5D02A 5F4XA 3F1QA 3TSDA 4O54A 5LZLA 3H55A 3D0CA 1LBMA 3QYQA 3HQ1A 3HJZA 4GWEA 4JTUA 3LXBA 2YFNA 2C3ZA 1DVJA 4CQAA 1LM1A 1W0MA 3STEA 1FWTA 1RR2A 4A2RA 2GQAA 1W3TA 4I7UA 3TV8A 2CLMA 3G3DA 3VNDA 2X1RA 4TR9A 1PCKA 4JTIA 4QISA 1H50A 4Z1CA 4MJZA 4AWUA 1H1ZA 1YLVA 1EA0A 2RKXA 4O12A 3EEGA 1W37A 4XBKA 3W7KA 3SSJA 2EAWA 4NNAA 4QSHA 1MO0A 2ZZ1A 1CI1A 1LORA 3HBLA 3W70A 3CIXA 1F6PA 2GUUA 4O0KA 1L2UA 3GDKA 2UV8G 3FJ6A 3GXTA 2VFHA 1KFLA 5CPNA 4R53A 3NNTA 5EPDA 1FCUA 4JTFA 4HNNA 1L6WA 5HWJA 1JUEA 3T7VA 4P2VA 1QO5A 1TTIA 2QUUA 2Y6ZA 1F05A 3M7WA 4FNSA 2HMCA 1OFBA 1JCNA 3UZJA 3BG5A 3NQCA 3IVUA 1YTKA 3N9RA 4Y6GA 5F2GA 4P61A 2E77A 4UTWC 1F2JA 2Q8ZA 5I3KA 1FDYA 1MEHA 4CCEA 2Y70A 1K03A 3HPXA 1H7XA 3P81A 2WV8A 3DH7A 4LY8A 1QDSA 1WBHA 4ZQPA 1H7OA 1R2RA 5LHEA 2YW4A 3EWBX 4MUZA 3LCWA 1DORA 2NX1A 3NVTA 4JYEA 4GUIA 1AMKA 3NQDA 1JQVA 5FESA 4IMCA 2RHGA 4M19A 3DFQA 5L9FA 2VXNA 1KW1A 2V82A 3QJAA 4X2RA 2Z2UA 4XBSA 1SZFA 4U4MA 1F73A 2B4GA 3TDFA 3HG4A 4KWVA 4GUGA 4A22A 5TBOA 4O13A 3TUUA 1SO5A 5AC6A 1TTPA 3NR0A 1JUKA 1PIIA 4NJIA 2C16A 4GNJA 3GKFA 5G1YA 3WJZA 3TW7A 2CLEA 1XBZA 4PODA 2B7PA 4AAJA 3NQ7A 4LC8A 2J24A 1TPC1 2Z0IA 3W84A 5G2IA 3WJYA 1ALDA 3SY5A 2ZTKA 2BLEA 2V0TA 5FF4A 3I7RA 4PFMA 3NG3A 3PBUA 3W2LA 3C2VA 1Q45A 3HF3A 3PSVA 3TIMA 4TMCA 3LLDA 3NO5A 3MI3A 1GTHA 3G1AA 4O1DA 1TV7A 1TPVA 3EB2A 4WOZA 4HN4A 2CZFA 3P5ZA 2Y7EA 2VEMA 3PAJA 2GOUA 3SR7A 5G4EA 3C6CA 4AVFA 3O05A 2OT0A 1WAUA 2ATMA 3UY8A 4EWND 4PEKA 3T4CA 5FEZA 4UUIA 3A21A 1OF6A 3LDVA 3G0UA 2BZNA 1KA9F 5E0KA 1GVSA 1LYXA 4WX2A 5LHFA 1ADOA 3NDOA 4FEZA 1WOAA 3LRLA 4LS1A 1KFEA 3SGZA 2PCQA 4EF9A 1D3GA 2W79A 4JIPA 4I7VA 3EWUA 3LCGA 4CQ9A 2Y7DA 4DF2A 4HNUA 2A21A 2PURA 2A7PA 2QUVA 4HPJA 3MHGA 4JTSA 3LX9A 1G4PA 2ZZ2A 3CC1A 4BI5A 4AHQA 5D05A 5D03A 3HG5A 2ISVA 3LHYA 4M6VA 5TIMA 1EB3A 1OYAA 3TAKA 2PE4A 2TRSA 1I2OA 2YPIA 3L5MA 3RLVA 2DZPA 4W9TA 1M5WA 3ZR4A 2Q8LA 3TSMA 1EPXA 3B0PA 2V2DA 4NNBA 3HPZA 4DF1A 5C6MA 1K8XA 1GG0A 5K4ZA 2E5BA 2WSYA 4ZQCA 1B57A 2Q3OA 4FX7A 4MFDA 1T8XA 3FOKA 3P60A 2ISSA 4JDYA 1GT8A 4UCGA 1AK5A 