1GFAA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KDFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfaA00
5A3EA 1PS5A 3M3UA 4QGZA 4WL6A 1LJNA 4WM6A 4WG7A 1BVKC 1TDYA 1UIGA 1WVVA 3WUMA 1I56A 1LPIA 5T3FA 5FELA 4HJYA 207LA 4KXIA 5DLAA 5KXSA 5LYZA 1FKQA 3WPJA 4WM2A 1LZRA 2XTHA 4A7DA 1FLUA 5LYMA 3P68A 1HMLA 1LMOA 5HMVA 1LJGA 3M18B 1JTPL 4XJHA 3TXEA 3B0KA 1GDWA 1JITA 4LFPA 4NGVA 3CT1A 5FCPA 2IFFY 2ZNXY 3VWOA 2XBRA 2BQHA 1BWJA 1GE2A 1GF7A 1UIHA 2FBBA 1YAPA 4WO6A 3RU5A 1GB8A 1DI4A 5KXOA 1GFGA 3A96A 1C43A 1SQ2L 2N5ZA 3IWRA 4TSCA 3E3DA 4XJIA 1IR9A 1OUCA 1YKZX 3AYQA 1GB5A 4I8SA 4CGEA 2I25L 1LZ4A 1VEDA 1UIAA 4DD7A 1GFHA 3LYMA 4G4CA 2EPEA 1B5ZA 1WTMA 2D6BA 1GFUA 4HTNA 1QDTA 4H9BA 1REXA 2MEGA 4WM4A 4QY9A 1LSDA 4Z3MA 1IWVA 4W96A 2VB1A 3B6LA 4Z41A 5HLLA 1AT6A 1LSNA 2DQGY 2RSCA 2W1MA 4LT0A 1UA6Y 4RDSA 5APDA 3ULRA 4DDAA 2HEEA 4HJVA 4GN4A 2X0AA 1FKVA 4D9ZA 3A91A 3GXKA 4GCDA 4LYMA 1JHLA 1YL0X 4WM1A 1LOZA 5KXPA 1UICA 2D4JA 2YBNA 4H90A 1HEOA 1DXJA 1BWIA 4KPMA 1GXXA 1QTKA 4X3BA 5LA5A 1OUEA 1GFVA 1DI5A 1IY4A 1IWUA 5II3A 3RNXA 4H9HA 1OUHA 2LYZA 1KIRC 2BQCA 2C8OA 2DKVA 1BB3A 1VDPA 2FBDA 2FYCA 3K3TA 1G7JC 2BQGA 3WU9A 1B5WA 1JJ1A 2CJLA 2DQHY 1GWDA 4XJFA 5E4PA 1JJ0A 3WULA 4NWHA 2NWDX 3EXDA 3TXKA 5HNCA 1GBZA 1LYOA 1LMNA 4NGIA 1OUDA 1GFJA 5F81A 1HERA 1YAMA 4YF2A 2HU1A 1HFXA 1LJ3A 3EBAB 1LSAA 4DD1A 1IWZA 1OP9B 1LHLA 4DDBA 5B59A 1GD6A 4RLMA 1LZBA 1IP3A 1LZ9A 3ZVQB 2BQOA 5KXZA 4YENA 1LYZA 5B07A 2MEHA 4NSIA 1GF9A 4NSHA 3WUNA 1GBOA 4UWNA 1WQNA 4HV2A 3WW6A 5LVGA 1JEFA 1GF3A 4J0LA 1OUGA 2ZNWY 1KXXA 1OUAA 2MECA 1O23A 1JKAA 1I20A 1CKGA 3AJNA 5HNLA 3TXHA 1XGRC 5L9JA 1RE2A 4KT3A 1B5UA 5KXYA 3LZTA 2LYMA 4AGAA 1INUA 5HMJA 3A34A 1LJ4A 3IJUA 4R6CA 1AM7A 1IWWA 1YKYX 4ET9A 3CSRA 4OWCA 2HEAA 1YROA 1LHHA 4OOOA 1D9UA 7LYZA 2Z12A 1VDQA 3AB6A 4IATA 1EL1A 1LHMA 1MLCE 1LSBA 3ATNA 1BB5A 2CWIA 132LA 4XYYA 1FBIX 4LYZA 2HEBA 1YANA 193LA 4LYBA 1LZYA 4XENA 1IP1A 4G4HA 1GB7A 1LZSA 4CHXA 1QSAA 1UIFA 5KKIA 1MELL 4LT3A 4N8ZA 4NSGA 3A8ZA 4OWBA 3CT0A 