1GBXA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWLAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbxA00
1RJCB 1IY3A 1SQ2L 3TMVA 1GFHA 134LA 4Z41A 2B5ZA 3W6DA 1GFUA 1TEWA 4C5FA 1WVUA 5KXNA 3WMKA 4WO9A 4WL6A 1QUTA 3TXIA 1WQQA 1B9OA 1LSAA 2BQOA 2XJWA 1HMKA 2YBMA 2EKSC 2Z37A 3W3EA 4CFPA 1JKAA 1B5WA 5APCA 1D6PA 3W6AA 1GF4A 1NMMA 1QIOA 3TXKA 5LAFA 1CJ6A 1T6VL 2I26L 4HSFA 1HNLA 1OP9B 5E9RA 4QDNA 1IOCA 4DDCA 1GDXA 4G9SA 1IEEA 4II8A 1W6ZA 3AGGG 5I5QA 1GFRA 1CKFA 3LHMA 1GFJA 1HERA 1BWJA 1YQVY 1IWYA 2ZQ3A 3LN2A 3RW8A 5FCPA 4MSTA 2I6ZA 2CDSA 4RW1A 1AM7A 5A3EA 5D5CA 3AZ6A 1C43A 4G4BA 1LMPA 1LHIA 5F16A 4B4IA 3LYMA 1LTMA 1B7NA 3HBEX 3WU8A 2W1XA 1NQIA 4BS7A 154LA 1I1ZA 1GF7A 1XGRC 1DI3A 2DKVA 4XYYA 1B0DA 4A7DA 5ILCA 1C45A 2ZILA 4WM6A 3WUAA 1HMLA 5KXWA 1OUDA 5HMVA 1NHEA 1QQYA 5KXRA 1IWTA 4NIJA 1KXWA 4NHPA 1BVXA 1IR9A 1D0KA 1WTNA 1XGUC 2MEHA 3B0KA 3M3UA 4ETAA 2BQHA 1P2CC 4WM4A 3WPKA 1V7SA 1LZYA 2MEDA 5B1GA 1GE1A 1LSEA 3A91A 1B5YA 3QNGA 2AUBA 1CKCA 1JUGA 1B7LA 2DQEY 1GBZA 4OWCA 1LOZA 1AT5A 3ULRA 2WARA 4AXTA 1LHJA 4G4HA 1F0WA 2BQLA 4NY5A 1YAPA 5KXZA 1GWDA 4WM1A 1LSBA 1GB9A 1NKHA 1IC5Y 3B0OA 1F6RA 1YKYX 3WXTA 3T6UA 4WL7A 4HJYA 4B1AA 1CKGA 1YAOA 1GE3A 3EMSA 4DD7A 4HV1A 5L3IA 1FLQA 1YAQA 4H91A 4NGJA 1XEKA 4XJIA 2FYDA 1QUSA 1BB4A 4QEQA 1HF4A 1UIDA 1LSCA 4NGKA 1GHLA 1GF0A 4WLYA 3WVYA 3T36A 3WUMA 5B05A 5KKJA 2HEAA 1YL0X 1GFKA 3CT0A 2EQLA 4NEBA 2LHMA 3TMXA 1AKIA 3RNXA 1VDSA 1LZBA 3HBHA 4ZFPA 2D4KA 2YBJA 5L3HA 4MCKA 1GB0A 2YBNA 5LIOA 4D9ZA 4G4CA 194LA 4XJDA 1REMA 2EIZC 4XJGA 4NGOA 4YOPA 3D3DA 2F2NA 1GFVA 4U3XB 1XGPC 4BADA 4RW2A 1CKHA 4ZEEA 1FN5A 1OUEA 2LYOA 1UIGA 1YL1X 4KPMA 2YSSC 4I8SA 2ZWBA 4XADA 1YKZX 2EPEA 3BKVA 1G7HC 3RT5X 2W1YA 2LZTA 3A93A 5APFA 2LYZA 4LYOA 4NSGA 4UWVA 1JHLA 4W94A 4BAPA 1LAAA 2H9KA 1D0LA 1LYYA 5LINA 133LA 2HEBA 1GBSA 3A94A 3WW5A 1MELL 1IX0A 2XBRA 3CSZA 5FSTA 3WU9A 2Z39A 3A3RX 4GN3A 4GCBA 1I56A 3FI7A 2BQDA 4DD3A 4E3UA 2W1LA 5ILFA 1FLYA 1GEVA 4TTDA 5KJ9A 1UICA 5HQ1A 4IASA 3IJUA 3LYOA 4WLXA 