1GFHA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAYNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfhA00
1CJ9A 3B0KA 3P64A 5C6IA 5L3HA 5LYMA 4NHPA 1GFTA 2D6BA 1BVKC 2DQFC 2D91A 1LMNA 1DQJC 1GF4A 2D4IA 3QY4A 2Z37A 1E8LA 1WQQA 2CJLA 1REYA 1LMCA 3QNGA 1JUGA 4HPIA 1B7QA 1LKSA 4UWNA 4WM6A 2YBIA 4NGZA 3RZ4A 4LZTA 1LOZA 3AZ5A 3G3BB 4MSTA 2DQAA 1B7NA 1XGQC 1QDRA 4LT1A 2FBDA 4PHIA 2I6ZA 1GFHA 4WM4A 3CT0A 1JSFA 4NHSA 5E9RA 3A95A 2YBNA 3A96A 1LJFA 193LA 1LJNA 2MEHA 4CFOA 1LZ6A 4Z46A 5ILCA 3QE8A 154LA 2ZYPA 4NGIA 2D4KA 4NG1A 2RSCA 1ZVYB 4BAFA 3ZEKA 1HFXA 4P2EA 5FDJA 4ETAA 3WUMA 5I4XA 1GDWA 1YKXX 3T6UA 1INUA 2A7DA 4H90A 3WPLA 1GFGA 5KKIA 2XBSA 3CT1A 3M18B 4WO9A 2MEGA 1YROA 4LFPA 4B1AA 1JKAA 2ZQ3A 1IVMA 1ALCA 1LJGA 1ZVHL 1YQVY 4NSGA 1MLCE 5HMVA 1IOTA 1T3PA 1CKGA 1XGUC 3F6ZA 5KXOA 4TWSA 5B07A 2FYCA 208LA 5KXNA 1ZMYL 1YAQA 3W6CA 4YM8A 2G4QA 1LZ9A 4KL7A 1IO5A 4M4OA 2G4PA 4NSHA 4G9SA 3WXUA 1B7PA 1VDPA 1QUTA 3HBDA 1RCMA 6LYTA 5IELA 4H93A 1LSFA 1IWZA 1KIQC 1LKRA 1OUBA 2HEBA 4OWAA 1LSPA 5F16A 5B1GA 3WVXA 1UCOA 2BQFA 4YENA 2EIZC 3J6KA 1G7JC 4GCCA 4PGJB 5FEKA 1EQ5A 1LSMA 1LSZA 1TCYA 2YBHA 1LZCA 3W6AA 4DD9A 1B9OA 1GAYA 1LJ3A 2CWIA 3LHMA 4XJGA 5KXKA 5DN5A 1YILA 4WM3A 3CQLA 4XJHA 2BPUA 4LYCA 2Z38A 3T36A 1D9UA 3BKHA 1LJJA 4Z41A 2EQLA 5I53A 1ZV5L 5EBHA 1B5WA 1AKIA 3A90A 3A6BY 1GB9A 3TXIA 1LZEA 1GWDA 4NHTA 1D0KA 1LYSA 4HTKA 2D4JA 2WARA 1GFUA 4HTQA 3WYHA 2Z39A 1LMPA 1GE3A 1HF4A 2C8PA 4I8SA 1CKDA 3AW7A 1QUSA 4GN4A 4BS7A 1UICA 2MEAA 4QEQA 1LMOA 3P68A 1JTTL 1LZBA 2HUBA 3A34A 3N9CA 3TXEA 3TXBA 4J7VA 1D6PA 1XFPL 4RDSA 4E3UA 1AM7A 1JKDA 1JKCA 4GCEA 2IFFY 1IP3A 1DI4A 4WLYA 1BWHA 1LPIA 5D5FA 1IORA 5LAFA 1LMQA 3CT5A 3LZTA 1HERA 5FSTA 4AGAA 3EMSA 3TMUA 4YF2A 4UWUA 1EQEA 4H94A 5KXYA 1UIEA 1W6ZA 4OOTA 4GLVA 1IR7A 5KXWA 3W6EA 4CFPA 4HV2A 4R6CA 5LINA 1LZYA 5LYTA 2H5ZA 1HEOA 3A92A 5AMYA 4B49A 2BQNA 5T3FA 3WW5A 4XYYA 3SP3A 3D3DA 1YAPA 1W08A 5JENB 4NSIA 4G4HA 1VAUA 1C08C 4HJYA 1GB6A 1D6QA 4H8YA 4M6DA 1OUDA 3E3DA 4NGJA 1XEIA 1SQ2L 