1G0PA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant v149g
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRGITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0pA00
1L29A 1C60A 1C6NA 251LA 227LA 1SX7A 1LI2A 255LA 3ODUA 1LGXA 1P37A 1L64A 4ZPUA 107LA 1SSYA 206LA 1G07A 1G1WA 195LA 1L41A 4EKPA 1DYEA 4I7LA 1OWYA 2F32A 1L09A 222LA 3GULA 4GRVA 104LA 1L11A 3HUAA 1DYAA 1LYHA 119LA 1L14A 1C68A 1L47A 214LA 1OVHA 4DJHA 1D3JA 1CV0A 3CDOA 1C66A 158LA 160LA 236LA 1C6IA 2B75A 2OE9X 1L93A 115LA 1QUGA 4I7QA 1L59A 1C64A 3C7YA 167LA 223LA 4LDEA 2RB0X 3C80A 5I14A 3JR6A 1L22A 187LA 1L21A 2RAZX 1CV3A 2NTHA 230LA 3D4SA 2RBSA 1CVKA 218LA 3DN1A 1L73A 3HU9A 161LA 171LA 4W56A 1C69A 1G0LA 2Q9EA 163LA 241LA 1L07A 4W55A 1L69A 3DN6A 197LA 3F8VA 3DN4A 3C8QA 1L26A 3HT7A 3FA0A 3GUKA 1C63A 242LA 1L32A 1L94A 1L97A 120LA 248LA 4ARPA 2F2QA 4W51A 1XJTA 243LA 1C6GA 150LA 257LA 2Z6BA 2HUMA 1CUPA 1L51A 1G0PA 4I7KA 3HDEA 1PQKA 112LA 1SSWA 1C6HA 1L39A 240LA 1L98A 1L37A 249LA 4DAJA 162LA 118LA 1L55A 3PBLA 1EPYA 3C81A 128LA 4W54A 4E97A 1SX2A 3V2YA 1C6JA 1L71A 1G1VA 1QUOA 1C6QA 3HH5A 1L48A 1P2RA 2RB2X 1LPYA 109LA 2OTYX 1C6KA 261LA 2RB1X 3C8SA 1CU0A 1L77A 2O7AA 3C7ZA 3HUKA 1L45A 1P5CA 149LA 2ANVA 2ANXA 5LZMA 238LA 1QTBA 1CTWA 129LA 1L13A 3HU8A 1OYUA 1L17A 1L42A 2B6WA 1L95A 1L06A 1P3NA 254LA 3GUMA 159LA 250LA 3C8RA 205LA 181LA 1L53A 114LA 2RH1A 4ARQB 1KS3A 1PQOA 1LWGA 1L25A 1L57A 228LA 4ARMA 3SB7A 148LE 2B73A 1DYFA 2B70A 3V2WA 4S0WA 3HH4A 3HUQA 180LA 175LA 1JTNA 4K5YA 127LA 4I7PA 3DN0A 1L67A 3HT9A 1QTVA 1QSBA 245LA 246LA 173LA 1D3NA 2IGCA 1L60A 4ARJA 3SB8A 142LA 1LYDA 1L56A 2OTZX 1L58A 220LA 146LA 183LA 2CUUA 2B7XA 3HWLA 3GUNA 1L84A 1QT4A 1C6PA 1C6CA 4PJZA 190LA 1B6IA 3HTBA 4EPFA 2RBOA 1QS5A 239LA 3CDQA 244LA 4I7NA 2OU0X 2B6TA 182LA 1L10A 3GUJA 177LA 1QS9A 1C6EA 1L24A 137LA 1KNIA 1C6DA 3C82A 231LA 3OE9A 4YXAC 3HH6A 192LA 3NY9A 