1GE1A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at left-handed helical positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFAINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Role of non-glycine residues in left-handed helical conformation for the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ge1A00
4B49A 2BQBA 1I56A 1QTEA 4PGJB 3WVXA 5A3EA 1IP2A 132LA 4CFOA 2I26L 2DQAA 4XJHA 4HSFA 4HTNA 3WW6A 2D4KA 4WLDA 4WMGA 5DN4A 4OWEA 5KKJA 2B5ZA 3T6UA 2HTXA 2G4PA 3AGHA 1IP3A 133LA 2Z12A 2G4NA 3LN2A 4ETCA 1YAMA 4DD3A 2CWIA 3TXKA 1BWIA 1XFPL 2BQLA 3RZ4A 1JEFA 5HNLA 3ZVQA 5L3HA 2N5ZA 1LSDA 1HEWA 1LOZA 1LSCA 1B7NA 5I5QA 2HEFA 2DQCY 3TXIA 5HLLA 3P68A 1J1PY 4OWHA 1CKDA 1LZBA 2HECA 1DPWA 1IR7A 4G4HA 1GB5A 3W3EA 1NBYC 1XEIA 4NGLA 1LMOA 4HJVA 1NBZC 2W1YA 3HBDA 4HPIA 4CGEA 1IVMA 1B2KA 5IDDA 1GF7A 1IEEA 1LSBA 4LFPA 4YENA 1FKQA 1GE2A 1XGUC 2ZIJA 4ANRA 1AT6A 2MECA 1KIQC 2ZQ3A 4NHIA 5FSTA 3OK0A 4ZIXA 1GBOA 2CJLA 2A7FA 3ATOA 4LZTA 4FDYA 3TMVA 1HEMA 1JJ0A 1UACY 3W6AA 5I54A 1J1OY 1GEZA 1B7PA 1HF4A 2BLXA 1B5WA 1LZRA 1VFBC 1V7SA 4FJRA 1CKFA 1HSXA 4WM1A 1UA6Y 1WTMA 3AJNA 5KJ9A 2W1XA 1WQRA 4NG8A 4OWAA 4E3UA 5HMJA 1W6ZA 1C45A 1UIEA 2XBSA 3FE0A 4GCEA 4X3BA 4H8YA 1JWRA 3CSZA 5FDJA 5A3ZA 1OUGA 3J6KA 2Z39A 5F81A 3TXGA 3W6BA 4NWHA 6LYZA 1QIOA 4ETAA 1C46A 9LYZA 2Z38A 1OQMA 1IWZA 3AZ6A 4PRUA 4BAPA 5KXMA 4XENA 1HNLA 5I53A 5C6LA 4EOFA 2LZTA 2NWDX 4ET9A 4Z41A 5HNCA 1GFGA 1AZFA 2Z2FA 5KXKA 1JTPL 1LZ6A 3QNGA 4B0DA 5KXXA 1LTMA 5C6IA 2BQFA 1LJGA 1D0LA 4BAFA 4N0JA 4RW1A 3RNXA 4C5FA 1NDGC 2HEBA 4H8ZA 4RLMA 4ETEA 4NHTA 1T6VL 4I0CA 1GF9A 1BWJA 1BHZA 1H6MA 3EMSA 1DI5A 4LYBA 1LSZA 2BPUA 4TSBA 5AMYA 5LA8A 2HEEA 5I4YA 4R0FA 1DKKA 1B7QA 1GPQC 1UIHA 1TDYA 5KXPA 3LYMA 4R6CA 1NQIA 1UIGA 1O23A 2C8OA 1LZSA 2HEDA 3WPKA 2LYOA 5KXNA 153LA 1VATA 1XEJA 4PPOA 3TXJA 5B06A 1LZCA 5J7CA 2BQEA 2HU3A 5B59A 1IOTA 1D9UA 1LHIA 3G3AB 1BB5A 5F14A 2H5ZA 5APEA 3WUNA 4GCDA 4G4CA 4L41A 4DD0A 1GE1A 5KXZA 1GF8A 1LYOA 2DQGY 5DM9A 5LIOA 3TMUA 4LYMA 2MEHA 1LPIA 1B5VA 5I4WA 1CKCA 4XN6A 3TMXA 2BQKA 