The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
160
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sequence length |
749
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structure length |
729
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Chain Sequence |
FTSSLFLWGEALPTLLEEFLNEVEKMLKNQVNTRRIHQLLKELDDPLLENKDLEEKLQAFLDYVKEIPNLPEARKRYRIQKSLEMIEKLRSWFLIDYLECSGEEVDLSTDIQYAKGVGPNRKKKLKKLGIETLRDLLEFFPRDYEDRRKIFKLNDLLPGEKVTTQGKIVSVETKKFQNMNILTAVLSDGLVHVPLKWFNQDYLQTYLKQLTGKEVFVTGTVKSNAYTGQYEIHNAEVTPKEGEYVRRILPIYRLTSGISQKQMRKIFEENIPSLCCSLKETLPERILEKRKLLGVKDAYYGMHFPKTFYHLEKARERLAYEELFVLQLAFQKIRKEREKHGGIPKKIEGKLAEEFIKSLPFKLTNAQKRAHQEIRNDMISEKPMNRLLQGDVGSGKTVVAQLAILDNYEAGFQTAFMVPTSILAIQHYRRTVESFSKFNIHVALLIGATTPSEKEKIKSGLRNGQIDVVIGTHALIQEDVHFKNLGLVIIDEQHRFEALMNKGKMVDTLVMSATPIPRSMALAFYGDLDVTVIDEMPPGRKEVQTMLVPMDRVNEVYEFVRQEVMRGGQAFIVYPLIKSAVEMYEYLSKEVFKLGLMHGRLSQEEKDRVMLEFAEGRYDILVSTTVIEVGIDVPRANVMVIENPERFGLAQLHQLRGRVGRGGQEAYCFLVVGDVGEEAMERLRFFTLNTDGFKIAEYDLKTRGPGEKQHGLSGFKVADLYRDLKLLEW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
molecule tags |
Helicase
|
source organism |
Thermotoga maritima
|
publication title |
Structural Analysis of DNA Replication Fork Reversal by Recg
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
RECG
|
total genus |
160
|
structure length |
729
|
sequence length |
749
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2001-09-11 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00270 | DEAD | DEAD/DEAH box helicase |
A | PF00271 | Helicase_C | Helicase conserved C-terminal domain |
A | PF17190 | RecG_N | RecG N-terminal helical domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | RecG, N-terminal domain | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Rossmann fold | P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Rossmann fold | P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CPJ B; 2OG2 A; 5EE5 B; 3ZS9 A; 4GNX A; 3VFD A; 4B75 A; 4DT1 B; 3N70 A; 1YJW A; 4DKA C; 2EFH B; 3X1D