1G6LA

1.9a crystal structure of tethered hiv-1 protease
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title 1.9 A x-ray study shows closed flap conformation in crystals of tethered HIV-1 PR.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1g6lA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1g6lA02
3R2FA 4Y5PA 4QLHA 4D8CA 4Y4TA 5OZ1A 5P0FA 3VFBA 5P7WA 3IXJA 3UDYA 1MSNA 1RPIA 5OZFA 3OHHA 1DIFA 1FFFC 4H3GA 3FV3A 4ZEAA 5P6DA 5HTZA 1FMBA 3PBZA 4NJUA 3FSMA 3QP0A 1ZPKA 4OBJA 1BILA 3GW5A 4R92A 1IDAA 5DR7A 2I4VA 1RV7A 5P8QA 2Q55A 3K4VC 4YD7A 5P1TA 3SM1A 3FNSA 4Y47A 1EPNE 1AJXA 2J9KA 2OHQA 2WF2A 1BXOA 2O4LA 2ASIA 1AIDA 2VNNA 4R93A 5P09A 4DJVA 2VIEA 1BV7A 4FRIA 5P2ZA 1QRPE 4Z50A 3VV8A 4J0PA 3DJKA 1HVIA 3FKTA 4JP9A 3PWRA 1MUIA 1W5VA 5P1UA 5P26A 1FB7A 3KMYA 1K6TA 4CKUA 3PLDA 3VSXA 2HS1A 1EPME 2PH8A 5P0AA 5P02A 3TNEA 2G69A 5P1PA 4B78A 4RVXA 1MSMA 3EMYA 1DPJA 3IXOA 8HVPA 4NPTA 5P6NA 1EC2A 2AOCA 4Y4XA 3LHGA 5P38A 3EL0A 4Y3SA 3UPJA 5EZZA 4RVJA 4DPIA 1HHPA 5P3TA 4F76A 2NR6A 1ZSRA 4QJ8A 3HVPA 3KT5A 1QDMA 2R38A 2PSGA 4Y3NA 3VCMA 5P05A 5P7HA 1QS8A 5P03A 3EL5A 3LIZA 3TLHA 1DAZC 1MT8A 1LF2A 3A2OA 4Y3QA 3FX5A 1CZIE 1FQXA 3KMXA 4HA5A 4CPUA 2IGXA 4X2LA 4RCEA 3D20A 1LF3A 5OZ2A 3EC0A 4OD9B 5P78A 4Q1YA 2VJ6A 2PQZA 7HVPA 2IL2A 4I10A 2A1EA 2Q63A 3L58A 5AH6A 1RNEA 5ENKA 3EBZA 1A8KA 4UPJA 3S7MA 5P1EA 2BPXA 3H0BA 4J1IA 5P19A 1HIIA 4Y3RA 2G1SA 5P31A 2VIJA 3JW2A 1WBKA 4D83A 5P1VA 3PLLA 2WF0A 5P0EA 1HTEA 3PHVA 1HOSA 2FGUA 5P41A 4FIVA 4Y53A 1BVEA 5COKA 4COEA 5P5ZA 1FQ4A 3KYRA 5P6KA 2PMAA 3CKPA 1IZHA 1DP5A 2QMDA 5P8MA 2OHMA 1LYBA 5COPA 3OY4A 4FS4A 3KM4A 2Q5KA 1XDHA 2RSPA 5OZWA 2R8NA 3APPA 2I4QA 4OD9A 5P4OA 5P8JA 5P45A 3ZPTA 3C9XA 2MIPA 3QROA 4DH6A 3D91A 2VA6A 1W51A 5P69A 4PZXA 4DJWA 