1K28A 1LGUA 4W53A 1C67A 3SB6A 2OE4X 1D2WA 1L81A 170LA 1CU2A 1L27A 1L96A 1QTHA 3EMLA 1LGWA 4LDLA 1QT3A 3OE8A 130LA 2RBRA 1L08A 3NYAA 256LA 3SBBC 1L01A 1L82A 3DMVA 4YXCA 3DN8A 156LA 1L99A 260LA 1L86A 4W59A 1L33A 196LA 1T97A 1D3MA 1KY0A 2L78A 108LA 2LZMA 1QTCA 2NTGA 1DYBA 221LA 2LC9A 1QUHA 209LA 1L35A 1G0GA 1L70A 1DYDA 3DKEX 1L75A 1CU3A 1C6BA 1LYJA 1DYGA 198LA 1L68A 1L91A 2RBNA 3DN3A 4I7OA 1L74A 4I7SA 1C61A 1QT6A 2OEAX 123LA 147LA 235LA 1QTDA 212LA 3FI5A 157LA 1L16A 1D9WA 1CV4A 1L36A 1LYIA 1OVJA 2B6ZA 1ZWNA 164LA 1L49A 3HTFA 201LA 1C62A 1L12A 1L02A 155LA 2OU8A 232LA 185LA 1PQMA 3HH3A 1L90A 262LA 224LA 2O79A 141LA 1L54A 1PQIA 200LA 139LA 215LA 2HULA 1T6HA 247LA 2B6XA 3G3VA 4IAPA 184LA 3SB9A 4W57A 1P2LA 1L05A 4LZMA 1LI3A 110LA 1CUQA 2QB0B 1L92A 4DKLA 1L61A 1PQJA 1L66A 4I7JA 7LZMA 2OE7X 172LA 1L34A 253LA 143LA 1L40A 1L65A 1T8GA 2RBPA 2RAYX 4I7MA 4EKQA 3DNAA 2B6YA 1L63A 1CX6A 226LA 259LA 4LDOA 1L62A 211LA 2HUKA 178LA 4ARLA 234LA 1L0JA 1L88A 4W58A 2Q9DA 102LA 3SB5A 1LYGA 1C6MA 3DMXA 131LA 3CDVA 1L43A 1C6TA 166LA 1JQUA 169LA 152LA 219LA 1C6AA 1CU5A 3HTDA 1L31A 1L52A 1KY1A 3F9LA 225LA 3L2XA 1D2YA 229LA 1L87A 3CDTA 4AQNA 1G0JA 1OV5A 2OU9A 1L20A 1L85A 1CV5A 1XJUA 258LA 1CV1A 1L76A 1L23A 1L89A 1G0QA 3RZEA 4ARQA 1L46A 3HTGA 1L19A 1L79A 1P6YA 4OO9A 1CV6A 165LA 2QARC 216LA 3CDRA 1L00A 3GUOA 4YX7C 1JTMA 1ZYTA 1G0MA 1CX7A 1LW9A 1L72A 3FADA 3GUPA 1L0KA 3GUIA 1OVKA 1P64A 1LWKA 1CU6A 2B74A 4I7TA 2RBQA 3C83A 3HDFA 186LA 144LA 3PDSA 1XEPA 1QT7A 213LA 3SN6R 2A4TA 4ARMB 6LZMA 1C6LA 233LA 3C7WA 237LA 3DN2A 4I7RA 1PQDA 217LA 3L64A 1KW5A 2B72A 1SWZA 1T8AA 122LA 1L04A 176LA 1I6SA 1C65A 4W52A 138LA 145LA 168LA 252LA 1D3FA 1WTHA 1P56A 111LA 1L38A 3OE0A 3LZMA 1TLAA 113LA 188LA 3K2RA 4GBRB 1KW7A 1L50A 191LA 1L44A 174LA 3HT6A 1ZURA 1LI6A 2LCBA 1P7SA 3DMZA 210LA 1SWYA 4EPIA 1T8FA 1QT5A 3VW7A 1QSQA 3G3XA 2O4WA 140LA 3QAKA 199LA 1L15A 