1GD6A

Structure of the bombyx mori lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
119
structure length
119
Chain Sequence
KTFTRCGLVHELRKHGFEENLMRNWVCLVEHESSRDTSKTNTNRNGSKDYGLFQINDRYWCSKGASPGKDCNVKCSDLLTDDITKAAKCAKKIYKRHRFDAWYGWKNHCQGSLPDISSC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of an insect lysozyme exhibiting catalytic efficiency at low temperatures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Bombyx mori
total genus 44
structure length 119
sequence length 119
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gd6A00
2B5ZA 3LYMA 1LSFA 4HP0A 4NGWA 4QY9A 2MEDA 4WLYA 3CT1A 1OUEA 3WH1A 1KIPC 5L3HA 4GLVA 1CJ9A 4O34A 3EO5A 1REXA 3A3QA 1UIEA 5ILCA 4W96A 3M18B 4KL7A 5HLLA 3T36A 4QDNA 5HMVA 2HECA 1ZV5L 2HU3A 4OW1A 2F4AA 4X3BA 2MEGA 1GFUA 1IP5A 1EQ5A 3F6ZA 1PZYA 3B72A 1BQLY 4R0FA 4CHXA 4XJDA 2I25L 1B7RA 1VATA 4HJVA 4YENA 4G4BA 1QIOA 1LMOA 3RW8A 4H92A 1LSGA 4OWAA 2MEFA 3TMWA 2CGIA 5I4XA 4BAPA 1B7OA 5LYMA 5FEKA 4PPOA 5LVJA 3P66A 4PGJB 1WQRA 1OP9B 5FSTA 1HSXA 1GF4A 3A94A 1NQIA 2EKSC 4G9SA 4KT3A 1LJ3A 3WMKA 1FN5A 1LMNA 1F6RA 3LN2A 4YOPA 1GEZA 4LFPA 2LZTA 5B59A 1LMTA 5F14A 2XJWA 4UWUA 5B06A 5AMYA 4WLDA 3A95A 1OUJA 1UIAA 3G3BB 1E8LA 4E3UA 4DDBA 4B4IA 3B0KA 4WOAA 3AW6A 4H90A 4J1AA 1DKKA 4IATA 5B1GA 3G3AB 1LTMA 1J1PY 4NGZA 3A91A 2Z2FA 1UIHA 1TCYA 3HBEX 5DLAA 1RJCB 1LMAA 1LZAA 3QE8A 1GB6A 4RLNA 4WM1A 1P2CC 3WPKA 4CFOA 5L3IA 1LHKA 2BQLA 4LT2A 1H6MA 1LHLA 3K3TA 3BKHA 4LYZA 2ZQ4A 4PJ2C 5LVKA 4UWVA 1LZCA 2IFFY 3W6CA 1LKSA 1FKVA 4CGEA 1B5UA 1CJ8A 3AGGG 1WTNA 4WM2A 1D6QA 4Z98A 1OUAA 4TSBA 1IWWA 2Z37A 1QDRA 3CQLA 2BQFA 1LJFA 2DQFC 4WM5A 1GBZA 1LMCA 4XJFA 4NIJA 5F9UA 135LA 1B7PA 1UCOA 1WQNA 3TXFA 1HELA 1LZDA 5JENB 194LA 3A96A 4HV2A 4OWHA 4EOFA 1JTTL 1VDSA 3A3RX 3AYQA 1GAYA 4AXTA 1LCNA 4RW2A 1GFRA 3CSRA 2ZYPA 4NG1A 4GCDA 5T3FA 1SQ2L 1AM7A 4DD1A 2YBMA 1LHIA 1LSMA 4RLMA 