1G1VA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/i58t
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVTTKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g1vA00
3V2WA 1L20A 144LA 1C61A 2RBSA 239LA 2RAZX 1L24A 1G0JA 1ZWNA 1L65A 1LI2A 1P2LA 1SX2A 125LA 218LA 1L17A 253LA 1L40A 251LA 2RH1A 1KW5A 237LA 1L05A 1QUGA 1JQUA 1C6LA 231LA 243LA 3L2XA 1I6SA 2RB1X 215LA 1L85A 162LA 2OEAX 3SB6A 1LI3A 259LA 1CU3A 145LA 1L66A 1L45A 1L0KA 1L94A 1C6PA 229LA 1DYGA 1ZYTA 1WTHA 1D3NA 189LA 3HH3A 5LZMA 1L29A 1OV7A 1L86A 1LWKA 4PJZA 1C6KA 1QTVA 4W51A 168LA 1KW7A 2OU0X 1L82A 1QTDA 2RBQA 1QUDA 111LA 3F9LA 137LA 3GUJA 3SB8A 4W59A 250LA 1G0LA 1L00A 4DAJA 3GUOA 1L42A 3HDFA 2OU8A 1G0KA 4EPFA 1L25A 3DN1A 1SSYA 3CDTA 148LE 1OWZA 155LA 1QTZA 1P46A 1L44A 4I7QA 4OO9A 1L90A 109LA 1B6IA 1OYUA 240LA 1G0QA 3GUIA 3HT7A 4AQNA 227LA 2Q9DA 3OE0A 6LZMA 171LA 1SX7A 234LA 3SB5A 1DYDA 1C6GA 1OV5A 1L61A 225LA 2HUKA 241LA 3GULA 126LA 1SWZA 147LA 4EXMA 4YXCA 4GRVA 1CV6A 1L28A 3OE8A 1P7SA 256LA 1PQMA 1PQOA 1LW9A 119LA 4I7SA 1KY0A 161LA 3DN4A 1L41A 1EPYA 1L81A 2B6ZA 1L14A 214LA 216LA 3FA0A 2F32A 2F47A 1NHBA 4PK0A 1CU6A 1QS9A 1KNIA 3DN0A 4ARQA 3HU9A 1L87A 1L75A 1DYAA 1L19A 1L98A 205LA 3QAKA 141LA 3C7YA 1L0JA 1L69A 257LA 3NY9A 2LCBA 213LA 1L50A 4EKPA 139LA 1L52A 1T8AA 3HT9A 174LA 1L59A 1L21A 1P56A 1PQJA 1L31A 3C8QA 3CDVA 4DKLA 1C68A 1L70A 3DMXA 2OE9X 1L62A 1L32A 1C6HA 1CV4A 3FI5A 1L27A 1L01A 146LA 1TLAA 3HTDA 3SB9A 1L47A 1G0GA 195LA 1D9WA 1PQKA 258LA 104LA 178LA 1L72A 3GUMA 1JTNA 4W52A 1L46A 4I7TA 2NTGA 3HTBA 3PDSA 187LA 1T97A 1XJTA 3SBAA 3HWLA 254LA 196LA 166LA 4I7PA 1CUQA 249LA 1C6FA 177LA 143LA 1L63A 4LDLA 1CX6A 3SB7A 1P36A 1L35A 226LA 1C6EA 3NYAA 3VW7A 1CU5A 1DYCA 4IAPA 1CV3A 1OWYA 3FADA 1L02A 1L95A 2OU9A 3V2YA 131LA 3HDEA 245LA 1L54A 138LA 1C69A 1QUHA 1P6YA 3CDOA 2B7XA 4W57A 1L68A 3HTGA 2QARC 1C6DA 255LA 185LA 2OTZX 1L11A 