1GYLA

Involvement of tyr24 and trp108 in substrate binding and substrate specificity of glycolate oxidase
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
359
structure length
352
Chain Sequence
MEITNVNEYEAIAKQKLPKMVYDFYASGAEDQWTLAENRNAFSRILFRPRILIDVTNIDMTTTILGFKISMPIMIAPTAMQKMAHPEGEYATARAASAAGTIMTLSSWATSSVEEVASTGPGIRFFQLYVYKDRNVVAQLVRRAERAGFKAIALTVDTPRLGRREADIKNRFVLPPFLTLKNFEGIDLGKGLSSYVAGQIDRSLSWKDVAWLQTITSLPILVKGVITAEDARLAVQHGAAGIIVSNHGARQLDYVPATIMALEEVVKAAQGRIPVFLDGGVRRGTDVFKALALGAAGVFIGRPVVFSLAAEGEAGVKKVLQMMRDEFELTMALSGCRSLKEISRSHIAADWD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase (flavoenzyme)
source organism Spinacia oleracea
publication title Involvement of Tyr24 and Trp108 in substrate binding and substrate specificity of glycolate oxidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOLATE OXIDASE
total genus 67
structure length 352
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.1.3.15: (S)-2-hydroxy-acid oxidase.
pdb deposition date 1995-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1gylA00
3G3DA 3P5ZA 2P0OA 4HKPA 1I8JA 3QSRA 4E2DA 2ISWA 3FLUA 3N14A 1FWSA 3C61A 3G3MA 4GFSA 2GVLA 1LOLA 4RXGA 1OABA 4HHPA 3BV4A 1WBJA 4OWGA 1XL9A 2WSQA 2VFEA 2ZA1A 3G8RA 1TSIA 3LRMA 3MJYA 5K9XA 4KWVA 1GTHA 1TV5A 1PE1A 5D05A 2OX1A 3FKKA 1ME8A 1NVMA 3W2UA 3OVRA 4Y8FA 1Z41A 3G1XA 1EP3A 2JKAA 3DFSA 2A4AA 3VKJA 4Q4KA 2FPTA 1OK6A 3TMLA 3W75A 2FB2A 3NQ2A 3W83A 3DKJA 5I3KA 1TMHA 1KM6A 2VEPA 5GVJA 3T4CA 2WSRA 2JK2A 4UMBA 2Y7FA 1W0MA 3PUEA 1YPFA 2NV2A 3PBVA 5KZDA 3IGSA 3NZ1A 3WK2A 3S0CA 1TB3A 4FX8A 1N8FA 1DJQA 2E6FA 4KFNA 4DBDA 2RH9A 1KTBA 1W8SA 4K7YA 5AYXA 3UXAA 3JS3A 3S1WA 3E9AA 3THQA 3TX9A 4ALDA 1XCFA 3C0JA 4EF9A 2C13A 4NT0A 3W7EA 2AAMA 1D9EA 2DZUA 2Y89A 4JY8A 3W2LA 4O11A 1EWEA 1R2TA 4GUHA 3TH6A 1YTEA 2XN1A 5D2TA 2GJLA 3EXTA 1GVRA 3LHTA 1EP2A 3L65A 2JBMA 5AHEA 1VLWA 4K37A 5KSWA 1VS1A 2TSYA 5AOUA 2GPTA 3QMRA 3SW6A 1SQ7A 2Z6IA 3P74A 1K7FA 1WYIA 3LI0A 5AHFA 4MVAA 3C3NA 3MHUA 1HL2A 3HO8A 3ELFA 3PG9A 4QNWA 1KFEA 2B7NA 3W7QA 2FJKA 1G4EA 4MKNA 1IIHA 3MI2A 1BWKA 1K3UA 3W7HA 2NXHA 4BWLC 