1GOCA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQAITQGWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1gocA00
2BE2A 3QEPA 1C1AA 3VQEA 1RDBA 3TAEA 2YHAA 3SUOA 3E01A 4BE2A 3AVHA 3LAKA 4DG1A 5E41A 3MAQA 3ZCMA 3S9HA 2KFNA 3LALA 3KLIA 3MXMA 1NKEA 4KHQA 2KZMA 4BWJA 2I5JA 4GMJB 3IS9A 4RW7A 3V1OA 4N56A 4O0IA 4CEEA 3AVGA 1XHZA 1QSSA 4DWIA 4OLBA 4FJKA 3KTQA 1NJYA 1VRTA 1A5XA 3SQ2A 5CZ2A 4CF1A 5J2PA 4IFVA 4ELUA 4MFBA 4CHPA 3QETA 4FM0A 1U4BA 3T19A 4K8ZA 5J1EA 2ITGA 4E0DA 4HVJA 3C94A 3L2QA 3VQ7A 3V9ZA 3BDPA 1UAXA 2ZD1A 1RDDA 4CK2A 3HM9A 1VSDA 3OY9A 4CGJA 1TVRA 3LZJA 4DSJA 2XY8A 3S3NA 4FLVA 4CEDA 2OA8A 2G8WA 2Z1GA 3AV9A 4FK2A 1JXEA 3PX0A 4XIUA 1SKRA 1ZBHA 4CJKA 3L2UA 5HLFA 4KAZA 1WSIA 1EETA 2VG6A 3KKRA 3ZT1A 5I3UA 4BDYA 1X9SA 1NK6A 4DTNA 2Z1IA 4G1QA 1JLQA 1WAJA 3LWMA 3M8PA 3S3OA 2DFFA 3UIQA 5HROA 3EZ5A 4DTUA 5CZ1A 1L3TA 5K14A 4OPKA 3T3FA 3HJFA 1SL0A 3OYFA 4BDZA 2Y1JA 3RR7A 1TL1A 3AVBA 1JLAA 3NGIA 3TABA 2B5JA 3NF8A 1RBSA 3ZSVA 3IAYA 3VQ6A 1RT5A 1RT6A 4NCBA 4J2DA 2KZZA 4W5NA 3ZSQA 4CFBA 1FK9A 4F2RA 3DLRA 1CZ9A 4FW2A 1Z25A 4AHCA 4DFKA 3LZIA 2VWKA 3OYAA 3RMAA 4FJ7A 5CYQA 3SV4A 4KI4A 1A5WA 2BGGA 4N5SA 3LP1A 3SUPA 1MU2A 1KVCA 3AVMA 2LSNA 4IFYA 4DTOA 1QTMA 4LY7A 1TK5A 2Q3SA 4O5BA 1TKZA 3KIOA 1R0AA 3K5OA 1UOCA 4CJVA 4FCYA 1CXQA 1TL3A 5KRSA 2DFEA 4FLZA 1NKCA 4CJTA 3OS0A 2HHXA 4B8AB 1GOCA 4DQRA 3SI6A 3TARA 4CGFA 1KSPA 2HHSA 3VQ9A 4FJJA 1QSLA 4J2AA 4KTQA 1YTAA 1C0TA 2Y1IA 2G8UA 2O4GA 3U6FA 2F8TA 4W5TA 3HO1A 2HVHA 1TK8A 1L5UA 3HT3A 2GBZA 4K8XA 2E6LA 3EYZA 2GUIA 3OYDA 1VSLA 4DFJA 5JS1A 1JLGA 4OGCA 1WLJA 4FM1A 1Y97A 4Y1DA 1EXQA 1U45A 3TWHA 1WSEA 1BCOA 5KGXA 1Z26A 4DS4A 3DRPA 1HYZA 3M8SA 4B9LA 3OYGA 4DSLA 1J53A 2YNHA 4DFPA 2YKMA 4FW1A 3CQ8A 5J2MA 4CEBA 3C6UA 3H08A 1CLQA 3F9KA 2WOMA 1RBTA 4JRQA 3DLKA 4FVMA 3VN5A 4CESA 3ZSWA 4CGGA 4I2PA 1WSHA 3L3UA 4FJLA 4FJIA 1VRUA 4KKOA 4QCLA 4CFCA 1N5YA 5I42A 3V81A 3HP6A 4DQIA 1CZBA 4JS4A 2HVIA 4AHRA 1ITGA 3HXMA 3PY8A 3HPGA 1HNIA 1C0MA 1G15A 3CFOA 1J9AA 1D5AA 3VQQA 4CJQA 2HMIA 3DOLA 1RT3A 4AHUA 3QERA 4DTPA 4CK1A 1W9HA 