1GNMA

Hiv-1 protease mutant with val 82 replaced by asp (v82d) complexed with u89360e (inhibitor)
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPDNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase (acid protease)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Crystal structures of complexes of a peptidic inhibitor with wild-type and two mutant HIV-1 proteases.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gnmA00
4D8CA 5BRYA 2QCIA 4R92A 3BUFA 3C9XA 3SA7A 5P20A 3IXKA 1BAIA 5P4QA 3O9CA 2FIVA 3TOHA 5KQXA 4R91A 1EPME 1NH0A 5PEPA 1N49A 5P7YA 5P37A 3OQDA 2PSUA 3HAUA 3K5CA 1M4HA 5COOA 1DW6C 3Q4BA 5P5WA 1TSQA 4AZYA 1HVIA 1BIMA 5OZ6A 2AVSA 5P3SA 2HB4A 3O9LB 5P2ZA 4ZIPA 3FNUA 3GGUA 5P59A 3OAGA 3NXNA 3BVBA 4FM6A 5P76A 5IS4A 5P8CA 5P42A 2MIPA 1A9MA 4AUCA 3OXVA 2HM1A 5P8RA 4Y4AA 3LPKA 2QI0A 4YD5A 3ZPUA 1G2KA 1HVSA 4YOAA 4RCEA 2IKUA 3ER3E 4HA5A 3SABA 4RVJA 1YTGA 1FQXA 5BS4A 2VIZA 4Y3TA 3JVYA 4YBIA 5JFUA 3NXEA 4GJ8A 4Y4GA 5DR8A 3VLAA 4AA8A 4ACXA 5P6WA 4CPXA 1M0BA 3B7VA 3OUBA 5P5YA 4Y3AA 2Q55A 5P5DA 4BFBA 1W6IA 3TPLA 1EPRE 4KUPA 4HE9A 1W5YA 5P22A 2I4XA 1IDAA 2QP8A 1GNOA 5DR4A 1MTBA 4RVXA 5ISJA 5DPZA 3T3CA 1BBSA 2FNSA 4I0GA 4X2LA 5P67A 4F73A 5P4ZA 1UPJA 3GGXA 3SA9A 4QJ2A 3D3TA 2R5QA 5KQZA 2ZE1A 5P40A 2QAKA 3QROA 4J1IA 4Q1YA 3FNTA 3KM4A 1XN3A 3LIXA 3RU1A 4JECA 5P43A 3K1WA 5P2IA 1T6GA 3JVWA 2CENA 4YE3A 3UDJA 1K6TA 4I8ZA 4DVFA 2XFJA 1E80E 5F00A 2ZHVA 1KJHA 5P6JA 4CPRA 3MSKA 3VV7A 4Y5BA 2VIYA 3HAWA 4CP7A 5P6DA 5P8IA 2J9JB 2NTRA 2V10C 4J5JA 5P2UA 2BBBA 1FMUA 3KT2A 5P33A 1EBKC 1YX9A 1W6HA 2G27A 5DR1A 1B6LA 4OBKA 5P5OA 4TVGA 1OEXA 5P5KA 4RCDA 1T7KA 5P6SA 1QDMA 1EC3A 5P4YA 5P5FA 4OD9A 1RV7A 2I4VA 5P7HA 5P7MA 5HDUA 3PBZA 3S7LA 3EMYA 1D4IA 3URIA 4DJVA 1EPLE 1E5OE 3FSMA 1EBZA 4LBTA 1UH7A 