1GOCA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
b'MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQAITQGWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
total genus 48
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1gocA00
2FC0A 2O4IA 5HBMA 4HUGA 3ISNC 4CJFA 4O0IA 4M42A 1VRUA 2QXFA 3KLFA 1FKOA 4F2RA 3CFPA 3V1OA 4CECA 2Y1JA 2X78A 5J1EA 1TAQA 5HP1A 3HVTA 4KHUA 2HB5A 3VQDA 1XC9A 1NK5A 1RBRA 4B08A 1GOCA 4OJRA 5HRSA 3RMAA 3AO2A 1U45A 1JL2A 4HUFA 4FLYA 1RBSA 2HVIA 4B8CA 4NYFA 4CEZA 3L2UA 1BISA 3LANA 4CGJA 1RT7A 1QSSA 4O4GA 2DY4A 3RR8A 2ZE2A 1NK4A 3HXMA 1FK9A 1YT3A 1Q9YA 3KLEA 4CF0A 3K5LA 3K59A 1TVRA 2P1JA 3ZT1A 4CIFA 4DTRA 3NE6A 1KVAA 3MEGA 1Y97A 3HPHA 3DRSA 5J2PA 3PUFA 4E1MA 3PV8A 4CJPA 4DSKA 4LH4A 3MEEA 3V6DA 3T3FA 4KB0A 1BCMA 3MEDA 4E3SA 5HROA 4M41A 3CM5A 3LPUA 4ELUA 4FM1A 4ZTJA 3IAYA 4XIUA 4KFBA 4KI6A 4M3TA 4M3YA 3HL8A 3P83D 4N47A 2Y1IA 1RT4A 2F8SA 4DTPA 2GV9A 4Z4CA 4H4OA 3TWHA 3B6OA 1RT5A 4M3RA 4IBNA 5J2NA 4FJMA 4BWMA 2RF2A 4CGHA 5FRNA 2P5OA 4EP5A 3RTVA 4WE1A 1SUQA 3CM6A 4E89A 3TANA 3DM2A 1IKVA 3VQ5A 3NGYA 2QK9A 4CJLA 3RMCA 1VRTA 4J2BA 2IS3A 3M8RA 5FDLA 4CJVA 2XY7A 3ZT0A 4JRQA 4NCAA 1I39A 1NKCA 2HW3A 3V1QA 1BQNA 4CEFA 1VK0A 2HHUA 1RTHA 4W5QA 3TAQA 1DTQA 2BE2A 4KO0A 4LSNA 2JGUA 4O55A 4ELVA 1ZBHA 4BDZA 1U04A 4CGIA 3ZSVA 4K8XA 4FJ8A 4DTMA 4OLBA 1U48A 4CHNA 4OLAA 1ASWA 1VSEA 4CHPA 5KRSA 4FM2A 1JLFA 4CEDA 4M3ZA 4DG1A 1BCOA 1T8EA 1J5OA 3NH0A 1A5XA 5FROA 4I2QA 3OYNA 1ZBFA 1JL1A 3HPOA 3O4NA 4E7KA 3QNNA 3V81A 1X1PA 5CZ2A 3E01A 4AHVA 3TAGA 4DSFA 3AO4A 3OYBA 4BE2A 2WOMA 3ZSRA 3PX4A 4CK3A 3S3NA 2ITGA 3AV9A 3V1RA 1N5YA 4C8OA 4Q0BA 1IKWA 2W42A 3NH1A 5T7BA 2HHWA 4DFPA 4QOZB 2OPQA 1HMVA 2RPIA 3AVMA 3NF8A 4LY7A 1R0AA 4B9NA 3QIPA 1S1XA 5DK5A 4CJTA 1T7PA 3ASMA 4DF4A 2HHXA 4FLWA 1VSMA 3VQCA 2HHSA 2DFHA 4DTNA 1VSJA 4CJKA 1RTJA 3CYMA 4N76A 3K5MA 2X6NA 3QIOA 2IDOA 2PZSA 1WSJA 4B9UA 4FJHA 4B9VA 3OS1A 2P51A 1RDAA 4DFMA 3OYLA 3TAPA 3I0SA 2P5GA 3RWUA 1QHTA 4CJQA 3TI0A 4Q5VA 4IKFA 4MFBA 1W9HA 3HJFA 1XI1A 4N56A 3NCIA 1UOCA 1VSDA 2OPRA 3PX0A 3KKRA 4AHRA 1C1CA 4BDPA 4Z4FA 