3D0PA 4DSKA 4FK4A 2ETJA 1IKVA 4FJ9A 4IG0A 4IDKA 5KGWA 1FKPA 3OYIA 3SZ2A 1YTUA 1RT4A 3WNFA 3AA2A 2KFZA 1JXBA 2A1SA 3A2FA 3DM2A 3CG7A 3AO4A 2YNFA 2EHGA 3DMJA 1ZBLA 4PUOA 3G0ZA 2E6MA 3QEVA 5SZTA 3AVLA 3MEGA 4KV8A 2GV9A 4HUFA 3SUNA 3OYEA 4H4MA 3THVA 3O3GA 3NFAA 3LWLA 1S5JA 3PX6A 3SNNA 2BDPA 1VSIA 3AVCA 4KHNA 1NOYA 2VWJA 1L3UA 1KLNA 1REVA 2B6AA 2X6NA 3NDKA 3K57A 4DSIA 3DLEA 4N76A 2G8VA 2YV0X 3AVAA 4NCGA 2Z1JA 3G10A 4CHNA 3PUFA 4CK3A 4CEOA 3NH0A 4DU1A 4FK0A 4OKKA 4BE0A 1QS4A 1TKTA 3ZT4A 3ZSZA 3VQPA 3VQBA 4DFMA 4HCBA 4HTUA 4Z0UA 4ID1A 4FLYA 2P5OA 2OZSA 3IRXA 3SV3A 2P5GA 1HJRA 4CERA 4DSEA 1CXUA 2P1JA 2RKIA 2RPIA 4NYNA 4B9UA 4Q5VA 3ZSRA 3RMDA 4DLEA 1NK9A 2HHQA 3AVKA 5C42A 4FJMA 3V9WA 3LAMA 3AVIA 2IS3A 3OYCA 3QNOA 4LD0A 3NE6A 3KD1E 1ZBIA 3V4IA 3QESA 1D9DA 4CJ5A 4CEQA 4KTWA 3C6TA 4DQQA 3AA4A 4M3WA 1KLMA 1WSJA 5HRPA 3L3VA 3M8RA 3QEWA 3KLFA 1C1BA 4KRFA 1RDCA 1ASVA 4W5QA 4KB0A 4FLUA 3OJUA 5KRTA 3SPZA 1Q9XA 1RBVA 4DF4A 1X9WA 3ZSYA 4Z4HA 2IGIA 4C8MA 4HUEA 3EY1A 1QQCA 4DTMA 4FZYA 3V1RA 4B8CA 4Z4CA 1IKYA 3L2RA 4M3XA 5CY4A 1HYSA 1BL3A 2G8IA 1J54A 5HRNA 3VA3A 4AHSA 1TKDA 1KCFA 4ZTFA 2QKBA 1NJWA 4CF9A 2OPQA 2OYQA 2ZE2A 1NK8A 5HBMA 2RN2A 1NK4A 2ZQBA 3RTVA 4F8RA 4H4OA 4N41A 1TGOA 1S9GA 4RW4A 1TAUA 3BGRA 1UA0A 3KD5E 2BANA 5FROA 4MQ3A 1O1WA 3NCIA 3P1GA 3KK2A 4E7KA 1ZYQA 4CJ4A 5J2QA 3O3FA 1BIUA 3KLHA 3KJVA 4E19A 2B4JA 4KHUA 3AO5A 5CYMA 3V1QA 4EZ9A 2PYLA 2JLEA 3AO2A 1VSFA 3HSTB 4OVLA 4RW8A 3K5MA 1IO2A 4CCHA 4FJ8A 4DQSA 3JYTA 3OJSA 3FFIA 3HK2A 2YNIA 4BE1A 3VQ5A 3L8BA 4L8RB 3DYAA 4EP5A 4CIEA 4TSXA 1T03A 5D3GA 3K58A 2VG5A 3TAFA 1UA1A 4B08A 3O4QA 4CJLA 1KVBA 3AO3A 3ZT0A 4CIFA 4C8OA 5DMRA 1EX4A 1SKSA 4FJXA 3V6DA 1X1PA 1DLOA 3WNGA 1I39A 4CF2A 3VQCA 4CHOA 4DF8A 1HPZA 3LDSA 4OGEA 1LWCA 1NK5A 1NKBA 4M3ZA 4AHVA 1EP4A 1BHLA 1VSJA 1DTQA 3QEXA 3DLHA 1W0HA 1LV5A 2A1RA 3DLBA 5FRMA 4JS5A 3DI6A 3SPYA 2G8FA 3ITHA 4O4GA 1S1WA 1BI4B 1TV6A 2E4LA 4JRPA 3VA0A 2PY5A 4F3OA 4CIGA 3D45A 4M3UA 1U04A 1LW2A 3U3YA 4CECA 3QEIA 4LH4A 1XHXA 2X6SA 4JLHA 2G8KA 3RR8A 2NUBA 4DTXA 2HW3A 4KB1A 2HHUA 1XI1A 