1GF7A

Buried polar mutant human lysozyme
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVTRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of polar groups in the interior of a protein to the conformational stability
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gf7A00
5ILFA 3W6DA 4GCFA 5FELA 1GF7A 1VEDA 2BQAA 4R6CA 4LZTA 1GBXA 1G7HC 4PGJB 3WH1A 5I54A 1GDXA 3WUAA 2BAAA 1W6ZA 1AZFA 2Y8PA 4CJ2A 4MSTA 4YF2A 5L9JA 4B49A 5KXRA 2H9JA 1HMKA 2DQEY 1GF4A 3WVYA 4NFVA 5DLAA 3W6FA 1GFJA 4G4CA 4CGEA 1LZSA 2DQAA 4LFXA 4B0DA 2BQOA 1B5WA 1IEEA 4RDSA 2F4AA 2MEEA 2HU1A 1T3PA 3P66A 1KIPC 2HTXA 1EQEA 5C6IA 4ETAA 3TXDA 1LZTA 5KXZA 2YBMA 4HP0A 5KKJA 4LYOA 1TDYA 5IELA 1UACY 2B5ZA 1OUIA 2BQBA 5L3IA 1JKDA 4LT2A 3WPKA 2BQNA 4YENA 1GBZA 4B4JA 5EBHA 4YM8A 1BB3A 1LZ6A 2YBJA 1BQLY 2EKSC 4PPOA 1GWDA 2C8PA 2D4IA 1OUHA 1UC0A 1UIEA 1WTMA 1WVUA 2A7DA 2Z38A 4J1AA 4WO9A 2HEDA 4CFOA 2HUBA 4WOAA 1HEMA 1LSAA 1KXXA 1IP7A 1JSFA 1LHHA 1ALCA 1REYA 1LMCA 1GHLA 1DPXA 1GD6A 1HENA 1LZ1A 4HV1A 4DDBA 5HMVA 4MR1A 4GN3A 4NGVA 4XJDA 3WVXA 1UIBA 1CKFA 3A95A 1FDLY 4AXTA 1A2YC 5FEKA 4IATA 4W96A 2G4QA 4HPEA 2XTHA 4H94A 1GB9A 1W08A 1V7TA 1JISA 4WM2A 4B4IA 1LHJA 4CFPA 1NKHA 4NHQA 1LZEA 1GAZA 3LZ2A 1OUAA 2DQCY 2YSSC 1A4VA 3EBAB 2H9KA 2BQJA 5IDDA 4XJGA 4UWUA 1FLWA 1UUZC 5DM9A 4DT3A 4ETCA 1F0WA 3LHMA 4ML7A 4NG8A 1WVVA 1GBWA 3AZ4A 4NHIA 1LHKA 4NGWA 1H87A 1GFVA 1LMNA 2D4KA 1IP1A 1BB5A 2LZTA 3A94A 5HNCA 1I56A 1IC7Y 4TTDA 4ETDA 194LA 5APEA 1GFUA 2FYCA 4NHTA 5LYTA 3AJNA 1T6VL 2MEFA 1XSFA 1LPIA 3HBHA 2G4PA 2BPUA 4G9SA 4LYCA 4NEBA 1LSGA 4NSGA 1XGRC 4TWSA 1IWUA 1JUGA 4D9ZA 3P4ZA 1LMOA 3ATNA 1OUEA 1QDRA 4LYTA 3RW8A 3AYQA 4HTQA 4N8ZA 1DZBX 4KPMA 1B9OA 5LINA 2DBTA 1YKYX 1GFHA 5F14A 3EO5A 1YKZX 1UIFA 4IJ4A 1FLUA 5DN4A 3WPLA 1C10A 2BLYA 5F9XA 1VDTA 1VDPA 1CKCA 1LHIA 1LMAA 4TUNA 1B7QA 5F81A 1FN5A 3CSZA 2MEIA 4OOOA 4DD7A 1D6QA 3D3DA 1QQYA 4WM1A 1LZ4A 5B06A 2F2NA 3TMUA 3TXKA 1C08C 4C5FA 2HU3A 4WLYA 1JKAA 4C3WA 3AW6A 1QDTA 3CT1A 4DDCA 4B1AA 1GAYA 2F4GA 1PZYA 2W1YA 1OUDA 3A96A 2ZNWY 3AB6A 