A; 5F3W B; 2DGY A; 5TVK A; 5FUX A; 1TWC H; 4MA4 A; 1QG2 A; 1VQI A; 2PQA B; 1KZ7 B; 3BFK A; 4LHY A; 1VQD A; 3IQW A; 2KJQ A; 5KSY A; 1FTN A; 3ER0 A; 2JE6 I; 1W4R A; 5DI3 A; 1IZ6 A; 3EN2 A; 1E9A A; 2ZRI A; 4DC9 A; 6Q21 A; 3KOJ A; 1NVV R; 3OIY A; 1R0Y A; 3HOX H; 1YBY A; 4TTP A; 5CLQ A; 2WJI A; 3ADD A; 2H57 A; 4H9G A; 4LC0 A; 3DHW C; 4DVG A; 5CDF A; 3SQW A; 4BEJ A; 4RD1 A; 4GZM A; 4WW0 A; 3TR0 A; 1BKB A; 3U44 A; 1HNZ Q; 3SYK A; 5AUQ A; 2JEB I; 5IYD H; 1L4U A; 4HJ8 A; 1KDO A; 5LMN L; 4X65 Q; 1XTJ A; 2MMC A; 2QOR A; 5FTL A; 1QUQ A; 4FW9 A; 5EQT A; 5HPY B; 1SVS A; 2AX4 A; 4GOP A; 3M3Y H; 3BS4 A; 5JHG B; 1I5F A; 2GDJ A; 4NXM Q; 1PH2 A; 3R7W B; 2UXD L; 1FP7 A; 4G5O A; 3J81 k; 3SS8 A; 1KRS A; 4UP7 A; 4BE7 B; 1N9W A; 4EQ5 A; 4B48 A; 4Q03 A; 4GOP C; 1QG4 A; 1LS1 A; 2OCP A; 1XJV A; 1IBL Q; 2C04 A; 2P6N A; 2V7Q A; 4CEI A; 1EWI A; 1Q57 A; 4NHO A; 3TAH A; 3CX7 A; 1R8Q A; 2XZO A; 1E2G A; 5C3E H; 3SQX A; 5DIF A; 1S8F A; 2P5T B; 3CQZ H; 2EFC B; 1D2N A; 3M0E A; 5L3S A; 1DAI A; 4BBR H; 1VYV A; 4QKQ A; 2CHV A; 5JJI A; 1D8T A; 1U99 A; 3OES A; 1RZ3 A; 4IDP A; 5IK2 D; 3U4Z A; 3HOW H; 1XEF A; 2QPO A; 3PIR A; 2J7K A; 3W3A A; 4GI7 A; 4NYI R; 5CB8 A; 1LW7 A; 2VP0 A; 1VCM A; 1EK0 A; 4ITR C; 5TV2 A; 4NL4 H; 4EQ6 A; 2F4V Q; 1YZ6 A; 1W1W A; 4NKR A; 4QL5 A; 4BFS A; 3MXN B; 1BO6 A; 2GAO A; 1CU1 A; 1CSP A; 2EYU A; 2QQE A; 3B7G A; 5FOV A; 5EZ6 B; 4JYC A; 4HLC A; 2AL7 A; 3K1J A; 1Z6A A; 4IFD I; 4WVF A; 3DKP A; 3HP1 A; 1P2U A; 4BFT A; 5M04 A; 2RGX A; 4D82 A; 1PLK A; 4OQL A; 4C30 A; 4DR3 L; 1YR6 A; 2QSY A; 1KY3 A; 4XTC S; 1LTQ A; 1W2B A; 4URX R; 1Z9F A; 3AYH B; 4UPA A; 2QA4 A; 4MZ9 A; 3UXM A; 2RGD A; 5L8V A; 2XSZ D; 2QRN A; 3HKZ E; 2GXU A; 3M6A A; 1MV5 A; 5KPD A; 5EE9 A; 3SBD A; 2VS1 A; 1EWR A; 4EJS C; 4WAU A; 4P32 A; 3T61 A; 1PH9 A; 4B3T L; 1ZCA A; 2ODE A; 3AF0 A; 1ZW6 A; 2CJW B; 5E95 A; 4A3M H; 1VYU A; 2Q0H A; 2HLD A; 2ZI4 A; 3B6Y A; 4DV6 Q; 1XFA A; 5A4J A; 3U58 A; 5CIT A; 3EX7 C; 3G0H A; 4US0 R; 4C2M H; 1G6P A; 4OI4 A; 1KD1 C; 2Y0S G; 5AUP B; 2R6A A; 4OQM A; 4GP7 A; 4G1U C; 2FA9 A; 4F91 B; 