1GVVA

Five atomic resolution structures of endothiapepsin inhibitor complexes; implications for the aspartic proteinase mechanism
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
publication title Five Atomic Resolution Structures of Endothiapepsin Inhibitor Complexes: Implications for the Aspartic Proteinase Mechanism
pubmed doi rcsb
total genus 86
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2002-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvvA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvvA01
2AOHA 3PLLA 4Y3RA 3OU1A 8HVPA 5T4SA 5ER2E 5IS4A 3OOZA 5P00A 2BJUA 1BVEA 3T3CA 3IN3A 4Y37A 4DFGA 3O9HA 1F7AA 3KM4A 2AVMA 5HE5A 5P3DA 4KE1A 1K6PA 5HU1A 2NMYA 2VJ6A 4J1CA 4Y41A 4Y3NA 1ZTZA 4CPSA 1IVQA 3OUBA 5ER1E 4ER1E 1CMSA 2PH6A 5P0HA 4R92A 3RSVA 1T7KA 4KB9A 5ISJA 2QZLA 5P2EA 5P7NA 2JE4A 5P6VA 1LF3A 3UDMA 3SO9A 2ZHUA 3SM2A 3BUFA 2IEOA 4X7IA 5EZXA 3O9FA 3PB5A 4RVIA 5P3CA 2XYEA 2XFKA 1Z1RA 3L59A 4EQ0A 3KYRA 4EJDA 3O9LA 2XFJA 1HSGA 4B72A 5P24A 4J1IA 1AIDA 5P63A 3PEPA 5P4QA 1TSUA 5P1FA 5P7GA 4HVPA 4Y44A 5KQXA 5P02A 5HE4A 1T3RA 4Y5KA 5P4LA 5P2HA 4GJ8A 4OBZB 4NPTA 5P76A 3QRSA 1W5XA 4TVHA 2ZJJA 1YX9A 2AIDA 2QMGA 3EBZA 1HTRB 4Y3AA 4EYRA 5DQCA 5P4XA 4DJYA 5DQ4A 4LC7A 3VF7A 1EC2A 4J1KA 1HVHA 3HZCA 1LF2A 4FSLA 5OZRA 1BDLA 3OTYA 4EP3A 5P3QA 4YCKA 5P6DA 1WBMA 4ZPGA 5OZXA 5OZ2A 1GNNA 5P7RA 5P17A 3BHEA 1KJ7A 3K4VC 2NXDA 3I8WA 4DV9A 5P8HA 1C6XA 4J0ZA 5P8TA 2WKZA 3VYDA 4Y50A 3I6OA 1FQXA 5KOSA 1EBKC 4NJSA 4LXMA 1T7JA 5P6FA 4Y3HA 5P0BA 2WEZA 3VF5A 3BVBA 3TPJA 5P89A 2AZ9A 2J9JB 5P4JA 5P1IA 5P8DA 1MIQA 2R3TA 1HVJA 1YTHA 4M8XA 3VYFA 3INEA 3NXEA 4Y3ZA 1C70A 1G6LA 3PBDA 3U7SA 2QMFA 5P8RA 5P8CA 4Y4BA 1CZIE 4L7GA 1HPXA 3LITA 5HD0A 4DI2A 3KDBA 3R4BA 2Q11A 4I0FA 1JLDA 1BXQA 3QRVA 3VLBA 5P2TA 5P4ZA 5P1HA 3VCMA 