1G35A

Crystal structure of hiv-1 protease in complex with inhibitor, aha024
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Synthesis and comparative molecular field analysis (CoMFA) of symmetric and nonsymmetric cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1g35A00
5P7UA 3QI1A 1EPME 5P0OA 3LIXA 5P17A 4TRWA 3OUAA 2ZGAA 2JYSA 1KJHA 3OOTA 4OC6A 5P6RA 1ZTZA 5HE7A 5P1AA 4GJ5A 2FGUA 3QAAA 1HTRB 2AZ9A 2O4SA 2P3BB 3URLA 3OXWA 4M8YA 4Y4WA 5P1PA 2NMZA 5AH7A 1TSQA 3FNUA 4MC6A 3S54A 5P6SA 2PSVA 1B6PA 4Y3ZA 2WHHA 2ER6E 4I0EA 5P0XA 2AOCA 2AODA 4OC6B 2Q5KA 3KDCA 4IVTA 5P1YA 5P5VA 2ZJNA 1RQ9A 2BPWA 4Y3QA 1XN3A 1YTJA 1IDAA 4EYRA 1D4YA 2NNPA 3VG1A 4ZPFA 4DJPA 4EJKA 3UQWA 4D83A 1K2BA 5P0MA 3VV6A 1ZPKA 3O9LB 5C9BA 4DPIA 1FQXA 4J1KA 1ODXA 3PMYA 4DQHA 3BC4A 4GJCA 4EXHA 5P5QA 5DPZA 5P2UA 4J5JA 5CLMA 5P80A 2O4PA 3U71A 2PYNA 3VF7A 3RTNA 3I7EA 5OYZA 5P3JA 4Y5MA 8HVPA 3ECGA 1HOSA 1FQ8A 5OZZA 3SM2A 3URIA 2F3KA 5P6JA 3LHGA 2UXZA 5HU0A 4Y44A 3TPRA 5P55A 3OAGB 4L1AA 2H6TA 1LF3A 1FGCC 5IVTA 4B1DA 4RROA 1HTFA 3OGQA 4BEKA 5P8GA 3TNEA 5P7MA 5P50A 4YOAA 3NUOA 4Y3XA 2QZLA 4I0FA 5P4HA 5P5OA 4TVGA 4R95A 3HLOA 4GJ7A 3S8IA 1C6XA 1EBZA 1VIKA 4J0VA 1KJ7A 1NH0A 3KDDA 4QJ9A 2ZJJA 1K6PA 2QMDA 4B77A 5OZMA 2Q63A 3PCZA 4L1AB 1WKRA 3DOXA 2F80A 3EL1A 4YD3A 5P7XA 4CKUA 3KMYA 3S7MA 2OHLA 4TVHA 3L3AA 1EPNE 3MWSA 5P6QA 3OQFA 2HPEA 3OTYA 3OXXA 2HB4A 1TCXA 5HE5A 5P73A 4XX4A 4FRIA 5P4TA 4WTUA 4APEA 4OBHA 5P8VA 5P6IA 5P4CA 4Y3HA 1M0BA 1BILA 5P54A 1SGZA 2AVSA 1BWAA 2V12C 3SO9A 4FIVA 3TPJA 3CKTA 5P76A 5P8UA 4Q1NA 1B6LA 5AHAA 3QP0A 1FMUA 2AOGA 4Y39A 2I4VA 3WZ7A 2IQGA 5OYXA 3OADA 1BDQA 1HTEA 3IN4A 1G35A 3L5FA 3I6OA 5P4UA 5P39A 5J25A 3IGBA 5P4JA 3GI0A 3G72A 4ACUA 1LEEA 2B7ZA 2QMGA 3JVYA 3KT5A 3VLAA 1U8GA 