1G1WA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/q105m
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFMMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g1wA00
3DN4A 1XJTA 166LA 7LZMA 163LA 1D3FA 229LA 4W57A 3PBLA 3G3VA 1L72A 3GUIA 2F32A 3C83A 3F8VA 1G0GA 1L69A 1L98A 1C6MA 4W52A 205LA 190LA 1L00A 103LA 217LA 110LA 3C80A 1CX6A 1NHBA 3FA0A 1CV4A 3GULA 3C8SA 3DN0A 3HT9A 188LA 1C65A 6LZMA 108LA 2B6XA 3HT7A 1L49A 1LYHA 1KW7A 1G0LA 2O4WA 3SB6A 1ZYTA 2OE4X 1L22A 1LGXA 1G0KA 3HTDA 1QS5A 1LYJA 1LPYA 1G07A 1L11A 1P3NA 1OVKA 1L90A 1G06A 3K2RA 3GUJA 1LYGA 4ZPUA 1L29A 1L37A 1L03A 3SB5A 4ARPA 191LA 1L41A 239LA 3C82A 1WTHA 142LA 157LA 253LA 2B6ZA 1L85A 1LI6A 1C64A 248LA 215LA 2HUMA 147LA 3UONA 4ARJA 1L30A 4LZMA 4I7TA 1L40A 2B70A 254LA 1EPYA 3HT6A 198LA 186LA 1P56A 200LA 4DAJA 1L60A 131LA 1L05A 170LA 4AQNA 172LA 1G0QA 210LA 148LE 181LA 3GUMA 3HH6A 2CUUA 1C6PA 235LA 4W55A 259LA 1QT8A 214LA 129LA 120LA 182LA 3DN1A 175LA 233LA 3CDVA 1D3MA 1L92A 4ARMA 246LA 1L64A 1I6SA 158LA 237LA 145LA 2Z6BA 1OYUA 1L47A 1L15A 1C63A 2RB2X 1B6IA 256LA 3FI5A 3HH5A 1L63A 1KS3A 1L95A 1CU2A 2RBOA 1QTZA 3OE6A 144LA 2RAZX 1C6LA 137LA 2HULA 2LC9A 1P46A 3V2WA 115LA 1KY0A 1L52A 3DMZA 109LA 1CV6A 1XEPA 3F9LA 1ZURA 3GUPA 1PQKA 222LA 4EPIA 1C6FA 1L07A 225LA 180LA 1L39A 1L34A 3ODUA 164LA 1L79A 1P6YA 1LWKA 4I7NA 122LA 178LA 3NY9A 1C68A 1L44A 2L78A 2QARC 189LA 1L61A 3C7WA 1C67A 2B6WA 1OV5A 212LA 3HTGA 111LA 234LA 1LWGA 1L75A 149LA 1L97A 1L06A 2RBQA 1L54A 1QTBA 1L66A 1QTVA 4PJZA 3DN2A 1L77A 3SBBC 243LA 1L65A 227LA 3OE9A 1L50A 1QSBA 219LA 4S0WA 1D2WA 1QUGA 104LA 1P64A 4ARQA 1QTHA 1L23A 3EMLA 1PQIA 1OWYA 1LLHA 1JTMA 2F2QA 3HTFA 1DYAA 1L53A 1L83A 1CUQA 1L24A 1KNIA 1L51A 1OV7A 1ZWNA 2LZMA 4W54A 3VW7A 196LA 2O79A 1QS9A 141LA 102LA 3CDOA 192LA 197LA 3GUKA 4EXMA 4I7PA 2QB0B 1DYDA 1JQUA 187LA 1L46A 1L10A 213LA 126LA 3NYAA 4EKSA 