4ML7A 1IP6A 1LJIA 4B4IA 4GN5C 2HEEA 5ILFA 1GFAA 1DKKA 1IOQA 2F2NA 5II3A 4H91A 1GBWA 1YIKA 2AUBA 4GLAA 4CGEA 1JJ1A 1GB0A 1IOSA 5KXXA 3AGGG 1GXXA 1LZ5A 2MEFA 1A2YC 3CSRA 1GF5A 1GE2A 4H92A 1DZBX 1IY4A 2BQGA 2LZ2A 4H9HA 5KXSA 4ETDA 2BQHA 2MEBA 2YVBA 2BQBA 1QQYA 3LYOA 133LA 3ATOA 3G3AB 3A8ZA 5KXZA 2VB1A 4HPEA 5LXWA 2XBRA 4KPMA 4O34A 1F6SA 1DI3A 1BB3A 1VATA 4NHIA 1GD6A 2X0AA 3GXKA 4W94A 5LAGA 3TXHA 1GBZA 1F0WA 1HEPA 5B59A 4QY9A 2ZQ4A 1GAZA 5DN4A 4CJ2A 5L9JA 2I26L 1BGIA 1B2KA 4OOOA 4II8A 1BB6A 4HJZA 1OP9B 1B7MA 4DDCA 6LYZA 4HSFA 1GE1A 1B5ZA 1JJ0A 1RE2A 3A94A 4DD0A 4TSBA 1EQ4A 1HHLA 1B0DA 1NDGC 1WVUA 4J1BA 135LA 2BLYA 1XGRC 4XJBA 3WL2A 2N5ZA 5LIOA 1IP5A 1FDLY 4GCFA 4YEMA 4MCKA 5I54A 1LAAA 2Z19A 1EL1A 1LHJA 5LVHA 1LJHA 1LZ8A 4U3XB 3A93A 3A67Y 1LMAA 1TAYA 1IWUA 1OUIA 1C46A 4FJRA 4OW1A 1OUAA 2DQEY 1UIHA 1AZFA 4LYZA 2EPEA 3AGHA 1LSYA 4KXIA 3WU7A 1JKBA 4LYTA 1GE4A 1UIAA 2HU1A 3P66A 2W1LA 1KXYA 2C8OA 3CB7A 4NSJA 3A3RX 5DM9A 1HEMA 4DDBA 1YAMA 2HTXA 4H9AA 4Z3MA 1IY3A 4YOPA 5KY1A 3HFMY 4C5FA 1PZYA 5IDDA 1JISA 1LSNA 4H9FA 1VFBC 1LZNA 5KXTA 1NHEA 1DPWA 1CKHA 1TBYA 1LJEA 3WVYA 4BAPA 4HJVA 4NGLA 5A3ZA 4G4BA 3LYMA 4QGZA 5B05A 5E4PA 2BQCA 1G7IC 4OWCA 4DT3A 4LGKA 3TXDA 1UUZC 1GBOA 3LYTA 4AXTA 2LZTA 4FDYA 4B0DA 1RJCB 4WLXA 4ET9A 2BQDA 2GV0A 1LSDA 3AZ4A 3RT5X 3WU8A 4ETCA 1LJKA 3A6CY 1IC5Y 1LHHA 3IWRA 1BB4A 1HMKA 2F30A 1GF0A 4TUNA 1BWIA 5HNCA 4H9CA 5B06A 1LZTA 2LYOA 1XSFA 4DD3A 1G7LC 1LCNA 1LHMA 2DQCY 2Z2EA 1OUFA 2ZILA 5APDA 2MEIA 2DQDY 1DPXA 5IHGA 1AT5A 3TXFA 3TXGA 1GE0A 2BQAA 1QIOA 1UIFA 3D9AC 1QTKA 1FLYA 1G7HC 3LZ2A 1NDMC 1V7TA 2H9KA 3AYQA 1I20A 3ATNA 1GF6A 1FN5A 1XEJA 1IP2A 1CJ6A 1JEFA 1GB8A 4PPOA 1NF5A 3FI7A 4G49A 1LSGA 4WM2A 3WMKA 3LYZA 3TMXA 4LFXA 1IWYA 1OUEA 1YKZX 1BHZA 2HU3A 3WXTA 1O23A 1JWRA 1P2CC 132LA 1T6VL 1NBYC 2HEDA 2W1YA 4NY5A 4NFVA 4IJ4A 1NWGA 2DKVA 4NG8A 3A91A 1B7OA 1JJ3A 4HV1A 4C3WA 1GBSA 5LVJA 1B7RA 2BQKA 1DKJA 1HSXA 4H8XA 1F10A 4TSCA 4YEOA 2DQHY 3CSQA 1WQNA 4XN6A 2F4AA 4TX7A 5LVKA 1HMLA 1HELA 1NBZC 