The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
133
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structure length |
129
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Chain Sequence |
VHWTQEERDEISKTFQGTDMKTVVTQALDRMFKVYPWTNRYFQFRSSIHAGIVVGALQDAVKHMDDVKTLFKDLSKKHADDLHVDPGSFHLLTDCIIVELAYLRKDCFTPHIQGIWDKFFEVVIDAISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The functional similarity and structural diversity of human and cartilaginous fish hemoglobins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN (HEMOGLOBIN)
|
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| total genus |
50
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| structure length |
129
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| sequence length |
133
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y0A A; 1H1X A; 1LFQ B; 5CNF A; 4B4Y A; 5HAV A; 4MQJ B; 2VYW A; 1RQA B; 5EYS A; 1YHU B; 2QSP B; 1NQP A; 2DN1 A; 1L2K A; 5F0B A; 1DO4 A; 1UT0 A; 3MJP A; 2HHB A; 1Y85 A; 3MKB A; 3OVU C; 4ESA B; 3UHV A; 1OR6 A; 2QFN A; 1J7S A; 1HAB A; 2EVP A; 1CQX A; 2MYD A; 1HGB A; 3UHU A; 1GCV B; 2G12 A; 2D60 A; 1LFZ B; 3DHR A; 1LFL B; 4HHB B; 3ZJQ A; 3WHM A; 3E4N A; 4ROM B; 3PT7 A; 3BJ1 B; 1GCW A; 1OUU B; 1Y4Q A; 4LPI A; 3ZJS A; 1GDJ A; 1MYM A; 1RTE A; 1A3N A; 3A59 A; 3WCV C; 1LFT B; 2R4Y A; 1LFY B; 2NSS A; 3ZH0 A; 3UHD A; 1NWI A; 1MGN A; 4FH6 A; 1R1X B; 1Y8K A; 2DHB A; 109M A; 3IC0 B; 2GTL C; 2D2M C; 3A5B A; 3PI8 B; 1SDK B; 3NML A; 4ZVA A; 1Y8W B; 1Y5K B; 3G53 A; 1MNH A; 1VHB A; 1LUE A; 1DWR A; 1HBR A; 3UI0 A; 1BVC A; 5HBI A; 1C7D A; 2QRW A; 1DWS A; 2HBS B; 4UZV A; 2QMB A; 3G4Y A; 1O16 A; 1LTW A; 4TWU A; 1J7W A; 3PT8 A; 2NX0 A; 4OF9 A; 4MXL A; 1HBS B; 1GVH A; 1BUW A; 1DXT B; 1NEJ B; 3UHS A; 1G08 B; 2ZT3 A; 5B85 A; 1G09 B; 3GK9 A; 2VLZ A; 2ZFO B; 2BLH A; 3LR9 A; 3WCT D; 1FN3 B; 1A01 B; 1RVW A; 2MGJ A; 3S65 B; 5E29 B; 1Y0C B; 1OBM A; 1NPG A; 3OJ1 A; 3UBV A; 1SPG B; 1ABS A; 4F4O A; 1ECD A; 3CY5 B; 2BMM A; 1MLR A; 1HBH B; 2W72 C; 4NI1 A; 5KER B; 1I3E A; 2E2Y A; 1A4F B; 3VRF A; 1S6A A; 2MGB A; 1QXE A; 2FAM A; 1CG5 B; 3M3B A; 3VAU A; 1MNJ A; 5MBA A; 2GKN A; 1YDZ A; 3HC9 A; 3WCW B; 2MHB A; 3D1A A; 2ZSS A; 3AT5 B; 1MLM A; 4O35 A; 4U8U B; 3UHX A; 1T1N A; 1XXT A; 3NFE A; 3WCU C; 1CG8 A; 1F5O