4DD0A 1OUIA 1XSFA 1IR8A 7LYZA 2MEAA 2HUBA 4Z46A 2CWIA 1LMOA 3TXFA 3HFMY 3LZTA 1B5UA 1NWGA 3EO5A 1GF9A 1LJHA 4NHQA 1LZ8A 5FELA 3AGHA 1GFAA 1LHLA 1UA6Y 2D6BA 4CGEA 3B72A 4YF2A 2I25L 1GF5A 4KL7A 4PJ2C 1LJKA 5B1FA 4OWHA 4ETBA 1N4FA 1ZVHL 1T3PA 3AJNA 5LVKA 1XGTC 4DWXA 9LYZA 1OUCA 3WU7A 1W08A 4PHIA 4LGKA 3BKHA 2F30A 1TAYA 5F14A 5B06A 4B0DA 3RU5A 2XBSA 4LT3A 4N0JA 1C10A 4H90A 2Z2EA 4EOFA 2BPUA 2GV0A 1HEOA 2VB1A 4PGJB 2HEFA 1GE2A 1WQPA 2ZIKA 5KXMA 5DN5A 1B7RA 4NGZA 2YVBA 1GB6A 1B7MA 1D6QA 4NGLA 2F4AA 4OOTA 5I4WA 3OK0A 5LYTA 4HPIA 2BQMA 1GBXA 1GE0A 5AMYA 4LYZA 4OWBA 1HEWA 1LJ4A 3W6BA 1UBZA 3WULA 1C7PA 4ANRA 1A4VA 1HFZA 1LJJA 1IVMA 5KXSA 4CJ2A 1VDTA 1E8LA 2D4IA 4YM8A 3P68A 1JEFA 1LZ5A 3P65A 4IJ4A 2YBIA 4H9CA 2DBTA 4N8ZA 1CNSA 4ET8A 1LSZA 2H5ZA 1HENA 2MEBA 1JWRA 1VEDA 2DQCY 4GCCA 3W6FA 5C6JA 4HPEA 153LA 4FDYA 3TMWA 4NWHA 1NDMC 1JJ3A 1HFYA 2MEIA 2Z2FA 4YEOA 5EBHA 1GF8A 2BLXA 4ETEA 5I4XA 1ZVYB 1LSGA 1BB6A 1JKBA 1GB7A 1LZ4A 1LZSA 1H87A 1MLCE 1LZ6A 5IDDA 5KXOA 2LYMA 4H9EA 1IP6A 2YDGA 2FYCA 4LYBA 3A8ZA 5E4PA 3RZ4A 1LHHA 1IWWA 1JSEA 1UIEA 4NGIA 5FHWA 1GB2A 1GFGA 1GXV2 4LYMA 1PS5A 2Q0MX 4N1CC 4WG7A 1CJ8A 4QY9A 1BWIA 1UIHA 207LA 5LYMA 3CT1A 3EXDA 5T3FA 1QDRA 4NGWA 4XJHA 4TSCA 1B7QA 2ZYCA 4H9AA 1HSXA 1GB3A 2HECA 2Z18A 4YENA 3G3AB 1IP3A 2G4PA 1IOQA 1LJEA 1XEIA 2NWDX 4RLMA 5KXLA 5I4YA 4UWNA 3WUNA 1V7TA 5DL9A 1GBWA 4H8XA 3TXEA 4GLVA 2H9JA 1BHZA 2YBLA 3N9AA 1G7LC 1GDWA 4TUNA 5IELA 5JENB 1UIBA 2CJLA 4N9RA 1FDLY 2LZ2A 2Z12A 4HTNA 4AGAA 5C6LA 1KXXA 3GXRA 4DD1A 1LSPA 5LVJA 4NWEA 1ZV5L 1LSDA 4WM2A 3N9CA 1RI8B 3B6LA 1NDGC 4GLAA 2BQGA 2HU3A 3J6KA 1LJNA 208LA 4EMNA 1JSFA 3QY4A 4LYCA 4WLDA 3A34A 2IHLA 1B7SA 1SLYA 2BLYA 4HTKA 5F81A 1LKRA 3FE0A 4BAFA 2BQFA 4TSBA 1LMNA 1G7IC 1YIKA 1LSNA 1IC4Y 2BQBA 4LZTA 5LVIA 4WM5A 3WVXA 2Z19A 1NBYC 1YROA 1GAYA 1D0MA 4GCDA 2MEFA 3AZ7A 1JTTL 1IOTA 1YAMA 3AZ5A 4H8YA 4XN6A 4OWAA 4DT3A 4WMGA 4ET9A 1BGIA 1CKDA 1DQJC 4X3BA 1LJFA 5I54A 4NGVA 2DQGY 2X0AA 1B5ZA 4J1BA 4OWEA 1IO5A 2C8PA 2G4QA 4IATA 5DN4A 