2YBNA 4OW1A 1TCYA 1HELA 4TX7A 1GB9A 1MLCE 5D5FA 3M3UA 4J0LA 3AGGG 1NDMC 1YROA 1BVKC 1GBSA 3EO5A 1NF5A 4MSTA 3WH1A 2W1MA 193LA 3SP3A 1LSEA 1LJ4A 2YBMA 5EBHA 1LHLA 5JENB 3AB6A 4G4BA 1DQJC 1C08C 4MR1A 1ZVHL 1YANA 5HMVA 4LYOA 1IWWA 3WYHA 4OWCA 1HEOA 2H9KA 2CDSA 1BB7A 1GBYA 4WM6A 4CHXA 4DT3A 3D9AC 5LYMA 3J4GA 1IP7A 1YL0X 3P66A 4YF2A 2ZILA 1OUHA 2HEAA 4HP0A 1KXYA 1EQ4A 5HQ1A 4RW2A 1WTNA 1WQPA 2BQCA 4D9ZA 1LJ3A 4IJ4A 5LYTA 3G3BB 4N1EI 1LSMA 3N9AA 4DDCA 5K7OA 1IC4Y 3BKVA 3MGWA 4H8XA 1FBIX 1LZDA 4II8A 4J7VA 2ZQ4A 1NWGA 134LA 2HUBA 1LMCA 1CNSA 1JPOA 2IFFY 1LSYA 4H91A 1IY4A 4NHQA 4NGOA 3IJUA 1B7SA 4ETDA 5LAFA 1GB8A 2EQLA 4NY5A 1YL1X 3TXHA 1GFAA 3WW5A 1GFKA 4WM3A 5D5CA 3WVYA 3AZ7A 1TBYA 5LVHA 2Q0MX 1LJKA 2MEFA 2Z18A 3IWRA 4OWBA 1BQLY 1YILA 1UBZA 5F9XA 1HENA 3WU9A 2ZNXY 1QQYA 1LZNA 1QUTA 1A2YC 1HMKA 3B6LA 1OUBA 1GFHA 1UIFA 3F6ZA 1IP1A 3HBEX 5LXWA 1JHLA 207LA 2Z19A 5B05A 1DKJA 3LYTA 1KXXA 1UCOA 1BWHA 1I1ZA 1XEKA 1AM7A 4H1PA 5B1GA 3A94A 1IC5Y 4NEBA 4WOAA 1GXXA 4Z3MA 3K3TA 4NSHA 2ZYCA 1GDXA 3CT1A 4OOOA 4NSGA 1N4FA 1OUCA 2A7DA 3FI7A 5I4XA 3P4ZA 4YEMA 1GBZA 3LHMA 1IR8A 4NGVA 1JKDA 1IORA 1PZYA 4XJIA 1SLYA 3A96A 3RW8A 1LSNA 1IO5A 1JSEA 4NGKA 4RLNA 1GD6A 1GF5A 1LMQA 4HV2A 4WG1A 5F16A 2WARA 1DZBX 1REMA 2D4JA 4DD2A 4DYGA 4NSIA 1IOSA 5DN5A 1LMTA 4H9IA 1LJFA 4OOTA 4DWXA 4DD7A 1EL1A 3LYZA 1C7PA 1H87A 135LA 1EQEA 1GE0A 1VDQA 2MEAA 4XJFA 5APDA 3WMKA 1GAZA 1GF6A 1FLYA 1HFZA 4GN3A 2F4GA 1BGIA 1JKCA 3B0IA 4UWNA 4A7DA 4KXIA 1GB0A 4DDAA 1C10A 2YSSC 3A6CY 4DDBA 4WM5A 5ILFA 4NGJA 4H93A 4M6DA 1FDLY 3AZ4A 1LJIA 1PS5A 1WQMA 1V7TA 1GB3A 5KXRA 1AT5A 4G9SA 4N9RA 2BQGA 1CKHA 7LYZA 3ZVQB 1IWYA 1GBWA 2I6ZA 2C8PA 4HTKA 1G7HC 4GLVA 3B0KA 1J1XY 4GCCA 4PHIA 3RU5A 1B9OA 1KIRC 1B5UA 4WG7A 1BB3A 3RT5X 5KXYA 1GFEA 1REXA 1B5XA 1SQ2L 1B0DA 1LHMA 154LA 1YAOA 1GE3A 4NWEA 4QDNA 1WVVA 1YAPA 3CSRA 3A91A 4YM8A 1HFYA 1NHEA 2BQAA 1GFUA 1DPXA 1W08A 2LZ2A 3E3DA 4ZFPA 1JIYA 1GFJA 1F10A 4P2EA 3W6EA 1B7LA 4NHSA 5F9UA 3WULA 3WXTA 1D0KA 1REZA 4GCBA 4H9EA 2VB1A 1JUGA 5LVIA 4M4OA 4GLAA 4LGKA 4QGZA 3GXKA 4WM4A 