1S9GA 2XHBA 4Y1DA 1DTTA 4PQUA 2BGGA 3ZSZA 2KFNA 1XHXA 1WLJA 3C6TA 2I5JA 1C6VA 4Y1CA 3T1AA 3QINA 1CXQA 4O44A 1WSGA 3BGRA 4BE0A 3RR7A 3LWMA 1RT1A 2E6LA 4FZZA 2EHGA 3KK3A 4CERA 4YFUA 3HP6A 3O3FA 5J2QA 4KHSA 5K14A 3MXMA 1NKBA 4B3OA 2RKIA 2ZQBA 3NF6A 3ZCMA 3OYHA 2B4JA 1TL3A 3FFIA 4CHOA 4Z4HA 3M8PA 1UA0A 4IG3A 1LAWA 1S9EA 5JS2A 4IG0A 4RW7A 3HT3A 1QTMA 4E0DA 2F8TA 1RDDA 4DFJA 1NOYA 4RW9A 3HK2A 4DS5A 1L5UA 5CYMA 1JXBA 3P1GA 3L3VA 4B8AB 1EXQA 5E41A 4FCYA 4I9QA 4EZ9A 1WSEA 4I2PA 3KLIA 1LW0A 4B9LA 1WSIA 3K5NA 2ATQA 1LWCA 1EETA 2XY8A 5FRMA 1IG9A 3ZSXA 3AVJA 4CESA 4CF9A 3SUOA 1YTUA 2IGIA 1A5WA 4FLZA 3OYDA 1K6YA 1ITGA 4KTWA 3EZ5A 3OYJA 4JRPA 1KFSA 1HPZA 2NUBA 3OYGA 4CF1A 1D9DA 5KGWA 2KQ2A 4DS4A 4G1QA 4N5SA 1EP4A 3S3OA 4HCBA 4M3UA 3JSMA 3OS0A 3M8QA 5CY4A 1KCFA 4O5BA 1UWBA 3LZIA 1SKSA 2EX3A 1O1WA 1LV5A 3ZSQA 3P5JA 4HUEA 1NJZA 3QESA 4FK2A 1I3AA 3OJSA 3D0PA 5SWMA 5HLFA 1BIZA 1KVBA 2QKKA 2KFZA 2D0BA 3LP0A 4J2AA 5J2MA 3KIOA 1NKEA 3AA5X 2FBVA 1NJXA 3VQPA 4OKJA 4FXDA 1ASVA 2F96A 4FJGA 1C1BA 3THVA 4DSJA 1NJYA 4FW2A 3L2RA 4FK4A 4Z4EA 3V9XA 1C0UA 1Z25A 3DLKA 2YHAA 1HNIA 3SCXA 5DMRA 4FM0A 1TK5A 1YTAA 1BHLA 3HSTB 4J2DA 4FLTA 4F3TA 1LWEA 4KHYA 1KRPA 3RRGA 4CFBA 1JLBA 4CGGA 1TKTA 1EKEA 1JLCA 4I7FA 2PYLA 1LW2A 4CEBA 1L3TA 4CEQA 3MECA 2G8IA 3LAMA 4N41A 1RDBA 3M8SA 3JYTA 3AVBA 4I9LA 1HYVA 3DRPA 1DLOA 3L3UA 5C42A 1HQUA 4DWIA 4QCLA 2Z1JA 4FLVA 1LAVA 4M3WA 2G8HA 3SQ4A 5KI6A 3AA2A 3O3GA 1X9MA 4W5TA 3LP2A 4ZHRA 3BDPA 5D3GA 3KK2A 3VA0A 2VWKA 3WNHA 3DLRA 1C0TA 4LSLA 4NYNA 2FBYA 5CYQA 4BE1A 2IAJA 4DFKA 3SUNA 1L3VA 4J2EA 2HHVA 1HNVA 1RT3A 2ETJA 1CXUA 4RW8A 3AVCA 4CJ3A 1KLNA 1S1UA 4KTZA 4W5OA 4CF2A 1U47A 2FBTA 4FJIA 4CK1A 4FZXC 1T05A 3AVGA 3AVKA 3LWLA 2B6AA 2Z1GA 1GOBA 4K8ZA 1SL0A 4YNQA 2IOCA 4CCHA 4FJJA 3B6PA 4KHQA 3PY8A 3NBPA 3U6FA 1U49A 3SUPA 4BACA 1WSFA 3VQ4A 3NDKA 3LZJA 2HMIA 4ID5A 2A1RA 4CEOA 4W5NA 3LDSA 3SV4A 3QLHA 1BIUA 3SV3A 3VA3A 1BI4A 3OYEA 4CF8A 4FLXA 2PYJA 3DYAA 4KKOA 3OVNA 3AA3A 1NJWA 2G8WA 4DQRA 4CFAA 4FJ9A 4NCBA 3CG7A 5SZTA 2G8UA 3VQ7A 3HYFA 5HRPA 3KLHA 3DOLA 4IFYA 4CEAA 4ID1A 3ZT4A 3V9WA 4B9MA 2YNFA 