2WEBA 3L5DA 4ZE6A 2APRA 2XYFA 3INFA 5OZ6A 1N49A 5P8KA 4Y44A 3AIDA 2HB4A 5P36A 1SDVA 1W6IA 1BBSA 2BB9A 5DQ1A 1KJGA 3DCRA 4J54A 4DQHA 2PWCA 3EL4A 4R8YA 4YDFA 2OHPA 5F00A 1MTRA 5P3RA 2AVOA 3DM6A 5P6HA 4ZPGA 5DGWA 2G24A 3LIQA 5HDZA 3ZKMA 5P7IA 2BPZA 2EWYA 5P46A 4Y5BA 1A94A 2R3TA 3UHLA 5P1NA 1AZ5A 4YCKA 3PCZA 3PGIA 5P1DA 4Y3GA 5OZEA 4DJPA 5P1MA 1HEFE 5P6ZA 5P55A 4EPJA 2OHKA 4Y3PA 3PI0A 4YDGA 3PWWA 4LXMA 1KJ7A 1HTFA 5P1SA 1QBSA 5P3VA 5P24A 2QI0A 3HZCA 4CPQA 3O9LA 3OAGB 2ANLA 4L7GA 5SZ9A 5P2AA 5HDUA 5OYXA 1LYAB 5UPJA 1TQFA 3OQFA 1NPWA 5P4MA 4Y4BA 1D4YA 1ZBGA 3QAAA 3NDXA 4B72A 3UDPA 1PPME 4EYRA 5P2HA 5OZ8A 5P42A 1SDTA 2I0DA 4PZWA 1W50A 2B60A 3BRAA 4XX3A 5P7QA 2HPFA 2AOEA 4CMSA 2P3BB 1ZPAA 5ENMA 3ZOVA 5P0OA 2B8LA 4OBDA 3M9FA 5P8DA 3EKTA 4TRWA 5OZBA 5P7RA 3EM3A 2NPHA 3S85A 4ZLSA 2R5PA 4K4QA 2I4XA 1ZP8A 1E80E 5P3YA 2AZ8A 5AH7A 5P0HA 5P6GA 3IVIA 1XN3A 2CEJA 2G1NA 4U7VA 3OU4B 4GJAA 3H5BA 5P70A 4JPCA 2JXRA 4BEKA 1EBZA 1OD1A 1HVSA 4R95A 3QRVA 1HSIA 3NDWA 2QU3A 3S56A 3ZKSA 3L59A 3BC4A 2QMFA 2G20A 1SH9A 3MWSA 4I11A 3TKGA 3OOTA 5BWYA 5BS4A 5P11A 1UH8A 3EKQA 3L3AA 2WF3A 5P4SA 3TPRA 4L1AB 3UDRA 5P5XA 5C9FA 4RRNA 3VF5A 2UPJA 2WF1A 4LXAA 4Y56A 3NWQA 1FIVA 1A8GA 3RSXA 2HPEA 4S1GA 6UPJA 5OZAA 4GYEA 2FDEA 5P23A 4YE3A 4Y4WA 4DQGA 1MERA 2RENA 5P6PA 3L38A 4EXHA 5P7ZA 5DQCA 3MXEA 4U7QA 5P7AA 5P32A 5P1ZA 4AZYA 2R5QA 5P5LA 5P54A 1E82E 4J0TA 1AAQA 4FAFA 4DQEA 4Y3MA 5P1KA 4GIDA 2OAHA 2Q3KA 4CP7A 1HBVA 2P8HA 5P2LA 3OU4A 1IBQA 3URLA 1YX9A 1C6YA 5P2FA 5P3SA 5P3OA 4AUCA 6APRE 1META 3ZL7A 1HPXA 4YD5A 1K1TA 2WHHA 4GMIA 3OQKA 4Y58A 1RQ9A 2PSVA 2AVSA 2WF4A 1XE5A 1G0VA 5P2DA 5OZ0A 2BBBA 2IS0A 4Q1WA 5P7TA 2ZE1A 3NU5A 4QGIA 3SA9A 1TCWA 4Y5MA 2XFIA 3QS1A 1NPAA 4J1KA 3UFNA 4GJCA 4L6BA 5P00A 5P5MA 3RU1A 