1GBZA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWFAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbzA00
1LHMA 4H9CA 4OOTA 4HJVA 4XJFA 2I6ZA 3B6LA 3AGHA 1LYYA 5KXOA 3QE8A 4FJRA 1XEKA 1HC0A 3D9AC 3EXDA 3CSQA 4YF2A 1BB6A 1GF5A 1XFPL 4W94A 4TX7A 3HBDA 2LZ2A 4RLNA 4NGYA 4WLXA 4IJ4A 1DKJA 4GCCA 4NSHA 3ZVQA 1LMTA 1LZ8A 1JPOA 1IOSA 1B5YA 1IP1A 3M3UA 1RFPA 1TDYA 4NSGA 1G7LC 3M18B 3WYHA 4HPIA 4H8YA 1IP6A 4NGIA 4NGWA 3J6KA 1ZMYL 3TXBA 3WW5A 1GF6A 4C5FA 1GF0A 1BWHA 5B59A 1GDWA 1D0MA 1GFUA 2EPEA 1YILA 6LYTA 1JKDA 1LSDA 1LZTA 1TEWA 1JKBA 3W6CA 1VEDA 1IWUA 1B7RA 2BQBA 2MEFA 5I4XA 1GB6A 1UCOA 1BVKC 1CJ8A 2C8PA 1HMLA 1LMPA 3B0KA 4L41A 5FELA 1LJIA 5HMJA 3TMVA 3WUNA 3LYZA 4B49A 5B1GA 5C6LA 1LJJA 1XEIA 2D4IA 1XGPC 4LT1A 4UWVA 3W6AA 1GB9A 1VATA 2GV0A 1GF7A 1DXJA 3WXUA 4GN5C 135LA 4NSJA 1AT5A 2D6BA 1IWXA 4NHTA 2CJLA 1LJNA 4YOPA 3WVXA 1WQPA 1OUAA 3GXRA 5A3ZA 4WO6A 1UIGA 5E4PA 1JSFA 4DDAA 2EQLA 4BS7A 4TSCA 5F16A 1LJKA 1YAPA 1LMAA 4H9IA 1HEMA 3CB7A 4KPMA 1OUFA 208LA 3P68A 1OUEA 4WMGA 2A7FA 4R0FA 1GWDA 1REZA 2BQAA 5F9XA 1LKSA 1LMQA 2Z19A 4H9BA 4I0CA 4DD7A 1YKZX 1IVMA 1PZYA 1BQLY 1NHEA 1QSWA 1V7SA 1LZEA 1A2YC 3GXKA 1TBYA 1YQVY 1VDQA 1VDSA 5KJ9A 4ETAA 2BQEA 3AZ4A 3RNXA 1UIEA 1B7NA 2YBMA 1GF9A 4WM6A 2DBTA 1XSFA 1VFBC 4ETBA 5IDDA 1DI3A 5B06A 3TXIA 4I8SA 1SQ2L 1REYA 4GLVA 3WUMA 1YAOA 2BQFA 3FI7A 5KKIA 1KXWA 1B7QA 4Z46A 1B7PA 1GF4A 4H8ZA 2Z2EA 2DKVA 4AXTA 1GFGA 1HELA 2XBSA 1YL1X 1IX0A 4MR1A 4WG7A 1IOQA 1BB5A 5I53A 1J1XY 1LMCA 1GEZA 1LHLA 1MLCE 1YAMA 4HTQA 5KXLA 4XJDA 2W1MA 1LZ5A 1DI5A 1GF8A 1CKCA 1J1PY 2N5ZA 1HMKA 5I4WA 194LA 1GHLA 1LSPA 1LZ1A 1UACY 2Y8PA 3OJPA 4CFOA 5L9JA 3B0IA 4NFVA 1OUCA 1UIDA 3A96A 2HEBA 3CT1A 1F6SA 2ZYPA 4HSFA 5LVKA 5L3IA 3CSRA 1IP5A 3IWRA 1IWTA 3A93A 5EBHA 1GD6A 5KXNA 4ETDA 4CJ2A 4NGKA 1JJ0A 1B5XA 3WW6A 4GCBA 5LAGA 2BLYA 4NWHA 1LSYA 1B5ZA 1T6VL 3TMWA 4NWEA 1BGIA 1FN5A 1VDPA 1D6PA 3N9AA 1QTEA 2DQJY 1CJ6A 1LYZA 4DD0A 1GE0A 1T3PA 1B9OA 4MSTA 4DDCA 4DD1A 1AM7A 1GB3A 3D3DA 4WL6A 1OUBA 2Q0MX 2ZWBA 