4GJ7A 3O9EA 4IVSA 5SZ9A 3D20A 1SMEA 5P5XA 2IEOA 5P0WA 4FM8A 3APRE 4L1AB 4R93A 1MSMA 2P8HA 1FQ4A 2SAMA 3PMUA 3DJKA 5AHAA 5P2BA 1WBKA 2V16C 5P5GA 4QJAA 3F9QA 1C6ZA 1HIIA 5P88A 1K6VA 5P2NA 5P53A 1HPOA 3UDNA 3GGVA 5OZ2A 5P69A 2QU2A 4RGHA 3EM6A 3VLBA 3L5CA 1A94A 4K4QA 4CPUA 4GJDA 3NU3A 2I0DA 2WJOA 3TPJA 5P3NA 5P44A 4Z50A 5P03A 2O40A 1LYBB 2ZDZA 3VF7A 3TNEA 1SDUA 3ZKQA 4J1FA 2O4PA 1BWBA 1BDQA 4DQBA 1AVFA 3I6OA 5OZ0A 1KZKA 5P5VA 2FDPA 2AVOA 3QAAA 1FFFC 3CKTA 5DR7A 5P8BA 2QI4A 5P4DA 5P4TA 3GI4A 4PZWA 3K4VA 5P7VA 3SA8A 4JPCA 3ZKGA 1QBTA 1IVPA 3QRMA 3WSJA 5P1NA 3UDYA 4J1CA 5IVRA 4Y3PA 3MWSA 2OHMA 5OZYA 5P7DA 5P6ZA 4LXAA 5P7EA 3A2OA 3BC4A 1XN2A 3SFCA 1ZJ7A 3EKQA 3L38A 4Y3WA 1ZPKA 3KFSA 4DV9A 2QK5A 1DAZC 2OHPA 1HVJA 4Y56A 4OC6A 5P08A 3UCBA 2IDWA 3TLHA 2P3BB 2P3AA 4RVIA 2QD8A 4Y35A 3RSVA 5P2WA 3O9BA 2PQZA 1MRWA 1VIKA 4Y3ZA 5P6NA 4EYRA 5P3XA 3PI5A 5P6YA 4E43A 3L5EA 5P4JA 1RL8A 3UQRA 3VUCA 2JXRA 3LHGA 3KT5A 3EL1A 3PVKA 5DQ4A 1BDRA 3OUDB 3OU4A 4YDFA 3QP0A 1B6JA 4Y5MA 1EBWA 1HHPA 3KMXA 1G0VA 1PSNA 4QGIA 1LYAA 3DUYA 3EKYA 5OZKA 2PWRA 5P5PA 5P0RA 3N3IA 2R3TA 5P70A 5P1WA 5I3XA 2P3CA 1ZPAA 2IQGA 4Y3RA 5P6RA 4I12A 5P3UA 5P4WA 1YTIA 2OHTA 1IZEA 3U7SA 5P78A 5P8LA 3B80A 2QI7A 3T6IA 2WHHA 4M8YA 5OZ3A 5P34A 2IKOA 3OXXA 5DQ5A 1E82E 1KJ7A 5BWYA 1G35A 4Y4TA 2HS1A 4U7VA 5P0TA 1J71A 2NPHA 5APRE 2JE4A 3EM4A 2QNPA 5P7KA 1EPOE 5P01A 1HWRA 5P3CA 3ZKMA 4GIDA 4J0ZA 4GMIA 5P17A 1FG6C 3WB5A 3LINA 4B00A 3IA9A 2G1RA 2AZBA 5OZSA 2WF4A 1UH8A 2B8LA 4FE6A 5P1GA 3KMYA 4DQFA 5J25A 3VYDA 4IVTA 5AHBA 4D89A 2BKSA 3MSJA 5P3AA 2UY0A 4DJRA 1MERA 2O4NA 3PJ6A 3RSXA 2VNMA 5P1XA 3FX5A 3VG1A 4EQJA 2OHNA 1K1TA 3TTPA 1A30A 1B5FB 2I4UA 1MESA 5AGZA 5P74A 1FQ5A 5AHCA 1HEGE 4B0QA 5KOQA 1GNNA 4DJPA 4Y4BA 1KJFA 5P18A 3L59A 4Y41A 1AIDA 5P04A 2I0AA 3PB5A 