5COPA 4AUCA 3OXCA 5P2KA 3UFLA 3NDXA 2WEZA 2NNKA 2IKUA 4X7IA 2AQUA 3MXDA 4NJSA 1YT9A 4EQ0A 3IVHA 4Y3GA 5P4OA 4U7VA 5P4SA 3ZKXA 5OZNA 5HE4A 2P3AA 5P6CA 5B18A 1AIDA 2WF2A 2PWRA 3HBOA 4DI2A 2Q15A 4EQJA 4I0ZA 5P3YA 3CIBA 1UH8A 3BUHA 3OK9A 5P1QA 1W51A 2AIDA 5P72A 4FM8A 5UPJA 4RGHA 2QCIA 5IVQA 4GJ8A 5P0JA 5OZ4A 2ZJHA 5P4IA 4PPHA 4KB9A 3TPPA 2VKMA 3PRSA 5P8BA 2V0ZC 5P47A 4Y3EA 5P5JA 1FG8C 2Q11A 3PJ6A 4FRKA 1YG9A 1HVRA 5P7ZA 3MSKA 3EXOA 2QI3A 3VCMA 5OZQA 4DJQA 3ZL7A 2NXLA 3UQXA 4RCDA 3UDMA 1XL5A 4PZWA 5P2HA 3D20A 4QLHA 4DQBA 5P01A 2B60A 2APRA 4FGXA 4LHHA 3R1GB 4K8SA 3BVAA 4BFDA 5DR1A 3PLDA 3M9FA 4U7QA 4XX3A 4XXSA 3EBZA 5OZPA 5OZYA 4KE1A 5P3SA 5P25A 1TCWA 3DK1A 5P5DA 4QJAA 4ZIPA 1HRNA 5P49A 3WSJA 1B6MA 4DJXA 1GVUA 4Y3LA 5P40A 4OBZA 3SA8A 5P2AA 5P2EA 3O9HA 1HBVA 3HZCA 1EBKC 1IZHA 3EM3A 3VFBA 2OHRA 1A30A 5P15A 2A4FA 3IXJA 5ISJA 1SP5A 3VV8A 1ODYA 2RKGA 3KMXA 4GJBA 3EC0A 3I2LA 3EM6A 1YTHA 5P0KA 3SAAA 3L59A 5P11A 1ZJ7A 4R5NA 5P6TA 4MC1A 1PPLE 1A8GA 2I1AA 4Y4UA 3T7XA 7UPJA 2G1RA 4YDFA 2BQVA 5P23A 3UPJA 3UQPA 5OYUA 5P79A 3L58A 5P4MA 4RYGA 4Y4EA 5P57A 4YCYA 1YTGA 5HDVA 5P5ZA 1A8KA 2VNMA 1PSOE 4OBDA 2WEDA 4J17A 1MT7A 4Y4XA 4ACXA 3PBDA 5ER2E 5P2DA 2ER0E 3NDWA 3LPIA 5P7BA 2PK6A 5P0RA 5ER1E 1BIMA 4K9HA 1ME6A 5P27A 4DH6A 4A4QA 5COOA 3N4LA 4EWOA 5P4LA 3ZKGA 4Y57A 2ZJMA 3ER3E 2AVQA 2QHCA 5P2RA 1EBYA 5P3FA 4J0ZA 2JJIA 3SA5A 3O9CA 1AXAA 5APRE 2QI0A 3FIVA 5ENMA 4FLGA 5P0VA 2FDPA 1WBMA 2OHNA 4FAFA 2BPVA 3BGBA 5P2ZA 5P2CA 5P19A 5P1HA 4YCTA 4PZXA 4FRJA 3ZOVA 1LYBA 4AA8A 3O9BA 4DQGA 5P0WA 3VF3A 1RPIA 1TZSA 4Y5AA 2ZHVA 2QHYA 3L5EA 2B42A 5P81A 5OZLA 2ZJIA 1FKNA 4EPJA 5P0CA 4FM6A 5P4BA 4L7HA 4B1EA 5P6AA 3RVIA 1FLHA 5P2NA 3T6IA 3EL5A 2ZE1A 3EKPA 5P6YA 4Y35A 2V13A 2IGXA 3IA9A 5P3KA 5P5NA 