1G0GA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITAFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0gA00
3DNAA 1LWGA 1CV5A 229LA 4ARPA 3HTFA 3HH5A 1L62A 244LA 1L46A 3V2YA 4EXMA 4YX7C 1G0PA 1SWYA 151LA 1DYDA 1CU3A 242LA 1D2YA 144LA 248LA 1L0JA 1OV5A 220LA 3PDSA 1L11A 3DMVA 4PK0A 3OE9A 3DN0A 2Q9EA 1PQIA 3GUPA 3CDRA 4YXAC 1LYFA 235LA 2B74A 3G3VA 1LGXA 188LA 189LA 1P56A 2OU9A 2NTHA 3SB9A 1L17A 1L67A 142LA 4GBRB 1L89A 4I7OA 1QUHA 255LA 3UONA 251LA 1OVKA 1G0LA 1G0JA 3PBLA 200LA 119LA 1L96A 2RB2X 4W51A 196LA 1L88A 206LA 1CV3A 3CDOA 3F8VA 1PQJA 2B6WA 1D9WA 224LA 4I7SA 4I7PA 4I7RA 4I7MA 1L53A 1SSYA 107LA 2LCBA 1L77A 1L0KA 1PQDA 2OE9X 198LA 1L83A 3HT8A 1L39A 125LA 1DYGA 1B6IA 161LA 1L55A 236LA 3RZEA 197LA 158LA 4K5YA 4ARMB 3JR6A 1QT5A 4EPFA 4W55A 1D3MA 3SBBC 258LA 178LA 177LA 1L69A 2OE4X 1LGWA 3C82A 1QUOA 4LDOA 1C6PA 1L50A 2A4TA 1C6CA 1L87A 225LA 1P7SA 3FI5A 4AQNA 1CV1A 162LA 1QS5A 261LA 3DN2A 1OWYA 1CU0A 146LA 112LA 169LA 3C8RA 4LZMA 3GULA 4OO9A 1D3JA 1L43A 1D3NA 1QTHA 215LA 4DJHA 191LA 1K28A 245LA 3HDFA 1L12A 1G0MA 1LYDA 3C8QA 1I6SA 1CU6A 156LA 199LA 4E97A 1L93A 1L33A 3GUNA 211LA 3DN4A 3CDQA 3DMXA 1C6TA 4W53A 1P46A 252LA 4GRVA 3DN6A 1L37A 1C64A 3EMLA 122LA 2QB0B 127LA 3NY8A 4ARQB 2CUUA 109LA 2OTYX 1LPYA 3HT6A 234LA 1QT6A 4EKSA 1L07A 163LA 1LYEA 230LA 1SX7A 183LA 171LA 4EKQA 160LA 4W52A 1L94A 1P3NA 3F9LA 195LA 1KW7A 1C63A 209LA 4S0WA 1L65A 1LGUA 1L30A 3HUKA 1CTWA 148LE 4DKLA 140LA 115LA 1L22A 1L15A 1QS9A 2RB1X 126LA 3GUIA 145LA 128LA 3DN8A 2RAZX 1P37A 239LA 3DN3A 1SX2A 129LA 3DN1A 1CV4A 1L00A 1D3FA 4PJZA 1L26A 143LA 1L31A 212LA 1L81A 1KNIA 3HU8A 1L05A 3HWLA 1LI6A 1L59A 1L63A 1L84A 186LA 3GUJA 1G1VA 180LA 249LA 1CUPA 1L51A 1L19A 1QT8A 3RUNA 157LA 4EPIA 2B6ZA 1L38A 1G0GA 4W54A 1QT4A 3DKEX 173LA 1XJUA 260LA 1C6LA 1L68A 1L76A 139LA 3C7ZA 2O4WA 175LA 1DYEA 223LA 262LA 3L2XA 2RBRA 210LA 1L64A 3G3WA 1P36A 3HTGA 4ARJA 3ODUA 164LA 247LA 1L45A 1QTBA 1CUQA 3SN6R 243LA 2F2QA 1L23A 1L48A 102LA 1C6KA 1CV6A 2B75A 3CDVA 227LA 3HT9A 113LA 4I7KA 1P2LA 118LA 4EKRA 1T97A 4I7LA 1OVHA 