4HTKA 5IHGA 2YDGA 1BHZA 133LA 2ZYCA 1FLYA 1D0LA 1OUJA 2HEEA 2MEBA 4RLMA 4ZFPA 1LSBA 4NSIA 1KIRC 4LYOA 4ET8A 1LSEA 3K3TA 4OWCA 5C6JA 1GXV2 2LYZA 1INUA 1GB8A 2XBRA 4XYYA 1IOCA 4DYGA 4EMNA 4YENA 1WVUA 3MGWA 1GDXA 1IR9A 4XADA 1LZ6A 2MEHA 5J7CA 5DN4A 4HV2A 1YL0X 1PS5A 4NGOA 1AKIA 1C45A 4DT3A 3B72A 1NDGC 1IORA 4N1EI 1GE2A 1QDRA 3WPLA 1G7HC 1ALCA 2ZNWY 2BQHA 1UA6Y 2BQOA 5ILCA 2FBBA 1EL1A 2XTHA 1XGTC 5ILFA 1B7MA 1UUZC 2HU1A 3AJNA 1ZVYB 3BKVA 1GF3A 1XEJA 1GE4A 1NBZC 4G4CA 1LYOA 3RU5A 4WM4A 4NG8A 5DM9A 3RW8A 4ETEA 1QUSA 2IHLA 1KXXA 4WLDA 4II8A 1IP7A 1LZ4A 1UIAA 5DN5A 5II3A 1LJGA 4TWSA 1HFYA 5LA8A 5LVHA 1QDTA 1B5UA 3A91A 3W6BA 5B05A 1WTNA 3KAMA 1D6QA 1WVVA 1WQRA 2HEDA 4NGZA 1GB7A 3CT0A 1HFXA 5KXRA 4WO9A 5LVIA 5T3FA 1QTKA 3TMXA 2G4NA 1NMMA 3A90A 2YBLA 5KXKA 1EQ4A 1FKVA 1HEWA 4YEMA 1DZBX 3QY4A 4OWEA 3P4ZA 5FDJA 2CGIA 1IR7A 1YKYX 2PC2A 2MEGA 4DD2A 1BVXA 1G7JC 2Z37A 3A67Y 4PPOA 4N8ZA 1LZAA 3A3QA 4ET9A 5B07A 4GCDA 1NQIA 4FDYA 5LYTA 1GB2A 5HNCA 3WPJA 1I20A 1LJ3A 1MELL 1C10A 4HTNA 4NGLA 2NWDX 4WOAA 4H90A 1LJEA 2MEAA 5KXZA 5LA5A 9LYZA 4N5RA 5LYMA 4RW1A 3WU7A 3WUAA 5M1YA 3FE0A 4B0DA 1CKDA 2FYDA 1WQMA 1ZV5L 2W1YA 4J1BA 3WPKA 1EQEA 3W6FA 4GN4A 2HU3A 1LHHA 5FEKA 1BB7A 1GB5A 3WU8A 1LZCA 3WL2A 5K7OA 5F9UA 1LAAA 3WVYA 5HNLA 4E3UA 1LZGA 2LYMA 2Z39A 4D9ZA 1YROA 2EKSC 1C43A 1GXXA 1UICA 1DPXA 4H91A 2F4AA 134LA 1LSGA 2DQHY 5AMYA 3CT5A 4CFPA 2HTXA 4GN3A 1VDTA 1HSWA 3W6DA 2D4JA 4C3WA 4WM5A 5APDA 4J7VA 1ZVHL 1GBXA 4LZTA 5I54A 3A6BY 2Z12A 4TTDA 1NWGA 4OWAA 1UIBA 4QY9A 5APCA 4OWBA 1G7IC 3ULRA 4DC4A 4G49A 1JHLA 4ML7A 4Z3MA 4OW1A 1LMNA 5LAFA 1QSAA 5KXSA 4NHIA 1LJFA 3AGIA 4J1AA 4LYCA 1GFTA 1YKXX 1B5WA 3HFMY 1NKHA 1TAYA 1N4FA 2CWIA 3G3AB 4WLTA 1CKHA 2X0AA 5APEA 5DLAA 1GBZA 4ANRA 1LKRA 1HFZA 1BB3A 3A3RX 4HJZA 4N9RA 1UBZA 2BQNA 2YBNA 1REMA 1C46A 3EO5A 1IP2A 1FLQA 3N9CA 3AYQA 1IP4A 5APFA 4CHXA 1IR8A 193LA 1GPQC 4HV1A 5I4YA 5LIOA 1GFJA 2AUBA 1CJ9A 2RSCA 2BAAA 5KKJA 1GBYA 3E3DA 4NHPA 3LYMA 1JKCA 1YANA 5E9RA 1B7OA 1NDMC 1W08A 2D4KA 3AW6A 