1GE3A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at left-handed helical positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQGRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Role of non-glycine residues in left-handed helical conformation for the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ge3A00
3SP3A 2BQJA 4WL7A 1AT5A 1NHEA 2BQFA 3AGHA 1HERA 1VDTA 4LYZA 1KXYA 1GFUA 3AYQA 2LYZA 1GF4A 4NSIA 1IWYA 1OUFA 1GFTA 1WQRA 4OWCA 4GN5C 1GFRA 2MEIA 1KXXA 4BAFA 2HU3A 1CJ6A 1GF6A 1LJNA 2DQEY 1HSXA 4WLYA 1B7OA 2IHLA 1GB5A 2DQCY 3P4ZA 4XJIA 3LYZA 1LMNA 1EQ5A 2FYDA 4LFXA 5DN4A 4XJDA 2BPUA 3A6CY 5A3EA 1V7SA 2XTHA 5APDA 1OUBA 1GF3A 1YAPA 2DQHY 4G4HA 1GF5A 4LYMA 2EKSC 1UIAA 1NDMC 3HBDA 4NGKA 3RNXA 5DN5A 4LT1A 4MSTA 3LN2A 1HEMA 1LZRA 4NHTA 3ZVQA 1WVVA 3LYOA 1JUGA 4OWEA 5I53A 4IASA 2ZWBA 3W6DA 3TXJA 4DD0A 1B5VA 1IP4A 1GFGA 5LINA 3TXKA 3WULA 2D4JA 1ZV5L 1B9OA 1G7LC 1BGIA 4A7DA 5LVGA 2MEAA 1B5UA 3WXTA 1HELA 1BVXA 1W08A 1GF9A 1GBXA 2HEEA 4B4IA 3WXUA 3CSQA 4HPEA 2Z38A 3A91A 1XEIA 4J0LA 1IC4Y 4WM6A 3M3UA 5HNLA 5II3A 2YBNA 5HNCA 1HEQA 1OUGA 1IO5A 4PPOA 1QUTA 1Z55A 2N5ZA 1GFKA 4KXIA 1HMKA 1LMQA 1QDTA 3CSZA 1A2YC 1XGTC 1YQVY 3G3BB 1CJ7A 3QY4A 4NSGA 5LVKA 4H9HA 5T3FA 1HEWA 1PS5A 2NWDX 4XJFA 1H87A 2XBRA 4DD9A 2HEFA 1IR7A 1JITA 4FJRA 2D4IA 5ILFA 1IC7Y 1YKYX 2LZ2A 3A6BY 4B0DA 4FDYA 1LMOA 1JKBA 1XEKA 2Z2EA 1LZCA 4NGLA 1UIDA 2EIZC 1OUAA 4CGEA 3W6FA 4OWBA 1JJ0A 4U3XB 1LHJA 1LYYA 1DQJC 3WVXA 3J4GA 3G3AB 1G7IC 1CKHA 2MEBA 1UCOA 3WPKA 4R0FA 1EQEA 4CFPA 2ZNXY 5F16A 1D0MA 1UIEA 5LVJA 2F30A 2HEDA 3CT1A 4NGYA 3ULRA 5J7CA 2Z19A 2ZYPA 3B0IA 1JKAA 1J1PY 2DQFC 1B7RA 2G4PA 1GBZA 1AKIA 3EBAB 4N1CC 5APEA 3TXIA 2YDGA 1HENA 1GFJA 1RFPA 1JJ1A 2H9JA 4H9IA 1P2CC 1HSWA 4H1PA 4WLXA 4DDBA 5LAFA 1AZFA 5KJ9A 3A8ZA 5LA8A 1B7LA 4H8ZA 4ZEEA 3TXDA 1YIKA 1GEVA 1I56A 