4GJ9A 1LV1A 1PROA 2Q15A 3NDWA 4RRSA 2AOJA 5P85A 3SA3A 1TW7A 5P8DA 3UQXA 4DJYA 4I10A 4PZXA 4Y4XA 5C9BA 5P52A 3PLDA 1PPKE 3IAWA 2G20A 5OZMA 5P15A 3ZKSA 5P8VA 3SA5A 5UPJA 3PEPA 4J1KA 1HTFA 5P3YA 5P6IA 1K2CA 3LZVA 4FCOA 5P86A 5P3KA 1EPQE 1U8GA 5P8SA 4I0ZA 2QMFA 3K5DA 5P77A 3SA6A 3SA4A 4Y57A 5P0ZA 3OGQA 3Q6YA 3SM2A 2PMAA 4NJSA 2FMBA 4L7JA 4D85A 3NWXA 5P27A 1ZBGA 2FDEA 3MSLA 4Y3JA 4Y43A 3OU1B 4Y51A 5P6EA 4PPHA 5P3BA 5P4SA 1D4YA 2BPVA 5OZGA 5P1PA 5P0MA 2VJ6A 5P6TA 3VCMA 5CONA 3DOXA 1CZIE 3UDQA 3FKTA 3QRSA 1FGCC 5DR3A 5OYVA 5P1IA 4ZSRA 2ZYEA 1D4LA 5P0VA 5KR8A 3PCWA 4B1EA 5P39A 3KFNA 2BPZA 4I8WA 3UPJA 2IL2A 1OHRA 5P1TA 1K6PA 5EZZA 4QJ6A 4ZE6A 5P7JA 3PI0A 3SQFA 5P1VA 3QVCA 3CKRA 5P02A 5P82A 5OZJA 5P6AA 4DPFA 4L6BA 4NJUA 5P57A 4R8YA 5OYXA 3OQ7A 3S7MA 4Y36A 5P8KA 4OBZB 2I4DA 2VIJA 3HD8A 1MEUA 4DQEA 3OOZA 3HLOA 3K5FA 4FS4A 4B1CA 4I0IA 1HBVA 3OXWA 1B11A 5P2RA 4U8WA 3CYXA 4B70A 2ANLA 1ME6A 1APTE 1LZQA 3O9LA 4YD7A 5P8GA 2J9KA 4OBGA 1BILA 5HU1A 1QS8A 2ER9E 3OTYA 4I1CA 3D91A 3SPKA 5P0XA 3DV5A 1PPME 1FQ6A 4EP3A 2PK6A 4DFGA 2AOHA 5OYRA 5P4XA 1CMSA 3GGAA 5P1AA 3OK9A 3INEA 3ST5A 2HB3A 2NMZA 3PLLA 4YD6A 3RVIA 3T7QA 2V13A 3PWRA 1ER8E 4ZSQA 3UDPA 4KE1A 4D88A 3TKWA 1AZ5A 4ER2E 3O99A 3UHLA 2QD7A 3UFNA 2AZCA 5P0AA 3AUPA 3MXDA 5P0OA 4RLDA 4HDPA 5P48A 4GZFA 3L58A 2R5PA 4ZSMA 4I0DA 4Y3SA 2Z4OA 2A1EA 2VNNA 5P0FA 2BPXA 5P7ZA 4Y39A 1NSOA 2ZHUA 4MC2A 1AXAA 5TOLA 1YM4A 5OYQA 2FDDA 4DJOA 5P4KA 2QNNA 4YCYA 1XS7D 1PSOE 4K8SA 4A6CA 3PWWA 5ISKA 5P8QA 5P5MA 3O9IA 5P5ZA 5P4CA 5P4EA 4HLAA 5P36A 5JODA 1MT7A 5IVTA 4EQ0A 2J9JA 1LYWB 4GJBA 5OYSA 5OZCA 1SDVA 5OZ7A 3BGBA 5P8FA 5P3WA 3BUGA 3O9AA 2R9BA 4BFDA 3WZ7A 2ZJNA 4OBHA 1HTGA 3RTNA 1F34A 4DUSA 2IRZA 2QHYA 2V11C 5P4FA 2NXMA 3H0BA 3TOFA 1WKRA 4Y3HA 5P2YA 2UPJA 5P1HA 3VSXA 4Y5AA 4EXHA 