3HDKA 5I3VA 5P2SA 5KQFA 4EXHA 1HVRA 4I0JA 5DQ1A 5SZ9A 2ER6E 4CPXA 3S7MA 1W6HA 5P1NA 1AVFA 2AOFA 5P2YA 5P0RA 2ZYEA 1D4KA 3PMYA 5P57A 1ENTE 5OZNA 4Y4AA 3EL9A 4EJKA 2NXLA 3LIZA 4RLDA 1EBYA 3NU5A 1KJ4A 5OZKA 2OHKA 1LF4A 4PZWA 3MSJA 3EL0A 3K5CA 5UPJA 3MSKA 5P74A 4Y47A 5OZVA 2I0DA 1YG9A 5OZ5A 2ER0E 1AAQA 3DCRA 5P7EA 2G1RA 2R43A 2XYFA 1ER8E 4Q1NA 2O40A 5P8MA 2V0ZC 3OXWA 5OZBA 3T7PA 3EXOA 4IVTA 2Z54A 4I12A 3IGBA 1LZQA 1Q9PA 2PWRA 4L7JA 3GGUA 1HVLA 2RSPA 4L6BA 4HE9A 2OF0A 1A94A 3VYEA 4F74A 5KAOA 4Y3QA 5P0EA 1EPPE 2OHTA 1G2KA 3CKRA 3OGQA 3O9BA 4J55A 3OQFA 3EKVA 3S53A 1CPIA 1YM4A 4ZPEA 2RKFA 5P30A 1LV1A 2ER9E 4GYEA 5OZFA 3LHGA 1TCXA 2VIYA 5P7SA 4J0YA 1SGUA 5OZ7A 4OBJA 3WSJA 5P0KA 5P1XA 5P1AA 4E43A 4N00A 1BV9A 2IRZA 4DPFA 1MRXA 5P3MA 1FG6C 2FMBA 2ASIA 2HS2A 5P88A 1D4HA 4CKUA 3UQXA 3UQPA 3ZL7A 5P1TA 3CYXA 3SQFA 5P3WA 2NMZA 3VSXA 4OBFA 5P33A 1D4IA 2H6SA 5P56A 5P5KA 5P5GA 6UPJA 2WF1A 5P0JA 1ZAPA 3I7EA 1HVCA 5P1WA 3NUOA 3T6IA 2VA7A 2O4NA 1QDMA 1LYBA 3LZYA 5P8FA 4HLAA 2O4SA 2BPXA 4QJAA 1K1UA 3S56A 5COPA 4I1CA 3OTSA 2P3BA 3O9IA 5DPZA 1FB7A 5P44A 3RTMA 4RCDA 3L5DA 3O99A 1EEDP 4GIDA 5DGUA 5P04A 3UDPA 3M9FA 2HIZA 2ZDZA 2NNPA 5P7TA 3IA9A 5P3FA 1HEFE 4Y3DA 4XX4A 3IVIA 5P6UA 3S43A 5KQYA 1HRNA 2VJ7A 5P8EA 3IXOA 4NJUA 3OU4A 2QI7A 3FNUA 2VS2A 4Y4GA 1IZEA 5P0GA 4DJVA 2QAKA 3UQWA 1XL2A 1APVE 4F75A 1LYWB 3EL4A 3KN0A 2WEDA 1BDQA 3DV5A 4I8WA 5P0WA 3WZ6A 2MIPA 4J0TA 4FS4A 2P3CA 3NDTA 3OHFA 3PSYA 5C9FA 3EM6A 1MT9A 5OZTA 2P4JA 4R95A 3TOHA 3OU1B 4YD5A 3TPLA 3L3AA 3SA9A 2IENA 2RMPA 4FSEA 5P3NA 5P3ZA 5P4WA 3PWWA 4AMTA 5P4BA 4Z22A 5AH6A 3ST5A 2FNTA 5P55A 3OHHA 5P6OA 1XDHA 2Q63A 4CP7A 4A6CA 1DMPA 1W5VA 1FMBA 3APRE 2R38A 4RRSA 4HA5A 4I10A 5HCOA 5P3KA 4FM8A 3SACA 5P0VA 3H5BA 5P6YA 2G22A 2QI1A 3FIVA 4YD7A 5P08A 5P0LA 2CENA 5P4IA 5P0QA 5CONA 5P7OA 