4JCV E; 2O8F A; 1S3O A; 1HV8 A; 3BFV A; 4KFU A; 5DH9 A; 3BXZ A; 5EP4 A; 4O0M A; 4A0F A; 3CCL A; 1DG3 A; 4K8O A; 4Q47 A; 1XJC A; 3QKS A; 3QBV A; 5C46 F; 2DPX A; 1LB1 B; 5FPS A; 1TTT A; 3ZVL A; 2ZAN A; 4E03 A; 4NXN Q; 3MCA A; 1B70 B; 4X64 Q; 4PG3 A; 4FMB B; 5EXT A; 1N6K A; 3R9W A; 2F52 A; 1PLJ A; 1KJZ A; 2CL7 X; 1SHK A; 4PC7 A; 3LBH A; 1GTV A; 1NIP A; 3E70 C; 4V0K A; 5KO2 A; 1TF7 A; 1DAD A; 1XTI A; 4I1S A; 4R4T A; 3CC7 A; 3EIQ A; 2ZYW X; 3CLV A; 5ELO A; 1SKY E; 4JS0 A; 3I8S A; 1IN6 A; 4DLU A; 1BMF A; 1Q7Y C; 3QPU A; 2PX3 A; 4Q21 A; 4ARZ A; 1F60 A; 3EXA A; 1DVR A; 2JLQ A; 4AC9 A; 1NMZ A; 4LF9 Q; 2MNA A; 2GRJ A; 1HTW A; 2WJY A; 4A3F H; 1KI9 A; 1NLF A; 1YHN A; 1C4O A; 2NTY C; 2HF9 A; 4RMF A; 2G1J A; 1QBK C; 2VII A; 2AD1 A; 4Z8X A; 3CC2 A; 3CCR A; 1E2P A; 4TQA A; 1VMA A; 3HOU G; 2AFI E; 5H68 A; 1GM5 A; 4PZ6 A; 4DK3 C; 1Z5Z A; 3I32 A; 4HUQ B; 4Q4A A; 1KGD A; 1EFU A; 1HR0 Q; 1XXH A; 2G1K A; 2J0S A; 2IY5 B; 4X8L A; 4B47 A; 4EFN A; 4BWY A; 2XGT A; 3J81 j; 1FZQ A; 4JLP A; 3GLF E; 3K0A B; 4D6P A; 1SVI A; 4DV0 L; 1IJE A; 3JAM i; 2I5L X; 4DUZ L; 1VQ5 A; 2GNO A; 4DKX A; 3TQY A; 2IEY A; 1RRP A; 3F2D A; 5FUW A; 2Z5F A; 3Q3J B; 3RS7 A; 3ZLJ A; 2ZS8 A; 4D0N A; 3ICE A; 2OFX A; 4AIM A; 1F2T A; 1E96 A; 2JGN A; 4XSG A; 3GJ8 A; 4LFA L; 4A76 A; 3JAM c; 3GJ7 A; 4IXM A; 4B3M L; 4A1F A; 3KXI A; 1VHT A; 3K9G A; 2LXJ A; 4KSB A; 3NEN A; 4DR5 Q; 2Q3H A; 1KMQ A; 2QE7 A; 3K0S A; 2WIA A; 4RZU A; 3E2I A; 2VQS A; 3TIF A; 1B8A A; 1ANK A; 4X66 Q; 1YHB A; 1T3S A; 4KFR A; 2B21 A; 2YJT D; 4LV8 B; 4C0K A; 2H7V A; 2E8G A; 5GRO A; 1UDW A; 1WA5 A; 4QG7 A; 1P73 A; 3A1S A; 3W34 A; 5AR1 A; 1XD8 A; 1OHH D; 1VG0 B; 2OLK A; 4FID A; 1DAF A; 1KI6 B; 3PO2 H; 3GLH A; 3U7E B; 5LMU Q; 2WAX A; 4GS3 A; 4WXP A; 5FPT A; 2NIP A; 4F38 A; 3W1B A; 1G7C A; 2JAS A; 2ZR9 A; 3TEH B; 1TQD A; 4FN5 A; 3UDG A; 3L0O A; 3CR8 A; 3MLE A; 1Y3A A; 4Q1A A; 5G3Z A; 3PUZ A; 5DYI A; 1GIL A; 2PCJ A; 5H1Y A; 4ESV A; 1QHY A; 5C1B A; 5BR8 Q; 2B63 H; 3ASZ A; 2FPK A; 1S72 A; 1T9H A; 2H5E A; 2G88 A; 2YYZ A; 2OLJ A; 1CEE A; 1LV7 A; 4J0Q A; 3IRB