1GNNA

Hiv-1 protease mutant with val 82 replaced by asn (v82n) complexed with u89360e (inhibitor)
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPNNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase (acid protease)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Crystal structures of complexes of a peptidic inhibitor with wild-type and two mutant HIV-1 proteases.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gnnA00
3KFSA 3OK9A 1FB7A 1ODXA 5P4PA 5C9FA 4Y47A 3ZL7A 4DQCA 1IDBA 3UFNA 3PHVA 4DJWA 3LPKA 1BILA 1GNNA 1N49A 1EPNE 1UH9A 3VSXA 1G35A 2NR6A 4GIDA 4A4QA 1LEEA 4J0PA 2QI4A 5IVQA 5P3TA 5P6EA 4Y4JA 4AUCA 4Y4GA 2ZHRA 5KR1A 1B6PA 5P2IA 5P73A 5UPJA 3OXCA 5P02A 5P3PA 5COKA 4YBIA 5HDZA 5KR0A 4FLGA 3UDKA 4KB9A 5P2OA 3T7PA 2FDDA 3NUJA 3QRSA 2V00A 4KE1A 4Q5MA 3CKTA 5P4AA 2BPYA 5P1RA 2VIZA 2WF2A 3OXWA 3PEPA 5P34A 2QZLA 5P0PA 5P7LA 3NU4A 2I4WA 3DV1A 4YD5A 4K4QA 4Y3GA 3UDNA 4HLAA 4FSLA 3NLSA 5P2UA 1EC1A 3KFRA 1PFZA 5OYVA 2NXMA 1XDHA 1LYWB 4B70A 5P88A 2ZHTA 5J25A 4Y3QA 3VUCA 5P00A 5P0JA 5P1UA 4OBZB 5P59A 4B05A 4Y4ZA 1XN3A 2V12C 5AH6A 4J0TA 1EPQE 3JW2A 3JVWA 4DJQA 2CENA 2RKGA 3D20A 2VS2A 1T6EX 5P6KA 3GGAA 4OC6B 2I0AA 4Z2ZA 5OZ8A 1HVIA 2OAHA 4Y6MA 4OD9B 3VF5A 5P4QA 5P5BA 2AIDA 2G1OA 3R4BA 3TNEA 1MRXA 2A4FA 3SA4A 2AZCA 3EL1A 4ZEAA 4R8YA 2VKMA 5P3DA 4GJ6A 5P5TA 5P7CA 3OADB 5ENKA 1RNEA 4MC2A 5P0LA 2AVSA 5SY3A 4DQHA 1FKNA 3VYDA 5P0MA 4EHCA 3D1YA 4B00A 2I4VA 3UQUA 1BBSA 4M8YA 2FGUA 5P2NA 3SA3A 2OHSA 1HHPA 4J1KA 5KAOA 4QGIA 5P2WA 1BDRA 2ZHSA 3FNUA 4L6BA 3S56A 5I3WA 1SDUA 5P8SA 2PSUA 3NDUA 5P5HA 4EJKA 3MXEA 3NDXA 1SGZA 5OZMA 5P65A 5P01A 5P10A 5P6GA 3TOHA 3KDDA 1MTRA 3GGVA 5IS4A 4XXSA 5OZYA 3K5CA 3HAWA 1DIFA 3VSWA 5P5SA 4DI2A 2OHMA 4GB2A 5HE5A 1SBGA 5P8FA 1HVKA 3VLBA 4APRE 2QHZA 4ACUA 