The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
KMEVFQEYYGIPPPPGAFGPFLRLNPGDIVELTKAEAEHNWWEGRNTATNEVGWFPCNRVHPYVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Novel recognition mode between Vav and Grb2 SH3 domains.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
VAV PROTO-ONCOGENE
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| molecule tags |
Signaling protein
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| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
9
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K3B A; 3REA B; 2D8H A; 4RTZ A; 3UF4 A; 2O9V A; 4J9B A; 1B3Q A; 1VYT A; 2LJ3 A; 2J05 A; 3H0I A; 3M0S A; 3CQT A; 4J9F A; 1UTI A; 1WDX A; 1U5S A; 4AFQ C; 2RNA A; 2V1R A; 4HXJ A; 2DL5 A; 2F2V A; 5FWB A; 1VYU A; 5IXB A; 1Y57 A; 4FSS A; 3TSW A; 2EYW A; 2J7I A; 2MCN A; 2GBQ A; 2J6K A; 2F2W A; 1WFW A; 1ARK A; 2YUQ A; 1UEC A; 2EYY A; 3IQL A; 2ED0 A; 2HEQ A; 2LZ6 B; 4AG1 C; 1GRI A; 4LN2 A; 4X1V A; 3VS3 A; 1Y0M A; 2K2M A; 1KJW A; 2DM1 A; 2VVK A; 5I11 A; 4K11 A; 4HVW A; 2KYB A; 3FJ5 A; 5IHN A; 4J9C A; 2DL7 A; 2KT1 A; 2LJ1 A; 4Z8A A; 3ULR B; 4LE9 A; 4HVV A; 2E5K A; 4LNP A; 1J3T A; 2K7A A; 5GJV B; 2LJ0 A; 3H0F A; 4CC7 A; 2ENM A; 1GCQ A; 2AZV A; 1QKX A; 1TUD A; 1FMK A; 3U23 A; 4AG2 C; 2A08 A; 2C0I A; 1YN8 A; 3M0R A; 2X3X D; 1VYV A; 1K9A A; 4F14 A; 2KRS A; 1AWO A; 1H92 A; 3VS1 A; 3C0C A; 2EVR A; 3VRZ A; 2ROT A; 1GL5 A; 1ZX6 A; 4F17 A; 2OJ2 A; 2KGT A; 4RTT A; 1K4U S; 1NEG A; 3H41 A; 2XMF A; 1U3O A; 2DLP A; 2BZY A; 1HD3 A; 2O88 A; 2DMO A; 1I1J A; 2RQW A; 3VS6 A; 2D8J A; 2DYB A; 1AWW A; 1E6G A; 1AD5 A; 4ESR A; 1X69 A; 2GTJ A; 1UHF A; 1M3A A; 2CDT A; 1GFD A; 2VWF A; 2LQN A; 2M51 A; 1Z9Q A; 2FPE A; 1JXM A; 2RQU A; 3M0Q A; 1BBZ A; 1MUZ A; 1YWP A; 2C0O A; 1YCS B; 1UUE A; 2AK5 A; 1JXO A; 2O9S A; 3EG1 A; 4J9H A; 1JQQ A; 2ESW A; 1UHC A; 1W6X A; 2L0A A; 4OML A; 1OPK A; 4RTX A; 2EGC A; 5IXF A; 2RMO A; 1NG2 A; 1K76 A; 2H8H A; 1YWO A; 3UA7 A; 4RUG A; 1X6G A; 1WXU