1FKQA 1VAUA 4H9HA 1UC0A 1B7SA 2HUBA 3LYTA 1JJ1A 3WU9A 1GE1A 1AZFA 4DWXA 4CGEA 4DD3A 1F6RA 1JITA 1H87A 1QQYA 2BLXA 2MEIA 4HJYA 154LA 2LZTA 3W6EA 1W6ZA 1RJCB 1CNSA 1IP3A 1IC5Y 1JKAA 2WARA 1HF4A 4WM2A 3WH1A 1BB4A 4NY5A 4PRQA 4LYBA 207LA 3TXDA 5IELA 1LSFA 3OK0A 4RDSA 4H9EA 3T36A 1IOTA 3B0OA 2B5ZA 1HEQA 2I25L 3P64A 3EMSA 4Z98A 3LYOA 1GFEA 3AB6A 1OUGA 4NHQA 5LVGA 1GFRA 4GCFA 1LTMA 4LT3A 1LSAA 1KIQC 1GFKA 5HMVA 1YIKA 3N9EA 1OQMA 1LSZA 3ZEKA 6LYZA 4BADA 5B1FA 2BQIA 2DQEY 1I56A 2CDSA 3A8ZA 5KXWA 1C08C 1IWYA 1IY4A 2BQDA 4H93A 4H9FA 1NF5A 1DKKA 1GE3A 4H9AA 4HPEA 4RW2A 3RT5X 1JWRA 1GB0A 1JSEA 1IWVA 4GCEA 4H92A 4LYMA 4MCKA 1REXA 5FHWA 3CSZA 4O34A 5FSTA 5LYZA 3TXJA 4EOFA 3AGGG 3CQLA 2BQJA 4NGJA 4XJIA 1Z55A 4J0LA 1B2KA 2Z2FA 4XENA 4G4BA 4NEBA 4M4OA 1LZNA 2BQKA 2ZIKA 1V7TA 2H9KA 2W1XA 4NGVA 1BWJA 2DQGY 4PRUA 5C6IA 4B1AA 2F4GA 4XN6A 1OUDA 3HBHA 1LYSA 5KXXA 2F2NA 2HEFA 1LHIA 2IFFY 3ATOA 1IO5A 4H94A 4HP0A 4M6DA 2D91A 1HEOA 2FBDA 3LZTA 1LZSA 2G4QA 2ZIJA 1TCYA 1D9UA 1H6MA 5D5FA 4LGKA 1LMOA 1G7MC 1EQ5A 5KY1A 4OOOA 3WXTA 2YSSC 3LHMA 4KT3A 4DDBA 4UWUA 4OWHA 1HHLA 1LHKA 4LT2A 4PHIA 4ZEEA 1GAZA 1GFAA 4H8XA 3RZ4A 1JTTL 2BQGA 3A6CY 3TXKA 1HNLA 3G3BB 4XJHA 3VWOA 2HECA 3AW7A 1CKGA 1IWZA 1WTMA 4R6CA 1FDLY 3IJUA 1YAQA 4WG1A 1GEVA 4NHSA 4KXIA 1XGQC 4XJGA 3A95A 3WMKA 4LFPA 2BQCA 1QIOA 1WQQA 1A4VA 1DPWA 2XJWA 5DL9A 5F81A 4DD9A 4ZIXA 3QNGA 2YVBA 3AZ7A 2LHMA 3TXEA 5KXTA 3F6ZA 2MEDA 4XJBA 1JTPL 3LZ2A 1CKFA 3A92A 1LSMA 5KXYA 1JEFA 5F14A 2DQDY 4U3XB 2EIZC 4NG1A 3J4GA 1GFVA 4B4EA 4P2EA 1JIYA 1RCMA 1BWIA 4G9SA 2FYCA 1LZBA 1FLWA 3HBEX 1HSXA 1RE2A 2BPUA 1KXYA 1LZDA 2YBHA 2H9JA 1JTOL 4WM1A 1CJ7A 1F10A 1LCNA 2DQCY 4WM3A 2LYOA 5FCPA 4QGZA 1UIHA 1IWWA 1DQJC 1IY3A 1GBWA 2W1LA 2DQIY 1QUTA 2DQFC 2ZQ4A 4W96A 2MEEA 5D5CA 4LT0A 2Z18A 1JJ3A 3AZ6A 4WL7A 1OP9B 2I26L 1NBYC 3W3EA 4ETCA 1WQOA 1GBOA 1O23A 1OUIA 1XGRC 5I5QA 1LJHA 1B5VA 1IC7Y 7LYZA 3TXHA 4YEOA 2BQMA 1F0WA 4LYTA 4UWNA 3LN2A 2DQAA 3T6UA 2H5ZA 2MECA 3P66A 4G4HA 3TMUA 4LFXA 4TSBA 132LA 1WQNA 2YBIA 