5DGWA 2Z54A 3KT2A 2WKZA 3GGXA 3O9IA 1G6LA 4Y53A 5P3UA 1T7IA 2HPFA 4Y4DA 2QK5A 3EKTA 5P2KA 3S43B 3URIA 4Y4TA 5P36A 3DM6A 3UDYA 4BFDA 5DQCA 5HU0A 3OU1B 5P0EA 3U6AA 4Y43A 4FE6A 4RRNA 5P6PA 1BVGA 5P82A 3D1XA 5SY2A 5P85A 1HOSA 1EC3A 4FCOA 3OQAA 3O9FA 4U7VA 3QN8A 2H6SA 3A2OA 4WTUA 5P8MA 1W51A 2HB3A 2ANLA 4I8ZA 1SIVA 5AH9A 2VA7A 2NNKA 1KJHA 3PLDA 1OHRA 3NXNA 4YDFA 5P0RA 2HAHA 1MPPA 2FXEA 1BVEA 1QBUA 4H3GA 2P83A 4RGHA 1SP5A 4QJ9A 1WBKA 5P14A 5P13A 3EXOA 5P8GA 5P64A 3QP0A 3OTYA 5P17A 2PH6A 4Q1WA 3G70A 1LZQA 5KR8A 4A6CA 4FSEA 4YD7A 3BUGA 1HXWA 5P56A 1QDMA 4K4PA 3TKWA 3URLA 4Y3SA 2FMBA 3RSVA 1HTRB 5P0TA 5P3VA 1AAQA 5P2LA 3S8IA 1EPPE 2QNPA 5P63A 2ZE1A 3HVPA 5HCOA 2G94A 5P3KA 3LIZA 5EZZA 4PZWA 5P0UA 2VJ7A 2V10C 1W6HA 3VCMA 2FS4A 3BUHA 3OQDA 1FEJC 3AIDA 4DJVA 1APTE 4I0GA 1MSMA 3OQ7A 5OZXA 1YM2A 3L5DA 3KFNA 4KUPA 4KE0A 4MC9A 5APRE 5DR4A 2ZJMA 5P77A 1EBZA 4LHHA 4U8WA 3S85A 4L7GA 1F34A 4Z4XA 2WF0A 3HVGA 5P49A 5P5GA 2P3CA 1BAIA 5P8AA 5P7EA 2HIZA 4OBKA 5P2QA 5P3RA 5P7BA 3O9EA 5HCTA 4ZSMA 4IVTA 3I2LA 4CPXA 5P6ZA 1XE6A 2VJ6A 3L3AA 5P1KA 5DGUA 4J1EA 1C6ZA 1ODYA 2G69A 2Q5KA 5JG1A 3L38A 5P8DA 3T3CA 5P1IA 4TRZA 3K5FA 4GJ9A 5P61A 1FF0C 2O4PA 5P4VA 3EM3A 3ZKSA 1PPKE 3O9CA 2QCIA 4D89A 4YOBA 2ZJIA 5P6UA 2AOEA 2Q63A 2VNNA 4DJRA 5P41A 5P6OA 3QPJA 3CKPA 3SO9A 1QBRA 2FLEA 1BWAA 4DH6A 1AJXA 2IL2A 2HS1A 3PSYA 2XYEA 3L59A 4NJSA 1MRWA 1MSNA 5P8QA 6FIVA 4JPEA 3PMYA 5OZ5A 4L1AA 2B8VA 5P16A 5P2HA 3RU1A 2R8NA 2R9BA 1IZDA 1M0BA 4Y41A 4J55A 3O9HA 5OZUA 5P20A 1FQ4A 1MT8A 4Y3JA 5AHAA 2EWYA 2P3BA 4RVJA 2I4UA 5FIVA 5P1BA 5OZSA 1HIVA 1NPVA 1GNMA 5IE1A 1YTGA 5P4BA 5P8CA 3IA9A 4Y44A 5DPZA 3NU3A 1YTHA 1ZPAA 2WEZA 2ZJLA 4FS4A 4RROA 4DUSA 4CPQA 5P4OA 5P7RA 2NTRA 2WJOA 4YCKA 4Y58A 5P2SA 2QZWA 5P0YA 5P4LA 5P1PA 5BRYA 3PJ6A 1BXQA 5BS4A 5P46A 