1GB9A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAFNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gb9A00
1GF7A 4TWSA 1GHLA 4PPOA 2H9KA 1B7RA 5DM9A 3TXHA 4DD3A 4NG1A 4H8ZA 4QGZA 2A7DA 1EQ5A 3LZ2A 2HEAA 4XJDA 5I4YA 2Z18A 3CB7A 2DQHY 1PS5A 1GFTA 1YL0X 1GE3A 5IELA 1XFPL 1VDPA 3T36A 1DXJA 1BWIA 1JIYA 3W6CA 4DD2A 1CKFA 1RCMA 2Z38A 4DD1A 4HJZA 4HP0A 4X3BA 3AW6A 4WG1A 4G4BA 1OUGA 4H9EA 1LYZA 5T3FA 3TXKA 1LHLA 2Z2FA 1TCYA 4H93A 3QNGA 1HSXA 4GN4A 1GDXA 3F6ZA 1GFUA 1LSDA 4B4EA 5KXTA 1GFVA 5HNLA 5L3HA 1B7QA 2BQJA 1JJ1A 1LMNA 3E3DA 2C8PA 5DN5A 1Z55A 4H90A 1JTOL 4PJ2C 2DQFC 5LAGA 2F4GA 4E3UA 1XGPC 1I1ZA 1FBIX 1UIFA 1V7TA 3RT5X 1NMMA 1REYA 4YENA 2F4AA 4CFOA 208LA 1LHMA 3ULRA 4H91A 4NGIA 3WVYA 5LINA 2MECA 3LYOA 2LYOA 1RE2A 4YEOA 3WU8A 4C3WA 1F0WA 2DQEY 2MEEA 3A93A 1IOSA 3EBAB 4AGAA 1YAMA 4M4OA 1GFKA 2LZ2A 5E9RA 4R0FA 4WM5A 4GLVA 1RFPA 1SQ2L 1LHKA 1I20A 1LSMA 5F16A 2FBDA 3A90A 5LVIA 3D3DA 1GB9A 1B7LA 1YAQA 3LYTA 1JJ3A 4R6CA 4ANRA 4LFPA 1F6SA 1FLYA 1JTPL 1WQNA 4YF2A 1FDLY 3W3EA 4KT3A 1D0LA 2Z2EA 2ZNWY 3HBDA 3K3TA 4HSFA 1HNLA 1GF0A 1XGRC 5LYTA 4L41A 2B5ZA 1IWYA 5K7OA 4N1EI 4NWEA 4NFVA 1GE4A 3FI7A 4RW2A 1HELA 1XGTC 1GF3A 4PGJB 5HNCA 1ZVHL 4HTQA 3WXUA 5KXKA 2BQDA 3GXRA 4GCEA 1LSFA 4NGYA 5EBHA 4Z46A 5F9UA 4CHXA 5FSTA 1GFGA 4OOTA 5KXPA 5KXNA 1B5UA 6LYTA 1LSEA 1XGUC 2EQLA 4B1AA 2BQBA 2F2NA 3TMVA 1LZBA 2ZILA 4G4HA 2FYCA 5E4PA 1HMLA 3TXFA 4DYGA 1LTMA 1OUEA 4GCFA 1T6VL 1IP3A 4N5RA 4TSCA 4LFXA 4OWAA 1QTKA 1BB7A 4WM6A 1LKSA 1LZNA 1WTNA 1CNSA 1T3PA 1NDMC 5F14A 1LZ8A 1XEKA 1OUHA 1RI8B 2BQOA 1GFHA 2DQGY 1HERA 3AYQA 1REZA 3AZ5A 1KIPC 1WQMA 5I4XA 3WMKA 4LT1A 3AZ4A 1QQYA 1GFAA 1RJCB 2CWIA 1J1PY 1P2CC 5FEKA 5B06A 1J1XY 1B9OA 1HF4A 4XN6A 2C8OA 3TXJA 4HJVA 4EOFA 1WVUA 1GB8A 1V7SA 1BGIA 1G7JC 1LJGA 1LJFA 1FLWA 1VFBC 4NSGA 4WG7A 1REXA 1YROA 3TMUA 4LYTA 5KKJA 1B5VA 1IR8A 4HTNA 1QUTA 1LYSA 4QEQA 4EMNA 4NSJA 1XEIA 1GFEA 2FYDA 4WLXA 3CSQA 4N8ZA 2G4QA 3AZ6A 4H8XA 4TX7A 1LZ1A 2DQDY 4BAFA 3LN2A 1O23A 4I0CA 5APCA 4WMGA 193LA 