4DC4A 4EMNA 4IATA 1LMPA 2BQJA 4H9CA 4U3XB 1FLUA 4LYCA 3ATNA 3HBHA 1BB4A 1XSFA 1YIKA 2BQMA 1F6SA 3B72A 1FLWA 1B7RA 1CJ9A 3A8ZA 4XJGA 4KL7A 1P2CC 2DQDY 4ET8A 4Z98A 4NGIA 1OP9B 3VWOA 1FN5A 3A3QA 4YOPA 3A3RX 1B7OA 3A92A 3EBAB 2BLYA 1HC0A 1QDTA 2DQFC 2LYMA 3KAMA 3N9CA 1LZ9A 1JTOL 2CGIA 2GV0A 3TXFA 2D6BA 2Y8PA 1T3PA 3TMWA 5LVJA 4ML7A 1GDWA 1JKBA 1LHJA 3QE8A 1UIAA 1LHKA 1QSAA 3WL2A 4DD1A 1LZAA 5IELA 5FELA 4WL6A 2X0AA 3IJVA 3CSQA 2HU1A 1F6RA 5ILCA 1LCNA 5II3A 1C43A 2YBIA 2W1LA 4XJBA 1IWUA 1UUZC 3T36A 1D6PA 6LYTA 1IOQA 1YKYX 5C6JA 4ZEEA 1LZ1A 4HV1A 4BS7A 4TTDA 4J1BA 4NHPA 4NGWA 2DQIY 1GHLA 1LYSA 1QSWA 2YBHA 4LYZA 1RE2A 4N1CC 1G7JC 1LZTA 2YDGA 3TXBA 3P65A 1WQQA 3CT5A 2ZIKA 2BAAA 1OUEA 3W6DA 2I25L 1LZGA 3M18B 4H94A 2F2NA 1GFRA 1YQVY 1LZYA 1OUIA 2Z37A 5DLAA 1IWXA 5KXSA 1JTTL 2EIZC 1LMAA 2XTHA 1CJ7A 1HSWA 1RCMA 1I20A 1QUSA 1EQ5A 4N8ZA 4RDSA 1XGTC 1GBXA 2FYCA 4NFVA 1GAYA 4H9AA 1DI3A 1HERA 5KXTA 2Z2EA 5E9RA 1G7LC 3TXEA 4H9BA 1VAUA 1IIZA 1LZEA 4WL7A 3A34A 4TUNA 1RI8B 4HTQA 5E4PA 4UWUA 3WPJA 5APCA 3ZEKA 1DXJA 4WO6A 4PJ2C 5FHWA 4B4JA 1D0MA 4AGAA 1RFPA 2DQJY 1DI4A 1INUA 2MEIA 1D6QA 1UIDA 3A6BY 2BQOA 1VDTA 2DQEY 1GF4A 1KIPC 5L9JA 4NIJA 5DL9A 1TAYA 4WLTA 1GXV2 1VEDA 1IY3A 1IP5A 1UIBA 3P64A 3LYOA 4LT0A 5M1YA 5B1FA 2BQNA 2H9JA 1ZMYL 1LYZA 1G7IC 4J1AA 4LFXA 3W6FA 1NMMA 3WU7A 4BADA 8LYZA 5KXLA 2LYZA 1F0WA 1A4VA 4QY9A 4MCKA 3LZTA 2ZWBA 4KPMA 4O34A 4GN5C 1LSAA 4ETBA 3A93A 4LT3A 5LA5A 1Z55A 1G7MC 4PRQA 2EKSC 1JJ1A 1GF0A 2XJWA 2PC2A 4H9HA 5KXWA 1OUJA 1B5ZA 194LA 3EXDA 5APFA 5T3FA 4NGZA 1LKRA 2G4QA 4I8SA 1CJ8A 2MEDA 1IC7Y 1LZ5A 1UICA 3W6CA 1GWDA 1IP4A 1GB6A 2EPEA 4QEQA 3BKHA 1ALCA 1CJ6A 4XJDA 1FKVA 4XADA 3AYQA 2DQHY 1IX0A 1WQOA 1ZVYB 5L3IA 5LYZA 2ZNWY 1QDRA 4WLYA 4G49A 4GN4A 5LVGA 4W94A 3WPLA 4NGYA 4KT3A 4W96A 1WVUA 1IWTA 4LT1A 1JISA 3HFMY 1JJ3A 5LAGA 1XGRC 4WM2A 1CKGA 3WUAA 1BB6A 1YKXX 1KXWA 5KKIA 5KXOA 3LZ2A 1YAQA 3D3DA 4IASA 2MEBA 1GB7A 1JKAA 1GFTA 1HHLA 4NSJA 1LHHA 2YVBA 3A95A 4NG1A 1IP6A 4HPEA 1OUFA 2DBTA 2D4IA 5B07A 1AKIA 4TSCA 3TXDA 2AUBA 3CQLA 5FCPA 5KY1A 