1GOCA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQAITQGWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1gocA00
5CYQA 3DRSA 1ZYQA 3EYZA 4FLYA 1D9FA 3ISNC 3VQEA 2G8VA 2ATQA 3VQ9A 2A1RA 3V9UA 4FJGA 5HRRA 1SV5A 2OPSA 5J2PA 3KLEA 3HVTA 4DFPA 5CYMA 1F21A 3NF9A 4CESA 4HCBA 1MU2A 1NKCA 1CZ9A 3CG7A 3V1QA 3LWMA 2HVIA 4KV8A 4I9QA 1RDCA 4ELTA 4KI4A 2FBVA 1J5OA 1EX4A 1TV6A 3C94A 2XHBA 3TARA 3AVGA 1LW2A 2VG6A 4DSJA 4ELUA 3KJVA 4DTJA 3QEPA 1K6YA 1I39A 1LAWA 1QE1A 3ULDA 3WNFA 3V6DA 1WSEA 4AHVA 4KB0A 2HHWA 3ZSWA 2PYLA 3M8RA 3T19A 4OLBA 3WNHA 1WSJA 4CJTA 4K8XA 1FXXA 4QOZB 3VN5A 1CXUA 2BGGA 1KVBA 2EX3A 3ZT0A 4Q0BA 3QINA 2Z1GA 1W0HA 3ZSOA 1X9WA 4FJLA 2P5GA 3WNEA 3NDKA 4DS4A 4W5QA 3AA4A 1WSHA 4HTUA 3CQ8A 3RRHA 1VSHA 1FKOA 4HCCA 3NGZA 3TAPA 4CIEA 4G1QA 4FYDA 1JLBA 4CJVA 1S9GA 4M45A 4DQQA 2PY5A 2QK9A 2HW3A 4KB1A 2HHSA 5C42A 2D0AA 2BANA 3AO5A 4CHNA 2XY5A 4E7HA 1L5UA 5FRNA 4LD0A 3ZT2A 1LWEA 3UIQA 1WSIA 4CE9A 3M8PA 4O4GA 1TL1A 4KREA 4EP4A 4ELVA 1KLMA 4M41A 1SKWA 1RBUA 1NK9A 1KVAA 4DTUA 4LY7A 4H4OA 5HLFA 4E0DA 1RCHA 1S1XA 4FK2A 1VSFA 2FC0A 1HQUA 3I0RA 3ITHA 1VRUA 3PUFA 3ZSVA 4CF1A 4CGDA 3K58A 3V9ZA 5CZ2A 1JLGA 4CFCA 3HP6A 2G8UA 3HJFA 1HJRA 3JSMA 4J2BA 3SUOA 2IGIA 4FW2A 3HPHA 3SUNA 4RW9A 4W5TA 1G15A 4B3OA 1QHTA 1L3TA 1QSLA 2KFZA 2KQ2A 3NCIA 1SKRA 1Y97A 4E19A 1BQNA 5DK5A 3AA2A 4DTOA 3K5NA 4FJIA 1BIZA 2ZD1A 3LZIA 4DTNA 3HSTB 3QIPA 1S1VA 1RILA 3AVAA 3OS0A 3AO4A 3L2WA 3EY1A 4JS5A 2OYQA 4J2DA 4BWJA 4TSXA 4E1MA 5FRMA 1ZBHA 3MECA 2DFEA 4FLXA 1T8EA 3O3HA 4HUEA 3SZ2A 3H08A 2GV9A 3AVFA 3V1OA 3C6TA 2R7YA 4N47A 1UA0A 1SKSA 2Q3SA 3S9HA 3MXMA 4WE1A 3V9XA 4N5SA 1RT6A 1Z26A 4PQUA 4FZXC 2DFHA 1TKZA 3K59A 4PUOA 4KKOA 5HRNA 3LZJA 4BDPA 1RDDA 2OPRA 5KGWA 3EZ5A 3NHGA 2YV0X 2RN2A 1BHLA 4BE0A 4CJUA 1JLQA 3AO2A 4FLTA 3P5JA 4LSLA 3D0PA 1C1AA 3VQCA 1KLNA 1YVUA 2IDOA 3QETA 4FM1A 4KHWA 4M3XA 1A5VA 3OYJA 2JGUA 5CY4A 3RR7A 4PWDA 4OPJA 4R5PA 4E7LA 2P1JA 4Z0UA 4I7FA 3S3NA 4B8CA 3AO3A 4C8KA 5D3GA 4CGJA 3L2VA 1RT7A 5FROA 3OYEA 3NF6A 1KCFA 1CLQA 5HROA 4FLZA 4FJ7A 2VG7A 1GOCA 3TWHA 1U04A 