2HEEA 1LMTA 5HMJA 4WM2A 1LZCA 1IC4Y 2BQIA 2DBTA 1LMQA 4H9BA 4CFPA 1HEQA 4DDCA 1B0DA 1GDWA 1WQQA 5HQ1A 2W1YA 3AZ7A 3FE0A 1LHIA 3A8ZA 4WO6A 5ILFA 5L3IA 5LVKA 1KXXA 4H9CA 1C46A 5A3EA 3RNXA 3W6AA 4H94A 4RDSA 4MR1A 5KXYA 4D9ZA 5FCPA 3G3AB 4ET8A 1N4FA 4XJFA 134LA 1GB7A 3N9EA 1AT5A 2BQKA 3TMXA 1YKYX 3WVXA 3A34A 1UIHA 5APFA 1LZDA 4NWHA 5II3A 194LA 1DPXA 4OW1A 2IFFY 3W6DA 5LAFA 1LKRA 3BKHA 5HMVA 1GD6A 4XJBA 1B5YA 1UACY 3N9CA 1GE1A 2HU3A 4OWHA 1YAOA 2Z12A 2H5ZA 2ZQ3A 2YVBA 1GF9A 4BS7A 1GXV2 1NKHA 1LJKA 3MGWA 1IC5Y 1GB6A 3OK0A 1DI4A 135LA 2HEBA 4XJIA 1IWXA 2PC2A 3QY4A 1EL1A 3SP3A 2YBLA 4WLYA 2Z39A 5KXMA 3CSZA 1LMPA 3CT1A 1IVMA 2F30A 2MEFA 5KXOA 3AW7A 1CKCA 2WARA 1D9UA 3QE8A 1G7LC 4IASA 1IWZA 1IIZA 1JPOA 4KL7A 4O34A 1JEFA 3IJVA 1LJHA 2LZTA 1IOCA 2BQFA 4J0LA 2DKVA 8LYZA 1IR7A 1A2YC 4OWCA 3WPLA 9LYZA 3B0OA 3LYZA 1HEPA 2D4JA 1LSZA 4M6DA 4II8A 2HUBA 1LJNA 4HPEA 3TXEA 4I8SA 4BAPA 2HU1A 4NGVA 1IWUA 1DZBX 4TSBA 4DC4A 5I54A 1IR9A 1IP5A 1JWRA 3KAMA 5APDA 4GLAA 1CKGA 1LZ4A 4W94A 1NHEA 1B5WA 3AGIA 1GB3A 1VAUA 5LA5A 7LYZA 1QSWA 4DDAA 5LVJA 4ZIXA 4HV1A 1IY3A 1LJ4A 2DQIY 4TUNA 1AKIA 1LMCA 2XBRA 1GB5A 1H87A 4QDNA 3WH1A 1IY4A 4H9FA 4N1CC 1LJ3A 1YKZX 2I6ZA 2Z37A 1GXXA 4W96A 3A94A 3HBHA 1GAZA 3B72A 3CSRA 1C7PA 4LT3A 4XJGA 4PHIA 3WPKA 3IWRA 4TTDA 1DI3A 4CJ2A 1LSYA 1DI5A 1LSPA 3B6LA 3WXTA 4C5FA 5JENB 1LOZA 1GBOA 3M18B 2W1MA 1NWGA 1UIBA 4XENA 5C6IA 4QY9A 5F81A 1IORA 5B07A 5LYZA 4NG8A 1AZFA 2ZNXY 1LZ6A 2MEGA 4H9AA 5FHWA 1E8LA 2DQJY 5C6JA 1D0MA 1GF5A 1XEJA 4UWVA 4WM4A 3RU5A 1KXYA 1IOTA 1IC7Y 2YBIA 4OWBA 1HFXA 5ILCA 3LHMA 1GFRA 1BVXA 3ZVQB 1EQ4A 1HSWA 2A7FA 2BQGA 3WPJA 1TEWA 1TAYA 1OUBA 5C6LA 1GE2A 1YIKA 2MEHA 2N5ZA 1TBYA 4H92A 1UCOA 3P64A 5APEA 4NHPA 2BQEA 2CJLA 4B4IA 3A91A 2HTXA 2YBNA 3TXIA 4NHTA 4NGZA 4XADA 1EQEA 4GN5C 3W6BA 1GB0A 1GBYA 1GAYA 1KXWA 3WYHA 1HC0A 1CJ9A 1QUSA 1HHLA 1OUDA 6LYZA 1HFZA 4B0DA 3A6BY 1LZGA 1GBXA 1LJJA 1ZV5L 2AUBA 2GV0A 1JKBA 4H9HA 4MCKA 4WOAA 5KXZA 1BWHA 4ZEEA 5F9XA 1GEVA 5IDDA 1WQRA 3AJNA 4NGWA 4OWEA 1YL1X 