A; 2ZS0 A; 1J3Y B; 110M A; 2HHE A; 1HV4 A; 1CPW A; 1A0U A; 1YG5 A; 3HHB A; 1XZ2 B; 2H8F B; 1J40 A; 1BZP A; 1J7Y A; 1NZ3 A; 2ZT1 A; 1DXU A; 1O1I B; 2ZLV B; 1YIH A; 3QJC A; 3GKV B; 3S66 A; 1YGF A; 1SHR A; 1Y0W A; 3UHC A; 1NZ4 A; 1LH3 A; 1Y4F B; 1MLS A; 4X0L A; 1BZ1 B; 1JPB A; 4MXK A; 1YE2 B; 1MWB A; 1SI4 B; 1HGA B; 4DC8 A; 2HBE A; 1MLQ A; 3A0G A; 1MBC A; 2D2N D; 3IA3 B; 3H57 A; 5HLX A; 2DN2 A; 3A5G A; 4L2M A; 1X3K A; 1YZI B; 1Y0T B; 4N7P A; 1KFR A; 1Y46 B; 2ZS1 D; 1GLI A; 2D6C A; 1GDK A; 3BJ3 B; 4M4A B; 1Y83 B; 1OFK A; 1NS9 B; 3TLD A; 3VRG B; 2YRS A; 3D17 A; 1YMC A; 1HAC B; 2FRF A; 1HGC A; 4IRO B; 1Y5F A; 1JZL A; 2ZLT A; 3SDH A; 2AV3 A; 4MQG A; 1VXF A; 5KKK A; 1QPW A; 1MBI A; 1BIN A; 3R5I B; 2XKH A; 4HRR B; 1LFQ A; 2GRH A; 1FDH A; 5SW7 B; 4MQJ A; 1RQA A; 1MNO A; 1YHU A; 2QSP A; 3MYM A; 3EDA A; 5E6E B; 1OFJ A; 4ESA A; 3GQP B; 4QAU A; 1MBN A; 1XZU B; 1GCV A; 2AUQ A; 4AVD A; 3G4V A; 2VRY A; 1LFZ A; 1LFL A; 4HHB A; 4ROM A; 3IC2 B; 3BJ1 A; 1A6K A; 1OUU A; 1X9F C; 1MBA A; 1JDO A; 2R4X A; 3WR1 A; 1XQ5 B; 1LFT A; 1LFY A; 3K9Z A; 1YEQ B; 2D2N C; 2VEB A; 3OZU A; 3ASE A; 3NG6 B; 1YVT B; 4PQC A; 1R1X A; 5D1V A; 3UHI A; 2D5X A; 5EU2 A; 3IC0 A; 1NS6 B; 1TU9 A; 1CIK A; 3TM9 A; 1VRF A; 3PI8 A; 1SDK A; 1NPF A; 2VYY A; 2W6V B; 2MGM A; 1MNI A; 1MYG A; 1XZ4 B; 1Y8W A; 1Y5K A; 1UX9 A; 1DKE B; 3PI3 A; 2MGH A; 3GDJ B; 5M3S A; 1GBU B; 5CN7 A; 2M6Z B; 1JW8 A; 2G0Z A; 3GLN A; 3HEP A; 1Y7G B; 2HBS A; 1YEU B; 1O1M B; 1HBS A; 1DXT A; 3AQ6 A; 1NEJ A; 1G08 A; 3UHY A; 1G09 A; 2LH6 A; 2ZFO A; 1FN3 A; 1W92 A; 1A01 A; 1JL6 A; 2BLJ M; 3S65 A; 5E29 A; 1Y0C A; 1DXC A; 1RQ4 B; 1YGD B; 4HRT B; 2MGK A; 2GNV A; 1XCH A; 5CHR A; 1SPG A; 2WTH A; 1D8U A; 5CN4 A; 3K3U A; 3CY5 A; 2VLY A; 3UBC A; 1HBH A; 3ORD A; 3UHZ A; 5KER A; 2FRK X; 5CNC A; 1OR4 A; 1CH1 A; 3QJB A; 2IG3 A; 1CG5 A; 4N7O B; 3WCV D; 2NRL A; 3NL7 A; 1EW6 A; 1OUT B; 1IBE B; 2XYK A; 3WCT B; 1LH5 A; 1MWC A; 3WCW A; 1G9V B; 1B86 B; 2GL3 A; 1EBT A; 102M A; 3AT5 A; 4NS2 A; 4U8U A; 2GTL D; 2D2M D; 1IWH B; 4ZVB A; 1PBX B; 1HJT A; 1F65 A; 3QQQ A; 1ABW B; 1LHS A; 2R50 A; 1CQ2 A; 1J3Y A; 2V1I A; 3OO4 B; 4MBA A; 1MLU A; 1IT3 A; 3K8B B; 2ZFB B; 2GDM A; 1XZ2 A; 2H8F A; 3D1K B; 3GQR B; 1MTK A; 3OO5 B; 1ECO A; 3QJE B; 1ITH A; 1O1I A; 1V5H A; 1LH6 A; 1WVP A; 2V1H A; 2ZLV A; 2EB8 A; 