1G0MA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant t152i
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITIFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0mA00
251LA 1XJTA 2B73A 1CUQA 1OWZA 1L68A 2RBNA 4LDOA 261LA 4E97A 1T97A 4S0WA 125LA 5I14A 1L24A 4EJ4A 1PQKA 1OVKA 1C6JA 1CUPA 4W53A 1P56A 234LA 3SB9A 257LA 201LA 4YXAC 166LA 118LA 138LA 1PQJA 1L88A 3HH3A 4EXMA 2RBOA 1CV1A 217LA 3CDTA 2F32A 3CDRA 4GBRB 1L41A 1C6QA 1ZWNA 1CVKA 181LA 1L59A 210LA 3OE8A 3SN6R 3GUNA 3SB8A 1G07A 1CX6A 1JTMA 1L34A 1P64A 211LA 1QTHA 2B6XA 3GUKA 3HTBA 3CDVA 4I7QA 3HTDA 1KW7A 1CU0A 4I7MA 1L47A 1KW5A 1C60A 3V2WA 188LA 1D2WA 1DYBA 103LA 1JTNA 223LA 1L69A 1L39A 3L64A 1L43A 1XEPA 3HUQA 152LA 2Z6BA 225LA 3G3VA 3NY8A 1L17A 3RUNA 235LA 1ZURA 1C6AA 1KS3A 114LA 4W52A 209LA 3C8SA 1KY0A 3C82A 170LA 180LA 1EPYA 4YXCA 1QT6A 1L72A 4W51A 1LPYA 2B7XA 1L80A 1C65A 1D3MA 187LA 1QTVA 173LA 1L05A 126LA 1C67A 1P6YA 129LA 1L57A 1LI2A 232LA 1SWYA 142LA 1QUGA 3GUOA 215LA 2NTGA 1QS9A 1QSBA 3HT8A 1G0QA 1L09A 1LWGA 1LYEA 2OU9A 2B74A 1L73A 2B72A 2OE7X 2LZMA 1KY1A 1I6SA 2RBQA 1L63A 3OE6A 163LA 1KNIA 1D3NA 1OYUA 1L12A 2QB0B 4W55A 4W56A 1QTDA 1G1VA 4IAPA 1QUHA 253LA 1LI3A 245LA 2OU0X 220LA 2HULA 1L36A 1P37A 1QS5A 3G3XA 4ARMB 3QAKA 3CDOA 4ARLA 246LA 1XJUA 2RAYX 1LYGA 2ANVA 1L79A 3DN4A 1P46A 1LYJA 145LA 3C8QA 1L89A 206LA 3DN3A 4YX7C 3JR6A 1D3FA 2OE4X 1K28A 1L10A 1SX2A 1G0GA 3DN6A 1DYCA 1L96A 1DYGA 1C6EA 1P2RA 3SB6A 259LA 3NY9A 4ARMA 1L49A 141LA 1L67A 127LA 1L53A 2B6WA 3HU9A 190LA 107LA 1L25A 150LA 1L30A 1L81A 130LA 255LA 1L19A 3HH5A 1L98A 1OVJA 1C6KA 1C6LA 183LA 222LA 239LA 1PQMA 3DMVA 2OE9X 1LGXA 1L38A 3C80A 1L82A 184LA 1L95A 1L03A 3SBBC 3NYAA 158LA 1L55A 3LZMA 1L99A 1L27A 157LA 195LA 1L18A 1P7SA 3C8RA 177LA 200LA 4PJZA 1C66A 2LC9A 1OVHA 3HH4A 3DN0A 1CX7A 1L74A 3DN8A 4W57A 4EKPA 3L2XA 4ARPA 1L91A 248LA 1P36A 1L16A 3EMLA 1C6GA 3SBAA 1L56A 252LA 161LA 4EKRA 3CDQA 2F47A 1QT7A 1C61A 1L93A 226LA 147LA 1L61A 2RBRA 1L85A 1L70A 3C7ZA 143LA 1LGWA 1LI6A 1T8FA 1QT5A 1C6CA 3SB5A 2NTHA 3DN1A 1L51A 128LA 3HU8A 3HDEA 1L44A 1CV4A 1P3NA 