3IAYA 4W5OA 4NCBA 4W5RA 2OA8A 4AH9A 3HT3A 3AVHA 4JRQA 3VQBA 4FLUA 1A5WA 2GUIA 3I0SA 3PV8A 3NF8A 4DF4A 1SL1A 4IG3A 2XY7A 3SI6A 2E6LA 3L3UA 4JRPA 3VQ7A 4DSFA 3F9KA 5CZ1A 1EETA 1NKBA 5KRTA 3P1GA 4CGFA 4LH4A 1RTIA 3RMCA 1IKYA 2B6AA 4AHSA 3NE6A 1D9DA 2PZSA 4DWIA 5HRPA 1BL3A 3CM6A 3A2FA 5HBMA 4CEDA 2VWJA 4FJKA 2HHQA 2KW4A 2YNIA 3MEEA 2OPQA 5J1EA 3HPGA 4CFDA 2W42A 5KTQA 1ZBLA 1NJZA 2X74A 1BQMA 2P51A 4Q5VA 1BI4A 1FK9A 2FBXA 4CHOA 4HHTA 1BIUA 1SL0A 3VQAA 3AVNA 3HP9A 4CCHA 3OYIA 1WSGA 2OZMA 1LWCA 1VRTA 2DFFA 1R0AA 4YFUA 3TR8A 1IH7A 1TGOA 3O3FA 2KZZA 3OY9A 4KFBA 2A1SA 1S1UA 1J53A 3T3FA 4B9SA 3DYAA 1QQCA 2G8KA 1D5AA 3KLGA 1SUQA 1JXBA 2X6SA 3AO1A 4GMJB 4KI6A 1S9EA 3ALYA 3HYFA 1HYSA 3QERA 4DTRA 3KD5E 4CEEA 3LWLA 1NJXA 2D5RA 4F2SA 4NCAA 2VG5A 1TAQA 1ITGA 1C0MA 1HPZA 1EKEA 2B4JA 3KK3A 4Z4CA 4FM0A 1Q9YA 4L8RB 4FJNA 2HVHA 3QO9A 2Z1HA 3QEVA 1C6VA 1VSDA 3KKSA 3LANA 4UQGA 1S6QA 2G8IA 4KHSA 4M3WA 1SL2A 1I3AA 3OYNA 4DQIA 4J2AA 4RW6A 4CJ5A 4E89A 2PYJA 1RT5A 3DLGA 4KRFA 3LDSA 4XIUA 4C8OA 2O4IA 3AVCA 3K5OA 2YNHA 4CJEA 4HUFA 1RTHA 3LALA 4ID5A 2G8WA 1ASUA 1VK0A 1IKWA 1RTJA 3K5MA 3M8SA 5HP1A 4O55A 3NH2A 4CJWA 3AVBA 4M42A 5J2MA 1S1TA 4RW7A 3RMDA 1YTAA 1C1BA 3QEXA 3OJSA 3TABA 5I42A 3K2PA 5KRSA 1U49A 4FJMA 2O4GA 3AVLA 4KHYA 4B9TA 4OVLA 1HYVA 2YNGA 4EZ9A 2XRIA 2F8SA 1J54A 4ICLA 4IFVA 5K14A 4CECA 1EP4A 1XWLA 4CK1A 1TL3A 1CXQA 4CF2A 1GOAA 2HNDA 3VA0A 3OYAA 3OYHA 5SZTA 2XO7A 3V9SA 1BGXT 3DLEA 1UA1A 3HO1A 4KTWA 2HHVA 2HNZA 1RT2A 3KLHA 3TANA 3BGRA 1VSEA 3QNNA 4CGIA 1RNHA 1WLJA 4OKJA 3CFPA 3B6PA 3O4QA 1WAFA 4CJQA 4C8LA 4KAZA 3SQ2A 4CHYA 1D8YA 2OZSA 3SUQA 3L8BA 3VQ6A 1YT3A 3TAFA 1N6QA 4FZZA 1VSMA 1X1PA 3B6OA 4DSLA 1YTUA 1NJYA 4CHZA 2XY8A 5KGXA 3U3YA 3L2RA 3V4IA 3LP3A 4DSIA 1QSSA 1HRHA 1TVRA 4LSNA 2HMIA 5J2QA 1B92A 4MQ3A 5T7BA 1UWBA 4HUGA 3DOKA 3IS9A 3QIOA 3SCXA 4PA1A 4Y1DA 2X6NA 4DQRA 2YKMA 4F4KA 3K57A 3MEGA 4CJ4A 4F2RA 2AJQA 3NH1A 1XC9A 3LPUA 1C0UA 4C8NA 4F3OA 4CEQA 3LAKA 4IKFA 4OKEA 2QXFA 4GW6A 4E7KA 2Z1JA 2F96A 3DRPA 2X78A 1IO2A 3OYLA 1NJWA 3C95A 3VQ4A 4DLGA 1XHZA 4DFKA 4F3TA 