1A30A 2ER9E 1EBYA 4EP3A 5P47A 4Y5LA 4Y3AA 5HU1A 5P4UA 1MEUA 3RTHA 4DJUA 2B7ZA 1HVRA 2QK5A 1AM5A 2CEMA 5P58A 4J1CA 3O9HA 3U7SA 5OZIA 2QNNA 5P4IA 3INDA 5P0BA 5P3GA 3LPJA 4OBZA 2ZGAA 4WTUA 3I25A 4Y4EA 4DJXA 1HPSA 3VYEA 1BWAA 2OHNA 5P6JA 5P0YA 5E5JA 5IS4A 5KAOA 3EKXA 4BELA 4A6BA 5P8VA 3EKPA 2O40A 5OZCA 2R9BA 3NU4A 3LITA 4OBGA 5JFUA 3SA6A 2OHTA 5OZPA 4J1HA 5P17A 4KUPA 5P1XA 2ZJMA 3SACA 3KFSA 5P7EA 4DFGA 4NJSA 2QI7A 5P83A 5DR0A 3OXCA 1EPRE 1YTGA 5ER2E 2Q11A 4H1EA 1CPIA 3WSJA 2AZCA 3SKGA 4BFDA 2R3WA 4CPWA 5P7CA 3UDMA 1B5FA 5P72A 5P5AA 3EM6A 3L5EA 4DI2A 1SMRA 5P87A 2JJIA 1HTGA 2IENA 1TZSA 2OHRA 3F9QA 1SBGA 1TW7A 3OQ7A 3AUPA 5P27A 5P8TA 3OADB 5B18A 1FFIC 5CLMA 3VV6A 3KDBA 1MRXA 1BIMA 1B6JA 1E81E 4J0VA 3K1WA 1BDQA 3HW1A 4EQ0A 1EPQE 5P63A 2I1AA 3VUCA 1D4SA 5P0GA 1PPLE 4RROA 1D4IA 4Y5NA 2IDWA 3O9FA 5OZYA 3OOZA 1FF0C 2QZKA 4ER4E 1GVTA 1HPVA 5KQFA 1C70A 1ME6A 5P5JA 5F01A 3R0WA 3VYFA 4RYGA 1W6HA 3O9GA 4Y3EA 5P3WA 9HVPA 5P1RA 2NMZA 2HM1A 4XX4A 4LBTA 5KR2A 3O9IA 3ECGA 5P8LA 1OEWA 3BXRA 4GJ9A 2V13A 3PWMA 4NJTA 5P0ZA 4HDPA 3PB5A 1IIQA 2G1OA 2IGYA 1HIHA 4X7IA 3URIA 1HWRA 4JOOA 3GGXA 3TL9A 5P8NA 5OZVA 5P84A 5KOQA 1WKRA 5P5RA 2JE4A 2XYEA 1HVJA 4OBKA 1FMUA 4D85A 3NU6A 4I0HA 5OZUA 5P4KA 4Y43A 5P0RA 2RKGA 3BGBA 5HD0A 4APEA 4Y3WA 2JJJA 3OADA 3S45A 1ODXA 4E43A 1ZTZA 2AOJA 2BQVA 3QVIA 1EPOE 5P07A 5P6FA 5P7XA 5P66A 1PSOE 3SA4A 4YOAA 5P5KA 5P2IA 4KB9A 3NUOA 4FRJA 2P83A 5P2BA 3K5CA 3CKTA 5P28A 4HE9A 5P2SA 4B00A 3RSVA 2BPWA 5P4RA 5P8HA 3IA9A 3S43B 5P2VA 1IDBA 5CONA 1T6EX 5OZQA 2ZJKA 1F7AA 1JLDA 5P5CA 2OHLA 5IE1A 2B7FA 5P2OA 3EL1A 1MTBA 2WECA 1EPPE 5P4LA 4I0GA 3URJA 5P2EA 4JECA 5P0QA 3L5FA 4R5NA 4Y6MA 1K2CA 4Y4UA 5P49A 4J55A 2I4DA 5P44A 5P2RA 3BVBA 5P3CA 5KR8A 5P48A 4DPFA 2O4NA 1G6LA 5P22A 2FDDA 