1NKHA 1VDPA 2BQIA 1GB2A 2MEEA 4N5RA 1B5YA 4HJZA 4XYYA 1LJHA 1LSPA 2RSCA 4LYTA 1UC0A 2FYDA 1JITA 3A67Y 1LZ4A 4TWSA 5LINA 1JSFA 4B4IA 4C3WA 4AXTA 3CB7A 2LHMA 1YKZX 1MELL 3OJPA 4DD9A 1LJEA 3AGIA 3GXRA 4Z46A 2FBDA 1GEVA 3B0OA 1QTKA 1HFXA 3N9EA 4WLXA 4YEOA 1LMNA 3ULRA 3WU8A 3CT0A 4B4EA 2F30A 3AZ5A 1LYYA 1VDSA 1WQNA 1ZV5L 1OUDA 1XGPC 4CFPA 1IOCA 1LSGA 1OUAA 1LJNA 4UWVA 3WUMA 1LKSA 4H92A 1HEQA 1HMLA 208LA 4B1AA 1BVXA 1LZ8A 2BQHA 3AW7A 4H9FA 5FEKA 2DKVA 1B7MA 2BQDA 1GF3A 2IHLA 1IWVA 1LJJA 2MEGA 2YBLA 2YBJA 3QY4A 3WXUA 5LVKA 1TEWA 4GCFA 4H90A 4WO9A 1GFVA 2ZYPA 4CJ2A 1E8LA 3AW6A 1LAAA 4HJYA 1LSFA 1XGQC 5IHGA 3A90A 1FLQA 1GE4A 1REYA 1RJCB 4LT2A 1IR9A 2F4AA 1HEPA 2D91A 2FBBA 2XBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
223LA 1QS9A 4PGJB 4HTNA 3WW6A 2D4KA 4WLDA 1LYGA 2B5ZA 2HTXA 2G4NA 156LA 2CWIA 1XFPL 2OE4X 1LOZA 2HECA 1DPWA 1NBYC 1WTHA 4I7SA 4HPIA 4CGEA 3GUMA 4LFPA 4W56A 162LA 4EKRA 1P56A 1C68A 112LA 1D2WA 4NHIA 5FSTA 3OK0A 1GBOA 3ATOA 1HEMA 1JJ0A 1D3MA 1UACY 1GEZA 252LA 1LZRA 1VFBC 4FJRA 1HSXA 1WTMA 3AJNA 5KJ9A 2W1XA 4OWAA 1L72A 3DMXA 4E3UA 5HMJA 1W6ZA 1UIEA 239LA 5A3ZA 1JWRA 1OUGA 5F81A 1PQJA 6LYZA 1T8AA 1L46A 3AZ6A 3V2YA 5I53A 4EOFA 2NWDX 4DKLA 4ET9A 1LI6A 1LZ6A 4B0DA 3LZMA 3OE0A 183LA 1NDGC 4I0CA 1BHZA 1JTMA 5LA8A 2HEEA 5I4YA 197LA 2F47A 1UIHA 196LA 3QAKA 4YXAC 1L65A 1UIGA 3WPKA 2LYOA 5B06A 3C8SA 5B59A 1L59A 1IOTA 1L05A 2H5ZA 5APEA 3WUNA 4G4CA 4L41A 5KXZA 3PBLA 3TMUA 4LYMA 1LPIA 1B5VA 1G07A 1L53A 1CKCA 3TMXA 2YBNA 1HELA 1GBSA 4ARJA 3WH1A 193LA 3SP3A 1LSEA 1LJ4A 2YBMA 1D2YA 1DQJC 1C08C 1YANA 4LYOA 1IWWA 1PQOA 1HEOA 2H9KA 3D9AC 5LYMA 1L0JA 1YL0X 142LA 4YF2A 4HP0A 137LA 1EQ4A 4RW2A 4D9ZA 3HTDA 5K7OA 4J7VA 1L91A 1L26A 171LA 225LA 1QTVA 4ETDA 2EQLA 1YL1X 3TXHA 1GFKA 5D5CA 5LVHA 2Q0MX 2MEFA 2OU8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B49 A;  2BQB A;  1I56 A;  1QTE A;  4PGJ B;  3WVX A;  5A3E A;  1IP2 A;  132L A;  4CFO A;  2I26 L;  2DQA A;  4XJH A;  4HSF A;  4HTN A;  3WW6 A;  2D4K A;  4WLD A;  4WMG A;  5DN4 A;  4OWE A;  5KKJ A;  