1D3HA 4FX6M 3LTYA 1LBFA 4MY8A 3NQEA 1SPQA 4Z08A 5D09A 3W23A 2ZDRA 1SSDA 4GRSA 3W1RA 5HR7A 4BI7A 1S5TA 3WJXA 1X8FA 3FIGA 4JTJA 5KZMA 3E0IA 3SY5A 1ZAJA 2C14A 3TR2A 1GWJA 4L4MA 2QUVA 3FOKA 3HOJA 3TJLA 3H53A 1XUZA 3A9IA 4DO5A 5EBUA 2EPHA 4DELA 3EX4A 4K36A 3F1QA 1D3GA 2J6XA 4Y6GA 3G1DA 1OFRA 4IJBA 1P1XA 2RDWA 3M7WA 3C2EA 3TFXA 4QNEA 4UIOA 5E1QA 3N34A 2H3BA 2BZNA 3W7KA 1X6UA 3WJZA 2YZRA 3TFCA 2FPYA 2ABBA 5DBTA 4WUIA 2AQWA 5AC6A 3DAQA 4PODA 3KRUA 2IQTA 4PL2A 3N2XA 3TW6A 1B4KA 3IVTA 1H7RA 4QQ3A 5H91A 4RK8A 2YX0A 3B0PA 1OF8A 2CZDA 2QCNA 4HNNA 5D33A 2JKEA 3F4WA 4IX0A 5HJLA 2A6NA 4O12A 3B05A 4JIQA 1VYPX 1XFBA 3T40A 3ZFHA 5CZJA 2E09A 3CT7A 4N9CA 4O28A 5D03A 3NQDA 3S5OA 1I2QA 3HGJA 2CU0A 3O6YX 3W1MA 4HIBA 2GQ8A 1UCWA 1DOSA 3ABQA 3A24A 2X1UA 1TPVA 1LLZA 1LBMA 2Y7EA 2TYSA 2C15A 5F1UA 3STEA 4DXVA 1O94A 3E49A 3MP4A 3W7GA 4TIMA 3NAVA 3M47A 3MYOA 4QSHA 1UUMA 4NNBA 4AMAA 4N4PA 2V5BA 3H55A 1EA0A 1H63A 2ZRZA 4O14A 1TQJA 3I7RA 4O16A 3PR2A 3BGGA 3LHYA 3P61A 3EEGA 3P84A 3GNNA 3PVFA 2Q3OA 4JTSA 1T0OA 3STFA 1H5YA 4R33A 3L5MA 5IBXC 2ZRYA 1P4CA 2YSWA 1R2RA 2WJZA 3EX6A 3UWQA 5DCDA 3W9ZA 4HPJA 1TYGA 2VFDA 3LV6A 4JN6A 1Z48A 1PS9A 1QNVA 3FKRA 4WY0A 4YL2A 1PCKA 1CX9A 1VCVA 3GX9A 3B03A 2H90A 2NX1A 1AL7A 1JR1A 4OGZA 4ADUA 1XBYA 3EWYA 1H51A 5EY5A 1G6CA 4HPXA 1A50A 2LLEA 3DFOA 5L9FA 3EXSA 2F7FA 3PUOA 1W3IA 4QITA 3R8RA 1AG1O 3LERA 1YXYA 1G4PA 4JTFA 4M7TA 5D2YA 1TTQA 4EF8A 1JCLA 2YW4A 4MY9A 3B8DA 4IPJA 5TBOA 2GQ9A 2QEZA 4K6AA 1SZFA 4U28A 1XXXA 5CKSA 3HIJA 1I2RA 1GOXA 4UXDA 4OHQA 1I45A 1TPB1 5F2MA 3BGJA 1VRDA 2FFCA 5CZ0A 4CNOA 4LS0A 2D73A 4HNVA 1NFBA 3OIXA 1YADA 1KM5A 1SW3A 2NX3A 1HUVA 2WNNA 1LTDA 1EX5A 2QCEA 5G1YA 4O1DA 1NF7A 1SO6A 3L67A 1F73A 3TE9A 2ALDA 5CPOA 1JCYA 1OX5A 3W71A 1SFJA 5LNVA 3LCIA 5HUPA 2V2HA 1A5CA 4CCDA 4RCXA 4UTTA 3THAA 3NPWA 5F4WA 4QIUA 1KM1A 5G4WA 5F2GA 1H7XA 3IVSA 2ZTKA 3W86A 1L6YA 2ZZ2A 1MSSA 3TA6A 2Y62A 1J2WA 1T8XA 4JD4A 3TMQA 3CQ0A 2HTMA 4XUGA 3M44A 3OVPA 3UZJA 1ZY9A 5D2VA 1P0KA 4J9JA 3VFLA 2H8ZA 3GDKA 1RQBA 4DPPA 3GXTA 3HGSA 1R30A 3MWAA 3DHDA 1LRTA 2CZEA 3HB9A 3BK0A 3W7PA 3DGRA 3E02A 5LHFA 2I14A 2QDGA 