3VFAA 5P01A 5P3LA 2P3CA 3QPJA 5P0KA 3PEPA 4Y5KA 2HIZA 2Z54A 1K6PA 3O99A 5OZ4A 2IQGA 1SGZA 5P2TA 5P1BA 3PJ6A 1PFZA 5OZGA 3CIDA 4TVHA 1ER8E 4MC9A 3EM4A 3S43A 3D3TA 5P08A 5P5NA 3UF3A 2AOHA 3Q4BA 3LIVA 4MC2A 4Q1XA 4RZ1A 4YBIA 5P1FA 3LIYA 1YTJA 2AVMA 5P0DA 4Y4DA 3WZ8A 3D1YA 5P0VA 2QI6A 3QRMA 5COOA 2VJ7A 4BFBA 3HDKA 3IVHA 4QJ2A 5P0NA 5P8FA 5C9BA 5OYUA 4Q5MA 2R43A 2FXDA 4I8ZA 3RTNA 2CENA 5P14A 5P8EA 3T6IA 2ER6E 2WEZA 3HD8A 5P5PA 5KR0A 4HDBA 1ZLFA 5P8PA 4RCDA 4Y50A 4GJDA 5P5IA 5P2JA 3T7QA 2F81A 2NNKA 5P6VA 3LZYA 5P10A 5P3FA 5OZ3A 4FSEA 2HB2A 5P4AA 3RVIA 5JODA 3Q6YA 1T7IA 3EXOA 5P7YA 1MT7A 5P8IA 1MESA 5P6CA 5P5FA 3MSLA 2BKTA 4HLAA 1Z8CA 3QVCA 5P8AA 4YCYA 5OZOA 4GB2A 4QJ6A 2PK5A 5AHBA 3DCKA 4Y35A 4ACXA 3I2LA 4Y37A 2AOFA 5P3AA 2QD6A 2ER0E 5P71A 3APRE 2HS2A 5P0WA 4ZIPA 5P6IA 4ZPFA 3IN3A 3LIXA 3PI5A 5HU0A 1EC3A 3OWNA 2G1RA 5P8RA 3SFCA 4Y3ZA 5P7JA 5P7NA 3OTSA 3QIHA 4H3JA 4B77A 3KDCA 5P7DA 4D88A 1W5WA 4LHHA 4F75A 5P80A 2IRZA 5P7VA 3K4VA 4NPUA 4RYCA 3OXVA 4RCFA 2VIYA 3KFNA 5DQ2A 5P4BA 5OZJA 4F73A 3VF7A 1HSHA 3PMYA 5OZ9A 2F80A 5P61A 2QAKA 3UDNA 4GJBA 1TSQA 1ZSFA 5IVQA 3UQPA 2BPVA 3OTYA 4K4PA 3UTLA 4LP9A 1KJFA 4DVFA 4KE1A 3UQXA 5P2XA 5P7KA 3S54A 5T4SA 3VLAA 2QI5A 5BRYA 5C9DA 5P1CA 3OUCA 3VYDA 5DR1A 4CPRA 3UDKA 4I0EA 1C6XA 1EPLE 5P6BA 4Y5EA 2ZHTA 3WB4A 5DR4A 4FRKA 3PCWA 4HZTA 3NR6A 4PEPA 5P4NA 4OBHA 5P2NA 5SY2A 3OAGA 3OUDB 1DW6C 7UPJA 1LYAA 3Q5HA 5SY3A 4TVGA 5P85A 4F74A 3TPJA 5P2WA 3NXNA 1T6GA 3QN8A 5DQ5A 5HDVA 5P06A 5P6WA 1G2KA 1YM4A 2QMGA 2VNMA 3HAWA 3INEA 1D4KA 5ISJA 5P79A 2ZYEA 2FGVA 3BVAA 2P3BA 5P81A 1D4JA 1YTHA 5P3JA 1LYWB 1GNMA 4EP2A 2QHYA 4B1DA 5P50A 2XFKA 5P86A 2F3EA 2V16C 2B8VA 1LZQA 2ZHUA 3O9DA 4GJ6A 3OQDA 4YA8A 2PWRA 2OF0A 1FQ5A 1MRWA 5OZZA 3CICA 4FM7A 4FSLA 3TPLA 3FNUA 