3TMVA 4H92A 4WLYA 1C45A 4BADA 1IWXA 1UACY 1LSYA 1LZCA 4CFOA 4ET8A 1BQLY 4H8XA 5I4WA 5L3HA 1I1ZA 5LAGA 1GB6A 1BB7A 3AZ6A 4GN3A 1GBYA 4MSTA 4WLTA 1KIQC 2F30A 5DN5A 1LSFA 3CT5A 3QY4A 3W6CA 4B0DA 5KXTA 5I4XA 4LZTA 5LAFA 4NHPA 5E9RA 2F4AA 1V7SA 4J7VA 1YQVY 1BWHA 4NHSA 4NGZA 1HNLA 5M1YA 2FYDA 1CJ6A 1ZV5L 4NGLA 1CNSA 1IP6A 1GEZA 4G9SA 1NBYC 1NKHA 4II8A 3LYTA 4ZIXA 2HEFA 1LKSA 1LZNA 3WYHA 3HFMY 1ZVHL 1J1OY 1XEKA 1XEJA 1GB0A 5KY1A 6LYTA 1IO5A 1DI3A 2YSSC 1C46A 4OWEA 4R0FA 5AMYA 3P65A 3P4ZA 1B7NA 3WXTA 2D91A 1XSFA 2HTXA 1LHJA 2LHMA 2DQJY 2HUBA 4HTQA 4NG8A 4YOPA 2DQEY 3LHMA 1UBZA 1HF4A 2LZ2A 5F9UA 1D0LA 1LTMA 1UUZC 1LSPA 5C6IA 1RFPA 1GFTA 4XN6A 1IWYA 4H93A 2IHLA 4GLVA 1JPOA 1CJ9A 5FHWA 3WVXA 1GBXA 1GAZA 3W6BA 4J1AA 1G7HC 1NMMA 1LJJA 1WQQA 2H9KA 9LYZA 5B1GA 4LT2A 2Z2FA 2BQFA 4OW1A 4HPIA 1LZ1A 1B5YA 1VDTA 2ZYCA 2MEEA 1GFRA 1IC7Y 1Z55A 2AUBA 3LYOA 4ZEEA 3B0OA 4B49A 1IP7A 1BB6A 1EQ4A 1NQIA 1VAUA 3J4GA 4NGOA 4WL7A 1FN5A 1LZ5A 1OUIA 2F4GA 4G4BA 3TXGA 1HENA 4NGKA 4OOTA 5LXWA 2BQMA 4WLDA 3W6DA 3RZ4A 1KIPC 2XBSA 4E3UA 1TEWA 4NG1A 1LZ8A 1NHEA 1LMPA 1B5VA 1J1PY 1F0WA 1LJFA 1LZAA 1IOQA 4EMNA 2DQFC 1B7LA 1LCNA 4PPOA 2D4IA 4HPEA 5ILFA 1LMCA 1LKRA 1XGTC 153LA 3AGHA 1IR7A 1DPWA 1C7PA 2LYOA 2MEFA 2MEBA 3B0IA 1GF4A 3A3RX 4MCKA 4NEBA 1LJEA 1LZTA 1LSMA 1ZMYL 1DKKA 2W1XA 4NY5A 4ETAA 3D9AC 4PRUA 2ZIKA 1NF5A 3ATOA 2EQLA 4XJDA 2EKSC 2Z2EA 4TUNA 1IORA 1HHLA 4IASA 1GE0A 1WTNA 4YEMA 3HBDA 1TAYA 4GN5C 3CSQA 2YBLA 4CFPA 1B5XA 2BQKA 2B5ZA 2ZILA 1JSEA 4H91A 5I54A 1DKJA 1IX0A 3BKHA 3WH1A 5F16A 5ILCA 1P2CC 4P2EA 1OUBA 1LSCA 5LINA 4RLNA 1GF8A 2BAAA 1UC0A 1D0KA 5LA8A 1LJHA 1WQMA 4H94A 1LYSA 2F2NA 4KL7A 1GBSA 1GF0A 4GCBA 1LSEA 4WO9A 1XGUC 1HEPA 1WQRA 3G3BB 4G49A 3W6AA 1V7TA 1YL1X 4FDYA 4HV1A 4DD3A 2YBIA 4OWAA 1CKDA 1BGIA 1UIEA 4LYTA 5EBHA 3KAMA 3WL2A 1UCOA 2Z19A 3IJVA 3MGWA 4NSJA 1YAOA 1LZGA 1B7OA 1JJ3A 134LA 1N4FA 4GCEA 4Z46A 5KXWA 1HSXA 3F6ZA 4WOAA 1GF5A 3CSZA 4LT1A 4TX7A 3HBHA 3A95A 1LMQA 5KXNA 1BVXA 5F9XA 4NGJA 4NGYA 135LA 4RW2A 3W3EA 