3NF7A 5JS2A 2RF2A 3VQ5A 3ZSYA 1REVA 4CEOA 3SQ0A 4HVJA 3HVRA 4DU3A 4KHUA 3AVJA 4B9MA 1RBVA 4E1NA 4IG0A 3OS1A 3P83D 5I3UA 4Z4IA 4ZTFA 3T1AA 3SJJA 4OGEA 1TKDA 3RMBA 3RRGA 4OJRA 4JLHA 3OYBA 3L2QA 4CGHA 1U45A 1RBTA 4FJ8A 1ZBUA 2Z1IA 3MXJA 4FCYA 4M3YA 1B9DA 2DTUA 4FM2A 2F8TA 4DSKA 2HB5A 1EXQA 1WNSA 4Z4HA 2NUBA 3ZSRA 1HMVA 1DTTA 1X9MA 3ZT3A 2G8FA 2BDPA 3E01A 4M3RA 2HNYA 3ZSZA 1QS4A 5C24A 4QCLA 4FJ9A 3U3GA 1LW0A 1JL2A 1RT4A 2JLEA 3PX4A 1NK7A 2QKKA 4CEAA 3KKRA 4NYNA 1VSJA 2YHBA 4CIGA 4OKKA 4DF8A 3KD1E 1BCMA 3TAEA 3BDPA 1XI1A 3PO4A 4OLAA 4DSEA 3SUPA 1LWFA 3HK2A 4CF0A 4CJKA 1RBSA 3VQDA 4IDKA 3TAQA 3RMAA 1TK8A 4OPKA 2ZQBA 4NYFA 4Y1CA 1L3VA 3D45A 2I5JA 3HM9A 3OS2A 3MAQA 4AHUA 1WAJA 4OGCA 1NKEA 4YNQA 4FJ5A 4N41A 4B9LA 1NK8A 4B8AB 3VQPA 3VA3A 2HHUA 3K5LA 4DTMA 1X9SA 4KPYA 3C6UA 4FLWA 3PX0A 4CF9A 1HNVA 1BCOA 1JLEA 4CEZA 3DLHA 4N76A 2HHTA 2KFNA 4B9VA 3V81A 2WONA 1ASWA 2D0CA 2IOCA 3ZSQA 4CJRA 3SNNA 2E6MA 2QKBA 3LP2A 4AHTA 1T05A 1GOBA 3G0ZA 3NH0A 3MXIA 2RPIA 3LP1A 3AA3A 2ETJA 1WSFA 2RKIA 4BDYA 3QEWA 1Q9XA 1HQEA 1UAXA 1U4BA 1ZBFA 2YNFA 4FVMA 3CM5A 2GBZA 2D0BA 3SYZA 3S3OA 5E41A 3O4NA 1T7PA 4B9UA 3DLRA 1U48A 1JLCA 2XY6A 4KTQA 2BE2A 4JS4A 4K8ZA 4RW4A 4H8KA 3OYMA 1VSLA 4CIFA 4AHCA 3OYFA 1JXEA 3THVA 1BISA 1UOCA 3SQ4A 4BE1A 4FLVA 4FJHA 2LSNA 3SV3A 3VQQA 1KFSA 5EU7A 3NGYA 3PY8A 1S1WA 3TAGA 4MFBA 1ASVA 5HRSA 1VSKA 3QESA 4QAGA 5SWMA 3M8QA 3NBPA 4NCGA 3TI0A 3OYKA 3PX6A 1KVCA 2Y1IA 4DMNA 1QTMA 1NK4A 4E7JA 1NOZA 1RTDA 4DTSA 5JS1A 1KSPA 3PO5A 3RWUA 4KHQA 3KK2A 3L2UA 1N5YA 4PY5A 2FBYA 4RW8A 3QNOA 3SQ1A 1T03A 1LV5A 1FKPA 1S5JA 4FK0A 2OPPA 3CFOA 3SV4A 4DTXA 1IG9A 1L3UA 1KFDA 1CZBA 1JLFA 1LAVA 4CJSA 4N56A 4BE2A 1HNIA 4O0JA 5FDLA 4E3SA 1U47A 2FBTA 3DI6A 3QLHA 4BDZA 4FK4A 1VSIA 3AA5X 5J2NA 4GVMA 3DM2A 3KLIA 5KI6A 1NOYA 3KLFA 1B9FA 4FW1A 3CFRA 3NAEA 1DLOA 1HYZA 3ZT4A 3NFAA 4C8MA 3RTVA 3S3MA 1NK0A 4CHPA 4CERA 1KTQA 4CFBA 3OVNA 3OYGA 3ZSXA 4E7IA 4H4MA 1C1CA 3V9WA 4CEBA 2KTQA 1XHXA 2P5OA 4J2EA 1RDAA 2ZE2A 3HPOA 3OYDA 3OJUA 1TK5A 2HHXA 4FJXA 1TAUA 2Y1JA 3JYTA 4EZ6A 1TKXA 1A5XA 4KHNA 