1GFVA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWNAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfvA00
1GF0A 1UBZA 2MEDA 2Z39A 3J4GA 1GF9A 4WG7A 1AM7A 2DQJY 4WO6A 3B6LA 1UIHA 4J7VA 3WMKA 1D0KA 5KKIA 5LYTA 1B7LA 3P65A 4RW1A 1B0DA 2YSSC 1XEJA 1PZYA 1GBSA 1OUCA 3A96A 4YOPA 1GDXA 2BQOA 1CNSA 2FBBA 2I26L 1HF4A 1UUZC 3G3BB 3IJVA 2BLXA 5DLAA 5FELA 1FBIX 4C5FA 2B5ZA 3AB6A 1LJEA 3TXHA 1NHEA 1ZV5L 4WM6A 1CJ8A 1D6QA 1HERA 4H9EA 3B0IA 1WTNA 4OOTA 1IY3A 2BQJA 3WU8A 2LZ2A 5HNCA 1OUBA 4H90A 3A94A 2ZQ4A 1LSCA 3WW5A 4XADA 1HMKA 5DN4A 3TMWA 1HEWA 2EIZC 3AZ6A 2ZIKA 4NWHA 3WPJA 154LA 1NQIA 4NEBA 4CFOA 3RW8A 1CKGA 5IDDA 4LYTA 4N5RA 1YKXX 1WQNA 3F6ZA 1HFYA 3AW7A 4NGVA 1QUSA 5KXSA 4ET9A 3A95A 3QY4A 2BQMA 4KL7A 1GFAA 1B5VA 1KXYA 1WVUA 3HBDA 3FI7A 2BLYA 1YKZX 2W1YA 1LZ1A 1D9UA 4HTQA 4LT0A 4FDYA 2Z2FA 3A3RX 2GV0A 4LYZA 1DZBX 4HSFA 1LZRA 1G7HC 5LVJA 1OUGA 2BQCA 2DQIY 4EOFA 4BS7A 8LYZA 3W3EA 1GB0A 4LT1A 1CKCA 1B7QA 4NGZA 2VB1A 1GFUA 4LZTA 1C7PA 1ALCA 4G4CA 2C8OA 3LN2A 5F9XA 5HNLA 3QNGA 5B06A 3A3QA 1LYZA 1LSBA 1XGTC 4N8ZA 1RCMA 2Z18A 1RFPA 1XSFA 3A6BY 3OK0A 2XBRA 3WH1A 1IIZA 2EPEA 1VAUA 2HECA 1JWRA 1NBYC 1QDTA 1T3PA 1UACY 1W6ZA 2D4IA 3EO5A 4J0LA 135LA 1JEFA 1B7NA 1LMOA 1YAQA 2Z38A 4HTNA 4NY5A 4TSBA 4LT2A 4CHXA 4EMNA 4G4HA 4KT3A 2G4QA 2DQGY 1HNLA 4Z41A 5LYMA 4H9FA 1I1ZA 1DQJC 1G7JC 1LSGA 2HEDA 4XJFA 1HEPA 3N9EA 4NIJA 134LA 6LYTA 4Z46A 5LAFA 4O34A 1GB6A 1C45A 1IR9A 4KPMA 4WMGA 1EQ5A 1XGQC 5LYZA 5LIOA 1EL1A 1FKVA 2X0AA 4LGKA 3FE0A 4NWEA 1LSDA 1VDSA 4TSCA 1LJJA 1I56A 5B05A 2IHLA 4QDNA 3LYOA 4TTDA 1GB7A 5F16A 4ZFPA 1AT6A 1GEVA 1JTPL 2XJWA 4B4JA 3IJUA 4ETDA 4H9CA 2LHMA 3QE8A 3AGGG 1F10A 4DWXA 3WUMA 1C46A 5KXKA 4WG1A 3AW6A 1LZ4A 3WXTA 4ANRA 4YM8A 2A7DA 1IVMA 1IR8A 2ZWBA 1HEOA 1SQ2L 4J1AA 4WLXA 1IWWA 3AZ5A 