3RUNA 3DNAA 2B75A 1QUDA 3G3WA 1C6HA 3HUAA 1L96A 3HDEA 1K28A 2F47A 3SB8A 1L32A 4OO9A 1L56A 201LA 1L88A 1C6AA 1L27A 230LA 1G0MA 1CV0A 146LA 4PK0A 3HH3A 150LA 128LA 1CU6A 2OU8A 1D9WA 1QT7A 236LA 1D3JA 216LA 2OU9A 1PQJA 2RB0X 2OU0X 1L25A 3D4SA 4EPFA 4EKPA 1G0PA 3HU8A 206LA 1L73A 1L48A 1T6HA 1QUHA 1C6QA 1SSYA 119LA 1L62A 1L70A 1L18A 4I7JA 1L26A 1QTDA 174LA 1TLAA 1LW9A 185LA 1T8FA 2RB1X 4DJHA 251LA 2ANXA 168LA 247LA 1C60A 1L01A 1L33A 1L09A 1C6TA 3C7YA 1L89A 1LYFA 1L28A 139LA 1D2YA 1CU3A 1CV5A 2O7AA 1PQMA 1L57A 2OE7X 4I7SA 3DN8A 3NY8A 1L71A 1L76A 1G0JA 209LA 3OE8A 1LI2A 250LA 2RH1A 123LA 1C6DA 244LA 1DYEA 2A4TA 1C69A 3HU9A 165LA 2B6TA 3V2YA 195LA 252LA 1C6JA 224LA 1L74A 1L91A 3HDFA 1L16A 4GRVA 5LZMA 1L84A 1C6GA 1P37A 3FADA 1JTNA 4W53A 4EKQA 167LA 1CU0A 1T8AA 1L80A 2OTYX 255LA 1L81A 2B6YA 138LA 1C61A 1C6CA 220LA 1QTCA 1P7SA 257LA 4ARMB 118LA 1L35A 3HH4A 3QAKA 1CTWA 1T8GA 3C8RA 3DMVA 3GUOA 3C8QA 130LA 1CU5A 1L43A 1P2LA 2B73A 152LA 2NTHA 1C6IA 3HUQA 262LA 143LA 240LA 245LA 107LA 2OE9X 1L58A 3C7ZA 1QUOA 3G3XA 4LDLA 3C81A 1L19A 3CDQA 1QT5A 2ANVA 1DYFA 2RAYX 1L99A 4YXAC 4DKLA 161LA 125LA 1P5CA 1DYCA 4W59A 223LA 242LA 2RBRA 1P2RA 4EJ4A 1C6NA 127LA 3HUKA 151LA 1L12A 3OE0A 4K5YA 1CV1A 2B72A 4YXCA 3CDRA 1P36A 1SX2A 4I7LA 1L45A 221LA 162LA 3SBAA 1LYIA 140LA 1OVJA 1L68A 1SX7A 218LA 176LA 1LYDA 238LA 4YX7C 3L2XA 1C6EA 1PQDA 4W56A 1XJUA 2Q9DA 3SB9A 1SWYA 3LZMA 1SSWA 2RBPA 1L21A 171LA 211LA 3DMXA 1L08A 1G1VA 1L55A 1CUPA 1LGWA 1QT3A 4ARQB 156LA 1C66A 1QT4A 183LA 1LYEA 2RBNA 2NTGA 1QSQA 4I7OA 1L13A 3HT8A 232LA 258LA 4W58A 2B74A 1L82A 1L94A 1CV3A 1L42A 2IGCA 4W51A 261LA 5I14A 4LDEA 3SB7A 4ARLA 4I7MA 3DKEX 4I7QA 1L93A 4LDOA 1C6BA 226LA 1L0KA 1KY1A 2RBSA 3JR6A 1DYBA 3CDTA 3DN6A 3GUNA 159LA 2B7XA 2LCBA 1C62A 2OTZX 169LA 1L38A 1L17A 1L59A 228LA 4IAPA 1SWZA 2OEAX 113LA 1L87A 1DYGA 2HUKA 1OWZA 3RZEA 1QT6A 184LA 1PQOA 