4APRE 5P1MA 5DQ2A 5P0TA 5HTZA 1SP5A 1A8KA 1PSAA 5P1PA 1EC1A 1M0BA 2V11C 4DJRA 5HDUA 5P3XA 4L7HA 2VKMA 3Q6YA 2FGUA 4CPUA 2PSVA 5P0UA 2VNNA 2ZHVA 5P1ZA 3GGVA 1D4LA 1MEUA 5KR0A 5P4DA 2G20A 1FFIC 4JOOA 4GJBA 3O9LB 2F3KA 3O9EA 5P1OA 2ER7E 1IZHA 5I3WA 4XKXA 5P87A 3G6ZA 4Y54A 4NJTA 4PZXA 4J17A 5P75A 1E5OE 5OZJA 3GI6A 5P28A 2ZHSA 1XN2A 2BPWA 1FFFC 1K2BA 1XL5A 5P5WA 1XS7D 3PMUA 5P1LA 3VFBA 4NKKA 1OEXA 3NYGA 3CKTA 4YCYA 5E5JA 2QD8A 4YD4A 3ZKXA 1SBGA 3ZKQA 9HVPA 2QMPA 5P4KA 3GW5A 2QNPA 2OHLA 2HM1A 5OYZA 3ZKIA 4DUSA 1D4JA 5DR4A 2ZJIA 2ZHTA 3BVAA 2PSGA 5P6EA 3PCZA 3SFCA 2VIJA 3TPRA 5OZ4A 4Y5EA 1GVVA 1T6GA 4GMIA 1BV7A 5P81A 4PPHA 3QAAA 3QS1A 3UFNA 1YTGA 5P3YA 5DR0A 1ODYA 3F9QA 2I0AA 1MSNA 1BBSA 2UPJA 3UDNA 2Z4OA 5HDXA 5P70A 3QP0A 4K4RA 5P6IA 3C9XA 1GVWA 3VLAA 2FNSA 3LIYA 5E5KA 3IXKA 4BFDA 5CLMA 3INFA 3LIXA 5P5DA 1ZJ7A 4AA9A 3O9AA 5C9DA 5HU0A 1T7IA 5P7DA 3S7LA 4A6BA 5P61A 3Q70A 4Z2ZA 4Y5MA 2O4KA 1FQ7A 4RYGA 1ODXA 1K1TA 3MSLA 1BIMA 3RTHA 4H3IA 1IIQA 1EPOE 5IVRA 3BRAA 3VV6A 5P7MA 2QNQA 1MT7A 4MC1A 2JXRA 2BKSA 3KT5A 1TZSA 2J9KA 5P0CA 3Q4BA 1HXWA 3UDJA 3D1XA 4ACUA 2WF4A 3SA5A 2WHHA 3UDRA 1SIVA 2F3FA 5COOA 1HVKA 2BBBA 2F8GA 3BUHA 1IZDA 4LP9A 4APEA 5P6PA 5P6RA 2OHMA 2I4VA 3OQDA 2QMDA 4ZIPA 1UH9A 3K5DA 3OXCA 3TH9A 1HSHA 3GGXA 3GI5A 4FL8A 5HE7A 1MPPA 4Y58A 5F00A 4FE6A 5P69A 3EKTA 4HDBA 5P5FA 5P5TA 1MSMA 2G69A 4Y4UA 3VV8A 3KFPA 4L1AA 4ZE6A 3EKQA 5P7AA 5P1CA 4ZSMA 5P2MA 4GJAA 1HIVA 5P84A 3I2LA 4Y4EA 3TLHA 3BXSA 3PSGA 4YDGA 2QI5A 5AGZA 2QCIA 1W50A 3KDDA 5P0XA 5APRE 5P4HA 2P3AA 1EPQE 5P8NA 5OZYA 4B1CA 3AIDA 4CPRA 3SAAA 3PWRA 1QS8A 3CMSA 1NPVA 4RYCA 3KF0A 4Y4DA 5BS4A 3EKYA 1QBTA 4OD9A 4I0DA 3LZSA 1HOSA 5OZ8A 3SA6A 3QROA 5BWYA 1FQ6A 1MTRA 2B8LA 4TRWA 1TW7A 4RCEA 5P78A 2FS4A 1E81E 2QZXA 3ER5E 4BFBA 5P8GA 4TVGA 4YOBA 1LYBB 1NSOA 2JYSA 