4J7VA 1VEDA 2DKVA 1O23A 3AB6A 5KJ9A 1XGUC 2BQKA 1GB2A 2MEIA 2DBTA 3FE0A 2NWDX 5KKIA 1LZ5A 3ZVQA 2BQBA 1IP1A 1G7JC 2LYMA 5ILFA 4H9CA 1LOZA 5A3ZA 5I4YA 4NGKA 1YKZX 1INUA 4HTNA 1GB8A 4LYMA 4H9FA 5APCA 1CKGA 3D3DA 4ET9A 3TMVA 1LZNA 1BB4A 2DQIY 1DPXA 2D4KA 4NHSA 3RNXA 2BQIA 4GCEA 4B1AA 5LVGA 2PC2A 1IWUA 1GPQC 3IJVA 3AGHA 4XJIA 4M4OA 1QSAA 1VDTA 4OOTA 2GV0A 4GN3A 1JPOA 1VDPA 3TXJA 1YL0X 1TBYA 2BQDA 3J4GA 1HEOA 1ALCA 1I20A 2LYOA 1LZ8A 2EPEA 4HSFA 4ANRA 3WW6A 1BB6A 3TXEA 2W1YA 2W1XA 1GFGA 1LHMA 3LYZA 3W6BA 1HMLA 1VDQA 4DYGA 1BHZA 3N9AA 3WU8A 5APFA 4N0JA 4NFVA 4HTKA 3TXBA 4J0LA 1IOCA 1XGTC 1C46A 6LYTA 1GF5A 1LZ4A 4CFPA 1IR9A 1KIRC 1NWGA 3TXKA 3HBDA 4D9ZA 3VWOA 3WVYA 1XSFA 4UWNA 4H94A 4ETEA 1G7MC 5LXWA 1GE2A 1T3PA 1HSWA 4MCKA 4NGYA 1FKQA 3HFMY 5D5FA 1B7QA 3CSZA 2Z19A 1GF6A 3W6FA 4DDCA 4AGAA 5HNCA 4YEMA 1JHLA 3WPJA 1PS5A 3TXDA 1IP7A 4Z46A 1V7SA 4ML7A 1DKJA 1REMA 4NHPA 4WLXA 4YF2A 1ZVYB 3AGIA 1RFPA 2MEEA 4TWSA 1LSNA 2HEAA 3P65A 5DM9A 1D0LA 1LSAA 4BAFA 1RI8B 1LSEA 1IWTA 4KPMA 2D4JA 153LA 4WO6A 4XADA 2ZNWY 1HFYA 1YL1X 1JTPL 2C8PA 2ZILA 4TSCA 5DN5A 1HFZA 4XJBA 1LHJA 1HEMA 4MR1A 1LYYA 1BWJA 1IP2A 5APEA 5KXZA 1C10A 1D6PA 1TEWA 5C6JA 1NDMC 1UUZC 4H91A 1LSZA 1LKRA 1LJNA 132LA 1F0WA 1IVMA 1GFHA 4H8YA 5IELA 3B0IA 4XJHA 5F16A 2BQMA 2YBJA 1XEJA 1HEPA 4HJYA 4DD9A 2DQHY 1IY3A 4WMGA 1OUGA 1REZA 3MGWA 4NHIA 2BQJA 4C3WA 1F6SA 1V7TA 1OUFA 4LZTA 2CDSA 2BQGA 1DI4A 2H9JA 4NG8A 1H87A 1T6VL 3M3UA 1GB3A 2N5ZA 3WULA 1LZ1A 3LYOA 4QGZA 5LVHA 1LSYA 2MEAA 3TMUA 3WU9A 1HHLA 2MEHA 2IHLA 3EMSA 5M1YA 3A67Y 1BVKC 1GBXA 2D6BA 1LJ4A 1BB3A 208LA 2I6ZA 2HTXA 3WW5A 1KXWA 134LA 4H1PA 4HTQA 1FBIX 1LJHA 3RU5A 1AT5A 5K7OA 1HFXA 1ZMYL 2BQHA 5KXXA 1BB5A 4H9BA 1CJ7A 2H9KA 5KXWA 2Z2EA 2DQCY 5LIOA 1GFVA 4WLTA 1IOSA 2XTHA 4II8A 2HU1A 1IWXA 1NKHA 4DWXA 1JTOL 1QUTA 4L41A 1GF9A 4PRQA 1CKDA 4YM8A 5B05A 1LJEA 5LVIA 3T6UA 5II3A 1UIBA 1IWVA 