1GBZA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWFAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gbzA00
4N9RA 1QUSA 4GCEA 1XGRC 4WM3A 3WVYA 8LYZA 1JJ0A 4TSCA 3TXBA 1LMOA 2DBTA 2BQGA 5KXKA 5KJ9A 1LSMA 2BQHA 1WQNA 1FLUA 1LSNA 1UCOA 4HP0A 4LYTA 4QGZA 1LSCA 1LSDA 4WL7A 4XN6A 1CKCA 1OQMA 4N8ZA 1MELL 4HSFA 5LYZA 5LA5A 1IP2A 2BLXA 1YROA 1OP9B 1CNSA 1GFAA 1UBZA 4TSBA 1GPQC 5I4WA 1XFPL 2IHLA 1B7PA 2MEBA 3M18B 1HMKA 2D6BA 1IWTA 4DD3A 135LA 4XJIA 3AGIA 3VWOA 1UIDA 1NDGC 1CKHA 4DDCA 1GFRA 2BQIA 4YEMA 4EOFA 4O34A 4U3XB 2LYZA 1UIGA 1WVVA 4RDSA 1JKDA 4DDAA 5KXRA 3T36A 1LAAA 1DPWA 2BQNA 2Z38A 4NHQA 4Z3MA 3A3RX 1REZA 5B59A 5KXYA 1J1XY 4NWEA 3AW6A 4I8SA 2DQJY 2MEGA 2YDGA 1HFYA 4NGYA 4BS7A 4MR1A 1GFVA 1JTTL 1KXYA 4DC4A 1GBYA 7LYZA 1GBWA 4G4CA 1EQEA 3WU9A 1D0LA 1FDLY 3TXHA 1QTEA 5E4PA 1GBXA 2MECA 4NGWA 1JPOA 1UA6Y 2BPUA 2F2NA 4G4BA 4LZTA 3RU5A 3W6FA 4B4EA 5I4XA 3CSZA 1D0KA 1I1ZA 2HEFA 1DPXA 2BQJA 1GB7A 2BQKA 2CGIA 1OUDA 4H9AA 1LCNA 1LSYA 1IY4A 1BGIA 1TAYA 4DD7A 1D6PA 5KKJA 1H6MA 3AZ5A 1C43A 134LA 1FLQA 2LYMA 1UC0A 3EBAB 1LZAA 1LZTA 6LYZA 4E3UA 1PS5A 1OUCA 4Z98A 3B6LA 4Z46A 1HMLA 2XTHA 3AJNA 4WG7A 4NSHA 4OOTA 2MEHA 1XGUC 1JHLA 1IP1A 1PZYA 1CJ7A 1KXXA 2EIZC 1RFPA 4GLVA 5KXSA 5LVKA 2D4KA 2DQFC 2GV0A 1LSBA 3QNGA 3A93A 1GF9A 3CT1A 4DD2A 3WXUA 4QDNA 3TXJA 2BQEA 5B1GA 4KPMA 2HU1A 3AZ6A 3G3AB 4MCKA 5HNCA 1GEVA 3TXIA 3WW5A 1BVXA 1GF3A 9LYZA 1D9UA 4BAFA 2DQGY 1CKGA 3FE0A 4II8A 4OOOA 1LHHA 1XGTC 1UIAA 1VDPA 2HU3A 4WL6A 3W6AA 1OUGA 3WU7A 4TTDA 5C6LA 1JSFA 2YSSC 1GFKA 1J1PY 5KXXA 1G7MC 3TMUA 5IELA 1WTMA 4W94A 1GXXA 5IDDA 1ZVHL 1GF6A 2VB1A 3WH1A 2EPEA 2YBJA 4NGOA 3EMSA 1ZV5L 5I53A 1E8LA 4ZIXA 207LA 4WM2A 5I54A 4NGJA 2B5ZA 1LZ9A 1H87A 1JITA 4NSIA 2A7FA 4PJ2C 1IWYA 1LJKA 4H9IA 1DXJA 2D91A 1LHLA 1TCYA 4AXTA 