1GBWA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWIAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbwA00
3WPLA 1XEJA 3A34A 1GBWA 2D4KA 1UICA 1GDXA 4YOPA 2Z18A 1JJ1A 4QGZA 1GFHA 1B7MA 1JISA 4GLVA 1UIHA 2F2NA 2YBMA 5KXTA 2Q0MX 1BHZA 1UACY 1B7SA 2WARA 3HBEX 4J1BA 1IOTA 4WM3A 5F9UA 2YBNA 3SP3A 1YANA 1LZDA 2MEEA 1B7QA 1ZVHL 2LYOA 4NSJA 5LVIA 4GCEA 3EO5A 3CQLA 1GF7A 4XENA 1UIFA 4N1EI 1CKFA 193LA 1GFGA 1LJKA 1LSDA 1QIOA 5HNCA 1WVVA 5KXXA 1IWUA 1UC0A 4LT1A 5L9JA 3P64A 207LA 1IWTA 1LHKA 3LYOA 2YVBA 1BB3A 3WXUA 1YAMA 4XJIA 3J4GA 4EOFA 1LSNA 3TXBA 1LZ9A 154LA 6LYZA 1GFUA 2CDSA 4H92A 2BQEA 2HEFA 1TBYA 2NWDX 5B1GA 3TXDA 3W6AA 3AB6A 1IOSA 2ZQ3A 2Z2EA 3A8ZA 3W6DA 3W6BA 2G4PA 1OUHA 3WH1A 3WVXA 1WQRA 3AW6A 1QDRA 1V7SA 194LA 1B9OA 1JKDA 2HEBA 3W3EA 4B1AA 4XJFA 4CJ2A 1GB8A 5LAGA 5LAFA 3QNGA 3A3RX 3ATNA 1AT5A 1BWHA 1LSMA 3A6CY 3M3UA 4YEMA 1HC0A 1GPQC 1IP7A 1WQPA 3FI7A 4HJVA 4KXIA 5LVKA 5I54A 2EKSC 1NBYC 1LZ5A 1SQ2L 2DQHY 1P2CC 3WMKA 1LZYA 1D0MA 2D4IA 4NFVA 5DN4A 5APDA 3P4ZA 2DQCY 1CKCA 1GE0A 135LA 1RFPA 2BQLA 5FDJA 4DD9A 3OK0A 1GFJA 3B6LA 1IOCA 3CB7A 5LVGA 4RW2A 1QQYA 4G49A 4AXTA 1HHLA 4DDCA 1BVKC 1XGUC 2I26L 4LYCA 1UIEA 2HUBA 2IHLA 1BGIA 5C6IA 4XJGA 1LTMA 4J1AA 4NY5A 4B49A 3WUAA 4WO6A 1XGPC 1WQQA 3W6CA 1LMTA 4NHIA 5ILCA 1IX0A 4OWBA 4UWNA 1G7HC 1JTTL 1LJIA 3QY4A 4QDNA 1AKIA 1LMCA 4DWXA 1G7IC 4OWCA 1QDTA 3AZ6A 1N4FA 3TXGA 1GFRA 1YAQA 1RCMA 1I20A 3D9AC 5ILFA 1IVMA 3EBAB 4ZIXA 4OWAA 1DQJC 1LYYA 4G4CA 2HU3A 1IWZA 1JIYA 1QTEA 5FHWA 1WQNA 1JEFA 1DPXA 3CT1A 4B4JA 1GBZA 3W6FA 4BADA 5KXRA 3G3AB 1LSEA 2PC2A 4TWSA 2B5ZA 5D5CA 1CKGA 3AGHA 2LZ2A 4A7DA 5IELA 2I6ZA 1CNSA 1IY4A 4BAPA 4LYZA 4WLTA 4WM6A 4DDAA 2DQEY 1GB7A 1GE4A 1OUEA 3ULRA 1ZMYL 2MEGA 1GFTA 1JITA 2LHMA 1GBYA 5KXPA 2CGIA 1NF5A 4HPIA 1GE1A 2W1YA 3BKVA 5I53A 2BQBA 1G7JC 1B7NA 1JSFA 5APEA 5LYTA 2BQJA 1LKSA 5F16A 1KXYA 1HEWA 1GB0A 1O23A 5KXMA 1VDSA 4NHPA 1REMA 5APCA 1KXXA 4YM8A 1IY3A 4WM2A 5KJ9A 1E8LA 1H6MA 1HEPA 1LSBA 2FBDA 4C3WA 4Z3MA 1NDMC 5KKIA 1XGRC 5A3EA 