4G4HA 4WM4A 4DD9A 2XBSA 7LYZA 1B5UA 4FDYA 1OP9B 1GB7A 1GE4A 1EQ4A 1D6PA 1HSWA 2I25L 1LYSA 4UWNA 5KXOA 1GBOA 1HEPA 1XGTC 1IY3A 1GDWA 1CJ8A 1GFAA 4H9IA 3OJPA 4GN4A 4NHPA 1D9UA 5LVGA 4H8ZA 4NY5A 4BAFA 4WL7A 2D4JA 4OWBA 1IORA 1OUBA 1B5XA 1LZNA 3A91A 3W6BA 1B5ZA 5KXYA 4HTKA 4DD1A 5KXPA 2D6BA 3WW6A 4KL7A 5KXWA 3TXEA 4TX7A 1G7LC 2HECA 2CWIA 1JIYA 1G7IC 1JTPL 2DKVA 1JSEA 135LA 1B5YA 4J0LA 5F9UA 1VDSA 1YAOA 2Z18A 1HELA 1JKBA 1JITA 4NGYA 4ZEEA 1GE2A 5I4XA 4AGAA 3HBEX 4NGKA 3IWRA 1SQ2L 1JTOL 4NGIA 1IP4A 4TSBA 3F6ZA 1GFKA 1C7PA 1Z55A 2HEBA 2Z12A 1FLQA 1B7PA 1JHLA 4WO6A 4OWAA 3ZVQA 2A7FA 1YAPA 6LYTA 1REXA 4RLNA 1D0MA 1IOQA 3B0OA 4ETEA 4GCCA 2C8OA 3CB7A 5AMYA 5KXTA 1G7MC 1LSPA 1LZ8A 1WQQA 3WXTA 1QSAA 4YOPA 1QIOA 2NWDX 1LJFA 1HEQA 3A34A 3SP3A 4EOFA 1LSMA 1OUFA 1JJ3A 3AZ6A 5I5QA 2GV0A 2DQIY 1I1ZA 1UIAA 1TAYA 3OK0A 5LA5A 193LA 1IY4A 2FBBA 2MECA 3CT0A 5D5FA 3WPJA 1GEZA 4G4BA 5APFA 1DI5A 5KJ9A 1IOSA 2D91A 4YEOA 5C6JA 2MEHA 4NIJA 1NBYC 2LYMA 3T36A 1NDGC 1RJCB 132LA 4J1BA 1LKSA 1YKXX 1IP3A 4GN5C 1C45A 2MEGA 3MGWA 5I53A 1B5VA 3AZ5A 4W94A 4XENA 1HFYA 4O34A 4J7VA 3T6UA 3N9CA 1LJ4A 4II8A 3TMVA 2VB1A 5B05A 1OUGA 3TXFA 1AT6A 1B2KA 1WQMA 1B7OA 1NF5A 3D9AC 5I4WA 1GB5A 1HNLA 5LXWA 1E8LA 5K7OA 1UIDA 5HLLA 3N9EA 1J1XY 1J1OY 2LZ2A 4U3XB 1IWXA 1LYYA 1LSYA 4N5RA 2Z39A 3CSQA 1LSZA 1YQVY 1RCMA 4YEMA 2YVBA 4RW1A 3TXBA 1GXV2 5I4YA 1GEVA 3WU7A 1H6MA 1BWHA 3QY4A 1D0LA 4PHIA 3GXRA 1G7JC 5F16A 4EMNA 1LZDA 4ETBA 1QTEA 2ZWBA 1QTKA 1JJ1A 1LAAA 1GE3A 1HFXA 2DQFC 1IC5Y 1LSNA 4N9RA 4M6DA 1DQJC 2BLXA 1FLYA 2ZIKA 1GE0A 1YILA 4NGJA 1MELL 1WQRA 5A3EA 4OWEA 1DKKA 1B7SA 5DN5A 2BQIA 4IASA 5KKIA 1GE1A 1AM7A 1REMA 3FE0A 4WMGA 5B59A 1GXXA 4KT3A 3J6KA 2IFFY 2XJWA 1GBYA 1GB3A 2YBNA 4QEQA 4XJHA 2BQHA 4BS7A 5II3A 2W1LA 1LHMA 2W1MA 2XBRA 2DQHY 3J4GA 5FDJA 2BQGA 1IR9A 4Z41A 2BQFA 5LVJA 3LZTA 1RE2A 3B0IA 1LOZA 1IVMA 4Z46A 2G4NA 1LJHA 5B1GA 3AGGG 5KXNA 3IJUA 1XGUC 4WG1A 1ZVHL 1IP5A 1HF4A 1UBZA 5HMJA 1LCNA 4NGLA 1LKRA 1D0KA 4OOTA 1XEKA 3A6BY 2BQMA 1UA6Y 1LZGA 2BQDA 1FKQA 1EQ5A 3GXKA 1LJKA 3QE8A 4NWHA 