1G9CA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 4)
Total Genus 405
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
405
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 405
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9cA01
1KJRA 2A6ZA 3SH5A 4QBCA 1SLIA 2V73A 3POSA 3NV2A 2AAIB 3I2XA 2KI4A 3C9ZA 2VY0A 4K1ZA 2NYYA 3QW5A 1AX1A 4GALA 1WBFA 1I1EA 1MS9A 1I1BA 4Q26A 3M3CA 2IMAA 1W0PA 3PG0A 1Q04A 2K8RA 1S0FA 1LESA 1UKGA 4BMEA 4P9XA 1ULGA 3S8JA 3WNXA 1QXMA 4G6MA 4OUJA 1LHWA 1HLCA 3MEPA 4OWKA 5L73A 5EWSA 4F34A 2D6KA 1UPSA 4GA9A 3UD9A 1W3GA 1AXZA 1MACA 3WUDA 2ETFA 4XFTA 2IWTB 1WLWA 4PF5A 2Z48A 1YF8B 2GALA 4GWNA 3VKLA 4IY8A 2RQ9A 5SV8A 2VSAA 1E0OA 4DPNA 3BONA 2E7QA 4YM3A 1AJOA 3OY8A 4H9WA 4ZA3B 3AJ6A 4Y26A 3DDBA 3PUBA 4WZFA 4UW5A 2EXHA 1CN1A 1JLYA 3V0BB 1AXKA 3T2TA 3FJKA 2EXKA 4NO4A 1LHNA 3N3HA 3T1MA 2X2SA 3FUOA 2XG3A 1XYFA 1YVGA 1V00A 3IPVB 2A3YA 4ZGRB 1QKQA 3RG0A 1LEMA 3NJ5A 4YZ4A 3A0KA 3B01A 2DUPA 4ZJXA 5BVPI 2WSVA 2CWMA 4LBMA 4EFQA 3OBTA 2Z42A 3WG2A 3ZX7A 4J2XA 3CA1A 1FMZA 2WNEA 1ENSA 4XMIA 3MW3A 1W3FA 1IRAX 3N36A 4AVVA 4WVVA 1WW7A 3ZUQA 4FGFA 4YW3A 3V0AB 5H9QA 4KEIA 1H9WA 3FLPA 2DVDA 2P23A 5JOYA 2E4MA 2GNBA 1TWEA 5GZDA 1SACA 1D2SA 1LHVA 2GDFA 1HCEA 1K5VA 1GBGA 2AR6A 1CESA 2D3SA 4G9NA 2G7QA 4FOYA 2GNTA 4BLIA 5DUUA 1OKQA 1JUIA 3OGFA 4D8HA 3MPPG 5F8YA 1X50A 3WCSA 2IMCA 1UAIA 2W52A 3WDWA 2VLCA 2C9AA 3AP7A 1M16A 3CA6A 1YXWA 4LBNA 4L8QA 2NN8A 1JHNA 1TP0A 1MR5A 2D7RA 3A07A 1JT3A 3SNVA 4KBBA 5FZUA 1CPNA 1JYCA 4XBQA 2ZGSA 21BIA 4ITCA 4KTXA 3V64A 1BFBA 2NM1A 1RIRA 1J0SA 2Y9GA 4R9BA 1GZWB 4IQPA 1FWUA 5T5JA 3AP4A 1DQGA 3K3QB 1NXD1 5T5LA 1SR4A 3FIIA 1TTUA 3O4CA 3ZXJA 4X3AA 1DJSB 3HR9A 1LULA 5CB7A 1SLTA 4Y1VA 3HSMA 2W2DB 1UL9A 5DUYA 1TFMB 4R9AA 2OW4A 5BQMA 4XBNA 1XHBA 5IT6A 1R8NA 3R05A 4K1YA 1JY0A 5BP5C 4XJ9A 1T4QA 3OPZA 3JRRA 1J1TA 1N47A 2PHUA 2CL2A 4AGRA 3C88A 2FHRA 1WBAA 3HOMA 