1G0JA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152s
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0jA00
1PQOA 240LA 1SX2A 2OE7X 1QT7A 3HWLA 3LZMA 2LZMA 2O79A 1KY0A 2RB0X 1T8FA 1G06A 4ARLA 160LA 1L27A 3C82A 3HT7A 1XJTA 2B6WA 2F32A 1P2RA 3HT8A 127LA 1L85A 1L98A 3HH4A 1G0LA 1L34A 1L09A 1L03A 3EMLA 1L41A 2RBSA 1D3NA 111LA 1L62A 4LDEA 3GUIA 1L02A 1LYJA 1OWZA 151LA 3SB5A 236LA 2RB1X 1G0GA 1C6NA 3DN0A 3F9LA 201LA 2L78A 1D2YA 3HTFA 1QUDA 243LA 213LA 1CX6A 3DN6A 1LI2A 200LA 1QT8A 2B6TA 3SN6R 147LA 3DN8A 235LA 157LA 161LA 1L79A 1P6YA 210LA 4I7RA 1L91A 1L89A 2OU0X 4GBRB 2Z6BA 2OU8A 4I7SA 3FADA 168LA 1PQIA 4ARMA 1QT3A 1G1WA 1L50A 1L08A 1D3JA 3GUMA 3GUJA 130LA 4I7MA 4I7PA 1C6DA 1L67A 3C7ZA 1L61A 2RBPA 1C6PA 1CTWA 3PBLA 170LA 3CDVA 254LA 3HUAA 137LA 1C68A 1L66A 1KS3A 4I7OA 1L26A 226LA 2Q9DA 190LA 1TLAA 3HT9A 4ARQA 4LZMA 150LA 1L70A 3C8QA 211LA 1C63A 1L17A 119LA 2B6XA 3C83A 3GUNA 3DN4A 237LA 1L81A 1CX7A 3NYAA 107LA 1D3FA 187LA 3DKEX 4I7LA 1C65A 3FI5A 1CU3A 1JTMA 3HH3A 3CDRA 1L60A 7LZMA 258LA 3VW7A 199LA 1L80A 1LI3A 3DN3A 1C6KA 247LA 1L48A 1DYBA 1L94A 3HTGA 4I7QA 1G0QA 1C6FA 1L96A 120LA 2B73A 1L14A 2RH1A 1L76A 223LA 2NTGA 4YXCA 1L36A 4W59A 4IAPA 1PQDA 1LYHA 1L19A 252LA 1OYUA 4OO9A 1CUQA 3DMXA 3HT6A 1LYDA 1DYGA 259LA 214LA 6LZMA 4EXMA 2B7XA 4W56A 3SBAA 129LA 4ARJA 2RBNA 169LA 3DMZA 1L18A 1KW5A 219LA 1T6HA 1PQMA 1L11A 1L46A 1L84A 185LA 113LA 2O4WA 171LA 3SB6A 1QTHA 1DYDA 1L83A 1QTVA 1P5CA 228LA 1L77A 1CV1A 1L44A 1LYFA 257LA 1L58A 3SB7A 1SWYA 4ZPUA 1C64A 215LA 1OVHA 217LA 4W54A 1C6CA 1WTHA 1L01A 3HU9A 1L59A 1NHBA 184LA 155LA 2LCBA 1C62A 234LA 102LA 1C6QA 233LA 2B74A 1D3MA 1L63A 4EKSA 4W55A 1L24A 1XEPA 1L57A 4I7NA 4DAJA 4YXAC 3FA0A 1L69A 1L68A 253LA 1PQKA 2B70A 2RBOA 3K2RA 1LGWA 4ARPA 245LA 1L53A 142LA 232LA 4W52A 3HTDA 1L0JA 2B72A 1L65A 4LDLA 128LA 1QUOA 4EKPA 191LA 1L31A 2B75A 