1G1VA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/i58t
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVTTKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g1vA00
1L31A 1LI2A 3DN1A 1L67A 131LA 1PQDA 1EPYA 4EKRA 1C6EA 1L53A 1L08A 253LA 4AQNA 1NHBA 3HDEA 1QTHA 210LA 4ARJA 1L14A 220LA 4EKPA 1CTWA 1L05A 4W56A 4W59A 1CU0A 115LA 1L44A 1L28A 242LA 4YX7C 1KNIA 1L39A 155LA 1L20A 3L64A 1L48A 1QSBA 1DYEA 1C65A 114LA 1QTZA 1G0PA 192LA 2B73A 2RBOA 1D3FA 3HUKA 244LA 258LA 257LA 2F2QA 127LA 2Z6BA 3DN8A 2OE7X 1C6LA 1JTMA 249LA 3C81A 1OVHA 1L76A 1P3NA 120LA 3DN3A 1C6KA 1QUOA 3OE6A 3HWLA 4EPIA 181LA 1C60A 4YXCA 3JR6A 1L34A 3DMVA 4ARLA 3SB6A 1ZWNA 3DN4A 1ZURA 1P2RA 104LA 3ODUA 2QB0B 232LA 1CX6A 170LA 186LA 1P7SA 1CV6A 2OU8A 1L26A 3DMZA 3SB8A 4EKSA 2ANXA 216LA 4W54A 177LA 2IGCA 1CU2A 1L45A 1L71A 4ARMA 2Q9DA 3CDTA 1G0KA 3CDOA 2A4TA 2HULA 1DYFA 219LA 4ARMB 1L23A 1P46A 149LA 3HTFA 1L84A 1L36A 1PQIA 112LA 255LA 1L07A 3C8RA 1L83A 1C68A 3F8VA 195LA 2CUUA 174LA 2LZMA 1P36A 1QUGA 2RAZX 3NY9A 1L27A 1CU5A 4LDLA 1D2WA 1LWKA 1KW7A 1L18A 239LA 2RB1X 2OU0X 1G0LA 1L92A 4EXMA 1L73A 4LDOA 2OTZX 3VW7A 1L10A 119LA 1P6YA 223LA 2OEAX 2RBNA 3DKEX 1K28A 205LA 103LA 214LA 1P64A 1P37A 196LA 109LA 3C80A 1LYGA 243LA 167LA 1DYAA 211LA 2L78A 1C6JA 139LA 1L65A 1C6FA 3FADA 1L98A 3HUQA 164LA 1L09A 2OU9A 5I14A 1L40A 2QARC 1G0QA 231LA 2RAYX 1C6QA 1OWYA 1L87A 4ARQA 1L0JA 1QT8A 262LA 4ARQB 1C67A 1LYJA 118LA 2B6TA 3HTGA 4DJHA 1L29A 1L13A 2B6XA 4IAPA 1PQJA 3SBAA 4I7SA 3NYAA 3PBLA 1QUDA 1L85A 3HU8A 1L90A 1L50A 180LA 1L24A 2RB2X 1OV5A 201LA 1G0MA 187LA 191LA 225LA 3HTDA 4I7NA 1D3MA 1CU3A 1G07A 4ZPUA 2B74A 1L55A 1QTDA 2RB0X 5LZMA 1L06A 3OE0A 144LA 3HT7A 178LA 1G0JA 3HDFA 1L57A 151LA 125LA 254LA 3PDSA 4W53A 1L56A 1LWGA 1OWZA 1L43A 1D9WA 1PQOA 130LA 3DMXA 1L89A 1QTBA 1XJTA 159LA 1LGUA 3CDQA 1QTVA 2OE4X 1LI3A 3OE9A 1C6MA 1SX7A 3QAKA 168LA 1L02A 1G0GA 161LA 1L41A 157LA 1LYIA 1LYHA 1T6HA 1CX7A 217LA 3HH5A 227LA 1L61A 1L19A 1L79A 1SWYA 2O4WA 4I7KA 173LA 1C6NA 1L22A 3GUJA 1L38A 1L82A 108LA 4I7TA 1L21A 1L51A 235LA 1L49A 2B72A 3RUNA 1L63A 