1MC9A 2K43A 4EFPA 2ZQNA 2A5ZA 1ISZA 4DQAA 4LBQB 2ISGA 1N3PA 1WW5A 1APNA 5KXCA 1DQ0A 6I1BA 4AVTA 1FMMS 1Q8PA 2BEBA 5KXBA 1WBCA 2P3IA 3IM5A 3CA4A 1G9BA 1L2HA 2G7KA 3A21A 3QIYA 3SNMA 2FO1A 4NOTA 4HA2A 1HWNB 1LOEA 1MD6A 2R0FA 5GLZA 1DQ2A 1IS6A 5DG1A 1TOOA 3SITA 3V0AA 4YM0A 5F5QA 2JE9A 2GZBA 4J2KA 1BXHA 4ELCA 3LTQA 4ZFYB 4TYSA 3ZYPA 4I0YA 3OJ2A 3CRIA 3WDXA 4OW4A 1CONA 1ONAA 4BMBA 1ENQA 3PVNA 1LOBA 4JRAA 2LTNA 4AGVA 3P53A 4R9DA 3ZXKA 3B00A 3A4UA 5EXOA 4FP2A 2FFUA 3B9CA 2UURA 1URXA 3I8TA 3FLTA 2ZACA 2D22A 3VKFC 1MS5A 2P34A 4YZ1A 4OWLA 1AX0A 1TWMA 3RMYA 4LO2A 2D1ZA 1JBCA 1GZWA 1MVEA 3S8KA 2Q9XA 4I4PA 4M3CB 3AH2A 4CZSA 2D20A 1V6VA 3IAGC 4AVSA 1YYNA 3MW2A 4FPOB 2JECA 1Q8OA 3Q9OA 1W6MB 1JLXA 4Q1RA 5IK4A 4K20A 2W2DA 2ZGKA 3IN9A 3R4UA 4U36A 1IS3A 4LBQD 3WDTA 2R1BA 4Y1XA 1HCDA 1DQ4A 3OJMA 4XTPA 4I30A 2KI6B 1IOAA 1PWAA 4FOWA 2EXIA 3BX1C 2WLQA 2FMDA 5IK5A 3F1RA 1N1VA 4DCKC 1JOJA 4GWMA 4LBQA 4I37A 1CJPA 1UX6A 2D6PA 3FJHA 2PHFA 2ZMNA 1AF9A 4XMAA 1OFSA 3AP5A 3AH1A 1MS0A 2JJ6A 2A71A 1PZZA 3MW4A 1S0LA 3O44A 2ZGQA 1BKZA 4II0A 2E4MC 2ISEA 5CA6A 2EALA 3NV3A 4LBJA 3WOGA 4DFSA 3WHTA 1UZZA 1HIBA 3SLIA 1H30A 2EAKA 3VWCA 2D6NA 4XOGA 1QDOA 2GNMA 2G7NA 4GAFA 2QN0A 1YBIA 1AJKA 4XXAA 1IKQA 4GXLA 1FV2A 2DTWA 4SLIA 3RRDA 5H9PA 5IK8A 3ZSMA 2R1DA 3L2YA 2WT0A 3BAVA 3ZURA 4YZ5A 3BB2A 2D3PA 2KKIA 2YROA 1ULEA 1TEIA 4CJMA 3ZSKA 3BAQA 3CA0A 4EB2B 1FQ9A 3BOPA 3K1XA 4IZEA 1JW6A 4LO1A 3IMNA 1LTEA 2ZGUA 3FGMA 1O4YA 4XHBA 2RHPA 1Z7HA 3H6SE 1SR4C 2DVGA 1ISYA 3ZXDA 5B2HA 2ZGLA 1SLLA 4Y20A 5E24E 5DZFA 5GAQA 1G7YA 3O0WA 2IMBA 4I4QA 3BTAA 1CPMA 2DURA 3INAA 5E88A 1BZWA 4J2SA 5T5PA 1EYLA 1VCLA 4M3CA 4JCKA 3DS9A 3HMYA 1IS5A 4K21A 31BIA 2DUQA 3N7LA 2ZMLA 1W6MA 1ZKXA 2D6OX 2A3WA 5HCBA 1LOAA 5FRAA 3VKOA 3KMVA 4YM1A 4XJWA 3WG4A 5BYNA 1FNZA 3QIXA 2HWMA 3WG1A 1JQZA 3WUCA 3B69A 5F8SA 2BQPA 4AN6A 5DG2A 1DYKA 4QD2B 1KQRA 41BIA 2D24A 3ILAA 5D63A 2HYKA 