1LZ8A 1LZ1A 2W1YA 4C5FA 1WQMA 2I25L 1HEOA 2BQOA 4NGIA 1LSEA 4OWCA 5LAFA 3WU8A 1D0MA 1WQOA 1BQLY 1REYA 1YAQA 3WL2A 3WMKA 4FDYA 1LZRA 3A8ZA 1LMPA 4R6CA 1IIZA 3FI7A 1LJGA 1IWXA 4LYOA 2EKSC 1QQYA 3CT0A 4NG1A 5FDJA 2YVBA 4A7DA 1JTOL 3A92A 4HV1A 1N4FA 1BVKC 1CJ9A 1HEWA 1ALCA 1B7SA 1LJEA 2Z39A 4WM4A 1NMMA 2CJLA 1NQIA 1F6SA 5IHGA 2W1XA 4X3BA 5J7CA 2DQEY 3HFMY 5B05A 1OUIA 1REMA 4J1AA 4WG1A 1NKHA 3RW8A 1OUFA 5HNLA 132LA 5FEKA 1GE2A 5KXWA 4EMNA 2WARA 5KXTA 1JJ3A 1IP7A 3A94A 3A91A 1B7RA 4N1CC 1I56A 4ET9A 2ZYPA 1IORA 1LZ4A 3LZTA 3WYHA 4NG8A 3E3DA 5KY1A 1INUA 1LYSA 4YF2A 5DM9A 3HBDA 2Z2EA 1TDYA 1W6ZA 2BQMA 1GFTA 1GF7A 4GN4A 4HJZA 5C6JA 2HEBA 4ETCA 3B0OA 1LZYA 4ETAA 1EL1A 1HELA 5A3EA 5LIOA 2H9KA 2G4PA 3A6CY 5FHWA 1JKCA 1LJIA 1LHIA 2F4GA 1GBSA 1LZGA 3QE8A 5I5QA 154LA 1IY3A 2BLYA 2LZTA 3CB7A 3D3DA 1GB6A 4YENA 4DD9A 4GN5C 3IJUA 1A4VA 4RLMA 1LSZA 1BB7A 1HERA 1LZSA 1AT6A 1TEWA 2ZYCA 4H9FA 4OWAA 153LA 4LYCA 1FLYA 4ET8A 4N0JA 3TMVA 4LGKA 6LYTA 3WPJA 1WQQA 3OJPA 4LT3A 3CSRA 2DQAA 1VFBC 2XBRA 1JUGA 3N9EA 2HTXA 1LOZA 1CJ6A 1GB5A 1UUZC 1JWRA 2MEAA 3AW7A 1YILA 2C8OA 1OUBA 2Z2FA 3BKHA 3TXGA 4AGAA 4HTKA 1YL1X 3CQLA 2H9JA 1QSWA 1LTMA 5B06A 1BB5A 2F30A 193LA 1IOQA 194LA 1C7PA 1YKYX 3CT5A 4HJYA 4XYYA 5DN4A 4OW1A 4LT1A 1JEFA 4DWXA 5HMVA 5KXZA 4H9EA 1HFXA 4KT3A 1VEDA 2G4QA 3TXFA 4BAPA 2NWDX 4ETDA 1JIYA 2YBNA 4WOAA 4H91A 1UICA 4N1EI 5LYTA 1IR7A 1GHLA 1LJJA 1IOSA 4FJRA 4GCCA 5KXPA 2W1LA 1VDTA 4XJBA 1EQ5A 5I4YA 3LYZA 5D5FA 3ZVQB 1V7TA 3LHMA 1IWUA 5DL9A 1UIBA 4IATA 1KIQC 3N9CA 1HEMA 1SLYA 2YBIA 1IWVA 1YQVY 2HEAA 4NHIA 1GFEA 1LMTA 4RW1A 3ZEKA 5APCA 1HHLA 4H9HA 1WQPA 4LFXA 4XJHA 3WPLA 1LMAA 1LYOA 3IJVA 5APFA 1LSGA 5B07A 5ILCA 1LZNA 2MEEA 2FBBA 1G7HC 3ATOA 4H8ZA 5F16A 1LMNA 4DDBA 1MLCE 3HBHA 1GAYA 4ZFPA 1LHJA 1C46A 2BAAA 1ZVYB 