1GB6A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAINACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gb6A00
2F4AA 4H9EA 1LAAA 3AYQA 1I56A 3P68A 3A6CY 1VDSA 1OUCA 5K7OA 1JSFA 1F0WA 2Q0MX 3OK0A 4NIJA 1IC4Y 1PZYA 1N4FA 4GCDA 4W96A 1HFYA 4WM2A 1UACY 1EQEA 3LHMA 3P4ZA 4H8ZA 5FELA 1J1PY 2DBTA 2ZYCA 1WQMA 3W6EA 2MEIA 4L41A 1XEIA 5HLLA 5A3ZA 1XGQC 5LVIA 1PS5A 3F6ZA 1AM7A 4NGLA 1GFGA 2BQLA 1LKSA 4LFXA 1IORA 1JIYA 1IWWA 1B9OA 1BWHA 1GB9A 1IWTA 1LSZA 3AW6A 4IASA 4N1EI 1IWVA 1IWUA 1ALCA 3W3EA 3WL2A 4DD9A 4ZIXA 4RLNA 1G7HC 1HSXA 5APDA 3SP3A 1JSEA 2Z37A 1BB3A 4TWSA 4DWXA 5C6IA 1P2CC 1IWZA 1LZ4A 4J1AA 1YAQA 3MGWA 2ZQ3A 8LYZA 4TSCA 132LA 134LA 1BGIA 2Z12A 5DN4A 3B0OA 4J1BA 1XEKA 1LZ6A 3N9CA 1IX0A 1YAOA 4LT3A 1TCYA 2W1YA 5B07A 1EQ5A 4LYZA 1LJ4A 3TXHA 5F14A 1GB3A 4M6DA 5ILCA 5B1GA 1LSMA 1UBZA 4GCEA 4H90A 2YBMA 1LSEA 2LZ2A 4WLYA 4QGZA 1C45A 3N9EA 2BQNA 2NWDX 4ETBA 1REXA 1HF4A 1UIFA 1LSPA 2LYOA 1LZRA 4HJYA 1B7LA 1LJKA 1LMCA 1REZA 1WQQA 1IP1A 5KXXA 4MR1A 4WLDA 3AZ6A 9LYZA 3B6LA 1B7OA 1DKKA 1TAYA 1WTNA 5KXMA 1VDQA 3WYHA 4EOFA 1IVMA 1J1OY 1XGPC 1D0MA 1NBYC 3FI7A 5IELA 1HC0A 1HEMA 1XGRC 3FE0A 1B7QA 2G4QA 1IR7A 4GCFA 1LZGA 1YQVY 4HTNA 1A4VA 1VDPA 4DD3A 3TXDA 4NHPA 3EXDA 1LYYA 1KXXA 4KT3A 4NFVA 5J7CA 4B0DA 1LSNA 1UIEA 2HUBA 4UWNA 4J0LA 3LZ2A 3ZEKA 1FKQA 4HJVA 4RLMA 4G9SA 1NF5A 1OUBA 1VEDA 3TXJA 4QEQA 1TBYA 4QY9A 1NQIA 2BQFA 2I26L 2PC2A 4LT0A 4ET9A 3W6CA 4XADA 1QSAA 4ANRA 2I6ZA 4A7DA 3M18B 1JHLA 1AT6A 3RZ4A 3EMSA 1ZV5L 2BQIA 1GFJA 3W6AA 1LYZA 2BQGA 1B0DA 4NEBA 1RCMA 3CSQA 1GB8A 1GB0A 2DQEY 1CJ7A 2ZQ4A 1LZTA 2YBJA 3TXIA 4PGJB 1NDMC 1FKVA 1GF6A 5DL9A 5KXKA 1D6PA 1LZBA 4M4OA 3RT5X 1GPQC 5KXOA 4LT1A 4WG7A 1GB5A 2B5ZA 5HNLA 1C7PA 1LZYA 5F81A 1LZ5A 3T36A 4YEMA 5A3EA 5KXLA 2HEAA 1GFUA 5AMYA 1B7NA 1IR8A 4DC4A 3E3DA 1IP6A 1C08C 4NSJA 3TXFA 1F6SA 1LMQA 2EIZC 1KIQC 1UIBA 3IWRA 3WU8A 3A96A 3WVYA 2IFFY 4GLVA 5LINA 1IR9A 2HEDA 1JITA 3GXKA 1LZ8A 3LYMA 4HTKA 4H1PA 1LMNA 4PRUA 5E9RA 3W6DA 2YBHA 5FCPA 1CJ8A 1B7SA 1A2YC 1HFZA 