1G0JA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152s
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0jA00
1JTNA 3C8QA 255LA 4W56A 2LC9A 5LZMA 1L16A 195LA 3DN4A 231LA 1CV3A 227LA 2LZMA 2B74A 2NTGA 1QSBA 3NY9A 3DKEX 148LE 3DMXA 1L36A 1LYGA 1OV7A 1OWZA 261LA 2B6ZA 1EPYA 1LGWA 1G0JA 127LA 1SX7A 220LA 191LA 1LGUA 1G0QA 143LA 190LA 3PBLA 4EKPA 3OE9A 4W57A 1WTHA 1L46A 1T8AA 4I7JA 1L65A 2O7AA 104LA 1P37A 4LZMA 3SB7A 240LA 1L01A 1C67A 1LI6A 1C6JA 1CV4A 110LA 1P64A 1SSYA 3OE6A 1L76A 1LYDA 4W55A 1LW9A 1PQIA 2Q9EA 1QTCA 249LA 2RAYX 2B6WA 157LA 1C62A 1CTWA 1D9WA 1L20A 214LA 1KNIA 168LA 4ARLA 4W58A 1L32A 113LA 1L27A 2CUUA 4S0WA 1T8FA 1QS5A 1ZYTA 3PDSA 1L45A 2OTZX 1L60A 4I7TA 4EPIA 1QT5A 4ARQB 1L0JA 1L89A 1C6MA 2L78A 1C6FA 3HU9A 3GULA 1L35A 1SWZA 1L22A 3HUAA 158LA 3C7ZA 235LA 2F2QA 1L62A 131LA 1G0MA 1C6BA 3DN1A 1L33A 1L44A 2OE9X 1C6DA 1L10A 4I7MA 4ARQA 1DYGA 3DNAA 238LA 169LA 176LA 1L34A 118LA 1L95A 180LA 2RB1X 259LA 3CDVA 3CDQA 4LDOA 3OE0A 1QTZA 3HT6A 1L91A 198LA 1LI2A 1L38A 1L96A 1CU5A 4EKSA 3FI5A 192LA 1L03A 1L97A 1L98A 1QUHA 4I7QA 3EMLA 2RAZX 1C64A 1P46A 1SX2A 3HTFA 3L64A 3DMVA 1L23A 122LA 1PQKA 1D3FA 1L30A 1OV5A 1XEPA 2RB2X 1L26A 2LCBA 141LA 3DN6A 2RBSA 4I7SA 4EXMA 187LA 1D3JA 3SB9A 1L12A 3LZMA 1C6LA 1L83A 1CV1A 120LA 254LA 159LA 174LA 1L28A 216LA 3F8VA 1L25A 2RH1A 2RB0X 4DJHA 3HH6A 1CV0A 1L00A 1CU2A 1L43A 4GRVA 4IAPA 182LA 167LA 1CU6A 1PQMA 199LA 1L53A 3HT9A 1P7SA 3GUMA 1D3MA 4ARJA 1L42A 228LA 1CUQA 1QUDA 1QUOA 1L69A 1C61A 1OYUA 1L73A 2HUKA 3NY8A 2OU0X 3F9LA 1PQDA 1K28A 2HULA 1TLAA 3C82A 212LA 149LA 119LA 1T6HA 1L06A 3HH3A 1L29A 125LA 3QAKA 114LA 225LA 244LA 181LA 1QTVA 183LA 3HTBA 1DYDA 4LDLA 3GUNA 4ZPUA 197LA 1L93A 250LA 1DYEA 109LA 1L21A 2OEAX 1L50A 4EJ4A 1QT7A 1L80A 1CUPA 233LA 3HU8A 4LDEA 6LZMA 1D2WA 1XJUA 3G3XA 1C69A 4PJZA 1G0PA 1C6PA 1PQOA 184LA 1L17A 4YXAC 155LA 245LA 218LA 3SB8A 1P6YA 1C6IA 2RBNA 4AQNA 1QS9A 1CX6A 112LA 4W53A 1DYBA 1L87A 1L09A 1QTBA 3DN2A 3JR6A 3ODUA 145LA 1L61A 1L70A 129LA 4I7LA 1L75A 3V2WA 2O79A 1SWYA 3RZEA 138LA 126LA 162LA 206LA 3C8RA 