1G0B B; 1O1P B; 4KN3 A; 3GKV A; 5CNE A; 3KMF A; 1Y4F A; 1V4W B; 3KUO A; 1BZ1 A; 1YE2 A; 1SI4 A; 4F6I A; 1HGA A; 1G0A A; 3E5O A; 1ABY B; 2V1E A; 3D4X B; 1V4U B; 3LR7 A; 1RQ3 B; 3EOK B; 3KUN A; 1HBG A; 1A00 B; 1JP9 A; 1CH9 A; 1Y4R B; 1YZI A; 1O1K B; 1NIH B; 1Y0T A; 1HSY A; 1K0Y B; 3G4U A; 1Y46 A; 1JWN A; 1N9X A; 1CBM A; 2BW9 M; 2O5M X; 1JY7 B; 1CH4 A; 1XY0 B; 3D7O B; 1K1K B; 3BJ3 A; 4ODC B; 4M4A A; 3OZV A; 1Y83 A; 1NS9 A; 2G10 A; 3VRG A; 1MZ0 A; 1HAC A; 4IRO A; 1B0B A; 1DM1 A; 1QSI B; 5JGG B; 4F6D A; 3R5I A; 1OJ6 A; 2ZLX B; 4HRR A; 2D2N B; 3G4R A; 3ZJJ A; 4KMW A; 1CH2 A; 5SW7 A; 2G0S A; 1MTI A; 1FCS A; 1MLN A; 1URY A; 1YCB A; 2BWH A; 3S1I A; 1DWT A; 2R4W A; 3O7N A; 2VHB A; 5E6E A; 1EBC A; 3WCU D; 2ZS1 B; 1Y4G B; 3GQP A; 1FLP A; 1XZU A; 3QM5 A; 1HHO B; 2ZLW B; 2RI4 B; 4XDI A; 2O5B X; 2ZSY A; 3PI2 A; 1V75 B; 5EV5 A; 2QLS B; 1C7B B; 1V9Q A; 3AT6 B; 3IC2 A; 3ZJH A; 2XKI A; 3GOU B; 1IDR A; 2LHB A; 3M38 A; 3S48 C; 4DWT A; 2Z6T A; 107M A; 4M4B B; 1XQ5 A; 1HBB B; 1XYE B; 1YEQ A; 3UHT A; 3NG6 A; 2O5T X; 1YVT A; 3FH9 A; 1VXD A; 1A3O B; 2Z85 A; 1MCY A; 1BIJ B; 3QZX A; 1DTI A; 1MYF A; 1NS6 A; 5AZQ A; 2DN3 B; 2W6V A; 2MGD A; 1XZ4 A; 1HCO B; 1DKE A; 2LH3 A; 2DC3 A; 3GDJ A; 1CLS B; 1GBU A; 4NK1 A; 2M6Z A; 5HLQ A; 1MYI A; 1Y7G A; 1YEU A; 1MOB A; 5CHQ A; 1NWN A; 4N7N B; 4MQH B; 2O58 X; 6HBW B; 1VXA A; 1Y8I B; 1O1M A; 1FAW B; 1A6G A; 2EKT A; 4F6G A; 1CIO A; 3P5Q B; 106M A; 2MGG A; 1MNK A; 4SDH A; 2GKM A; 1BZR A; 1YOI A; 3IXF A; 1AZI A; 2RAO B; 3UGY A; 4F68 A; 1SWM A; 3SDN A; 1F5P A; 1RQ4 A; 1YGD A; 4HRT A; 1YEO B; 5CNG A; 5F2A A; 3GKT A; 3HRW B; 5CN9 A; 2MYA A; 3M3A A; 3ZOM A; 1Q1F A; 5ILP A; 3LB2 A; 4NK2 A; 2Z6N B; 5EET A; 1DXV B; 2R1H B; 1X9F D; 3WFT A; 1CH3 A; 2V1F A; 1XZ7 B; 1O1L B; 1THB B; 4N7O A; 2AUR A; 1PMB A; 2ZSO A; 4L7Y B; 2WY4 A; 3H58 A; 2G14 A; 3MVC A; 4AVE A; 1OUT A; 4F6J A; 3ARJ A; 1IBE A; 3WCT A; 1BZZ B; 3QM9 A; 2DXM B; 1B86 A; 2H8D B; 3AQ9 A; 6HBI A; 1YOH A; 3DHT B; 1MYJ A; 5D5R A; 4DWU A; 4NXC A; 2QSS B; 1M9P B; 3QM7 A; 1IWH A; 3GYS B; 1MBS A; 1PBX A; 1UMO A; 1ABW A; 3UHR A; 3ODQ B; 3UHG A; 1Y0D B; 4G51 B; 2ZST A; 4NXA A; 3OO4 A; 1Y35 B; 2D5Z B; 3K8B A; 1MYT A; 2ZFB A; 1TES A; 3OZW A; 1BBB B; 1JEB B; 1FHJ B; 3ZJP A; 3D1K A; 3GQR A; 3ONZ B; 3QMA A; 3UHW A; 1BJE A; 3OO5 A; 3WCV B; 3QJE