3C8SA 3V2WA 182LA 1QTZA 3SB8A 1L75A 1KS3A 3HH4A 3SB7A 1C6MA 1P6YA 3L64A 1JTNA 1L09A 184LA 1L79A 219LA 1L97A 1OVJA 1L29A 3FA0A 3SBAA 201LA 3HTBA 1QSBA 4ARLA 1C6JA 2RBOA 137LA 2RBNA 1T6HA 3K2RA 4W59A 3C81A 1L80A 1LYJA 1G1WA 3OE6A 217LA 1L90A 1L20A 1L86A 1PQKA 2LZMA 7LZMA 1T8GA 1CU2A 2ANVA 1CX7A 1L54A 172LA 253LA 3CDTA 1P64A 4IAPA 1L08A 233LA 1L32A 2B70A 1L82A 1L27A 4W56A 150LA 1L14A 1C6BA 103LA 2F47A 2OE7X 1C6AA 1L47A 221LA 111LA 4I7TA 3HU9A 4W57A 1OV7A 2HUMA 1C67A 240LA 4I7QA 1CX6A 2RH1A 1T8FA 2OTZX 1C6DA 2B72A 166LA 1QTVA 226LA 1D2WA 3HH6A 2IGCA 174LA 3C83A 4I7JA 214LA 1CVKA 1L92A 1DYAA 3HUAA 1DYBA 1ZYTA 3D4SA 1LLHA 1L95A 3SB5A 4ARMA 3HUQA 1L57A 1L58A 1L13A 1C62A 1XEPA 259LA 2Z6BA 1OYUA 1L49A 3SB6A 5LZMA 3OE0A 4EJ4A 1ZURA 2RB0X 1C60A 1QTDA 4ZPUA 170LA 246LA 3HH3A 2NTGA 1C68A 4YXCA 1QSQA 1LYHA 1QTCA 1L06A 155LA 222LA 2ANXA 131LA 159LA 167LA 138LA 1CV0A 3OE8A 1L56A 1LW9A 3C7WA 1C66A 1L91A 218LA 4I7NA 205LA 1L16A 149LA 2RBQA 1LI3A 1L01A 1L34A 1L52A 3GUMA 2RBSA 2B7XA 1L36A 1L60A 238LA 1L74A 1LYGA 3HT7A 192LA 1L72A 2QARC 213LA 216LA 228LA 1C6GA 2B73A 4LDLA 6LZMA 1C61A 1EPYA 1L25A 1L40A 1OWZA 1L61A 2RBPA 1SSWA 1P5CA 1WTHA 3DMZA 256LA 3FADA 3HTDA 1QUGA 3NYAA 1JTMA 1C65A 4ARQA 2B6YA 2OU8A 1CU5A 1C6HA 1C6IA 1QT3A 232LA 1L66A 254LA 1L41A 1QT7A 1L71A 4LDEA 185LA 120LA 1KY1A 152LA 123LA 110LA 1C6QA 108LA 114LA 1L44A 1NHBA 3HDEA 2LC9A 3QAKA 187LA 1C6FA 1L18A 1G0QA 1DYCA 3LZMA 1L99A 1XJTA 2OU0X 1LYIA 3C7YA 168LA 1TLAA 4W58A 3C80A 165LA 4DAJA 1DYFA 2O79A 3NY9A 141LA 250LA 1L03A 147LA 1KW5A 1SWZA 1T8AA 1G0KA 1C6EA 1L73A 2B6XA 1C69A 1JQUA 2HULA 2O7AA 3GUOA 2OEAX 1KY0A 176LA 1C6NA 2RAYX 231LA 1P2RA 1ZWNA 237LA 1G07A 130LA 1L10A 2Q9DA 4EKPA 181LA 241LA 3VW7A 1L85A 1L21A 104LA 1L28A 5I14A 3GUKA 1L02A 1QUDA 1L35A 2B6TA 2F32A 1PQMA 3G3XA 1L42A 1L98A 2L78A 190LA 1G06A 1LWKA 1L24A 1PQOA 1LI2A 2HUKA 1L04A 1L70A 257LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KXXA 5DL9A 1CV5A 1GWDA 4ARPA 5HNLA 4RW2A 4LFXA 1L46A 3V2YA 4H9CA 1GBWA 3WUAA 1C08C 242LA 5I54A 4HJZA 1L0JA 4UWUA 220LA 1L11A 4PK0A 