2YBLA 1B5ZA 4YM8A 1BWIA 5KXSA 5C6LA 1LHMA 1NKHA 2Z2FA 2ZNXY 3TXKA 1DKJA 3LN2A 1INUA 4PPOA 1GFHA 1HEOA 1VDTA 4BAPA 1GFRA 1GF7A 1WVVA 1GBZA 4RDSA 5KXRA 1BQLY 1RJCB 2MEAA 5HMJA 4NGYA 3CT5A 1GDXA 2Z18A 5KXNA 2Y8PA 4N9RA 5LVHA 1IP4A 1WVUA 4OOOA 1CKFA 1LTMA 4H9FA 2MEBA 2FYCA 2ZYPA 1QIOA 5KXZA 3LYZA 2BQHA 1UA6Y 4AXTA 2EQLA 5IHGA 1BVKC 1IOTA 4LT2A 1TDYA 1GAYA 1DZBX 4TUNA 5LAFA 1G7LC 4WO9A 3WUNA 1NDGC 1AKIA 4RW2A 5HMVA 5EBHA 3G3AB 2BQKA 5LXWA 1LZCA 3CSRA 4DYGA 2DQIY 1JTTL 4H92A 4NGKA 5L3HA 4YF2A 3TMXA 1JPOA 1BB5A 4HTQA 1GFAA 2G4PA 4NGWA 5DN5A 1B7PA 1UUZC 2D4JA 1QDRA 4WO6A 5F9UA 1GXV2 4NWHA 1JWRA 3D9AC 4MCKA 5LVKA 2A7FA 1IO5A 4G49A 1GEVA 4WOAA 1CNSA 4PHIA 2CGIA 4XJBA 2D6BA 4NHIA 1UIDA 2F4GA 4G4BA 1C46A 4H94A 4B4JA 1JJ1A 1C43A 1MELL 1JKBA 3CT1A 2MECA 2IHLA 1LHLA 3P64A 2W1LA 1OUGA 1OUDA 1GE2A 1GB7A 3WW6A 3ULRA 1I20A 1WTMA 1JEFA 1OP9B 1HEWA 1CKDA 4LYCA 4NGVA 193LA 1GWDA 2BQMA 2CJLA 3AZ4A 1G7JC 4XJIA 1GFKA 2A7DA 2BQJA 4NSGA 1YL1X 2W1XA 153LA 207LA 1LJEA 4J7VA 4LFPA 3WUMA 4N8ZA 1SLYA 5LA8A 2YSSC 2HEBA 1GE1A 1IOSA 3ATOA 1DQJC 1UICA 1LMPA 1OUJA 2MEDA 3B0KA 4BADA 7LYZA 1H6MA 2DQHY 3HBDA 1GFVA 1GE0A 1QUSA 4WM4A 1QSWA 1GF0A 1H87A 1HELA 3HBHA 1LHIA 3G3BB 3WH1A 4DDCA 1FLWA 3B0IA 1OQMA 194LA 3OJPA 5LIOA 1DI4A 4ZEEA 1GDWA 4Z41A 4DD7A 3GXRA 1IEEA 4Z3MA 4C3WA 2BAAA 1LJJA 3B72A 3IJUA 4R0FA 4NY5A 5D5FA 5KKJA 2RSCA 2XBRA 3QY4A 5FEKA 4B4IA 1LYOA 1D0KA 1GXXA 4NG8A 5APCA 3W6FA 1NMMA 1Z55A 4PJ2C 1QQYA 4DDBA 4H9BA 4E3UA 4ETEA 3A94A 2XJWA 3A6BY 2DQFC 1VATA 2LHMA 1F10A 1LSCA 1FDLY 1LZDA 1OUFA 1REMA 4B49A 2H9JA 4TX7A 1OUHA 5KXPA 4HJZA 1KIPC 2GV0A 2H9KA 3TXGA 5LYTA 1T6VL 4GN4A 5LA5A 3A3QA 4KL7A 5KXTA 1B5XA 1EL1A 4N5RA 4YEOA 3AW7A 1BWJA 1GF4A 4IATA 3WULA 1OUAA 1B5VA 2ZNWY 4CFOA 1LZ9A 4H9HA 2H5ZA 3A92A 1IOCA 2HTXA 1RE2A 1XSFA 2BQBA 2BQEA 2ZWBA 1E8LA 4NSIA 3T6UA 4KXIA 2HU1A 4XN6A 1LZAA 4D9ZA 1WQPA 1REYA 4N1CC 4CJ2A 2DQDY 1GB2A 4LYBA 1LMOA 4WMGA 1YROA 1W6ZA 1T3PA 2CDSA 4BS7A 5I4WA 5I4XA 1YAPA 3M3UA 3A90A 5B59A 4GN5C 3A95A 5KXYA 1LJFA 3WVXA 