5KXYA 3WYHA 1B7MA 4NGIA 5C6LA 3RZ4A 2CJLA 1IY4A 2ZIKA 1G7IC 2FYCA 1BWHA 2D4IA 1C7PA 4WO9A 4P2EA 4BS7A 1GB9A 4B0DA 4GCFA 4LGKA 4DDAA 1EQ4A 1DI3A 2F2NA 3AZ5A 4PHIA 1XEIA 1XFPL 1GFEA 1N4FA 1NBYC 4GCBA 2ZWBA 3TXGA 1LZEA 2YBHA 1CJ6A 3A34A 1JWRA 4NSGA 193LA 1REYA 1IP4A 1YANA 1W08A 1WQPA 2EQLA 3A6BY 4H8ZA 4GCCA 1BVXA 4PRUA 4IJ4A 4WM6A 3WPLA 8LYZA 5KKJA 2XBRA 1GFJA 3FI7A 3TMXA 9LYZA 5I54A 1OUDA 5HMJA 1LYOA 3ULRA 1LZ6A 5LYZA 4WG1A 3ZEKA 4B4EA 5APDA 3WUNA 1GE1A 1NDGC 4NWHA 1B5VA 1YILA 2W1MA 1JEFA 4LFXA 5LA8A 3W6EA 2WARA 1KIQC 4EMNA 1YKXX 1JISA 2G4NA 5FELA 1GD6A 2LYZA 1B2KA 1LMQA 1YAQA 3AZ6A 1LSPA 3CT0A 3IWRA 1B9OA 4J1BA 1YAMA 1LSCA 1Z55A 2Q0MX 1KXYA 4TTDA 4TX7A 4TUNA 5B07A 1UICA 1NF5A 2F30A 1TDYA 2Z39A 2ZQ3A 2HEDA 3W3EA 1GBSA 4R6CA 1OQMA 5IDDA 1GBWA 4OWEA 1IWYA 3B0OA 4DC4A 4ETCA 1GWDA 5FCPA 5FDJA 1B0DA 2FBBA 3GXRA 3LHMA 3QY4A 1A4VA 1EL1A 1HNLA 3HBHA 1JKDA 2BQNA 1QSWA 5B1FA 3WU7A 2CWIA 1XGQC 2BAAA 2Z12A 4Z3MA 5KY1A 5KXOA 4WM4A 4OWBA 4ETAA 4GN5C 4LT3A 5LAFA 3WL2A 4ETBA 3LYTA 4H8XA 4XJGA 1GDWA 4LYOA 4RW1A 1HC0A 1IO5A 3LZTA 5DN4A 1JKAA 1MLCE 1LZBA 4NSIA 5KXNA 1IR7A 2F4GA 1JKBA 1LMPA 1OUBA 3OJPA 4XN6A 1IC5Y 1CNSA 1YKYX 7LYZA 1LYSA 3P64A 1GXXA 2DQDY 1GE4A 1D0MA 4YEOA 1DQJC 1LHHA 1B5XA 1DI5A 1UA6Y 1LPIA 2Z38A 1IORA 1YROA 4HV1A 1B7LA 1TAYA 4WG7A 3AZ4A 4HPIA 1WVUA 1JUGA 2YVBA 1IOQA 2BLYA 4B4JA 1G7HC 4U3XB 1C08C 2A7DA 4RDSA 4C5FA 1NHEA 1RCMA 2HEBA 1HERA 1NBZC 4FJRA 4LYBA 1J1XY 3J6KA 1F10A 2ZNXY 5D5CA 4KXIA 1GE0A 1GAZA 5J7CA 1LZYA 1OUCA 1YAOA 1JSEA 1LSDA 2BQCA 2MECA 1LJGA 4N1EI 1GBOA 1LZTA 3WUAA 5KXPA 1IX0A 2BLXA 1GXV2 2ZIJA 1OUIA 1UACY 2XBSA 4I8SA 1QQYA 1GE3A 2AUBA 1IC4Y 1D0KA 1IP6A 3ATOA 2MEBA 4LYCA 1I1ZA 2FBDA 1A2YC 3AJNA 2YDGA 1LAAA 4WL7A 5IHGA 4I0CA 2ZYCA 1GBYA 1HENA 2Y8PA 2DQGY 1QUSA 1W6ZA 1AZFA 1GFKA 1BGIA 2FYDA 3LZ2A 2BQOA 4G4CA 5F81A 4H9AA 1GB5A 4XENA 2RSCA 1IIZA 1YAPA 4NGJA 2VB1A 4Z41A 