3C8SA 3UONA 186LA 1KY1A 173LA 4EPFA 2ANVA 226LA 2B72A 2F47A 201LA 1G0KA 3GUPA 248LA 1CX7A 1L55A 3HDEA 234LA 3V2YA 241LA 1L51A 115LA 164LA 3GUJA 1L90A 2A4TA 3SBAA 1T8GA 137LA 1XJTA 1L85A 1L64A 3HTGA 102LA 1C6EA 3DN0A 1OWYA 2ANXA 3C7WA 1L48A 1C65A 1L49A 247LA 2B75A 229LA 1QT4A 147LA 1L18A 257LA 1C6CA 3K2RA 163LA 1L13A 1L84A 4K5YA 1JTMA 1D2YA 1LI3A 1L05A 2Q9DA 152LA 221LA 4EKQA 1L68A 4I7PA 1I6SA 4PK0A 3G3VA 196LA 3C7YA 139LA 209LA 3CDTA 1L99A 3HH4A 1QT8A 3GUOA 142LA 130LA 1L47A 146LA 4DAJA 1L37A 1L07A 1QT3A 1G06A 3HUQA 1L11A 1KW5A 230LA 103LA 172LA 1LWKA 205LA 1L66A 1L02A 1QTDA 3GUKA 4W51A 253LA 4YX7C 177LA 2F32A 1L04A 2OTYX 1OVHA 4E97A 1ZWNA 1QSQA 1G07A 1L63A 1L71A 1LWGA 256LA 2B70A 1C66A 3OE8A 4W59A 2Z6BA 4W54A 3HDFA 3G3WA 1LYEA 1L40A 3SB6A 1L67A 1P36A 128LA 2RBRA 150LA 1QT6A 1L54A 1L79A 1P56A 4YXCA 185LA 1C6GA 219LA 1KS3A 140LA 1SSWA 4I7KA 1L59A 1DYCA 2B6XA 1T97A 1CU3A 1L19A 1L56A 3SB5A 1CV6A 237LA 1JQUA 4W52A 1L74A 1P3NA 1B6IA 1KY0A 2IGCA 260LA 1L41A 1CVKA 242LA 1LPYA 211LA 2B73A 4EKRA 3HTDA 251LA 1LYHA 165LA 224LA 156LA 3RUNA 3CDRA 1DYAA 1L92A 2B7XA 1L77A 1L31A 1L81A 1P5CA 2O4WA 252LA 1L88A 213LA 3HT7A 200LA 4I7RA 3HWLA 178LA 111LA 5I14A 243LA 2QB0B 1C6NA 3FA0A 1LYIA 1L72A 4I7OA 223LA 1L52A 2QARC 1LYFA 1L14A 1ZURA 3C83A 4DKLA 2HUMA 3DN8A 1QTHA 1D3NA 239LA 3CDOA 3HT8A 1KW7A 1L24A 262LA 189LA 1NHBA 232LA 3C80A 1P2RA 1G1WA 3SN6R 1LLHA 4ARMB 160LA 4OO9A 1C6AA 2RBOA 3L2XA 123LA 1DYFA 3NYAA 215LA 4GBRB 222LA 1C6HA 144LA 3FADA 188LA 1LGXA 236LA 246LA 1L15A 107LA 3VW7A 2OE4X 3GUIA 1C6QA 1L82A 1CU0A 1C6KA 1G1VA 1C68A 1L94A 2OU9A 3HUKA 4ARMA 1OVKA 1L57A 3D4SA 1L0KA 2NTHA 1C60A 1L86A 3HH5A 1QUGA 1L08A 151LA 166LA 2OE7X 170LA 1OVJA 210LA 175LA 217LA 1G0GA 1C6TA 258LA 1L39A 4ARPA 3DN3A 108LA 171LA 2B6YA 3C81A 1PQJA 2OU8A 2RBQA 1C63A 1CV5A 2B6TA 4I7NA 3DMZA 3SBBC 1G0LA 1L58A 1P2LA 2RBPA 7LZMA 161LA 1LYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C8QA 2DQIY 3ATNA 4OWAA 2LZMA 4WM5A 4PJ2C 3HBHA 4XJGA 3P4ZA 1LYGA 1OV7A 4H92A 1SX7A 4FDYA 2XQOA 1LJJA 3PBLA 4H9FA 2EIZC 1WTHA 4GCEA 