1GBSA 1LPIA 3IJVA 4PJ2C 5HQ1A 1XGUC 2ZILA 4A7DA 5KXMA 1IEEA 2HEAA 1HENA 3BKHA 2ZNXY 4X3BA 5LINA 1FLUA 1B7LA 2C8OA 1UIFA 5A3EA 1FBIX 5LXWA 1LOZA 3AZ5A 4GLAA 5KXPA 3A94A 4TUNA 1LZ9A 4IASA 3ZVQB 8LYZA 3TXFA 1LZYA 4AGAA 4N1CC 1JUGA 1RI8B 5HLLA 3ATNA 2A7DA 2BQLA 5LVJA 1SLYA 1LSCA 3P65A 5L3HA 4WLYA 1LSNA 2YBJA 4KL7A 4B4IA 1I1ZA 1DI4A 4H1PA 1HERA 4B4JA 4BAPA 4YM8A 1LHJA 3TXGA 4PGJB 3EBAB 4IATA 153LA 1AT6A 2VB1A 1JISA 1E8LA 1GAYA 1HEPA 1GFHA 4N0JA 4QEQA 4NIJA 4QDNA 1J1OY 2G4PA 4Z41A 1C7PA 1KIPC 2F30A 2ZQ3A 5JENB 1IIZA 1IC4Y 1LJ4A 1OUHA 3A34A 1LZRA 1P2CC 2Z38A 3SP3A 4BAFA 1D0KA 4LYZA 3WULA 1B0DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJFA 1L73A 1XEKA 3D9AC 3CSQA 1BB6A 1L89A 242LA 4RLNA 4NGYA 1DKJA 1L88A 172LA 1LMTA 1L11A 1B5YA 3M3UA 188LA 1DYFA 3WYHA 4NGWA 3C8QA 3J6KA 1ZMYL 1GF6A 4C5FA 180LA 1GFUA 2EPEA 1C62A 1L53A 1KS3A 1GB6A 1BVKC 1OWZA 3B0KA 5FELA 185LA 4B49A 5C6LA 146LA 3OE6A 4UWVA 1GB9A 140LA 1VATA 1DXJA 2L78A 1L97A 1AT5A 4NHTA 1OUAA 5A3ZA 4WO6A 1JSFA 4BS7A 4TSCA 5F16A 4H9IA 1LMAA 192LA 1HEMA 1GWDA 1L02A 1LKSA 2Z19A 4DD7A 1PZYA 1QSWA 157LA 1TBYA 2BQEA 5LZMA 1GF9A 3SB5A 1SWZA 1XSFA 182LA 1YAOA 4W59A 2BQFA 3FI7A 4H8ZA 1C6DA 1HELA 3NY8A 1SSWA 2RBQA 4WG7A 2OEAX 1GEZA 1YAMA 3FADA 4XJDA 142LA 5I4WA 1HMKA 1GHLA 1LSPA 1LZ1A 3HT8A 3OJPA 1L72A 2RBNA 3A96A 2ZYPA 1CU0A 3QAKA 1IP5A 2ANVA 4NGKA 1JJ0A 3WW6A 249LA 244LA 1VDPA 1D6PA 3N9AA 1L84A 1AM7A 1GB3A 2QARC 3D3DA 4EKQA 3DN3A 2MEBA 1KIRC 4LYOA 3DKEX 3SBBC 5C6JA 1L39A 4EMNA 107LA 1GDXA 1IR9A 3C8SA 4NGOA 1NDGC 4I7LA 1QDRA 3HT7A 1LPYA 1UA6Y 2FBBA 5ILFA 1XGTC 3F9LA 4G4CA 2HU1A 1GF3A 4DQ7A 3C83A 1QUSA 2LZMA 1IP7A 1LZ4A 1HFYA 1L47A 1QDTA 1B5UA 1WVVA 1L68A 5KXRA 4WO9A 1QTKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LHM A;  4H9C A;  4OOT A;  4HJV A;  4XJF A;  2I6Z A;  3B6L A;  3AGH A;  1LYY A;  5KXO A;  3QE8 A;  4FJR A;  1XEK A;  1HC0 A;  3D9A C;  3EXD A;  3CSQ A;  4YF2 A;  1BB6 A;  1GF5 A;  1XFP L;  4W94 A;  4TX7 A;  3HBD A;  2LZ2 A;  4RLN A;  4NGY A;  