4WG1A 3OE9A 4DD9A 1B7PA 1YAMA 1PQIA 3GUPA 1LYFA 3B0IA 3G3VA 189LA 4XJHA 1P56A 1LJHA 4HTKA 4J1AA 1L67A 3AB6A 4WO6A 5KXWA 5KXXA 1LYZA 1CKGA 1PZYA 4WG7A 2FYDA 4GBRB 3WMKA 4WLXA 4Z41A 3UONA 3CSRA 1LZRA 4NIJA 4W51A 196LA 206LA 2B6WA 224LA 4I7RA 5LINA 1HSXA 3ZEKA 107LA 3A34A 125LA 4K5YA 4ARMB 4WM6A 1N4FA 1B7RA 5KKJA 2I26L 1GDWA 2MECA 5B07A 2RSCA 178LA 4QEQA 1GF6A 2DQEY 4HPEA 1GF3A 1GE1A 1B7OA 193LA 4M4OA 225LA 1P7SA 4H9EA 1CV1A 3AGIA 2ZQ3A 3TMVA 1VDSA 1IP7A 2YBNA 1JPOA 4LZMA 2LZ2A 3VWOA 3ATNA 1JEFA 1OUDA 3GULA 4C5FA 4H9FA 5E4PA 4YEOA 1QTHA 215LA 5J7CA 3N9EA 1G0MA 4QGZA 1YKZX 5KKIA 4WM3A 4XJBA 4H8XA 1WQOA 3CDQA 3DMXA 4WL7A 4UWVA 3WPJA 3EMLA 1BVXA 1DI4A 2QB0B 3NY8A 4ARQB 109LA 234LA 1DQJC 1L07A 163LA 4LT1A 1SX7A 183LA 1ZMYL 1L94A 1P3NA 5HNCA 1IR9A 2BQJA 1W08A 4ML7A 1C63A 4R0FA 1L65A 4N8ZA 1QSAA 4DKLA 5KXPA 3AW7A 1FKVA 2BQDA 1L22A 1L15A 1QS9A 126LA 1WQQA 128LA 3N9AA 3DN8A 2RAZX 129LA 1GFEA 1L26A 1G7IC 1L81A 212LA 1IWUA 3A93A 1L05A 4HTNA 2BQAA 3HWLA 1L59A 2HEFA 2MEDA 2IFFY 4ETDA 5JENB 1J1XY 1VDTA 4EPIA 1L38A 2CJLA 1IOQA 173LA 260LA 4IJ4A 4YOPA 1L76A 3OJPA 175LA 1JTTL 4IATA 1W6ZA 1L64A 1TEWA 4NSGA 1D0LA 1FN5A 1L45A 1QTBA 1LJFA 3SN6R 2F2QA 1L23A 1DXJA 1HC0A 3TXIA 1NQIA 1YAPA 227LA 5ILCA 4NSJA 1XGTC 118LA 4EKRA 5APCA 1JISA 4HV2A 3C8SA 1OUIA 3V2WA 2EKSC 1IY3A 4J7VA 4BS7A 3SB7A 4LYCA 3G3BB 3L64A 1JTNA 1L09A 2MEAA 1L97A 4PPOA 3FA0A 4ARLA 3LHMA 1C6JA 2RBOA 137LA 1P2CC 3K2RA 5A3ZA 3LZTA 1LMQA 2BLXA 1L80A 132LA 1L90A 3EBAB 5IDDA 3P64A 1CU2A 1B5YA 3J4GA 1L54A 1GE3A 3LZ2A 4OW1A 4TSCA 2ZILA 208LA 4G4CA 1FBIX 4R6CA 1LZ5A 2Y8PA 103LA 4NGOA 2OE7X 1B7MA 4XENA 1QQYA 1GFAA 2D4JA 3HU9A 1XEKA 1OV7A 3LYZA 4M6DA 3P65A 5HMVA 3B6LA 2EPEA 2G4NA 4TWSA 2OTZX 4O34A 166LA 3LYTA 1D2WA 3HH6A 4NY5A 2YDGA 1IWYA 4QDNA 4OWCA 2ZNWY 1LLHA 1JKBA 3SB5A 1UIFA 1NDMC 1L13A 4HSFA 5LZMA 2A7FA 1YILA 4LT3A 4EJ4A 1C60A 3TXDA 1QTDA 170LA 1HELA 2YBLA 2Z2EA 1C68A 1QSQA 4HJVA 1QTCA 155LA 159LA 1TDYA 4OWAA 2BQEA 5LVKA 1L56A 1XSFA 194LA 1L91A 1GE4A 149LA 1UBZA 4LZTA 8LYZA 5FELA 3WH1A 1VAUA 1L36A 4WM2A 2QARC 1C6GA 4LDLA 1D0KA 3ZVQB 1EPYA 