4NHTA 1L65A 1YROA 3WW6A 1CV4A 110LA 1XGPC 5KXXA 4IJ4A 4G9SA 5J7CA 1LMOA 2RAYX 5DLAA 2Z19A 1CTWA 4ARLA 1NQIA 1LSDA 4J1BA 1L32A 5D5CA 4N9RA 5KXTA 1JISA 1BB3A 5APEA 1ZYTA 1LYZA 1L45A 4G4CA 1I20A 1HMKA 1QT5A 1IEEA 5LYZA 3WL2A 1LYYA 1L89A 1C6MA 2DKVA 4CJ2A 1LMCA 2H9KA 2Y8PA 4CFPA 4LT3A 1L35A 1CJ6A 2C8PA 1IOCA 3TMVA 3TMWA 1DYGA 176LA 1D6PA 1LSPA 259LA 3CDVA 3CDQA 2F4GA 1QTZA 1LKSA 1VDTA 198LA 1BB6A 1B7MA 4NGYA 192LA 1L97A 1L98A 1QUHA 1GF9A 3EMLA 5I4WA 4AXTA 3TXKA 3LZ2A 4NSIA 3L64A 1JSEA 1UICA 1D3FA 2D4KA 3B0KA 4XENA 1DPWA 2EKSC 3DN6A 2BLXA 2EQLA 2LYMA 4EXMA 1D3JA 2A7FA 1L12A 1L83A 4D9ZA 254LA 174LA 3A3QA 1EQ4A 5LYMA 2RB0X 5B59A 4WLDA 4KXIA 1L00A 2Z2FA 1L43A 1HENA 182LA 1PQMA 1JTTL 4OW1A 2EPEA 1P7SA 3GUMA 5JENB 2NWDX 3AW6A 2BAAA 1KXWA 3IJUA 4RW1A 4LYMA 2CJLA 1L29A 125LA 2XTHA 1LKRA 1XGTC 225LA 244LA 1WTNA 3P64A 1QTVA 183LA 1DYDA 197LA 5LVJA 1LZCA 2ZIKA 4NIJA 2B5ZA 250LA 1VDPA 109LA 1QT7A 3LYMA 1RCMA 1BB7A 5FEKA 233LA 5HMVA 1D2WA 1C45A 3G3XA 2W1XA 1C69A 4Z98A 3CSZA 1LZ6A 4DQ5A 1LZ1A 2BQAA 2GV0A 1JKBA 112LA 5LINA 4I0CA 1GF5A 3A95A 4H8XA 1L09A 1YQVY 2BQCA 4DQJA 1L61A 4OWEA 5HNLA 2O79A 3RZEA 1GB2A 206LA 2YBIA 186LA 1KY1A 1B7RA 173LA 2MEBA 3WU8A 2ANVA 2F47A 248LA 3V2YA 4PPOA 3SBAA 1HFYA 5KXOA 1JSFA 2HTXA 1L85A 1LJNA 1C6EA 5KJ9A 2BQHA 2ANXA 2CGIA 1GB5A 4ETCA 4GCDA 2YBMA 4H94A 4PRUA 1AKIA 4NGIA 5KXYA 4ETDA 163LA 4H90A 152LA 4HJVA 4I7PA 1JITA 4PK0A 3G3VA 5F9XA 1LJIA 3WW5A 4XJHA 3CDTA 4QY9A 1WQMA 1YKYX 4WG7A 3CT1A 1BGIA 146LA 4TTDA 133LA 3HUQA 1NKHA 5C6JA 3FE0A 3W6CA 205LA 1QTDA 253LA 177LA 1C7PA 2HEEA 2F32A 5IHGA 5LYTA 1OVHA 4LFXA 1UA6Y 1LHIA 4UWNA 4H9EA 1FLYA 4H1PA 3LHMA 1C66A 2Z6BA 1BHZA 128LA 1T6VL 2RBRA 1P56A 1JJ1A 2HU3A 1GXXA 4TWSA 185LA 219LA 4YM8A 140LA 4HTKA 1B5VA 1L56A 3BKHA 3SB5A 1CV6A 2MECA 237LA 4XJFA 1LYSA 1L74A 1P3NA 1LPYA 4EKRA 1LZSA 165LA 224LA 1JIYA 3K3TA 156LA 3RUNA 2BPUA 4E3UA 2B7XA 2MEEA 1P5CA 3ATOA 1A2YC 2DQEY 1LSBA 1YAMA 1LMAA 3FA0A 1L72A 223LA 2HUMA 1MLCE 1QTHA 4ET9A 1LTMA 1HFXA 189LA 232LA 1G1WA 1LLHA 1F6SA 1GB9A 160LA 1LYOA 4C5FA 1B7PA 1C6AA 1CKCA 4QGZA 3AZ7A 4B4EA 