1LMQA 4HTNA 3WPKA 4RW2A 4H8XA 1B5WA 3G3BB 1B7OA 2N5ZA 2Z19A 5APEA 2ZNWY 1FLWA 2DQIY 1G7IC 3P68A 4IJ4A 1XEKA 1NDMC 2Z12A 208LA 5A3ZA 4WM1A 1B5UA 1BWJA 1GBZA 5L3HA 4XJFA 1AZFA 4MSTA 1WTNA 4ETBA 1B5ZA 1F0WA 4LYZA 3A90A 3WVXA 1FN5A 1IP3A 1YANA 2ZIKA 1LJ3A 3P66A 1QUTA 4H93A 2BQFA 4PRQA 4Z41A 1LJ4A 2BQDA 4H90A 1XSFA 3SP3A 3RZ4A 1NHEA 3LYOA 5F9UA 2RSCA 4NGVA 3EO5A 3EXDA 4HJVA 4NGLA 4H8YA 1FBIX 1GB9A 1AKIA 1NF5A 2YBMA 4OWEA 5LVHA 1QDTA 1B5VA 1KIPC 4H9CA 1GF5A 3B0KA 1VAUA 1CKDA 4G9SA 4HTQA 2MEDA 4ZEEA 1IWZA 1FKVA 4I0CA 4NHSA 1IR9A 3WXTA 2BQAA 3ZVQA 4WO6A 1UACY 2ZQ4A 1REXA 1LPIA 1GD6A 4YEOA 4J0LA 4DD1A 5KKIA 5L9JA 2XJWA 1GDWA 2C8PA 4RLNA 1C08C 3P65A 3D9AC 3M3UA 1CKFA 1WQRA 4R0FA 1B7NA 4PGJB 4KL7A 1GXV2 1UIHA 1B0DA 2CDSA 3LYTA 1DQJC 5KXMA 2I26L 2IFFY 3LZ2A 4B0DA 4YM8A 4GCFA 1YL0X 1ZMYL 1GFJA 5DLAA 2FBDA 3W6DA 1BHZA 2BQBA 1IO5A 4NGZA 4ML7A 3A3QA 1IR8A 1YKXX 3OK0A 4H94A 1T3PA 4NGKA 4J7VA 1F10A 5E9RA 1HFZA 1LMCA 1GWDA 4WM6A 5FSTA 2D4IA 5LINA 1P2CC 1IP6A 2ZQ3A 5HMJA 3J6KA 2HEEA 5F14A 1HENA 4NWHA 3GXRA 4XJDA 5K7OA 3LN2A 2DQHY 5LVIA 1LKSA 1TBYA 1UIFA 3W3EA 3AB6A 1IC4Y 1IC5Y 1C10A 1OUHA 1T6VL 2DKVA 1A2YC 1LKRA 4NY5A 4ETEA 5FCPA 3B72A 4OWBA 1GB0A 2HEDA 2ZIJA 5T3FA 1OUAA 4HV2A 1W08A 4P2EA 1V7SA 1JSEA 1LSFA 1JTPL 1GAZA 1OUEA 2XBSA 4CGEA 1LZ6A 1D6QA 1HEQA 1WVUA 4TWSA 5JENB 4LYBA 4NSJA 1JKAA 1LYZA 3BKVA 1GB2A 3F6ZA 1CJ8A 3TMXA 3W6EA 1GFHA 4NHPA 3ATNA 4L41A 2LHMA 4NSGA 1DKKA 2Q0MX 1GE3A 1C45A 1LJFA 3AZ4A 2FYCA 4NEBA 4HPIA 1LZCA 5F9XA 4B49A 4H92A 3K3TA 1YKZX 1GBOA 3A34A 1LJNA 5LYMA 1GB8A 3KAMA 4LYMA 2PC2A 4XJGA 5LXWA 4B1AA 4XADA 1AT5A 1IP5A 3A6BY 4CJ2A 2YBLA 4TUNA 1B5XA 3A96A 5AMYA 2H5ZA 1GE1A 1YAOA 2ZNXY 3WUMA 2DQDY 5APDA 3WUNA 2MEFA 1GB3A 4J1BA 4DD0A 1DKJA 1BWHA 1FKQA 1SQ2L 1HC0A 2ZILA 1GF0A 1B9OA 1YAPA 2FYDA 1G7LC 