1GD6A

Structure of the bombyx mori lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
119
structure length
119
Chain Sequence
KTFTRCGLVHELRKHGFEENLMRNWVCLVEHESSRDTSKTNTNRNGSKDYGLFQINDRYWCSKGASPGKDCNVKCSDLLTDDITKAAKCAKKIYKRHRFDAWYGWKNHCQGSLPDISSC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structural analysis of an insect lysozyme exhibiting catalytic efficiency at low temperatures.
pubmed doi rcsb
source organism Bombyx mori
total genus 44
structure length 119
sequence length 119
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gd6A00
4CFOA 5KXYA 1JTPL 1BVXA 4HPEA 4NGYA 5FDJA 1GF8A 1LMCA 1OUBA 1B7OA 1DKJA 4H93A 3T6UA 4RW2A 1LJHA 1KIPC 1LJNA 1LSBA 4X3BA 2ZQ3A 1LSAA 1LSYA 3A96A 1VDTA 5DLAA 5ILFA 3WUMA 154LA 1QTEA 1WQNA 4B4IA 1OUIA 4PRQA 2LHMA 4H9AA 1B9OA 2BQMA 1GF6A 4B4EA 1GF7A 4PRUA 1BQLY 1Z55A 1IX0A 3ATNA 3WW5A 1YAOA 2ZYPA 4H9EA 3WU7A 4DDCA 4RLNA 3E3DA 1GB3A 1YL1X 1YAPA 2W1MA 4H9CA 4LYMA 3TXFA 4ETEA 4LT1A 1BVKC 1DQJC 1GBYA 3WPKA 1LHMA 4H9FA 1C43A 1HSWA 1OUHA 5FELA 1OUEA 1DPXA 5AMYA 3AZ5A 3TXHA 4KT3A 135LA 4H90A 4HTKA 2Q0MX 4J7VA 3W6FA 3AYQA 3D3DA 1DI4A 4HPIA 1GF5A 2D4JA 2Z19A 2BQOA 1CKCA 1T6VL 4II8A 1GFGA 3A90A 1TEWA 4LYZA 1XEIA 4XJHA 4LFXA 1HFXA 3WPLA 3J6KA 5LVGA 2DQCY 5KKJA 1REYA 2ZIKA 4XJGA 2HU3A 4NWHA 1B5ZA 1GB7A 1HEOA 4NGVA 1UIGA 133LA 1VFBC 2H5ZA 1IR8A 2MEIA 1B5UA 2D4KA 3A92A 1J1XY 1LJKA 1GB8A 1QSAA 3OK0A 3W3EA 5LIOA 5B05A 1G7LC 5I4YA 1DXJA 4A7DA 5LAGA 1IWZA 1JITA 1HFYA 2YBLA 2ZWBA 3M18B 4WM4A 2H9JA 1LKSA 4NGOA 1HMKA 1CJ8A 1LPIA 4BAFA 1GFEA 3W6BA 2LYOA 4WO6A 4QY9A 4IJ4A 4B49A 4DC4A 3TXEA 1LMNA 1LMTA 4G49A 5LINA 1BB5A 1LZNA 3TXJA 1N4FA 4R6CA 2WARA 2XTHA 1UIDA 2BQGA 4GCFA 4IASA 4OWBA 1IP1A 1BWIA 1OP9B 4CFPA 1UA6Y 1W08A 1FDLY 2C8PA 4RLMA 1IC5Y 1J1PY 4AGAA 4UWVA 4M6DA 5KXSA 2GV0A 1GB0A 3GXKA 2MECA 4UWNA 1C10A 1GAZA 3W6AA 1TCYA 1HEMA 1VDPA 3N9CA 1B7MA 1GEVA 3WL2A 4WL7A 1FLQA 2EQLA 1LSGA 1CJ6A 3EMSA 5FHWA 2HTXA 4LZTA 4EOFA 1GFKA 1OUCA 1F0WA 4NHPA 3VWOA 1XFPL 1NF5A 3LYTA 2BQKA 2W1YA 3A94A 4H94A 2BQAA 2EKSC 3HBDA 4RDSA 4L41A 1KXYA 4XJFA 1OUFA 1RI8B 1LJ4A 4N1CC 1QSWA 