2QARC 1T8AA 2NTHA 1C6BA 1L42A 2B6YA 1L29A 1L64A 1L47A 152LA 3HUKA 1L32A 2QB0B 3GUOA 162LA 238LA 3CDOA 3NY9A 230LA 180LA 1L20A 146LA 3GUPA 1QT5A 250LA 2OU9A 195LA 3C8RA 1L55A 248LA 1CU0A 1L52A 4EPIA 1C6HA 3GULA 2A4TA 164LA 1L99A 181LA 1LYEA 206LA 1CV5A 1L93A 1L16A 222LA 218LA 2OE9X 144LA 183LA 103LA 5LZMA 1L12A 4EKRA 167LA 4PJZA 1C66A 4S0WA 1T8GA 3G3WA 1CUPA 198LA 1LPYA 1QTZA 244LA 131LA 177LA 2O7AA 165LA 1KW7A 1XJUA 1L25A 1L43A 1L37A 2B6ZA 1KNIA 1L10A 2ANVA 1QTCA 4W58A 2F2QA 1L75A 246LA 1L82A 1P3NA 138LA 1G0MA 2IGCA 4W57A 2RAZX 189LA 2RBQA 1CV6A 220LA 1C6LA 4PK0A 3DN1A 1L95A 1L92A 172LA 1CV3A 110LA 3CDTA 1C60A 3OE6A 104LA 1P37A 1L56A 122LA 3ODUA 5I14A 3HH5A 224LA 1D2WA 1LW9A 1QUGA 227LA 1C61A 143LA 4W53A 209LA 1DYEA 1L28A 3F8VA 3HDFA 4EKQA 159LA 229LA 156LA 1CU2A 1L00A 1L15A 192LA 3CDQA 1QTBA 1DYAA 2RBRA 2HUMA 4GRVA 1L45A 1LI6A 1C6EA 1P36A 141LA 1JTNA 1L23A 2OEAX 1JQUA 1KY1A 1OV5A 176LA 1L07A 1ZWNA 1QS9A 1L54A 2OTYX 1LWKA 1ZYTA 1L0KA 126LA 242LA 3UONA 3HTBA 1L33A 1G07A 1C6MA 115LA 108LA 4EJ4A 1LGXA 1L38A 241LA 1C67A 1CU5A 1L90A 225LA 3L2XA 1B6IA 3HH6A 3DN2A 158LA 231LA 3C81A 1L51A 1L97A 4ARMB 1CV0A 1SWZA 256LA 3SBBC 1L86A 1L40A 1P64A 123LA 178LA 2HUKA 4K5YA 1DYFA 4LDOA 1G1VA 3G3XA 2HULA 1L71A 261LA 1L05A 140LA 1QTDA 1L39A 3NY8A 1G0KA 1L87A 1L74A 197LA 1LYIA 182LA 2OTZX 3V2WA 1D9WA 2RAYX 173LA 1LLHA 4AQNA 1LGUA 1T97A 4ARQB 260LA 1QSQA 196LA 1QS5A 1P7SA 1P2LA 3SB8A 4I7KA 1I6SA 3GUKA 1L21A 1LYGA 186LA 1OVJA 205LA 3DMVA 3C80A 1CVKA 1EPYA 1C6JA 3SB9A 174LA 1C6GA 2F47A 3RZEA 1QSBA 1SX7A 114LA 221LA 1C6AA 175LA 255LA 4YX7C 3JR6A 1C69A 1PQJA 3C7YA 4I7JA 2ANXA 3OE8A 1SSYA 125LA 3HU8A 1SSWA 1P46A 251LA 1L04A 3DNAA 3C8SA 1CU6A 3OE9A 216LA 1C6IA 1OV7A 2RB2X 1L72A 4E97A 118LA 1L73A 1DYCA 239LA 1L22A 1L06A 1LWGA 1C6TA 4I7TA 1CV4A 3C7WA 1G0JA 1L49A 188LA 148LE 3D4SA 212LA 3G3VA 1L30A 