1G0KA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152c
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITCFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0kA00
1P64A 2RBOA 110LA 3RZEA 4EKRA 229LA 1ZWNA 176LA 258LA 198LA 3DN3A 1L92A 1LYEA 1G0KA 3DN6A 3HU9A 1L72A 4ZPUA 249LA 1L98A 2OE7X 1SSWA 1PQMA 3HUKA 3FA0A 238LA 1L87A 111LA 4YXAC 173LA 2B6WA 235LA 2NTHA 1L71A 3GUOA 142LA 1L12A 1LYIA 125LA 1L30A 4EKQA 163LA 3C8QA 1OVHA 1EPYA 2OTZX 3FADA 3SB7A 1NHBA 3DMZA 223LA 3DKEX 1QT8A 230LA 1QTVA 3OE9A 1XJTA 1CV4A 4I7KA 151LA 1L05A 233LA 1L13A 3VW7A 2QB0B 2IGCA 1L52A 4W51A 3V2WA 1CU5A 211LA 1QT5A 1KW7A 1L34A 1G07A 1L25A 1G06A 4I7QA 1L99A 1L60A 2QARC 1QUOA 118LA 4LDEA 3K2RA 1C6PA 171LA 3V2YA 1L97A 126LA 1XEPA 165LA 1L04A 3EMLA 1L37A 145LA 1CU2A 120LA 3DMXA 1G1VA 107LA 1TLAA 3HH3A 4ARMA 4EKPA 3CDOA 1SX7A 1JTNA 1C6AA 2OE9X 2HULA 1G0JA 147LA 4W59A 4I7NA 1L23A 2OTYX 3C83A 1L08A 3NY8A 1L85A 1T8AA 1D3FA 1L14A 1LLHA 108LA 3F9LA 1L24A 2Q9DA 4I7SA 141LA 3C7WA 3C8RA 1L36A 1LPYA 222LA 3PBLA 231LA 1L53A 1C66A 218LA 1CU3A 1OVJA 257LA 4W53A 3GUJA 3SB9A 187LA 4ARQA 3SB8A 3C82A 2B6YA 3HT8A 1C6GA 4I7LA 234LA 1T6HA 1C6EA 1L19A 206LA 247LA 1L39A 4DJHA 1LI3A 130LA 1L96A 1CU6A 1L63A 3DN8A 1LWKA 240LA 1KY1A 1OV5A 1DYGA 1KS3A 4YXCA 246LA 1CV1A 1QUHA 4I7OA 1L43A 1LI2A 3RUNA 2ANVA 3DNAA 2B74A 1OWZA 4EXMA 252LA 248LA 1DYEA 137LA 1L45A 1QT4A 160LA 1P2LA 1P5CA 3GULA 1L22A 1L26A 2RAZX 3HTDA 3OE0A 1L57A 1L66A 1P2RA 244LA 1LGXA 1QS5A 3HTGA 4DKLA 226LA 3HU8A 1QTDA 1LYFA 2OEAX 3HT7A 4S0WA 1I6SA 1CV3A 217LA 3HH6A 4ARLA 3F8VA 3LZMA 1L93A 2B6ZA 1C6HA 4LZMA 1DYBA 1L89A 146LA 1SWYA 1D9WA 1L41A 1OYUA 1C6BA 1P46A 196LA 1QUDA 1L42A 164LA 1LGUA 178LA 220LA 1P6YA 1B6IA 1D3NA 1L65A 262LA 1C6DA 212LA 150LA 1DYCA 3CDQA 1LGWA 156LA 4W52A 1L40A 1L49A 158LA 1LYGA 2B73A 4E97A 1KNIA 3UONA 1C6TA 3GUKA 5LZMA 2NTGA 3C81A 4W54A 199LA 3HT9A 148LE 4DAJA 2O4WA 1C61A 128LA 1L46A 1L21A 1QSQA 225LA 1QT6A 1L18A 1L77A 103LA 3G3XA 1PQJA 3SBBC 112LA 3HTFA 1C68A 149LA 1PQIA 2F32A 1L29A 1DYFA 157LA 3DN4A 3SB6A 4EKSA 1L58A 4LDLA 1L69A 