4DT3A 8LYZA 2I26L 1A4VA 2XJWA 1ZVYB 5FELA 4GLVA 3AB6A 4W94A 3WW6A 1RJCB 1QIOA 3P64A 2DQDY 1TBYA 1C08C 1IOTA 1B7PA 3T6UA 3B6LA 3ATOA 2MEHA 1GE4A 2LYOA 5B07A 3WYHA 5JENB 1LJGA 1LJ3A 2EQLA 1REYA 5I4YA 2C8OA 4G49A 1GF0A 1LHIA 4Z41A 1BWHA 3P65A 1JTPL 1LPIA 1REZA 4UWVA 1OP9B 1JHLA 4B1AA 5KKJA 4M6DA 5APFA 4NGIA 4N0JA 4RDSA 4B49A 4D9ZA 2I25L 3AZ7A 4H91A 1UIBA 5C6IA 1BVKC 4LYBA 3RU5A 1IWTA 1BB7A 1UICA 1GFVA 1VDSA 3OJPA 4HV2A 1TDYA 4J1AA 5K7OA 5LVHA 1KIRC 3RZ4A 4NGOA 3AGGG 1GDXA 4NHQA 1WQOA 3AW7A 5KXSA 5A3ZA 4NWHA 3ZVQB 1JPOA 1LZNA 2HEBA 4LT0A 1LSDA 2BLYA 4WG7A 3A93A 1JJ3A 1NMMA 4HJYA 1FLWA 2BQEA 1QQYA 1YL0X 1JKDA 2A7DA 2W1YA 1QSAA 1GAYA 3LZTA 4HJZA 1LSPA 1HFXA 1G7MC 2F4GA 1PZYA 3CT5A 1SLYA 2MEEA 5LA5A 2DQAA 1TCYA 1CJ8A 1OUDA 1IP7A 1JWRA 1LSFA 3AJNA 5FCPA 5HMJA 1SQ2L 2ZQ4A 1WVUA 2D4KA 4XN6A 4ETDA 3IJVA 1WTMA 4HSFA 4H94A 1LMTA 1V7TA 4R6CA 1GFEA 4DC4A 4PGJB 2BQHA 3W6AA 1JSFA 1VEDA 4GCBA 1NQIA 1GAZA 2VB1A 2BQNA 1O23A 4HTKA 4EOFA 1D9UA 5KXKA 1NWGA 1LHHA 1YAOA 4QGZA 4WMGA 4LYTA 4ZFPA 194LA 6LYZA 1I1ZA 1BB5A 3B0OA 3T36A 1B2KA 4MR1A 5LYMA 5IHGA 1QTKA 1NBZC 1VDPA 5LYZA 2ZILA 4WM4A 2ZNWY 4H8YA 4Z98A 2LZTA 4P2EA 4XYYA 1GDWA 1CNSA 4NY5A 154LA 3F6ZA 5KXMA 1DXJA 5IDDA 1HF4A 5HQ1A 2FBDA 1W6ZA 4H9BA 4ETBA 1F6RA 1WQPA 1GXXA 1IOSA 3B72A 4WM1A 5KXYA 2F4AA 1TAYA 5DL9A 1HFZA 1LSNA 1LZ8A 5KXZA 4LZTA 1LKSA 3W3EA 1G7JC 1REXA 1NF5A 2CJLA 3FE0A 3BKVA 3J6KA 3MGWA 1C7PA 4ETAA 1HMLA 5DLAA 1KXWA 3WU7A 4OW1A 1LYZA 4II8A 1OUIA 4XJHA 4PRUA 3TMVA 4H9CA 4H93A 1FN5A 4DD1A 4KPMA 4CJ2A 1IORA 3WPLA 2BQOA 4WM5A 5C6JA 1DPXA 4ANRA 1AT6A 4NGWA 2G4NA 2HECA 5B1GA 3TXEA 4ET8A 1LAAA 2HU1A 3ZEKA 1GE1A 1WQQA 1GBYA 4L41A 1DZBX 3ATNA 1UACY 1HEPA 3P68A 1LJKA 1NBYC 4N5RA 4M4OA 4W96A 4GN4A 1HC0A 2YVBA 4J7VA 3QE8A 4CFOA 2BQDA 5KXXA 4UWNA 4NHPA 4XADA 1YROA 5KXNA 2D91A 2BQBA 4BAPA 1GFAA 1AM7A 