4CEAA 5C25A 4N47A 1FXXA 4CJWA 1RT7A 1T8EA 4AH9A 1D8YA 3V9UA 3RMCA 3I0RA 5JS2A 4DTRA 4I9LA 4E1NA 3NAEA 1S6PA 2IAJA 1C6VA 4F3TA 4FLTA 1GOBA 4PA1A 3CYMA 3OS2A 4FZZA 4F4KA 4Z4IA 4O0JA 1JLFA 2HNYA 4J2EA 2G8HA 3HVTA 1KTQA 3K5LA 4DTJA 3AVFA 2X74A 4KO0A 3OYNA 2QK9A 2OPPA 1KRPA 3MEDA 1SUQA 5SWMA 4Z4GA 3L2WA 4Z4EA 4IKFA 3RMBA 3SYZA 4IG3A 2IC3A 1JLCA 4OJRA 2HNZA 2XHBA 1U48A 1RTDA 3PO5A 1D9FA 1S1UA 2FC0A 3KKSA 4CEFA 2D0AA 1T05A 4FJ5A 3AA3A 4B3OA 1RBRA 3JSMA 3SQ4A 1B92A 2RF2A 4E7IA 4AILC 5HRRA 3ALYA 2R7YA 3ULDA 4O44A 4HHTA 4DSFA 4NYFA 4YNQA 4IBNA 1I3AA 3M8QA 1HYVA 3OVNA 3KLEA 1RTJA 1A5VA 4B9TA 4R5PA 4W5OA 1C1CA 4DU3A 3VQDA 4E7LA 1F21A 3QNNA 2D0BA 1BIZA 3OYBA 1K6YA 3NBPA 1WAFA 4LSNA 1JL2A 4RG8A 4E3SA 2DFHA 3QINA 5HRSA 4Z4FA 3HL8A 4EP4A 3OYHA 4OPJA 4ZTJA 3AO1A 3NF7A 4M3RA 3RWUA 3K59A 4DLGA 3AVJA 3QIPA 3HVRA 1HQEA 4KHWA 3P83D 4B9NA 1S9EA 3TAGA 2HHVA 2D5RA 2Z1HA 2WONA 4B9VA 1HNVA 1Q9YA 3F73A 4EZ6A 3TAQA 2FBXA 4QAGA 4FZXC 1BCMA 2OPSA 5FRNA 4PWDA 4DMNA 4ICLA 2QKKA 2XY6A 1U49A 3DLGA 1BGXT 3SUQA 1WSFA 1YVUA 2FBTA 4LSLA 4M41A 4CFAA 1KFSA 1EKEA 1JL1A 1HQUA 4OLAA 4Y1CA 2HNDA 4CJEA 4KFBA 1IH7A 1NJZA 1KVAA 4H8KA 3V9SA 2OPRA 4M3TA 1WN7A 3T1AA 1BISA 4KREA 3K2PA 2D0CA 1YT3A 4YFUA 1IKXA 3LANA 4WE1A 1JLEA 1SKWA 2YHBA 3KK1A 3O4NA 4ID5A 1XC9A 3DOKA 4AHTA 4LH5A 5KTQA 3SCXA 3I0SA 3HPOA 3WNEA 3I8DA 3TR8A 3SQ1A 2KQ2A 1QE1A 1SV5A 1L3SA 4DQPA 3ZSOA 1B9FA 3OYKA 1DTTA 4E89A 1VSMA 4CJPA 1QSYA 1U47A 5KI6A 3NF9A 3ZT2A 1RILA 2O4IA 3OYMA 4NCAA 2YKNA 3OS1A 3SQ0A 4M42A 1Q8IA 5HP1A 1RCHA 4E1MA 2KW4A 3QO9A 2XO7A 3NH2A 1RDAA 5EU7A 3MXIA 4CJUA 3AA5X 4FM2A 3LPTA 4CFDA 3K5NA 1QHTA 2FBYA 4CJSA 3L2VA 4B9MA 4C8KA 1SL1A 4M45A 4Q0BA 2F8SA 2JGUA 3KK3A 3OYJA 1RTIA 3ISNC 3PV8A 4KTZA 3TAPA 4OKJA 4RW6A 4FJHA 4ELTA 1RT1A 1B9DA 3QLHA 4CHZA 3AVNA 4E7HA 4PQUA 1S6QA 1N6QA 4HUGA 4FLWA 3PO4A 1BQMA 4GW6A 4J2BA 4FXDA 2PZSA 1S1TA 3MXJA 3HPHA 1NOZA 1GOAA 3QIOA 4PY5A 1RBUA 1HRHA 1KFDA 3ZSXA 1BQNA 1JLBA 2XY5A 3NGYA 3TI0A 4KPYA 4FYDA 2DTUA 2VG7A 2DY4A 1RTHA 3B6PA 4CEZA 4I2QA 3VQAA 3VQ8A 3O3HA 1ASWA 3MEEA 3VQ4A 4UQGA 