1GF3A

Buried polar mutant human lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADSVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Contribution of polar groups in the interior of a protein to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gf3A00
2BQJA 1LHMA 5C6LA 1VAUA 3WU7A 4NY5A 5IELA 1LZ6A 4NSGA 1GF3A 3EMSA 1B7OA 3G3BB 2AUBA 4ZFPA 1LZ4A 1IP6A 5KXNA 1HELA 3WXUA 4LYCA 4XYYA 4BADA 4NIJA 1IP4A 4D9ZA 3E3DA 5II3A 1IY4A 3TXKA 1IP7A 2YBNA 1LHLA 3T6UA 1B5ZA 1XEKA 2MEEA 3QY4A 1LSPA 5KXOA 2YDGA 1JKAA 2BQGA 3CT5A 1IOSA 5I4YA 3TXJA 3LHMA 1AT6A 1V7TA 3WMKA 3P68A 3IJUA 1QUTA 5DN4A 5I4XA 1C43A 1GAZA 1YKYX 4GCCA 4EOFA 4HSFA 1HEWA 4N8ZA 3N9AA 1LJEA 5FSTA 3TXBA 1KIQC 4RLNA 1GE2A 2ZILA 1HEOA 1E8LA 2B5ZA 5HNLA 3MGWA 4J1AA 4PGJB 1AKIA 3QNGA 3CT0A 1GFGA 4H8XA 4G4CA 4RDSA 3F6ZA 3AGIA 3OK0A 4LYZA 1LJ4A 1GF5A 1H87A 4O34A 4Z46A 1DXJA 4IATA 4XN6A 1YAMA 3AZ5A 154LA 1LZNA 2MEHA 1LJFA 1CKFA 5APFA 5HMVA 4HP0A 1LHKA 4OWHA 2EPEA 3BKHA 5I53A 3G3AB 1LZ9A 1CJ7A 1LMQA 2YBMA 1NQIA 5E4PA 2Z2EA 4H8ZA 3HBHA 3VWOA 1GXV2 4UWNA 5APCA 1GFTA 5KKIA 4KPMA 4OOOA 4XENA 1XGQC 3LN2A 4HTNA 4YM8A 5APEA 1GB8A 4P2EA 6LYTA 4NSJA 4HPEA 1GEVA 4H9IA 4TUNA 1WTMA 4TTDA 4WM3A 1LYSA 4R6CA 1LSMA 1YILA 1CKDA 1HF4A 1LSBA 208LA 2I26L 5EBHA 3TMWA 4H93A 3W6FA 4C5FA 3A90A 1XFPL 4C3WA 1REXA 5LVIA 2MEIA 5K7OA 2LYMA 1YL1X 3AW6A 1XSFA 1LZSA 1F6SA 1I20A 1LYYA 3A6BY 1B5WA 1UUZC 4QGZA 5HNCA 5B05A 4NGZA 2FYCA 4OW1A 1OP9B 1N4FA 1NHEA 1OQMA 1FLQA 2XBSA 4I8SA 4GN3A 1C45A 1B9OA 1JISA 4NGIA 1T6VL 4LT2A 4XJHA 1SLYA 4CFOA 3ZVQA 5FCPA 4NGLA 5DL9A 2LZTA 2C8OA 2XJWA 1HENA 2YVBA 1W6ZA 1GFRA 4H90A 5HMJA 1D0KA 1LMOA 1OUBA 3EXDA 4HPIA 153LA 5LAFA 1OUAA 3GXRA 4PPOA 3A91A 1UICA 5KXWA 1JKDA 2BQDA 4ZIXA 1LSNA 4LYOA 1B7RA 1GFHA 1NWGA 1LMNA 1LZDA 1IWYA 4B0DA 1QUSA 1RCMA 1DPWA 1LZBA 7LYZA 4TSBA 1B5YA 4WM6A 4Z98A 4BAPA 5HLLA 3CQLA 2D4IA 2I6ZA 4WOAA 5LIOA 1I56A 1LSYA 4DWXA 3OJPA 4DDCA 5KXXA 2MECA 1J1PY 3W3EA 1GB0A 1VDPA 1OUCA 1DKJA 1HEPA 5KXZA 2ZYPA 1GB9A 1UIAA 3LYZA 4MSTA 3K3TA 3RT5X 1YANA 1IVMA 2XBRA 