5D5CA 2XTHA 1LHLA 4ZIXA 1XGPC 3WULA 2ZWBA 2BAAA 3IJVA 3HBEX 4IASA 4DWXA 3P65A 1NQIA 1LTMA 1TDYA 4HTNA 4WL7A 5I4WA 1IEEA 4H9IA 5LYZA 5KXRA 4HP0A 1GF7A 4XENA 2LYZA 1AT6A 1QSAA 3K3TA 4H9BA 4LYBA 3W3EA 5HLLA 3N9EA 1SLYA 3M3UA 1UIBA 2YSSC 5FCPA 3RU5A 1CKFA 1KIRC 1UIDA 153LA 3B72A 1GB3A 3W6FA 1LHIA 2YDGA 1BQLY 1GHLA 5B1FA 1KIPC 1J1OY 1QTEA 4NGKA 4N5RA 2EKSC 4X3BA 1MELL 2G4NA 2NWDX 9LYZA 4RW1A 2Z2FA 2ZIJA 1LZGA 1GB2A 3GXRA 1IR8A 3A3QA 1LSCA 4LT0A 194LA 2DBTA 1GEZA 3EBAB 1HC0A 1IR9A 1JHLA 1VDSA 4N1CC 2CGIA 2LHMA 1IC7Y 5KKJA 4ZEEA 2HEFA 3FE0A 1NMMA 7LYZA 1LZ1A 4B4JA 4NEBA 1LZSA 4R0FA 5KJ9A 1DI5A 1H6MA 1FLWA 1LSBA 2W1MA 4LYMA 1IWVA 4NGYA 5J7CA 5FELA 2ZNWY 1G7MC 1JIYA 1C43A 1LZ4A 1OUCA 1REMA 1LSAA 2LYMA 2YBJA 4H8ZA 1UIGA 3RNXA 5I4YA 5KXMA 2MEDA 3IJUA 5C6LA 5F9UA 1QDTA 4NHQA 4DD1A 1HEWA 1GF3A 1GEVA 2BQOA 2B5ZA 1V7SA 1WQOA 4NWEA 1HNLA 1J1PY 2I25L 1REXA 5HMJA 2ZNXY 3RW8A 1KXWA 4RLNA 1IIZA 1BWJA 1JTPL 4LT3A 4PRQA 4QDNA 5LA5A 1C10A 1FLUA 4XADA 4EMNA 4EOFA 2BQMA 4WMGA 4NGWA 4DD2A 2BQIA 5A3EA 4GCBA 3AB6A 4NGOA 1VDTA 1YANA 1JSEA 1YL0X 2Q0MX 4WL6A 1BB7A 5F9XA 1GFEA 5C6JA 1JITA 2Z12A 3OK0A 4KT3A 2Z18A 3WPJA 4RW2A 2BQLA 5APCA 1FKVA 4N9RA 3AZ6A 1IX0A 5M1YA 1I1ZA 2ZYCA 134LA 3B6LA 1H87A 4RLMA 3N9AA 4W96A 1GFVA 4IATA 5KXLA 4GN3A 5F81A 4G4CA 4N8ZA 2HEAA 4TTDA 4L41A 4DDAA 4LT2A 1GFRA 5LVGA 1GFKA 3ZVQA 4MR1A 2FYDA 2PC2A 4ETEA 4XJIA 5HNLA 4NGVA 1GB7A 1WVVA 3HBHA 4OWHA 1VDQA 1LZRA 5LVIA 1A4VA 1OUJA 2IHLA 2W1XA 4GCDA 4I0CA 2YBMA 4LYOA 1LHKA 4D9ZA 4DD7A 1GPQC 4ET8A 1DXJA 2BQEA 2HECA 3MGWA 1NKHA 3TXKA 3WH1A 4H1PA 4OWBA 3W6BA 2MEEA 1CKCA 1UACY 1RI8B 4XJFA 1GF8A 1GFJA 1IWTA 1IWXA 3VWOA 1FKQA 1HSWA 4PJ2C 4Z98A 4N0JA 1LJ4A 1WQRA 2BLXA 2F4GA 5KXPA 2DQGY 3ULRA 1PS5A 1IWWA 1IC4Y 1WTNA 1KXXA 2YBLA 2ZIKA 3AW6A 3LN2A 4A7DA 1IP7A 1B5YA 3BKVA 1FLQA 1LYZA 1B7SA 1GF9A 2H9JA 1CNSA 3B0IA 1JPOA 4UWVA 4B4EA 5L3IA 4NIJA 3KAMA 1LSEA 3P4ZA 1TEWA 4WG1A 4J1AA 1LYYA 1UA6Y 2A7FA 1WQMA 2CDSA 3AGIA 3TMWA 3TMVA 3WW6A 4BADA 1YL1X 1VEDA 1BB5A 1UBZA 4PRUA 5K7OA 