1GF9A 3D3DA 4ZEEA 3TMXA 1YROA 4YEOA 4RDSA 4WLXA 4NSGA 1G7LC 4ET8A 4HJZA 1QTKA 3RNXA 4RW1A 3QE8A 3GXKA 1SLYA 4C5FA 1NMMA 4HJYA 1WQOA 2XBRA 3WU7A 3K3TA 4L41A 1LZ8A 3A95A 4I8SA 1YAPA 4LFXA 1IP5A 5B59A 5EBHA 5IDDA 1B5WA 4LYTA 2F30A 4DD0A 2BPUA 3LHMA 4NG8A 2A7FA 4TSBA 1BB7A 1DI3A 1AM7A 1AZFA 1JKBA 1MELL 1NDGC 2MEFA 2Z38A 1YKXX 3CT5A 4H8YA 5T3FA 5LINA 2Y8PA 4XN6A 2H5ZA 1LZCA 4NSHA 4LYMA 1V7TA 1AT6A 5I5QA 3MGWA 5LVHA 1Z55A 4H9IA 4RLMA 4NG1A 2GV0A 3WXTA 5HMVA 3T6UA 4DC4A 2XTHA 1JKCA 2H9JA 1FLYA 1IO5A 4HV2A 1GXV2 1NKHA 4FDYA 4H9EA 4NGWA 2EPEA 1LZEA 3HBHA 4DD3A 3T36A 1ZV5L 3LYMA 3WU8A 4J7VA 1BVXA 1LSFA 1GD6A 2EQLA 2YSSC 2HTXA 3M18B 1LYSA 1GWDA 1VATA 4ML7A 3RT5X 2BAAA 4PRUA 4PGJB 4KPMA 4TUNA 5KXNA 3TXEA 2ZIJA 3WPKA 5II3A 3WULA 1ZVYB 1LJHA 4LGKA 4XYYA 3AGGG 1YAOA 1IWWA 1QUTA 9LYZA 1IR8A 1RE2A 2HECA 3IJUA 2DQGY 6LYTA 4MCKA 2YBHA 1F6SA 1FBIX 1IWXA 1LPIA 1LZAA 4DD1A 4OWEA 5LVJA 1HERA 1GE3A 5HLLA 1RJCB 4B0DA 1WVUA 1YILA 4LZTA 1EQEA 4NSIA 1GF6A 4H94A 4H90A 3TMUA 5KXSA 5KXWA 2XJWA 4XJBA 1JJ0A 1INUA 1LHLA 1XGTC 1LJEA 2MECA 2G4NA 2Z12A 2CWIA 1A2YC 1FLQA 5AMYA 1LZ4A 3WUMA 1D0KA 3A93A 3BKHA 1IC5Y 4YENA 2EIZC 1UA6Y 4HTKA 4H93A 3WYHA 5B06A 4DD2A 1GE2A 4W96A 1PS5A 4CFOA 4UWVA 4B4EA 4TSCA 3TMVA 4YF2A 2ZYCA 1NWGA 1JJ3A 2HEAA 4XADA 1WTNA 1IP2A 4LFPA 2DKVA 2DQIY 2HEDA 1LHMA 4PPOA 2CJLA 3P68A 4WO9A 1JKAA 3TXHA 1PZYA 4WM4A 1GHLA 1REYA 1TDYA 2FYDA 2W1LA 3IJVA 4D9ZA 4WM1A 3B0IA 4DT3A 4BAFA 133LA 1FLUA 3TMWA 1C08C 4ETBA 3A90A 1BQLY 1LJJA 1NQIA 3LYZA 1UIAA 1LSAA 4GCDA 4W94A 1GDWA 4N9RA 1LZ1A 5DM9A 1OQMA 1D6PA 2DBTA 1XFPL 1VFBC 1GBOA 5C6JA 1OP9B 4NGYA 3TXJA 1IR7A 5JENB 1IR9A 1LZGA 3W6EA 3G3BB 1IC4Y 4NGLA 1CJ6A 1B0DA 1JUGA 1OUJA 5E9RA 4NHTA 4CFPA 1KIPC 3N9EA 4WOAA 1LSGA 2DQJY 1OUDA 1A4VA 1JTOL 1LZSA 1FKVA 1H87A 3AYQA 4IATA 4II8A 1GXXA 1LKRA 2ZQ4A 3N9CA 5B1FA 1GB5A 1GFEA 4HTQA 5HQ1A 1LJNA 1HFYA 1GFVA 4N5RA 1REZA 1BB5A 1W6ZA 3CSZA 1F0WA 3RZ4A 4O34A 4R0FA 4M4OA 5FEKA 4HP0A 4HV1A 1G7MC 1UBZA 1EQ4A 1HEMA 1QSWA 1XGQC 4OOOA 1GF5A 1EL1A 