A; 3I5R A; 2FG0 A; 1T3L A; 2KRN A; 1TUC A; 2BTT A; 3H0H A; 3I35 A; 5EC7 A; 2ED1 A; 3JV3 A; 4HCK A; 5GJW B; 2EKH A; 4Z88 A; 2ROL A; 2L2P A; 2DJQ A; 2LQW A; 2EQI A; 2FO0 A; 4GLM A; 4JZ3 A; 3UA6 A; 2LNH B; 2VKN A; 1ZUU A; 1GFC A; 3RBB B; 5I22 A; 1OPL A; 2AKL A; 2MOX A; 2KT8 A; 2L3Q A; 2PTK A; 2LCS A; 1M3C A; 2KXC A; 2DRK A; 4F16 A; 1X27 A; 2YDL A; 1HSQ A; 2JXB A; 4HVU A; 1CSK A; 2NUZ A; 2FEI A; 1PNJ A; 2DX1 A; 3PVQ A; 2JM9 A; 3R6N A; 3A98 A; 2B86 A; 4JJD A; 1YNZ A; 3I9Q A; 2NWM A; 1K1Z A; 4AFZ C; 2YUN A; 1ABQ A; 1QLY A; 1BK2 A; 1AZE A; 3O5Z A; 2JS0 A; 2CSQ A; 4J9I A; 1N5Z A; 2V1Q A; 1QCF A; 2DBM A; 1YP5 A; 1JU5 C; 1OOT A; 3QWY A; 2HSP A; 1ZLM A; 1CKB A; 2M0Y A; 2CH4 A; 1KFZ A; 2DL4 A; 3M0P A; 1M27 C; 2KYM A; 2PZ1 A; 4OMO A; 2A36 A; 2IIM A; 1W1F A; 3NPF A; 3M0T A; 2P4R A; 1I07 A; 1OEB A; 2FRY A; 1SRM A; 1WYX A; 2F2X A; 3TVT A; 2KR3 A; 1E6H A; 1XOV A; 1AOJ A; 2QDL A; 1JO8 A; 2LP5 A; 2DRM A; 2DBK A; 3RNJ A; 2KRO A; 1KSW A; 1U06 A; 2GTO A; 4IIO A; 2KEA A; 1A0N B; 2CUB A; 4JPB W; 2SRC A; 1UDL A; 2O2O A; 3VS0 A; 3I5S A; 3VS7 A; 1MV0 B; 1UFF A; 2YUO A; 1JEG A; 2ECZ A; 2DF6 A; 4RTV A; 1NEB A; 1T3S A; 1WLP B; 3NHN A; 2JM8 A; 1BU1 A; 2W0Z A; 2K6D A; 2DL3 A; 2OI3 A; 1T0J A; 4KRT A; 4E6R A; 2RQR A; 4CC2 A; 1RLQ C; 4IIM A; 4D8K A; 2JMC A; 2A28 A; 3REB B; 2EGE A; 1H3H A; 4EIK A; 1T0H A; 2KXD A; 2SEM A; 1AWX A; 2EYZ A; 3EG0 A; 1GBQ A; 1PRL C; 1PHT A; 1MV3 A; 4Y92 A; 1TG0 A; 2KNB B; 1ZUK A; 2L3P A; 3SHW A; 4D8D A; 1WIE A; 1WXB A; 4DEX A; 4CC4 B; 2K79 A; 2BZ8 A; 2YT6 A; 4OMP A; 4OMN A; 1AWJ A; 1AZG B; 1NYF A; 2GNC A; 1QKW A; 2HBW A; 2MIO A; 1GCP A; 2DVJ A; 2RF0 A; 1FYN A; 1UG1 A; 4RTU A; 2RQT A; 1UJY A; 4DEY A; 2RQV A; 4LUD A; 2EGA A; 1GCQ C; 4ZNX A; 4AFS C; 1VA7 A; 4OMQ A; 1UE9 A; 2YUP A; 3EG3 A; 2D0N A; 2ABL A; 4QT7 A; 4JJC A; 1X6B A; 2JMA A; 5IHI A; 4JJB A; 1M3B A; 1SHF A; 4A63 B; 2EW3 A; 3THK A; 5FWC A; 2CT3 A; 1CKA A; 1W70 A; 2A37 A; 1Z9Z A; 1NM7 A; 4RTW A; 2JTE A; 4J9G A; 1GBR A; 4WCI A; 2JS2 