3V9XA 3RRHA 1SL2A 4I9QA 1LW0A 4CF0A 4KI6A 1ASUA 4W5RA 3CM6A 4CJRA 3S3MA 1L3VA 1WSGA 4DU4A 2W42A 3TANA 5J2NA 3LPUA 3LP3A 4CE9A 4CGDA 1RNHA 1FKOA 4BACA 2YNGA 1UWBA 3C95A 1TK0A 2PYJA 1HMVA 4BWMA 4I7FA 1VSEA 1LWEA 4RW9A 4HCCA 2X78A 3P5JA 4C8NA 1ZBFA 4CHQA 1WNSA 3DRRA 1TKXA 3IG1A 3TAMA 3B6OA 3HYFA 3MECA 3NF6A 2OZMA 1XWLA 5DK5A 3LP0A 1IKWA 3LP2A 4E7JA 4BDPA 4ELVA 4F2SA 3PX4A 1VSKA 1NK7A 4KHYA 1S1VA 2IOCA 4FLXA 2AJQA 1LAWA 1LWFA 1VSHA 1X9MA 2P51A 4QOZB 2HHWA 1J5OA 3SJJA 3NGZA 4DTSA 2KTQA 3OYLA 4CGIA 3ZT3A 4DS5A 3ASMA 1RT2A 1NJXA 4M3YA 5C24A 5FDLA 5T7BA 3WNHA 4CGHA 4B9SA 2IDOA 1JKHA 3KLGA 1ZBUA 1S1XA 3NH1A 4FJGA 2HB5A 3CFPA 4CF8A 4OKEA 1IG9A 3NHGA 3RRGA 4CJFA 1T7PA 3HP9A 1LAVA 4C8LA 4ZHRA 2XY7A 4O55A 2F96A 4KHSA 2HHTA 2FBVA 4CJ3A 2XRIA 1TAQA 1NK0A 2ATQA 3CM5A 3U3GA 2EX3A 1BI4A 1VK0A 3CFRA 1C0UA 2QXFA 4GVMA 4CHYA 4FJNA 3DRSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DEJA 3TAEA 4BE2A 3ZCMA 5HL7L 2E2OA 4O0IA 2GUPA 4GMJB 5CE3A 3AVGA 4OLBA 1QSSA 1SS6A 2VGNA 5AQKA 1EO1A 4EHUA 2EWSA 3SQ2A 4CF1A 4CHPA 4B1ZA 3QETA 1U4BA 3WQTA 2ITGA 4H0OA 3V9ZA 4JKGA 4BQLA 5A2QO 2ZD1A 3HM9A 2XY8A 4ILGB 4Z94A 2ZGYA 3AV9A 1JXEA 4NO7A 3L2UA 5HLFA 1EETA 3KKRA 5IWAK 4BDYA 2HBLA 1JLQA 2DFFA 3UIQA 4BR5A 4DTUA 2NRZA 2DPNA 1L3TA 2HHHK 2HF4A 1SL0A 4BDZA 5AQZA 2RE2A 4XH4A 1RBSA 1GLEG 3R1XA 3ZSQA 2VWKA 4QS9A 5CYQA 3SV4A 3MX2A 2P9UA 3LP1A 1RFQA 3AVMA 4DTOA 3GDQA 4LY7A 2E8AA 1YVNA 3K5OA 4FCYA 5KRSA 4WQ5A 4CJTA 1GLCG 1ILYA 3TARA 1KSPA 3G4SN 4J2AA 1YTAA 4CZFA 3ZEUB 4WQ4C 3U6FA 2F8TA 4W5TA 2ZF5O 4K8XA 2E6LA 2GUIA 3HSCA 3CCRN 5AQIA 4MO4A 3JS6A 1WSEA 3THXA 1XNRK 4BREA 4DS4A 3DRPA 1HYZA 4B9LA 1J53A 4CBUA 2FSKA 3D7EO 3DWLA 2YKMA 3CQ8A 2WOMA 4FVMA 4CESA 4RTFD 4CGGA 3T1HK 4FWQA 3THWB 1VRUA 4KKOA 4YOWA 4K25A 4AHRA 1HNIA 3CCEN 4FWNA 1C0MA 4JK9A 4FVUA 3VQQA 2QWQA 1KC8O 3SMSA 4FJ9A 4GY2B 3ZLJA 4DB3A 3OYIA 1YTUA 3DAWA 4JI0K 1K8KB 3AA2A 2KFZA 2A1SA 1WBDA 3CG7A 1VQMN 1FJGK 2YNFA 4GKKK 5LJWA 1OKJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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