1UCOA 4YEOA 3TXKA 1MLCE 1IEEA 2HEDA 3CSQA 5B06A 2I25L 1LSNA 4LYCA 4MSTA 1ZVHL 5KXPA 4C3WA 5E9RA 3WU8A 5HQ1A 1A2YC 3P4ZA 4WG1A 2ZNWY 1JTTL 3WH1A 2ZNXY 5HMVA 1KXWA 1IWWA 4YM8A 5I4WA 4YEMA 1IOSA 1YILA 1CKDA 1IORA 1WQPA 1YAMA 4XN6A 2Z18A 1I56A 2NWDX 4R0FA 1JPOA 2BQIA 4W96A 1ZV5L 2BQBA 4EMNA 4KPMA 2ZILA 3RW8A 5LAFA 1A4VA 1AKIA 3A6CY 4G4CA 4ML7A 1ZVYB 3LYMA 1XGRC 1GEZA 3B0IA 1VATA 1NHEA 4XJBA 2Z39A 3WPJA 4WM6A 3QNGA 4GN3A 1SQ2L 2HEFA 2YDGA 5LXWA 4WOAA 4ETDA 1OUDA 3OJPA 2D91A 1CJ7A 1IC7Y 2F4AA 5B1FA 1IOTA 3RZ4A 5B59A 1RCMA 3RU5A 1DI5A 4YF2A 5APEA 1JJ1A 1JKBA 3IJVA 1LZRA 2G4PA 1GB5A 1NQIA 4GLVA 4HTNA 1IWTA 3A3QA 1HC0A 3EXDA 3ZVQA 4NEBA 4DYGA 5LVIA 2BQJA 4HV1A 1AT5A 2YVBA 1WQQA 2EPEA 1LZTA 3AZ6A 4CHXA 4HTQA 2YBJA 1KIQC 4GCBA 2F4GA 2YBMA 1YKYX 2MEEA 1YQVY 4WM3A 3AW6A 4WL6A 1UIBA 2DQDY 4NHSA 4XENA 2VB1A 4ETCA 1GAYA 2BAAA 2DQIY 4ETAA 1IP3A 3F6ZA 1LYSA 1GFHA 4G4HA 4ET8A 2F2NA 1LJGA 1NBZC 4LGKA 1JTOL 2DQFC 3D9AC 4KL7A 134LA 4WMGA 3MGWA 1B0DA 1LZDA 2MEGA 3TXIA 1GHLA 2BQDA 2BQEA 1UIEA 4YENA 1IIZA 1LZBA 5M1YA 4ZEEA 3A95A 1FKQA 5LYZA 3T36A 1I20A 3AGGG 3WUNA 5KXOA 1LZ6A 4YOPA 3AGHA 5F9UA 1LSEA 1G7IC 5L3HA 4GLAA 5II3A 2CWIA 4RW1A 1NMMA 4B4JA 6LYTA 1DI3A 1REMA 4WM2A 1PS5A 1BWHA 4H91A 1JJ3A 1LYYA 1UICA 1XGTC 3J4GA 4P2EA 1YANA 1IVMA 1D0KA 3P65A 1IP4A 193LA 2CDSA 1FN5A 2N5ZA 1LSMA 1ALCA 1YKZX 3CT5A 1UUZC 3LZ2A 3M3UA 3LN2A 4O34A 5APFA 5KY1A 2G4QA 2YBNA 1LZSA 1LZ1A 1UIHA 4FJRA 2MEDA 1TBYA 2ZIJA 5E4PA 4NY5A 2Z2EA 4PPOA 1GFRA 1IY3A 4HP0A 1GBZA 4NIJA 4TUNA 5FCPA 3SP3A 1DKKA 1B2KA 1CKFA 3TXBA 1GB9A 3WVYA 3IJUA 4E3UA 1QIOA 2HEEA 5I4XA 2HUBA 5K7OA 2F30A 3TMWA 1CKGA 5KXKA 1BB3A 1NBYC 2I6ZA 4C5FA 1TDYA 2DBTA 4HV2A 5C6JA 1GD6A 3WU9A 1BB6A 1B7NA 4B1AA 1GFVA 3CSRA 194LA 2BQHA 5KXLA 1GE3A 1HNLA 1LKRA 1LZYA 1GPQC 5DM9A 1UBZA 3W6DA 1LJJA 3TMUA 1XEKA 3CT0A 4AXTA 1PZYA 4DD9A 3BKHA 1GE1A 2I26L 4N1EI 1G7HC 4OOOA 1QTKA 1OQMA 3ZEKA 1IP5A 1UACY 1GF9A 1UIFA 1UIAA 2LZ2A 2MEHA 3A67Y 2B5ZA 2PC2A 1EL1A 4XJIA 3IWRA 1INUA 1I1ZA 3B0KA 4N5RA 5APDA 4LT2A 5B1GA 5I5QA 4LYTA 4U3XB 1C45A 4WLYA 4NG8A 1GFUA 1AM7A 5DL9A 3WVXA 1QDRA 4LYOA 3FE0A 