4FJNA 3DI6A 2KTQA 3NH2A 3WNEA 2VG7A 4AHCA 4CJ4A 3UIQA 3OYCA 4OGEA 3SPYA 3LP1A 1BI4B 1TKDA 4OKEA 4FW1A 2JLEA 1YVUA 5KGXA 3PO5A 4PA1A 2DTUA 4EZ6A 1SV5A 1TK0A 3SQ2A 5CZ1A 1REVA 3DLBA 4E7JA 4NCGA 3ULDA 1B92A 4ELTA 3HM9A 4FZYA 2YNGA 5KTQA 4F4KA 1WNSA 1Z26A 1NK9A 3DLEA 3V9SA 4HCCA 2KZMA 4HTUA 3WNGA 2YKNA 3AVFA 4FLUA 2HHTA 3QETA 2PY5A 3NHGA 4DTSA 3VN5A 3HO1A 3V9UA 1Q8IA 3I0RA 3SUQA 3DMJA 4F2SA 5C24A 3L2VA 4CFDA 4KAZA 4FJXA 1JLAA 1WN7A 1JLQA 1EX4A 4AHUA 3NF7A 4DLEA 3TABA 1TK8A 4L8RB 2HVHA 3OJUA 3F73A 1BL3A 1RT6A 3K2PA 3D45A 4JS4A 3NF9A 1J54A 2RN2A 4MQ3A 1B9DA 2KZZA 1HRHA 4CIEA 2XRIA 2WONA 3K5OA 1VSLA 2OPSA 4BWJA 2HHQA 3TR8A 3HPGA 3ZSWA 3RMBA 1RBUA 2DFEA 4O0JA 3SJJA 3QNOA 4F8RA 2XY5A 2BDPA 1HJRA 1KSPA 1JXEA 3U3YA 1TAUA 4HHTA 3NAEA 4C8KA 3OYMA 4CJUA 2OZSA 1NK0A 2HNDA 2B5JA 4H4MA 3ITHA 4E19A 1J9AA 3T19A 4Z4GA 3VQ8A 1HQEA 3QO9A 4GVMA 1RNHA 2OPPA 4OVLA 4DTOA 1U4BA 4DQIA 4RW4A 3SNNA 4GMJB 3KD5E 1RBVA 1IO2A 1ASUA 3KKSA 4M45A 3V4IA 2XY6A 1RTIA 1C0MA 4RG8A 2G8KA 4CIGA 1XHZA 3EYZA 5JS1A 1KVCA 4CEEA 1VSKA 4CGFA 1VSFA 4FK0A 3QERA 4AH9A 4CK2A 2X74A 2BANA 3ALYA 4DLGA 2LSNA 4OPJA 1WAFA 3IG1A 4TSXA 4ICLA 4E7LA 1ZYQA 4DQSA 1SKRA 2R7YA 1Q9XA 3NGZA 1KTQA 1QE1A 1S1TA 1TV6A 1WSHA 1CZ9A 1NOZA 2HNYA 2GBZA 3OYKA 3CFRA 3KTQA 4M3XA 4E7IA 3OYIA 2E4LA 1IH7A 4CHYA 4DQQA 2ZD1A 4UQGA 3IS9A 1S1VA 3U3GA 3HP9A 4DF8A 2YNHA 3C95A 3G10A 3VQBA 3NGIA 4KPYA 1S6QA 2X6SA 3K57A 1JLEA 1QSYA 3S9HA 3K58A 4DU4A 2VG6A 4OKKA 2A1SA 4JLHA 2OZMA 3AVIA 4C8NA 2D0AA 4DMNA 1TL1A 1RILA 2GUIA 3ZT2A 3OYAA 4KV8A 3V9ZA 1ZBIA 4FYDA 4DU3A 4DTUA 4KB1A 4DSEA 3AVLA 1CLQA 2G8FA 1GOAA 3O4QA 4CFCA 3KD1E 3SZ2A 3PO4A 1X9SA 3S3MA 3QEIA 4KTQA 2YNIA 4PUOA 1C1AA 3DOKA 3OYFA 2XO7A 3EY1A 4CHZA 4CJ5A 3MXIA 3L2WA 1WAJA 4OGCA 1TGOA 3HVRA 3CFOA 3SQ0A 4KI4A 3LALA 3AO1A 4RW6A 3SI6A 3PX6A 3DLHA 4KHNA 4GW6A 1RBTA 2O4GA 4H8KA 1RT2A 4CJWA 2YV0X 3I8DA 1L3UA 2OYQA 2FBXA 4AHTA 1QQCA 4AILC 1IKXA 1A5VA 4R5PA 1BQMA 5I42A 1HYSA 4B9TA 4Z4IA 1NK8A 3LPTA 5HRRA 1D9FA 2DFFA 1JLGA 2YKMA 3H08A 1D5AA 1SL2A 1LWFA 1X9WA 3QEXA 1S6PA 3AO3A 3TARA 3L2QA 1J53A 1TKXA 4C8LA 3IRXA 5C25A 