3P65A 153LA 1GBZA 1OUFA 1UIGA 2BQHA 1LZSA 1YKXX 1G7HC 1GEZA 2G4NA 4ZFPA 1JUGA 1GBWA 1DQJC 1XGQC 4ET9A 1F6RA 1IWTA 3LZTA 2NWDX 1ZMYL 3AB6A 4NGJA 1BWJA 1HEWA 3WULA 1LMOA 3ATNA 5B59A 1GF4A 4ETBA 1OQMA 1WTMA 1GPQC 5I4WA 2VB1A 1GF8A 4WM3A 1JKAA 4LYZA 4LYMA 4ETDA 3AGGG 1CKHA 1GWDA 1LZYA 3P4ZA 1PZYA 1IWWA 1HENA 5KXRA 5D5CA 2HECA 1BHZA 1JJ0A 1NDGC 1FKVA 1NBZC 1ALCA 1NBYC 1XSFA 2MEBA 4NHIA 4WL6A 5AMYA 3W6EA 1SLYA 5KKIA 3RZ4A 4LYCA 1UIAA 1LSBA 4KXIA 2ZIJA 4LYBA 1JITA 1D6PA 1GF6A 2FBBA 4RW1A 4XJHA 5D5FA 1FN5A 2D6BA 1CJ8A 2Q0MX 5LXWA 1QIOA 1FLUA 3HFMY 3B0IA 5KY1A 2YSSC 4H1PA 4N9RA 207LA 3GXKA 2G4PA 1H6MA 4MSTA 1IO5A 1D0KA 5LVGA 1NF5A 3J4GA 4B4JA 1LSGA 4NGOA 4NEBA 5I53A 2BQMA 2MEIA 1LHHA 2BAAA 3WUNA 1LZ9A 2XBSA 1LZRA 4HPIA 1LAAA 5LYMA 1GFJA 1CKDA 1J1OY 4J1BA 4KPMA 4N0JA 5DL9A 1LHJA 1BQLY 3A6CY 4GCDA 1LCNA 2I26L 5DN4A 2I25L 2YDGA 1WQPA 1IP1A 4H9IA 3WUMA 1FLQA 1KIQC 2HEDA 1INUA 1LJIA 1YILA 1LYYA 3RW8A 4G49A 3WU9A 5KXLA 4UWNA 1C10A 4YM8A 1BB4A 2H9JA 4DWXA 1LZAA 3J6KA 3A3QA 4PRQA 1BB5A 1IP4A 4PRUA 1LZEA 2BPUA 1IX0A 2ZIKA 4DD9A 5IHGA 4AXTA 2EIZC 5B1GA 5I5QA 3TXBA 2ZYCA 5HLLA 5LA8A 1B7OA 1OUAA 5DLAA 1B5XA 2EKSC 1OP9B 5J7CA 1IP7A 4ML7A 1JSFA 4FDYA 3A92A 1VDSA 1WQOA 4NSHA 4OOOA 2YBJA 4LT0A 1LPIA 4NGLA 4B49A 4IATA 1YANA 1C08C 3TXGA 2Y8PA 4XYYA 1B7SA 4A7DA 4Z3MA 4IJ4A 1QDTA 4G9SA 1GE0A 1IOQA 2BLYA 2ZYPA 4GCCA 132LA 3ZEKA 3G3BB 3P66A 1AM7A 4NIJA 5KXXA 4WO9A 4WLDA 1DKJA 2IHLA 3N9AA 2XTHA 1F10A 3WL2A 2W1XA 4HV2A 1CJ7A 2YBMA 5L9JA 1OUIA 3ATOA 3EO5A 3BKVA 3A96A 1UICA 1OUCA 1JTTL 4UWUA 4Z41A 1LMAA 1JHLA 1WVVA 1I56A 2BQNA 1HEMA 1VDQA 1DKKA 1LSNA 1LYOA 4RLMA 5LVHA 1LSAA 1LJEA 1HEOA 2D91A 3ZVQA 4DD0A 1NQIA 1IWVA 1JSEA 2W1LA 2ZQ4A 5B1FA 3P68A 4DDBA 1QSAA 2MEAA 3HBEX 1OUJA 3A95A 3IJUA 1B7PA 1C43A 4H8YA 4RLNA 4YEMA 1UC0A 1IP6A 1QDRA 2XJWA 1JKDA 4NHSA 2D4KA 3CT5A 2YBHA 1MLCE 4Z98A 4G4CA 1C45A 4WLTA 4ETAA 1CJ6A 1VEDA 1B7MA 3B0KA 3OJPA 2DQAA 1LSCA 1UBZA 2X0AA 154LA 4CGEA 3TXDA 4NSIA 133LA 1UIEA 4LYOA 5A3ZA 2CDSA 1W08A 4FJRA 5LIOA 1B5ZA 