1YIKA 3ULRA 1RCMA 2F4AA 4UWNA 5ILFA 3W6BA 2BQLA 5D5CA 5II3A 5EBHA 2LYOA 1DI4A 2ZWBA 3N9AA 1BWIA 5B1FA 5L3IA 2Z18A 3AYQA 4M6DA 4KXIA 1NBYC 2HECA 1UIEA 2CWIA 2Z37A 5M1YA 4G4HA 1DZBX 4M4OA 3WULA 2YBHA 1VATA 4WLTA 3AGHA 1B7QA 1HSXA 1IP4A 1VDQA 1G7JC 1QTKA 2DQCY 1GF8A 2MEIA 5LVJA 4LT2A 4LT0A 1HEPA 3B0IA 4ANRA 1NBZC 1GE0A 5KXNA 3RNXA 4H1PA 4W96A 1RJCB 2LZ2A 1GFUA 1LJHA 4C3WA 1Z55A 1F6RA 1HSWA 3TXKA 4PHIA 3AZ7A 1LZDA 5C6IA 1LZBA 1IWWA 1B7MA 4PPOA 4CHXA 1GDXA 1LHKA 2BQCA 4G49A 1VDSA 4UWVA 1HF4A 4QY9A 1QIOA 5HLLA 1JKBA 1GEZA 4LFPA 1JISA 4TX7A 1IEEA 3GXKA 4DT3A 4HPEA 1IOTA 1QSAA 1JJ1A 3IWRA 4WLXA 4N5RA 1IX0A 1LSAA 2EQLA 1IOCA 1O23A 4CFOA 1B7LA 4IASA 133LA 1GE4A 1IC7Y 4XENA 4GLAA 3WUAA 1BB3A 3LYMA 4QEQA 4B4IA 1NWGA 5LAGA 3TXEA 4GN3A 1BB4A 5DN5A 3T6UA 3AGGG 4DYGA 2W1MA 1XEJA 3A67Y 2D4JA 3QY4A 3TMWA 5HQ1A 4BADA 4CFPA 1KIRC 1LHMA 2G4NA 4NHTA 1QDRA 1XGPC 4YOPA 1OUJA 1YAMA 4H9BA 1LZEA 1HNLA 5KXOA 1XGQC 3MGWA 1DI5A 1EQ4A 5LVGA 4GCDA 4UWUA 3P4ZA 4OWHA 1RI8B 1BB6A 4D9ZA 4NFVA 1I20A 1LSPA 4WM5A 5F81A 1LZ5A 3RT5X 1XEIA 2HUBA 3P64A 1AM7A 1J1OY 1RE2A 4GCBA 3HBEX 1LYYA 1KXWA 3CSQA 3A95A 2AUBA 1B5YA 4PRUA 4WO9A 3J4GA 1B2KA 3TXDA 2Y8PA 5LA8A 3W6CA 3WW6A 4WLDA 1DI3A 5FELA 4WMGA 5KXLA 1GFGA 2X0AA 2I6ZA 4NIJA 4B4JA 1IVMA 2A7DA 1GF4A 4WLYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WVYA 1LYJA 1WQNA 4LYTA 4QGZA 4XN6A 1G0QA 4N8ZA 1IP2A 2BLXA 1OP9B 1UBZA 3RUNA 1L0KA 1B7PA 2MEBA 3M18B 4DD3A 1T8AA 1UIDA 259LA 3T36A 1LAAA 2BQNA 3A3RX 1REZA 5B59A 240LA 2DQJY 1HFYA 4NGYA 209LA 4G4CA 1EQEA 1L65A 4B4EA 4DKLA 1DPXA 2BQKA 2O7AA 1LSYA 1IY4A 1BGIA 4DD7A 5KKJA 1H6MA 134LA 1UC0A 3EBAB 185LA 1L54A 1LWGA 1LZTA 1L35A 3B6LA 4Z46A 4NSHA 230LA 1CV4A 1L79A 1DYFA 1L83A 1JHLA 1IP1A 1PZYA 1KXXA 5LVKA 2D4KA 2DQFC 1QS5A 1CV1A 3QNGA 3A93A 