1G2KA

Hiv-1 protease with cyclic sulfamide inhibitor, aha047
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Synthesis and comparative molecular field analysis (CoMFA) of symmetric and nonsymmetric cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1g2kA00
5P5IA 1HRNA 2OF0A 3UQUA 3OUAA 1D4KA 3U6AA 4YCTA 2J9JB 5IVRA 2OHSA 3OGPA 3LIZA 4BFBA 5P6RA 1ER8E 3DUYA 5P7KA 4APEA 5P4NA 5P0RA 2AZ9A 2RENA 4OBDA 5P44A 5P1UA 1T7JA 1AJVA 2PYNA 3EXOA 1SMRA 5P0YA 1WBKA 4MC2A 5P5BA 5OYUA 3KF0A 5P7LA 2G1NA 4PYVA 5P0WA 5P4UA 3L58A 5P5LA 3F9QA 5OZCA 3Q3TA 3OHFA 3LZUA 5P5QA 1B6LA 3FNTA 3KT5A 5P5HA 5P3JA 1XL5A 5BRYA 4ZSQA 5P8UA 5P2RA 3SO9A 5OZBA 5OZDA 3OADA 3MSLA 3BGBA 2XYFA 4GYEA 3WB5A 4Y4JA 3PCWA 5P8LA 4ER1E 2I4VA 4Y3MA 4ZSPA 5P5CA 1EPNE 1CMSA 4KB9A 5P8AA 4Y3FA 4RZ1A 5AH9A 5P36A 5P0JA 5KOQA 1FQ7A 5P0EA 3PB5A 5P6OA 5P4VA 3IXJA 2BQVA 3ZKQA 2OHRA 1HIIA 3MSKA 1G6LA 4FRSA 4Y37A 5BWYA 4CPRA 5P49A 2BJUA 2I4XA 2JJIA 4QJ6A 5P7SA 2ZHVA 1E5OE 1T7KA 4FLGA 2WF3A 3AIDA 5P52A 3L5FA 3DOXA 1ZSFA 2VIZA 3GW5A 4RYGA 5OZ1A 4J1IA 1XN2A 1PSOE 1RV7A 4Y48A 1BIMA 3TPJA 1DPJA 3NU9A 2IENA 5P4TA 5HDZA 5DQ4A 2G94A 3D3TA 3HDKA 5I70A 2B8VA 4QJ7A 4Y6MA 1GVTA 4H3IA 2HS1A 5P0LA 4Y4GA 3K5DA 5P3BA 2QP8A 1AVFA 3K5CA 3CKTA 5OZMA 4I0IA 3BXSA 3LNKA 3OTSA 4HDPA 5KQFA 2WEZA 1EC0A 5B18A 4K8SA 4L1AB 2FDEA 4TVHA 5P3OA 1FFIC 5T4SA 2ER7E 3IVHA 3NU5A 2AOFA 5P4HA 1MRXA 4M8YA 3Q70A 5P6CA 3D1XA 5P1BA 4Y4EA 2Q54A 1QS8A 3BC4A 3I8WA 1XN3A 3IN4A 3MWSA 5P67A 1EPME 1FGCC 2NXMA 2CEJA 5I3YA 3EL9A 3EL4A 4QGIA 3TOHA 3I7EA 2V11C 4Y3DA 5P7XA 2AQUA 4LP9A 3PRSA 1PPME 5P32A 4H3JA 4Y3AA 4RCEA 5P4DA 2HB2A 5P4XA 5P4AA 1DP5A 6FIVA 4NPTA 5P6MA 4ZPEA 2ZJMA 5OYQA 5P5MA 3N3IA 4CPXA 4Y51A 1HIHA 2AZBA 4I0ZA 2ZJJA 1W6IA 1PPLE 2FXDA 4PEPA 1MPPA 