3GXKA 1IWXA 1D9UA 1H6MA 4XJBA 1AT6A 1LZNA 4DDBA 1IP5A 1F6SA 5J7CA 1LZCA 1FKQA 1EQ5A 4LYTA 5DM9A 4LFXA 4Z3MA 2MEEA 1C08C 1FLUA 2A7FA 1WVVA 3W6EA 1LPIA 4DC4A 3A90A 1UCOA 4G49A 1B7OA 3A96A 1IIZA 4L41A 1A2YC 2A7DA 1GB5A 1ZMYL 4H8ZA 4R0FA 1BWHA 1LJIA 1LZRA 1G7MC 4LT0A 1UIFA 4LT1A 1JITA 1REZA 4O34A 3TXGA 2ZNXY 4N5RA 4WLTA 5HNCA 4H9BA 2W1MA 2ZNWY 1NF5A 1LZDA 1QTKA 4KXIA 5D5FA 3D9AC 1GFEA 1LZ9A 5HLLA 1GXXA 1IWUA 3P66A 1LMQA 4RDSA 1LZTA 1OUAA 3A67Y 4J7VA 4ML7A 3WYHA 3ZVQA 2BQIA 1GD6A 1KXYA 3WW6A 1LMCA 4B4JA 1TBYA 2BQAA 3B0IA 3OJPA 3W6CA 1GE4A 1OUJA 3AGIA 4B4EA 4DD9A 1YILA 1HEPA 1IORA 1JJ0A 1RE2A 4MR1A 3TXBA 1GFTA 1LZAA 1IC7Y 1JTPL 2ZQ4A 3IJVA 3LZ2A 1QTEA 1XEJA 5LVHA 4C3WA 1VAUA 1F10A 1NBZC 2ZIJA 2F4GA 1LJ3A 3A6BY 4GCEA 4HJZA 1KIPC 4OW1A 1LHMA 1LSFA 4PRUA 1J1XY 4NSIA 3LYTA 4CFOA 4Z98A 2ZYPA 3CT5A 5I53A 1DKJA 3WPLA 4I0CA 1BQLY 2Z38A 1RFPA 2BQNA 4H1PA 3AW6A 1IWVA 3TXJA 1EQEA 135LA 4J1AA 5M1YA 1BB5A 5B07A 1GEZA 4NHIA 5KKIA 5KY1A 4NG8A 1IOSA 1HHLA 4HP0A 1VDPA 2D4JA 2BQEA 1OUHA 3AYQA 5KXYA 3VWOA 1YKXX 4YEMA 1KIQC 193LA 2FBDA 1JTOL 4M6DA 3P64A 1OUBA 4DDAA 2MECA 1EQ4A 1REXA 1WTMA 3CSQA 4ZIXA 5B59A 1JPOA 3WPJA 1B7PA 1TDYA 1GBYA 5HMJA 4DYGA 1LYSA 3F6ZA 6LYZA 2HU1A 1O23A 1INUA 1GAZA 1PZYA 2BQKA 5F9XA 4NSHA 4NGYA 3A6CY 1FBIX 4LT2A 1HEQA 4KT3A 2N5ZA 4PPOA 1YANA 1B5XA 1LZGA 2C8OA 3CQLA 1UC0A 1VFBC 5LA5A 1FLWA 4WM3A 1J1PY 4HV2A 4NG1A 5F9UA 4GN5C 4P2EA 2PC2A 2BQCA 1JJ1A 5LAGA 5A3ZA 5HNLA 5KXKA 4GN4A 1LSMA 1XGQC 3P4ZA 2FBBA 4H94A 4ETDA 2HEEA 3N9EA 1BB7A 3A92A 1IY4A 2RSCA 4NHSA 5KXXA 3MGWA 3A3QA 4WG1A 5LXWA 2DQDY 4H92A 5LYZA 1OQMA 4NSJA 3TMUA 1DI5A 5APDA 1UIAA 1AZFA 4R6CA 2BQJA 5LVGA 4TWSA 3CSRA 1IP4A 2DQAA 3WXUA 1JKCA 3WH1A 4H9IA 4NHTA 1HSWA 1LCNA 1LZ1A 1REYA 2HTXA 2G4NA 5C6IA 4HJVA 1XFPL 1IR7A 1WQOA 4RLNA 1TCYA 1RCMA 4FJRA 4H93A 6LYTA 1HELA 3K3TA 2DQIY 3ATOA 1WQNA 4QGZA 4M4OA 1B2KA 1UUZC 5LA8A 1I20A 2DQFC 4CHXA 1GF3A 1LZEA 3SP3A 1GF6A 3G3BB 4N1EI 1LSYA 1DPWA 4ETCA 1LHKA 2CGIA 2Y8PA 1EL1A 1HC0A 2D91A 1J1OY 2DQJY 3AW7A 4LFPA 