1IOQA 3LYTA 5F81A 4CHXA 3WPJA 1DZBX 1VAUA 4H9AA 3EMSA 4WL6A 1IORA 1KIRC 1FLWA 1D6QA 3HBDA 5KY1A 1JHLA 4M6DA 4ETDA 4ET9A 1GEZA 1LSCA 2MEHA 2BQOA 4OOTA 4PJ2C 2D91A 1J1OY 1LJ3A 4Z98A 4J0LA 3A91A 5M1YA 1HEQA 5LIOA 2ZNXY 5L3HA 5F14A 1GEVA 1MLCE 4NIJA 4AGAA 1GFAA 1UCOA 1GB9A 5KXYA 3B0KA 4LYBA 4BS7A 4ETCA 1LZ6A 1WTMA 1HNLA 4NHSA 4E3UA 1GB2A 4G4HA 1LMPA 3LZ2A 3RW8A 2H9KA 2ZWBA 3E3DA 2ZYPA 3IWRA 1T6VL 1UUZC 1QUSA 4WG1A 1D9UA 2LYZA 2I25L 4G4BA 4H9FA 1XSFA 1F10A 4TTDA 2YBIA 2C8PA 2BQFA 1DKJA 1IWYA 1HEOA 1LJ4A 1LOZA 4GN5C 4Z41A 5J7CA 4XJHA 1CKHA 1LHIA 4DYGA 1HENA 4IJ4A 153LA 4GCFA 2BQGA 3P66A 1LJFA 2HU1A 2DQDY 1I1ZA 2BQDA 1FN5A 1YL0X 1HFZA 2YDGA 1GAZA 1QSAA 3A67Y 4R6CA 1DI5A 1D0LA 1VDQA 4ZFPA 1IC7Y 1HSXA 3ATOA 1B2KA 4NWEA 4MSTA 4ETAA 3A6BY 1JSEA 1UIBA 3AZ7A 3B0OA 2Z39A 4NEBA 2MEIA 1BWJA 5D5FA 1YIKA 1GAYA 4ETEA 5B05A 1ALCA 5DN5A 2IFFY 4H9HA 1B7LA 2MEBA 1BB4A 5LA5A 5DLAA 3TXKA 3AGIA 4H9BA 4WM5A 4GCCA 4IASA 3OJPA 5B07A 2ZNWY 3A96A 4OWHA 1TEWA 2XBSA 4KT3A 1OUGA 1LMOA 1B5YA 1IEEA 4PRQA 5HNLA 4LT2A 3ZVQB 2HEEA 1CJ9A 4DD7A 3CSQA 2BLXA 1REXA 1IP6A 1CJ8A 4N0JA 2FBBA 1IP3A 1LCNA 4N1CC 1YKYX 1LAAA 2VB1A 2X0AA 7LYZA 1GF8A 1IIZA 1HMKA 5I4YA 4Z46A 2MEDA 5KXLA 1B5UA 4G9SA 3HFMY 2D4JA 3WUNA 3CSRA 1TCYA 2BQHA 4RLNA 1B5VA 5KXKA 4WL7A 1T3PA 4ANRA 3A3QA 4NGIA 1NHEA 4LT0A 2W1MA 4N8ZA 4U3XB 2N5ZA 5KKJA 4H8XA 4PHIA 1LZNA 5LYMA 1GBXA 2G4QA 4HTNA 1J1PY 3WU9A 3N9AA 1FKQA 3AW7A 8LYZA 1YKZX 4HPEA 2Z2FA 4H91A 4NWHA 2C8OA 1LZTA 5I4WA 4NGKA 4TX7A 4EMNA 4XJDA 5FSTA 134LA 1FDLY 1C10A 2LZTA 1GF4A 1LSYA 2W1XA 1LMAA 4WLDA 1KXWA 1RI8B 5L3IA 1LHJA 1HF4A 3CT0A 3AZ4A 3TXFA 1JWRA 1IP4A 3LN2A 2BQIA 1GF3A 3KAMA 2ZIKA 4QY9A 1C46A 1YQVY 3A92A 3B72A 5FCPA 2A7DA 1HFXA 4H1PA 4UWUA 1OUCA 1LZBA 1NBZC 1GB6A 2BLYA 1DPWA 2YBLA 1YL1X 1LMNA 2Z37A 5LXWA 1C45A 4GLAA 5LA8A 1B5XA 4NGJA 3WW6A 1DXJA 4OW1A 208LA 2DQAA 5I4XA 4GCBA 1J1XY 3AJNA 132LA 2MEAA 3AZ5A 3A94A 3EXDA 4H9CA 5FELA 5KXZA 3VWOA 4B4IA 1UIGA 1HMLA 4NGOA 1B7OA 1DKKA 4P2EA 5DL9A 3ZEKA 5K7OA 2F4AA 4WMGA 1LZRA 