4TRZA 3PSGA 4AA9A 2G21A 5P7LA 4Y4AA 1LV1A 1YG9A 4GJ8A 5J25A 5P37A 3TOGA 2G22A 1EBKC 5P3UA 1E5OE 1BXQA 4DJYA 3BGCA 4YOBA 5P0PA 5OZHA 1TCXA 4Y45A 3VV7A 4L1AA 5P3MA 3SLZA 5DR3A 4J1EA 1SIVA 5P57A 5P6QA 2ZJLA 1EEDP 2O4SA 1W5YA 2F3KA 5JG1A 1FQ6A 5HCTA 4H3IA 5P5VA 5P4PA 3OGQA 5AH8A 2AZBA 1QBTA 2QZWA 4KE0A 4K8SA 5P0MA 3IAWA 5P3HA 3CIBA 2NMYA 2AQUA 3OQAA 2G1YA 4DJRA 5I3YA 2PK6A 5P1LA 4Y3TA 4ZSMA 5P0TA 5P25A 1FGCC 2FLEA 1MIQA 3O9EA 1AXAA 1APTE 4Y4GA 1OEXA 4I8WA 5P51A 3S8IA 5P3IA 3OXXA 3INHA 3BHEA 5P3QA 4IVSA 5HE4A 5P18A 2AODA 5OZDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3R2F A;  4Y5P A;  4QLH A;  4D8C A;  4Y4T A;  5OZ1 A;  5P0F A;  3VFB A;  5P7W A;  3IXJ A;  3UDY A;  1MSN A;  1RPI A;  5OZF A;  3OHH A;  1DIF A;  1FFF C;  4H3G A;  3FV3 A;  4ZEA A;  5P6D A;  5HTZ A;  1FMB A;  3PBZ A;  4NJU A;  3FSM A;  3QP0 A;  1ZPK A;  4OBJ A;  1BIL A;  3GW5 A;  4R92 A;  1IDA A;  5DR7 A;  2I4V A;  1RV7 A;  5P8Q A;  2Q55 A;  3K4V C;  4YD7 A;  5P1T A;  3SM1 A;  3FNS A;  4Y47 A;  1EPN E;  1AJX A;  2J9K A;  2OHQ A;  2WF2 A;  1BXO A;  2O4L A;  2ASI A;  1AID A;  2VNN A;  4R93 A;  5P09 A;  4DJV A;  2VIE A;  1BV7 A;  4FRI A;  5P2Z A;  1QRP E;  4Z50 A;  3VV8 A;  4J0P A;  3DJK A;  1HVI A;  3FKT A;  4JP9 A;  3PWR A;  1MUI A;  1W5V A;  5P1U A;  5P26 A;  1FB7 A;  3KMY A;  1K6T A;  4CKU A;  3PLD A;  3VSX A;  2HS1 A;  1EPM E;  2PH8 A;  5P0A A;  5P02 A;  3TNE A;  2G69 A;  5P1P A;  4B78 A;  4RVX A;  1MSM A;  3EMY A;  1DPJ A;  3IXO A;  8HVP A;  4NPT A;  5P6N A;  1EC2 A;  2AOC A;  4Y4X A;  3LHG A;  5P38 A;  3EL0 A;  4Y3S A;  3UPJ A;  5EZZ A;  4RVJ A;  4DPI A;  1HHP A;  5P3T A;  4F76 A;  2NR6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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