1L31A 1CU2A 1DYDA 1L90A 115LA 243LA 231LA 1LLHA 1L75A 120LA 1L97A 1CV3A 4I7KA 1G0KA 4I7SA 1L86A 1L46A 260LA 1QTZA 4EKSA 155LA 1CV5A 1G0LA 1L23A 4ZPUA 216LA 1C69A 171LA 2L78A 1L42A 3V2YA 1P2LA 165LA 3FADA 1G0PA 3HUAA 4DAJA 3F9LA 3DKEX 1QTCA 1SSYA 122LA 1OV5A 1QT3A 1L14A 228LA 1L76A 1L29A 213LA 240LA 2O4WA 258LA 3OE9A 237LA 3DN2A 196LA 218LA 2B6TA 175LA 1L37A 1WTHA 3DMXA 1QUOA 1L13A 214LA 224LA 4LZMA 176LA 2RH1A 3C83A 1L00A 1C6FA 1CTWA 168LA 178LA 1L21A 191LA 1B6IA 2Q9DA 162LA 4OO9A 1DYAA 186LA 242LA 5LZMA 164LA 3C7WA 1L01A 1L62A 108LA 230LA 2CUUA 2RBPA 1QT8A 113LA 3HT6A 3DNAA 2ANXA 3VW7A 221LA 2OEAX 1L02A 2RB2X 3PBLA 1NHBA 2IGCA 3HTGA 254LA 1C62A 119LA 1LYHA 1L35A 1G0JA 1L04A 1L20A 3HDFA 1L32A 1L60A 1PQIA 109LA 199LA 3GUMA 3F8VA 1SSWA 1LYDA 2F2QA 3FA0A 4ARQB 1L54A 4EPIA 1T8GA 3HT7A 1CV0A 1L33A 1C6PA 1C6TA 2RB0X 1PQOA 139LA 3D4SA 7LZMA 241LA 1LYFA 111LA 1L52A 262LA 3PDSA 167LA 1L48A 1QSQA 3GUJA 1L71A 4LDEA 1LYIA 2RB1X 197LA 110LA 4ARQA 1DYEA 1C6MA 1C6NA 4ARJA 1CU3A 149LA 3HWLA 4K5YA 2RAZX 2OTYX 2B6YA 1C68A 205LA 2A4TA 1JQUA 1L11A 1C6IA 1L66A 1L65A 4DJHA 3SB7A 4EPFA 1CV6A 104LA 2B70A 227LA 144LA 192LA 1C63A 1C6BA 2QARC 219LA 3UONA 1C64A 3HUKA 102LA 1SX7A 1DYFA 1L84A 1LGUA 2O7AA 3OE0A 4AQNA 140LA 131LA 123LA 1D9WA 1OWYA 1L94A 160LA 1L40A 1G1WA 3DMZA 137LA 1ZYTA 3HH6A 1L50A 169LA 1L58A 1C6DA 182LA 159LA 1D3JA 1L45A 250LA 4I7PA 2O79A 1L22A 156LA 1LW9A 2HUKA 4W59A 3FI5A 4PK0A 4I7TA 4I7LA 1T6HA 1TLAA 1L15A 244LA 3RZEA 172LA 4W58A 4EKQA 1L77A 2Q9EA 3C7YA 1L06A 3GULA 174LA 3C81A 3HTFA 1L64A 4LDLA 1L87A 256LA 1PQDA 4GRVA 4W54A 4I7OA 146LA 249LA 1G06A 3GUPA 1L08A 4I7RA 1LWKA 1L26A 1P5CA 185LA 238LA 2OTZX 2LCBA 2B75A 1L92A 1G0MA 1L83A 4I7NA 1L28A 198LA 247LA 189LA 3HT9A 3ODUA 1T8AA 6LZMA 3GUIA 233LA 1L0JA 2RBSA 1QUDA 112LA 212LA 1D2YA 1CU5A 1QTBA 236LA 148LE 1OV7A 151LA 1C6HA 1L07A 1QT4A 2HUMA 3K2RA 4DKLA 1CU6A 229LA 1L0KA 4I7JA 1SWZA 3G3WA 2B6ZA 2OU8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2C8OA 2YBMA 1OWZA 1NBZC 1IVMA 261LA 1GAYA 4J1AA 3CSZA 1QQYA 2H9JA 4RDSA 4H1PA 1LJJA 1UCOA 3ATOA 257LA 