1V7SA 1GBWA 1LZRA 3GXKA 2LZ2A 3A94A 4HTQA 3LYOA 2EKSC 1YROA 1QQYA 5I5QA 4OWEA 2BQOA 3CSQA 2F4AA 1DI4A 1C10A 1IP5A 1REMA 1DKKA 1YQVY 1IWTA 1IWZA 1GB7A 1B7NA 1JSFA 2D91A 1CKCA 1KIPC 4ML7A 3T36A 4WG7A 1JIYA 3AJNA 1OUHA 1REZA 4NGVA 1LMCA 4ZEEA 3A67Y 3AW7A 2G4QA 5LAGA 1LSEA 2DQHY 1LSDA 1LJHA 2LYZA 4GN5C 1XGTC 4G49A 4N9RA 1IX0A 4QEQA 1EQ4A 3TMUA 1IC7Y 4H1PA 1GEZA 1I1ZA 1LHJA 1JJ1A 1VFBC 1HC0A 1LZEA 2H9KA 1UIFA 1UC0A 4DD0A 1HNLA 1B7SA 6LYZA 2FYDA 3CT1A 1BWIA 1GB3A 4NWHA 2BLXA 3RW8A 1F10A 1HSWA 2PC2A 4H9AA 2Z39A 1WQQA 1H6MA 1AT5A 3J6KA 4N1CC 5DM9A 5I54A 1KIRC 1F0WA 5KKJA 1ZMYL 1OUDA 1QDTA 1NKHA 1RE2A 4WLYA 1BQLY 5LVHA 1BGIA 1WVVA 1IOCA 4HJVA 4WMGA 1WTNA 1HFXA 5DLAA 5KXPA 5B59A 2YBJA 3N9CA 1GPQC 3ATNA 3BKVA 1G7LC 4NG1A 4NSIA 3AZ6A 3WL2A 5B07A 1G7HC 3B0KA 4GLVA 2W1LA 3W6CA 5LVKA 2BQMA 1FDLY 1LJKA 2F2NA 2HEAA 4CHXA 1LMTA 3WUMA 4KL7A 1LKSA 4M6DA 3RNXA 1UCOA 4R0FA 1GHLA 1GFKA 2Z2FA 4H8YA 4NG8A 3WPKA 1RI8B 1EQ5A 2ZYCA 1FLUA 2G4NA 3TMVA 3A92A 2HUBA 2GV0A 1EQEA 5F14A 2RSCA 5KXMA 2DQEY 1CNSA 4LFPA 2CWIA 1GF6A 1GBYA 1W08A 1IR8A 4H9HA 1D6QA 5D5FA 2Z37A 3TMXA 3TXEA 5FDJA 4LFXA 4NFVA 1IC4Y 2HU1A 4B4EA 1DI3A 4DD3A 2DBTA 1VDQA 5L3HA 4NGYA 4ET8A 4YOPA 1IP2A 1XEIA 3CSZA 5LVJA 1QSWA 5DN5A 4IASA 3WUNA 4YF2A 4KT3A 4NHSA 5J7CA 4IJ4A 5LA8A 1WQRA 4OWBA 5KXSA 3WVXA 2HEBA 2FBBA 1GB6A 4MCKA 4G4BA 5LXWA 4J1BA 1GDXA 4XJDA 1CKGA 2BQLA 2FBDA 4WG1A 1A4VA 2DQIY 5C6JA 1IP1A 4OWAA 3TXDA 1IO5A 1MLCE 1GFEA 4B4JA 1IR9A 2W1MA 4NGKA 4GLAA 2HU3A 1UIHA 2BQBA 1LZ1A 3P4ZA 2YBHA 4WM1A 5FHWA 1JTTL 3P66A 2MEAA 5F16A 4XJIA 2G4PA 1AZFA 2BQEA 2I25L 4HV2A 2H9JA 1J1XY 1YAQA 2DQAA 4ETBA 2MEDA 4XJGA 1TAYA 3W6EA 1GWDA 4HJZA 2DQFC 5LYZA 4BS7A 1KXYA 5LINA 4LT3A 4NEBA 4WL6A 1J1OY 1ZVHL 1RJCB 2BLYA 1CKHA 4H9BA 4QY9A 5A3EA 4GCBA 1BB4A 1UIDA 4ET9A 1GBZA 2BQKA 4LT0A 5LVGA 1LOZA 3LZ2A 1IIZA 1JPOA 4OWCA 4TX7A 1LYOA 1QTKA 2BAAA 2ZQ4A 3A3QA 5M1YA 1QTEA 1HMKA 4LT1A 4WL7A 2X0AA 2HEFA 1ALCA 1CJ6A 5L9JA 1FLYA 1UACY 2BQNA 4X3BA 5L3IA 1BWJA 4W94A 1JEFA 1QSAA 1YL0X 2BPUA 4LYBA 4PHIA 1BWHA 3W6BA 4CJ2A 5KXYA 