4FVVA 1N3OA 4Q8LA 3FIEA 2R9KB 1DGLA 4XFSA 2P37A 4J1LA 1WLCA 5T50A 2NMOA 5FZYA 2ZA9A 1BFFA 2YV8A 2YMZA 2ZHLA 5H9RA 3W58A 1ZA4A 3BAOA 2D6MA 2SLIA 4RA0A 3VT2A 4QKSA 2D43A 1IOBA 5DVHA 1EVTA 3OBRA 5BQMB 4Q1PA 4YGEA 4LO8B 2D3RA 3IIRA 1V6WA 1R8OA 2R0HA 1XZZA 2J3PA 1GNZA 4YGBA 1FGAA 2V5YA 3ENRA 2JKBA 3CAHA 3VKMA 1SCRA 3ZXFA 4Q9PA 1IKPA 1VAMA 3FJDA 5DSSB 5DZEA 2ZKNA 2GMPA 3N7JA 3I2AA 4USOA 2X2TA 1S0BA 2AREA 3CNAA 3ILNA 2C5DA 1JN2P 1DQ6A 4XILA 3BOOA 3ZVXA 3BODA 2PHTA 4LO2C 3WO3A 2AQZA 1S0IA 3BA4A 1G9FA 3AKIA 4I4XA 4DS0A 4XIKA 1BYHA 3JUTA 5GZFA 4FPGA 1CR7A 4Q27A 1S1AA 3R4SA 2VW0A 3ZYRA 4I4YA 2E51A 1EV2A 3ZPYA 5I1BA 2ESUA 3AFKA 3N7MA 1FWVA 1GLHA 4KEKA 3NBNA 4P0LA 2QN4A 1QGLA 4C1WA 1ITBA 1YO8A 4Y1ZA 1GGPB 2KH2A 5T52A 2AGSA 5EG6C 1ULCA 2NVHA 1SLBA 3ZC9A 5JDBA 1Q8VA 2WQZC 3M2MA 5IK7A 4KC3A 1WD4A 3I4IA 2GN3A 5JOXA 4Y22B 1F82A 2JE7A 2EF6A 2ERFA 3IM0A 1A3KA 3WZ1A 1Z78A 5EYYA 1QQKA 5CBLA 5BXTA 1VAVA 1Q56A 3C8AA 2A6XA 3FJFA 3LSDA 1SBFA 2TEPA 3O49A 4DENA 4TZDA 5BXSA 4YZ3A 1ISWA 3WVJA 1LGNA 2BEAA 3WHUA 1W6QB 3QYDA 3FJ8A 3WV6A 2JDZA 2DVFA 3QR5A 4BQ1A 3AZXA 2WKKA 1KJLA 4BPZA 3ILRA 2XHLA 4JC1A 3LSEA 1N1TA 3ZXGA 4I4RA 1QOSA 1HQLA 2A3XA 1GZ9A 2CYFA 2ZGPA 3JUUA 1FN0A 3UD7A 1N3QA 4USPA 4LO1C 3OYWB 3ZXEA 3FFZA 3H6QA 5KXDA 3A22A 3N0KA 4WV8A 2R49A 2ARBA 3ATGA 3M1HA 1JTCA 1CQ9A 3AX4A 2Y9FA 4YFWA 4A7KA 4P6AA 3ZUSA 1UN1A 3AZVA 3QW8A 4XJAA 1WLDA 1LGCA 4M3CE 4QBVA 1G9AA 1W6PA 2R16A 1CVNA 1BFGA 1G9CA 4Y1UA 2G7PA 1WCSA 2F2FA 3RS6A 1ISXA 1T3CA 3UL2A 2P39A 3CA5A 2GN7A 2P3KA 4ZBVB 3UJ0A 1ENRA 1LHUA 3GNEA 9ILBA 2E6VA 3VEQA 1XTGA 4XJUA 2ZQOA 3BRGC 2QYIB 4XTMA 4QALA 1W6OB 2ZGNA 3F62B 4P0JA 2WRYA 1H9PA 4AYUA 1SBEA 2NMNA 2ES3A 2PELA 3UD8A 1RY7A 4A7ZA 3AKGA 4OEGA 5BQUA 2NTDA 1DQOA 4UW4A 1LU2A 1PC8B 4EL4A 4CRQA 1R1ZA 4YG3A 4Q91A 1ILR1 1GANA 1AVWB 4XHXA 2E7TA 4Y22A 3W59A 3QIZA 2Q3NB 3Q7XA 4ZKTB 4WBCA 4Y20B 2VUAA 1AVBA 3QLQA 3D7WB 1ONKB 4GP0A 