1L83A 3DMVA 1L74A 3CDVA 4ARPA 1G0GA 2Z6BA 1L00A 1KY0A 122LA 1C6FA 1C6LA 3DN2A 214LA 1G0PA 1LYHA 1CX7A 219LA 2OE4X 6LZMA 215LA 1QTBA 169LA 243LA 1L0KA 3GUPA 1T97A 4K5YA 168LA 3NYAA 210LA 1P36A 1ZYTA 4ARMB 1QUGA 138LA 1G0MA 1L76A 1QSBA 4W56A 1L28A 166LA 3GUNA 250LA 1OV7A 175LA 1L35A 1CUPA 129LA 1C6MA 1L50A 152LA 1K28A 209LA 1L59A 2RBPA 2O7AA 3L2XA 2L78A 4YX7C 1P3NA 4I7RA 1QTZA 241LA 2OU0X 1L27A 1CVKA 1JQUA 1L10A 245LA 1L01A 3C7ZA 174LA 1L54A 1L33A 1L03A 3NY9A 228LA 3CDRA 1L94A 1L95A 3HDFA 200LA 4LDOA 140LA 1SSYA 3CDTA 2LC9A 216LA 2RBSA 1JTMA 114LA 1D3MA 1L31A 4I7MA 4ARQB 5I14A 1C65A 1L61A 159LA 1L47A 1C62A 2B72A 1C6CA 144LA 189LA 2RB0X 1LI6A 1P56A 3HT6A 4W58A 1L75A 1PQDA 2RB2X 1C6KA 1CTWA 1L48A 3JR6A 3G3WA 1G0QA 1LYDA 232LA 2F2QA 3C7YA 102LA 2B7XA 7LZMA 1OWYA 3PDSA 1PQKA 260LA 1SX2A 4W55A 4EPFA 1L16A 201LA 1C60A 1L07A 3SN6R 182LA 4ARJA 2RBRA 115LA 4IAPA 1L38A 2HUMA 1C6QA 1C64A 1LW9A 2O79A 1WTHA 205LA 1QT3A 3HWLA 1L06A 3QAKA 123LA 2A4TA 1ZURA 3HUQA 181LA 172LA 167LA 3HUAA 221LA 1C6JA 180LA 4GRVA 256LA 192LA 4EJ4A 227LA 4AQNA 139LA 4I7TA 1L55A 3HDEA 1L11A 1QS9A 104LA 127LA 1C6IA 1L51A 1D2WA 177LA 2RAYX 2B6XA 109LA 3HH4A 1OVKA 1PQOA 1L0JA 3C8SA 155LA 3OE8A 161LA 2OU8A 1L32A 113LA 1L20A 3HTBA 170LA 2B6TA 197LA 1T8GA 4PJZA 143LA 2RBQA 1L82A 1T8FA 242LA 224LA 254LA 3ODUA 3C80A 4OO9A 2RB1X 1CV5A 1L80A 1L62A 213LA 2HUKA 1QT7A 2B70A 1L70A 1L79A 255LA 1L02A 2Q9EA 3D4SA 3SBAA 191LA 1D3JA 3L64A 183LA 3HH5A 2LCBA 1L56A 253LA 1L88A 1XJUA 3DN0A 4PK0A 1L90A 1D2YA 1L91A 3DN1A 3G3VA 2RBNA 1P7SA 1L17A 190LA 1G1WA 3GUMA 1P37A 1CUQA 1CV0A 1DYDA 119LA 195LA 1CX6A 2RH1A 1L15A 3GUIA 4GBRB 4I7PA 3SB5A 2ANXA 4I7JA 188LA 1LWGA 261LA 4EPIA 1L67A 1L81A 236LA 2B75A 1CU0A 1L68A 3OE6A 1L84A 1SWZA 1C63A 2CUUA 1L86A 251LA 131LA 2F47A 1CV6A 186LA 185LA 1C6NA 1C69A 237LA 1G0LA 1QTCA 1L09A 162LA 1L44A 1LYJA 1C67A 3FI5A 1QTHA 2OU9A 184LA 1DYAA 1KW5A 1L73A 2LZMA 239LA 1L64A 4W57A 259LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBOA 110LA 3RZEA 176LA 258LA 3A6CY 1MELL 1NQIA 1G0KA 3DN6A 1B5WA 3LYOA 1LSNA 