3IIXA 4EF8A 2I1OA 3S9YA 1TIMA 5LGXA 3LXCA 2ZRXA 3HGSA 1VRDA 4MKNA 4AH7A 3EWYA 1VYPX 3TQ0A 1T99A 3L0NA 1KBJA 3W76A 5D32A 1VYRA 2ZZ6A 1LBLA 4WD0A 2HS6A 3TROA 1IXNA 1FXPA 2J6XA 3S42A 1W3NA 3NQ2A 2VOMA 5D37A 1F7BA 1Z48A 3R8RA 1LP6A 1TV5A 1XCFA 1K02A 4DELA 2QJGA 3C4UA 2A4AA 2BSLA 3LCIA 4NXSA 1SSDA 2ALDA 1YPIA 4PL2A 1PHQA 1M7OA 3NQVA 5LGZA 3F4NA 3NQEA 1OFDA 1ZALA 2G95A 2ZCGA 3TW6A 3GNDA 3NQ6A 3UYCA 2WO5A 1WXJA 3TX9A 4IPJA 4UNLA 1ZY9A 4DBEA 4M5PA 2RFGA 5D30A 3TXVA 4LWWA 4HIBA 3PB2A 1EUAA 1XXXA 5D2TA 3LV5A 3QW3A 4GE8A 1ZENA 3C56A 1H63A 2ZRZA 4O1BA 3KRUA 3TAOA 1VC4A 3TR2A 5K9CA 5FF0A 2NXIA 3LTYA 4L4LA 3NQAA 3FKKA 1K7XA 4LUIA 3IVSA 2I9EA 4UTWA 3WJSA 3ELFA 5C2XA 3B03A 1W8SA 1KLZA 3W1LA 4NJJA 3LCFA 3O06A 1VGAA 4FF7A 5CKSA 5F2MA 3GDRA 4JYFA 3W2KA 3KX6A 3M16A 3L2IA 4IXXA 5KZEA 1KTBA 2YYUA 3JR2A 1XBYA 1TV8A 1K7FA 4RJEA 1KFCA 2A0NA 1TPFA 3PULA 1V7YA 2QDGA 3RU6A 5D09A 3MBDA 4ZMGA 3DENA 1WV2A 4KWWA 2ZYFA 1HL2A 1MXSA 1X8FA 3UWUA 4ZQOA 2ABAA 3IEBA 3PB0A 1OHLA 1TYGA 4A29A 5DCDA 5D04C 1C8VA 3CIWA 1A5AA 2TSYA 3G1DA 2V81A 4IMFA 3STCA 3L67A 3W7IA 4O57A 3PSWA 2EKCA 1GVFA 3C2EA 1QOQA 2W0UA 3Q37A 4EVZA 3QW4B 4JICA 3EX6A 3QSTA 2ZRVA 1QPNA 2WNNA 1B4EA 1KFBA 3RK8A 6TIMA 3L5LA 3QEZA 4JY9A 1J4EA 1P0KA 3NQMA 3G1SA 4DBDA 3L21A 1QCWA 3DU0A 1JCXA 3GDMA 1BWLA 3FYPA 4OT7A 4N9CA 2TPSA 3TJXA 3EXSA 2FPVA 1HTIA 1PL9A 4N4PA 4QQ3A 3G1XA 3INPA 2Z6JA 4UR8A 4MPQA 2G97A 3PS7A 2HSAA 4WUIA 1R30A 3V75A 3M5YA 4TIMA 3UY7A 4QNWA 3KVLA 2J88A 4DO5A 4KKXA 3DAQA 4K7YA 5LKYA 1R46A 4DQWA 4UMCA 1YXCA 2Y63A 3W7PA 4OV9A 4UFIA 3U8GA 1DJNA 1FDZA 5DXYA 1Z42A 3C52A 1W5NA 1N7KA 1M6JA 1NFBA 1LRTA 2NXGA 1OFRA 4LU0A 4HNVA 4YMZA 4DF0A 3GXPA 2I14A 4N2YA 2J9ZA 4XTIA 3M47A 2DZTA 2PRHA 4RR4A 5F2IA 3GR7A 4Z08A 4MOZA 1I2PA 3W9ZA 1TTQA 5H91A 2WQPA 4NX5A 4IWWA 2FLIA 5HWMA 4ML9A 3W74A 2G5WA 3GX9A 2VENA 5D2WA 2NV1A 2ZQ0A 3QMTA 3NM3A 4UFLA 4XKYA 5AYYA 1EUNA 3BO9A 3M43A 4NJKA 3W7QA 1VQTA 2E5DA 2ZRUA 4XZ9A 3C8FA 3KHJA 1DL3A 1LLZA 4N6FA 1OK6A 3W07A 4QNEA 1ZAJA 2ZZ3A 3LGEA 4WY0A 1I45A 5CSSA 5FI8A 1MSSA 5AHNA 