5P5WA 3PJ6A 2QK5A 2OAHA 2AVOA 3OWNA 1HTEA 1EBZA 5OYTA 4Y47A 5P7VA 3PLLA 5P1ZA 3T7PA 4TRZA 1LV1A 2PC0A 3VV7A 5HE4A 4J55A 2AZCA 1ZAPA 4J1HA 5P78A 1A8KA 1K6PA 5P0NA 5OZEA 3KDCA 3LZVA 1J71A 1TSUA 1F7AA 5P17A 1YTHA 1OEWA 1HVSA 4GZFA 3S7LA 4FL8A 4PPHA 3S8IA 3UDYA 4Y4XA 3KA2A 4EJLA 2WECA 4H3GA 2BPWA 4CPTA 2BKTA 3QP0A 5P1LA 5P11A 4RVIA 3SA4A 3LIYA 2ZHRA 4OBJA 5P3HA 5P02A 4S1GA 3VSXA 2H6SA 5OZZA 2V10C 4WY6A 3OUDA 5P3VA 5P12A 3KM4A 5P1QA 3LZSA 4Y57A 5P2NA 1T3RA 3GI5A 1BILA 1FQ5A 3PSUA 1BDRA 5P8PA 4HDBA 1KJ4A 4FAFA 2G69A 2QI5A 4Y35A 5P37A 5P23A 5P0SA 3GGVA 3TPLA 2BBBA 3EKXA 4B00A 1FQXA 3KN0A 1APVE 4AA8A 1HBVA 1NPWA 4Z50A 3S2OA 4OBGA 5P3LA 4KE1A 1GNNA 5P4BA 2OHPA 3FX5A 4FSLA 1PFZA 4OD9A 5KQZA 2ZHSA 1BDQA 5P26A 5P8TA 2VNNA 1YT9A 3WSJA 1YTJA 3R2FA 5P84A 3O9AA 5P7HA 2R43A 5P39A 1EC3A 5OZVA 4LC7A 3VEUA 5JODA 5P7UA 2PYMA 5P87A 5KR0A 4YOAA 1XL2A 3HAUA 1GVVA 3BVAA 3K5FA 1MT7A 3PMYA 5P5VA 6UPJA 4B0QA 3ZOVA 2VJ9A 3O9EA 2VNMA 3MXDA 2AVVA 4YCYA 5P8CA 4TVGA 1HVIA 5OZGA 2ANLA 4LXKA 4A4QA 3GGUA 5P3NA 1FFFC 2B7FA 3LIVA 3IXOA 3O9DA 4Y3TA 3OUDB 4ZE6A 4BFDA 2IKUA 4L6BA 2F3FA 2XYEA 5P0IA 5P34A 4FGXA 5P6HA 3ZPSA 2AVQA 3OXVA 4Y5AA 1VIJA 4LXAA 3PCZA 4GJ7A 1LYWA 1FMBA 4J1FA 2A4FA 2PSUA 2BB9A 2FNTA 2WJOA 3OU1A 4EPJA 5P1EA 2QMGA 4I1CA 4GJ5A 5AGZA 3C9XA 3INEA 3NR6A 5P74A 5DR7A 3SPKA 4EXHA 5OZOA 5P2CA 5DPZA 5P5EA 4Y3JA 5P6KA 3APPA 3K4VA 3EKPA 4DJUA 3EKVA 1HEGE 3NUOA 3N4LA 4D85A 4Y43A 2QI4A 3NDTA 5P1OA 3TLHA 3TTPA 4OBZA 3UDKA 2AOJA 3L38A 4TRWA 3PI0A 4ZPGA 4Y3ZA 2PK5A 4Q1YA 5P5XA 1K1UA 1HPSA 2QAKA 4YBIA 3ZPTA 1YG9A 4HDFA 4Y5MA 5P80A 5COKA 3QN8A 3CYXA 4F74A 4YDGA 5P8IA 3OXCA 5E5KA 1SDVA 3OY4A 1EPRE 5P3QA 5P86A 1D4IA 2R38A 5P8KA 5P07A 5P6BA 3RTNA 3UDMA 5P7YA 1SBGA 1BXOA 3EM3A 5P3FA 5HU1A 