166LA 1QUHA 3L64A 3V2YA 4W51A 3QAKA 145LA 2OE4X 249LA 1L35A 262LA 2LC9A 1OWYA 163LA 4DJHA 139LA 1L88A 4EPFA 3OE0A 1P56A 2Q9EA 1G0PA 3HDEA 149LA 1L13A 1QT6A 3HUQA 1ZURA 3PDSA 1OVKA 1K28A 1QT4A 4DKLA 112LA 3RUNA 2CUUA 109LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YKYX 1PQOA 4OWEA 240LA 2BQNA 3HWLA 4N9RA 3WW6A 3K3TA 2ZILA 1T8FA 1G06A 4ARLA 1L27A 3AGGG 1XJTA 3HT7A 2B6WA 2F32A 1IWVA 127LA 3CT1A 1C46A 1L85A 3HH4A 5FHWA 3T36A 5HNLA 4TSCA 4OOOA 4Z46A 3W6CA 111LA 2NWDX 3BKHA 1L02A 2D4JA 4RLMA 1NBZC 4NFVA 4LFXA 3SB5A 1VATA 1YKXX 4PHIA 1IR8A 3DN0A 1CKGA 4W94A 5D5CA 3AYQA 1LZNA 1LI2A 1B5WA 147LA 1LTMA 161LA 2MEFA 1P6YA 2A7FA 2HEBA 1L89A 4ET9A 1IIZA 1B0DA 3FADA 1YL1X 1PQIA 1HFYA 3IJVA 1JKBA 3GUJA 1LHLA 4H9AA 4I7MA 5IELA 4N1CC 2RBPA 1C6PA 4G9SA 5KXWA 1GF8A 4ARQA 1L70A 1UA6Y 2XJWA 3C83A 3GUNA 1GF6A 2W1LA 4C5FA 1L81A 5LAGA 1D3FA 2BLXA 3FI5A 1JTMA 3M18B 1LMNA 1HSXA 2B5ZA 4ZEEA 3CDRA 2DQEY 1LI3A 2DQAA 1JUGA 1JPOA 1IWUA 1GF4A 3AJNA 3HTGA 5I4WA 1G0QA 4XENA 5HMVA 1L76A 223LA 2NTGA 4U3XB 4WO6A 4YXCA 4NSHA 4IAPA 3LYTA 3SP3A 1L19A 4H1PA 1WQOA 3FI7A 3DMXA 1DYGA 2LZTA 2HECA 3TXJA 5T3FA 5HMJA 4ARJA 4NGLA 169LA 1D0KA 1YANA 3W6AA 1KW5A 1LOZA 3WW5A 3SB6A 1Z55A 4H8ZA 1GF0A 5LVHA 1QTVA 3QY4A 1GFAA 3LYOA 4HPIA 1BVKC 1JHLA 4LT3A 3SB7A 1C6CA 1GE1A 3HU9A 1NHBA 4Z41A 5J7CA 102LA 1L63A 1GB0A 1GF7A 1XEPA 1GBSA 4DAJA 4YXAC 1OUJA 1L68A 3HBHA 1SQ2L 1OUCA 245LA 4QY9A 4N1EI 232LA 4B1AA 1IP1A 4NSGA 1W6ZA 1L65A 1HMKA 1DKKA 2B75A 3TXDA 1C6BA 1L42A 2B6YA 2Z18A 1B7MA 1L47A 1L32A 1LZSA 4QGZA 3W6BA 3TXBA 5A3EA 2Z39A 1IWXA 3ULRA 1LZ8A 3QNGA 248LA 2DQGY 1GPQC 135LA 1WQQA 164LA 3N9AA 4ZIXA 1LYEA 2EPEA 218LA 1HC0A 4GN5C 1LSCA 4PJZA 4S0WA 1VEDA 198LA 5LVIA 4XYYA 2HEDA 1KW7A 1L43A 2B6ZA 4W58A 2ANVA 1QTCA 2F2QA 4NGWA 4MSTA 1G0MA 1CJ6A 1O23A 4W57A 2RAZX 2A7DA 1CV6A 4NGVA 1C6LA 4PK0A 3IWRA 2AUBA 3P68A 1CV3A 3CDTA 1C60A 1YQVY 