4I7RA 1L20A 1L67A 114LA 1L31A 1OVHA 2Q9EA 1L14A 1CX7A 1L0JA 1L02A 231LA 249LA 3HTBA 155LA 4GBRB 260LA 3HWLA 177LA 1C6KA 3PDSA 199LA 1L86A 1CVKA 1G1WA 1T97A 1LI3A 3L64A 4E97A 160LA 3DN3A 1D3NA 3SN6R 241LA 1KW5A 1L04A 1LGUA 4EKRA 173LA 112LA 1L36A 4I7KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
7LZMA 2LYZA 1LJEA 3FI7A 1YKXX 1G7IC 3TXJA 1L72A 4WLXA 3GUIA 4ETDA 1G0GA 4NWEA 2HECA 1IR9A 5LYTA 3EXDA 1DPWA 1RFPA 3CT0A 4C5FA 1IO5A 1BQLY 188LA 1JPOA 3QY4A 108LA 2F4AA 4NGLA 1G0LA 2O4WA 3SB6A 1IP5A 1GB2A 1L22A 3AZ6A 1LZTA 3EMSA 1LPYA 1G07A 1NKHA 1L11A 1P3NA 4J7VA 5KKIA 1KIPC 1LSBA 3P68A 1LYGA 4ZPUA 4H9AA 4FJRA 4NHQA 5LVKA 2HUMA 1C64A 248LA 2YSSC 1IIZA 2ZQ4A 4I7TA 4LZMA 2CWIA 2ZYCA 1LJGA 3G3BB 1AT5A 1B5XA 3TXBA 1REYA 1B0DA 198LA 186LA 200LA 131LA 170LA 1G0QA 2BQMA 1HENA 3HH6A 235LA 4ETBA 5DL9A 129LA 120LA 1LJJA 4MR1A 1D3MA 4LT2A 3RNXA 1I6SA 1GFHA 1C63A 1UIAA 1IOQA 4TX7A 2W1MA 1WTMA 1LSZA 1CU2A 2DQFC 1QTZA 4BAPA 4WM6A 4N0JA 5A3ZA 2Z38A 2N5ZA 3AYQA 1SLYA 1ZURA 3GUPA 1IWUA 1PQKA 225LA 4WM5A 180LA 1LJHA 164LA 4RDSA 1P6YA 1LWKA 1BB3A 2Y8PA 3P66A 3NY9A 4TSBA 1LHKA 5C6LA 1QUTA 2L78A 3C7WA 2B6WA 212LA 4DC4A 5KXRA 3HTGA 3WXUA 1L75A 2Q0MX 1BGIA 1QTBA 4PJZA 3W6CA 3F6ZA 1BHZA 1L65A 1LMQA 1B5ZA 3TXIA 3WU7A 1D2WA 104LA 4IJ4A 2XQOA 4QDNA 3B0OA 4B49A 5KXOA 1OWYA 1LLHA 1CUQA 5B1GA 3T36A 1GDWA 1L51A 1SQ2L 2LZMA 1GBOA 4PJ2C 1QS9A 102LA 3LN2A 197LA 3GUKA 4KXIA 4WLTA 4EXMA 2CDSA 1VFBC 2QB0B 187LA 4NGVA 1YKYX 5HMVA 1L10A 5KJ9A 213LA 4EKSA 1QUDA 3TMUA 4NSJA 1QTEA 1L96A 1CKDA 4RLNA 3TMVA 1L32A 1PZYA 4OO9A 3CT1A 1C6AA 1L27A 2D4JA 1V7SA 5B06A 5LINA 146LA 4U3XB 3B6LA 5HQ1A 2OU8A 1D3JA 4DT3A 3BKHA 1L25A 3AW6A 4EKPA 1QUHA 1C6QA 1SSYA 119LA 3WPJA 3QNGA 185LA 1T8FA 2RB1X 1LZAA 4DJHA 1JTTL 2ANXA 1C60A 1JJ0A 2MEIA 4PRQA 1L33A 3P65A 3WUMA 3C7YA 1L28A 139LA 5LA8A 2B5ZA 5L3IA 3NY8A 4H1PA 1L71A 1T3PA 1OUAA 5LVJA 1INUA 1HFZA 