3DOLA 3AVKA 3AVMA 4DTPA 4FXDA 1JLAA 2ITGA 4BACA 1L3SA 2G8HA 3CYMA 3TAMA 3ASMA 4AHRA 2IC3A 4DU1A 1QSYA 1ZBIA 4CEFA 2IS3A 1RBRA 4CGGA 4DFMA 2IAJA 4Z4FA 4AILC 3O3GA 1TK0A 1IKVA 2WOMA 2YHAA 4B08A 3DLBA 3V1RA 4W5NA 3AV9A 3DMJA 4RG8A 4DFJA 1DTQA 4DLEA 1BI4B 4DG1A 3KTQA 1NK5A 4EP5A 4O5BA 3NGIA 1RT1A 3WNGA 3LP0A 3LAMA 4CJFA 4CJPA 4F8RA 4O0IA 1WN7A 4I2QA 1C0TA 3AVIA 1J9AA 1RDBA 1Z25A 3G10A 3ZT1A 4CK2A 5C25A 3VQ8A 3DRRA 2B5JA 3FFIA 3IG1A 4FZYA 3QEIA 3U6FA 3F73A 4Z4GA 5DMRA 4CJLA 4CHQA 4I2PA 4DU4A 1KRPA 3SPZA 1Q8IA 1TKTA 3DLKA 4O44A 4BWMA 3ZCMA 3KK1A 3RR8A 4Z4EA 4M3ZA 1JKHA 1RT3A 3SPYA 3HXMA 4CJ3A 4DS5A 3OYCA 4LH5A 3MEDA 1O1WA 4DQSA 2VWKA 4FJJA 3I8DA 4M3UA 1W9HA 4IBNA 1IKXA 1JL1A 4B9NA 2KZMA 4CFAA 4M3TA 4DQPA 1NK6A 4KO0A 3HL8A 4I9LA 4ZTJA 2E4LA 4KTZA 2YKNA 3IRXA 3KIOA 4ID1A 4ZHRA 4IFYA 4CK3A 3LPTA 2EHGA 3L3VA 2DY4A 1S6PA 4CF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KBOA 5CYQA 1D9FA 4FJGA 3WUHA 2ATQA 5LY3A 3VEOA 2NRZA 5BRHA 5CYMA 3NF9A 4HCBA 3CG7A 1VQNN 4I9QA 2FBVA 1GLEG 2VG6A 3C65A 1Q82O 2QWOA 4DTJA 3QEPA 4CBXA 1K6YA 4O8UA 1GLLO 1S3XA 1NGIA 3O4WA 4JKEA 2PYLA 3M8RA 4OLBA 4K8XA 3BUZB 3O9SA 1KVBA 2EX3A 3Q7BA 4BRCA 4XEIA 3QINA 4GY2B 1W0HA 4FJLA 1IV0A 3NDKA 4HTUA 3AA4A 1WSHA 1FKOA 2QWQA 3TAPA 4ISGA 3PSFA 1JLBA 3T7ZA 1BO5O 4YY3K 4CJVA 1S9GA 4JV5K 2D0AA 3VGMA 4KH4A 4CD3A 1KXPA 3D2FB 2E2PA 5FRNA 3M8PA 1NGDA 4ILHA 1VAZA 1SKWA 4BREA 1RBUA 1NK9A 4LY7A 4H4OA 4E0DA 4DUZK 4BRIA 3H45C 3KWIA 3I8BA 1VRUA 4CF1A 3K58A 3V9ZA 4GV3A 3HJFA 1IG8A 4W5TA 1G15A 4YOYA 3CERA 5GADP 3NCIA 3J81O 2D4WA 2QTDA 1YHQN 4HTLA 4DHYA 3ZEUA 3NVKA 4B1YB 1E3MA 1RILA 3SLCA 1SAZA 1VHXA 3D7EO 2Q2RA 3LDQA 3CQYA 4N47A 2Q3SA 3S9HA 2WUSA 3ID8A 1Z26A 3LDOA 2DFHA 4YOTA 3U4LA 5MLCQ 2UXBK 4KHPK 4BDPA 3GL1A 4YOVA 2RN2A 1BHLA 3ATVA 4BE0A 3D0PA 4NLCA 3VQCA 1YVUA 4FM1A 4KHWA 3FR0A 5GIPA 3EZWA 4FO0A 5FPEA 2E2QA 1GLAG 3QDKA 1XUPO 4CGJA 3L2VA 3VERA 3OYEA 3WT0A 2VG7A 2V51B 4F9OA 4M7YA 2ZGYA 4W5RA 4LF5K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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