4RW2A 1TCYA 2I6ZA 5T3FA 2F30A 4B4EA 1HEOA 1KXWA 1GB0A 3KAMA 2Z37A 3TXGA 1GF3A 1LSDA 1YIKA 1HEWA 1VATA 1BHZA 1V7SA 1YROA 4UWVA 3A6CY 3M3UA 4H9HA 4H91A 5LYZA 5KXMA 3TXHA 1ZMYL 3ULRA 1GF8A 2W1XA 4H9AA 2X0AA 4NWEA 1C43A 4CHXA 1IR8A 4QDNA 3CQLA 1YANA 3P64A 1AT5A 4Z3MA 1F10A 3TXJA 4ANRA 1GFEA 4HSFA 1IWTA 1GB8A 1F6SA 3W6AA 6LYZA 1XEJA 1JTTL 1GFRA 1HHLA 1WQNA 133LA 3QNGA 5LVHA 4OWHA 1GFTA 1JWRA 3A3QA 4GLAA 3P68A 4ZIXA 4WLXA 1UICA 4I0CA 5B1FA 5HQ1A 1DPWA 4G49A 1IWWA 4ET8A 3ZEKA 5KXXA 1NHEA 134LA 5B07A 4KXIA 4BAPA 3IJVA 4H9EA 4L41A 1DI4A 3CSRA 1CJ9A 5DL9A 2LYZA 2Z19A 3AW7A 5FHWA 3N9AA 2MEBA 2LYOA 3B6LA 5D5CA 4GCEA 5KXKA 4NSIA 4LGKA 3LYMA 1DXJA 2EPEA 2Q0MX 5LVKA 1NBZC 4QGZA 4WG7A 1QUSA 4XJIA 4LT0A 3VWOA 3K3TA 1JJ0A 4H90A 4X3BA 1GB6A 2FYDA 1TEWA 4NGOA 4DDAA 3TMXA 4LYMA 2ZYCA 1IR7A 4WM3A 5APCA 1IP2A 4NSJA 4WM6A 5LVIA 4XADA 4HV2A 4XJBA 5APDA 1IC4Y 2MEDA 4OW1A 1LZBA 2FBDA 3FI7A 3ATOA 1P2CC 4H9CA 1BVKC 3WULA 1B7MA 2BQLA 4ET9A 4QY9A 3A8ZA 4GCDA 4GCBA 4R0FA 5A3ZA 4I8SA 1LZ5A 4M4OA 4P2EA 1BB6A 4WM5A 3RNXA 1BVXA 4FJRA 5FSTA 2YBHA 3WMKA 1REZA 1IO5A 1OUJA 2HEEA 3B0KA 4LFPA 3LN2A 1JPOA 1I20A 1IWYA 1IX0A 1GPQC 3WUNA 4DWXA 2RSCA 3AGHA 1UCOA 2EQLA 4DD2A 2BQKA 1JKCA 4HJZA 2LHMA 4XN6A 1QSWA 5KXSA 1FKVA 2PC2A 3CT5A 2ZQ3A 4E3UA 1EL1A 1DKJA 1SLYA 3RZ4A 4DD3A 2N5ZA 1LHLA 5KY1A 1FBIX 2HEFA 1O23A 2YBLA 1INUA 1RI8B 1RFPA 1DI3A 1GF6A 1YL0X 1KIRC 5HNLA 1CJ7A 2CGIA 1LJJA 1LJIA 2AUBA 2DQJY 3WL2A 5J7CA 1WQPA 4RLMA 4DD0A 1UIGA 5LAGA 3TXIA 4HJVA 1BGIA 2DQDY 1LYZA 2Z2FA 3BKHA 1JEFA 3AGIA 5LAFA 2DQGY 1CKHA 4LT1A 1LJNA 1LTMA 1LSEA 1GBSA 1IWZA 9LYZA 1HERA 4H1PA 1NWGA 1LMPA 1HSXA 3G3BB 1BWIA 2YBIA 2ZQ4A 3LYOA 1LZRA 2HEAA 4TSCA 1LJEA 3W3EA 5E9RA 4N1EI 5LYMA 153LA 5ILCA 1GF0A 1KXYA 4H9FA 1F6RA 3B72A 1IOCA 1IOTA 1XFPL 1HC0A 4N1CC 2ZILA 3TMWA 4N0JA 3EXDA 1KIQC 2EIZC 3G3AB 1LZAA 3WXUA 4HTNA 5M1YA 1VDQA 4HJYA 1GF5A 1LMQA 3BKVA 2WARA 1LYOA 1MLCE 2YDGA 4H9BA 1OQMA 1IIZA 1BB7A 4MCKA 1WTNA 5KXLA 3WU8A 4GLVA 1HMLA 1B7RA 1LZ9A 4PJ2C 1B7LA 4LYZA 1CKDA 1AKIA 1LSCA 8LYZA 4HPIA 3A3RX 3A67Y 