1GBWA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWIAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbwA00
3J6KA 154LA 3B6LA 4G9SA 4H91A 3B0IA 4PPOA 1GB5A 1C46A 3AZ5A 5L3HA 1NBYC 1LYZA 1GF9A 2DKVA 3N9CA 2EPEA 4H8YA 1LJFA 4HPEA 4N0JA 4WM1A 3A95A 5LAGA 4TUNA 3T36A 1IC5Y 3A91A 4O34A 2MECA 3TXDA 4R0FA 3A3RX 1LJNA 4E3UA 5HMVA 1VFBC 1LJ3A 5LINA 1JJ3A 1XGPC 1QDTA 1UIEA 1LZNA 4DT3A 1IP1A 4ETBA 3E3DA 1DPWA 5I4XA 5II3A 1LHIA 2BLYA 1IWWA 1YAMA 4LT2A 1UACY 1B7NA 1GBSA 4NSJA 5KXZA 1GE4A 1LJEA 4NEBA 5KJ9A 1ZV5L 5KY1A 1REMA 4NG1A 1GBWA 1C45A 3VWOA 5FELA 3B0OA 1CJ9A 2F4GA 4YEOA 1LJGA 1HNLA 4NGIA 3AB6A 1BHZA 3A6BY 2DQAA 1GB3A 2Y8PA 1DPXA 2RSCA 1GAYA 5B06A 3RZ4A 1DQJC 2Q0MX 3AYQA 2BQMA 2YVBA 2H9JA 5KXRA 1OUHA 1OUIA 5D5CA 1RE2A 1OUEA 1JIYA 4QEQA 4W94A 1GBOA 5F9UA 1LHKA 4EMNA 1INUA 2HEEA 3D9AC 4NGLA 133LA 1EL1A 4B4EA 1IX0A 1DKJA 3A90A 134LA 1OUGA 4W96A 1B7PA 4RDSA 1QIOA 2BQHA 1HMKA 4I8SA 1IY4A 1FBIX 5F16A 2D91A 4QY9A 5LVKA 1GWDA 1ZVHL 3CSZA 4NHIA 4NSGA 4J1AA 2BQBA 3CSRA 1BB3A 1GBXA 1LZ6A 3W3EA 1NWGA 1IP4A 1B5XA 2BQFA 193LA 2Z37A 1NHEA 4CGEA 1JWRA 1N4FA 2F30A 3WPLA 1QSAA 2LYMA 4NHTA 4YF2A 1JHLA 1GFHA 1VDTA 3HBDA 1REZA 1IR7A 1YROA 1JTOL 1IR9A 4OOTA 3TXGA 5KXKA 1LZBA 1JKCA 1DI5A 2YBMA 3AGHA 1TDYA 2HECA 1GEVA 2DQCY 5KXXA 4LYBA 4ETCA 4NHPA 1OUJA 2EIZC 4ZFPA 1LAAA 1XGQC 3EMSA 1LCNA 3N9AA 4GCDA 1GB9A 3AZ7A 4BAPA 1HFYA 1GDXA 4DD1A 1LKRA 4H9AA 3ATOA 5KXLA 4B1AA 3ATNA 4TSCA 5IELA 1IOSA 1XFPL 3EXDA 5C6LA 1C7PA 1WTMA 2MEFA 2X0AA 1ALCA 1LZCA 3P68A 4NGOA 5KXOA 1LMTA 4N8ZA 1UA6Y 2D6BA 3CQLA 4PRQA 3QNGA 1GB7A 4BAFA 4H92A 1HEWA 1GPQC 4YM8A 5F14A 4NG8A 1G7LC 4DD0A 5LA8A 3WMKA 2B5ZA 2W1LA 1B7SA 2ZYCA 1TEWA 4NHSA 1NDGC 2BQCA 4TSBA 1BGIA 3TMVA 1AT6A 3ZEKA 5KXTA 3B0KA 1JKBA 4QGZA 5KXNA 1UIDA 1IP5A 1F6SA 2YBJA 1GE3A 