2PE4A 4I9AA 4DO4A 1IXQA 2NXGA 3NQAA 1ME7A 2VFGA 1GYNA 5LHEA 3W3OA 4ZZ9A 3OVQA 1B3OA 4C1KA 1WV2A 4IMFA 3LDVA 3IIOA 4X3ZA 4LT9A 3LTPA 5LNSA 3ABOA 1OX4A 5KITA 2GUUA 1HO4A 2H6RA 3AO0A 4O17A 1WXJA 4XWUA 2OT0A 2G97A 1ICPA 1L9WA 2NWRA 5A8GA 5CGQA 3M41A 4S2CA 4C1LA 4Y96A 5DLCA 3R2GA 5DELA 4LU0A 3TKFA 2RKXA 3ATYA 1RVGA 4Z1BA 3B06A 4H4IA 3DH7A 4LV4A 4UTIA 5K3VA 3HMJG 1SW7A 3O15A 4JX5A 5HUOA 4ZMGA 3WJWA 5AB3A 5FF3A 3N3MA 4JYEA 5D38A 3NA8A 3LXCA 1KM4A 1OFQA 3NQGA 4DBEA 3TV8A 3NQMA 5C2XA 3BW3A 5HULA 3NPVA 5F1VA 3UY8A 4JNMA 1IXPA 3M5VA 2V5LA 2B7QA 2I9EA 4GWEA 3PULA 4UTLA 2YCEA 3QQ1A 1GZGA 3LGEA 4MOZA 2CLOA 1KTCA 1THFD 1ZCOA 5IM51 3C6CA 1PV8A 4CQAA 1OF6A 2YYUA 4GNJA 3FEMA 1N55A 3QPZA 3NM1A 4A22A 3EKZA 1SW0A 2JKPA 3EWWA 1FUYA 4UFMA 2VENA 3TQVA 3W88A 2A85A 1HO1A 3DHFA 3ZWTA 4FNQA 4YXGA 5BNKA 2ZYFA 5LNRA 3EX1A 4X9SA 4FNTA 3W7JA 2ZRUA 1IGSA 4GC4A 3KVJA 2KZHA 3GDLA 3P81A 4CLMA 3STGA 2DZXA 4HNUA 3CIWA 3GDTA 1LOQA 3PBYA 7TIMA 3GB6A 3P8JA 2E5BA 2O7SA 3DXIA 3IGXA 5I3HA 3AJXA 4YWIA 1HFBA 2C16A 4JYFA 4LNYA 3TDFA 5LSMA 5LNWA 2QCDA 4O53A 3CTLA 3W7CA 1SU5A 2C18A 4MJMA 3I7SA 4ADSA 1DQWA 3HPSA 1TV7A 5FF0A 5BMXA 1ME9A 4A2SA 5DN1A 4AB4A 3OA3A 4M6QA 1BKSA 3QQ0A 4O54A 2E6AA 4BR1A 1W5OA 3GAKA 1WOAA 1FQ0A 4NNCA 4KFOA 2VC6A 3RU6A 2NX9A 1OG0A 2PRHA 2ZTJA 4HNTA 1FDYA 2A21A 3PSWA 3PWAA 3N73A 3VI2A 2VEIA 1JCJA 4O50A 3W85A 4KFPA 4JY9A 5LGXA 3U2OA 1O5XA 6TIMA 3W1NA 5MHBA 2BWGA 2FTPA 5L6UA 4O1BA 3G22A 5FESA 1I2OA 2F84A 3LX9A 3SFKA 1M6JA 1MEIA 2VFIA 3LCXA 3W1TA 1Q6OA 2Z6JA 4FB7A 1ZFJA 2C1HA 2GJNA 1NSJA 4JXCA 5K4XA 3TSBA 4BK9A 2X16A 1W56A 3LRKA 2YFNA 4AHQA 1OFDA 4A21A 3LLFA 5HINA 4P2VA 4N2YA 3TQKA 3NQVA 4UTJA 2EGZA 3I7QA 4JTTA 3CWOX 2E6DA 1F6PA 3P60A 1OFAA 1VHCA 4K39A 1KFBA 1FY6A 2QCMA 1LM1A 5G5IA 4ZQPA 1QPNA 3HBLA 4L4LA 4WJEA 3KFTA 1YXCA 3L0GA 1QFEA 2CFFA 4AWTA 5G4EA 1ZAHA 2C0AA 1YDOA 3QF0A 4AHPA 1IF2A 4W9TA 2Y6ZA 3VE9A 4LRSA 1KLYA 4EOUA 1ICQA 4XTDA 4UUIA 3VCRA 1QPOA 2YDAA 5AYZA 3NDOA 3M0ZA 2TPSA 1WOBA 1QAPA 4JX6A 1F6KA 1J5TA 4XKYA 1DBTA 1K03A 1ONRA 4JICA 1DHPA 1JJKA 1JUBA 2ZRWA 3O16A 3YPIA 1PIIA 3IIXA 3LCWA 2WPBA 2Y7DA 3UWWA 1ZNNA 1PCWA 