3CT1A 1L97A 5HNCA 1GEVA 3TXIA 4YX7C 9LYZA 1D2YA 3FE0A 3QAKA 1C60A 4OOOA 1XGTC 3W6AA 1JSFA 2YSSC 1J1PY 182LA 1G7MC 1WTMA 1C6BA 1L84A 1ZV5L 4ZIXA 4NGJA 2B5ZA 2RBNA 3DN6A 1L17A 4PJ2C 129LA 229LA 1L12A 3C7ZA 4AXTA 1L67A 1DYEA 4C5FA 1WQMA 1L21A 3WU8A 5LAFA 3WMKA 4FDYA 3A8ZA 1IWXA 5FDJA 191LA 1B7SA 1LJEA 3CDOA 1F6SA 5IHGA 177LA 2DQEY 127LA 163LA 1REMA 2HULA 5FEKA 1GE2A 5KXWA 4EMNA 3A94A 1B7RA 3GULA 2ZYPA 1LZ4A 3LZTA 1L82A 1LYSA 4YF2A 3HBDA 2Z2EA 2BQMA 189LA 1GFTA 1SWZA 2HEBA 5FHWA 1JKCA 2F4GA 1LHIA 1QTBA 1IY3A 2LZTA 3D3DA 4W58A 4DD9A 3SBAA 2B6XA 224LA 1BB7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N9R A;  1QUS A;  4GCE A;  1XGR C;  4WM3 A;  3WVY A;  8LYZ A;  1JJ0 A;  4TSC A;  3TXB A;  1LMO A;  2DBT A;  2BQG A;  5KXK A;  5KJ9 A;  1LSM A;  2BQH A;  1WQN A;  1FLU A;  1LSN A;  1UCO A;  4HP0 A;  4LYT A;  4QGZ A;  1LSC A;  1LSD A;  4WL7 A;  4XN6 A;  1CKC A;  1OQM A;  4N8Z A;  1MEL L;  4HSF A;  5LYZ A;  5LA5 A;  1IP2 A;  2BLX A;  1YRO A;  1OP9 B;  1CNS A;  1GFA A;  1UBZ A;  4TSB A;  1GPQ C;  5I4W A;  1XFP L;  2IHL A;  1B7P A;  2MEB A;  3M18 B;  1HMK A;  2D6B A;  1IWT A;  4DD3 A;  135L A;  4XJI A;  3AGI A;  3VWO A;  1UID A;  1NDG C;  1CKH A;  4DDC A;  1GFR A;  2BQI A;  4YEM A;  4EOF A;  4O34 A;  4U3X B;  2LYZ A;  1UIG A;  1WVV A;  4RDS A;  1JKD A;  4DDA A;  5KXR A;  3T36 A;  1LAA A;  1DPW A;  2BQN A;  2Z38 A;  4NHQ A;  4Z3M A;  3A3R X;  1REZ A;  5B59 A;  5KXY A;  1J1X Y;  4NWE A;  3AW6 A;  4I8S A;  2DQJ Y;  2MEG A;  2YDG A;  1HFY A;  4NGY A;  4BS7 A;  4MR1 A;  1GFV A;  1JTT L;  1KXY A;  4DC4 A;  1GBY A;  7LYZ A;  1GBW A;  4G4C A;  1EQE A;  3WU9 A;  1D0L A;  1FDL Y;  3TXH A;  1QTE A;  5E4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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