1CKCA 1W08A 2BQKA 2HEFA 2ZWBA 6LYTA 5KKIA 1WVUA 4HV2A 2G4QA 1QUTA 4G4HA 4G49A 1B5ZA 4XJBA 1LSCA 3LYTA 3WVYA 1IWZA 1B7OA 1B2KA 1LJJA 1HSWA 1UIHA 2DQEY 208LA 2LZ2A 1JJ1A 2YSSC 3AZ4A 4B4JA 1LJHA 1QTEA 2BQAA 4WLDA 4XJHA 3WUAA 1NDMC 1GE1A 1GF4A 2Z38A 4H9BA 4WG7A 1GE0A 1REXA 1FLQA 2DQGY 3A67Y 3M3UA 1OQMA 2C8PA 4KPMA 4ET9A 1IIZA 3WPJA 1CKHA 4ETDA 3TXIA 1GF5A 4LYOA 1LSFA 1JJ0A 1LSBA 2BQOA 4CFPA 4QDNA 4AGAA 5FHWA 1AM7A 3ZVQA 1BB4A 4OWBA 8LYZA 1GHLA 1HHLA 2CJLA 4LFPA 1LSPA 4U3XB 1GF8A 2HU3A 1IR8A 3QE8A 1LMNA 4Z41A 3BKVA 4WO9A 2DQDY 1BVXA 1NBZC 2FYCA 1KXYA 3P65A 3AZ6A 5DN4A 207LA 1LTMA 3WU8A 3WH1A 4GN5C 5E9RA 4H93A 1UIBA 2HEAA 1WQQA 3TXFA 1MLCE 3A6CY 1IO5A 1BB6A 1REYA 2N5ZA 2ZIKA 1LMQA 4NFVA 4WOAA 5EBHA 153LA 5ILCA 4HJVA 3A96A 4WM4A 5HNLA 1BWHA 1GF0A 5I4WA 1XGTC 1HFZA 1JSFA 2BQNA 2HEBA 1GFJA 1LZ1A 3BKHA 5LA5A 1YILA 1LZ8A 4NGJA 4R6CA 4NWEA 2LYZA 2BQJA 4EOFA 2BQGA 1D0MA 4NGKA 5KXYA 1YIKA 4DDBA 1OP9B 1IWUA 1YAPA 1OUCA 1LPIA 5DN5A 3W6DA 1BWJA 3WU9A 4WLYA 5LVJA 1LSMA 1LJKA 1YKZX 1BVKC 4DDCA 1I56A 5K7OA 1HSXA 1QQYA 4H9HA 4N5RA 4H94A 1UIFA 4N1EI 3WL2A 1LZYA 4GCFA 4N1CC 1IVMA 2FBDA 1GF7A 5J7CA 2MEIA 1JKDA 1FKQA 3OK0A 1KXXA 2C8OA 5T3FA 4M4OA 4C5FA 2H5ZA 2D4JA 4KXIA 1NKHA 1GFVA 1SLYA 3EBAB 2D4KA 3WW6A 3EO5A 4H8XA 1LZDA 5ILFA 132LA 1CJ7A 1FLUA 2ZNWY 1LZ4A 1GFUA 1DZBX 1J1XY 2MEBA 1B7RA 3ULRA 5I53A 5LVHA 1CJ8A 4XADA 1YQVY 5AMYA 2LHMA 1O23A 1PS5A 1ZMYL 2W1XA 1XGUC 3WXUA 1HF4A 1YANA 4WMGA 1GAZA 4WG1A 3WU7A 4GLVA 5KKJA 4LYCA 3LZTA 1GFKA 5F81A 1FDLY 1RCMA 1B0DA 2ZILA 1LSDA 3SP3A 1LZEA 4L41A 5DLAA 1LHMA 4NWHA 1KIRC 1WQOA 4G4BA 1GFEA 1LYYA 3W6EA 4XJGA 1LZAA 5B07A 5KXMA 2W1MA 1VAUA 1VDSA 1JPOA 2MEAA 4HPIA 4PRUA 1AKIA 4DD7A 1F10A 1D0LA 4LT1A 5HLLA 1LSEA 1UUZC 2ZQ3A 3W6FA 1YAOA 5I4YA 1HFXA 1YKYX 1IWXA 1JTPL 4WLTA 4XJFA 1JTTL 