4WLX A;  4IJ4 A;  1DKJ A;  4GCC A;  4NSH A;  3ZVQ A;  1LMT A;  1LZ8 A;  1JPO A;  1IOS A;  1B5Y A;  1IP1 A;  3M3U A;  1RFP A;  1TDY A;  4NSG A;  1G7L C;  3M18 B;  3WYH A;  4HPI A;  4H8Y A;  1IP6 A;  4NGI A;  4NGW A;  3J6K A;  1ZMY L;  3TXB A;  3WW5 A;  1GF6 A;  4C5F A;  1GF0 A;  1BWH A;  5B59 A;  1GDW A;  1D0M A;  1GFU A;  2EPE A;  1YIL A;  6LYT A;  1JKD A;  1LSD A;  1LZT A;  1TEW A;  1JKB A;  3W6C A;  1VED A;  1IWU A;  1B7R A;  2BQB A;  2MEF A;  5I4X A;  1GB6 A;  1UCO A;  1BVK C;  1CJ8 A;  2C8P A;  1HML A;  1LMP A;  3B0K A;  4L41 A;  5FEL A;  1LJI A;  5HMJ A;  3TMV A;  3WUN A;  3LYZ A;  4B49 A;  5B1G A;  5C6L A;  1LJJ A;  1XEI A;  2D4I A;  1XGP C;  4LT1 A;  4UWV A;  3W6A A;  1GB9 A;  1VAT A;  2GV0 A;  1GF7 A;  1DXJ A;  3WXU A;  4GN5 C;  135L A;  4NSJ A; 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 1IY3 A;  1GBW A;  2W1L A;  2DQI Y;  1QUT A;  2DQF C;  2ZQ4 A;  4W96 A;  2MEE A;  5D5C A;  4LT0 A;  2Z18 A;  1JJ3 A;  3AZ6 A;  4WL7 A;  1OP9 B;  2I26 L;  1NBY C;  3W3E A;  4ETC A;  1WQO A;  1GBO A;  1O23 A;  1OUI A;  1XGR C;  5I5Q A;  1LJH A;  1B5V A;  1IC7 Y;  7LYZ A;  3TXH A;  4YEO A;  2BQM A;  1F0W A;  4LYT A;  4UWN A;  3LN2 A;  2DQA A;  3T6U A;  2H5Z A;  2MEC A;  3P66 A;  4G4H A;  3TMU A;  4LFX A;  4TSB A;  132L A;  1WQN A;  2YBI A;  1GBS A;  1LPI A;  3IJV A;  4PJ2 C;  5HQ1 A;  1XGU C;  2ZIL A;  4A7D A;  5KXM A;  1IEE A;  2HEA A;  1HEN A;  3BKH A;  2ZNX Y;  4X3B A;  5LIN A;  1FLU A;  1B7L A;  2C8O A;  1UIF A;  5A3E A;  1FBI X;  5LXW A;  1LOZ A;  3AZ5 A;  4GLA A;  5KXP A;  3A94 A;  4TUN A;  1LZ9 A;  4IAS A;  3ZVQ B;  8LYZ A;  3TXF A;  1LZY A;  4AGA A;  4N1C C;  1JUG A;  1RI8 B;  5HLL A;  3ATN A;  2A7D A;  2BQL A;  5LVJ A;  1SLY A;  1LSC A;  3P65 A;  5L3H A;  4WLY A;  1LSN A;  2YBJ A;  4KL7 A;  4B4I A;  1I1Z A;  1DI4 A;  4H1P A;  1HER A;  4B4J A;  4BAP A;  4YM8 A;  1LHJ A;  3TXG A;  4PGJ B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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