4H9EA 104LA 5FDJA 1LZ4A 5F9XA 1L56A 122LA 1GBOA 3HH5A 5A3ZA 1HERA 4HJYA 1IR9A 3CQLA 1REYA 1LSMA 5B1GA 2XBSA 143LA 1LKRA 1L28A 2MEAA 1CU2A 3P66A 1L15A 3RNXA 192LA 1XEKA 4DD7A 3A3QA 4GRVA 2IHLA 2LYZA 1IOTA 1ZMYL 1C6EA 4WO9A 1BWJA 4GLVA 1INUA 5LVKA 4YM8A 5LYZA 4XJBA 5DL9A 4AGAA 1JQUA 1KY1A 176LA 1L07A 1QS9A 3W6FA 126LA 1L0KA 4NSJA 3WVXA 1L33A 1LHMA 1B5VA 4EJ4A 1LGXA 1B2KA 1LMCA 1GE2A 3L2XA 3C81A 1L97A 5LIOA 1CV0A 3SBBC 1LZBA 4HJZA 1L40A 1P64A 4K5YA 4MR1A 1DYFA 1G1VA 2BQFA 1L05A 4LYBA 1LKSA 3NY8A 1G0KA 197LA 1LZDA 182LA 1D9WA 2RAYX 173LA 1LGUA 1EQ5A 1V7TA 5C6LA 1P2LA 3HBEX 186LA 205LA 3DMVA 4KL7A 5M1YA 2CWIA 174LA 4TSBA 2F47A 4H9FA 1QSBA 3RW8A 4DD1A 1C6AA 1NBYC 4NGOA 1IC7Y 1YILA 3C7YA 4I7JA 2ANXA 1IP4A 4LGKA 3HU8A 251LA 2MECA 4IJ4A 3C8SA 1CJ9A 1CU6A 4BS7A 1LHIA 1C6IA 3A94A 3WUAA 239LA 1L22A 3AW7A 4I7TA 1FLUA 4WL6A 148LE 3P65A 3D4SA 212LA 3G3VA 1QUHA 166LA 3L64A 4NIJA 1AT5A 3F6ZA 2RSCA 1L35A 1FN5A 2BQOA 4NGIA 1OWYA 4DJHA 1NMMA 4HTKA 3CT5A 3OE0A 1P56A 1C10A 1L13A 3HUQA 4RLNA 3PDSA 4OWBA 109LA 1SX2A 5KXXA 4GCDA 1DI5A 3LZMA 2LZMA 1WQPA 1LZ1A 1MLCE 3HT8A 4NGJA 1GB9A 4A7DA 1L98A 4GN4A 1L34A 1L09A 1L03A 3EMLA 1GE3A 1L41A 4HP0A 1IO5A 4CGEA 1LSNA 1LYJA 151LA 4H91A 2MEDA 236LA 1DQJC 3CSRA 1G0GA 3F9LA 201LA 3CB7A 4DDBA 1NKHA 1QUDA 1C08C 1LZCA 1GB3A 1QT8A 5E9RA 3WU8A 1JTPL 1OUGA 4WOAA 3A90A 2Z6BA 1QSAA 1GB2A 168LA 3WPJA 4ARMA 1L50A 3TXEA 5HNCA 1C6DA 4DQJA 3TMUA 1L67A 4W96A 4B4EA 1UIGA 1LJFA 5F16A 4E3UA 2BQCA 3CDVA 3HUAA 1XGTC 1EQEA 1KS3A 4I7OA 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244LA 2ZQ3A 1GB7A 2O7AA 4ETEA 1XFPL 1L25A 1L10A 4J7VA 1L75A 2ZYPA 1L82A 2BPUA 1FKVA 2IGCA 189LA 3A67Y 220LA 132LA 4HV1A 2WARA 2BQHA 110LA 207LA 1P37A 1LMPA 1GF9A 1GE0A 2DQFC 2GV0A 4UWUA 3WUMA 4J1BA 5I14A 1D2WA 1LW9A 1QUGA 3ATNA 4WLYA 1JWRA 3A92A 3ZEKA 4W53A 3B0IA 209LA 3F8VA 3AGHA 3D9AC 1C43A 4NGKA 