2GV0A 4DD9A 3TXJA 5B05A 1JISA 3WU8A 1GE1A 1TCYA 2DQCY 2YVBA 1BB4A 2YBMA 3AW7A 5KXXA 4LYOA 4XJGA 2PC2A 5I53A 1GFEA 5LVKA 1UIBA 4WM3A 4GLAA 1IP5A 4H9CA 5APFA 4B4JA 5D5FA 1IVMA 1OQMA 5D5CA 3TXFA 1WQOA 3QE8A 1LAAA 4XJBA 2C8PA 3HBEX 2BQAA 194LA 1C10A 5C6LA 1YAQA 4PGJB 4C5FA 4N1CC 1GDXA 4YEOA 2G4QA 3CB7A 3CQLA 2ZQ4A 3P66A 1G7MC 133LA 5KJ9A 1G7LC 1GE4A 1YKXX 2HECA 1B2KA 2XJWA 1LHIA 3A6BY 2H9JA 1EQEA 2D4KA 4H9FA 1AZFA 1RJCB 1DPXA 3BKVA 1JIYA 3N9AA 1VDSA 1WVUA 4B4EA 1GB9A 3EO5A 1HFYA 4HTKA 2MEAA 3ZEKA 1FLYA 3W6EA 4ETBA 3QNGA 5IDDA 5LVHA 1JKBA 4HSFA 5DL9A 1F6SA 1GFKA 1JSFA 1B7RA 1GFAA 1JWRA 1LMAA 1LZDA 2DBTA 1REYA 1CJ8A 3A3QA 4DT3A 3A92A 4QDNA 4ANRA 5L3IA 3AW6A 1GBWA 3B72A 4IJ4A 4NFVA 2YBHA 4UWVA 4DD0A 1AKIA 4NGWA 4TTDA 1REMA 4DDCA 1HEWA 1YILA 4H8ZA 4PJ2C 3T36A 1C08C 1WQPA 4FJRA 2Z39A 2DQDY 3A93A 1QSWA 2WARA 1D6QA 5KXRA 1LSZA 4NHIA 1TBYA 2W1LA 1EQ5A 4GCCA 5APCA 1GAYA 1W08A 2Z38A 1G7IC 4H1PA 5FSTA 1REZA 4H9EA 5C6JA 1CKCA 2BQDA 4BAFA 2BLYA 4AXTA 2Z37A 2Z18A 1QIOA 3A90A 2H5ZA 4W94A 3TMXA 4EOFA 1F10A 1QUSA 1J1XY 5LYTA 3TXBA 1GXV2 1JKCA 2ZWBA 5DM9A 1B7MA 1D6PA 4GCFA 1B7PA 2A7FA 1OUFA 1YIKA 3FI7A 2YBJA 1GPQC 3N9CA 4WG1A 5HQ1A 3SP3A 1HEQA 1KXYA 5LVIA 1A4VA 3LZ2A 2DQIY 1A2YC 1E8LA 1JUGA 1IP2A 1JKDA 1UIDA 4DYGA 3EMSA 1GE3A 4Z98A 2CDSA 1NBZC 1GHLA 1OUJA 1RI8B 3GXRA 3N9EA 4J1BA 5B06A 2BQBA 4HP0A 1ALCA 1XEIA 3LYZA 1T6VL 2Q0MX 4I0CA 5IELA 4RW1A 1IR8A 1LJKA 4H8YA 3WPKA 2ZIJA 3G3AB 3RW8A 1QQYA 3J6KA 1RCMA 5LIOA 2A7DA 4DD2A 4LFXA 4UWUA 208LA 1HEMA 5FEKA 5KKJA 2BQIA 6LYZA 3A6CY 5J7CA 5KXKA 1F6RA 1IOCA 1XFPL 1B7SA 4DC4A 1D0MA 1GEVA 4WMGA 3TMWA 2HU3A 5F14A 3FE0A 4N1EI 3LN2A 1HMKA 4NWEA 4HJZA 1XGQC 1HC0A 1T3PA 5DN4A 4CJ2A 1NDMC 3AZ5A 3P64A 1HELA 3TXIA 3W6FA 3WW5A 2G4PA 3TMUA 1IIZA 1QTEA 1H6MA 2MEDA 4B4IA 5FDJA 5JENB 4WLXA 3OJPA 3A94A 5B1FA 4ZFPA 3AGGG 1CJ7A 3WU7A 1IWTA 1IOTA 1CKHA 4LGKA 4YM8A 3WVYA 4QEQA 3ZVQA 2CGIA 5IHGA 2BQJA 1B7QA 3WMKA 4M4OA 4TWSA 2EIZC 2DQAA 5LVJA 154LA 4L41A 1GB2A 1ZVYB 4ETEA 5I4YA 1HFZA 3AGIA 4M6DA 1JTTL 