A; 3VRY A; 3EHQ A; 3GBQ A; 4GBQ A; 1RUW A; 1V1C A; 4LUE A; 1SPK A; 4OMM A; 2CUD A; 2X3W D; 2KBT A; 1G83 A; 1ABO A; 2K9G A; 2RN8 A; 1H8K A; 2W10 A; 3ZL7 C; 3QWX X; 5IH2 A; 2O31 A; 2I0N A; 3VS5 A; 3EHR A; 2CT4 A; 1M8M A; 1WA7 A; 1LCK A; 1E7O A; 2HCK A; 2C0T A; 1PKS A; 2JW4 A; 4M4Z A; 4AFU C; 3M0U A; 1EFN A; 1QWF A; 1NLP C; 3NGP A; 4J9E A; 2PNI A; 1WI7 A; 1SSH A; 2DL8 A; 5IHK A; 2DIL A; 1SRL A; 1KIK A; 3VS2 A; 1HJD A; 2JT4 A; 2EPD A; 1ZUY A; 1BB9 A; 2RPN A; 3LH5 A; 5FW9 A; 1SEM A; 2J6O A; 3UAT A; 2D1X A; 2BZX A; 2GQI A; 1PKT A; 3KFV A; 5HCK A; 1RI9 A; 4RTY A; 1B07 A; 1X2K A; 2CSI A; 2EBP A; 3NMZ C; 1K0X A; 1M30 A; 2KE9 A; 4J9D A; 2DE0 X; 2KRM A; 2DA9 A; 2OAW A; 2G6F X; 2EYX A; 2LX7 A; 3EG2 A; 1ZBJ A; 3PVL A; 2AZS A; 1WXT A; 5ECA A; 2LMJ A; 1AEY A; 1G2B A; 1S1N A; 2GGR A; 1UJ0 A; 2FPF A; 1PRM C; 1SHG A; 1I0C A; 4Z89 A; 5L23 A; 3TSZ A; 1UGV A; 2AKK A; 1QWE A; 2DNU A; 1K0S A; 4JZ4 A; 1X2Q A; 2CRE A; 4R0K A; 1PWT A; 3SEM A; 1NLO C; 1RLP C; 1WX6 A; 1NYG A; 2CH4 W; 1ZSG A; 4CC3 A; 1OV3 A; 3VS4 A; 2FRW A; 2YSQ A; 4ORZ A; 2J06 A; 1IO6 A; 3EGU A; 2L3S A; 2FPD A; 2J6F A; 1X43 A; 3PE0 A; 2HDA A; 1AVZ C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K3B A; 4CI0 C; 2DKG A; 2K5I A; 3CC2 A; 2BIV A; 4M75 D; 1QMC A; 2O9V A; 1KD1 C; 2MPX C; 2CP3 A; 3GOX A; 3M0S A; 3H0I A; 4AFQ C; 1LNX A; 4HXJ A; 2V1R A; 5FWB A; 2VC8 A; 5GAN f; 3OS1 A; 3QSU A; 5FU7 C; 3SFM A; 3WXM B; 1Y57 A; 2EYW A; 2RHY A; 4M7A G; 2J6K A; 2F2W A; 1WFW A; 1UEC A; 2EYY A; 3IQL A; 1VQP Q; 3FIF A; 2F5K A; 2JVV A; 1MMD A; 2ZPB B; 3L42 A; 4C92 A; 4AG1 C; 1YJW T; 1GRI A; 4LN2 A; 2DM1 A; 5I11 A; 3RKX A; 1YFN A; 1VQ6 A; 2DL7 A; 4LDU A; 4R55 A; 2E5K A; 3OS5 A; 1OZ3 A; 1D1A A; 4FW2 A; 3M5A A; 4C5G A; 1YI2 T; 4M78 D; 1FMK A; 4AG2 C; 3CME Q; 2ZAE A; 1D1C A; 1YN8 A; 1VYV A; 4F14 A; 4MMK A; 1VQL T; 2XI9 A; 3CCE T; 1D09 B; 2PVO B; 3C0C A; 2EVR A; 2ROT A; 1GL5 A; 1WJS A; 3OYD A; 3LWI A; 1MNE A; 2QEX T; 1K73 U; 4XTY A; 3QYH B; 1K4U S; 2MWP A; 