4EKRA 4EXMA 4EJ4A 125LA 1OWZA 1LYEA 1L83A 103LA 3OE6A 3SBAA 3NY8A 3RUNA 4EKSA 1QT8A 1L03A 3UONA 1P36A 1LLHA 2F47A 3G3WA 1C6FA 3HT8A 1L80A 1L28A 1LYFA 1QUDA 126LA 1QTZA 1NHBA 4PK0A 1DYCA 151LA 1G0KA 1P46A 1OV7A 1G06A 1L30A 189LA 1L18A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C60A 1JHLA 1G7IC 4DD9A 2MEFA 1NDGC 4TTDA 2LZTA 1LZAA 1G07A 4R0FA 1L41A 4NGYA 4I7LA 3WPKA 1A4VA 222LA 1RI8B 2I26L 2MEHA 1LYHA 1L14A 1IORA 3WU8A 1VDQA 4DJHA 1BB4A 1D3JA 1YAPA 158LA 1KIRC 2IHLA 4NHIA 4H92A 3WW6A 1L59A 3WU7A 1C64A 167LA 4LDEA 3C80A 1KXWA 1CV3A 1JKBA 4XENA 230LA 4H91A 3B72A 2RBSA 4LYCA 5DM9A 1CVKA 3TMWA 1QQYA 1TCYA 4ET8A 1L07A 1L69A 1TBYA 3DN4A 3HT7A 3GUKA 3QNGA 4ARPA 4W51A 4TSBA 150LA 4PJ2C 2BQLA 5KXZA 1GBZA 3AGHA 3P65A 4CGEA 4DQ5A 240LA 1C45A 249LA 5B07A 5APCA 118LA 1L55A 3EXDA 1IY3A 1TDYA 1C6JA 1HEOA 1G1VA 1VDSA 3HH5A 1BQLY 1L48A 1ALCA 3WMKA 2DQJY 3G3AB 3VWOA 2OTYX 2RB1X 3WH1A 1OUEA 1GFRA 3HUKA 1GFEA 149LA 5LZMA 238LA 3HU8A 2CJLA 1GE3A 3N9AA 3CSZA 1L95A 4I0CA 1L06A 254LA 4NG1A 5APEA 205LA 1L53A 114LA 4ARQB 1KS3A 1G7LC 1HFYA 1PQOA 1LWGA 1B7PA 3LHMA 228LA 1REZA 4RLMA 3V2WA 1DI4A 4S0WA 4WG7A 5KXMA 1GBWA 1LHMA 1L67A 1OUDA 3HT9A 1OUIA 4LYOA 1QSBA 1LSEA 3LZ2A 3SB8A 2PC2A 1L56A 1L58A 4WL7A 1B9OA 1GB0A 5KY1A 3TXIA 1L84A 1LAAA 1ZVYB 1C6CA 1YILA 2F30A 3HTBA 2Z12A 4AGAA 1QS5A 3CDQA 1XGQC 244LA 1GHLA 1DI5A 3B6LA 4DD1A 1L10A 5HQ1A 1KIPC 5K7OA 1L24A 2IFFY 1C6DA 4TX7A 1E8LA 1LZSA 2FYDA 5LINA 3HH6A 4OWCA 5ILFA 2MEAA 154LA 192LA 2EKSC 1LGUA 3SB6A 1HENA 2W1XA 1D2WA 1L81A 3B0OA 1L96A 1QTHA 1LYSA 3HFMY 5KXYA 5I53A 4KPMA 1H87A 5JENB 1L82A 1QTKA 4DC4A 2NWDX 1EQ5A 1L86A 3GXRA 3GXKA 4YF2A 1HFZA 1C46A 1GE2A 1F6SA 2F4GA 3P66A 1L35A 1YAOA 1LYJA 1DYGA 1L68A 5ILCA 1GF0A 4I7OA 1L74A 1QT6A 4BAFA 2DQHY 123LA 1FKVA 147LA 235LA 1FLWA 1D9WA 3CSQA 1L36A 1OVJA 2B6ZA 2BLYA 1CKCA 2OU8A 232LA 1L90A 1GFGA 4ANRA 1LZ4A 4ZEEA 2O79A 215LA 5D5FA 