2ZYPA 2LZTA 1NDGC 4N5RA 4U3XB 5A3ZA 1DZBX 1CKFA 1VFBC 1KXWA 1SLYA 4LYCA 1IEEA 1VATA 4O34A 1IY3A 3WPLA 1B0DA 5KXLA 1FDLY 1LSGA 2I26L 2ZQ3A 8LYZA 4NHTA 1LYYA 4MR1A 4N9RA 4B1AA 4BAPA 4ETCA 2I6ZA 1AT5A 2MEIA 1LMTA 2BPUA 1W6ZA 1DQJC 1IOSA 1HSWA 4ML7A 4WM5A 3TXDA 3T6UA 2BQLA 1QDRA 1B9OA 2BQEA 4PHIA 1H87A 1LZ6A 4NIJA 3WUAA 1QUTA 3D3DA 4H9IA 1GB3A 3WXUA 1LZEA 1PZYA 1IC4Y 3OK0A 3AZ7A 4XADA 2G4NA 2BLXA 1LHKA 4OWHA 4C3WA 1XGPC 4ETDA 1IP4A 4NHQA 1IC5Y 3AZ4A 4N0JA 3A67Y 2HEDA 4PRQA 5APEA 1BHZA 3RT5X 4DWXA 2BQNA 1FLQA 4TSBA 1JTOL 1FLWA 1GF6A 5KXMA 1LJIA 5I5QA 2Y8PA 4BS7A 4H9AA 5K7OA 2YDGA 2W1YA 1NWGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A3EA 1CU6A 1I56A 5FELA 4HJYA 4KXIA 4A7DA 1FLUA 3P68A 1LMOA 1LJGA 1JTPL 4XJHA 4LFPA 4NGVA 5FCPA 2B6WA 2ZNXY 1L77A 4LDLA 1BWJA 3C8QA 4WO6A 1DI4A 4W57A 3IWRA 4TSCA 201LA 3AYQA 1GB5A 1C6DA 2I25L 1LZ4A 1C6LA 3LYMA 1B5ZA 1GFUA 4HTNA 1REXA 1L17A 1IWVA 4W96A 5HLLA 2OE9X 4DDAA 2W1MA 219LA 4RDSA 4ZPUA 1YL0X 5KXPA 1HEOA 4KPMA 1BWIA 163LA 2A4TA 1IWUA 2BQGA 3WU9A 1JJ0A 3WULA 1L96A 3EXDA 1L65A 1LLHA 174LA 143LA 3EBAB 4DD1A 1LSAA 262LA 4YXCA 5KXZA 1GF3A 4J0LA 2ZNWY 1KXXA 2MECA 2B74A 4GBRB 1C6IA 5L9JA 1RE2A 4KT3A 1B5UA 1G0GA 2LYMA 1PQIA 123LA 4R6CA 4ET9A 4OWCA 1YROA 210LA 1L89A 1VDQA 2IGCA 4IATA 1LSBA 4DAJA 4W54A 3ATNA 132LA 125LA 1LZYA 4DQ5A 1GB7A 112LA 5KKIA 2OEAX 4NSGA 3TMVA 3CT0A 4WLYA 1C45A 4BADA 1GB6A 5DN5A 1KIQC 3QY4A 3W6CA 4DJHA 3SB7A 4LZTA 4J7VA 1HNLA 4NGLA 1QT3A 3HH3A 1LZNA 1ZVHL 1XEKA 1XEJA 169LA 5KY1A 6LYTA 3CDRA 1B7NA 3HT6A 3WXTA 1UBZA 2LZ2A 1L46A 1RFPA 3C8SA 2RAYX 1IWYA 2IHLA 1CJ9A 5FHWA 3WVXA 1GBXA 4W53A 9LYZA 5B1GA 1XJTA 1L90A 3GUPA 4HPIA 1LZ1A 2ZYCA 158LA 4S0WA 3J4GA 1FN5A 4OOTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A3E A;  1PS5 A;  3M3U A;  4QGZ A;  4WL6 A;  1LJN A;  4WM6 A;  4WG7 A;  1BVK C;  1TDY A;  1UIG A;  1WVV A;  3WUM A;  1I56 A;  1LPI A;  5T3F A;  5FEL A;  4HJY A;  207L A;  4KXI A;  5DLA A;  5KXS A;  5LYZ A;  1FKQ A;  3WPJ A;  4WM2 A;  1LZR