1OUIA 1UIDA 5II3A 1F6RA 1E8LA 1DKJA 1RI8B 1OUFA 1IOCA 1LZTA 5ILFA 1GB9A 4DD3A 1TAYA 4RDSA 2MEGA 1C08C 1LZ5A 4NGIA 2HU1A 5B1GA 5APFA 5DM9A 1LJIA 4H94A 1INUA 4WM5A 1LZSA 2H9JA 3KAMA 1IWTA 4WM2A 4CJ2A 4DDBA 1BWIA 1B9OA 1V7TA 3A90A 4DD0A 1XGPC 2LYMA 1B5WA 1LZCA 4DD7A 4TUNA 4H9IA 1BGIA 4E3UA 1VFBC 4YEMA 5L3IA 1GB3A 3WL2A 1LCNA 1NBZC 4WOAA 4MR1A 1LHIA 4XYYA 3B0OA 1GXXA 4OW1A 9LYZA 1LMNA 2DKVA 4D9ZA 4LFXA 3HBEX 1HEQA 1ZVYB 3EMSA 1LSYA 1IWUA 4ETBA 1IP2A 1G7MC 3TMUA 4CFPA 3P66A 4GCCA 5I53A 2MEFA 4TX7A 3CT5A 2XTHA 1GFTA 1ZMYL 1YILA 1GXV2 3RU5A 1GEZA 4G4BA 4XJDA 2HTXA 3HFMY 2H9KA 1H87A 3A34A 2AUBA 2DQDY 1BB6A 3GXRA 2LZTA 1REYA 5I4XA 1J1PY 4N0JA 1REXA 4HJVA 4OWHA 1YL0X 4OWAA 3A91A 2EKSC 2D91A 1XGRC 1LJNA 3MGWA 4PHIA 1RJCB 1JJ0A 4LYOA 4WM1A 1UIBA 4HPIA 4NGOA 4RW2A 1LSPA 1GBYA 4W96A 4N9RA 4BAPA 1DPXA 1NWGA 4DYGA 1HFXA 2FYDA 4II8A 4DDAA 2Z19A 1LMPA 4I8SA 1NKHA 2YBJA 2RSCA 5M1YA 2ZNWY 1IC4Y 3LYZA 1IWXA 3WUAA 1A2YC 4WM3A 5FHWA 3W6AA 1QTEA 3ATNA 3M3UA 4NHSA 4Z3MA 2NWDX 1V7SA 1JKDA 4RLMA 1JJ1A 2CDSA 5EBHA 1CKHA 1LSMA 1LJKA 5B07A 1LJFA 1LMQA 1HSWA 1LYYA 1EQ4A 2YBHA 1W08A 1WQMA 1JKBA 4IASA 5FCPA 1YROA 4YF2A 1GF3A 1H6MA 1LZ8A 2DBTA 2Z37A 2ZNXY 4NGYA 5HMVA 2BQEA 2FBDA 1GB5A 2HEAA 1GD6A 5LA5A 1JITA 2A7FA 4A7DA 1LSAA 1Z55A 5KXLA 4H9AA 4AGAA 4N1EI 3AGIA 1UICA 2YVBA 4NG1A 1BWJA 4NGKA 4GN4A 1LAAA 1JSEA 5L9JA 2ZQ3A 5HMJA 1IWVA 1LJGA 1HC0A 3HBHA 3N9AA 4LYCA 4MCKA 4NHIA 3CSZA 3LHMA 4UWUA 1KXWA 4YENA 5LA8A 4XJGA 4I0CA 1LHKA 3TMVA 3N9CA 1YAOA 2EQLA 5KXZA 1RE2A 1BVXA 2MEHA 2HEFA 2I6ZA 3T6UA 1JISA 3W6FA 3WUNA 5LVGA 1HELA 4H92A 4IATA 3RT5X 4H9BA 1LZNA 207LA 3W6BA 4WLDA 5T3FA 4QY9A 1DI3A 3P64A 1LMAA 1LZYA 5E4PA 3LZ2A 2MEEA 3W6DA 5KXWA 3WVXA 3TMXA 1YQVY 5KY1A 5KXRA 4LYMA 1VDTA 1LKSA 3TXBA 1HHLA 2YBIA 4M4OA 2BQLA 1O23A 2YDGA 2W1XA 