1LTMA 153LA 2CGIA 3A8ZA 4DD0A 5L9JA 1B5WA 1HHLA 1WQRA 3WXUA 1GXXA 2H9KA 5KXNA 4H9BA 5C6IA 1GFAA 4WM5A 5LVKA 1CKHA 5B07A 5I53A 4ANRA 1HEPA 4GCCA 5KXZA 2DKVA 1GBOA 2D6BA 3LYOA 4DWXA 1IO5A 5HLLA 4NGZA 4NSJA 4NHQA 5F14A 1AZFA 5KJ9A 2G4NA 3HFMY 3WYHA 1H6MA 4TSBA 1LYZA 5LYTA 2DQEY 3A91A 1V7TA 1IOCA 207LA 1LZGA 1GBWA 1LZ9A 4MCKA 1EQEA 2RSCA 2AUBA 4XADA 4H8YA 1D6QA 5A3EA 1LMPA 4I8SA 3WXTA 4DD2A 1YL0X 3QY4A 1JKDA 1LHIA 2HEBA 4CGEA 4WLDA 1JKAA 1FLUA 2A7DA 1WVUA 3AJNA 5L3IA 5KKIA 3W6EA 1BGIA 2BQFA 5KXTA 132LA 1FBIX 4H9IA 1EQ5A 3LHMA 4J1AA 4OWAA 1JEFA 3FI7A 4GN5C 4OWCA 4TSCA 2X0AA 6LYZA 1LOZA 1B7SA 2FYCA 3N9EA 2DQHY 2DQGY 4J1BA 5C6LA 1B5VA 3WUAA 1LJEA 1IP6A 8LYZA 4DD7A 3AZ7A 1XEJA 2HEAA 2W1LA 1GF4A 1RJCB 1J1OY 1BB7A 4WLTA 1W6ZA 3RNXA 4NSIA 3CT1A 2BPUA 5JENB 4PHIA 5D5CA 1KXXA 3K3TA 4UWUA 1IC4Y 3A3RX 4GCEA 1D0LA 1HMLA 1G7JC 1H87A 1NKHA 4M4OA 1GDXA 2XJWA 4H1PA 1RE2A 2BQNA 4NWEA 3G3BB 1B7RA 5T3FA 5I54A 1VEDA 4TTDA 5KXWA 1LHKA 1LZ5A 4Z41A 2DQAA 3TXGA 4BADA 4Z46A 1WTNA 1GDWA 2W1XA 5J7CA 5HNLA 1YIKA 1GE2A 1D6PA 4H8ZA 1P2CC 3KAMA 1IWYA 2Z2FA 1BWJA 1OUJA 3RT5X 1LCNA 4FDYA 5ILCA 4HJVA 1IP7A 4LT3A 1V7SA 3B6LA 1WQOA 2D4IA 4NGKA 4PJ2C 4J0LA 1SLYA 1LSZA 1YROA 1B7LA 1C08C 1WVVA 1QUSA 1GE4A 4NGWA 4DT3A 4ZFPA 4TWSA 2HECA 1GWDA 1YAQA 4DD1A 5LA8A 1QDTA 4NHIA 1OUAA 1JIYA 1JJ0A 3WW6A 1GF0A 1REZA 4I0CA 3B0OA 5LA5A 1LHLA 1IR9A 5KXXA 5LYMA 1LJFA 1HF4A 4Z3MA 3TXDA 1IWVA 2MEFA 5LVJA 1GFTA 1JSFA 4H8XA 1F6SA 1MELL 3AGIA 3N9AA 3WULA 4BAPA 1LZEA 2IFFY 1VDQA 4H92A 4GCDA 5DN4A 1LSFA 3P66A 1XGPC 5F81A 4QDNA 5IHGA 208LA 5FEKA 4G9SA 5IDDA 2Z38A 2Y8PA 1CJ9A 1GB2A 1IWUA 5IELA 5HNCA 1HEWA 3W6CA 4HSFA 1LZ4A 1XGUC 2YBIA 4GN4A 3ULRA 1O23A 1LZAA 5F9XA 3ZVQB 1UC0A 1NDMC 1HENA 2IHLA 4BS7A 2LYMA 1GE0A 2LZTA 4WM1A 1VDSA 3LYZA 5KXMA 3BKVA 4OOTA 3HBEX 5DN5A 4DDBA 1LHHA 1JWRA 2BLYA 2ZYCA 4QGZA 1T3PA 2HU1A 1HFZA 1IY4A 3G3AB 4HJZA 1IR7A 3AB6A 3CSZA 2FYDA 3EO5A 4IATA 4LYBA 1GBXA 1AT6A 2XBSA 1LMQA 1HELA 1B7PA 4OW1A 1QUTA 3B72A 3P68A 1JSEA 4NSGA 4N9RA 4NGLA 2FBDA 3A6BY 1LSDA 1GB6A 2FBBA 1FLYA 3AW7A 1B5XA 2CJLA 3ATOA 4HJYA 1LHJA 4NFVA 2Z37A 1IWXA 1LJ3A 