3IJUA 2RSCA 2D6BA 1D6PA 2HUBA 1MELL 2AUBA 1LSBA 2BQIA 4NGJA 3AZ5A 3LHMA 4H8XA 3AGIA 1IP2A 3CQLA 1LSCA 3BKHA 3GXRA 1YKZX 5LXWA 3AZ6A 1JKCA 2MEGA 5KXLA 2CDSA 4NSJA 1C45A 1LMAA 1LZBA 4J1BA 4N1EI 1QSWA 1F10A 4QDNA 2IFFY 1LHMA 1UIFA 4NGVA 3TMUA 7LYZA 4DD7A 4OOTA 3D9AC 1HEOA 5B1FA 1CKDA 5B06A 4RLMA 5KXTA 1DKJA 1LJEA 4RW1A 1XSFA 2GV0A 4WO9A 5KXRA 1LOZA 2BQMA 5F14A 2W1XA 1LYSA 1UUZC 3A34A 4LGKA 3KAMA 2HEAA 2LHMA 4LFPA 1IEEA 4DYGA 3QNGA 1LSAA 1IX0A 2PC2A 1UIGA 5ILCA 4GLAA 1CKGA 2MEFA 3OK0A 4TX7A 1HFYA 1BB4A 5C6LA 1IR9A 4G4CA 4YM8A 2YBMA 4AGAA 4LT3A 3LZ2A 5E4PA 2H5ZA 1HHLA 4YEOA 4TUNA 135LA 1DI5A 1DPWA 1F6SA 2ZQ3A 1LKRA 3N9AA 1NKHA 1VATA 3A67Y 134LA 5D5FA 4GCCA 1LZAA 3WH1A 2FYCA 4YENA 2XBSA 2BAAA 1GWDA 2Z12A 4LYCA 1CJ9A 1IIZA 4I0CA 3CSRA 1UC0A 1WTNA 5KXWA 2YBLA 4PRQA 2W1LA 4NEBA 1LHLA 1LSYA 1XGUC 2DQJY 5FEKA 2X0AA 4HPIA 5APCA 1LYOA 1RI8B 2Z39A 2H9KA 5EBHA 3RT5X 3WL2A 4HTNA 4WM3A 5L3IA 1KIPC 193LA 1HNLA 3CT0A 4GCFA 3WU9A 1EL1A 1T6VL 4YF2A 3D3DA 5L3HA 1IWXA 4TSCA 4RLNA 1IY4A 4C3WA 1BWIA 1B7QA 1IP6A 1RE2A 1CKCA 3W6CA 1YAQA 2DQIY 2MEDA 1T3PA 3A94A 3WUMA 2EPEA 4WO6A 4X3BA 5KXOA 4YOPA 4DWXA 1NDGC 1BHZA 1RCMA 5F81A 4TTDA 3EMSA 4H9EA 3TXGA 4IATA 1GFHA 1B5WA 1OUJA 3M18B 1JISA 1JIYA 1GBOA 1IP1A 1GE0A 3P66A 5IELA 5B59A 1LZ9A 3N9CA 2F2NA 3WMKA 1LZ1A 4HTQA 6LYTA 2YBIA 1UA6Y 4BS7A 1QTEA 1VAUA 1E8LA 4GCDA 1OQMA 1JTOL 1C46A 1DI4A 5KKIA 1BB6A 4TWSA 1D6QA 4H90A 1BQLY 1GE3A 3AW6A 1GB2A 1LZ5A 4WL6A 5I4WA 1FBIX 1GB7A 1KIQC 1XGQC 1VFBC 1FLYA 4QY9A 4WLTA 1LMCA 4WLDA 1YANA 4GCEA 5AMYA 3TMXA 1GD6A 4B4JA 4YEMA 3GXKA 2BQAA 1LJFA 1ZMYL 2A7FA 2YBHA 3WPJA 3WUAA 2I6ZA 3VWOA 1LZSA 4HJVA 4ML7A 1GB0A 2B5ZA 5LYTA 3N9EA 1XGPC 1LZYA 4DDAA 3WW5A 1LMPA 3A90A 1J1XY 2BQKA 3CB7A 1INUA 1B7SA 4WG1A 3HBEX 2ZYCA 3EXDA 1F0WA 4QEQA 5KY1A 1H6MA 2FBBA 1OUCA 3A95A 4H9FA 2YBJA 2MECA 3TXHA 