3H41 A; 2D9T A; 2R5A A; 4BI4 A; 2O88 A; 3A8M B; 4E47 A; 4ZTJ A; 2DYB A; 2RI3 A; 1AD5 A; 4M7A F; 1FMW A; 4FW1 A; 4JRK A; 3JB9 H; 5KYY B; 4M78 G; 2M51 A; 4MZM A; 1WHM A; 2ZPE B; 3CCU A; 3GNG A; 3G6E T; 1PSE A; 1UUE A; 2AK5 A; 1JXO A; 1BI1 A; 1W6X A; 4RTX A; 2QA4 Q; 1QP3 A; 3CPW P; 5IXF A; 1YWO A; 3BDL A; 1V76 A; 3T9N A; 1BI2 A; 3CCM T; 2PU9 B; 1T3L A; 3MP8 A; 1TS9 A; 2P0P A; 2CP5 A; 2HNI A; 1H3Z A; 5EC7 A; 1M90 C; 3JV3 A; 5I2S A; 2GF7 A; 2LRQ A; 4QVC A; 4EPC A; 2LQW A; 4PJO B; 4ANJ A; 4E2F B; 3SWN C; 3JCM P; 1PM3 A; 4JZ3 A; 3UA6 A; 4BDZ A; 4F7U B; 2YXY A; 5I22 A; 1OPL A; 3UPU A; 3OW2 A; 3M9Q A; 2FL7 A; 5DY9 A; 3JCM V; 1VQK A; 3BW1 A; 2RHZ A; 1Q81 R; 3C4S A; 4F16 A; 1X27 A; 2XU8 A; 1W2B S; 3X20 B; 1HSQ A; 3CCJ T; 2HSE B; 3NTI A; 2DZ9 A; 2FEI A; 1WJQ A; 2E1H A; 2K5L A; 3PVQ A; 2EQJ A; 1Y96 A; 2E70 A; 2VV5 A; 3R6N A; 5J39 A; 2B86 A; 1YNZ A; 3FLG A; 3P8D A; 1M9S A; 3OYK A; 3MHX A; 1VQ9 A; 4FSX A; 2K5F A; 4J9I A; 1N5Z A; 2GFU A; 3OYL A; 2ATC B; 1QCF A; 1OOT A; 1XNI A; 3QWY A; 2HSP A; 1CKB A; 2CH4 A; 1QVG A; 1YJN A; 3AHU A; 2RHX A; 5KE3 A; 2DER A; 2IIM A; 3G4S Q; 3NPF A; 4XTV A; 5HK3 A; 2PUK B; 4UC4 A; 1I07 A; 3E9F A; 1QP2 A; 1AT1 B; 2PQW A; 1KC8 R; 1VQP A; 3HL8 A; 5GAN 7; 1XOV A; 2QDL A; 3EFS A; 4ATO A; 1Y7X A; 1SG5 A; 2L8D A; 1A0N B; 2E4H A; 4JPB W; 3A1P A; 4XTU A; 4LDX A; 3EFO A; 1UDL A; 1RAH B; 3I5S A; 3CCQ A; 2QQB A; 4A4G A; 3OBY A; 5A2Q E; 5GMK j; 2RJF A; 1NJI C; 2LNV A; 2DL3 A; 2OI3 A; 4A4H A; 3ME9 A; 5LJ3 j; 4KRT A; 1Q7Y C; 4E6R A; 2KK4 A; 3CME A; 4C8Q C; 2CZ7 B; 4J8O A; 5D7U A; 1M4Z A; 4RMO A; 3QDF A; 5CIU A; 3EG0 A; 1X01 A; 2VGN A; 1YIT T; 4M7A B; 3G71 Q; 4Y92 A; 3X24 B; 4HKE A; 4GY5 A; 2L3P A; 5I2M A; 3LWH A; 3CBO A; 1OZ2 A; 5GMK i; 2LC4 A; 3GPL A; 1NYF A; 2HBW A; 3GNF B; 2DVJ A; 3OW2 P; 1XTD A; 2XHC A; 1WHH A; 5GAM g; 3OYB A; 3S6W A; 2RQT A; 4LUD A; 1GCQ C; 4ZNX A; 2K3X A; 2C06 A; 4OMQ A; 2E65 A; 4RG2 A; 2DZC A; 2JUF A; 3JCM g; 2JMA A; 2QQ9 A; 2V8J A; 4RG8 A; 4KBM B; 3J7A