2HULA 1LSAA 1JTOL 3G3VA 184LA 1JSEA 2W1YA 1LJEA 4W57A 1WQOA 1P2LA 4LZMA 1LMCA 1L92A 4DKLA 4I7JA 5APFA 5LVKA 193LA 1GWDA 1L40A 2RBPA 2RAYX 5FEKA 4EKQA 1GBOA 1LZCA 1OQMA 1CX6A 226LA 4LDOA 4ARLA 4W58A 3SB5A 1XEJA 1N4FA 1LJGA 1L43A 1LZYA 169LA 152LA 2BLXA 219LA 6LYZA 1C10A 3HTDA 4HPEA 3B0IA 1B7NA 3L2XA 1G0JA 4DT3A 1O23A 1L76A 3RZEA 1L46A 1B7RA 3W6DA 1REXA 1CV6A 194LA 2QARC 1L00A 4YX7C 1GB9A 1G0MA 1CX7A 5KXOA 3GUIA 4DD3A 1JKCA 5KJ9A 1CU6A 1LJNA 1GFKA 1PS5A 2B74A 2HEDA 3HDFA 1LZTA 4LGKA 1XGRC 2A4TA 3IWRA 1C6LA 3DN2A 4I7RA 1D0KA 1UA6Y 4CFOA 4LT1A 1UIDA 1I6SA 1C65A 1OUJA 4DQ7A 145LA 1WQPA 3OE0A 4RLNA 2EIZC 4C5FA 1LJ4A 2B5ZA 113LA 3BKVA 1LYOA 1KW7A 1L50A 3HT6A 4Z46A 1QSAA 3WXUA 3DMZA 210LA 4NWEA 5DL9A 3FE0A 3VW7A 1W08A 3G3XA 1IEEA 1LZ1A 4MSTA 2EPEA 1IOQA 3RUNA 4EKSA 4NHQA 3UONA 5HNLA 3WW5A 1C7PA 3HT8A 1L80A 2Z18A 5T3FA 1DYCA 1P46A 1T6HA 1G06A 1BWHA 2XQOA 251LA 2Z2EA 3ODUA 4NY5A 1LTMA 1P37A 1SSYA 4NG8A 206LA 4B49A 1IC7Y 4IATA 1CNSA 1CJ8A 1OWYA 2F32A 4YENA 4HJYA 1GBSA 1B5XA 104LA 4DDAA 4QY9A 1DYAA 3OK0A 1OVHA 2H9KA 1HC0A 3AGGG 3CDOA 1IP6A 1C66A 4OWAA 160LA 1C6IA 2B75A 1L93A 3LN2A 3TXGA 3A3QA 1LMTA 1ZMYL 1P2CC 5I14A 3JR6A 3A67Y 4HTNA 3W3EA 1XSFA 1L21A 3WL2A 2RAZX 2WARA 1GE4A 2DQCY 1PZYA 135LA 1UIBA 1NWGA 1LSFA 3DN1A 1GD6A 2BQKA 1C43A 4NIJA 1C69A 4LFPA 4H8YA 4DWXA 1VEDA 2Q9EA 2YBHA 1IWVA 1LSYA 3DN6A 1DKKA 4B4EA 1L26A 3FA0A 242LA 2ZNXY 3AB6A 2F2QA 1LZNA 3ULRA 1XJTA 243LA 4CJ2A 1C6GA 257LA 5KXPA 4TSCA 3WXTA 1WQNA 133LA 3TXHA 1CUPA 4NGIA 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4XJGA 1XGPC 3HTFA 1BB3A 1C62A 1L12A 1L02A 3TMUA 185LA 3HH3A 2ZYCA 1IP5A 141LA 2F2NA 1NF5A 1QDTA 247LA 5KKJA 1I1ZA 2I25L 1V7TA 4LYTA 2LZ2A 2MEGA 5HMJA 4DDBA 3RZ4A 3E3DA 2H9JA 1LI3A 110LA 3KAMA 1JJ0A 4I8SA 4XJIA 1VAUA 2ZYPA 4PGJB 5HMVA 4GCFA 1L65A 1T8GA 4I7MA 3WU9A 2B6YA 1L63A 1Z55A 4U3XB 5DLAA 4N0JA 5L9JA 1L88A 1IWXA 3DMXA 131LA 