A; 4MQK B; 2BK9 A; 2QU0 B; 3S1J A; 1G0B A; 1O1P A; 4O1T A; 3ZHW A; 2AUO A; 2Z8A A; 4HSW A; 2NSR A; 4MQC B; 1YMB A; 1V4W A; 4MU5 A; 2GTL B; 1LJW B; 5AZR A; 2D2M B; 3ECL A; 1GDI A; 1AJ9 B; 3AQ7 A; 3ARL A; 1ABY A; 3D4X A; 1Y4V B; 1V4U A; 1RQ3 A; 3EOK A; 1UIW B; 2B7H B; 5CNB A; 1A00 A; 1Y4R A; 1NIH A; 1K0Y A; 1MDN A; 3R0G A; 1IOP A; 4B3W A; 5HU6 B; 3UH3 A; 1JY7 A; 1XY0 A; 3D7O A; 4ROL B; 1VXC A; 3ZOL A; 1ECA A; 1Y7C B; 1K1K A; 3OK5 A; 4ODC A; 1CBL A; 2ZSX A; 1V07 A; 1CO8 A; 3U3E A; 2EB9 A; 5CMV A; 1WLA A; 3ZJR A; 3PI4 A; 2HBF B; 1QSI A; 3BCQ B; 5JGG A; 1HLB A; 1ECN A; 2ZLX A; 3UGZ A; 2D2N A; 1N9H A; 3AQ5 A; 2G11 A; 1EWA A; 3UHH A; 3SZK B; 1N9I A; 1M6C A; 1UFJ A; 3RGK A; 2W6X A; 2ZS1 A; 1Y4G A; 2W72 B; 2OLP A; 3BJ2 B; 1NGK A; 5EE4 C; 1HHO A; 2ZLW A; 3PEL B; 4G1B A; 1YIE B; 2RI4 A; 1Y5J B; 5EYJ A; 5C6Y A; 3LQD B; 4C44 A; 3WFX A; 1N9F A; 1V75 A; 1JF3 A; 4WCH D; 2GRF A; 2QLS A; 1C7B A; 3AT6 A; 4YU3 B; 2HBG A; 5JOM A; 3WTG B; 4H2L B; 1HDB B; 3HXN B; 1J41 B; 3GOU A; 1GZX B; 104M A; 1HBI A; 3UH5 A; 1YHE B; 2ZT2 A; 1Y7D B; 3UHN A; 1RTX A; 3QM8 A; 4M4B A; 2ZSN A; 2GRZ A; 1HBB A; 2ZFO C; 1JZK A; 1V4X B; 2BNL A; 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2LH2 A; 3WCP B; 1MKO B; 4PQ6 A; 3CIU B; 1YH9 B; 1BZZ A; 3QM6 A; 2DXM A; 2H8D A; 2V1J A; 5HY8 B; 2OHB A; 5ILE A; 4NI0 B; 2EKU A; 1LA6 B; 3DHT A; 3MYN A; 2WTG A; 1COH B; 2QSS A; 1M9P A; 3LHB A; 1UVX A; 1VXG A; 3GYS A; 1A6M A; 1JP6 A; 2HBD B; 2GLN A; 3ODQ A; 1M6M A; 1Y0D A; 2QFK A; 4G51 A; 1HLM A; 1Y35 A; 1KD2 B; 2D5Z A; 3ZJO A; 1X9F B; 1BBB A; 1JEB A; 1FHJ A; 3WR1 B; 3ONZ A; 3WCV A; 1FSL A; 4MQK A; 4OOD A; 2QU0 A; 1Y31 B; 2W31 A; 5HLU A; 2VYZ A; 5CN6 A; 1HDS B; 5ILR A; 4F6B A; 4HBI A; 5EUI B; 4KMV A; 1SPE A; 1A9W E; 4MQC A; 2D5X B; 4XS0 B; 1Y22 B; 1GJN A; 1C7C B; 2GTL A; 1LJW A; 2D2M A; 2PGH B; 1YVQ B; 1AJ9 A; 2OHA A; 5B84 A; 1Y4V A; 2ZS0 D; 1UIW A; 2B7H A; 3O89 A; 1MWD A; 3ZJI A; 2MGL A; 5C6E B; 1MOC A; 5HU6 A; 2ZLU B; 3W4U B; 4ROL A; 3NMM B; 5CND A; 3PIA B; 4PQB A; 1Y7C A; 2LH1 A; 3QJD B; 1A0Z B; 1U7R A; 2VM0 A; 1S56 A; 1F63 A; 1YE0 B; 1YHR B; 2HBF A; 112M A; 2Z6S A; 3BCQ A; 1LFV B; 4PNJ A; 3PI9 B; 1CH5 A; 1SDL B; 2HHD B; 1FSX B; 3MBA A; 2BLI A; 3B75 B; 3SZK A; 1VWT B; 4IT8 A; 1O1J B; 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