5JENB 3AZ7A 1NQIA 4NGZA 1NDMC 1CKGA 1YAMA 2ZNXY 4ZFPA 1ZV5L 2BQCA 3LYTA 1LJ3A 4XYYA 3WU9A 1J1PY 4NG1A 1HFZA 1IP6A 1VAUA 1XGQC 1CNSA 5LIOA 2I26L 4LYBA 4H8YA 1LJGA 1XGPC 2H5ZA 4WLDA 1TBYA 1CJ6A 1UIHA 1YL1X 4NSHA 4WLTA 2Z2EA 1BB4A 1XEIA 3E3DA 4PRQA 4OWCA 4XJFA 5E4PA 1B7NA 3WW5A 4H92A 1GFGA 1LZYA 3A93A 3RU5A 1NMMA 4BADA 207LA 4PRUA 5LA8A 3EMSA 3HBDA 2CJLA 3W6CA 1ZVYB 208LA 3M18B 4DC4A 1GB2A 1LSFA 5C6LA 2BQEA 4NHSA 1BWJA 1GF9A 4A7DA 1PS5A 4H93A 4DYGA 3W6EA 1QUTA 1B0DA 3A90A 3WUMA 3WYHA 3ZVQB 2MEAA 3A92A 1C46A 1VFBC 2CDSA 1OUCA 3RT5X 1N4FA 2ZYPA 1LSBA 5IHGA 2ZIJA 5FCPA 1LMTA 3LYZA 4LT3A 1LZCA 154LA 1YAQA 3P65A 5L3HA 4H8XA 1WQOA 3HFMY 2IHLA 1IWVA 4Z98A 4WL6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DAJA 2RBRA 1L66A 144LA 1VEDA 1D3MA 2Y8PA 4CJ2A 158LA 259LA 4B49A 1C67A 1LYGA 3W6FA 1GFJA 1L70A 1LZSA 1B5WA 2OU8A 2MEEA 2HTXA 5KXZA 4DQ5A 1G0GA 5KKJA 2B5ZA 2BQNA 1L12A 1GBZA 4YX7C 206LA 2NTGA 256LA 1L64A 2EKSC 1OUHA 1UC0A 1KXXA 1IP7A 1JSFA 1LMCA 1GHLA 128LA 3A95A 1A2YC 2OU9A 2G4QA 174LA 1L10A 4WM2A 1LHJA 3LZ2A 1OUAA 1L86A 1A4VA 248LA 3EBAB 190LA 4XJGA 7LZMA 1UUZC 5I14A 1LYFA 1GBWA 258LA 2D4KA 1IP1A 110LA 1I56A 4TTDA 1P2LA 4ETDA 182LA 3AJNA 1LGWA 1LPIA 1LSGA 2RAYX 3P4ZA 3ATNA 1K28A 3DN3A 2DBTA 5LINA 1QT4A 1OWZA 1UIFA 1C6BA 1G07A 1LHIA 3HH3A 3DN1A 3GUNA 122LA 1QQYA 3D3DA 5B06A 1L59A 4WLYA 205LA 3C8SA 3OE8A 192LA 1L35A 2ZNWY 4DD9A 1L08A 4UWNA 2RB1X 1C6LA 1GDWA 4H9IA 1KW7A 222LA 4H8ZA 216LA 162LA 4NY5A 1B5XA 4HTKA 5KXPA 4PK0A 3TXEA 2ANVA 4TX7A 3C82A 2HECA 2CWIA 4J0LA 2XQOA 4NGYA 1LYEA 1EPYA 2HEBA 4I7JA 1FLQA 1L11A 4WO6A 1L29A 3B0OA 4ETEA 2OTZX 5AMYA 3RZEA 1LSPA 1QSAA 2NWDX 1HEQA 3A34A 4EOFA 5LA5A 3CT0A 2FBBA 3WPJA 1L31A 1GEZA 5APFA 3NYAA 168LA 1IOSA 1C6DA 2MEHA 1NBYC 132LA 1YKXX 1P6YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ILF A;  3W6D A;  4GCF A;  5FEL A;  1GF7 A;  1VED A;  2BQA A;  4R6C A;  4LZT A;  1GBX A;  1G7H C;  4PGJ B;  3WH1 A;  5I54 A;  1GDX A;  3WUA A;  2BAA A;  1W6Z A;  1AZF A;  2Y8P A;  4CJ2 A;  4MST A;  4YF2 A;  