1TCXA 4L1AA 2OAHA 5DR0A 4Y5NA 2QMDA 5JFPA 2UXZA 5DGWA 3LIVA 5P5NA 5P3GA 5I3YA 4Y5EA 5AH7A 3FNSA 3VF5A 5P89A 5OZNA 2BKTA 3I7EA 5P3VA 4Y4DA 4OBDA 5P8UA 1AJXA 3L5DA 4XKXA 2JYSA 4TRZA 4K4RA 5P1OA 3PRSA 4Q5MA 3OXCA 5KQYA 5OZBA 5P31A 1MUIA 4J1EA 5OYZA 3T7XA 1OEWA 3U71A 2CEMA 2AODA 4Y44A 3VFBA 1ODWA 5KOSA 1EC0A 1LYBA 5P50A 2F3KA 5P7TA 1MTRA 3KF0A 1UH9A 5CLMA 4EP2A 5P1CA 3OUCA 1Z1HA 5SY2A 5P1ZA 2QD6A 5P0PA 1SDTA 2RKFA 2FLEA 4EJKA 4EXGA 2WF2A 3BVAA 5T4SA 4FGXA 5P2AA 1SBGA 5P5RA 3HW1A 1HVKA 1QBUA 2Q5KA 5P7BA 5I3WA 5P66A 3T7PA 3T11A 2RMPA 1YTHA 5P3MA 3PSUA 1Z8CA 5P7FA 3CIBA 3I2LA 4Y3NA 1TZSA 5C9DA 2IGXA 5P49A 4EHCA 2F80A 4GJ5A 5P51A 3OADB 5P3IA 3QBFA 1HXBA 3IN3A 2OHUA 5P1UA 1D4KA 3SLZA 3D1YA 5HE5A 5P0JA 5P7IA 1NPWA 1T7JA 5E5JA 3S2OA 3VFAA 5P73A 4BELA 1PFZA 5OZ9A 1HIVA 3NLSA 2PYMA 2QI3A 3UDKA 2P3BA 1BVEA 5P83A 3VF3A 5HDZA 4CPSA 2XYEA 1FFIC 5P1RA 5OZ1A 5P0YA 5P6XA 2B42A 3HBOA 4RZ1A 4DJQA 3O9GA 4B1DA 1T3RA 1TSUA 4CPTA 3PM4A 4YD4A 3R1GB 5P10A 5P2MA 1EPNE 4OBFA 1FMXA 2VJ7A 5P5UA 5P0QA 2F3FA 3UDHA 1RPIA 3OUDA 2P83A 4OBJA 2VA5A 5P2GA 3EL4A 1FKNA 4L7HA 5P8TA 4I11A 5OZVA 4ZSPA 5P7CA 5OZ5A 4J1HA 1QBRA 6APRE 1MRXA 4F74A 2NNKA 1W50A 2QU3A 3VYFA 5P1MA 4Y58A 1T7IA 1HSIA 5P41A 1HSGA 4R5NA 4PEPA 3UQWA 4CMSA 3DV1A 3LITA 1EC1A 4F75A 2RENA 3S85A 3OUAA 5P1KA 5P1YA 5P2QA 5P7WA 1MSNA 2JJJA 3LPIA 3URLA 4EJLA 3EKXA 3NU4A 5HDVA 6FIVA 1TQFA 1GKTA 1HVLA 4Y4JA 2FS4A 5P5QA 3EL0A 2NR6A 3ZKXA 4Y6MA 1W51A 4J0PA 3FIVA 5F01A 3H5BA 2APRA 4Y53A 5KQFA 3PMYA 5P3EA 5P2TA 4ZLSA 5ENKA 3HVGA 2H6TA 1ENTE 3UQPA 5KR2A 5P7QA 5P4NA 2P3DA 2G24A 3DCKA 5P1QA 5ENMA 5P2EA 4MC1A 5P1LA 2NNPA 5AH9A 5HD0A 5P2SA 4Y3EA 3O9DA 5OZWA 2PC0A 4XXSA 2A4FA 2O4LA 2PYNA 4Y50A 3N4LA 1APWE 3HVPA 4EJ8A 1Z1RA 7UPJA 5P7LA 3ZPSA 4FRKA 4TRYA 1D4JA 3QI1A 5P4LA 3INDA 2FGUA 