1PQMA 3FA0A 2Z37A 5KXSA 2BQBA 4DWXA 4YXAC 2NWDX 4LFPA 1OUFA 2BQDA 2B6WA 2NTHA 142LA 1LYIA 4EKQA 3TXGA 2BQLA 4H93A 1EPYA 3SB7A 1NHBA 223LA 230LA 1QTVA 1OQMA 1L05A 5B05A 2DKVA 4W51A 3V2WA 211LA 1HFZA 4NGLA 134LA 1QUOA 118LA 4LDEA 1REMA 1C6PA 3J6KA 1CU2A 1LTMA 5L3HA 3ZVQA 1BHZA 3CDOA 1JTNA 2OE9X 1BVKC 4DDCA 1G0JA 5D5CA 1LHJA 1L23A 4PPOA 2DBTA 2MEAA 1GFTA 3NY8A 1L85A 2CDSA 3A94A 4H9FA 1D3FA 1LLHA 1LSAA 4NHSA 5E9RA 3C8RA 5LINA 1QUTA 1HSXA 3WUMA 4ANRA 4W53A 1REXA 133LA 1EQ5A 1B7SA 1JTOL 187LA 2Z2FA 1VATA 1T6HA 1L19A 206LA 6LYTA 4NSGA 1LI3A 1CU6A 3AGIA 2BLXA 1IOCA 4G4BA 1KY1A 1DYGA 1WVVA 4IASA 8LYZA 1B7OA 1C10A 1V7TA 2MECA 4I7OA 1GHLA 2ANVA 4B4IA 1OWZA 252LA 5LVKA 1DYEA 4MR1A 4OOOA 5ILCA 3GULA 1TAYA 1L26A 1BQLY 4NG8A 2RAZX 3TXFA 1OUHA 3B72A 1L57A 244LA 3WYHA 3HU8A 1NDMC 1LSZA 4S0WA 4A7DA 1I6SA 3HH6A 1W6ZA 4ZIXA 3EBAB 1L93A 2DQJY 5F81A 4LZMA 1PS5A 1GE2A 1L41A 1OYUA 4NGWA 4M4OA 1C6BA 4RW2A 1WQMA 3EMSA 5FCPA 196LA 164LA 1P6YA 1LJEA 4E97A 4GLVA 1KNIA 1C6TA 3GUKA 4B49A 3C81A 1L21A 1QT6A 1B7RA 1PQJA 1BWIA 112LA 1GBYA 1PQIA 1IWTA 1FKVA 157LA 4EKSA 2F4AA 1YROA 1CNSA 1LHKA 1L74A 3CDVA 1VDTA 2Z6BA 4WMGA 3G3BB 3B6LA 1IY3A 1WQRA 5LVHA 1DI5A 3W6DA 3NYAA 3ZVQB 138LA 3TXJA 5KJ9A 3W6EA 1LMOA 1CKHA 1A2YC 1L28A 166LA 250LA 2Z18A 2ZNXY 5HNLA 1LZ5A 1L35A 4H9EA 4J1BA 2OU0X 4TTDA 4M6DA 3CT1A 3C7ZA 4OW1A 174LA 1L54A 2GV0A 2H5ZA 4NHQA 4EMNA 3CDRA 1P2CC 4C5FA 1L95A 200LA 3WL2A 140LA 3TXKA 2D91A 2LC9A 3IJUA 1CJ9A 5K7OA 5I5QA 1OUDA 4G9SA 1L31A 1LKSA 3RW8A 1L47A 1C62A 5B59A 5HMVA 1JEFA 2RB2X 3JR6A 1OUGA 1KIRC 1G0QA 1LYDA 2F4GA 1GE4A 4L41A 4WO9A 4OWAA 4N9RA 2ZILA 5D5FA 1SX2A 1LZNA 4WM5A 4EPFA 4OWBA 1L38A 1C6QA 2O79A 1VEDA 1WTHA 1UICA 1ZURA 4MCKA 2HEDA 2BQAA 1YKZX 1GDWA 4FJRA 154LA 1GE0A 1GB6A 1VDPA 1L55A 3HDEA 4TSBA 1C6IA 1HEOA 4PRUA 1RE2A 2YBLA 3A92A 1PQOA 2VB1A 5HLLA 155LA 3TXDA 3AZ4A 3LYMA 4PJZA 5APEA 5KXOA 143LA 4GCBA 3WPLA 4NGZA 2BQNA 1L80A 1HENA 3TXBA 5JENB 1IOSA 1L02A 3D4SA 1QTEA 5A3EA 2IHLA 1QSWA 1T3PA 4EOFA 2D6BA 1L91A 5M1YA 3AW6A 4LZTA 2A7DA 4PJ2C 1VDQA 1LHHA 2I25L 195LA 1CX6A 1GDXA 1NWGA 1JKAA 1L81A 