2BQIA 4H9FA 3F6ZA 1IOQA 4NY5A 2GV0A 4TWSA 3ZVQB 4LT0A 5KXSA 1B5WA 3W6AA 4C3WA 3CSQA 1C08C 2HUBA 4DD2A 1VATA 1GXXA 4LFXA 4ET8A 4DD3A 2NWDX 4BS7A 4NGVA 4LYTA 4RLNA 3N9EA 1LKSA 1YKXX 4H9CA 4IASA 1XEKA 3IJUA 1V7TA 3TXJA 1GDWA 1LSZA 5LYMA 5B1FA 2HEDA 2Z39A 1GB8A 1LZRA 3FE0A 1C10A 4NHQA 1NMMA 3RT5X 1NF5A 1LSGA 1IWVA 1IOCA 1FLYA 1CKDA 2HU1A 1HELA 1BWIA 1CJ6A 1B7LA 4UWVA 1AZFA 4YENA 1G7HC 5IHGA 5KXPA 5L9JA 1IC7Y 3RNXA 5F9XA 5LVIA 4J1BA 4H1PA 3LHMA 1B9OA 1GB0A 4XJIA 2I25L 4YOPA 2VB1A 3TXKA 1EQ4A 4TX7A 1IP7A 3AW7A 1JSEA 1GB6A 1OUFA 1SQ2L 1T6VL 3K3TA 2MEGA 4WL7A 1LMPA 1LSNA 4WL6A 4CFOA 4NGZA 4ETAA 1GD6A 4GCBA 5APEA 5DL9A 1HEMA 2CDSA 5HMJA 5LVGA 1UBZA 1FLWA 1BQLY 3A93A 5JENB 4H8ZA 4B4IA 1DI4A 5C6IA 5KXWA 1GFGA 1UIGA 2BAAA 4G4CA 2XJWA 1LMAA 3AW6A 1UICA 6LYZA 1GE2A 1HEPA 3LZ2A 1GF6A 1YL1X 1GBYA 2ZQ4A 1TCYA 4OW1A 3AGGG 1LYSA 5LXWA 5A3EA 1DI3A 1LJ4A 2DQJY 4PHIA 3WULA 1Z55A 2DQHY 4NGYA 4A7DA 2A7DA 1LHLA 3RW8A 1JITA 4OWAA 3GXKA 5B1GA 2HTXA 2W1YA 1GEZA 2DQIY 1TBYA 4NSIA 3TMXA 3B72A 2FYDA 4H9IA 5HQ1A 1IC4Y 1D9UA 1LHHA 4FJRA 4MR1A 1IP6A 1DKKA 1QSWA 2Z2EA 2CWIA 1IP3A 1IWTA 1MELL 1HERA 1YAQA 2XTHA 4HV1A 4J0LA 4TTDA 4WM2A 3W6BA 1UC0A 1JKAA 2G4NA 4LT3A 3RU5A 1LJIA 1V7SA 2FBBA 1PZYA 2LYOA 2MEHA 1I1ZA 1H87A 2BQLA 3OJPA 4IJ4A 5C6JA 1XEIA 1GB2A 2BPUA 5FSTA 3WUMA 1B7MA 1J1PY 3WYHA 1NQIA 3IWRA 4LZTA 4OWHA 2YBIA 3TMUA 4J7VA 4Z98A 5LAFA 3HFMY 4WLXA 2YDGA 1LZ9A 4KL7A 4NSHA 4DWXA 1D6QA 2ZYPA 3FI7A 3M18B 1KIQC 2ZIJA 4GCCA 4HTKA 1TAYA 2XBSA 2BQEA 5APDA 4BADA 1HENA 5APCA 4N9RA 1IEEA 2EQLA 1B7QA 5E4PA 5FDJA 1HEQA 1IWYA 1GF3A 1GFAA 4LYMA 3AJNA 4DC4A 3MGWA 1ZVYB 1KIPC 2F2NA 5LYZA 1G7JC 4AXTA 5FCPA 1GFRA 1VDQA 1WQNA 2Z19A 4XYYA 1H6MA 1J1OY 3AGIA 1OUDA 1A2YC 4MCKA 1IOTA 1B5VA 1QDRA 1E8LA 4GN3A 4II8A 3W6CA 1LSAA 1LMCA 1P2CC 2EKSC 