2WEAA 5P0IA 1EC3A 3ZKQA 3KM4A 4YD7A 2OHQA 2XFIA 1HXWA 1NPWA 1QDMA 4HDFA 1FG6C 1BXOA 5OYSA 4MC9A 4GZFA 3LITA 1HHPA 2FS4A 2O40A 4NKKA 3IXKA 5P3BA 5P3CA 2BPZA 3DV1A 2O4LA 3NR6A 2HB3A 3PLLA 3QRVA 1B6JA 4LAPA 3QVIA 4TRYA 1SIVA 2AOEA 2VA5A 5P6EA 2Z54A 2AOJA 1ZAPA 3K4VA 4F76A 4Y5LA 5P4WA 4GB2A 1IBQA 1D4LA 2P3BA 5EZXA 1DMPA 5P4QA 3VFAA 3BVBA 4ZEAA 1XN2A 2ER7E 4DVFA 3NU5A 4QJ7A 5P4YA 3H5BA 5P3DA 5P5MA 4R93A 4ZSPA 1ER8E 5P8CA 2R9BA 3L5DA 1K6VA 2QZXA 4HA5A 5P0ZA 3NU4A 3R0YA 2AZCA 5OZ5A 5P06A 5P5YA 1SGUA 4CPTA 4RVXA 5JFPA 3D1XA 1MTBA 2I4UA 3TOGA 4A6BA 5P3MA 3LIQA 3OHHA 5KOSA 4QJ2A 1C6YA 3QN8A 2HIZA 1D4SA 1ENTE 4B00A 5P31A 5P16A 5P87A 3OQKA 3S7LA 5KR2A 5AGZA 5AH6A 5P7DA 1T6GA 3QROA 3ZLQA 5OYRA 1APTE 4JPCA 3O9LA 3QBHA 3OY4A 5I3YA 1HVSA 4GYEA 4Y45A 1OHRA 1QBUA 3O9GA 3PMUA 3EKWA 5P5EA 1XE6A 2A1EA 3RSVA 4DQCA 5ISKA 5P3AA 3KFRA 2ZHRA 1EPLE 2XYFA 1HPVA 2IGYA 5P0SA 4Y58A 2BBBA 5DGWA 5P36A 3DM6A 3T7PA 3UQRA 1K6TA 4DQEA 1EBWA 5P0EA 3OAGA 2VNNA 5P7FA 3OU3A 4HE9A 5P2MA 2CEJA 3PI0A 2QAKA 2P83A 3UCBA 4Y3JA 2B7FA 4Y9WA 1LV1A 1D4JA 1W5XA 3NDUA 2AOFA 3IVIA 5KQYA 5P2FA 4ER1E 4HVPA 3SLZA 3U6AA 1HPOA 5P66A 5P5PA 1KJ4A 3KDBA 5OYTA 5P03A 4Y3AA 4YD4A 5P51A 2F8GA 2R38A 4RVIA 2PH6A 4RYCA 4Y43A 5COKA 5P1XA 5P5HA 1GNOA 3PWMA 5P7QA 5AHBA 3EL4A 2AZ8A 3OUBA 3PEPA 1W5VA 3O9EA 1EC1A 2ASIA 5OZUA 1HXBA 5P1MA 1CMSA 4Z22A 2RENA 1QBRA 4FM7A 5P3OA 5P5WA 1OEXA 1T6EX 4ZE6A 1A9MA 1C6ZA 3T11A 2F3EA 3NXEA 1TW7A 3IXOA 5OYYA 5P37A 5P7LA 5P0FA 3BUGA 3B80A 1W5WA 3PWRA 3LZVA 4J1HA 5P5XA 3QBFA 5DQ2A 5KQZA 2PC0A 4Y5EA 4RCEA 5DR8A 5AH8A 2FIVA 1ZLFA 3KN0A 4LXAA 3UHLA 3VSWA 5P22A 4ZLSA 5P82A 4R92A 1LYWA 4FS4A 4J0TA 2CEMA 1ZBGA 1HPXA 1HIHA 2O4NA 3BXSA 5OZ0A 2ZDZA 3BGCA 1FMXA 4PEPA 5P5AA 3UDYA 5P18A 3U7SA 1PFZA 5AH9A 