1REMA 4WM1A 1W6ZA 5B05A 4LT2A 3M3UA 3A3RX 3WU7A 3WW5A 2CGIA 2LHMA 3A67Y 5FDJA 1HFYA 3T6UA 1UA6Y 4GN3A 1UUZC 4HJYA 3AGHA 5KXSA 1B2KA 2BQLA 1G7MC 1IP2A 4GCBA 3CQLA 1TDYA 1YQVY 1JISA 4ETEA 3VWOA 2RSCA 3EMSA 1YAPA 4U3XB 2HEFA 4J1AA 1UIDA 1ZVYB 2LYMA 1A4VA 1LZ5A 3LYMA 1GB2A 4NGKA 2BQCA 2Z19A 4LZTA 1BVKC 4HTKA 4P2EA 4ETCA 1GBSA 3EXDA 4NY5A 4YOPA 1JKCA 4NHQA 1BB6A 1B7NA 1D6QA 3CT0A 4DD7A 2MEDA 1IEEA 2EPEA 1DPWA 3WUAA 1BB3A 5FELA 1QTEA 4WL7A 1AT6A 1LZTA 2BQAA 1KIRC 3D9AC 2BLXA 4J7VA 3W6FA 1VATA 3WW6A 4DT3A 5M1YA 1VDTA 2ZWBA 1G7IC 1HMKA 4BADA 1MELL 2D4IA 5KJ9A 2LYZA 3TMWA 2DQCY 5KXWA 1FKQA 4LGKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PPOA 2QARC 3C8QA 4XJDA 5I4YA 2Z18A 1L30A 1GFTA 1YL0X 1L76A 228LA 2O79A 4DD2A 1CKFA 165LA 163LA 4HJZA 4H9EA 1G06A 1L82A 4GN4A 256LA 5HNLA 5L3HA 1B7QA 2BQJA 3E3DA 2C8PA 4H90A 1L06A 4PJ2C 1QUGA 4E3UA 1FBIX 3RT5X 3GUJA 2F4AA 4CFOA 3WVYA 1F0WA 2DQEY 3A93A 1YAMA 5E9RA 2OU0X 4GLVA 3OE6A 5LVIA 3D3DA 1JJ3A 4LFPA 3W3EA 2Z2EA 2ZNWY 4HSFA 1GF0A 1P37A 4L41A 1IWYA 2F32A 5K7OA 4N1EI 4NFVA 3FI7A 1HELA 5HNCA 2BQDA 4NGYA 242LA 4DQ7A 4Z46A 1L84A 1SX7A 4GRVA 4DJHA 3HTDA 3TMVA 1LZBA 4G4HA 2FYCA 188LA 3TXFA 1QT8A 1LWKA 1OUHA 2BQOA 1HERA 1WQMA 5B06A 5FEKA 1B9OA 1HF4A 2C8OA 3TXJA 3SB6A 1WVUA 4WG7A 1LJFA 1C6AA 1FLWA 1VFBC 4NSGA 4DQJA 3TMUA 1IR8A 1QUTA 4EMNA 4NSJA 1XEIA 3CSQA 244LA 4BAFA 1O23A 1C62A 193LA 1L35A 1LMQA 4H9BA 1HEQA 1GDWA 1L70A 2W1YA 3F8VA 3FE0A 5LVKA 144LA 3W6AA 2OU8A 5KXYA 1L45A 224LA 3N9EA 3TMXA 3WVXA 1DYEA 1UIHA 1CV4A 2IFFY 3BKHA 258LA 1GE1A 1YAOA 1L72A 2ZQ3A 1LJKA 3MGWA 1IC5Y 1C6JA 1IWXA 2PC2A 1LMPA 2MEFA 140LA 2WARA 1L89A 1IWZA 1IIZA 158LA 8LYZA 1IR7A 190LA 1LWGA 4M6DA 1LSZA 3L2XA 1LJNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF7 A;  4TWS A;  1GHL A;  4PPO A;  2H9K A;  1B7R A;  5DM9 A;  3TXH A;  4DD3 A;  4NG1 A;  4H8Z A;  4QGZ A;  2A7D A;  1EQ5 A;  3LZ2 A;  2HEA A;  4XJD A;  5I4Y A;  2Z18 A;  3CB7 A;  2DQH Y;  1PS5 A;  1GFT A;  1YL0 X;  1GE3 A;  5IEL A;  1XFP