1B5ZA 4EMNA 1GBSA 2BQGA 2Z37A 2BQCA 2G4QA 5M1YA 3LYTA 1I20A 1VDQA 4LT2A 4HV1A 1IR8A 4LYOA 2DQGY 1IC5Y 4H9AA 4HP0A 1LJHA 9LYZA 1LHKA 1QUSA 1IWUA 4IJ4A 4DDCA 5DM9A 4NG1A 5E9RA 1OUEA 1LJIA 2DKVA 3E3DA 5LIOA 4XJGA 1B5XA 5LAGA 4OWAA 4Z46A 1EQ4A 4NGZA 1LSEA 5B05A 1IOCA 1YL1X 2CWIA 1GHLA 1LJJA 132LA 1UIHA 2CGIA 1LSZA 1YKXX 4Z3MA 2LYMA 4CHXA 1IOQA 3TMWA 1LTMA 4O34A 133LA 1GB8A 3EO5A 4RW2A 4G9SA 4OOOA 3W6BA 4KT3A 1G7HC 1CKFA 1IP5A 4PJ2C 4TSBA 5HMVA 1GXV2 5L9JA 1WQNA 4G4BA 1XFPL 4ETCA 1GB6A 4H92A 1FKQA 5FSTA 1B0DA 3WU8A 1D0KA 1QDRA 4N9RA 1DKKA 1B5YA 1UBZA 4KL7A 5F9XA 3LYMA 1B7MA 3W6EA 1YAMA 2ZIJA 4PHIA 5LVIA 3AZ4A 2BLXA 2HTXA 2YSSC 4WOAA 2BQLA 4UWUA 4XENA 3FI7A 1D0LA 1JEFA 1JTTL 3A3QA 1IWWA 5KXPA 1GB3A 1LCNA 4WM2A 5I5QA 4ETEA 1DI3A 3HFMY 4NG8A 5FDJA 5I54A 4GN3A 4DD3A 4MCKA 3TXFA 1IVMA 1ALCA 1GB9A 4NWEA 1LZTA 208LA 3A92A 4BADA 4E3UA 3A3RX 153LA 4XJBA 4ZIXA 1LSMA 3K3TA 2C8PA 207LA 1J1OY 1N4FA 3RW8A 1GPQC 3IWRA 4NHSA 1LZ4A 1IY3A 2Z18A 1C43A 1WQMA 5D5CA 3B0KA 1LZEA 1TEWA 1LSGA 1IWVA 2Q0MX 1FKVA 1C10A 1IP3A 2W1MA 2Y8PA 4AXTA 1XEJA 4ET9A 2DBTA 4C5FA 4DD2A 2WARA 1GF8A 1BWJA 1ZVHL 3A96A 1LZ6A 1OUHA 4B4EA 4NSHA 4NHIA 3TXBA 2ZIKA 5HLLA 3HBHA 1B7NA 1GBWA 1GE2A 1IWZA 1JSEA 1GF7A 4N8ZA 4NIJA 5FHWA 3WVYA 3WUNA 5I4XA 2Z2FA 1LJ4A 1MLCE 1LZGA 1BB3A 4I8SA 4NFVA 1FLUA 1LZDA 1FLQA 1GEZA 4OWHA 1REMA 5F9UA 1YILA 1XGRC 1FDLY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BADA 2LYZA 1GF4A 4OWCA 4GN5C 2MEIA 1C68A 4BAFA 1L48A 1LJNA 4IAPA 1C6QA 1B7OA 162LA 1OVHA 2IHLA 123LA 3LYZA 261LA 3OE6A 2LC9A 1EQ5A 5DN4A 1L55A 1L35A 3G3WA 4EKQA 1C6PA 3FA0A 1LPYA 1C66A 1NDMC 4MSTA 3LN2A 1LZRA 3ZVQA 1JUGA 3DMZA 228LA 1L91A 1BGIA 4A7DA 257LA 4EPIA 1HELA 1GF9A 2HEEA 2Z38A 4I7NA 5II3A 1L56A 2YBNA 3HTDA 1HEQA 4PPOA 1PQIA 1XGTC 1C6LA 1L53A 1H87A 1JITA 4B0DA 1UIDA 1OUAA 1C6EA 1LHJA 