5P40A 2G22A 5P1VA 4B72A 5P2TA 4AA9A 4DQEA 4D85A 1CPIA 5P5LA 5P1FA 3LZUA 4LXKA 5P04A 5COPA 1FMXA 4J54A 2WEDA 3Q6YA 2G20A 2NMZA 3OXVA 2OHTA 1K2BA 5P7XA 3CIBA 1EEDP 5P4FA 2OHRA 1LYAA 4HEGA 2V13A 5P8HA 5HU1A 5OYZA 5P4CA 2XYFA 4DFGA 3SAAA 1ME6A 4AZYA 5P62A 2PK5A 1LYBA 2I4QA 3FV3A 3CKRA 3H0BA 5P7DA 1D4YA 5P6JA 3L5EA 5P23A 3ZPTA 1NH0A 2QMPA 6APRE 5AH7A 1LV1A 2V0ZC 5P4EA 1HTGA 1KJ4A 4B77A 1EPLE 4LP9A 5P6VA 2BPWA 3QRMA 1BDLA 5JODA 1W5VA 2O4LA 1HVLA 5P0IA 4Y3LA 2HPEA 1FQ6A 3EKVA 5DR3A 5P3BA 1M43A 2CEJA 3IXOA 5P26A 1META 3NXEA 5P2RA 4R91A 4B1CA 3UQRA 3VV7A 5P06A 1QRPE 2JJIA 5OZHA 5P45A 4Q1NA 3QVCA 3ZOVA 2O40A 2FNSA 5P6SA 5P35A 5P1JA 4LC7A 3EKXA 3EM6A 5COOA 2QI7A 5P8OA 4Y3MA 3LIQA 5P5RA 5OZOA 3INEA 5P4GA 2PK6A 5P4SA 4Y4WA 4WY6A 1DAZC 1K6VA 2R38A 3PGIA 4BELA 5P3HA 3PCZA 1MVPA 5OYWA 3DUYA 4LAPA 3JVYA 1HTEA 5OZBA 4Y5MA 5P8UA 3I8WA 4TVHA 3SA8A 5P3GA 1DW6C 2QI3A 4Y3HA 5P6RA 4FIVA 3WB4A 1IIQA 5P6NA 1VIKA 1W50A 3VV8A 5P68A 3SLZA 2QNQA 4I0JA 5P6IA 3UHLA 5OZGA 4APEA 2PWCA 3G6ZA 4DJUA 3IN3A 3K5DA 4YDGA 3TL9A 1IZIA 3IXKA 3ECGA 3EKPA 1HWRA 2ZJNA 4RVIA 2IGYA 3QROA 1PROA 4TRYA 2RMPA 1KJGA 2QI1A 3INFA 3O9DA 3APRE 1AIDA 3S54A 5P7NA 4H3IA 3L58A 3HDKA 4NJVA 1AJVA 4L1AB 4DQGA 5P6CA 2R3WA 4GJ8A 2ZDZA 3MXDA 3U7SA 3PLLA 1T7JA 4ER2E 1U8GA 3R0WA 4J1IA 3IVIA 4CMSA 2AOGA 1E81E 4AMTA 5OZVA 1ZPKA 5OYTA 2P3BB 5B18A 3K4VA 1MTBA 4RCDA 1KJFA 1SMRA 1BWBA 3PSGA 1HPOA 2BBBA 2Q55A 5AHBA 1F7AA 4HZTA 5P4IA 4Z50A 4TVGA 1PSNA 3VG1A 2PMAA 4YBFA 5P22A 3OU3A 1AZ5A 5DQ4A 1Z1HA 3EBZA 5OZDA 5P2XA 4Y5PA 1E80E 1G2KA 4J5JA 5OZCA 1FLHA 3L5FA 5TOLA 4FAFA 3UPJA 1SDTA 1FG8C 4Y5KA 3TLHA 4YD3A 1DMPA 4J1FA 5P28A 3DCRA 4Y3NA 3LNKA 4EWOA 5P7HA 5P7FA 2F80A 2AVQA 5OZAA 3HZCA 2ZJKA 3DV5A 4HDPA 5P1YA 5P2DA 1KJ7A 4GYEA 1ER8E 5P11A 5P72A 2AQUA 5P0KA 2WECA 1APWE 