251LA 252LA 236LA 1L37A 1L72A 3F9LA 4GRVA 1OVJA 142LA 3D4SA 4I7RA 126LA 2NTGA 1P56A 1L99A 4YXAC 1L32A 1L96A 140LA 1L25A 143LA 3FA0A 1CV3A 1C6CA 150LA 1L54A 2O79A 3HH3A 7LZMA 183LA 260LA 1L60A 2NTHA 4EKQA 1L58A 1G1VA 1XEPA 1L33A 3GUKA 1QUHA 3CDRA 4PK0A 3K2RA 246LA 221LA 3UONA 113LA 163LA 1OVKA 2RBPA 3LZMA 1SWZA 2LCBA 4LDEA 1KS3A 1LYEA 2OTYX 1T97A 4I7QA 213LA 1L12A 1L35A 1B6IA 1QS5A 4I7MA 184LA 197LA 1QT3A 1L52A 1LGXA 3SB9A 158LA 1ZYTA 137LA 1LW9A 1OV7A 1QT6A 1T8GA 1L01A 3DN6A 3V2YA 1C6IA 3SB5A 1L30A 3GUMA 3C7WA 171LA 4W51A 1I6SA 2B75A 1T8AA 3GUOA 3C8QA 2O7AA 1DYDA 1L04A 1L17A 261LA 1LYFA 1L62A 1DYBA 3OE8A 3DN2A 3C7ZA 1LLHA 1C6GA 3DNAA 166LA 1QT4A 2RBQA 1KY0A 4LZMA 4S0WA 1KY1A 1QTCA 3HU9A 4GBRB 2F32A 3C8SA 215LA 1JTNA 141LA 1C6TA 1L77A 1C66A 1L47A 1DYCA 237LA 245LA 2ANVA 165LA 1P5CA 1C62A 1G06A 138LA 233LA 4PJZA 1C6BA 200LA 4W52A 3NY8A 1CUPA 147LA 1G1WA 1L03A 250LA 212LA 1L70A 1L75A 4E97A 1L94A 4K5YA 111LA 1C6AA 160LA 2RBRA 224LA 1DYGA 1L42A 1XJUA 1L59A 206LA 3EMLA 3HH6A 1L74A 229LA 1WTHA 241LA 226LA 3SN6R 1LPYA 228LA 3HUAA 3GUNA 3DN0A 185LA 4EPFA 1CUQA 6LZMA 1L81A 1SSYA 3SB7A 2B6ZA 1C63A 1CV1A 188LA 1PQKA 3C83A 3G3VA 3HT8A 1QT7A 2RBSA 1L64A 1L0KA 1L68A 3G3WA 190LA 1D2YA 4W57A 2LC9A 240LA 156LA 4OO9A 1KW5A 1L88A 1L66A 107LA 122LA 3C7YA 1JQUA 1L91A 2B70A 129LA 2RH1A 3HT6A 2B7XA 152LA 1D3JA 209LA 2B6WA 1CV0A 172LA 3HT9A 123LA 102LA 1CU6A 3G3XA 198LA 3L2XA 3RZEA 4ARPA 1L86A 230LA 2OE9X 1L80A 2B6YA 169LA 1SSWA 259LA 1CVKA 4I7LA 1LGWA 2HUMA 1C64A 222LA 1L00A 3HH4A 110LA 3CDVA 146LA 4W55A 1SX2A 1C69A 3C82A 1T8FA 1P2LA 3V2WA 247LA 4DKLA 1QS9A 1C6HA 1C61A 1CV4A 1L93A 1QT5A 248LA 1C6DA 175LA 218LA 1D3NA 1L16A 1L46A 3FI5A 128LA 145LA 1C6PA 256LA 1L11A 4I7JA 2F47A 1CV5A 2HUKA 4W58A 189LA 1L15A 4I7PA 3SBBC 1L97A 1LI6A 1L95A 148LE 234LA 1TLAA 199LA 4EJ4A 2Q9EA 176LA 1PQMA 3HTBA 1QSQA 1LYDA 3GULA 3GUPA 182LA 238LA 3GUIA 1L69A 4DAJA 1OYUA 4I7OA 162LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QE8A 1WQRA 3W6AA 1LI2A 4ETDA 1LHIA 4WMGA 2LZTA 3WL2A 5FCPA 1DPWA 1EPYA 1YKXX 1L53A 1GAZA 1LKRA 1L14A 4TX7A 4W56A 4NSJA 4W59A 4LYCA 1L44A 4OWEA 3BKVA 4YX7C 1KNIA 1BB3A 1L20A 1JSEA 4NIJA 3CSRA 9LYZA 1QTZA 1G0PA 3QY4A 192LA 4O34A 5HLLA 1D3FA 127LA 1REXA 4AGAA 4BS7A 3C81A 4NHSA 1CKHA 5FSTA 2Z12A 3HWLA 181LA 1C60A 1L34A 1LTMA 1JJ1A 3LYZA 5I4YA 4HJVA 2Z37A 5KXYA 1P7SA 5KXZA 1G7IC 1D6PA 4U3XB 4EKSA 177LA 1L45A 4RW1A 1KXYA 3CDTA 4ARMB 1P46A 1QDTA 3HTFA 4UWUA 4ET9A 3W6EA 2BQEA 255LA 1L07A 2A7DA 4WM5A 1B5WA 4XJBA 1W08A 5D5CA 4UWNA 3AZ5A 2BQLA 3W6FA 2OU0X 4EXMA 1IWVA 1GE4A 1P6YA 2BAAA 3DKEX 1QDRA 4KT3A 3TMWA 1LMPA 109LA 1YKYX 5KKJA 1FLUA 1LYGA 3ZVQB 4H9CA 3KAMA 1DYAA 1YQVY 211LA 1GBZA 139LA 2BQAA 3FADA 3EO5A 2MEFA 2OU9A 231LA 5D5FA 2YSSC 1JIYA 1T3PA 5F9UA 4OWHA 1IOSA 4PGJB 118LA 2B6TA 1VEDA 4ZIXA 4DJHA 1L29A 2B6XA 1XSFA 1IP7A 2DKVA 1NBZC 3A91A 4CFPA 1OV5A 191LA 1D3MA 2HTXA 4EMNA 2HEEA 151LA 2W1YA 3PDSA 4H9AA 5HMVA 1IP3A 1LWGA 1QIOA 1PZYA 1PQOA 3A93A 4R0FA 5APEA 4J0LA 1GE0A 1C6MA 168LA 4H94A 4DQ7A 1T6HA 157LA 4I8SA 1CX7A 227LA 3AZ7A 1CNSA 4HPIA 1JITA 1OUBA 1LZBA 1G7MC 1TDYA 2EPEA 3TXBA 5E9RA 2YBIA 5KXOA 5HNLA 1L21A 3RUNA 3IJVA 1L63A 5B05A 3D4SA 1LZGA 126LA 1P56A 1L99A 1HFZA 1L96A 1GBOA 3D3DA 1C6CA 2Z2EA 150LA 2O79A 3WW5A 7LZMA 183LA 3CT0A 4OW1A 1LMQA 260LA 1L60A 2NTHA 2ZQ3A 5F81A 1XEPA 1NQIA 2XBRA 1L33A 3LN2A 2YVBA 4HV2A 1DQJC 3K2RA 113LA 1SWZA 2HECA 4I7QA 1ZMYL 1B6IA 1LSDA 4DT3A 4I7MA 3P68A 1JKCA 3J4GA 4YEOA 3A3QA 158LA 5HMJA 1T8GA 3SB5A 3GUMA 3D9AC 3GUOA 2MEHA 4G4CA 4Z3MA 1L17A 5LVHA 3OE8A 3DN2A 1WVVA 1D0MA 1GFUA 3DNAA 3TXJA 1BWHA 2G4QA 2Z39A 2RBQA 2XBSA 4NG1A 1IOQA 3BKHA 2X0AA 1XGRC 1Z55A 2HEBA 1QTCA 2F30A 3HU9A 4WG1A 4GBRB 141LA 1C6TA 1L47A 3B6LA 5J7CA 1ZVYB 1C62A 233LA 1IP4A 3A6CY 4RLMA 3EBAB 1JISA 4N9RA 1LZEA 1B5UA 1G1WA 2DQCY 1L94A 4Z98A 1JTPL 1HEPA 160LA 2MECA 1L42A 1XJUA 1IC7Y 4XJIA 1L74A 241LA 1MLCE 5B06A 4DDAA 1CJ8A 3GUNA 185LA 4WOAA 6LZMA 2ZNXY 2G4NA 3SB7A 1C63A 4H1PA 3P4ZA 1PQKA 1INUA 1GB0A 1L68A 190LA 4W57A 1JUGA 2LC9A 3WPJA 2MEDA 2PC2A 3B0OA 3FE0A 3RU5A 1B7LA 1B7PA 1YKZX 1GFAA 2DQGY 2B7XA 5L9JA 1UCOA 1BB7A 2ZIKA 3G3XA 198LA 3L2XA 3RZEA 1XGTC 1GFVA 4NEBA 230LA 2CDSA 1HEOA 1CVKA 2MEEA 