5L9J A;  4B49 A;  5KXR A;  2H9J A;  1HMK A;  2DQE Y;  1GF4 A;  3WVY A;  4NFV A;  5DLA A;  3W6F A;  1GFJ A;  4G4C A;  4CGE A;  1LZS A;  2DQA A;  4LFX A;  4B0D A;  2BQO A;  1B5W A;  1IEE A;  4RDS A;  2F4A A;  2MEE A;  2HU1 A;  1T3P A;  3P66 A;  1KIP C;  2HTX A;  1EQE A;  5C6I A;  4ETA A;  3TXD A;  1LZT A;  5KXZ A;  2YBM A;  4HP0 A;  5KKJ A;  4LYO A;  1TDY A;  5IEL A;  1UAC Y;  2B5Z A;  1OUI A;  2BQB A;  5L3I A;  1JKD A;  4LT2 A;  3WPK A;  2BQN A;  4YEN A;  1GBZ A;  4B4J A;  5EBH A;  4YM8 A;  1BB3 A;  1LZ6 A;  2YBJ A;  1BQL Y;  2EKS C;  4PPO A;  1GWD A;  2C8P A;  2D4I A;  1OUH A;  1UC0 A;  1UIE A;  1WTM A;  1WVU A;  2A7D A;  2Z38 A;  4J1A A;  4WO9 A;  2HED A;  4CFO A;  2HUB A;  4WOA A;  1HEM A;  1LSA A;  1KXX A;  1IP7 A;  1JSF A;  1LHH A;  1ALC A;  1REY A;  1LMC A;  1GHL A;  1DPX A;  1GD6 A; 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 1KIQ C;  2EIZ C;  3G3A B;  1LZA A;  3WXU A;  4HTN A;  5M1Y A;  1VDQ A;  4HJY A;  1GF5 A;  1LMQ A;  3BKV A;  2WAR A;  1LYO A;  1MLC E;  2YDG A;  4H9B A;  1OQM A;  1IIZ A;  1BB7 A;  4MCK A;  1WTN A;  5KXL A;  3WU8 A;  4GLV A;  1HML A;  1B7R A;  1LZ9 A;  4PJ2 C;  1B7L A;  4LYZ A;  1CKD A;  1AKI A;  1LSC A;  8LYZ A;  4HPI A;  3A3R X;  3A67 Y;  5JEN B;  3AZ7 A;  1NQI A;  4NGZ A;  1NDM C;  1CKG A;  1YAM A;  2ZNX Y;  4ZFP A;  1ZV5 L;  2BQC A;  3LYT A;  1LJ3 A;  4XYY A;  3WU9 A;  1J1P Y;  4NG1 A;  1HFZ A;  1IP6 A;  1VAU A;  1XGQ C;  1CNS A;  5LIO A;  2I26 L;  4LYB A;  4H8Y A;  1LJG A;  1XGP C;  2H5Z A;  4WLD A;  1TBY A;  1CJ6 A;  1UIH A;  1YL1 X;  4NSH A;  4WLT A;  2Z2E A;  1BB4 A;  1XEI A;  3E3D A;  4PRQ A;  4OWC A;  4XJF A;  5E4P A;  1B7N A;  3WW5 A;  4H92 A;  1GFG A;  1LZY A;  3A93 A;  3RU5 A;  1NMM A;  4BAD A;  207L A;  4PRU A;  5LA8 A;  3EMS A;  3HBD A;  2CJL A;  3W6C A;  1ZVY B;  208L A;  3M18 B;  4DC4 A;  1GB2 A;  1LSF A;  5C6L A;  2BQE A;  4NHS A;  1BWJ A;  1GF9 A;  4A7D A;  1PS5 A;  4H93 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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