3ZEKA 1QDTA 1C46A 4H9FA 1GB8A 5II3A 5L9JA 1GPQC 4TX7A 1GBOA 1OUFA 2DQHY 4WO6A 5KXPA 1IP7A 3J4GA 3CB7A 2IFFY 3ATNA 1OUGA 1LKSA 1LMAA 3A95A 3TXHA 1B5VA 2BAAA 2MEGA 3M18B 4HTQA 3HBDA 1DXJA 1WQMA 1LMTA 1LYOA 1BB3A 1IWZA 1VATA 4XENA 5APEA 3ZVQB 1UACY 4OOOA 1FKVA 1IP1A 1VDQA 1JIYA 4NFVA 1WQRA 3AZ4A 3WL2A 4W96A 4J0LA 4DD2A 5K7OA 5DLAA 3AB6A 1JISA 1LJGA 4H9HA 1G7JC 3E3DA 1DZBX 1QSWA 3QE8A 5KXTA 1BVKC 3EBAB 8LYZA 5IHGA 4GCFA 2YBHA 1KIRC 1ALCA 4WOAA 1DKKA 5FEKA 1DI4A 1CJ9A 1IP2A 4UWUA 3KAMA 1Z55A 1LYZA 1CJ7A 3IWRA 4PRQA 3LYZA 2HEDA 1QSAA 132LA 4B49A 5FDJA 1JKDA 3TXDA 4XJFA 2XTHA 1DPXA 1HFXA 1HEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RJCB 1IY3A 3TMVA 4Z41A 1QUDA 3W6DA 4C5FA 1CV0A 5KXNA 2RB2X 3TXIA 1B9OA 2XJWA 2YBMA 182LA 3W3EA 3W6AA 3TXKA 3NY8A 1T8AA 1T6VL 4HSFA 2I26L 3HU8A 145LA 5E9RA 4QDNA 1IEEA 4II8A 1W6ZA 1GFRA 3CDTA 1L79A 3LHMA 2ZQ3A 2HULA 5A3EA 5F16A 1L57A 1PQDA 3WU8A 4BS7A 1I1ZA 1C45A 1L45A 2ZILA 3HTBA 5KXRA 4NIJA 2B72A 2B73A 223LA 1P2CC 1L53A 1LZYA 1GE1A 3QNGA 1CKCA 1GBZA 1G0LA 4AXTA 1LHJA 200LA 4G4HA 1F0WA 2BQLA 4NY5A 1YAPA 5KXZA 1GB9A 4HJYA 1CKGA 4DD7A 4HV1A 4H91A 2B74A 1HF4A 1UIDA 4NGKA 3L2XA 3WUMA 5B05A 1LYJA 3TMXA 1VDSA 1D2YA 4YOPA 3D3DA 1XGPC 1CKHA 3HH4A 1UIGA 4XADA 1KW5A 3BKVA 157LA 2W1YA 4NSGA 1L58A 5LINA 255LA 3A94A 1C6AA 1CX7A 1IX0A 2XBRA 3WU9A 1LGXA 1I56A 235LA 4GCBA 4DD3A 4E3UA 1FLYA 174LA 201LA 1L24A 1L28A 1OUIA 1IR8A 3FI5A 2CWIA 1NWGA 1GF9A 1LJHA 5FELA 1OV7A 167LA 1D3MA 5B1FA 1DYAA 251LA 4LGKA 1JTNA 3PDSA 4LT3A 4N0JA 4H90A 2Z2EA 2BPUA 2GV0A 4PGJB 2VB1A 1GE2A 4NGLA 1ZWNA 1B7MA 1D6QA 241LA 3L64A 1GBXA 3HT7A 1LJ4A 1QT3A 4S0WA 205LA 4W54A 2D4IA 4YM8A 3GUJA 3HUAA 3HTGA 108LA 3HUQA 1HENA 1LI3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RJC B;  1IY3 A;  1SQ2 L;  3TMV A;  1GFH A;  134L A;  4Z41 A;  2B5Z A;  3W6D A;  1GFU A;  1TEW A;  4C5F A;  1WVU A;  5KXN A;  3WMK A;  4WO9 A;  4WL6 A;  1QUT A;  3TXI A;  1WQQ A;  1B9O A;  1LSA A;  2BQO A;  2XJW A;  1HMK A;  2YBM A;  2EKS