1TAYA 3WL2A 3WW5A 5A3ZA 3WVYA 5APFA 5HMJA 2FYCA 2ZILA 1OUBA 1OUAA 1C7PA 2AUBA 4QEQA 2D6BA 1HSWA 2YBJA 1GB3A 1IP1A 1JPOA 3LZTA 1LSPA 4NGVA 5F9XA 4NHQA 2RSCA 5KXOA 1VEDA 2F4GA 4H8ZA 1UIDA 1F6RA 5C6LA 1BB6A 1CJ7A 4KL7A 4FJRA 3GXRA 4CGEA 5IHGA 2BQMA 3RU5A 4I0CA 2BQKA 3J6KA 1DI4A 2DQFC 1VDTA 1HELA 1LYOA 4NGZA 4DDBA 1GBSA 1XEKA 3P65A 1OUFA 1GFKA 1W08A 5LYZA 1CKDA 1LMQA 4LT3A 1LSZA 4WLYA 1IWVA 1KIQC 1EQ5A 1BWIA 2LYMA 2BQAA 4GN4A 4LYOA 1VDPA 4WG7A 3FE0A 1JTPL 1LJGA 2BQCA 4GN3A 1LHHA 2Z19A 4HSFA 1LYZA 1OUIA 1B5ZA 1XEIA 4MR1A 5E4PA 3ZVQA 4X3BA 2BQNA 1C43A 1I56A 1WQMA 3TXIA 3F6ZA 1B7RA 1B7PA 1GF0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XEJA 4I7QA 1LGUA 1LGXA 1GBWA 1UICA 4YOPA 2Z18A 1GFHA 1JISA 3FI5A 3HBEX 4J1BA 1L35A 1C6IA 5F9UA 1L00A 4GCEA 1C6GA 1L02A 2IGCA 4N1EI 193LA 7LZMA 1IWUA 1UC0A 1G0MA 205LA 5L9JA 1IWTA 1BB3A 1YAMA 4XJIA 3SB5A 3SBAA 2CDSA 1K28A 2HEFA 2NWDX 5B1GA 1QUDA 1IOSA 2G4PA 3WH1A 1T8AA 2B72A 1V7SA 1B9OA 255LA 1D3NA 1ZWNA 2Q9DA 3A3RX 3ATNA 3A6CY 1C6DA 1WQPA 3HWLA 1LGWA 1P2CC 3V2WA 2DQCY 1T8FA 3B6LA 3CB7A 4RW2A 1QQYA 1P6YA 1BVKC 209LA 3HTFA 3WUAA 4WO6A 1WQQA 1IX0A 4QDNA 1LMCA 4DWXA 3OE8A 1GFRA 3EBAB 1DQJC 1LYYA 4EJ4A 2HU3A 3C80A 3CT1A 4B4JA 3G3AB 4TWSA 2PC2A 2B5ZA 1CNSA 224LA 4DDAA 1GB7A 1LW9A 2LHMA 1LYDA 2B6YA 151LA 3FADA 1L14A 1C6KA 5F16A 1L24A 1O23A 5KXMA 1L98A 141LA 212LA 1REMA 1D2YA 1KXXA 1E8LA 4Z3MA 1DYBA 1L27A 4EPFA 4YEOA 1L72A 1QSBA 1P3NA 4ET8A 4HJZA 1C6FA 3RNXA 4RW1A 4C5FA 3A95A 4LFXA 1IP5A 4DD0A 3HH5A 1CX7A 1T8GA 2MEFA 2Z38A 4H8YA 1L68A 4NSHA 1AT6A 5LVHA 3MGWA 4H9IA 4RLMA 3WXTA 3T6UA 2XTHA 4W53A 4HV2A 4H9EA 3QAKA 4DD3A 1ZV5L 3LYMA 1L0JA 1BVXA 1GD6A 2YSSC 1CV6A 1LYSA 4ML7A 3HTGA 3WULA 1L0KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WPL A;  1XEJ A;  3A34 A;  1GBW A;  2D4K A;  1UIC A;  1GDX A;  4YOP A;  2Z18 A;  1JJ1 A;  4QGZ A;  1GFH A;  1B7M A;  1JIS A;  4GLV A;  1UIH A;  2F2N A;  2YBM A;  5KXT A;  2Q0M X;  1BHZ A;  1UAC Y;  1B7S A;  2WAR A;  3HBE X;  4J1B A;  1IOT