4I0GA 5P5BA 4B00A 2QI6A 1GKTA 1EAGA 3S54A 4JP9A 3DOXA 2BQVA 5P2ZA 4EWOA 2P3BB 4Y56A 3GI0A 4Z50A 3QN8A 4Y45A 2PSUA 5P4AA 1B6LA 4D89A 5P29A 3TNEA 5P31A 5P09A 4PEPA 4GJ9A 3L58A 5P7IA 5P1VA 2V13A 4Y57A 4DJQA 1HTGA 4Y51A 3PRSA 1FGCC 2HPFA 5P8UA 3S43B 3UF3A 4DJXA 3KMXA 4EJLA 3OU4B 5P85A 1FEJC 4U7QA 5KOQA 5P8PA 5ENKA 5P26A 1NPAA 4Y3MA 1A9MA 3KDCA 4J0VA 5P7QA 5P03A 5AH9A 4FLGA 4WTUA 4ZPFA 5P7WA 5JODA 3L38A 5OZZA 4IVSA 5P5UA 5P1DA 5P1QA 5P71A 3ZPSA 5P40A 1PROA 5P79A 6FIVA 2ZE1A 3QRMA 5P06A 3O9GA 3KMYA 4B77A 4EJ8A 5P7HA 4CPWA 2AVQA 2H6TA 4FM6A 1PPLE 3PVKA 3R0YA 1OEWA 2WF2A 1HXBA 5DQ5A 2PK5A 4GB2A 2RKGA 1BXOA 5P46A 4Y35A 1BVGA 3RU1A 1YTJA 5OZ0A 1QBSA 2G1NA 1IDBA 1FMXA 2QP8A 3IXJA 4H1EA 2AOIA 2QNNA 3G72A 5AHCA 4BELA 5P6NA 4Y3GA 1FG8C 3BGCA 4FRJA 2OAHA 5P2QA 3D20A 5P37A 1K2CA 1AZ5A 5P32A 3TKWA 4CPTA 4Y48A 2BKTA 1META 1HSIA 4Q1XA 3FX5A 3NDUA 1BDRA 2VJ9A 3NSHA 2I4DA 3OUDA 2PMAA 1GVTA 5P23A 3LNKA 4I0ZA 2NTRA 3OADA 3LIVA 1G0VA 4HDPA 3NU6A 2QU2A 2G1YA 5P6JA 3OK9A 5P5ZA 5P13A 3VUCA 3FNTA 2OHPA 5OZCA 3K5FA 3ECGA 5P0ZA 3NU3A 3CYWA 5P6AA 5P64A 4DPIA 1SDVA 5DR8A 1OD1A 4Y36A 4EXGA 4QJ6A 2R8NA 1LEEA 4D8CA 1PPKE 5P3VA 5P3UA 4U7VA 1YM2A 4Y3JA 5KQZA 2AOCA 4MC6A 3OU3A 2WECA 2AZBA 4M8YA 2AVVA 1SDTA 5P7VA 2Q5KA 2G24A 3OAGA 3JVWA 3PHVA 5J25A 5P4FA 2G1SA 4AA8A 2Q15A 5P80A 1E82E 2G27A 2PWCA 3LZUA 5P7UA 4R8YA 1MRWA 3I25A 1A8GA 5P62A 3PI5A 3ZKMA 5OZIA 3DJKA 2SAMA 5P2CA 1FQ5A 5FIVA 4COEA 4D83A 3SA3A 3URJA 3K4VA 5P11A 1RPIA 3R1GB 4DJWA 3S8IA 1ZLFA 3TPPA 2IKOA 5P5XA 5P1YA 5P6QA 5P2NA 5OZHA 5P0IA 3TL9A 4NPUA 5P2BA 1MESA 4OC6A 4Y3XA 1RQ9A 3GI4A 5P12A 3D1YA 4I0IA 2ZJNA 5P7JA 1ME6A 5OZOA 5P4PA 4FIVA 3U6AA 3DM6A 5P2VA 4J1FA 4Y4ZA 2P3DA 3TOGA 2FXEA 4F76A 4OBDA 4U8WA 3HD8A 2G21A 5P1SA 4DVFA 1B11A 2QHCA 5KR2A 5P20A 3VG1A 5IVQA 5P73A 4ACXA 1HHPA 