1BVXA 1GBYA 1I56A 3B0OA 4H9EA 4N1EI 207LA 1XGTC 5DLAA 1F6RA 3J4GA 3W6DA 2BQJA 5LA8A 4WLTA 1XEKA 4OWEA 1RFPA 3ZVQB 5APFA 5I5QA 1REZA 1N4FA 4ZFPA 4WLDA 2FBBA 1LZDA 4WOAA 8LYZA 1HENA 4ETBA 1YAOA 2DQJY 1D0MA 4DC4A 1GXV2 1UC0A 1B5VA 4WM1A 1B5XA 4WG7A 3CSZA 4J0LA 5DL9A 1IP1A 1FBIX 3EXDA 1B7LA 4WM5A 3WPKA 3WUAA 1OQMA 1GB5A 5APEA 3AZ7A 1IP4A 1LYOA 1GDXA 1HFYA 2Y8PA 4ANRA 1YKYX 1CJ7A 5F14A 1GBXA 1IOCA 1CJ8A 1C45A 1LZAA 1LMTA 1WQPA 3TXJA 3WUNA 1JTOL 1OUGA 1J1XY 3OJPA 2DQIY 5HQ1A 1C7PA 1B5UA 4NWHA 4CHXA 1OUHA 4WO6A 5FHWA 3WU9A 1D0LA 1WTMA 2MECA 4XJDA 3EO5A 1QSWA 1HEQA 3AJNA 1Z55A 4DYGA 1HFZA 2XJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CJ9A 245LA 4I7TA 1K28A 5LYMA 1LMNA 1DQJC 3QY4A 2Z37A 2CJLA 3QNGA 4HPIA 1LKSA 4WM6A 4UWNA 3DN4A 3C8RA 4NGZA 1LOZA 4MSTA 2DQAA 1B7NA 1XGQC 4PHIA 2FBDA 1JSFA 1L39A 2D4KA 4ETAA 1DYDA 1CU5A 1GFGA 252LA 3CT1A 4WO9A 1YROA 1ALCA 1YQVY 1XGUC 198LA 4TWSA 5B07A 1YAQA 1CUPA 4YM8A 189LA 139LA 5IELA 1IWZA 1OUBA 4LDLA 4YENA 1LYJA 1SX7A 4AQNA 1LZCA 3W6AA 250LA 5DN5A 1YILA 2BPUA 1D9UA 141LA 4ARMA 130LA 1L77A 1AKIA 3A90A 1GWDA 1LYHA 1L62A 1LYSA 2RBPA 4HTKA 2L78A 2WARA 1D9WA 4HTQA 2Z39A 1C6HA 1HF4A 1LMPA 4I8SA 120LA 1OVKA 1XJTA 1L49A 2HUBA 176LA 1PQOA 1IP3A 1BWHA 1LMQA 3HH5A 1C6AA 3EMSA 1EQEA 1IR7A 3W6EA 3HUQA 4HV2A 1PQDA 1CTWA 3A92A 5AMYA 5T3FA 1QTBA 3D3DA 1L08A 128LA 1VAUA 1L35A 1XEIA 1SQ2L 1L29A 4ML7A 4B4IA 4GN5C 2QB0B 1IOQA 5II3A 4H91A 4GLAA 1LGWA 1GXXA 3CSRA 1GE2A 4H92A 3HT8A 2YVBA 2BQBA 3LYOA 1L25A 5KXZA 4LZMA 4KPMA 3WPJA 1L63A 2X0AA 3GXKA 188LA 1L33A 1GBZA 1F0WA 2OE4X 1HEPA 192LA 5DN4A 4CJ2A 1BGIA 1C63A 1P2RA 1BB6A 1OP9B 2RB2X 1B7MA 1C69A 1G1WA 1QUDA 1EQ4A 161LA 4J1BA 2BLYA 1LZ8A 4U3XB 3HTGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CJ9 A;  3B0K A;  3P64 A;  5C6I A;  5L3H A;  5LYM A;  4NHP A;  1GFT A;  2D6B A;  1BVK C;  2DQF C;  2D91 A;  1LMN A;  1DQJ C;  1GF4 A;  2D4I A;  3QY4 A;  2Z37 A;  1E8L A;  1WQQ A;  2CJL A;  1REY A;  1LMC A;  3QNG A;  1JUG A;  4HPI A;  1B7Q