4UWNA 5IELA 4NGLA 4YEOA 1DI5A 4B4EA 3OJPA 1YL1X 1IP7A 2Z2EA 1OUJA 1GAYA 2FYCA 4R0FA 3RZ4A 4N1CC 1QSAA 5LXWA 1IP6A 1GPQC 1VATA 4X3BA 4B49A 1GFKA 1CJ7A 7LYZA 1GFVA 4R6CA 1HSXA 2CWIA 4AXTA 2Q0MX 1P2CC 2HEBA 2MEBA 4XJIA 4PJ2C 6LYZA 1GBZA 1GF8A 1QUTA 2HEEA 3IWRA 1IP3A 2ZYPA 1DXJA 4GN3A 2Y8PA 1JTTL 2PC2A 1IOQA 1B5YA 2ZILA 1B7OA 3AZ7A 4KXIA 4NGWA 4WM4A 1NMMA 2D4KA 5AMYA 1KXXA 3A8ZA 1FKQA 1B7MA 3A6CY 2IFFY 1OUAA 4U3XB 1JPOA 5E9RA 2D4JA 4WL7A 3P68A 1JKCA 1T6VL 5C6JA 4NSHA 4PRQA 4Z98A 5LVKA 1G7LC 5D5FA 1N4FA 193LA 1LZDA 5K7OA 1BB7A 1I20A 5KXTA 1VEDA 4J1BA 5L3HA 5I5QA 5F9UA 5J7CA 3J6KA 1B7RA 1CKDA 3LYTA 1B2KA 1LHHA 1UIGA 2ZYCA 1A4VA 3EBAB 5APCA 3G3AB 1LSZA 4DDCA 5KKJA 1XEIA 1IO5A 1UC0A 1GFHA 1IP4A 3A92A 4M6DA 5KXXA 4MSTA 3B0KA 1F6SA 1OP9B 3WVYA 3D3DA 4LYBA 3TXDA 1GFGA 2N5ZA 1LYOA 1LZGA 3E3DA 4GN5C 4ML7A 3TXJA 2D6BA 1JKAA 1LYSA 1NF5A 1UA6Y 1GF5A 3A67Y 2DQAA 2CGIA 4PGJB 1CJ6A 1GBWA 4H8YA 1GE3A 5I4WA 1BWHA 4PRUA 2BQBA 4ZEEA 2BQNA 5LVIA 1IR7A 1JHLA 2W1MA 1LZBA 5KJ9A 1AKIA 2Z12A 5C6LA 3CQLA 3CSQA 1TBYA 1GHLA 2G4NA 4NHTA 4WLYA 1IP1A 1UIEA 5I54A 3WPKA 1GF4A 4OWCA 1BHZA 1CKFA 1OUEA 3TXGA 4NFVA 1BB5A 1GDWA 1LSNA 1IWYA 1LOZA 1UIFA 5DN5A 4GCFA 4B4IA 5IHGA 1QSWA 1LMTA 1OQMA 3WXUA 1XGUC 2F30A 3T36A 1FDLY 1GB2A 1WQPA 1TCYA 5F81A 3W6EA 4OWBA 1LJ3A 4XN6A 1PS5A 4DD2A 5LAGA 3M18B 4ZIXA 1D6PA 4GCDA 2YBMA 1LKRA 5LINA 1IY4A 1NDMC 2DQCY 5HLLA 4OOOA 1GB8A 1KIRC 1IC7Y 208LA 2BQIA 5FDJA 1J1XY 5APEA 1B5UA 153LA 3D9AC 4HPEA 1LPIA 4G9SA 1HMLA 1YANA 1IX0A 1WQRA 1LHMA 1ZVHL 4TWSA 1AT5A 4XJBA 1TDYA 2MECA 2G4PA 1LZEA 1VDPA 3ATOA 4P2EA 1C43A 194LA 1GFRA 4GLVA 5A3ZA 1WQQA 1LZAA 1JUGA 1B5ZA 1IOSA 4H1PA 1REMA 3ZVQB 4H93A 3TXKA 1QQYA 1B5XA 3CT0A 5B1FA 5KXOA 2BPUA 1KIQC 3LYMA 2DQFC 4QEQA 2BQKA 5FSTA 5F14A 1JJ3A 4WLTA 1LZ6A 1OUDA 1DI4A 