3ER3E 5P1CA 4B1DA 5BWYA 1HSIA 2SAMA 1HXBA 3IAWA 1LYAB 4CPSA 5SXNA 3EL0A 3L5CA 4HDFA 1AVFA 3UDJA 1ZJ7A 1TZSA 5P7AA 4XX3A 5P4YA 5P1XA 1LYBB 4RYCA 4PYVA 1K6CA 5P3IA 5P0NA 1FQ5A 4Y35A 5P6DA 4K9HA 2JXRA 4Y3TA 5P8KA 5P8PA 3KDBA 5P2CA 5P7YA 1GVUA 5P8EA 3EKQA 3PRSA 1B6KA 5P24A 3BRAA 3OY4A 1OEXA 2NMYA 3SFCA 2G1NA 4B1EA 2G24A 2NPHA 4Y3AA 3RVIA 4I0FA 2PSVA 5P6WA 4Y3WA 2RKFA 5E5KA 5P0GA 5P15A 4CKUA 2PYNA 5P0CA 5P27A 1W5YA 4QJAA 1MT9A 1GKTA 3OHHA 3FNTA 1HIIA 2VJ9A 4GMIA 1TW7A 1WBMA 1MEUA 5P6YA 4X2LA 1FQ8A 5P1LA 5P3EA 5P6AA 2IGXA 3K5GA 2I0DA 4Y39A 3OU4A 1ZBGA 4Y4UA 5OZRA 4DVFA 1EPOE 2ZJJA 1AM5A 5P2BA 5P8TA 4QJ6A 2AOIA 5P05A 1DPJA 3TPPA 2IQGA 1FMBA 3GW5A 4MC6A 3S7LA 3OOTA 4Y5CA 3CMSA 3OUAA 3OUDA 2R5QA 4H3JA 1BV9A 3KF0A 2AVVA 1HPXA 5P1NA 4J1CA 5P7SA 4BFBA 4Y5LA 5F00A 4Y36A 3ZKXA 2Q15A 5P44A 2QZXA 5OZNA 1HSGA 2B60A 1TCXA 3S45A 5CLMA 2QP8A 5OZTA 3QIHA 4JPCA 3DOXA 1K2CA 1PSOE 1C6YA 4RVXA 5P7ZA 3TOGA 3ZMGA 4CPRA 3TOFA 1FIVA 3PWWA 4CPTA 5ER1E 4LL3A 3OQKA 1E5OE 4I1CA 4CP7A 4Y3EA 3BXSA 5ISJA 2ER9E 3BUFA 3FKTA 3LZVA 4J0VA 3KFPA 4GJAA 2G26A 5P3MA 2ZHVA 5P2GA 5P2EA 5KQZA 3FNSA 5DR1A 3PVKA 3GGUA 3EKWA 1E82E 2FDEA 1BDQA 2MIPA 5P1ZA 5C9BA 4B0QA 3KMXA 5P55A 4RCEA 2F81A 2G21A 1JLDA 1YTJA 3U71A 2NXLA 1NPAA 5P2VA 3UDHA 5P43A 1A9MA 1D4IA 4Q1YA 5P0ZA 5P3QA 2VA6A 2ZGAA 1FG6C 5P1DA 4Q1XA 3R2FA 5P6MA 3S7MA 1GVVA 5P84A 4I0HA 7UPJA 5P7QA 1NSOA 4RZ1A 1NPWA 4GJDA 3D1ZA 5OZIA 1TCWA 3VV6A 3NDTA 5KOSA 1Q9PA 4EP2A 4DQFA 1T6GA 5P7IA 1XN2A 4Y4BA 1RL8A 1MT7A 4DJPA 2VIYA 5P7WA 3GI5A 4CPWA 4YA8A 5HD0A 5P4XA 1SIPA 3SKGA 1GVTA 5P3OA 1XL5A 3MSKA 2IDWA 5OZJA 3SA6A 5P7KA 1WKRA 5KR2A 2QNNA 2ZYEA 4H1EA 3TH9A 1FFFC 2OHLA 3SQFA 5P8LA 2WHHA 4D83A 1K1TA 5HDUA 3HAUA 2QU3A 5OZQA 5P86A 2AZBA 5P38A 2OHQA 1ZTZA 2FNTA 3ZKIA 2WF1A 3B80A 5P57A 1D4HA 