A;  4WM3 A;  5F9U A;  2YBN A;  3SP3 A;  1YAN A;  1LZD A;  2MEE A;  1B7Q A;  1ZVH L;  2LYO A;  4NSJ A;  5LVI A;  4GCE A;  3EO5 A;  3CQL A;  1GF7 A;  4XEN A;  1UIF A;  4N1E I;  1CKF A;  193L A;  1GFG A;  1LJK A;  1LSD A;  1QIO A;  5HNC A;  1WVV A;  5KXX A;  1IWU A;  1UC0 A;  4LT1 A;  5L9J A;  3P64 A;  207L A;  1IWT A;  1LHK A;  3LYO A;  2YVB A;  1BB3 A;  3WXU A;  1YAM A;  4XJI A;  3J4G A;  4EOF A;  1LSN A;  3TXB A;  1LZ9 A;  154L A;  6LYZ A;  1GFU A;  2CDS A;  4H92 A;  2BQE A;  2HEF A;  1TBY A;  2NWD X;  5B1G A;  3TXD A;  3W6A A;  3AB6 A;  1IOS A;  2ZQ3 A;  2Z2E A;  3A8Z A;  3W6D A;  3W6B A;  2G4P A;  1OUH A;  3WH1 A;  3WVX A;  1WQR A;  3AW6 A;  1QDR A;  1V7S A;  194L A;  1B9O A;  1JKD A;  2HEB A;  3W3E A;  4B1A A;  4XJF A;  4CJ2 A;  1GB8 A;  5LAG A;  5LAF A; 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 4H1P A;  4UWU A;  1OUC A;  1LZB A;  1NBZ C;  1GB6 A;  2BLY A;  1DPW A;  2YBL A;  1YL1 X;  1LMN A;  2Z37 A;  5LXW A;  1C45 A;  4GLA A;  5LA8 A;  1B5X A;  4NGJ A;  3WW6 A;  1DXJ A;  4OW1 A;  208L A;  2DQA A;  5I4X A;  4GCB A;  1J1X Y;  3AJN A;  132L A;  2MEA A;  3AZ5 A;  3A94 A;  3EXD A;  4H9C A;  5FEL A;  5KXZ A;  3VWO A;  4B4I A;  1UIG A;  1HML A;  4NGO A;  1B7O A;  1DKK A;  4P2E A;  5DL9 A;  3ZEK A;  5K7O A;  2F4A A;  4WMG A;  1LZR A;  1TAY A;  3WL2 A;  3WW5 A;  5A3Z A;  3WVY A;  5APF A;  5HMJ A;  2FYC A;  2ZIL A;  1OUB A;  1OUA A;  1C7P A;  2AUB A;  4QEQ A;  2D6B A;  1HSW A;  2YBJ A;  1GB3 A;  1IP1 A;  1JPO A;  3LZT A;  1LSP A;  4NGV A;  5F9X A;  4NHQ A;  2RSC A;  5KXO A;  1VED A;  2F4G A;  4H8Z A;  1UID A;  1F6R A;  5C6L A;  1BB6 A;  1CJ7 A;  4KL7 A;  4FJR A;  3GXR A;  4CGE A;  5IHG A;  2BQM A;  3RU5 A;  4I0C A;  2BQK A;  3J6K A;  1DI4 A;  2DQF C;  1VDT A;  1HEL A;  1LYO A;  4NGZ A;  4DDB A;  1GBS A;  1XEK A;  3P65 A;  1OUF A;  1GFK A;  1W08 A;  5LYZ A;  1CKD A;  1LMQ A;  4LT3 A;  1LSZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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