1L83A 235LA 1CVKA 248LA 1QTBA 163LA 1G07A 3CDRA 1LLHA 4S0WA 222LA 3ODUA 183LA 1L07A 3F8VA 4ARPA 108LA 3C82A 1L22A 3SN6R 1C60A 1K28A 1C62A 4EJ4A 3RUNA 261LA 149LA 1L56A 3RZEA 190LA 4E97A 4K5YA 1P37A 2O7AA 1C6IA 1L18A 140LA 2RBPA 4LZMA 1LYJA 2L78A 184LA 2RBNA 3HT8A 169LA 1JTMA 1LI6A 1DYEA 228LA 1L97A 1QSQA 3C7WA 186LA 3DN3A 1L99A 1L03A 1LPYA 221LA 1L92A 180LA 1L84A 4I7NA 1L93A 1QT4A 2B74A 247LA 4ARMA 2Z6BA 4YXAC 1CUPA 1LWGA 3DNAA 1L15A 2RBRA 1L80A 1CV1A 1SSWA 1QT6A 118LA 1L76A 165LA 3G3WA 4I7KA 1QTCA 1LYEA 210LA 1L06A 1G0MA 1D2WA 164LA 1LGUA 209LA 1L13A 115LA 107LA 156LA 128LA 3DN2A 4ZPUA 3JR6A 1OVHA 1QT3A 1CV0A 3DN8A 1LGXA 3HTFA 4I7MA 3DMVA 1C6MA 3HH6A 1SWYA 2IGCA 1L34A 1L67A 3G3VA 1L77A 3C81A 4W56A 223LA 2B72A 1T8GA 3DN6A 1L57A 3DKEX 2RAYX 2B6YA 3HUAA 7LZMA 4LDOA 2RBOA 1G1VA 1L71A 2B70A 1L88A 1CU2A 1C6JA 1L33A 2OE7X 1C64A 1QT7A 3HT6A 4EKSA 224LA 1L04A 3C8RA 172LA 217LA 1C67A 1LYDA 127LA 3LZMA 2B75A 159LA 2ANXA 1ZURA 1KY1A 1L36A 262LA 110LA 4I7RA 3NY8A 198LA 1DYBA 1P64A 1L74A 4EKQA 4ARQB 158LA 3C80A 150LA 3L64A 2B6TA 1C6CA 1T8FA 151LA 1C6AA 1L10A 1CV5A 3C83A 1L55A 113LA 220LA 176LA 1L12A 1QTHA 1XJUA 3C7ZA 3GUPA 2B6WA 4YX7C 123LA 1XEPA 188LA 1C6TA 1L16A 4I7LA 173LA 246LA 3OE6A 1L38A 3UONA 3EMLA 2RB0X 2O4WA 1L79A 1L26A 1L89A 3GUNA 1OVJA 4LDEA 157LA 192LA 2B73A 1D3FA 1LYFA 2RB2X 1L39A 3DMZA 1C65A 1P2RA 130LA 1L49A 2LC9A 2OTYX 191LA 4I7JA 3HH5A 1QS5A 3SBBC 1C6QA 219LA 199LA 3G3XA 1P5CA 4EPIA 2CUUA 1PQDA 2QB0B 2A4TA 3HUQA 112LA 4W55A 4W54A 4DJHA 4EKRA 197LA 120LA 102LA 1KS3A 5I14A 1C6BA 1G06A 236LA 103LA 4ARJA 3HU8A 1L91A 206LA 1T6HA 2HULA 3C8SA 175LA 129LA 238LA 1LYHA 1G0PA 152LA 1CX7A 1C6NA 3CDQA 3OE9A 1L51A 1L08A 1D3MA 1L73A 4ARLA 2Q9EA 1QT5A 2ANVA 2HUMA 4W58A 1DYFA 1QT8A 212LA 1OVKA 1D2YA 1L37A 2F2QA 1QSBA 170LA 1LYIA 182LA 1C63A 4W53A 1L09A 1CU0A 2LZMA 1L60A 1L23A 1L43A 114LA 181LA 1G1WA 1LYGA 1L64A 