4APRE 3D1YA 5OZ3A 3R0WA 3UF3A 5E5KA 1EEDP 2HS2A 4CPUA 4YE3A 3VUCA 3EMYA 1B11A 1FQ6A 1XDHA 2AOIA 4Z50A 3PM4A 5P44A 2QD8A 4J55A 1PSAA 5DQ1A 3L5BA 2V10C 4L7GA 5PEPA 1LYWB 1LF4A 5DR0A 4Q5MA 1G2KA 2VS2A 5FIVA 5OZSA 1EAGA 3KT2A 1MESA 4HDPA 4Q1YA 1UPJA 2OF0A 2PK5A 3O9FA 4HZTA 1SH9A 2P3DA 4B0QA 5P1WA 5P60A 1BV9A 1DPJA 3VEUA 3UQUA 2IDWA 3CMSA 1WBKA 3HVPA 1DIFA 2V00A 5P4VA 5P5CA 1HSIA 4EJ8A 3UDPA 3OHFA 1W50A 3L38A 4EHCA 3L5CA 1SDTA 4J1CA 3GGVA 2AZBA 3B7VA 3OQDA 1GNNA 5P5BA 2ZYEA 3R4BA 5P7JA 3Q6YA 3K5GA 3TKGA 5P7OA 5P8SA 2ANLA 4CP7A 2VJ7A 5HTZA 3PWWA 4I11A 2IENA 3NU6A 5P5TA 4NJTA 2JXRA 2BPXA 5P86A 3G6ZA 4CPRA 1HVCA 2XYEA 3ZPUA 2P3CA 5P56A 1E81E 2NPHA 4K4PA 3O9AA 1EPQE 2NTRA 2HPFA 5P0BA 5P8AA 3GGUA 3BHEA 2HM1A 5P2OA 5P2LA 5P6NA 4Q1WA 1SDUA 4RLDA 5P7IA 5P29A 5P78A 4MC2A 3INHA 4YOBA 5P4NA 1BDRA 3PSGA 4I8WA 1F34A 4HEGA 3PI5A 3WB4A 3R2FA 4KE0A 3VYFA 3SFCA 4D88A 4DPFA 3GI5A 4DJVA 5OZHA 3EKXA 2WECA 2AOHA 4DQFA 2QP8A 5DR3A 4K4RA 1HVLA 2IRZA 1MERA 3SM1A 5P46A 3SA7A 5P5IA 5OZFA 1META 1Z1RA 4KUPA 2G1SA 3BXRA 5P7GA 4QJ8A 1NSOA 2PSGA 5OZ9A 3H0BA 5P2JA 1QBTA 2F81A 2R3WA 4AA9A 5P41A 4Q1XA 2CENA 3K5DA 3MXEA 4YHQA 4I0HA 3SKGA 3WZ6A 3CICA 2FXEA 4RZ1A 3NSHA 3QRSA 5P0GA 2VIYA 1MUIA 5P1BA 5P8RA 3O9IA 5P89A 1RNEA 2Z4OA 4XKXA 5OZVA 5P70A 4DFGA 7HVPA 6APRE 3D3TA 5HDXA 5BS4A 3S45A 5OZXA 2QI1A 5HCTA 3JW2A 4Y53A 3GI4A 1RL8A 2HC0A 3Q3TA 4RRSA 2O4KA 4LL3A 2G94A 3NDTA 1HTGA 5P38A 3RTHA 4EJLA 3Q5HA 1DW6C 5P1CA 1KJFA 4Y38A 5OZ2A 4OBJA 3APPA 2VJ6A 4BELA 3LZUA 2FXDA 1BV7A 3FV3A 3INFA 4H3IA 2QZWA 5HU1A 5P68A 5P2QA 1HEFE 1MSMA 5P1IA 4B05A 5P3IA 3OU4A 2QI4A 5P2XA 4COEA 1N49A 5P33A 3O99A 4S1GA 5P3EA 4R8YA 4R91A 5P08A 5P3RA 3WB5A 5F01A 1IZEA 5CONA 3GW5A 5DQ5A 2G69A 3OOZA 3UDKA 2I4XA 1VIJA 4DJRA 5OZEA 5P64A 