2DQGY 1IOQA 1GBXA 1XEJA 2MEBA 3AGHA 1GF9A 4PJ2C 1GFVA 4NWEA 1WVUA 3IWRA 5T3FA 134LA 3FI7A 1GE1A 1LSZA 1IR7A 1TBYA 2MEGA 1HEMA 4N0JA 3A93A 4HJYA 1HSXA 1IORA 1YAPA 1LPIA 4LYTA 3WPLA 1NDGC 5APDA 2F30A 2Z12A 3A95A 4ETAA 1JHLA 1LJ3A 1DZBX 3B0OA 3LZTA 1D0MA 1CJ9A 4MR1A 1FBIX 1TEWA 3AGGG 2LYOA 4GCDA 4ETEA 3A6CY 2ZQ3A 1OUFA 3B0IA 4NSHA 4NHIA 4DD9A 1WQMA 2MEFA 1GBSA 1OUIA 1GF8A 4RW2A 3WW6A 4DD1A 1NF5A 193LA 1HFZA 4W96A 5IDDA 2HECA 3WW5A 4DDAA 1GD6A 5LA5A 1JJ0A 1XGUC 135LA 3TXFA 1XGPC 1LJGA 1LZCA 1YIKA 3KAMA 2LHMA 5KJ9A 4RLMA 1B5UA 1LZYA 3W6AA 3A8ZA 4AGAA 1BHZA 4GCFA 3WULA 1IP3A 2HEDA 1WQPA 1LMAA 1JITA 1HMLA 2ZNXY 5F81A 2ZIKA 3TXHA 3B72A 4NHTA 1REYA 3TXGA 2YBIA 132LA 1GFUA 3ULRA 1C08C 1WQNA 2IFFY 3AYQA 3M18B 1EL1A 1DQJC 1MELL 2ZIJA 2DQCY 3A34A 4NHPA 3SP3A 4DT3A 1BB5A 1IWVA 2D6BA 2Y8PA 5B1FA 1PS5A 1F6RA 1XGRC 1BB7A 1GE4A 2A7DA 1LJJA 1NBZC 4XJFA 3IJVA 3ZVQB 5I4WA 1NMMA 9LYZA 1WQOA 4CGEA 1FN5A 1UIGA 5FEKA 1JKCA 1LZ5A 1LHHA 3ATOA 1LTMA 4WLTA 4J0LA 1KXXA 4WO9A 1T3PA 1D6PA 1VDTA 2W1YA 1B2KA 133LA 1HHLA 4WLXA 4YENA 1HEQA 2F4GA 1ZV5L 1GE0A 1UA6Y 4YEOA 4H9EA 1LJIA 2BQIA 1LAAA 1LSFA 3J4GA 4ETDA 1JSEA 1UIEA 5FELA 1VDSA 3WYHA 4DYGA 3WVYA 5LYTA 5KXLA 1GFJA 1GF4A 1LKRA 4H92A 4DD2A 2D4JA 1AM7A 2BQCA 207LA 3EO5A 3WU9A 3N9EA 4ANRA 1DI5A 4LYMA 1FKVA 1JKBA 4A7DA 4XADA 1Z55A 4Z3MA 1BB3A 1JTOL 5E9RA 2Z18A 2HTXA 1NBYC 1GDWA 2DQDY 1LSAA 2DKVA 3D3DA 5C6IA 4GN4A 1QDRA 1BVXA 1OUEA 4H9CA 3AZ7A 3A96A 4XJBA 2BQFA 1B7PA 1YKXX 1BVKC 5JENB 4WLDA 1G7MC 1B7QA 4Z41A 4FDYA 1LSCA 1A2YC 1FKQA 1B5VA 2D4KA 2BQAA 2YBLA 3CSRA 4E3UA 4II8A 1TDYA 1LYZA 2VB1A 1GFAA 4HTKA 4J7VA 2C8PA 1IC5Y 1BB6A 1LZAA 1QIOA 3QE8A 4H91A 1KXWA 4BAFA 3AZ4A 1LMPA 1OUJA 4WM5A 5B06A 1DPXA 2CJLA 3FE0A 4M4OA 4DC4A 4FJRA 1TCYA 5B1GA 1VEDA 2BQHA 4RW1A 3CB7A 1VATA 2Q0MX 5F9XA 4AXTA 3P64A 1JUGA 3WUAA 3A3RX 2N5ZA 1GB2A 4WM2A 1GF0A 4UWUA 2DQJY 1IY3A 4H94A 4TWSA 4L41A 3EBAB 5KXRA 1P2CC 5F9UA 2W1XA 1ZVYB 4I0CA 1LJNA 1CJ8A 3D9AC 1UBZA 4B49A 1JWRA 2ZNWY 5KY1A 5LYMA 1GB5A 1B0DA 1D0LA 5A3ZA 1IWUA 1FLWA 1LSGA 4G4HA 