5I53A 4Z98A 4XJBA 1LYOA 1LJFA 4YENA 1C6JA 1GB6A 1JISA 3HDFA 4OOOA 5F9UA 1L84A 1GF0A 4H94A 3FADA 4NIJA 2D4KA 1L80A 1L81A 2B6YA 1C61A 1IOTA 2DQCY 118LA 1VAUA 1CTWA 1EQ4A 3C8QA 130LA 1CU5A 1P2LA 2B73A 1DPXA 2BQLA 3HUQA 262LA 4LT0A 5B05A 4WLDA 245LA 1G7JC 1IWZA 1IWXA 5KXKA 1HERA 3C81A 2EIZC 4D9ZA 1GF7A 1DYFA 2RAYX 1GAZA 1L99A 3N9EA 2HUBA 125LA 3WL2A 2DQGY 4GN3A 1TBYA 242LA 1D9UA 1YL1X 5M1YA 1CV1A 1KXYA 1I56A 4I7LA 3CQLA 162LA 5I5QA 4MCKA 1LYIA 1LMCA 1NBZC 1LZ1A 218LA 5KXLA 1GBZA 3G3AB 1J1XY 1LSFA 3SB9A 1SSWA 3A93A 3WVXA 2RBPA 171LA 1LTMA 1CUPA 4ARQB 156LA 1C66A 2XTHA 1GFKA 1QSQA 1LMPA 3WPLA 4ANRA 132LA 232LA 258LA 5C6IA 4WL7A 1G7MC 2WARA 1L94A 1HMLA 1C43A 1L42A 3W6AA 5KKJA 4ARLA 2Z12A 1UIHA 4I7QA 1C6BA 1DI3A 4DD3A 3DN6A 3GUNA 4H92A 1AKIA 4HTNA 2OTZX 4WM4A 1GB5A 1SWZA 1L87A 4AGAA 1L20A 3CSZA 1VATA 1CX7A 1L0JA 1L02A 1NDMC 1GE0A 1LSNA 155LA 4GBRB 2MEAA 5FELA 3WMKA 2YBIA 1CVKA 1G1WA 160LA 1D3NA 3SN6R 1KW5A 4L41A 1LGUA 1QQYA 7LYZA 4ETAA 3DN4A 1XGPC 1XJTA 4W57A 1JJ3A 1JSEA 1JUGA 4AXTA 2BQOA 3F8VA 1LPIA 5DM9A 1L69A 4OW1A 190LA 4Z41A 103LA 1F10A 217LA 5I54A 3C80A 4HJVA 3GULA 3C8SA 3ATNA 3B0IA 1WQOA 1B7SA 4N9RA 3W6FA 1KW7A 4W96A 2Z37A 4NFVA 1ZYTA 3WYHA 1B2KA 1LGXA 1WTNA 3HTDA 1QS5A 1NBYC 3SP3A 1YROA 4H91A 1LSPA 3WW5A 2BQNA 4YOPA 1OVKA 3HBEX 1DKJA 4UWVA 2MEHA 5IDDA 4NGIA 1F6SA 3GUJA 5E9RA 1L37A 4ARPA 4NGKA 2DBTA 3W6DA 1L41A 3C82A 4HTQA 1WTHA 4XJIA 4NSGA 1TAYA 6LYZA 254LA 1QSWA 1EPYA 1LZ4A 1GBSA 4DAJA 5APCA 1FLUA 210LA 1IWYA 4NSIA 2CUUA 4W55A 4X3BA 214LA 182LA 175LA 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4GCBA 1D0LA 2HU1A 1DQJC 250LA 1C6DA 1ALCA 244LA 4WO6A 1UIFA 1BWJA 2B6TA 3V2YA 195LA 1L74A 3WVYA 1WQPA 5AMYA 3W6BA 1C6GA 5JENB 4XN6A 1LZ5A 1CU0A 1IWWA 1GXXA 1T8AA 4GCFA 138LA 1C6CA 2HEFA 3WULA 1QTCA 4XJGA 1P7SA 3HH4A 3QAKA 1JKBA 3C8RA 3DMVA 2DQEY 194LA 1HEOA 3GUOA 4RW2A 1EL1A 5J7CA 4TTDA 