1LGWA 3GUKA 1L53A 1L58A 1C66A 2OE4X 211LA 3PBLA 200LA 1D3JA 167LA 1PQIA 244LA 1P3NA 252LA 3K2RA 1CTWA 260LA 4ARMB 2O79A 1L96A 1L48A 232LA 1L30A 233LA 3D4SA 4GBRB 4I7OA 2NTHA 230LA 160LA 1QUOA 142LA 242LA 3HH4A 2B6XA 122LA 201LA 3HUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P2CC 1TCYA 2RBSA 3A93A 239LA 1OUJA 1L65A 1P2LA 4NGLA 1L17A 1WVUA 237LA 3L2XA 1I6SA 2RB1X 215LA 1ALCA 3SB6A 2D4IA 4H9CA 5T3FA 1HC0A 2W1LA 3ZVQA 2W1XA 3MGWA 3W6AA 1GD6A 135LA 1L29A 2G4NA 1YAMA 1IP7A 168LA 4N8ZA 3B6LA 3A67Y 3F9LA 4EMNA 3SB8A 1G0LA 3GUOA 4NFVA 4QDNA 3J6KA 2OU8A 1L25A 1WTNA 2BQEA 1IC5Y 4II8A 1LZ4A 1HELA 2A7DA 4OO9A 1OYUA 109LA 1QIOA 1LZNA 2ZIKA 3QY4A 4WG7A 4AQNA 2HEEA 171LA 1LZ8A 4LYMA 2BQGA 5KXTA 4G4BA 1SWZA 1XEIA 4GRVA 1YL1X 2Z38A 3QE8A 1OUAA 1KY0A 2ZNXY 1L41A 1B5XA 1OUHA 3F6ZA 1JJ0A 1LMOA 216LA 1LZ6A 4KT3A 1NHBA 3N9CA 3FE0A 1WVVA 3RT5X 3AGHA 1MLCE 3K3TA 5I4WA 3EMSA 2HEAA 1LJNA 1L75A 2CJLA 2BQJA 141LA 3C7YA 1GBXA 2Z12A 4H94A 2LCBA 213LA 1GE1A 3A90A 1LJEA 4EKPA 1LJGA 1D6PA 4LT3A 2DQIY 174LA 2BQCA 2HU1A 1YKZX 4NSIA 4DD7A 1GFTA 1PQJA 4LFXA 1LHLA 1A2YC 1RCMA 193LA 1LOZA 1L62A 4DD9A 3AJNA 4WM4A 5ILCA 5B06A 1TLAA 5IELA 3SB9A 1G0GA 195LA 1D9WA 4GCFA 1QSAA 3GUMA 4B0DA 1REMA 2NTGA 1RFPA 3SBAA 4WM3A 2HTXA 4TUNA 1L63A 1XEKA 3SB7A 5LVIA 1JIYA 1P36A 1HSXA 226LA 4NIJA 3VW7A 1DYCA 4H1PA 3A96A 2C8OA 4OWEA 1GDXA 4GLVA 3WPKA 1SLYA 5APFA 185LA 3TXFA 163LA 1G07A 3CDRA 1LZTA 4E3UA 3SN6R 1L56A 1GE3A 1VDSA 4ETDA 140LA 4WG1A 3B0OA 4TSBA 2ZQ4A 4ETEA 1OUBA 2IFFY 1L03A 4OW1A 1L92A 180LA 4OOTA 4NEBA 3WXTA 2Z6BA 1CUPA 1NHEA 1WQOA 4I8SA 1HFZA 4NHIA 118LA 1JTOL 1L76A 4I7KA 1VDTA 1G0MA 4PRUA 1UIEA 1B7NA 5LIOA 4I7MA 3DMVA 2BQOA 3HH6A 1SWYA 2DQDY 3G3VA 2B72A 1JKBA 1IY4A 3DKEX 2F30A 1GF9A 1L71A 4WO6A 1L33A 1HENA 4HJVA 4WM1A 1C67A 2EKSC 1IO5A 127LA 4UWUA 2XJWA 1ZURA 4HV1A 1L36A 3M18B 1EL1A 4L41A 1UACY 4EKQA 1LSYA 3CT0A 1XGRC 3G3BB 4DT3A 