2CZ5A 4I7WA 2HS8A 4JDBA 3IRDA 5BOOA 4GBUA 4IXXA 1N7KA 2RDUA 4FNUA 4NZJA 4R7JA 4AWUA 3EB2A 5CSSA 2YFOA 3DU0A 4ORIA 3CLMA 5K9CA 1AL8A 1H7PA 3W1QA 4NXSA 4FXSA 3W7RA 1U83A 2J88A 2VOMA 3SECA 4P61A 4MYAA 4O8RA 3KVLA 3P67A 2X2GA 3M1ZA 2VFHA 4OE7A 1OYCA 1FCVA 2CLMA 4GUJA 2QCCA 3EXRA 3DENA 1RPXA 1TPFA 1JCMP 3EKLA 3S9YA 1TRDA 3IIPA 5G2HA 3W7OA 2P1FA 4OBTA 4UFIA 3W7MA 4FHAA 4BI6A 2Y63A 1FCQA 4AWSA 3LV5A 4DF1A 3KAOA 3R5EA 1JQXA 1W54A 2QAFA 3CU2A 1T99A 3D0CA 1XKYA 4LTSA 2CLFA 2UV8G 3NQCA 2VEMA 5F2IA 1OVDA 5HNRA 1XM3A 1SO5A 4JTIA 1QPRA 1G69A 3QW4B 1JCXA 4LS1A 3KRZA 3FJ6A 1LROA 5D02A 2WQPA 1PHWA 4N9DA 3ZR4A 3DFQA 4FX7A 1P0NA 1Q6LA 1SZGA 3NL5A 4MPQA 3UXDA 1QMLA 2QAPA 3TC7A 4PA8A 3CEUA 3QFEA 3LHZA 4NUWA 3WFAA 4FXRA 3BLFA 1ZJIA 3A5FA 1TPEA 1MEHA 5F4SA 2CLIA 1TJRA 3LI1A 5FEXA 4JTHA 3TAKA 5SWUA 5DXYA 1W37A 1V7YA 5J5DA 1DJNA 3PC0A 3NOEA 3VNDA 2V81A 2A5HA 4ICNA 1SR9A 4TO8A 1QOQA 1RD5A 4HT3A 3C52A 4BFAA 5FEPA 1KBJA 1AW2A 4DQWA 1LP6A 3NM3A 2X1TA 1R47A 3W7LA 2P10A 2NXIA 1ML1A 4FNRA 2QCGA 1K02A 1Z44A 3P62A 4JYDA 2QDHA 1FDZA 3SI9A 4PL1A 1VYSX 2CZFA 2ZZ1A 4QM1A 1FBAA 1XC4A 4POCA 1H7WA 2ZA3A 3GR8A 4IMGA 5KZEA 1KW1A 2ATMA 1TTIA 3A22A 1JUEA 1TV8A 1K7EA 4NX5A 1X1OA 3M16A 1VQTA 4Q32A 4MUZA 3E96A 4JX4A 5CSRA 3DBPA 2ZQ0A 3OG3A 3WK0A 5AC7A 1KA9F 1A5BA 1C8VA 1OFPA 4R34A 3EWUA 2ISSA 2CLEA 3WJYA 3W1XA 1NF0A 3C56A 4DPQA 1DVJA 2ZCGA 1M5WA 1F7BA 2RHGA 2V8ZA 2OMAA 3PBWA 3C4UA 4NJIA 1K8YA 1P5BA 1DORA 4KKXA 3W07A 1EIXA 2ATSA 1JRBA 2C6QA 2G96A 5FEZA 3OHIA 3G0SA 3G1FA 4RX0A 2W79A 3NL3A 1O60A 3BW2A 3HG5A 4E0CA 3PM6A 3KXQA 4MZ1A 5AC8A 1Q6QA 4NQ1A 1YYAA 4TU1A 5CG7A 4XZ9A 3GK0A 4G1KA 4GUIA 2J24A 3UD6A 1LDCA 2ZRXA 1T96A 3DKLA 4WY0F 1SFLA 1M7PA 1EWDA 4JGDA 4JTLA 4AF0B 1W1ZA 4B5NA 1SO4A 3O63A 2ZZ7A 3WJSA 2V2CA 1G67A 3W2JA 2G95A 3GDRA 1SO3A 1GG1A 5U4NA 5A5WA 3CC1A 5BRBA 3C8FA 2DJXA 3NL2A 2V2DA 4NXKA 1JCNA 1WBHA 3S5NA 1GQNA 1W3TA 4O15A 1RZMA 1H50A 3NYZA 5C55A 3PSVA 4M6PA 3N9RA 4D2JA 5HWMA 5DCEA 5BMWA 2WOQA 2O7QA 1C29A 1LZOA 3LBCA 4LC8A 5EPDA 4S2BA 4GXMA 3KVMA 3EWZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2P0O A;  1Y7V A;  1BHG A;  1V6U