3A8ZA 4GBRB 144LA 3FADA 1ZMYL 188LA 246LA 107LA 1CKDA 6LYTA 1L82A 1CU0A 4ARMA 1LSNA 1L57A 3VWOA 4WM2A 5KKJA 2NTHA 3WUAA 1LSAA 5LAFA 1LHLA 1L08A 3RNXA 1LPIA 4LT1A 1RI8B 2OE7X 1OVJA 4L41A 1G0GA 258LA 3TXEA 2ZWBA 5L9JA 171LA 3G3AB 3FI7A 4XADA 1O23A 1CV5A 1W6ZA 1GBOA 1G0LA 1LHHA 1LJHA 8LYZA 4NHIA 1IY4A 4DD3A 1CV3A 3WUMA 2MEHA 1QSBA 3AGHA 3DKEX 148LE 1L36A 2FBBA 1OWZA 261LA 1EPYA 1GPQC 1C10A 1GF0A 1W08A 5I54A 143LA 154LA 4OWBA 1GF6A 4EKPA 4G49A 3OE9A 5B1GA 2G4PA 1LSMA 4GLVA 5E9RA 4WG1A 240LA 1L01A 1C6JA 1HEOA 3OE6A 1LYDA 2ZILA 4W55A 4XJBA 4U3XB 2Q9EA 4G4BA 249LA 2DQAA 4LYTA 1D9WA 5F16A 1L20A 168LA 5AMYA 4ML7A 4W58A 1HEQA 1WQPA 1BB5A 1CJ9A 1E8LA 1T8FA 1QS5A 3IJVA 3PDSA 1QIOA 1L60A 1JEFA 5EBHA 1IR9A 1TEWA 1L0JA 3HU9A 5HLLA 1JUGA 4DDAA 1IR8A 5DN4A 1PS5A 1LMPA 3B0IA 1SWZA 4NG1A 5KXKA 1B7OA 3HUAA 158LA 1GE4A 1L62A 1IP4A 1VAUA 3DN1A 1IP3A 1C6DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C8Q A;  2DQI Y;  3ATN A;  4OWA A;  2LZM A;  4WM5 A;  4PJ2 C;  3HBH A;  4XJG A;  3P4Z A;  1LYG A;  1OV7 A;  4H92 A;  1SX7 A;  4FDY A;  2XQO A;  1LJJ A;  3PBL A;  4H9F A;  2EIZ C;  1WTH A;  4GCE A;  4NHT A;  1L65 A;  1YRO A;  3WW6 A;  1CV4 A;  110L A;  1XGP C;  5KXX A;  4IJ4 A;  4G9S A;  5J7C A;  1LMO A;  2RAY X;  5DLA A;  2Z19 A;  1CTW A;  4ARL A;  1NQI A;  1LSD A;  4J1B A;  1L32 A;  5D5C A;  4N9R A;  5KXT A;  1JIS A;  1BB3 A;  5APE A;  1ZYT A;  1LYZ A;  1L45 A;  4G4C A;  1I20 A;  1HMK A;  1QT5 A;  1IEE A;  5LYZ A;  3WL2 A;  1LYY A;  1L89 A;  1C6M A;  2DKV A;  4CJ2 A;  1LMC A;  2H9K A;  2Y8P A;  4CFP A;  4LT3 A;  1L35 A;  1CJ6 A;  2C8P A;  1IOC A;  3TMV A;  3TMW A;  1DYG A;  176L A;  1D6P A;  1LSP A;  259L A;  3CDV A;  3CDQ A;  2F4G A;  1QTZ A;  1LKS A;  1VDT A;  198L A;  1BB6 A;  1B7M A;  4NGY A;  192L A;  1L97 A;  1L98 A;  1QUH A;  1GF9 A;  3EML A;  5I4W A;  4AXT A;  3TXK A;  3LZ2 A;  4NSI A;  3L64 A;  1JSE A;  1UIC A;  1D3F A;  2D4K A;  3B0K A;  4XEN A;  1DPW A;  2EKS C;  3DN6 A;  2BLX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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