201LA 2I25L 1PQJA 2HEEA 2RBOA 1LSEA 3AZ6A 217LA 2F32A 3CDRA 3B6LA 3BKHA 4GBRB 5KKJA 2EKSC 1CVKA 4MR1A 3EMSA 1L59A 3OE8A 2B6XA 1B7NA 1QTHA 2PC2A 3HTDA 194LA 1T3PA 1LZSA 3RW8A 1DYBA 1F0WA 1LMAA 223LA 1LCNA 1XEPA 4UWUA 2Z6BA 1OUFA 3GXRA 1KS3A 209LA 4YXCA 3M3UA 3D9AC 1B0DA 1IP6A 1LZYA 2MEIA 4PPOA 2ZIJA 1D3MA 3A3QA 1L05A 5A3ZA 1P6YA 5KJ9A 142LA 3GUOA 1XEIA 1LMTA 1QS9A 2NTGA 3WYHA 1LAAA 4N8ZA 1LZ4A 5KXPA 1LJFA 4LYMA 2B72A 3A8ZA 4TSCA 1KNIA 4OWHA 1D3NA 1L12A 2QB0B 1D0LA 4W56A 4LGKA 134LA 1QTDA 1VDPA 245LA 5IELA 2OU0X 4H9CA 133LA 1IR8A 1L36A 1P37A 2YBJA 2BQLA 1GFAA 1LPIA 3TXJA 2MEGA 4B4EA 1LYJA 3DN3A 1LZ1A 1D3FA 1L10A 1SX2A 1N4FA 4NHSA 1DYGA 1IY3A 4H8XA 3A91A 3SP3A 1REMA 3NY9A 1L49A 4KXIA 1L53A 4ANRA 2DQDY 2YBLA 1HMLA 1UIHA 1OUJA 1HEOA 2HECA 1L19A 3HH5A 1LSZA 1OVJA 1C6KA 1GFGA 4XN6A 1D0MA 2OE9X 1L03A 3SBBC 3NYAA 158LA 3WUAA 4WM3A 1V7TA 1L99A 1JISA 4G4HA 1L27A 4H8YA 4KT3A 200LA 1GF7A 4FJRA 4I0CA 1GFTA 3HH4A 4HV2A 1GXXA 1CX7A 4HSFA 1L74A 5KXMA 2BQEA 2DQHY 4HTQA 5LIOA 1CJ9A 1L56A 252LA 2HEBA 4IJ4A 1QT7A 2HEFA 5APDA 4LYBA 147LA 3A3RX 4HJZA 5I4YA 143LA 1LGWA 4B1AA 1QT5A 2NTHA 3N9AA 3HDEA 5HNCA 3WPJA 1DYDA 1XGUC 243LA 4DD0A 1LLHA 3TMXA 1YKYX 1GFRA 1YAQA 1NQIA 1HFZA 155LA 1JKDA 1L42A 3TXHA 3TXIA 3P64A 5I54A 1D9UA 1LOZA 1WTNA 2DQAA 1YANA 4DAJA 3N9EA 5JENB 5L3IA 1UC0A 1L14A 1L29A 3A6CY 1VDSA 1LSCA 1GFKA 196LA 1LJGA 2W1LA 3AYQA 2MEFA 3ZVQB 1WTHA 1QUOA 1J1OY 1LZ6A 1CKHA 2BPUA 5FCPA 1C6FA 1CTWA 168LA 178LA 1G7HC 4OO9A 1DYAA 2G4PA 186LA 1HEMA 2I26L 5LZMA 164LA 2DQCY 3ZVQA 1L62A 1WQRA 4H8ZA 1LZRA 113LA 4E3UA 4XYYA 2XBSA 1QDRA 1OUAA 1IOCA 3EO5A 1VAUA 1I20A 3HTGA 1LYHA 1L35A 4GN3A 1OUHA 1B7MA 3AZ5A 4TUNA 109LA 3GUMA 1A2YC 1LSFA 1LZBA 4RW2A 4ARQB 1T8GA 3W6EA 1HFYA 3AGIA 1FLYA 3TMVA 1GWDA 2MEEA 3AZ7A 3D4SA 241LA 4OWAA 5DM9A 4XADA 1L71A 1OUDA 2RB1X 2FBBA 1SLYA 4KPMA 4ARQA 4LT1A 1C6NA 4NGOA 1CU3A 4ETDA 2RAZX 3ZEKA 2OTYX 1C68A 5KXOA 1GFEA 2A4TA 1QTKA 5I53A 3RU5A 1IP2A 2NWDX 3P4ZA 1JTOL 3IJVA 3SB7A 1GB8A 227LA 2D4IA 4J0LA 3HUKA 2WARA 4OW1A 2D6BA 1L84A 1LHJA 140LA 2EQLA 3WW5A 1OWYA 1LJEA 1G1WA 4ET8A 1LYOA 1GF6A 5E9RA 