1CKFA 2AUBA 4OWEA 4PGJB 4ZEEA 3T6UA 1FKVA 1BB7A 1OUAA 2Z12A 5M1YA 3TXEA 4HP0A 2MEEA 3KAMA 4ZIXA 4B49A 3WVXA 5HNCA 3CB7A 4X3BA 4XENA 4ETEA 3WXTA 2DBTA 2BLXA 4GN4A 3G3AB 4HJZA 5D5FA 1LMOA 3D3DA 1UIAA 1I20A 3WUNA 4OWCA 4M6DA 3TXHA 3GXRA 4NGWA 3A92A 1F6RA 1LSYA 4I0CA 1HC0A 4CHXA 2YBLA 5I5QA 4XJDA 5APFA 1XSFA 1CKGA 3P4ZA 3P64A 4Z3MA 3WPKA 4GCEA 3WW5A 2LZTA 3CT1A 1JUGA 5A3ZA 4H90A 1RFPA 1WQMA 7LYZA 3QY4A 2BQDA 3A3QA 1IY3A 2DQFC 4WO6A 4FDYA 135LA 1G7IC 1LOZA 1YL0X 2I6ZA 4UWUA 3G3BB 4DDAA 4B0DA 4ANRA 3HBEX 4IATA 1B5YA 4RW2A 1QUSA 1CNSA 1WTNA 4HJYA 1IORA 1HMLA 1XGRC 1VDPA 2YBNA 4CJ2A 1LZTA 1LZGA 1A4VA 1VEDA 4P2EA 5B05A 4YEMA 4LGKA 4OOOA 1LHJA 2D4IA 2Z2FA 1HEOA 3CT5A 4WM3A 5FEKA 1LZ5A 1W6ZA 1FN5A 1LYOA 3LYOA 1KXWA 2ZNXY 5B59A 1WQPA 1XEJA 3TMWA 3IJVA 4Z46A 1JISA 9LYZA 1GBZA 4RW1A 5L3IA 5LIOA 5DM9A 5I54A 4RLMA 3A34A 4HSFA 2F4AA 4WM5A 2YBHA 4D9ZA 1AT5A 1UCOA 1OUBA 4DD9A 4DYGA 3LYMA 1QTKA 5LYTA 1D6PA 1RJCB 3A94A 2A7FA 3P66A 1GFTA 4HTQA 2MEDA 194LA 3TXBA 3LN2A 3LYZA 2XBRA 4ML7A 1C43A 4PJ2C 1T3PA 2WARA 4UWNA 2IFFY 4NIJA 1GXV2 1BB5A 1IP2A 1B5UA 1EQEA 1G7MC 1DXJA 3A8ZA 4KT3A 1WVVA 4XN6A 4H9EA 4HTNA 4LYZA 2Z18A 4GLAA 1RI8B 1LZSA 1EQ5A 2H9KA 3HBHA 2CGIA 5IDDA 1WQRA 2I26L 4MSTA 2PC2A 1F0WA 4WM6A 2IHLA 1JEFA 1D0KA 3CT0A 3J4GA 2G4PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P2LA 4H91A 4PPOA 1L63A 4LDLA 2O79A 2EPEA 122LA 1L47A 4WM1A 3DN0A 3TXDA 1L26A 5LINA 4I7SA 1JJ3A 5II3A 2BLYA 1YAMA 4EKPA 1L48A 1GBSA 4NSJA 2CUUA 1GBWA 3VWOA 1PQMA 5FELA 1P56A 1LJGA 1HNLA 228LA 2Y8PA 2RSCA 5B06A 1OWYA 1CV0A 1JIYA 4W94A 3DN1A 234LA 133LA 1IX0A 1DKJA 3SB5A 3V2YA 1B7PA 1HMKA 1L75A 1FBIX 2D91A 4QY9A 1GWDA 1C6FA 4J1AA 1BB3A 1L33A 1B5XA 193LA 2OE7X 1LW9A 2F30A 1KY1A 3HBDA 1REZA 1QUDA 1YROA 4OOTA 1L06A 1JKCA 1L73A 1DI5A 2LC9A 