166LA 3RU5A 1JQUA 1IWWA 4ETAA 1GE1A 1LMQA 1C6AA 4WL6A 1L52A 3TXBA 1AT6A 4H9IA 1DZBX 1D2YA 3CDTA 1L87A 1B5YA 1WQQA 1L20A 1B7QA 2OU9A 1L85A 1XJUA 1CV1A 1L23A 1G7HC 1G0QA 1LMOA 2W1MA 3HTGA 1C08C 4OO9A 4BADA 216LA 1JTMA 1ZYTA 4DQJA 5I54A 5KXLA 3CT1A 1LWKA 3W6BA 3D3DA 1F0WA 3C83A 4Z3MA 2BQFA 1XEPA 3SN6R 2F4AA 3C7WA 2Q0MX 3HBDA 1PQDA 217LA 3L64A 1KW5A 4PRQA 138LA 168LA 4H1PA 1IC4Y 1GDWA 4AXTA 4XJBA 1LCNA 4GLVA 1UC0A 3LZMA 2HEEA 5C6JA 1JITA 3BKHA 4WMGA 1T8FA 2O4WA 2YDGA 5KXRA 140LA 3QAKA 199LA 1L15A 4EKRA 4B0DA 1OWZA 1LYEA 5J7CA 3OE6A 3SBAA 2LYZA 3G3WA 1LSCA 4XADA 1C6FA 5C6IA 1QUDA 1QTZA 3K3TA 4PK0A 1YL1X 4LT2A 1L29A 1C6NA 227LA 5II3A 1SX7A 255LA 1LGXA 1LMPA 1B7LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C60 A;  1JHL A;  1G7I C;  4DD9 A;  2MEF A;  1NDG C;  4TTD A;  2LZT A;  1LZA A;  1G07 A;  4R0F A;  1L41 A;  4NGY A;  4I7L A;  3WPK A;  1A4V A;  222L A;  1RI8 B;  2I26 L;  2MEH A;  1LYH A;  1L14 A;  1IOR A;  3WU8 A;  1VDQ A;  4DJH A;  1BB4 A;  1D3J A;  1YAP A;  158L A;  1KIR C;  2IHL A;  4NHI A;  4H92 A;  3WW6 A;  1L59 A;  3WU7 A;  1C64 A;  167L A;  4LDE A;  3C80 A;  1KXW A;  1CV3 A;  1JKB A;  4XEN A;  230L A;  4H91 A;  3B72 A;  2RBS A;  4LYC A;  5DM9 A;  1CVK A;  3TMW A;  1QQY A;  1TCY A;  4ET8 A;  1L07 A;  1L69 A;  1TBY A;  3DN4 A;  3HT7 A;  3GUK A;  3QNG A;  4ARP A;  4W51 A;  4TSB A;  150L A;  4PJ2 C;  2BQL A;  5KXZ A;  1GBZ A;  3AGH A;  3P65 A;  4CGE A;  4DQ5 A;  240L A;  1C45 A;  249L A;  5B07 A;  5APC A;  118L A;  1L55 A;  3EXD A;  1IY3 A;  1TDY A;  1C6J A;  1HEO A;  1G1V A;  1VDS A;  3HH5 A;  1BQL Y;  1L48 A;  1ALC A;  3WMK A;  2DQJ Y;  3G3A B;  3VWO A;  2OTY X;  2RB1 X;  3WH1 A;  1OUE A;  1GFR A;  3HUK A;  1GFE A;  149L A;  5LZM A;  238L A;  3HU8 A;  2CJL A;  1GE3 A;  3N9A A;  3CSZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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