3L3AA 2PH8A 5HTZA 3LPJA 3OY4A 3Q70A 2OHSA 2WKZA 5P30A 4H3JA 4DQHA 4A4QA 2G26A 2V00A 1B6KA 4NPUA 4XX4A 5P8MA 1PPLE 1HEFE 1ODYA 4JP9A 1B5FA 2OHLA 4QJ9A 1FB7A 4NPTA 4J17A 5P60A 3G72A 5P8OA 5P0IA 1C70A 1SP5A 4Y4ZA 3VSWA 3VV8A 3EKWA 3ZLQA 4ZPEA 5AH8A 3OQAA 4H3FA 2QZKA 4DJWA 3BXRA 4KE0A 4YHQA 1NPVA 5HU0A 4Y5PA 4FM7A 4LHHA 5P3HA 2FXEA 3TPRA 4GJ6A 1CPIA 5AH6A 3FV3A 1W5XA 5COKA 5P14A 4LXMA 2PH6A 3TKGA 2HPFA 5P3RA 1HVHA 2R43A 3D1XA 5P6MA 2BQVA 2I4WA 4RROA 4Y3MA 4AMTA 1XE6A 2R3WA 3S56A 5P55A 5P11A 3LIZA 2H6SA 1YM2A 2CEJA 1MT9A 4L7GA 3HZCA 2O4KA 4A6BA 2F81A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4D8C A;  5BRY A;  2QCI A;  4R92 A;  3BUF A;  3C9X A;  3SA7 A;  5P20 A;  3IXK A;  1BAI A;  5P4Q A;  3O9C A;  2FIV A;  3TOH A;  5KQX A;  4R91 A;  1EPM E;  1NH0 A;  5PEP A;  1N49 A;  5P7Y A;  5P37 A;  3OQD A;  2PSU A;  3HAU A;  3K5C A;  1M4H A;  5COO A;  1DW6 C;  3Q4B A;  5P5W A;  1TSQ A;  4AZY A;  1HVI A;  1BIM A;  5OZ6 A;  2AVS A;  5P3S A;  2HB4 A;  3O9L B;  5P2Z A;  4ZIP A;  3FNU A;  3GGU A;  5P59 A;  3OAG A;  3NXN A;  3BVB A;  4FM6 A;  5P76 A;  5IS4 A;  5P8C A;  5P42 A;  2MIP A;  1A9M A;  4AUC A;  3OXV A;  2HM1 A;  5P8R A;  4Y4A A;  3LPK A;  2QI0 A;  4YD5 A;  3ZPU A;  1G2K A;  1HVS A;  4YOA A;  4RCE A;  2IKU A;  3ER3 E;  4HA5 A;  3SAB A;  4RVJ A;  1YTG A;  1FQX A;  5BS4 A;  2VIZ A;  4Y3T A;  3JVY A;  4YBI A;  5JFU A;  3NXE A;  4GJ8 A;  4Y4G A;  5DR8 A;  3VLA A;  4AA8 A;  4ACX A;  5P6W A;  4CPX A;  1M0B A;  3B7V A;  3OUB A;  5P5Y A;  4Y3A A;  2Q55 A;  5P5D A;  4BFB A;  1W6I A;  3TPL A;  1EPR E;  4KUP A;  4HE9 A;  1W5Y A;  5P22 A;  2I4X A;  1IDA A;  2QP8 A;  1GNO A;  5DR4 A;  1MTB A;  4RVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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