4O34A 4GCCA 1FLQA 1D6QA 1LMAA 1NWGA 1CKGA 4NGOA 3A8ZA 1GF9A 2CWIA 3A3RX 5FHWA 1LSGA 1QTKA 4ZFPA 2W1MA 2F2NA 1LJGA 4WM6A 3AGGG 5F9XA 1HEPA 5T3FA 1DXJA 1HERA 3CB7A 2C8OA 4Z98A 1NBZC 1FN5A 1KXYA 3A91A 1G7MC 1DPWA 2YBIA 4NG1A 1IWXA 3J6KA 5II3A 2FYDA 4H9IA 4OOTA 1LPIA 4FDYA 4GN3A 4QDNA 4XYYA 1IY3A 4B4EA 5FSTA 5C6JA 1QTEA 2X0AA 4WM1A 1JISA 1W08A 5D5CA 1FLYA 2DQCY 2F30A 4I0CA 1CJ6A 4NGJA 4WL7A 2D4KA 4B1AA 4H9AA 2MEHA 5KKIA 5I5QA 1UC0A 1YIKA 1BB7A 1HSWA 1CJ9A 2YVBA 3CQLA 3IJVA 4LZTA 3A67Y 3WMKA 3ZVQB 1HENA 1IP7A 2Z38A 5LVGA 5M1YA 1DPXA 1LJ3A 1LZNA 1YKXX 1LCNA 2BQCA 4G4CA 1LHHA 1GHLA 3ATNA 4U3XB 1GB6A 4W94A 3TMVA 3W6BA 5KY1A 4XJHA 2FBBA 3HBEX 1IP2A 3EO5A 1VFBC 1HHLA 1D0LA 1LSDA 1UCOA 4H8XA 4WL6A 4C5FA 1FLUA 1SQ2L 4OWEA 4NGZA 2YDGA 4DT3A 2D4IA 2DQGY 4DD0A 4YOPA 4N0JA 1MLCE 133LA 1UIAA 3BKVA 3WPJA 4MSTA 3LYOA 2Z39A 1RI8B 5F16A 1GD6A 3AB6A 1LJIA 1B5UA 1FBIX 2BPUA 2N5ZA 1XGUC 4OWCA 1B7MA 1GBXA 5B1FA 4LYMA 4HPIA 4XJFA 3QE8A 1JKCA 2HEFA 4HPEA 3J4GA 4HSFA 4NHQA 4WG1A 1HFXA 4LYTA 4XJDA 1JKDA 4ETCA 1GAZA 3TMWA 1WQOA 1GF5A 2LYZA 3HFMY 1BB6A 4OWHA 3WUAA 4EMNA 4WM5A 1B2KA 1DI3A 3ZVQA 1WQNA 4CHXA 5APFA 4UWVA 154LA 2ZILA 4GCBA 4HP0A 2HEEA 4ETAA 1HMKA 5B06A 1NHEA 1YKZX 2EKSC 3WPLA 2LYMA 4TTDA 1B5YA 1V7SA 4HV1A 3RU5A 2WARA 1LJHA 2DQAA 4OW1A 3P66A 3N9AA 5KJ9A 3LYTA 5L9JA 5DM9A 6LYZA 1YANA 4ET8A 1IC5Y 1B7RA 1LSBA 3P65A 4YENA 1F6RA 4XENA 3AZ7A 1HMLA 5LAGA 2ZIJA 1LOZA 2AUBA 4DD1A 1GBOA 4ETDA 3LZTA 1WQRA 4OWAA 4DD2A 1UIHA 4NSHA 3AGHA 4GLAA 4NWEA 2DKVA 4NGIA 4NHSA 5HQ1A 2HECA 2ZIKA 5I53A 1LJNA 1LSYA 208LA 2DQJY 1CKHA 2Z19A 1B5WA 1VAUA 4H8YA 1UIGA 4ML7A 2XBSA 1LHKA 1TEWA 5APEA 3TXEA 1GE3A 5LYZA 6LYTA 3BKHA 1JKAA 1V7TA 4WLXA 1AZFA 2MEEA 3K3TA 1EQ4A 1I1ZA 4I8SA 4WLTA 4XJGA 3WXTA 1LHJA 1GF3A 2MEGA 3WPKA 1IP5A 3RNXA 4CFPA 5ILFA 1ZVYB 5B05A 1LKRA 1LSAA 3D3DA 1HNLA 3A93A 5E4PA 2BQAA 2D91A 4FJRA 1J1XY 3QNGA 1BB4A 1KIRC 2C8PA 1RFPA 2EPEA 1JJ3A 5JENB 1BVXA 1OUIA 2LZTA 5I4YA 4OWBA 3WU9A 1YKYX 2HU3A 1BHZA 3KAMA 5DLAA 1YILA 2VB1A 1IOQA 2Z2EA 