A; 2OTL A; 1HT1 E; 2XXA A; 2ZUC A; 1NVV Q; 2A1A A; 2EQS A; 1FTS A; 4D81 A; 3NWJ A; 4V0O A; 1CTQ A; 2N49 A; 1J8Y F; 4UNS A; 4D0L B; 1Z2C A; 1SVL A; 2BVN A; 3HR7 A; 4IFB A; 4LYH A; 4Q9K A; 2ZM6 L; 1NRJ B; 2KBE A; 5BQ5 A; 2YU9 H; 3TRF A; 3UPU A; 4MQB A; 4XVQ A; 1NN3 A; 4DCN A; 2O8C A; 1S96 A; 4BY7 G; 2REX B; 3EC1 A; 3T1Y Q; 4IXN A; 3KJG A; 5FFM A; 3CAM A; 3SN6 A; 2ZRC A; 3AP2 A; 2XX3 A; 1J70 A; 3FP9 A; 1WRB A; 4QBI A; 3U4V A; 4MYC A; 4P4U A; 3U6B A; 3TSO A; 5AUN B; 3PEY A; 3LXX A; 3AVU A; 1XJ0 A; 3GLI B; 4DUY Q; 2JA5 G; 4A3J H; 2E5L Q; 1P61 B; 1PFS A; 1ZCB A; 1J99 A; 4JI6 Q; 3SYN A; 1UE7 A; 1Z6Y A; 3KTA B; 1CXZ A; 3E9I A; 1OPX A; 1TAD A; 2I4I A; 4JBK A; 4MGZ R; 3K70 C; 1WB9 A; 1PHJ A; 1SRU A; 3HPQ A; 4IOJ A; 1TXY A; 4GNX B; 3BIF A; 1Q81 C; 2VPP A; 3R9I A; 2QBY A; 4B3S Q; 1Y1W G; 1H8E D; 3AQQ A; 1PH5 A; 1QHG A; 3BB4 A; 1YJ5 A; 4DR1 L; 1C9K A; 3KJE A; 4CW7 A; 3QOF A; 2O0J A; 5FPH A; 2X2E A; 2AWO A; 4RZ2 A; 3B82 A; 4LJ5 A; 2EYQ A; 4XOI A; 1YRB A; 1ZBD A; 3VNV A; 5CIW A; 3L0P A; 4OBE A; 4Z8Y A; 4NYI Q; 3QPV A; 4OK5 A; 3CBQ A; 2L0X A; 3SOP A; 1E1O A; 1LUZ A; 4F4J A; 1NKS A; 3LW8 A; 4NMM A; 1K6M A; 1X3E A; 1PUJ A; 2BBT A; 3HOY H; 3K81 C; 3A4L A; 2P6U A; 4Q66 C; 2YKG A; 1E9S A; 4J15 A; 5AJ3 Q; 1NY5 A; 4C3H H; 4PPN A; 2EQB A; 5DIS B; 1NSF A; 1GDD A; 2H8K A; 4LJY A; 5D3M B; 3IEV A; 3RSO A; 4QFM A; 4DDV A; 2OCE A; 4H1U A; 2AD5 A; 1J7K A; 1E2M A; 2JA8 H; 2VL7 A; 3LXR A; 3NC0 C; 2JLV A; 4DV5 L; 1G19 A; 4JIM A; 1Z08 A; 4A2P A; 1QUQ B; 4PTL A; 4IDN A; 3EZ7 A; 3ND9 A; 4DK6 C; 5DN6 D; 4GOP B; 2OEP A; 3DEF A; 2GK7 A; 3CX6 A; 4OQF A; 1ZUH A; 4JI4 L; 2C96 A; 5IYC H; 4P75 A; 4IVP A; 3VR2 A; 3RYT C; 4A3K H; 2Q2T A; 3NVA A; 4UNR A; 3W5J A; 4YHH L; 4ZDI A; 2HIV A; 1XZP A; 2PZG A; 3FFB A; 2WJJ A; 2ZJ2 A; 1LTL A; 2F3I A; 1G8H A; 1KY2 A; 2DWP A; 3BJU A; 1KHI A; 2QPT A; 2OQ0 A; 1GRN A; 1QHH A; 3HJN A; 2IHE A; 5M3M H; 4TMV A; 4A4D A; 3TE6 A; 5CDF E; 3M4O H; 4CEH A; 2A19 A; 4OWX B; 1VG8 A; 4HB4 A; 5L3S B; 4DXA A; 4PR0 A; 1L2F A; 3I4M H; 1KXL A; 4JLA A; 4L8G A; 2ZRH A; 2ZJP A; 4MRP A; 