3AGHA 2OE4X 1D2YA 1C69A 2DQCY 4ETCA 250LA 3EMSA 1GB9A 3AZ7A 1C6GA 3ATOA 2OEAX 2F2QA 1XFPL 5C6LA 2X0AA 1LMTA 2D6BA 1L77A 205LA 4YM8A 5F14A 1GPQC 2OE9X 2A4TA 1B7SA 1TEWA 257LA 4NHSA 1BGIA 1AT6A 5KXTA 1P64A 5KXNA 1IP5A 1F6SA 1PQIA 1W08A 2BQKA 2HEFA 164LA 3HUKA 217LA 4EKRA 1LSCA 3WVYA 1IWZA 1B7OA 1B2KA 1LGWA 1L08A 1QTEA 4WLDA 3WUAA 1GF4A 3LZMA 1L66A 110LA 1L52A 2DQGY 4KPMA 3WPJA 6LZMA 3TXIA 1JJ0A 1LSBA 1AM7A 170LA 2RB1X 1IR8A 1LMNA 2RBOA 1P36A 3BKVA 3HT6A 3V2WA 1WQQA 3HT7A 3A6CY 3SB7A 1BB6A 2N5ZA 2ZIKA 5EBHA 153LA 1LMQA 1G0LA 4HJVA 4WM4A 1HFZA 2HEBA 1C65A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3J6K A;  154L A;  3B6L A;  4G9S A;  4H91 A;  3B0I A;  4PPO A;  1GB5 A;  1C46 A;  3AZ5 A;  5L3H A;  1NBY C;  1LYZ A;  1GF9 A;  2DKV A;  3N9C A;  2EPE A;  4H8Y A;  1LJF A;  4HPE A;  4N0J A;  4WM1 A;  3A95 A;  5LAG A;  4TUN A;  3T36 A;  1IC5 Y;  3A91 A;  4O34 A;  2MEC A;  3TXD A;  4R0F A;  3A3R X;  1LJN A;  4E3U A;  5HMV A;  1VFB C;  1LJ3 A;  5LIN A;  1JJ3 A;  1XGP C;  1QDT A;  1UIE A;  1LZN A;  4DT3 A;  1IP1 A;  4ETB A;  3E3D A;  1DPW A;  5I4X A;  5II3 A;  1LHI A;  2BLY A;  1IWW A;  1YAM A;  4LT2 A;  1UAC Y;  1B7N A;  1GBS A;  4NSJ A;  5KXZ A;  1GE4 A;  1LJE A;  4NEB A;  5KJ9 A;  1ZV5 L;  5KY1 A;  1REM A;  4NG1 A;  1GBW A;  1C45 A;  3VWO A;  5FEL A;  3B0O A;  1CJ9 A;  2F4G A;  4YEO A;  1LJG A;  1HNL A;  4NGI A;  3AB6 A;  1BHZ A;  3A6B Y;  2DQA A;  1GB3 A;  2Y8P A;  1DPX A;  2RSC A;  1GAY A;  5B06 A;  3RZ4 A;  1DQJ C;  2Q0M X;  3AYQ A;  2BQM A;  2YVB A;  2H9J A;  5KXR A;  1OUH A;  1OUI A;  5D5C A;  1RE2 A;  1OUE A;  1JIY A;  4QEQ A;  4W94 A;  1GBO A;  5F9U A;  1LHK A;  4EMN A;  1INU A;  2HEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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