4BADA 2MEGA 1GF3A 1VFBC 3W6EA 1B7LA 2ZQ4A 1L00A 1JJ0A 1GBXA 4C3WA 2YSSC 2C8OA 4NHSA 3G3AB 3EMSA 3LYMA 2HUBA 2D91A 3AZ7A 4UWNA 1LHHA 3TXHA 3LZTA 1TDYA 3HFMY 1ZWNA 3UONA 2OTYX 1LWKA 1ZYTA 1C6MA 108LA 2ZYCA 1YAMA 4J1AA 3EO5A 1XEJA 194LA 1CU5A 1L90A 1B6IA 3HH6A 1D0MA 1SWZA 2VB1A 2DKVA 1L86A 2BQAA 3LN2A 5HQ1A 3G3XA 1GDWA 1LAAA 140LA 1HF4A 1QTDA 4WMGA 1LYIA 1HENA 4G4CA 4N0JA 7LYZA 2OTZX 1A2YC 1GAZA 2LZ2A 4AQNA 3WUNA 1QSQA 2YBNA 3SB8A 4I7KA 1AKIA 3GUKA 4EOFA 3W3EA 1LPIA 4Z3MA 1EPYA 5LYTA 1LMTA 4N5RA 5I53A 5HLLA 175LA 2BQKA 1C69A 4CFPA 1PQJA 4RW2A 1GAYA 1SSYA 1UIBA 2LHMA 2I26L 2D4IA 216LA 2BQLA 1OV7A 1L73A 1DYCA 1L06A 1KIPC 1IWWA 2XTHA 3C7WA 188LA 2BLYA 3WU9A 208LA 1LZGA 4CHXA 3V2YA 4W51A 1NQIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YKY X;  1PQO A;  4OWE A;  240L A;  2BQN A;  3HWL A;  4N9R A;  3WW6 A;  3K3T A;  2ZIL A;  1T8F A;  1G06 A;  4ARL A;  1L27 A;  3AGG G;  1XJT A;  3HT7 A;  2B6W A;  2F32 A;  1IWV A;  127L A;  3CT1 A;  1C46 A;  1L85 A;  3HH4 A;  5FHW A;  3T36 A;  5HNL A;  4TSC A;  4OOO A;  4Z46 A;  3W6C A;  111L A;  2NWD X;  3BKH A;  1L02 A;  2D4J A;  4RLM A;  1NBZ C;  4NFV A;  4LFX A;  3SB5 A;  1VAT A;  1YKX X;  4PHI A;  1IR8 A;  3DN0 A;  1CKG A;  4W94 A;  5D5C A;  3AYQ A;  1LZN A;  1LI2 A;  1B5W A;  147L A;  1LTM A;  161L A;  2MEF A;  1P6Y A;  2A7F A;  2HEB A;  1L89 A;  4ET9 A;  1IIZ A;  1B0D A;  3FAD A;  1YL1 X;  1PQI A;  1HFY A;  3IJV A;  1JKB A;  3GUJ A;  1LHL A;  4H9A A;  4I7M A;  5IEL A;  4N1C C;  2RBP A;  1C6P A;  4G9S A;  5KXW A;  1GF8 A;  4ARQ A;  1L70 A;  1UA6 Y;  2XJW A;  3C83 A;  3GUN A;  1GF6 A;  2W1L A;  4C5F A;  1L81 A;  5LAG A;  1D3F A;  2BLX A;  3FI5 A;  1JTM A;  3M18 B;  1LMN A;  1HSX A;  2B5Z A;  4ZEE A;  3CDR A;  2DQE Y;  1LI3 A;  2DQA A;  1JUG A;  1JPO A;  1IWU A;  1GF4 A;  3AJN A;  3HTG A; 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