2WEBA 5P7YA 1W6IA 5P05A 1HWRA 3OU4B 4D85A 5P6KA 1SBGA 3O9DA 2B8LA 4FAEA 3K4VC 3RSXA 2QNQA 2QU2A 2RSPA 2UPJA 4CPQA 4HLAA 2IEOA 5P24A 1HEGE 1K6CA 1J71A 4N00A 5P1VA 1E5OE 1Z8CA 3PSUA 2I0DA 5P34A 3EKVA 5P8QA 5T4SA 5P3XA 1G6LA 1BAIA 3HAUA 2ZHTA 5P43A 5P48A 1PPKE 3TOFA 4GJDA 5DR7A 1LZQA 2P4JA 3MSLA 1K1UA 4DUSA 3LPJA 2QK5A 4WY6A 4AZYA 3TPLA 4Y36A 2NXMA 3TTPA 3FX5A 3QS1A 5P85A 5P26A 2QMFA 2JJJA 2VIZA 1TSUA 1B5FB 1BWBA 1FB7A 5KQXA 3VV7A 1LS5A 2F3FA 1MPPA 1MTRA 4EJDA 3SPKA 2BPYA 5P88A 4TRZA 5P3LA 5P6VA 1EPOE 3AIDA 4DJYA 3VYDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7U A;  3QI1 A;  1EPM E;  5P0O A;  3LIX A;  5P17 A;  4TRW A;  3OUA A;  2ZGA A;  2JYS A;  1KJH A;  3OOT A;  4OC6 A;  5P6R A;  1ZTZ A;  5HE7 A;  5P1A A;  4GJ5 A;  2FGU A;  3QAA A;  1HTR B;  2AZ9 A;  2O4S A;  2P3B B;  3URL A;  3OXW A;  4M8Y A;  4Y4W A;  5P1P A;  2NMZ A;  5AH7 A;  1TSQ A;  3FNU A;  4MC6 A;  3S54 A;  5P6S A;  2PSV A;  1B6P A;  4Y3Z A;  2WHH A;  2ER6 E;  4I0E A;  5P0X A;  2AOC A;  2AOD A;  4OC6 B;  2Q5K A;  3KDC A;  4IVT A;  5P1Y A;  5P5V A;  2ZJN A;  1RQ9 A;  2BPW A;  4Y3Q A;  1XN3 A;  1YTJ A;  1IDA A;  4EYR A;  1D4Y A;  2NNP A;  3VG1 A;  4ZPF A;  4DJP A;  4EJK A;  3UQW A;  4D83 A;  1K2B A;  5P0M A;  3VV6 A;  1ZPK A;  3O9L B;  5C9B A;  4DPI A;  1FQX A;  4J1K A;  1ODX A;  3PMY A;  4DQH A;  3BC4 A;  4GJC A;  4EXH A;  5P5Q A;  5DPZ A;  5P2U A;  4J5J A;  5CLM A;  5P80 A;  2O4P A;  3U71 A;  2PYN A;  3VF7 A;  3RTN A;  3I7E A;  5OYZ A;  5P3J A;  4Y5M A;  8HVP A;  3ECG A;  1HOS A;  1FQ8 A;  5OZZ A;  3SM2 A;  3URI A;  2F3K A;  5P6J A;  3LHG A;  2UXZ A;  5HU0 A;  4Y44 A;  3TPR A;  5P55 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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