1B0DA 5LA8A 4B4IA 3GXKA 5KXOA 1XJUA 5C6JA 4YX7C 188LA 1GFHA 1GBOA 4B4EA 1L79A 2BQFA 1SQ2L 3FI7A 3AYQA 4LT2A 1D3FA 4DC4A 1HNLA 3P4ZA 1LCNA 2LC9A 1VEDA 3A92A 4I7JA 3A95A 1AZFA 4LYBA 1FDLY 4ETAA 4EPIA 1LYOA 3CSZA 2QB0B 4EKRA 1XGQC 1C6BA 5DN5A 4LYOA 194LA 1GBSA 1CNSA 152LA 4H92A 2Q9EA 1IY3A 3J4GA 1GF3A 1D2YA 1L37A 170LA 1G7MC 1LZRA 1GBWA 1KIRC 1CU0A 1A4VA 4NGZA 1L60A 1OUCA 1L23A 1L43A 1G1WA 1TEWA 2DQFC 4N1EI 5LYTA 5FELA 5KKIA 5D5CA 2XQOA 1YANA 5LVHA 2HEBA 5APDA 1HMLA 5KXXA 167LA 1XFPL 244LA 5FCPA 3E3DA 5HMVA 4GBRB 1LJHA 4GCEA 1C10A 3TXGA 2MEBA 3WPJA 1QUOA 3WUAA 4XJBA 1GB3A 1TAYA 1NBZC 4TTDA 5HNCA 1XGPC 2B6XA 1YL0X 4J1BA 3HUKA 3WULA 1AT6A 2XBRA 4GCDA 4WLDA 253LA 1SX2A 1L40A 1KW5A 1L05A 1JQUA 1C6LA 1IC4Y 1L85A 2OEAX 5C6LA 1LI3A 3RU5A 1GDWA 1YKXX 1B2KA 1L0KA 229LA 1WTHA 1D3NA 189LA 1LWKA 1RI8B 1KW7A 2DQHY 5DL9A 3GXRA 111LA 137LA 1LZAA 4DQJA 4W59A 250LA 1L42A 4U3XB 3AZ6A 1ZV5L 1G0KA 4EPFA 3DN1A 1GAZA 1SSYA 4BAPA 1OWZA 4LZTA 155LA 1LZCA 1QTZA 1P46A 1L44A 4I7QA 1UIHA 1L90A 1WQNA 1IWYA 227LA 2Q9DA 5LA5A 1FLYA 5ILFA 4NHPA 1C6GA 1OV5A 2BQIA 1KIPC 4NGWA 2HU3A 225LA 2XTHA 147LA 1D9UA 4G4CA 4B49A 1CV6A 3OE8A 1PQMA 4RW1A 1PQOA 1LW9A 4I7SA 1LMPA 1VDPA 1AT5A 1L14A 5KXYA 2F32A 4XJGA 4RDSA 5LVKA 5B07A 1XEJA 5LVJA 4DD0A 3DN0A 5F9UA 4WM2A 1L87A 1L19A 3IWRA 1L98A 1BB7A 257LA 3QNGA 1L50A 1LMAA 1LZ5A 139LA 1T8AA 3HT9A 4B1AA 1PS5A 1L31A 4FJRA 1LHJA 1IR9A 3CDVA 5KXZA 4DKLA 2I6ZA 1L70A 1ZVHL 1IORA 4CGEA 2N5ZA 1LPIA 2BLXA 4IJ4A 1L27A 1PQKA 1VATA 1REYA 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1QUTA 5DN4A 2B6TA 1HEPA 2NWDX 3C83A 1BWIA 113LA 176LA 1L12A 1QTHA 3C7ZA 1LZEA 1EQEA 134LA 123LA 2BLYA 5F16A 1L16A 4DD3A 5KY1A 4YOPA 2BQHA 246LA 1LSCA 3TMWA 5IDDA 2O4WA 3A3RX 1PZYA 1L89A 2ZWBA 1I56A 2B73A 1LYFA 3A3QA 3TXEA 3CSRA 3BKVA 3DMZA 1C65A 1GFVA 3HH5A 1C6QA 5LVGA 5B1GA 3W3EA 219LA 199LA 1UIGA 4WL7A 3TMUA 5A3ZA 1WQPA 1HEOA 