A;  1LKS A;  4UWN A;  4WM6 A;  2YBI A;  4NGZ A;  3RZ4 A;  4LZT A;  1LOZ A;  3AZ5 A;  3G3B B;  4MST A;  2DQA A;  1B7N A;  1XGQ C;  1QDR A;  4LT1 A;  2FBD A;  4PHI A;  2I6Z A;  1GFH A;  4WM4 A;  3CT0 A;  1JSF A;  4NHS A;  5E9R A;  3A95 A;  2YBN A;  3A96 A;  1LJF A;  193L A;  1LJN A;  2MEH A;  4CFO A;  1LZ6 A;  4Z46 A;  5ILC A;  3QE8 A;  154L A;  2ZYP A;  4NGI A;  2D4K A;  4NG1 A;  2RSC A;  1ZVY B;  4BAF A;  3ZEK A;  1HFX A;  4P2E A;  5FDJ A;  4ETA A;  3WUM A;  5I4X A;  1GDW A;  1YKX X;  3T6U A;  1INU A;  2A7D A;  4H90 A;  3WPL A;  1GFG A;  5KKI A;  2XBS A;  3CT1 A;  3M18 B;  4WO9 A;  2MEG A;  1YRO A;  4LFP A;  4B1A A;  1JKA A;  2ZQ3 A;  1IVM A;  1ALC A;  1LJG A;  1ZVH L;  1YQV Y;  4NSG A;  1MLC E;  5HMV A;  1IOT A;  1T3P A;  1CKG A;  1XGU C;  3F6Z A;  5KXO A; 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 2DQG Y;  3ULR A;  1PS5 A;  1IWW A;  1IC4 Y;  1WTN A;  1KXX A;  2YBL A;  2ZIK A;  3AW6 A;  3LN2 A;  4A7D A;  1IP7 A;  1B5Y A;  3BKV A;  1FLQ A;  1LYZ A;  1B7S A;  1GF9 A;  2H9J A;  1CNS A;  3B0I A;  1JPO A;  4UWV A;  4B4E A;  5L3I A;  4NIJ A;  3KAM A;  1LSE A;  3P4Z A;  1TEW A;  4WG1 A;  4J1A A;  1LYY A;  1UA6 Y;  2A7F A;  1WQM A;  2CDS A;  3AGI A;  3TMW A;  3TMV A;  3WW6 A;  4BAD A;  1YL1 X;  1VED A;  1BB5 A;  1UBZ A;  4PRU A;  5K7O A;  1BVX A;  1GBY A;  1I56 A;  3B0O A;  4H9E A;  4N1E I;  207L A;  1XGT C;  5DLA A;  1F6R A;  3J4G A;  3W6D A;  2BQJ A;  5LA8 A;  4WLT A;  1XEK A;  4OWE A;  1RFP A;  3ZVQ B;  5APF A;  5I5Q A;  1REZ A;  1N4F A;  4ZFP A;  4WLD A;  2FBB A;  1LZD A;  4WOA A;  8LYZ A;  1HEN A;  4ETB A;  1YAO A;  2DQJ Y;  1D0M A;  4DC4 A;  1GXV 2;  1UC0 A;  1B5V A;  4WM1 A;  1B5X A;  4WG7 A;  3CSZ A;  4J0L A;  5DL9 A;  1IP1 A;  1FBI X;  3EXD A;  1B7L A;  4WM5 A;  3WPK A;  3WUA A;  1OQM A;  1GB5 A;  5APE A;  3AZ7 A;  1IP4 A;  1LYO A;  1GDX A;  1HFY A;  2Y8P A;  4ANR A;  1YKY X;  1CJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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