3WVXA 252LA 3J4GA 2ZNXY 5F16A 3FI5A 167LA 1UIEA 211LA 3CT1A 1L60A 182LA 2Z19A 2DQFC 1GBZA 3TXIA 1D2WA 1HENA 1QS5A 4H9IA 1JJ1A 1C6DA 1HSWA 3GUMA 4H1PA 3A8ZA 4I7KA 148LE 1B7LA 4H8ZA 155LA 1I56A 1QUHA 259LA 141LA 1L25A 2MEHA 3WYHA 2LYOA 5JENB 104LA 1LJGA 2EQLA 5I4YA 217LA 4NGIA 3AZ7A 3RU5A 1G0LA 1BB7A 1C64A 4EJ4A 1L31A 1GDXA 1WQOA 5KXSA 1LZNA 1L97A 1LSDA 189LA 1QQYA 3LZTA 1L50A 2F4GA 3NY8A 3HU8A 145LA 1L94A 226LA 1CJ8A 1G0PA 180LA 209LA 1SQ2L 4ETDA 1LMTA 1V7TA 4DC4A 4PGJB 111LA 1VEDA 1QSQA 1NQIA 4EOFA 1D9UA 3C8QA 4ZFPA 1L43A 194LA 2Q9DA 232LA 4H8YA 4Z98A 2LZTA 4P2EA 1L11A 3F6ZA 1DXJA 1F6RA 1WQPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SP3 A;  2BQJ A;  4WL7 A;  1AT5 A;  1NHE A;  2BQF A;  3AGH A;  1HER A;  1VDT A;  4LYZ A;  1KXY A;  1GFU A;  3AYQ A;  2LYZ A;  1GF4 A;  4NSI A;  1IWY A;  1OUF A;  1GFT A;  1WQR A;  4OWC A;  4GN5 C;  1GFR A;  2MEI A;  1KXX A;  4BAF A;  2HU3 A;  1CJ6 A;  1GF6 A;  1LJN A;  2DQE Y;  1HSX A;  4WLY A;  1B7O A;  2IHL A;  1GB5 A;  2DQC Y;  3P4Z A;  4XJI A;  3LYZ A;  1LMN A;  1EQ5 A;  2FYD A;  4LFX A;  5DN4 A;  4XJD A;  2BPU A;  3A6C Y;  5A3E A;  1V7S A;  2XTH A;  5APD A;  1OUB A;  1GF3 A;  1YAP A;  2DQH Y;  4G4H A;  1GF5 A;  4LYM A;  2EKS C;  1UIA A;  1NDM C;  3HBD A;  4NGK A;  3RNX A;  5DN5 A;  4LT1 A;  4MST A;  3LN2 A;  1HEM A;  1LZR A;  4NHT A;  3ZVQ A;  1WVV A;  3LYO A;  1JUG A;  4OWE A;  5I53 A;  4IAS A;  2ZWB A;  3W6D A;  3TXJ A;  4DD0 A;  1B5V A;  1IP4 A;  1GFG A;  5LIN A;  3TXK A;  3WUL A;  2D4J A;  1ZV5 L;  1B9O A;  1G7L C;  1BGI A;  4A7D A;  5LVG A;  2MEA A;  1B5U A;  3WXT A;  1HEL A;  1BVX A;  1W08 A;  1GF9 A;  1GBX A;  2HEE A;  4B4I A;  3WXU A;  3CSQ A;  4HPE A;  2Z38 A;  3A91 A;  1XEI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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