1PQDA 2A4TA 112LA 1H87A 4W55A 4DJHA 3B0IA 102LA 5A3EA 1LZBA 4PRQA 5IHGA 4ARJA 2D6BA 1L91A 4OWBA 4H9HA 1CJ9A 2MEGA 5LXWA 3T36A 1UIAA 4Z98A 2Z2FA 238LA 1G0PA 3OE9A 1L51A 1L08A 1BB6A 208LA 1GF0A 1L73A 5K7OA 1QT5A 2ANVA 2HUMA 4W58A 1IP1A 212LA 182LA 1C63A 1VFBC 2LZMA 1LZGA 3TXKA 114LA 1LYGA 1L64A 1L53A 1IWXA 1GF5A 4LGKA 4NGKA 3LHMA 4CHXA 1UIBA 1C66A 2F2NA 4ANRA 4MR1A 1NBYC 5FEKA 200LA 4HV2A 1LHIA 5F81A 3K2RA 2HEDA 1NKHA 260LA 4DDAA 2O79A 1L96A 1L30A 233LA 3D4SA 2NTHA 230LA 2EIZC 1UUZC 4H9EA 142LA 1GFKA 1F0WA 4J7VA 3WUMA 207LA 2D4JA 201LA 2YBMA 1EQ4A 4FDYA 4OWHA 1HF4A 4GLAA 1GWDA 1C61A 1KIQC 2RAZX 1QDRA 1JKDA 4QEQA 2MEFA 1G0JA 1ZWNA 1LI2A 5HLLA 1JUGA 4XYYA 1QUGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1P2C C;  1TCY A;  2RBS A;  3A93 A;  239L A;  1OUJ A;  1L65 A;  1P2L A;  4NGL A;  1L17 A;  1WVU A;  237L A;  3L2X A;  1I6S A;  2RB1 X;  215L A;  1ALC A;  3SB6 A;  2D4I A;  4H9C A;  5T3F A;  1HC0 A;  2W1L A;  3ZVQ A;  2W1X A;  3MGW A;  3W6A A;  1GD6 A;  135L A;  1L29 A;  2G4N A;  1YAM A;  1IP7 A;  168L A;  4N8Z A;  3B6L A;  3A67 Y;  3F9L A;  4EMN A;  3SB8 A;  1G0L A;  3GUO A;  4NFV A;  4QDN A;  3J6K A;  2OU8 A;  1L25 A;  1WTN A;  2BQE A;  1IC5 Y;  4II8 A;  1LZ4 A;  1HEL A;  2A7D A;  4OO9 A;  1OYU A;  109L A;  1QIO A;  1LZN A;  2ZIK A;  3QY4 A;  4WG7 A;  4AQN A;  2HEE A;  171L A;  1LZ8 A;  4LYM A;  2BQG A;  5KXT A;  4G4B A;  1SWZ A;  1XEI A;  4GRV A;  1YL1 X;  2Z38 A;  3QE8 A;  1OUA A;  1KY0 A;  2ZNX Y;  1L41 A;  1B5X A;  1OUH A;  3F6Z A;  1JJ0 A;  1LMO A;  216L A;  1LZ6 A;  4KT3 A;  1NHB A;  3N9C A;  3FE0 A;  1WVV A;  3RT5 X;  3AGH A;  1MLC E;  3K3T A;  5I4W A;  3EMS A;  2HEA A;  1LJN A;  1L75 A;  2CJL A;  2BQJ A;  141L A;  3C7Y A;  1GBX A;  2Z12 A;  4H94 A;  2LCB A;  213L A;  1GE1 A;  3A90 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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