L;  1VDP A;  3T36 A;  1DXJ A;  1BWI A;  1JIY A;  3W6C A;  4DD2 A;  1CKF A;  1RCM A;  2Z38 A;  4DD1 A;  4HJZ A;  4HP0 A;  4X3B A;  3AW6 A;  4WG1 A;  4G4B A;  1OUG A;  4H9E A;  1LYZ A;  5T3F A;  3TXK A;  1LHL A;  2Z2F A;  1TCY A;  4H93 A;  3QNG A;  1HSX A;  4GN4 A;  1GDX A;  3F6Z A;  1GFU A;  1LSD A;  4B4E A;  5KXT A;  1GFV A;  5HNL A;  5L3H A;  1B7Q A;  2BQJ A;  1JJ1 A;  1LMN A;  3E3D A;  2C8P A;  5DN5 A;  1Z55 A;  4H90 A;  1JTO L;  4PJ2 C;  2DQF C;  5LAG A;  2F4G A;  4E3U A;  1XGP C;  1I1Z A;  1FBI X;  1UIF A;  1V7T A;  3RT5 X;  1NMM A;  1REY A;  4YEN A;  2F4A A;  4CFO A;  208L A;  1LHM A;  3ULR A;  4H91 A;  4NGI A;  3WVY A;  5LIN A;  2MEC A;  3LYO A;  2LYO A;  1RE2 A;  4YEO A;  3WU8 A;  4C3W A;  1F0W A;  2DQE Y;  2MEE A;  3A93 A;  1IOS A;  3EBA B;  4AGA A; 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 4DDB A;  1QSA A;  2MEA A;  3HBE X;  1OUJ A;  3A95 A;  3IJU A;  1B7P A;  1C43 A;  4H8Y A;  4RLN A;  4YEM A;  1UC0 A;  1IP6 A;  1QDR A;  2XJW A;  1JKD A;  4NHS A;  2D4K A;  3CT5 A;  2YBH A;  1MLC E;  4Z98 A;  4G4C A;  1C45 A;  4WLT A;  4ETA A;  1CJ6 A;  1VED A;  1B7M A;  3B0K A;  3OJP A;  2DQA A;  1LSC A;  1UBZ A;  2X0A A;  154L A;  4CGE A;  3TXD A;  4NSI A;  133L A;  1UIE A;  4LYO A;  5A3Z A;  2CDS A;  1W08 A;  4FJR A;  5LIO A;  1B5Z A;  1REM A;  4WM1 A;  1W6Z A;  5B05 A;  4LT2 A;  3M3U A;  3A3R X;  3WU7 A;  3WW5 A;  2CGI A;  2LHM A;  3A67 Y;  5FDJ A;  1HFY A;  3T6U A;  1UA6 Y;  4GN3 A;  1UUZ C;  4HJY A;  3AGH A;  5KXS A;  1B2K A;  2BQL A;  1G7M C;  1IP2 A;  4GCB A;  3CQL A;  1TDY A;  1YQV Y;  1JIS A;  4ETE A;  3VWO A;  2RSC A;  3EMS A;  1YAP A;  4U3X B;  2HEF A;  4J1A A;  1UID A;  1ZVY B;  2LYM A;  1A4V A;  1LZ5 A;  3LYM A;  1GB2 A;  4NGK A;  2BQC A;  2Z19 A;  4LZT A;  1BVK C;  4HTK A;  4P2E A;  4ETC A;  1GBS A;  3EXD A;  4NY5 A;  4YOP A;  1JKC A;  4NHQ A;  1BB6 A;  1B7N A;  1D6Q A;  3CT0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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