3KDDA 5P2YA 3OU1B 1YTGA 4I12A 4DPFA 1MESA 4Y3GA 5P1RA 5P2GA 4YD3A 2WHHA 4FIVA 1U8GA 5P1DA 3R0YA 5P4WA 4EXGA 4RCDA 2J9JA 3OTYA 3OQDA 1FIVA 1IDBA 2QMDA 2FS4A 5P3YA 2I4QA 2JE4A 3ZL7A 2P4JA 1QBTA 1APUE 2P83A 4F76A 2B42A 5P3XA 5P6PA 2XFIA 4DPIA 2IRZA 3AUPA 5P2AA 1E81E 1K6VA 3SM1A 5P58A 5P7PA 1SDTA 1RQ9A 3UTLA 4Y5BA 4EJDA 4YBFA 5P0ZA 5P31A 3NU3A 2V0ZC 4Y5PA 4HVPA 3L5DA 4OBHA 3URJA 5P3CA 1EPPE 2G20A 3L59A 4D89A 2QI7A 3L5BA 4HE9A 3LIXA 5ENKA 2WF4A 1HSGA 5P01A 3VYDA 2I0AA 1MRWA 5P8DA 5KR2A 3OUBA 1ZJ7A 5P2WA 5P4JA 5P2VA 3QRSA 5IVQA 5P7MA 2O4NA 3OOZA 3SA8A 1K2BA 3KFSA 1EPLE 1MEUA 4X7IA 3ER3E 1B6KA 5P6NA 3UDPA 4B70A 2NXDA 3GGAA 3QBHA 5F00A 3NDWA 2PWRA 3KFPA 1EBKC 1K1TA 1EEDP 5P0HA 3IAWA 4CMSA 3QPJA 3UFNA 4YD5A 2ER0E 3LITA 1SH9A 5P2HA 3DV5A 4RRSA 3WZ8A 4J1EA 4U7QA 4GJ8A 5P1KA 5P19A 4EQJA 3SA5A 5HE7A 3CMSA 2IS0A 2VA5A 2FMBA 5P0XA 5P7RA 1HXWA 2P3BB 3FNUA 3HVGA 2XFKA 4YD6A 1MT8A 5OZ9A 3EBZA 1HTGA 5P6XA 5P62A 5P50A 3TKGA 2HPFA 5P6IA 4CPWA 5P5SA 1BVGA 2V12C 5ISKA 4L1AA 1YM2A 4NJVA 4Y53A 4L7GA 1AM5A 1ZTZA 5P6DA 3UDRA 5ER1E 3INDA 5F01A 2HS2A 5P4CA 5P8MA 5P2UA 3HZCA 4X2LA 1EBWA 5P4QA 1G35A 3UCBA 3QVIA 4GMIA 2F81A 4Y50A 5P5FA 1B5FB 4YE3A 3ZKGA 4XX3A 5P1MA 2Q64A 1QBUA 3R4BA 3HVPA 1FQ6A 4GJCA 5P15A 3VLBA 4GJAA 5OZHA 5P2QA 2IEOA 4Y4BA 5P1FA 2HB3A 3UHLA 4CPQA 5C9DA 5P51A 5P73A 2XFJA 3DV1A 3O9FA 1SDUA 1HSHA 5P6EA 3UFLA 2BPXA 4I8ZA 2Q3KA 1ZSRA 4Y45A 4NJTA 1FMUA 4APRE 1HTFA 5P48A 2F8GA 1TCXA 5DR8A 4ACXA 3PEPA 3OQKA 3SA9A 4XKXA 4DQFA 1VIKA 5P38A 3O9GA 4JECA 5P6TA 3TL9A 4F75A 3OGQA 1IZIA 3T7QA 1GKTA 5P57A 1B6MA 4RRNA 4BEKA 3S7MA 2ER6E 3QRMA 2BPYA 1ZPKA 1W51A 5P8SA 1E82E 1C6XA 5P0AA 5OZLA 5P89A 1HVHA 4Y3LA 3EM6A 1N49A 4DQHA 1BBSA 3GI0A 5PEPA 4DFGA 5P8EA 2OHLA 5C9BA 4FE6A 4Y5GA 4J0TA 