3CB7A 1EQEA 4CJ2A 1JJ3A 4ET8A 4XYYA 1UBZA 1D9UA 1UIGA 1C45A 1QTKA 1SLYA 4NHTA 5DL9A 1JIYA 4IASA 2YBNA 3WXUA 1GF8A 1NMMA 1XGRC 1GHLA 4N1CC 2LZ2A 1BB7A 1JJ1A 1VAUA 3WUMA 4DT3A 3A93A 1IWZA 3EBAB 4N9RA 3BKVA 4N8ZA 4OOOA 1G7LC 1UIFA 2HEEA 1UC0A 4ETDA 5LYTA 2HEFA 1J1OY 4QEQA 3B6LA 1WQMA 4GLAA 5I4WA 1GB7A 1DPWA 133LA 3W6DA 4NGVA 1FLQA 4DD7A 4NHQA 3N9EA 4NGLA 4ZFPA 2G4PA 5LA5A 4HPEA 4G49A 5KXKA 1DZBX 1IC7Y 1RE2A 1XEKA 1GEVA 5E4PA 1B5ZA 5E9RA 4W94A 1WTMA 5KXRA 1LZ9A 1LJIA 2HUBA 3IJUA 4DD0A 4ZEEA 1FLWA 1VFBC 4WL6A 4H9IA 1C43A 2DQEY 1UIDA 2H5ZA 1GF7A 4NY5A 5KXTA 4NSJA 3WVXA 3D9AC 5EBHA 1CKFA 1GDXA 1QTEA 2BPUA 1JKCA 4NEBA 5C6IA 1YQVY 3TXHA 3EXDA 1LZGA 3QNGA 5F9XA 1AT6A 2YSSC 4B49A 2EIZC 2YBLA 4GN4A 1OUHA 3CT5A 1LZSA 1LZRA 5I53A 1XGPC 5HQ1A 3TXIA 3CSQA 4BADA 2I26L 5LINA 4OWCA 3AW7A 2DQJY 1LJKA 3N9CA 3A8ZA 1JITA 4A7DA 1DXJA 1I56A 2X0AA 1HEQA 1WVVA 1GF3A 4H9EA 4LT1A 4MSTA 4ZIXA 1B7SA 1FDLY 4H9HA 1FLUA 2YBIA 3AZ7A 3E3DA 1B5YA 5LAGA 1AKIA 1YIKA 3P4ZA 5KXSA 5KXLA 5A3EA 4FDYA 4HJZA 2BQEA 2D91A 207LA 1LYZA 1WQOA 3A92A 3WXTA 6LYZA 4LYTA 2DQAA 5FHWA 4DD3A 154LA 3SP3A 4N5RA 1GFTA 1MELL 2G4QA 1B5WA 1BWIA 4NWEA 5KXMA 1FLYA 4DD2A 4WM3A 1WQQA 1JJ0A 1ZVHL 4M6DA 1GFAA 2BQAA 1HEWA 3ZVQB 1IOTA 1KXXA 2C8OA 5I5QA 2W1LA 1IR8A 4G4HA 4NSHA 3RT5X 4H93A 4NGOA 1LSBA 3KAMA 3OK0A 5L9JA 3ATNA 3A6CY 3GXKA 5HNLA 2LHMA 3P68A 1GB0A 1HF4A 1IEEA 1CKHA 2A7FA 1QDTA 1JSFA 3A90A 4LT0A 1B7NA 1LJJA 2Z18A 3W6AA 1IP3A 1GF0A 1CKCA 1HMKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
160LA 1QSBA 3CT1A 1OUEA 1KNIA 3A3QA 144LA 1LI2A 5HMVA 2HECA 1CX7A 231LA 127LA 4X3BA 1GFUA 1EQ5A 4R0FA 3B72A 1SSWA 4CHXA 1B7RA 3HUKA 1C69A 1LSGA 2CGIA 1QUOA 2O79A 3P66A 123LA 113LA 1OP9B 3SB5A 1GF4A 4G9SA 4KT3A 163LA 4LFPA 2LZTA 5F14A 5AMYA 1OUJA 4B4IA 3AW6A 1OYUA 3A91A 1RJCB 3WPKA 2BQLA 4LT2A 1H6MA 1QS9A 4PJ2C 2F2QA 5LVKA 1L48A 1NHBA 1B5UA 1CJ8A 