1LSCA 4B0DA 1JISA 1XSFA 4DDAA 3QE8A 1LZCA 4OWHA 2BQCA 1DZBX 4PGJB 3GXRA 4QEQA 4Z98A 1FKVA 5KXRA 1B5YA 1JUGA 1E8LA 2YSSC 1G7MC 2A7FA 5EBHA 4DD3A 1GBSA 4CJ2A 4XYYA 1B7QA 4LFPA 5A3ZA 2XBRA 1LYOA 1TAYA 5F16A 1VAUA 1BB4A 1XGQC 1FLWA 1HSXA 5HMJA 3AZ4A 3CQLA 1F6RA 3P64A 1ZMYL 9LYZA 2BLXA 3WMKA 2MEAA 1F10A 2YBHA 2C8OA 5FSTA 4LT0A 1DPWA 1JKCA 4ET9A 1CNSA 3TMXA 1QQYA 1IOQA 1EQ4A 1KIRC 3HBHA 1GF3A 5D5FA 1GFJA 3A34A 1JHLA 4WG7A 1D9UA 2BQLA 3A93A 1LMAA 5LVHA 3TMVA 1C46A 1YKXX 4WLXA 4N0JA 1GXV2 1HEQA 1WQMA 4KXIA 1LAAA 4H9HA 4TX7A 4WO9A 1OUGA 3CB7A 4XJDA 1RFPA 4NGJA 3EBAB 2ZQ4A 4NGIA 4D9ZA 1REXA 3LZTA 4MR1A 1LSPA 2DQJY 1LZ8A 4NSHA 1BHZA 2MEBA 4ETBA 1NDGC 1NWGA 4NG1A 2Z12A 4NHTA 4G4BA 1HERA 1D0MA 4OWEA 2LYZA 5APCA 4ZIXA 7LYZA 4N8ZA 1C7PA 1IP2A 2EIZC 1LJIA 1LMOA 1WTMA 4W94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HPEA 3HH6A 118LA 4RW2A 1LJHA 1LSBA 4I7KA 1PQJA 1WQNA 4B4IA 1L89A 4B4EA 150LA 3E3DA 4LYMA 4ETEA 1T6HA 5FELA 190LA 1DPXA 4H90A 1L16A 1LI2A 1L12A 2D4JA 2BQOA 1CKCA 4II8A 1GFGA 3A90A 3WPLA 1L58A 4XJGA 2HU3A 1HEOA 1UIGA 2H5ZA 1IR8A 1B5UA 1LJKA 1QSAA 197LA 1L49A 222LA 2YBLA 3M18B 1SSYA 1HMKA 1LGWA 1LMNA 4G49A 1LZNA 159LA 156LA 1N4FA 1QT6A 2WARA 1DYCA 4GCFA 4CFPA 228LA 1P56A 4UWVA 2GV0A 3W6AA 2MECA 1TCYA 107LA 1C6IA 1C60A 4LZTA 4EOFA 1C64A 1L94A 1F0WA 3LYTA 123LA 1C6PA 108LA 4H94A 2BQAA 4RDSA 4L41A 1OUFA 1RI8B 1QSWA 4YEOA 3TXKA 1MLCE 1IEEA 1G0PA 112LA 5KXPA 3WU8A 5HQ1A 1A2YC 4WG1A 3WH1A 2ZNXY 3GUNA 1CKDA 1JPOA 4W96A 2BQBA 4EKSA 4KPMA 2ZILA 5LAFA 1CX6A 4G4CA 3HT6A 3B0IA 1NHEA 2IGCA 1L0KA 1SQ2L 2YDGA 1L65A 4YF2A 1JJ1A 3IJVA 1IWTA 4NEBA 1L18A 1L37A 4CHXA 3AZ6A 3RZEA 3L64A 2RBSA 2YBJA 4GCBA 238LA 1L48A 1YKYX 4WL6A 128LA 1UIBA 2DQDY 2BAAA 4ET8A 1LJGA 1L52A 3MGWA 1L68A 1OV5A 1CTWA 1L86A 3TXIA 1UIEA 3T36A 3DMZA 5F9UA 209LA 1G7IC 5II3A 4LZMA 260LA 1PS5A 4H91A 1JJ3A 3J4GA 1YANA 1IVMA 2OEAX 193LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CFO A;  5KXY A;  1JTP L;  1BVX A;  4HPE A;  4NGY A;  5FDJ A;  1GF8 A;  1LMC A;  1OUB A;  1B7O A;  1DKJ A;  4H93 A;  3T6U A;  4RW2 A;  1LJH A;  1KIP C;  