F; 4JJB A; 1M3B A; 3QII A; 3TU4 K; 3TCJ A; 4A63 B; 1CKA A; 3SB2 A; 1YHQ Q; 1W70 A; 2A37 A; 5CKD A; 1M2V A; 2QA4 A; 4RTW A; 3CXC S; 4WCI A; 2JS2 A; 4M77 E; 3EHQ A; 3VRY A; 3CCR T; 2HKN A; 1UGQ B; 4L6V 5; 2KI7 A; 4OMM A; 3I55 Q; 3CD6 Q; 5CKH A; 5GAO r; 1ZSZ C; 3VV0 A; 3JB9 I; 1BI3 A; 1HK9 A; 2E10 A; 2RN8 A; 2L89 A; 2O31 A; 9ATC B; 3FRN A; 1QVF S; 1SF9 A; 2P84 A; 5KYY A; 1QVG P; 2MWO A; 2CT4 A; 1K73 C; 2X4W A; 3FJP A; 2RK1 A; 4C8Q D; 4N4G A; 5AYF A; 2FZK B; 1N27 A; 2CP2 A; 2JW4 A; 1VQ7 Q; 4FYV B; 1Q81 U; 4AFU C; 2L3R A; 3NGP A; 5D6Y A; 4M7D E; 1SRL A; 1HJD A; 2EPD A; 2VAS A; 3OYC A; 2WAC A; 1WHJ A; 1ZUY A; 4PFO A; 4CRI A; 3LH5 A; 5FW9 A; 1SEM A; 2J6O A; 2DEQ A; 2D1X A; 2YRC A; 2GQI A; 1PKT A; 3UDC A; 2M1H A; 5HCK A; 4M7D A; 1X2K A; 3M56 A; 2KE9 A; 2KDS A; 2VGM A; 3JCM Q; 4XTZ A; 4QQD A; 3EG2 A; 4C8Q G; 1NPP A; 1ZBJ A; 4PJO A; 4M77 D; 3DB3 A; 1IZ6 A; 1G2B A; 4HCZ A; 1S1N A; 2GGR A; 1UJ0 A; 3QJY A; 2H3E B; 3GIB A; 5CQX A; 2XDD A; 1G8X A; 1WHL A; 1PWT A; 4BI8 B; 2OTJ T; 1WHG A; 3V7R A; 3SEM A; 1NLO C; 5FU6 B; 1YHQ T; 1KC8 U; 3P8H A; 4X9D A; 3INZ A; 2DET A; 3G4S A; 5GAN g; 1OV3 A; 1Q95 G; 2J06 A; 1OX8 A; 2L3S A; 3I55 T; 5GMK e; 4R56 A; 1N6A A; 3CD6 T; 1X43 A; 3JRZ A; 2COZ A; 2X4X A; 3PE0 A; 3E9G A; 4M7D D; 5LJ3 e; 4M77 G; 2HD0 A; 1JJ2 S; 1KQS S; 4J9B A; 2KMT A; 4N0A A; 2QQR A; 3HKS A; 3CCS Q; 1UTI A; 2RNA A; 2YLB A; 3O8V A; 2DL5 A; 4J83 A; 1VYU A; 4JRP A; 2RJE A; 2ZPH B; 1VQ7 T; 3TSW A; 1QVP A; 2VXE A; 2MCN A; 1JRI A; 2DXT A; 1MND A; 3VYH B; 2CZ0 B; 4C8Q F; 1TSF A; 4B9X A; 5GMK h; 3CMA T; 4EMK A; 3LGL A; 2LQK A; 1Y0M A; 5LJ3 h; 2K2M A; 4XTX A; 2D0Q B; 3G71 A; 3HSB A; 2KYB A; 3FJ5 A; 5IHN A; 2KT1 A; 2LJ1 A; 3ULR B; 2KAF A; 2BE7 D; 4A54 A; 4NL3 A; 4E7I A; 4HT9 A; 2K7A A; 5GJV B; 4N4H A; 4CC7 A; 4QKU A; 2LT1 A; 4M75 C; 4X34 A; 4B6M A; 5GAO q; 2DK3 A; 2C0I A; 2VUB A; 1K9A A; 1ZHI A; 2KRS A; 1BCO A; 4ZGE B; 1H92 A; 3A8O B; 3CBP A; 2DJZ A; 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