4ARMA 1L59A 2RBPA 3OE0A 4WM5A 2Z37A 4AQNA 1LJFA 135LA 1QSQA 1UCOA 3NYAA 4ARQA 1HELA 5JENB 4HV2A 138LA 1VDSA 3A3RX 1L06A 3HTFA 4I7PA 4RW2A 1GFRA 4GCDA 4DD1A 4J7VA 1O23A 3DMZA 2DBTA 3FE0A 1LZ5A 1IP1A 1G7JC 1LOZA 2RBSA 5I4YA 1CV6A 4LYMA 4H9FA 2DQIY 4NHSA 2O7AA 1IWUA 1GPQC 3IJVA 3AGHA 2GV0A 1D9WA 1VDPA 3J4GA 2BQDA 9LYZA 1I20A 1ALCA 1L86A 3WW6A 226LA 2W1YA 3FADA 3LYZA 1XGTC 1L70A 3C80A 1LZ4A 1IR9A 1NWGA 1C6NA 3HBDA 256LA 1XSFA 5LXWA 1GE2A 2B6ZA 4MCKA 4NGYA 1B7QA 1GF6A 3HT6A 4DDCA 4AGAA 1L47A 1CV0A 5HNCA 1C68A 1L52A 1IP7A 4WLXA 1REMA 4YF2A 1L75A 1ZVYB 2MEEA 4TWSA 3V2YA 169LA 1CU0A 4XADA 2ZNWY 1CU2A 5DN5A 1IP2A 5KXZA 1C10A 1D6PA 1NDMC 1L84A 3B0IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B5Z A;  3LYM A;  1LSF A;  4HP0 A;  4NGW A;  4QY9 A;  2MED A;  4WLY A;  3CT1 A;  1OUE A;  3WH1 A;  1KIP C;  5L3H A;  4GLV A;  1CJ9 A;  4O34 A;  3EO5 A;  1REX A;  3A3Q A;  1UIE A;  5ILC A;  4W96 A;  3M18 B;  4KL7 A;  5HLL A;  3T36 A;  4QDN A;  5HMV A;  2HEC A;  1ZV5 L;  2HU3 A;  4OW1 A;  2F4A A;  4X3B A;  2MEG A;  1GFU A;  1IP5 A;  1EQ5 A;  3F6Z A;  1PZY A;  3B72 A;  1BQL Y;  4R0F A;  4CHX A;  4XJD A;  2I25 L;  1B7R A;  1VAT A;  4HJV A;  4YEN A;  4G4B A;  1QIO A;  1LMO A;  3RW8 A;  4H92 A;  1LSG A;  4OWA A;  2MEF A;  3TMW A;  2CGI A;  5I4X A;  4BAP A;  1B7O A;  5LYM A;  5FEK A;  4PPO A;  5LVJ A;  3P66 A;  4PGJ B;  1WQR A;  1OP9 B;  5FST A;  1HSX A;  1GF4 A;  3A94 A;  1NQI A;  2EKS C;  4G9S A;  4KT3 A;  1LJ3 A;  3WMK A;  1FN5 A;  1LMN A;  1F6R A;  3LN2 A;  4YOP A;  1GEZ A;  4LFP A;  2LZT A;  5B59 A;  1LMT A;  5F14 A;  2XJW A;  4UWU A;  5B06 A;  5AMY A;  4WLD A;  3A95 A;  1OUJ A;  1UIA A;  3G3B B;  1E8L A;  4E3U A;  4DDB A;  4B4I A;  3B0K A;  4WOA A;  3AW6 A;  4H90 A;  4J1A A;  1DKK A;  4IAT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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