3VWOA 5KXWA 3CT0A 1LZSA 5LYMA 2FBDA 4H93A 4CGEA 4LGKA 2G4NA 1IY4A 1JTPL 1YAMA 3CSZA 3EBAB 1IP3A 1YL0X 5IDDA 1LMTA 4X3BA 3A34A 1AT5A 1LYSA 4UWUA 1JJ0A 4IJ4A 4AGAA 4II8A 2YBNA 1KXWA 1GEZA 4WM3A 1GE4A 1GBSA 1JUGA 4NHTA 1GFEA 2MEFA 4H91A 3RW8A 2BLYA 1ZMYL 4G4HA 4DDAA 5LVJA 2BQDA 3WU7A 5HNCA 2XTHA 1XFPL 3TMUA 1QUTA 5I54A 3WXUA 4LYOA 5FDJA 1GBYA 1GBWA 4PRQA 4R6CA 2BLXA 2I25L 4RW1A 2BQOA 4HV2A 4TSBA 1HEQA 5L3IA 3AJNA 3AZ5A 1O23A 4BAFA 1XEJA 1XGTC 1IIZA 1LSFA 3WW5A 3AGIA 1QDTA 1D9UA 4Z46A 1C10A 4P2EA 1IC7Y 1LZEA 135LA 1OUEA 1GFTA 1GF8A 4KPMA 1DI5A 1LZ1A 1CKCA 4H9CA 3TXBA 1JTOL 1IWYA 1ZVHL 1G7IC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L01A 3HTDA 1CU2A 3AYQA 4W53A 1L54A 1PZYA 2LCBA 1EQEA 5FELA 143LA 1J1PY 2DBTA 2MEIA 2QARC 5HLLA 1DYBA 1L14A 1XGQC 3NY9A 3SB7A 1AM7A 1GFGA 4LFXA 1LKSA 1GB9A 4N1EI 1IWVA 3W3EA 1ALCA 1JTMA 1L12A 1L52A 1QUHA 4J1AA 8LYZA 235LA 4TSCA 132LA 1LZ6A 2RB1X 1IX0A 1TCYA 1EQ5A 4LYZA 1LJ4A 2OE7X 5B1GA 2F47A 3DN3A 1L71A 4QGZA 1C45A 220LA 1PQMA 1REXA 231LA 1LJKA 2G4QA 1L68A 1LZGA 4HTNA 3GUNA 2RBRA 4NHPA 1QTHA 3HWLA 4UWNA 1TBYA 1ZURA 1CX6A 2BQFA 2I26L 2B7XA 228LA 1QSAA 1P3NA 3RZ4A 1AT6A 3EMSA 3OE6A 199LA 2BQIA 1G0QA 1CUQA 1LYZA 4ARMB 1GB8A 1SX2A 2ZQ4A 1LZTA 107LA 1FKVA 5DL9A 5KXKA 1D6PA 4M4OA 1CV4A 1C7PA 1OV7A 3RUNA 4YEMA 3T36A 1GFUA 3SB6A 1C08C 3SB9A 1LMQA 1KIQC 4GLVA 1XJUA 4HTKA 1D2WA 1LMNA 4H1PA 1A2YC 1HFZA 1LYEA 2ZNXY 239LA 1INUA 4PPOA 4BAPA 1RJCB 1C6JA 3CT5A 5LVHA 4OOOA 1QIOA 2EQLA 218LA 1G7LC 174LA 3WUNA 4RW2A 126LA 5L3HA 3TMXA 4OO9A 1GFAA 3DN8A 2D4JA 1L72A 1LYDA 4NWHA 1IO5A 1CNSA 1L0KA 2CGIA 1JJ1A 4W57A 3P64A 3CT1A 1DYGA 1GE2A 2Q9EA 3ULRA 1JEFA 1OP9B 2RBNA 4LYCA 1EPYA 193LA 2CJLA 3AZ4A 1NHBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2F4A A;  4H9E A;  1LAA A;  3AYQ A;  1I56 A;  3P68 A;  3A6C Y;  1VDS A;  1OUC A;  5K7O A;  1JSF A;  1F0W A;  2Q0M X;  3OK0 A;  4NIJ A;  1IC4 Y;  1PZY A;  1N4F A;  4GCD A;  4W96 A;  1HFY A;  4WM2 A;  1UAC Y;  1EQE A;  3LHM A;  3P4Z A;  4H8Z