C;  2Z37 A;  3W3E A;  4CFP A;  1JKA A;  1B5W A;  5APC A;  1D6P A;  3W6A A;  1GF4 A;  1NMM A;  1QIO A;  3TXK A;  5LAF A;  1CJ6 A;  1T6V L;  2I26 L;  4HSF A;  1HNL A;  1OP9 B;  5E9R A;  4QDN A;  1IOC A;  4DDC A;  1GDX A;  4G9S A;  1IEE A;  4II8 A;  1W6Z A;  3AGG G;  5I5Q A;  1GFR A;  1CKF A;  3LHM A;  1GFJ A;  1HER A;  1BWJ A;  1YQV Y;  1IWY A;  2ZQ3 A;  3LN2 A;  3RW8 A;  5FCP A;  4MST A;  2I6Z A;  2CDS A;  4RW1 A;  1AM7 A;  5A3E A;  5D5C A;  3AZ6 A;  1C43 A;  4G4B A;  1LMP A;  1LHI A;  5F16 A;  4B4I A;  3LYM A;  1LTM A;  1B7N A;  3HBE X;  3WU8 A;  2W1X A;  1NQI A;  4BS7 A;  154L A;  1I1Z A;  1GF7 A;  1XGR C;  1DI3 A;  2DKV A;  4XYY A;  1B0D A;  4A7D A;  5ILC A;  1C45 A;  2ZIL A;  4WM6 A;  3WUA A;  1HML A;  5KXW A;  1OUD A;  5HMV A;  1NHE A;  1QQY A;  5KXR A; 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 1HSW A;  1LCN A;  1LZ1 A;  1REY A;  2HTX A;  2G4N A;  5C6I A;  4HJV A;  1XFP L;  1IR7 A;  1WQO A;  4RLN A;  1TCY A;  1RCM A;  4FJR A;  4H93 A;  6LYT A;  1HEL A;  3K3T A;  2DQI Y;  3ATO A;  1WQN A;  4QGZ A;  4M4O A;  1B2K A;  1UUZ C;  5LA8 A;  1I20 A;  2DQF C;  4CHX A;  1GF3 A;  1LZE A;  3SP3 A;  1GF6 A;  3G3B B;  4N1E I;  1LSY A;  1DPW A;  4ETC A;  1LHK A;  2CGI A;  2Y8P A;  1EL1 A;  1HC0 A;  2D91 A;  1J1O Y;  2DQJ Y;  3AW7 A;  4LFP A;  3ZEK A;  1QDT A;  1C46 A;  4H9F A;  1GB8 A;  5II3 A;  5L9J A;  1GPQ C;  4TX7 A;  1GBO A;  1OUF A;  2DQH Y;  4WO6 A;  5KXP A;  1IP7 A;  3J4G A;  3CB7 A;  2IFF Y;  3ATN A;  1OUG A;  1LKS A;  1LMA A;  3A95 A;  3TXH A;  1B5V A;  2BAA A;  2MEG A;  3M18 B;  4HTQ A;  3HBD A;  1DXJ A;  1WQM A;  1LMT A;  1LYO A;  1BB3 A;  1IWZ A;  1VAT A;  4XEN A;  5APE A;  3ZVQ B;  1UAC Y;  4OOO A;  1FKV A;  1IP1 A;  1VDQ A;  1JIY A;  4NFV A;  1WQR A;  3AZ4 A;  3WL2 A;  4W96 A;  4J0L A;  4DD2 A;  5K7O A;  5DLA A;  3AB6 A;  1JIS A;  1LJG A;  4H9H A;  1G7J C;  3E3D A;  1DZB X;  1QSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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