5IVSA 1HPOA 4EP2A 1SMRA 1KJFA 3OUCA 3DK1A 2AODA 5SXNA 3EMYA 3SA4A 5JFPA 1VIJA 2P8HA 1KZKA 5OZWA 1QRPE 3PM4A 2QD6A 4RRNA 5OYWA 1AJVA 2HAHA 4TRZA 2XFIA 5OZUA 3VFAA 3UHLA 3K5GA 5AH8A 5P2RA 5P0MA 2NPHA 5OYUA 2A1EA 3PJ6A 2ANLA 5P2FA 2BPZA 4ZEAA 3LZVA 4OBHA 3OUAA 5P83A 4DQCA 3L5CA 3UDYA 1SDUA 3HAWA 3QI1A 5P6ZA 1KJGA 4DQEA 2BPVA 2IQGA 5P4YA 5P1RA 1BWBA 5P6CA 5KR8A 4R5NA 3S45A 4NJVA 5P5AA 4RCFA 4LBTA 1IZIA 5P1GA 4H3GA 2FDPA 5OYTA 3L5BA 5P8OA 5HVPA 1MVPA 3UCBA 1K6CA 2B7ZA 4ZSRA 4ER2E 1W6IA 5P6GA 4JECA 5JG1A 5P60A 3SM1A 3ZOVA 5P7BA 1FQ8A 5P27A 2AOGA 5P66A 3IVHA 3HAUA 1HTFA 3WB4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AOH A;  3PLL A;  4Y3R A;  3OU1 A;  8HVP A;  5T4S A;  5ER2 E;  5IS4 A;  3OOZ A;  5P00 A;  2BJU A;  1BVE A;  3T3C A;  3IN3 A;  4Y37 A;  4DFG A;  3O9H A;  1F7A A;  3KM4 A;  2AVM A;  5HE5 A;  5P3D A;  4KE1 A;  1K6P A;  5HU1 A;  2NMY A;  2VJ6 A;  4J1C A;  4Y41 A;  4Y3N A;  1ZTZ A;  4CPS A;  1IVQ A;  3OUB A;  5ER1 E;  4ER1 E;  1CMS A;  2PH6 A;  5P0H A;  4R92 A;  3RSV A;  1T7K A;  4KB9 A;  5ISJ A;  2QZL A;  5P2E A;  5P7N A;  2JE4 A;  5P6V A;  1LF3 A;  3UDM A;  3SO9 A;  2ZHU A;  3SM2 A;  3BUF A;  2IEO A;  4X7I A;  5EZX A;  3O9F A;  3PB5 A;  4RVI A;  5P3C A;  2XYE A;  2XFK A;  1Z1R A;  3L59 A;  4EQ0 A;  3KYR A;  4EJD A;  3O9L A;  2XFJ A;  1HSG A;  4B72 A;  5P24 A;  4J1I A;  1AID A;  5P63 A;  3PEP A;  5P4Q A;  1TSU A;  5P1F A;  5P7G A;  4HVP A;  4Y44 A;  5KQX A;  5P02 A;  5HE4 A;  1T3R A;  4Y5K A;  5P4L A;  5P2H A;  4GJ8 A;  4OBZ B;  4NPT A;  5P76 A;  3QRS A;  1W5X A;  4TVH A;  2ZJJ A;  1YX9 A;  2AID A;  2QMG A;  3EBZ A;  1HTR B;  4Y3A A;  4EYR A;  5DQC A;  5P4X A;  4DJY A;  5DQ4 A;  4LC7 A;  3VF7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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