236LA 1L68A 3AGHA 3OE6A 1HEWA 4WM4A 1LJJA 4D9ZA 3IWRA 1XGQC 2BPUA 3WMKA 2XBRA 3FI5A 1UIAA 184LA 1IX0A 2F30A 2LZMA 1HFYA 3CB7A 1ZWNA 1OP9B 135LA 5II3A 1C46A 1L92A 3HU9A 4ZPUA 4LYCA 132LA 3M18B 4WG1A 1IWUA 5F14A 1LZCA 1QDRA 173LA 1OUAA 1B7QA 1L71A 2AUBA 1KXXA 4UWNA 2W1XA 3DMZA 2DQEY 3DKEX 1QT8A 1YANA 1XJTA 4I7KA 1LMAA 2LZTA 151LA 3SP3A 2IGCA 1QT5A 1L34A 1B9OA 2ZQ3A 4I7QA 3AZ5A 1GE3A 1L60A 1SLYA 4FDYA 4W96A 1I1ZA 5LYZA 4N8ZA 7LYZA 1IP6A 1GD6A 4DC4A 3EMLA 1Z55A 1L37A 194LA 3HH3A 1LYOA 1B5ZA 2DQAA 1IO5A 2F2NA 4DQ7A 4WO6A 1JWRA 5DLAA 1GBOA 4U3XB 1GBWA 1EQEA 1L36A 1LPYA 3BKVA 207LA 3CT0A 4DDBA 1C66A 3KAMA 1XGRC 1DI4A 1CU3A 4XADA 1KXWA 4KL7A 3SB9A 5KXTA 3SB8A 1L39A 1JJ3A 130LA 4R6CA 3DN8A 5KKIA 5B1FA 1CJ8A 2BLYA 3HFMY 2W1MA 1LWKA 1OV5A 1HC0A 1L43A 1LI2A 3DNAA 1GWDA 4ETDA 4HTQA 4I8SA 248LA 1GFRA 4RDSA 1AM7A 4HJZA 1L22A 3EO5A 1LZEA 3TMXA 4G4HA 3HTDA 1IP1A 3OE0A 2LZ2A 2MEFA 1LGXA 1QTDA 1HEMA 3HT7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RBO A;  110L A;  3RZE A;  176L A;  258L A;  3A6C Y;  1MEL L;  1NQI A;  1G0K A;  3DN6 A;  1B5W A;  3LYO A;  1LSN A;  1PQM A;  3FA0 A;  2Z37 A;  5KXS A;  2BQB A;  4DWX A;  4YXA C;  2NWD X;  4LFP A;  1OUF A;  2BQD A;  2B6W A;  2NTH A;  142L A;  1LYI A;  4EKQ A;  3TXG A;  2BQL A;  4H93 A;  1EPY A;  3SB7 A;  1NHB A;  223L A;  230L A;  1QTV A;  1OQM A;  1L05 A;  5B05 A;  2DKV A;  4W51 A;  3V2W A;  211L A;  1HFZ A;  4NGL A;  134L A;  1QUO A;  118L A;  4LDE A;  1REM A;  1C6P A;  3J6K A;  1CU2 A;  1LTM A;  5L3H A;  3ZVQ A;  1BHZ A;  3CDO A;  1JTN A;  2OE9 X;  1BVK C;  4DDC A;  1G0J A;  5D5C A;  1LHJ A;  1L23 A;  4PPO A;  2DBT A;  2MEA A;  1GFT A;  3NY8 A;  1L85 A;  2CDS A;  3A94 A;  4H9F A;  1D3F A;  1LLH A;  1LSA A;  4NHS A;  5E9R A;  3C8R A;  5LIN A;  1QUT A;  1HSX A;  3WUM A;  4ANR A;  4W53 A;  1REX A;  133L A;  1EQ5 A;  1B7S A;  1JTO L;  187L A;  2Z2F A;  1VAT A;  1T6H A;  1L19 A;  206L A;  6LYT A;  4NSG A;  1LI3 A;  1CU6 A;  3AGI A;  2BLX A;  1IOC A;  4G4B A;  1KY1 A;  1DYG A;  1WVV A;  4IAS A; 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