1IC5Y 1XFPL 1LMCA 4HTKA 1SLYA 1GBXA 4NSJA 1LSEA 1TEWA 3AJNA 4NG8A 1LTMA 4HP0A 1GF6A 1AZFA 1CJ9A 4DC4A 4NHQA 1D0LA 4OWEA 4XJHA 1FN5A 3CB7A 3GXKA 2BQGA 4XENA 1NDGC 4DD1A 1FLWA 1LSFA 1LHJA 2DQEY 1LHLA 4FJRA 1B7SA 4L41A 1GBOA 3WPLA 4WL6A 1EQEA 4DT3A 1WTMA 1YIKA 1GAZA 1UCOA 1IP5A 4B1AA 3LZTA 4DD9A 2HU3A 4CGEA 2BAAA 4C3WA 2H5ZA 4ETEA 3TXIA 3AGHA 1QDRA 1HFZA 1KIPC 5D5CA 4HJZA 2XBSA 3K3TA 3RNXA 2W1LA 5A3EA 1GE4A 1WVVA 1G7IC 5JENB 5C6IA 4QGZA 1YAPA 5KXYA 4H8XA 5APDA 3BKHA 1XEKA 1YAMA 5KXNA 1GWDA 4HV2A 1WQOA 1LJHA 4ET8A 1GE2A 2I25L 3TXEA 1IOTA 1DKKA 4GCEA 2YBNA 4IJ4A 4LT3A 4UWVA 1IORA 3AZ4A 1LZ9A 2WARA 1BQLY 3B72A 3P4ZA 5I4YA 2BQHA 4ETCA 5DL9A 4LFPA 5LVHA 1UIAA 1BB3A 2BQAA 2F2NA 3A93A 3EXDA 3SP3A 1GF7A 3VWOA 5KXMA 1GE1A 2CJLA 1GFJA 132LA 4RLNA 2C8PA 4WO9A 1GFEA 3WYHA 2LYZA 133LA 4NSGA 5FEKA 5HQ1A 1MELL 3AYQA 1J1OY 4BADA 5ILCA 4ETAA 3TXFA 4BAFA 2ZIJA 3W6CA 1F0WA 1YKYX 3ULRA 1D0MA 1BVKC 1FLQA 1BB4A 4GCBA 4NHPA 3WW6A 5B59A 3CSRA 1QTKA 2F4GA 2LYOA 2YBLA 4H91A 4HV1A 2HUBA 2MEIA 4H9HA 2F4AA 1VDQA 3WU9A 1JIYA 1B7PA 4HJYA 4NSIA 1JTOL 3WULA 1QIOA 1FLYA 4NGJA 4W94A 3WU7A 1MLCE 3CT1A 3ZEKA 1REZA 3ZVQA 1FLUA 4H8ZA 1DPWA 1HEMA 1LJ4A 2MEAA 3BKVA 1GE0A 4GLAA 1IEEA 1OUHA 2BQDA 4PPOA 2DQHY 1HENA 4B0DA 1IWZA 1JSFA 1C10A 4G49A 2BQFA 5KXPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
144LA 1UBZA 2Z39A 3G3WA 2DQJY 4WO6A 1UIHA 4J7VA 5KKIA 113LA 1DYBA 1XEJA 239LA 1D9WA 3G3BB 3IJVA 5FELA 4C5FA 1I6SA 4I7KA 1T97A 231LA 3DN1A 4WM6A 1QSBA 4DKLA 5HNCA 1WTNA 2LZ2A 3WW5A 2CUUA 4XADA 3TMWA 1HEWA 2EIZC 2ZIKA 4NWHA 1QTDA 3DMZA 5IDDA 4N5RA 1WQNA 3F6ZA 4NGVA 1KW7A 1GFAA 1B5VA 1L81A 1WVUA 1D9UA 4FDYA 5LVJA 1L64A 2BQCA 3OE6A 3W3EA 2VB1A 128LA 1GFUA 1C7PA 4G4CA 1OVKA 1CU6A 1LYZA 1XSFA 1JWRA 1NBYC 2D4IA 3WL2A 149LA 1PQIA 4H9FA 1DQJC 