4LT3A 2Z2FA 2O79A 4NHIA 3FI5A 1HSWA 2H9KA 2DKVA 2MECA 1NMMA 1J1PY 1DI5A 1AM7A 3W6FA 2FYDA 4TWSA 5LYZA 1L87A 2Z39A 1YL0X 4WL6A 249LA 4TSBA 4QEQA 4LT2A 1UACY 1LJIA 3VWOA 1JPOA 4OOOA 1P5CA 5M1YA 4AGAA 1L92A 1QSAA 3CB7A 1L83A 4H9BA 2LZTA 4NGYA 1UIDA 1NKHA 4ZIXA 6LZMA 4WO9A 3GUIA 233LA 1GBSA 1IWYA 4LYTA 1GB0A 1GBOA 1LHHA 112LA 1XEKA 4WLXA 4OWEA 236LA 1CKCA 1LMOA 151LA 1CKFA 1QT4A 3T36A 4DKLA 1C7PA 1L0KA 4HP0A 1SWZA 2AUBA 3G3WA 1GF3A 1XJTA 1GE1A 3A90A 153LA 1OUIA 4WMGA 4E97A 1L24A 5E4PA 4EJ4A 1IR7A 4NIJA 2ZIKA 5D5FA 3GXKA 5ILFA 4CFOA 2MEAA 1NDMC 4WM6A 2LYOA 166LA 1UIAA 1L41A 1ZWNA 181LA 210LA 3GUNA 3IJUA 211LA 1JTMA 1L34A 3HTBA 4NGVA 2XJWA 1D2WA 5FELA 1JTNA 4LFXA 5KXRA 1L39A 3L64A 1L43A 4PJ2C 1LHIA 152LA 3G3VA 1C6AA 4W52A 3W6AA 3C8SA 1IP7A 2I6ZA 4O34A 1EPYA 1A4VA 2ZQ3A 3WVXA 1L80A 187LA 173LA 4XENA 5HMJA 5A3EA 126LA 1IWWA 1MLCE 1JITA 4W96A 1L57A 1LI2A 1TEWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2C8O A;  2YBM A;  1OWZ A;  1NBZ C;  1IVM A;  261L A;  1GAY A;  4J1A A;  3CSZ A;  1QQY A;  2H9J A;  4RDS A;  4H1P A;  1LJJ A;  1UCO A;  3ATO A;  257L A;  201L A;  2I25 L;  1PQJ A;  2HEE A;  2RBO A;  1LSE A;  3AZ6 A;  217L A;  2F32 A;  3CDR A;  3B6L A;  3BKH A;  4GBR B;  5KKJ A;  2EKS C;  1CVK A;  4MR1 A;  3EMS A;  1L59 A;  3OE8 A;  2B6X A;  1B7N A;  1QTH A;  2PC2 A;  3HTD A;  194L A;  1T3P A;  1LZS A;  3RW8 A;  1DYB A;  1F0W A;  1LMA A;  223L A;  1LCN A;  1XEP A;  4UWU A;  2Z6B A;  1OUF A;  3GXR A;  1KS3 A;  209L A;  4YXC A;  3M3U A;  3D9A C;  1B0D A;  1IP6 A;  1LZY A;  2MEI A;  4PPO A;  2ZIJ A;  1D3M A;  3A3Q A;  1L05 A;  5A3Z A;  1P6Y A;  5KJ9 A;  142L A;  3GUO A;  1XEI A;  1LMT A;  1QS9 A;  2NTG A;  3WYH A;  1LAA A;  4N8Z A;  1LZ4 A;  5KXP A;  1LJF A;  4LYM A;  2B72 A;  3A8Z A;  4TSC A;  1KNI A;  4OWH A;  1D3N A;  1L12 A;  2QB0 B;  1D0L A;  4W56 A;  4LGK A;  134L A;  1QTD A;  1VDP A;  245L A;  5IEL A;  2OU0 X;  4H9C A;  133L A;  1IR8 A;  1L36 A;  1P37 A;  2YBJ A;  2BQL A;  1GFA A;  1LPI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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