2V16C 4I10A 4Z22A 4S1GA 2AODA 2PH8A 4NPTA 2RENA 1EAGA 3PM4A 1FGCC 4ZLSA 5P2MA 3EC0A 4ZSQA 5OZWA 5P81A 5P83A 5OZ3A 2AOJA 1T7KA 2R5PA 4EP3A 3NSHA 5OZ4A 2HS2A 4EJLA 4QLHA 2OF0A 4A6BA 3OU4B 5P2JA 3UQWA 1D4JA 4ZIPA 3QVIA 5P7PA 1FQ7A 1HRNA 2HM1A 4BEKA 5P1TA 1K1UA 1HVRA 5P2AA 2OHPA 4Y50A 1TSUA 5P60A 4Y4AA 5P54A 4FGXA 4J0ZA 1FMUA 1SMEA 3EMYA 2Z4OA 5P69A 4NPUA 5P4WA 3KN0A 5P19A 4ZSPA 1B5FA 5P3LA 5HDXA 3NWXA 3OUDB 5OZZA 5P8VA 4Y5EA 2B8LA 4R95A 5P4RA 2H6TA 4EXGA 2ER0E 3K1WA 2VIJA 5P39A 5P58A 3SACA 4EPJA 2FIVA 3BGBA 3VLAA 5P4MA 4QJ7A 5P1MA 5OZEA 3BXRA 5DQ1A 3DJKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KFS A;  3OK9 A;  1FB7 A;  1ODX A;  5P4P A;  5C9F A;  4Y47 A;  3ZL7 A;  4DQC A;  1IDB A;  3UFN A;  3PHV A;  4DJW A;  3LPK A;  1BIL A;  1GNN A;  1N49 A;  1EPN E;  1UH9 A;  3VSX A;  1G35 A;  2NR6 A;  4GID A;  4A4Q A;  1LEE A;  4J0P A;  2QI4 A;  5IVQ A;  5P3T A;  5P6E A;  4Y4J A;  4AUC A;  4Y4G A;  2ZHR A;  5KR1 A;  1B6P A;  5P2I A;  5P73 A;  5UPJ A;  3OXC A;  5P02 A;  5P3P A;  5COK A;  4YBI A;  5HDZ A;  5KR0 A;  4FLG A;  3UDK A;  4KB9 A;  5P2O A;  3T7P A;  2FDD A;  3NUJ A;  3QRS A;  2V00 A;  4KE1 A;  4Q5M A;  3CKT A;  5P4A A;  2BPY A;  5P1R A;  2VIZ A;  2WF2 A;  3OXW A;  3PEP A;  5P34 A;  2QZL A;  5P0P A;  5P7L A;  3NU4 A;  2I4W A;  3DV1 A;  4YD5 A;  4K4Q A;  4Y3G A;  3UDN A;  4HLA A;  4FSL A;  3NLS A;  5P2U A;  1EC1 A;  3KFR A;  1PFZ A;  5OYV A;  2NXM A;  1XDH A;  1LYW B;  4B70 A;  5P88 A;  2ZHT A;  5J25 A;  4Y3Q A;  3VUC A;  5P00 A;  5P0J A;  5P1U A;  4OBZ B;  5P59 A;  4B05 A;  4Y4Z A;  1XN3 A;  2V12 C;  5AH6 A;  4J0T A;  1EPQ E;  3JW2 A;  3JVW A;  4DJQ A;  2CEN A;  2RKG A;  3D20 A;  2VS2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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