2B5Z A;  3T6U A;  2HTX A;  2G4P A;  3AGH A;  1IP3 A;  133L A;  2Z12 A;  2G4N A;  3LN2 A;  4ETC A;  1YAM A;  4DD3 A;  2CWI A;  3TXK A;  1BWI A;  1XFP L;  2BQL A;  3RZ4 A;  1JEF A;  5HNL A;  3ZVQ A;  5L3H A;  2N5Z A;  1LSD A;  1HEW A;  1LOZ A;  1LSC A;  1B7N A;  5I5Q A;  2HEF A;  2DQC Y;  3TXI A;  5HLL A;  3P68 A;  1J1P Y;  4OWH A;  1CKD A;  1LZB A;  2HEC A;  1DPW A;  1IR7 A;  4G4H A;  1GB5 A;  3W3E A;  1NBY C;  1XEI A;  4NGL A;  1LMO A;  4HJV A;  1NBZ C;  2W1Y A;  3HBD A;  4HPI A;  4CGE A;  1IVM A;  1B2K A;  5IDD A;  1GF7 A;  1IEE A;  1LSB A;  4LFP A;  4YEN A;  1FKQ A;  1GE2 A;  1XGU C;  2ZIJ A;  4ANR A;  1AT6 A;  2MEC A;  1KIQ C;  2ZQ3 A;  4NHI A;  5FST A;  3OK0 A;  4ZIX A;  1GBO A;  2CJL A;  2A7F A;  3ATO A;  4LZT A;  4FDY A;  3TMV A;  1HEM A;  1JJ0 A;  1UAC Y;  3W6A A;  5I54 A;  1J1O Y;  1GEZ A; 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 4WM2 A;  1CKG A;  3WUA A;  1BB6 A;  1YKX X;  1KXW A;  5KKI A;  5KXO A;  3LZ2 A;  1YAQ A;  3D3D A;  4IAS A;  2MEB A;  1GB7 A;  1JKA A;  1GFT A;  1HHL A;  4NSJ A;  1LHH A;  2YVB A;  3A95 A;  4NG1 A;  1IP6 A;  4HPE A;  1OUF A;  2DBT A;  2D4I A;  5B07 A;  1AKI A;  4TSC A;  3TXD A;  2AUB A;  3CQL A;  5FCP A;  5KY1 A;  1NKH A;  1VDP A;  2BQI A;  1GB2 A;  2MEE A;  4N5R A;  1B5Y A;  4HJZ A;  4XYY A;  1LJH A;  1LSP A;  2RSC A;  4LYT A;  1UC0 A;  2FYD A;  1JIT A;  3A67 Y;  1LZ4 A;  4TWS A;  5LIN A;  1JSF A;  4B4I A;  4C3W A;  4AXT A;  3CB7 A;  2LHM A;  1YKZ X;  1MEL L;  3OJP A;  4DD9 A;  1LJE A;  3AGI A;  3GXR A;  4Z46 A;  2FBD A;  1GEV A;  3B0O A;  1QTK A;  1HFX A;  3N9E A;  4WLX A;  4YEO A;  1LMN A;  3ULR A;  3WU8 A;  3CT0 A;  4B4E A;  2F30 A;  3AZ5 A;  1LYY A;  1VDS A;  1WQN A;  1ZV5 L;  1OUD A;  1XGP C;  4CFP A;  1IOC A;  1LSG A;  1OUA A;  1LJN A;  4UWV A;  3WUM A;  1LKS A;  4H92 A;  1HEQ A;  1HML A;  208L A;  4B1A A;  1BVX A;  1LZ8 A;  2BQH A;  3AW7 A;  4H9F A;  5FEK A;  2DKV A;  1B7M A;  2BQD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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