1LJN A;  1LSB A;  4X3B A;  2ZQ3 A;  1LSA A;  1LSY A;  3A96 A;  1VDT A;  5DLA A;  5ILF A;  3WUM A;  154L A;  1QTE A;  1WQN A;  4B4I A;  1OUI A;  4PRQ A;  2LHM A;  4H9A A;  1B9O A;  2BQM A;  1GF6 A;  4B4E A;  1GF7 A;  4PRU A;  1BQL Y;  1Z55 A;  1IX0 A;  3ATN A;  3WW5 A;  1YAO A;  2ZYP A;  4H9E A;  3WU7 A;  4DDC A;  4RLN A;  3E3D A;  1GB3 A;  1YL1 X;  1YAP A;  2W1M A;  4H9C A;  4LYM A;  3TXF A;  4ETE A;  4LT1 A;  1BVK C;  1DQJ C;  1GBY A;  3WPK A;  1LHM A;  4H9F A;  1C43 A;  1HSW A;  1OUH A;  5FEL A;  1OUE A;  1DPX A;  5AMY A;  3AZ5 A;  3TXH A;  4KT3 A;  135L A;  4H90 A;  4HTK A;  2Q0M X;  4J7V A;  3W6F A;  3AYQ A;  3D3D A;  1DI4 A;  4HPI A;  1GF5 A;  2D4J A;  2Z19 A;  2BQO A;  1CKC A;  1T6V L;  4II8 A;  1GFG A;  3A90 A;  1TEW A;  4LYZ A;  1XEI A;  4XJH A;  4LFX A;  1HFX A;  3WPL A;  3J6K A;  5LVG A;  2DQC Y;  5KKJ A;  1REY A;  2ZIK A;  4XJG A; 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 1JSE A;  4NSG A;  4N9R A;  4NGL A;  2FBD A;  3A6B Y;  1LSD A;  1GB6 A;  2FBB A;  1FLY A;  3AW7 A;  1B5X A;  2CJL A;  3ATO A;  4HJY A;  1LHJ A;  4NFV A;  2Z37 A;  1IWX A;  1LJ3 A;  1LSC A;  4B0D A;  1JIS A;  1XSF A;  4DDA A;  3QE8 A;  1LZC A;  4OWH A;  2BQC A;  1DZB X;  4PGJ B;  3GXR A;  4QEQ A;  4Z98 A;  1FKV A;  5KXR A;  1B5Y A;  1JUG A;  1E8L A;  2YSS C;  1G7M C;  2A7F A;  5EBH A;  4DD3 A;  1GBS A;  4CJ2 A;  4XYY A;  1B7Q A;  4LFP A;  5A3Z A;  2XBR A;  1LYO A;  1TAY A;  5F16 A;  1VAU A;  1BB4 A;  1XGQ C;  1FLW A;  1HSX A;  5HMJ A;  3AZ4 A;  3CQL A;  1F6R A;  3P64 A;  1ZMY L;  9LYZ A;  2BLX A;  3WMK A;  2MEA A;  1F10 A;  2YBH A;  2C8O A;  5FST A;  4LT0 A;  1DPW A;  1JKC A;  4ET9 A;  1CNS A;  3TMX A;  1QQY A;  1IOQ A;  1EQ4 A;  1KIR C;  3HBH A;  1GF3 A;  5D5F A;  1GFJ A;  3A34 A;  1JHL A;  4WG7 A;  1D9U A;  2BQL A;  3A93 A;  1LMA A;  5LVH A;  3TMV A;  1C46 A;  1YKX X;  4WLX A;  4N0J A;  1GXV 2;  1HEQ A;  1WQM A;  4KXI A;  1LAA A;  4H9H A;  4TX7 A;  4WO9 A;  1OUG A;  3CB7 A;  4XJD A;  1RFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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