1LHIA 4PRUA 3WU8A 4H9FA 1LZ8A 3P65A 1LCNA 1UIBA 3AB6A 4UWVA 2Z19A 1RFPA 4B4IA 3WXTA 4DDBA 2YSSC 1IWXA 3TXIA 8LYZA 194LA 3LYMA 4PRQA 3HBDA 4LGKA 1HFYA 3W6DA 4NGOA 1OUGA 4NGJA 2ZWBA 1GAYA 4DD7A 1B5XA 2EQLA 5HQ1A 4CFPA 3HFMY 1IEEA 3LYTA 4NGWA 1G7JC 2XTHA 1GBOA 1O23A 2WARA 4NHQA 1IWWA 1B7LA 3WPJA 1C46A 3WH1A 2A7FA 2HEEA 1LZGA 3B6LA 4EMNA 1NDMC 2EIZC 5KXTA 1LZTA 2NWDX 3M3UA 1JTPL 4ETCA 5ILFA 1YKZX 4G9SA 1PZYA 2Z38A 4OOTA 4YEMA 1GXXA 4GCEA 3HBEX 4U3XB 5AMYA 4HV1A 3RU5A 1C7PA 5KXKA 1IOTA 4WM4A 5ILCA 1JJ3A 1SQ2L 2IHLA 3ZEKA 1YAOA 1B7MA 1D9UA 1G7IC 4N5RA 3RZ4A 4N1EI 1GF7A 1HERA 5D5CA 1GE3A 4TSCA 4B1AA 5IHGA 1INUA 4QDNA 2CGIA 4LZTA 2H5ZA 4WO6A 2CDSA 4KXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WU7A 1B7OA 3G3BB 2OTYX 1HELA 4BADA 1IP4A 4D9ZA 3E3DA 3TXKA 1B5ZA 2MEEA 3QY4A 1JKAA 3CT5A 1ZURA 1AT6A 1V7TA 205LA 3HH4A 3DMXA 4HSFA 1L87A 3TXBA 252LA 1GE2A 1TLAA 2ZILA 1E8LA 3CT0A 4H8XA 4G4CA 4EPIA 4LYZA 1H87A 166LA 1DXJA 5HMVA 114LA 1LHKA 3DN8A 3HU8A 4OWHA 1L94A 4W56A 2YBMA 119LA 4EPFA 1GXV2 5KKIA 4XENA 4HTNA 4YM8A 149LA 1WTMA 4WM3A 191LA 208LA 3SBBC 5K7OA 2RBQA 1XSFA 5HNCA 1I20A 4QGZA 1UUZC 2FYCA 4OW1A 2XBSA 1L82A 4I8SA 3ZVQA 2LZTA 1W6ZA 4H90A 5HMJA 1LMOA 1OUBA 3EXDA 4ARMB 1OUAA 4PPOA 5KXWA 1B7RA 1GFHA 1L86A 1LZDA 1QSBA 4TSBA 161LA 4Z98A 1PQJA 1LSYA 2MECA 1J1PY 1D2YA 1UIAA 3K3TA 1LZRA 3GXKA 3A94A 2EKSC 2BQOA 3CSQA 1DI4A 168LA 1B7NA 1JSFA 1P36A 2D91A 232LA 1QUGA 5LAGA 231LA 1L11A 1LSEA 2LYZA 1L93A 1IX0A 1C6NA 1HC0A 1GEZA 2NTGA 1UIFA 4DD0A 4NWHA 1L31A 2PC2A 4H9AA 1L02A 110LA 3J6KA 1WQQA 1AT5A 1L76A 1L27A 5DM9A 1KIRC 5I54A 1F0WA 1ZYTA 5LVHA 5B59A 1HFXA 3N9CA 1GPQC 3BKVA 187LA 4NSIA 170LA 5B07A 3B0KA 1QUOA 3HDFA 1FDLY 4CHXA 1LKSA 1UCOA 1RI8B 1CU3A 2ZYCA 1DYGA 3A92A 1KNIA 4LFPA 4W52A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQJ A;  1LHM A;  5C6L A;  1VAU A;  3WU7 A;  4NY5 A;  5IEL A;  1LZ6 A;  4NSG A;  1GF3 A;  3EMS A;  1B7O A;  3G3B B;  2AUB A;  4ZFP A;  1LZ4 A;  1IP6 A;  5KXN A;  1HEL A;  3WXU A;  4LYC A;  4XYY A;  4BAD A;  4NIJ A;  1IP4 A;  4D9Z A;  3E3D A;  5II3 A;  1IY4 A;  3TXK A;  1IP7 A;  2YBN A;  1LHL A;  3T6U A;  1B5Z A;  1XEK A;  2MEE A;  3QY4 A;  1LSP A;  5KXO A;  2YDG A;  1JKA A;  2BQG A;  3CT5 A;  1IOS A;  5I4Y A;  3TXJ A;  3LHM A;  1AT6 A;  1V7T A;  3WMK A;  3P68 A;  3IJU A;  1QUT A;  5DN4 A;  5I4X A;  1C43 A;  1GAZ A;  1YKY X;  4GCC A;  4EOF A;  4HSF A;  1HEW A;  4N8Z A;  3N9A A;  1LJE A;  5FST A;  3TXB A;  1KIQ C;  4RLN A;  1GE2 A;  2ZIL A;  1HEO A;  1E8L A;  2B5Z A;  5HNL A;  3MGW A;  4J1A A;  4PGJ B;  1AKI A;  3QNG A;  3CT0 A;  1GFG A;  4H8X A;  4G4C A;  4RDS A;  3F6Z A;  3AGI A;  3OK0 A;  4LYZ A;  1LJ4 A;  1GF5 A;  1H87 A;  4O34 A;  4Z46 A;  1DXJ A;  4IAT A;  4XN6 A;  1YAM A;  3AZ5 A;  154L A;  1LZN A;  2MEH A;  1LJF A;  1CKF A;  5APF A;  5HMV A;  4HP0 A;  1LHK A;  4OWH A;  2EPE A;  3BKH A; 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 4AXT A;  3P64 A;  1JUG A;  3WUA A;  3A3R X;  2N5Z A;  1GB2 A;  4WM2 A;  1GF0 A;  4UWU A;  2DQJ Y;  1IY3 A;  4H94 A;  4TWS A;  4L41 A;  3EBA B;  5KXR A;  1P2C C;  5F9U A;  2W1X A;  1ZVY B;  4I0C A;  1LJN A;  1CJ8 A;  3D9A C;  1UBZ A;  4B49 A;  1JWR A;  2ZNW Y;  5KY1 A;  5LYM A;  1GB5 A;  1B0D A;  1D0L A;  5A3Z A;  1IWU A;  1FLW A;  1LSG A;  4G4H A;  1LHI A;  4PRU A;  3WU8 A;  4H9F A;  1LZ8 A;  3P65 A;  1LCN A;  1UIB A;  3AB6 A;  4UWV A;  2Z19 A;  1RFP A;  4B4I A;  3WXT A;  4DDB A;  2YSS C;  1IWX A;  3TXI A;  8LYZ A;  194L A;  3LYM A;  4PRQ A;  3HBD A;  4LGK A;  1HFY A;  3W6D A;  4NGO A;  1OUG A;  4NGJ A;  2ZWB A;  1GAY A;  4DD7 A;  1B5X A;  2EQL A;  5HQ1 A;  4CFP A;  3HFM Y;  1IEE A;  3LYT A;  4NGW A;  1G7J C;  2XTH A;  1GBO A;  1O23 A;  2WAR A;  4NHQ A;  1IWW A;  1B7L A;  3WPJ A;  1C46 A;  3WH1 A;  2A7F A;  2HEE A;  1LZG A;  3B6L A;  4EMN A;  1NDM C;  2EIZ C;  5KXT A;  1LZT A;  2NWD X;  3M3U A;  1JTP L;  4ETC A;  5ILF A;  1YKZ X;  4G9S A;  1PZY A;  2Z38 A;  4OOT A;  4YEM A;  1GXX A;  4GCE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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