4QJ2A 2JJJA 4GJ9A 4BELA 2HAHA 5P2KA 4KE0A 2I4WA 3A2OA 3FNSA 1HVJA 2WL0A 2Q55A 3OXWA 5OZRA 3UDJA 1K2CA 5CLMA 3H0BA 1BAIA 4Q1XA 4U8WA 1TQFA 2Q11A 5P7OA 4CKUA 1FEJC 4EWOA 2G24A 5P0VA 5JFPA 1AZ5A 4DJVA 4Y3QA 3ER5E 3R1GB 8HVPA 1WKRA 3BUGA 3K1WA 4RLDA 1FB7A 1OEXA 5P13A 1M43A 4D8CA 4AZYA 2SAMA 3SA3A 3EKQA 5OYSA 5P5YA 3LPIA 3S54A 1LF4A 5P2IA 1T7IA 1SMEA 4YA8A 2WF1A 2V13A 2ZJLA 1RPIA 4Y44A 5JG1A 3LIQA 7HVPA 4GB2A 4Y5CA 3CKRA 3PI5A 4R93A 4CP7A 3NXNA 1FQ8A 3K5GA 2ZJIA 1AIDA 5P1HA 2AIDA 5HTZA 2VIYA 4NKKA 5KQXA 2QNNA 3S85A 2VA6A 5AH7A 3SABA 4J54A 3ST5A 2QZKA 5P6QA 5P4YA 3EKWA 1M4HA 5AHAA 2G1OA 4NJSA 4I8WA 5P2ZA 1IIQA 5P2TA 5P03A 3M9FA 4LHHA 3TOFA 4F73A 3HBOA 1HTRB 5P4EA 5P1IA 5P54A 2ZJKA 2AZ8A 4B78A 2BPZA 5P6LA 3KYRA 2MIPA 5P66A 5P7TA 5P4ZA 3S43A 4Y5LA 3UF3A 1MUIA 2APRA 3MXEA 1D4JA 3KFNA 4Y5NA 2BKSA 2QD8A 4J0VA 3TH9A 1F34A 1KJGA 2FLEA 1SGUA 2G21A 4UPJA 4I0GA 5P30A 3I25A 4TRYA 1EC2A 2NNPA 5KR8A 2B7ZA 5P0DA 3SQFA 4K9HA 4DJOA 2I0DA 5P7GA 4DQGA 3NSHA 1IZEA 3LPJA 4I0DA 3SA6A 5P4SA 2QNQA 3Q4BA 5DR4A 3SACA 2AVMA 4K4QA 5P27A 4Y4ZA 3BUFA 4Y41A 1GNMA 5P25A 2ZE1A 3U7SA 2O4SA 4FS4A 3NU6A 2HPEA 3TPRA 3WZ7A 3OUCA 4NPUA 4JPCA 4B1EA 1YM4A 5P2FA 1IZDA 3URLA 5P3ZA 1BXQA 4N00A 5P6JA 3EL0A 3ZLQA 1HSIA 5P45A 3VFAA 4Q1NA 4Z4XA 4E43A 3UQWA 5P0OA 1UH9A 2PK6A 1MIQA 4JOOA 5OYYA 3S43B 5OZ4A 5P1SA 5P2JA 3R0WA 2HIZA 3S53A 5P28A 1ZPAA 3D20A 2JXRA 4MC6A 1HHPA 4RYCA 3FV3A 3L5EA 5P7WA 5P55A 1DMPA 2JYSA 2G1SA 1HXBA 3HAWA 1SIPA 4GJ6A 2IGXA 1OD1A 9HVPA 1DAZC 5IS4A 2ZHTA 5IE1A 3QS1A 5OZNA 4DJWA 5OZ7A 5P82A 4R95A 2NPHA 4YDFA 3PMUA 5P24A 5P20A 5HCTA 1Z1HA 5P7JA 5OZ5A 1RNEA 5IVTA 5P0BA 5OZUA 5P56A 3EMYA 1FG8C 5P2MA 4EP2A 3SA7A 1FMXA 4OC6B 2NR6A 4ZSRA 2RKGA 2HM1A 3I6OA 5AH8A 1AXAA 5P1YA 2QI6A 2OHMA 4RVJA 