5BMXA 1KV8A 4NT0A 1C29A 1TQXA 3QPZA 5TQLA 5D33A 1BTMA 4XQ6A 1H7WA 2DORA 1TPDA 3O1NA 3W7HA 3L66A 2CLKA 3C2FA 3R13A 4DO4A 1GYNA 3MBFA 2YSWA 2WKJA 5KITA 3TFCA 1SW7A 4PA8A 2J27A 3GB6A 4M7SA 4NZJA 5BOOA 3RNDA 3NGJA 3RLUA 4N9DA 3W7DA 4UTTC 3VE9A 2B7OA 4AF0A 4O16A 2NX3A 2ZA2A 2C6QA 4JTEA 3CQ0A 2GQ9A 3MMTA 3ZWTA 1TJRA 1S5VA 3S6DA 1PVNA 1FWNA 4LV4A 3W1NA 4A2SA 3BARA 1ZHAA 2Y89A 5CZTA 3TNOA 3A9IA 2J9YA 2O7QA 2A1YA 3BW2A 2C18A 4PL1A 2Z1BA 3N34A 4JTGA 4BI6A 3DHFA 2QCNA 1OX6A 2AAMA 4X9SA 1LOLA 1PHWA 3GNNA 2ZDRA 3QMSA 3WK2A 5I3GA 5KTLA 1TTJA 1VR6A 3LRMA 4K38A 3ANYA 1RV8A 3K30A 4JY8A 1JRBA 5EL1A 4OWGA 3TA6A 4AHPA 1GVOA 1YTDA 3OVRA 3L0KA 4RZ6A 1N55A 4E38A 2E6FA 1A5CA 3M1ZA 1NF7A 2YZRA 1T0OA 5K4XA 1W54A 3QMRA 3G8EA 4O11A 3W87A 3NQGA 2P0OA 2Y88A 3BW3A 3P82A 4LOCA 1QAPA 4RXGA 3EX2A 1AW1A 1QPQA 2WPBA 4GBUA 3W1XA 1ICSA 3LCHA 3VFLA 1XFBA 1QMLA 5GVJA 5AHIA 1BWKA 1TRDA 3UXDA 2Z6IA 2X1SA 5EA9A 1OJXA 1KTCA 3DGRA 3WK0A 3LLFA 1ICQA 1AL7A 2YGYA 4H6KA 4HSNA 4BF9A 1R2TA 1G4SA 3TMQA 5I3FA 3RF9A 1LOQA 3F4WA 3TXZA 4GJ1A 2DZUA 4X3ZA 3KRZA 1CW2A 3DBPA 1W5PA 3P8JA 5LNRA 3G22A 3P5YA 3WFAA 4AEOA 4ALDA 1G6CA 3LRKA 4GRSA 4UFKA 2A6NA 5D38A 1IXQA 3LBCA 4GUHA 2WSRA 4H4IA 1MZHA 5AC8A 4UTIA 3CWOX 1SW0A 1ZJIA 3PBWA 4YCOA 3M5XA 1EIXA 5I3JA 3KRSA 2V30A 3VKJA 3B8DA 2CW6A 2YX0A 1SU5A 2XFWA 4MLJA 1VPXA 1DKWA 1QR7A 1FUYA 2C0AA 3PM6A 4AWSA 2WOQA 1DQXA 4UTLA 2YYTA 3W2UA 3SFKA 3R5EA 1K8ZA 3W83A 3GK0A 3LXAA 3PR2A 4GC4A 1UUMA 2J9XA 1ZCOA 3B04A 5CZJA 3R89A 4ADSA 5DY2A 5CSRA 4WXYA 5U4NA 2B0MA 1O5XA 1GWJA 3OG3A 5A8GA 3KVMA 4K8EA 4MZ1A 1LBFA 1JCLA 4LRSA 1YYAA 3DHDA 4ORMA 3FFSA 4ORIA 2LLEA 3TJLA 3ATZA 3LCXA 4J9JA 4XWUA 1XI3A 2C19A 3SIZA 3MP5A 5FEWA 3O6CA 4Y8FA 4C1KA 5HUOA 1P4CA 4LVGA 4Y90A 2PC4A 1H7RA 3TE9A 3LHUA 4TMBA 4BWLC 3EXTA 1LCOA 2ATSA 1UASA 2NLIA 2VEIA 3L5AA 1LDCA 5EYWA 1XBXA 1OVDA 4FNUA 4FXRA 4ZQRA 1IXOA 5G1TA 1FCVA 3DI1A 4UFMA 3W1RA 4LS0A 3PG8A 3MYOA 1K7EA 3KVKA 5AHFA 1F74A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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