1C64A 1ALCA 1L00A 207LA 1LZRA 4W55A 1T8FA 1C6HA 1YIKA 1C6DA 4ET8A 218LA 2H5ZA 3FI5A 3TXHA 1J1OY 4I7JA 1CJ9A 1OUEA 4W58A 2H9JA 3N9EA 4TTDA 1GE3A 2IFFY 1WTNA 2I6ZA 4EJ4A 1PQMA 5II3A 1LYDA 4HV1A 3GULA 4HJZA 4LGKA 3GUPA 4DAJA 4MCKA 3DN1A 2LYOA 1C6EA 1LZTA 2BQJA 4AQNA 2ZYPA 210LA 1TAYA 4DQ5A 115LA 5KXPA 1REMA 5KXNA 155LA 3L64A 2HU3A 1GFJA 3G3AB 5KXRA 1LMAA 2DQDY 3HBEX 1A2YC 3A8ZA 4H92A 4LFPA 3TXDA 1XEIA 3DN8A 1C6LA 1JTMA 1VDQA 1GPQC 249LA 4NWHA 4H91A 120LA 3DN3A 1FKVA 4EPIA 4GCDA 3GXKA 4H8XA 4ARLA 3SB6A 4DD2A 1OQMA 3ODUA 2QB0B 1LCNA 1HFXA 5FEKA 232LA 5I5QA 2OU8A 4H90A 3TXKA 5K7OA 1L26A 4B4JA 3SB8A 3ATNA 1L71A 1B7RA 1UICA 1G0KA 4KPMA 2A4TA 2HULA 2D4IA 5KXXA 5L3IA 4XENA 1L36A 1PQIA 1G7JC 1IOTA 3C8RA 5A3ZA 1REYA 2LZMA 1P36A 1L27A 4LDLA 1H87A 2W1LA 1L73A 4QDNA 4LDOA 1LJFA 4XADA 4CGEA 1L10A 5KXLA 103LA 1LZSA 2DQJY 1B7NA 1DXJA 1HELA 135LA 1BHZA 1C6JA 1C46A 1L65A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QE8 A;  1WQR A;  3W6A A;  1LI2 A;  4ETD A;  1LHI A;  4WMG A;  2LZT A;  3WL2 A;  5FCP A;  1DPW A;  1EPY A;  1YKX X;  1L53 A;  1GAZ A;  1LKR A;  1L14 A;  4TX7 A;  4W56 A;  4NSJ A;  4W59 A;  4LYC A;  1L44 A;  4OWE A;  3BKV A;  4YX7 C;  1KNI A;  1BB3 A;  1L20 A;  1JSE A;  4NIJ A;  3CSR A;  9LYZ A;  1QTZ A;  1G0P A;  3QY4 A;  192L A;  4O34 A;  5HLL A;  1D3F A;  127L A;  1REX A;  4AGA A;  4BS7 A;  3C81 A;  4NHS A;  1CKH A;  5FST A;  2Z12 A;  3HWL A;  181L A;  1C60 A;  1L34 A;  1LTM A;  1JJ1 A;  3LYZ A;  5I4Y A;  4HJV A;  2Z37 A;  5KXY A;  1P7S A;  5KXZ A;  1G7I C;  1D6P A;  4U3X B;  4EKS A;  177L A;  1L45 A;  4RW1 A;  1KXY A;  3CDT A;  4ARM B;  1P46 A;  1QDT A;  3HTF A;  4UWU A;  4ET9 A;  3W6E A;  2BQE A;  255L A;  1L07 A;  2A7D A;  4WM5 A;  1B5W A;  4XJB A;  1W08 A;  5D5C A;  4UWN A;  3AZ5 A;  2BQL A;  3W6F A;  2OU0 X;  4EXM A;  1IWV A;  1GE4 A;  1P6Y A;  2BAA A;  3DKE X;  1QDR A;  4KT3 A;  3TMW A;  1LMP A;  109L A;  1YKY X;  5KKJ A;  1FLU A;  1LYG A;  3ZVQ B;  4H9C A;  3KAM A;  1DYA A;  1YQV Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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