4GN3A 4NGZA 4MSTA 3TXGA 3NYAA 2N5ZA 1JTMA 3CT5A 1C65A 2B6YA 4OWEA 1C6IA 1QT3A 1L66A 4H90A 1IWTA 1QT7A 4LDEA 185LA 152LA 1LPIA 1L44A 2I6ZA 187LA 5FSTA 3TXBA 1DKJA 1GDXA 4LYOA 3LZMA 1F6SA 1XJTA 3C7YA 168LA 1HMKA 4DAJA 1KIPC 1DYFA 3K3TA 1DI3A 5DN5A 5HLLA 4B0DA 1C69A 3GUOA 1JQUA 2O7AA 2OEAX 3A92A 4NGJA 2I25L 3HFMY 5KXOA 1TCYA 1L10A 1ZVHL 4EKPA 1DZBX 241LA 3AZ5A 4Z3MA 1L28A 5I14A 2BQNA 1QSWA 4GLVA 1DPXA 1G7LC 1JSFA 3A8ZA 3HBDA 1L35A 1LZ4A 1RJCB 2W1XA 3G3XA 1G06A 2DQHY 3ZVQA 3W6AA 3A3RX 4XJIA 1IWXA 2HUKA 1L04A 2IHLA 1IO5A 1NF5A 1PS5A 3HH5A 3QNGA 2G4QA 1RCMA 244LA 6LYZA 2ZQ4A 4YX7C 1SWYA 151LA 3MGWA 3A91A 1LHKA 248LA 2YBHA 1D6PA 1OV5A 3AW6A 3DMVA 4G9SA 3WVYA 1GHLA 3CDRA 4NHQA 1CJ6A 4CJ2A 1CKFA 1GB3A 1HSWA 4DC4A 5APFA 5M1YA 1QUSA 142LA 2Z2FA 2ZNXY 1IY4A 4I7OA 5FDJA 1OVKA 1G0LA 3PBLA 119LA 1LJNA 1LSNA 1CKDA 5IHGA 1GF0A 1REYA 4I7MA 1SSYA 2LCBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KXX A;  5DL9 A;  1CV5 A;  1GWD A;  4ARP A;  5HNL A;  4RW2 A;  4LFX A;  1L46 A;  3V2Y A;  4H9C A;  1GBW A;  3WUA A;  1C08 C;  242L A;  5I54 A;  4HJZ A;  1L0J A;  4UWU A;  220L A;  1L11 A;  4PK0 A;  4WG1 A;  3OE9 A;  4DD9 A;  1B7P A;  1YAM A;  1PQI A;  3GUP A;  1LYF A;  3B0I A;  3G3V A;  189L A;  4XJH A;  1P56 A;  1LJH A;  4HTK A;  4J1A A;  1L67 A;  3AB6 A;  4WO6 A;  5KXW A;  5KXX A;  1LYZ A;  1CKG A;  1PZY A;  4WG7 A;  2FYD A;  4GBR B;  3WMK A;  4WLX A;  4Z41 A;  3UON A;  3CSR A;  1LZR A;  4NIJ A;  4W51 A;  196L A;  206L A;  2B6W A;  224L A;  4I7R A;  5LIN A;  1HSX A;  3ZEK A;  107L A;  3A34 A;  125L A;  4K5Y A;  4ARM B;  4WM6 A;  1N4F A;  1B7R A;  5KKJ A;  2I26 L;  1GDW A;  2MEC A;  5B07 A;  2RSC A;  178L A;  4QEQ A;  1GF6 A;  2DQE Y;  4HPE A;  1GF3 A;  1GE1 A;  1B7O A;  193L A;  4M4O A;  225L A;  1P7S A;  4H9E A;  1CV1 A;  3AGI A;  2ZQ3 A;  3TMV A;  1VDS A;  1IP7 A;  2YBN A;  1JPO A;  4LZM A;  2LZ2 A;  3VWO A;  3ATN A;  1JEF A;  1OUD A;  3GUL A;  4C5F A;  4H9F A;  5E4P A;  4YEO A;  1QTH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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