A;  5FEL A;  1J1P Y;  2DBT A;  2ZYC A;  1WQM A;  3W6E A;  2MEI A;  4L41 A;  1XEI A;  5HLL A;  5A3Z A;  1XGQ C;  5LVI A;  1PS5 A;  3F6Z A;  1AM7 A;  4NGL A;  1GFG A;  2BQL A;  1LKS A;  4LFX A;  1IOR A;  1JIY A;  1IWW A;  1B9O A;  1BWH A;  1GB9 A;  1IWT A;  1LSZ A;  3AW6 A;  4IAS A;  4N1E I;  1IWV A;  1IWU A;  1ALC A;  3W3E A;  3WL2 A;  4DD9 A;  4ZIX A;  4RLN A;  1G7H C;  1HSX A;  5APD A;  3SP3 A;  1JSE A;  2Z37 A;  1BB3 A;  4TWS A;  4DWX A;  5C6I A;  1P2C C;  1IWZ A;  1LZ4 A;  4J1A A;  1YAQ A;  3MGW A;  2ZQ3 A;  8LYZ A;  4TSC A;  132L A;  134L A;  1BGI A;  2Z12 A;  5DN4 A;  3B0O A;  4J1B A;  1XEK A;  1LZ6 A;  3N9C A;  1IX0 A;  1YAO A;  4LT3 A;  1TCY A;  2W1Y A;  5B07 A;  1EQ5 A;  4LYZ A;  1LJ4 A;  3TXH A;  5F14 A;  1GB3 A;  4M6D A;  5ILC A;  5B1G A;  1LSM A; 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 1EQ4 A;  1I1Z A;  4I8S A;  4WLT A;  4XJG A;  3WXT A;  1LHJ A;  1GF3 A;  2MEG A;  3WPK A;  1IP5 A;  3RNX A;  4CFP A;  5ILF A;  1ZVY B;  5B05 A;  1LKR A;  1LSA A;  3D3D A;  1HNL A;  3A93 A;  5E4P A;  2BQA A;  2D91 A;  4FJR A;  1J1X Y;  3QNG A;  1BB4 A;  1KIR C;  2C8P A;  1RFP A;  2EPE A;  1JJ3 A;  5JEN B;  1BVX A;  1OUI A;  2LZT A;  5I4Y A;  4OWB A;  3WU9 A;  1YKY X;  2HU3 A;  1BHZ A;  3KAM A;  5DLA A;  1YIL A;  2VB1 A;  1IOQ A;  2Z2E A;  3VWO A;  5KXW A;  3CT0 A;  1LZS A;  5LYM A;  2FBD A;  4H93 A;  4CGE A;  4LGK A;  2G4N A;  1IY4 A;  1JTP L;  1YAM A;  3CSZ A;  3EBA B;  1IP3 A;  1YL0 X;  5IDD A;  1LMT A;  4X3B A;  3A34 A;  1AT5 A;  1LYS A;  4UWU A;  1JJ0 A;  4IJ4 A;  4AGA A;  4II8 A;  2YBN A;  1KXW A;  1GEZ A;  4WM3 A;  1GE4 A;  1GBS A;  1JUG A;  4NHT A;  1GFE A;  2MEF A;  4H91 A;  3RW8 A;  2BLY A;  1ZMY L;  4G4H A;  4DDA A;  5LVJ A;  2BQD A;  3WU7 A;  5HNC A;  2XTH A;  1XFP L;  3TMU A;  1QUT A;  5I54 A;  3WXU A;  4LYO A;  5FDJ A;  1GBY A;  1GBW A;  4PRQ A;  4R6C A;  2BLX A;  2I25 L;  4RW1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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