A;  2XTH A;  4A7D A;  1FLU A;  5LYM A;  3P68 A;  1HML A;  1LMO A;  5HMV A;  1LJG A;  3M18 B;  1JTP L;  4XJH A;  3TXE A;  3B0K A;  1GDW A;  1JIT A;  4LFP A;  4NGV A;  3CT1 A;  5FCP A;  2IFF Y;  2ZNX Y;  3VWO A;  2XBR A;  2BQH A;  1BWJ A;  1GE2 A;  1GF7 A;  1UIH A;  2FBB A;  1YAP A;  4WO6 A;  3RU5 A;  1GB8 A;  1DI4 A;  5KXO A;  1GFG A;  3A96 A;  1C43 A;  1SQ2 L;  2N5Z A;  3IWR A;  4TSC A;  3E3D A;  4XJI A;  1IR9 A;  1OUC A;  1YKZ X;  3AYQ A;  1GB5 A;  4I8S A;  4CGE A;  2I25 L;  1LZ4 A;  1VED A;  1UIA A;  4DD7 A;  1GFH A;  3LYM A;  4G4C A;  2EPE A;  1B5Z A;  1WTM A;  2D6B A;  1GFU A;  4HTN A;  1QDT A;  4H9B A;  1REX A;  2MEG A;  4WM4 A;  4QY9 A;  1LSD A;  4Z3M A;  1IWV A;  4W96 A;  2VB1 A;  3B6L A;  4Z41 A;  5HLL A;  1AT6 A;  1LSN A;  2DQG Y;  2RSC A;  2W1M A; 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 1HEL A;  3TXI A;  3W6F A;  3WW5 A;  2G4P A;  3TMU A;  1IIZ A;  1QTE A;  1H6M A;  2MED A;  4B4I A;  5FDJ A;  5JEN B;  4WLX A;  3OJP A;  3A94 A;  5B1F A;  4ZFP A;  3AGG G;  1CJ7 A;  3WU7 A;  1IWT A;  1IOT A;  1CKH A;  4LGK A;  4YM8 A;  3WVY A;  4QEQ A;  3ZVQ A;  2CGI A;  5IHG A;  2BQJ A;  1B7Q A;  3WMK A;  4M4O A;  4TWS A;  2EIZ C;  2DQA A;  5LVJ A;  154L A;  4L41 A;  1GB2 A;  1ZVY B;  4ETE A;  5I4Y A;  1HFZ A;  3AGI A;  4M6D A;  1JTT L;  2ZYP A;  2LZT A;  1NDG C;  4N5R A;  4U3X B;  5A3Z A;  1DZB X;  1CKF A;  1VFB C;  1KXW A;  1SLY A;  4LYC A;  1IEE A;  1VAT A;  4O34 A;  1IY3 A;  3WPL A;  1B0D A;  5KXL A;  1FDL Y;  1LSG A;  2I26 L;  2ZQ3 A;  8LYZ A;  4NHT A;  1LYY A;  4MR1 A;  4N9R A;  4B1A A;  4BAP A;  4ETC A;  2I6Z A;  1AT5 A;  2MEI A;  1LMT A;  2BPU A;  1W6Z A;  1DQJ C;  1IOS A;  1HSW A;  4ML7 A;  4WM5 A;  3TXD A;  3T6U A;  2BQL A;  1QDR A;  1B9O A;  2BQE A;  4PHI A;  1H87 A;  1LZ6 A;  4NIJ A;  3WUA A;  1QUT A;  3D3D A;  4H9I A;  1GB3 A;  3WXU A;  1LZE A;  1PZY A;  1IC4 Y;  3OK0 A;  3AZ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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