4JS5A 3DRRA 4CGDA 1F21A 3ZT3A 1TKZA 3KK1A 4FVMA 2Z1HA 3QEVA 3QEPA 3SPZA 4CJRA 3C94A 1FXXA 2HNZA 2Q3SA 4FJ5A 4LH5A 1SL1A 3VQ6A 2AJQA 1KFDA 1XWLA 5HRNA 1W0HA 4DTJA 3RMDA 4KHWA 1BGXT 4FJKA 3DLGA 3MXJA 2QKBA 4E7HA 1UAXA 1VSIA 4Z0UA 3G0ZA 3AO5A 4PY5A 1SKWA 4LD0A 3VQQA 2G8VA 3AVAA 1G15A 3C6UA 4IFVA 3AVHA 3VQEA 3SQ1A 1NK7A 1NK6A 4KRFA 1VSHA 2YHBA 3CQ8A 3TAMA 1IKYA 3O3HA 4DTXA 4IDKA 3RRHA 5I3UA 4PWDA 3ZSYA 1T03A 3TAFA 4CE9A 3QEWA 1JKHA 1ZBUA 3SYZA 1KLMA 3F9KA 4HVJA 3OY9A 1RDCA 4E1NA 3MAQA 1L3SA 4KREA 4DU1A 3KLGA 4DQPA 3OS2A 4QAGA 3ZSOA 4AHSA 1RTDA 1QSLA 3AA4A 4CJEA 2IC3A 4OPKA 2Z1IA 1RCHA 3LAKA 1MU2A 4DSLA 1B9FA 4C8MA 4ZTFA 4F3OA 3L8BA 2D0CA 2OA8A 1QS4A 3WNFA 1S5JA 4B9SA 4FJ7A 1ZBLA 3KJVA 1D8YA 1UA1A 3A2FA 4W5RA 2KW4A 3TAEA 3VQ9A 2VG5A 4EP4A 1N6QA 2D5RA 1FKPA 1HYZA 2VWJA 4CJSA 4BDYA 3AVNA 5EU7A 3VQAA 1S1WA 3NFAA 3LP3A 4CHQA 4FJLA 4DSIA 5KRTA 1CZBA 2E6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O4IA 4HUGA 3CXCM 4CJFA 3M6GA 4M42A 1VRUA 4HTLA 4KH5A 1HNXK 3V1OA 5J1EA 2WFBA 4U7BA 1E3MA 1XC9A 1NK5A 3UB5A 4FWLA 1GOCA 3RMAA 1TUUA 1JL2A 1U45A 1KAYA 3CCVN 2P9SB 5FPNA 2HVIA 4EHUA 4BRCA 4IO9L 4O4GA 5M1OA 1X3NA 1FK9A 2F9WA 2BTFA 2P9LA 4L3QA 1NG9A 1M90O 2P1JA 1YXQA 1RGIA 5JVHL 1WOQA 3PUFA 3OTOK 3THXA 2NLXA 3V6DA 1IBLK 3CM5A 3C7NB 2UUAK 5M1NA 4XIUA 1I94K 5AQKA 2Y1IA 2F8SA 2P9NA 1RT5A 4M3RA 4IBNA 3EL2A 4B1ZA 4BWMA 4CZFA 2RF2A 3RTVA 4WE1A 3CM6A 4JKHA 3TANA 3ATUA 3NGYA 4CJLA 4BC2A 2IS3A 4FOIA 5FDLA 3ZT0A 3LL3A 4F9OA 4A57A 2VQEK 3ZYYX 1BQNA 2HHUA 1RTHA 1DTQA 1ZBHA 4JKGA 4FVUA 3EKUA 2OCEA 2UU9K 3O4WA 1U48A 1QQMA 4CHNA 4OLAA 1VSEA 4IWVA 4MDBA 5AJ3K 2VYPA 3NH0A 3OYNA 1E4GT 1SZ2A 5EY4A 4IOCL 3RVCA 1JL1A 3HPOA 5LL6Z 5CZ2A 3E01A 3CQYA 3PX4A 3J7AP 2ITGA 3AV9A 3G25A 4C8OA 2GUPA 3O9UA 1IKWA 1QQOA 2W42A 5T7BA 1ZC6A 4QOZB 2OPQA 3CCMN 4B9NA 2HBMA 5DK5A 4ISGA 3VQCA 3PLAA 2VGMA 1BU6O 5FPEA 3E66A 4YOYA 3QIOA 2IDOA 4DCHA 4PHTX 3OS1A 4DFMA 3C6HA 3RWUA 3OYLA 1QHTA 5M1PA 4QS9A 1Q86O 4FWNA 4FWPA 4BDPA 4Y1DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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