3RTHA 3LINA 1MTRA 3QVCA 1G2KA 3IXKA 2ZJNA 3K4VC 5P5ZA 3KMXA 5P8JA 5AH6A 4NJUA 1MT9A 1ENTE 2QHYA 3T3CA 3PGIA 1QRPE 3Q6YA 4FM6A 2ZGAA 1W50A 5TOLA 2AOCA 1XDHA 3DK1A 1FLHA 1YTIA 2O40A 3ZKXA 1UH7A 3ZKNA 2OHKA 2Z4OA 5P3RA 2O4LA 3O9BA 1PSAA 5P3DA 1W6HA 3OQAA 4EP3A 4FAEA 5P5GA 1EPQE 1ZP8A 3PBDA 5P6GA 2P8HA 2V16C 4DJPA 2QI0A 5P4FA 3GI4A 2VIJA 1D4YA 2R8NA 3JVWA 4ZPFA 2VKMA 1YX9A 5P5TA 2AODA 5OYVA 4B1CA 4KUPA 2FXEA 4Y4TA 1XS7D 4QJ8A 5AHBA 3PSYA 2BPVA 4L7JA 1T6GA 5ISJA 1HPOA 2QZLA 4L7HA 3VYFA 4J1CA 4AMTA 2Q5KA 5FIVA 3RU1A 5P64A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5I A;  1HRN A;  2OF0 A;  3UQU A;  3OUA A;  1D4K A;  3U6A A;  4YCT A;  2J9J B;  5IVR A;  2OHS A;  3OGP A;  3LIZ A;  4BFB A;  5P6R A;  1ER8 E;  3DUY A;  5P7K A;  4APE A;  5P4N A;  5P0R A;  2AZ9 A;  2REN A;  4OBD A;  5P44 A;  5P1U A;  1T7J A;  1AJV A;  2PYN A;  3EXO A;  1SMR A;  5P0Y A;  1WBK A;  4MC2 A;  5P5B A;  5OYU A;  3KF0 A;  5P7L A;  2G1N A;  4PYV A;  5P0W A;  5P4U A;  3L58 A;  5P5L A;  3F9Q A;  5OZC A;  3Q3T A;  3OHF A;  3LZU A;  5P5Q A;  1B6L A;  3FNT A;  3KT5 A;  5P5H A;  5P3J A;  1XL5 A;  5BRY A;  4ZSQ A;  5P8U A;  5P2R A;  3SO9 A;  5OZB A;  5OZD A;  3OAD A;  3MSL A;  3BGB A;  2XYF A;  4GYE A;  3WB5 A;  4Y4J A;  3PCW A;  5P8L A;  4ER1 E;  2I4V A;  4Y3M A;  4ZSP A;  5P5C A;  1EPN E;  1CMS A;  4KB9 A;  5P8A A;  4Y3F A;  4RZ1 A;  5AH9 A;  5P36 A;  5P0J A;  5KOQ A;  1FQ7 A;  5P0E A;  3PB5 A;  5P6O A;  5P4V A;  3IXJ A;  2BQV A;  3ZKQ A;  2OHR A;  1HII A;  3MSK A;  1G6L A;  4FRS A;  4Y37 A;  5BWY A;  4CPR A;  5P49 A;  2BJU A;  2I4X A;  2JJI A;  4QJ6 A;  5P7S A;  2ZHV A;  1E5O E;  1T7K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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