1B09A 2JD4A 2A7AA 2BFHA 1DZQA 2Q5TA 1LEDA 4PQ9A 2XB6C 3WCRA 2YY1A 4FPYA 1A78A 4ATEA 1LOCA 4ENDA 4PBOA 1ISVA 1W6QA 1QF3A 3FJ9A 2LALA 1S0EA 1AFCA 1DZCA 3AXDA 2D23A 1JYIA 2NZ9A 1V6LA 3CQAA 1MS3A 4GKXA 1RZOB 1BARA 4DRRA 3FJBA 1S0JA 4YGCA 1KNMA 2K4AB 2Y9WC 2A8AA 5JMCA 3ILFA 5LK5A 1PZ7A 3VSZA 5HCAA 4I6IA 3VT0A 4LO7C 1MS1A 1VALA 7I1BA 4FPFA 3B3QE 2OUHA 1WW4A 4FPHA 2YZ4A 1DFCA 2KLLA 3H6RB 1DFQA 3DDAA 3OYWA 3IM6A 1FYUA 1JT7A 1RINA 2VXRA 3WMUA 1DZDA 2AFGA 1FATA 5DXDA 2ZAAA 4L4HA 5D61A 4M00A 1HDKA 2FFVA 1RITA 2ZGMA 4H55A 3ZSLA 2W39A 3QW7A 3IM7A 3UJOA 3FJCA 2AENA 1ZL5A 1EPWA 4Z9WB 1UZYA 5BQNA 5FNWA 4LO3A 3V65A 5F9TA 3U4XA 4X37A 4GOVA 4OWJA 1AXYA 4IONA 4YW4A 2HW9A 2IHOA 2AYHA 1HWOB 1S0GA 2CNAA 2MIBA 2KM2A 3VV1A 2HWAA 3AJYA 5CNAA 3WINA 2ZHNA 4KS6A 2H0BA 1C1LA 1ZN3A 2DVBA 4Y1YA 1KRIA 2E53A 1GNHA 4FQ4A 3H0OA 1QNYA 1W6OA 2ARXA 1ZL6A 3SH3A 4LO7B 1Z4SA 3AH4A 5JVVA 4I4OA 4J23B 4QD2C 1LHOA 3VT1A 1BFCA 3AP6A 1QOOA 2ZGRA 4YGDA 1WUVA 2ZR1B 3W9TA 4OEEA 1N1YA 3O0VA 1IRPA 1V6NA 3USUA 3P6IA 5DUVA 4X38A 3WLUA 1QDCA 1GV9A 1YI7A 1V6OA 4KEJA 5GLTA 2RG9B 4BM8A 4P0KA 3KM5A 4EKXB 3WA1A 2ET2A 4YZ2A 1II4A 2WSUA 2F8XC 1V6XA 3LCPA 1V6JA 5EYXA 1D0HA 2LIQA 4JQ0A 4XYXA 8I1BA 5GJ6A 1AX2A 4ISRA 1OQ1A 3HALA 4GAIA 3FBYA 4Y24A 4J2YA 1SBDA 2VXTI 4I1BA 2DTYA 2UUSA 2FGFA 5HPZA 1VIWB 3WMVA 3IKWA 2XOAA 1LOFA 1G82A 5E89A 3T1LA 3RTJB 3C2UA 2P3JA 3ZXLA 1DBNA 4MYEA 5DZGA 1KITA 1LGBA 1P63A 4G1RA 1HKNA 3QW6A 3VKNA 1F9KA 4IHZA 4JP0A 2I1BA 3H6RA 3BA7A 2GMEA 4Q2FA 1GICA 1WD3A 3A23A 4H04A 2F2FC 2ENRA 3V79C 5KXEA 1G86A 1Q8SA 4TLPA 1XG6A 1BJQA 1BASA 1JT5A 2WT2A 3O0XA 3D6EA 1DYPA 3FJEA 2CWSA 4I96A 4XKIA 2XHLB 4LO0A 1U0AA 1AVUA 1C4RA 1WBLA 4YFZA 3N35A 2UU8A 2L5XA 4I4SA 4I8MA 1MVQA 3KQRA 1E1HA 4KUFA 1V6IA 2P2KA 1GYKA 3NWKA 1XQNA 5AVAA 5BQUC 5GM0A 4EEEB 4I4UA 2W08A 1SLCA 1TIEA 3T8SA 3TB0A 2AXMA 5JOZA 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