1G7JC 4XJFA 4NIJA 4O34A 1XJUA 1C45A 254LA 1CV0A 4I7JA 1XGQC 5LIOA 1EL1A 1FKVA 2X0AA 1I56A 4ZFPA 2LHMA 152LA 3WUMA 1C46A 3AW6A 1LZ4A 258LA 4ANRA 4YM8A 1L38A 3HDEA 2ZWBA 1OUFA 1LZTA 5ILFA 2OEAX 2MEGA 1OYUA 243LA 5B1GA 1L11A 5APFA 1LJIA 4WM5A 1WTHA 4WM2A 2OE9X 1CV6A 3OE8A 1B5WA 4E3UA 4YEMA 1VFBC 4DQ7A 1L12A 4WOAA 4XYYA 3B0OA 1GXXA 1L21A 186LA 2HULA 1L0KA 1D2WA 1JTMA 1L72A 4CFPA 4TX7A 3CT5A 1YILA 1GXV2 129LA 4XJDA 2LZTA 1REYA 4EXMA 1REXA 3A91A 4OWAA 1L16A 1PQOA 4LYOA 1L53A 1GBYA 4BAPA 1HFXA 2YBJA 5M1YA 2ZNWY 1IC4Y 169LA 4NHSA 2NWDX 2CDSA 4DAJA 1LSMA 2RAZX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF0 A;  1UBZ A;  2MED A;  2Z39 A;  3J4G A;  1GF9 A;  4WG7 A;  1AM7 A;  2DQJ Y;  4WO6 A;  3B6L A;  1UIH A;  4J7V A;  3WMK A;  1D0K A;  5KKI A;  5LYT A;  1B7L A;  3P65 A;  4RW1 A;  1B0D A;  2YSS C;  1XEJ A;  1PZY A;  1GBS A;  1OUC A;  3A96 A;  4YOP A;  1GDX A;  2BQO A;  1CNS A;  2FBB A;  2I26 L;  1HF4 A;  1UUZ C;  3G3B B;  3IJV A;  2BLX A;  5DLA A;  5FEL A;  1FBI X;  4C5F A;  2B5Z A;  3AB6 A;  1LJE A;  3TXH A;  1NHE A;  1ZV5 L;  4WM6 A;  1CJ8 A;  1D6Q A;  1HER A;  4H9E A;  3B0I A;  1WTN A;  4OOT A;  1IY3 A;  2BQJ A;  3WU8 A;  2LZ2 A;  5HNC A;  1OUB A;  4H90 A;  3A94 A;  2ZQ4 A;  1LSC A;  3WW5 A;  4XAD A;  1HMK A;  5DN4 A;  3TMW A;  1HEW A;  2EIZ C;  3AZ6 A;  2ZIK A;  4NWH A;  3WPJ A;  154L A;  1NQI A;  4NEB A;  4CFO A;  3RW8 A;  1CKG A;  5IDD A;  4LYT A;  4N5R A;  1YKX X;  1WQN A;  3F6Z A;  1HFY A;  3AW7 A;  4NGV A;  1QUS A;  5KXS A;  4ET9 A;  3A95 A;  3QY4 A;  2BQM A;  4KL7 A;  1GFA A;  1B5V A;  1KXY A;  1WVU A;  3HBD A;  3FI7 A;  2BLY A;  1YKZ X;  2W1Y A;  1LZ1 A;  1D9U A;  4HTQ A;  4LT0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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