1B5YA 3AGIA 3HBHA 2OE9X 1E8LA 1TEWA 1HHLA 5FEKA 1QUOA 4LDLA 3J4GA 5ILFA 1PS5A 1L19A 3CDQA 1QT5A 3A3QA 1GXV2 2ANVA 4HP0A 4TWSA 4NHTA 2NWDX 161LA 2H5ZA 1DYCA 4DDBA 4W59A 3IJVA 3P64A 1IY3A 1C6NA 2YBJA 127LA 3HUKA 1I20A 1OP9B 2B72A 5HMJA 3CDRA 5LVGA 1P36A 1SX2A 3B72A 4WL6A 4NG8A 4OWBA 1LOZA 1SX7A 176LA 1DI4A 1LYDA 2I25L 1XJUA 2Q9DA 3LZMA 3TMWA 1L21A 211LA 1L55A 1CNSA 4LGKA 1LSYA 1GF4A 1HEMA 2FBDA 1QT4A 183LA 3A8ZA 1QSAA 1LYEA 1OUHA 4H8ZA 4I7OA 1YKZX 1C46A 4W58A 2B74A 1D6PA 1UIBA 4II8A 2C8OA 1IP3A 4W51A 261LA 5I14A 4LDEA 5K7OA 1WVUA 5LYZA 1XEJA 1UIGA 2ZIJA 1RE2A 4LZTA 1L17A 1IP7A 4IAPA 2OEAX 3HBDA 2HUKA 1OWZA 208LA 3RZEA 1N4FA 1QT6A 5LYMA 184LA 4BAFA 4EOFA 1PQOA 2AUBA 114LA 1L31A 1OVHA 2BQAA 1GB0A 4WM1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 7LZM A;  2LYZ A;  1LJE A;  3FI7 A;  1YKX X;  1G7I C;  3TXJ A;  1L72 A;  4WLX A;  3GUI A;  4ETD A;  1G0G A;  4NWE A;  2HEC A;  1IR9 A;  5LYT A;  3EXD A;  1DPW A;  1RFP A;  3CT0 A;  4C5F A;  1IO5 A;  1BQL Y;  188L A;  1JPO A;  3QY4 A;  108L A;  2F4A A;  4NGL A;  1G0L A;  2O4W A;  3SB6 A;  1IP5 A;  1GB2 A;  1L22 A;  3AZ6 A;  1LZT A;  3EMS A;  1LPY A;  1G07 A;  1NKH A;  1L11 A;  1P3N A;  4J7V A;  5KKI A;  1KIP C;  1LSB A;  3P68 A;  1LYG A;  4ZPU A;  4H9A A;  4FJR A;  4NHQ A;  5LVK A;  2HUM A;  1C64 A;  248L A;  2YSS C;  1IIZ A;  2ZQ4 A;  4I7T A;  4LZM A;  2CWI A;  2ZYC A;  1LJG A;  3G3B B;  1AT5 A;  1B5X A;  3TXB A;  1REY A;  1B0D A;  198L A;  186L A;  200L A;  131L A;  170L A;  1G0Q A;  2BQM A;  1HEN A;  3HH6 A;  235L A;  4ETB A;  5DL9 A;  129L A;  120L A;  1LJJ A;  4MR1 A;  1D3M A;  4LT2 A;  3RNX A;  1I6S A;  1GFH A;  1C63 A;  1UIA A;  1IOQ A;  4TX7 A;  2W1M A;  1WTM A;  1LSZ A;  1CU2 A;  2DQF C;  1QTZ A;  4BAP A;  4WM6 A;  4N0J A;  5A3Z A;  2Z38 A;  2N5Z A;  3AYQ A;  1SLY A;  1ZUR A;  3GUP A; 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