4Q4H A; 2IHB A; 4WJ3 M; 1EIY B; 4HAT A; 4QGG A; 4UQO A; 4HAY A; 3W6N A; 3BAF A; 1P8L A; 4LFB Q; 2VP5 A; 3K8A A; 3GO5 A; 4WXR A; 5JS7 A; 3DDC A; 2J46 A; 1WQ1 R; 2WOO A; 2D74 A; 1HE8 B; 5EUM A; 2ZS7 A; 2LXK A; 2ZAO A; 3LRP A; 4R98 A; 1PJR A; 1TX4 B; 1S9D A; 2D06 A; 2D0P A; 2IC5 A; 3IIK A; 4AYT A; 1XMQ L; 1G8G A; 5JWR A; 3A6P C; 1GL9 B; 1ETU A; 1II9 A; 1NMX A; 4DEY A; 4NPS A; 4DV2 Q; 2CWP A; 1Z3I X; 4UP8 A; 3GQB A; 3ZJY A; 2ODW A; 1MRS A; 2G83 A; 2W00 A; 3FTQ A; 3IEU A; 1VQP A; 2BBW A; 4IFD J; 3FHO A; 3NEM A; 4PC6 A; 4HAW A; 2JK8 A; 5FLX c; 5TDH A; 1PYS B; 3ZJY C; 3WME A; 4AY2 A; 1M1Y E; 3W8R A; 1JR3 D; 2BA0 A; 2XTI A; 5KSP A; 1XNR Q; 1AE2 A; 3M85 A; 2UXC Q; 3R8C A; 3TRZ A; 4BA2 I; 1WYD A; 1EXM A; 1BBW A; 4C7O A; 3TRE A; 4G5G A; 4U00 A; 4DT1 A; 3AKY A; 1CKE A; 2BC9 A; 5JS8 A; 4JBM A; 5FL3 A; 3CON A; 1VG9 B; 3IBY A; 5FR2 A; 1YJ9 A; 3PSI A; 4A4I A; 5FTJ A; 3T1H Q; 2PQA A; 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3EPL A; 2VF8 A; 3QG5 A; 5KPJ A; 1AIP A; 3CCQ A; 3OIU A; 4G3X A; 4TMX A; 1XMV A; 4W5H A; 4BGD A; 2ZTS A; 1HZA A; 1U81 A; 1XEW X; 4LX0 A; 4TYW A; 1F5N A; 2JJ8 A; 1OXV A; 4K0K Q; 3T35 A; 1FJG L; 4PSA A; 2QP4 A; 2DCU A; 2Z6V A; 3STB D; 4RFS A; 4PAO A; 3I61 A; 5BYK A; 3WHL A; 2XSZ A; 4B33 A; 1JJC B; 1QVC A; 4DR6 Q; 2RHD A; 3IO3 A; 3K0E A; 2LKD A; 4JJK A; 4LBZ A; 1A0I A; 2IS1 A; 4YCV A; 4LPK A; 1E2H A; 1S0U A; 5AJX A; 5J47 A; 3FMO B; 2ZE7 A; 4FI3 C; 3VHX A; 1S3G A; 1VQN A; 2ZRE A; 4OHV A; 1HNW L; 1AZT A; 1G20 E; 3S24 A; 1DS6 A; 1RIF A; 1QHS A; 3TSW A; 4DR4 L; 3I56 A; 4QNM A; 3VTK A; 1T3H A; 1U98 A; 3WXM A; 1VYT A; 4A9A A; 3PFI A; 1OH7 A; 4EUN A; 2Z6K C; 1XXH E; 3CRQ A; 3ZQJ A; 1S9H A; 221P A; 1TF5 A; 2CJW A; 3A1V A; 1JB1 A; 2IW3 A; 5C4X H; 1JI0 A; 2VTK A; 4GMD A; 1PH7 A; 3RNL A; 4BPB A; 4Q4J A; 2QE7 D; 4N0D A; 3X1Z A; 3Q72 A; 1Z0F A; 4KHZ A; 4F7W A; 1QVF A; 1E2E A; 2JA6 H; 4HI0 E; 2G77 B; 5HZH A; 2I1Q A; 4M22 A; 4JI8 L; 2VNU D; 1ZU5 A; 4M9S A; 1EFR A; 1G3M A; 2YOG A; 1N0W A; 4DV4 Q; 1GAJ A; 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