A;  2D24 A;  3FLU A;  4QQU A;  5A6T C;  1W32 A;  4HHP A;  2FMO A;  1WBJ A;  3VZX A;  1XL9 A;  2VFE A;  3WQ5 A;  1TSI A;  5K9X A;  1GTH A;  3OHM B;  3I6T A;  4Y8F A;  5AY7 A;  3KP1 A;  1UWI A;  3AZS A;  3M64 A;  1S3T C;  2YCL A;  1EEX A;  3P14 A;  1OK6 A;  3DES A;  1D7K A;  2NQ5 A;  3LSC A;  3UG3 A;  2C79 A;  1R3W A;  3DKJ A;  5I3K A;  2VEP A;  4E4P A;  5E5C A;  4HZ8 A;  4TX6 A;  1QOX A;  5KZD A;  1HVX A;  4I9M A;  3LEP A;  4Q7I A;  4FX8 A;  1I6N A;  2YDR A;  2XVK A;  1CGU A;  4KFN A;  4N7Q A;  2POT A;  1NTH A;  3EWD A;  3E9A A;  3THQ A;  4V1X A;  1XCF A;  5ABH A;  5I3D A;  2Y89 A;  5CCZ A;  3CJP A;  2WLZ A;  1Z6K A;  2FGL A;  1EWE A;  3QV6 A;  4JNY A;  5REQ A;  2YB4 A;  2HXU A;  3PJX A;  4LYQ A;  2XVL A;  4GUH A;  1JCT A;  1YTE A;  4RNH A;  2OG9 A;  5AZ1 A;  3OLE A;  2VWS A;  2P5N A;  3LHT A;  2JBM A;  1KFW A;  3PAO A;  5AHE A;  1VLW A;  3VD3 A;  3WQO A;  1VS1 A;  4Q7B A;  4RE2 A;  2TSY A;  3MZN A;  4UQD A;  3ICJ A;  2GPT A;  5AOU A;  2RDX A;  3SW6 A;  1SQ7 A; 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 1LG1 A;  4JTS A;  4CQD A;  4E5T A;  1T0O A;  1H5Y A;  2ZRY A;  5DX7 A;  3GR4 A;  2YSW A;  2WJZ A;  3EX6 A;  3UWQ A;  1Q7Q A;  1Z3N A;  1P48 A;  1TWD A;  3QKZ A;  1TYG A;  5LXX A;  2VFD A;  3WZ0 E;  3FKR A;  3U7B A;  3TN5 A;  3ZT7 A;  2ZID A;  3B03 A;  4ZR8 A;  4QLL A;  2H90 A;  4KBX A;  5HJX A;  4MNJ A;  1JR1 A;  4ADU A;  1UWU A;  2EG6 A;  4HPX A;  1VEO A;  2LLE A;  4CD8 A;  2F7F A;  1W3I A;  4DJE D;  1ADS A;  4U2Z A;  4XZL X;  3K8M A;  5G1M A;  4JTF A;  1POJ A;  4NI8 A;  5D2Y A;  1TTQ A;  4EF8 A;  4C6O A;  2QNE A;  1KR0 A;  4UOZ A;  2FZ9 A;  3GVQ A;  1REQ A;  1AH3 A;  5JBF A;  2VL4 A;  2GQ9 A;  3KRB A;  4ERI A;  5GJP A;  1PAM A;  3OOD A;  3U2Z A;  3S2N A;  3DFH A;  1VFO A;  2J47 A;  2YBU A;  2YXO A;  1I45 A;  1EZ2 A;  2WMI A;  2FFC A;  5CZ0 A;  4F3H A;  2Z00 A;  3LM3 A;  3ITO A;  2WKL A;  3U4F A;  2WNN A;  4KIE A;  1ZP3 A;  3S2C A;  1SO6 A;  2ALD A;  3CO8 A;  2VEG A;  2G50 A;  1A5C A;  5CZK A;  4MWA E;  4UTT A;  1FKW A;  3NPW A;  2IMR A;  1AQH A;  3IVS A;  2ZTK A;  2ZX7 A;  4O1E A;  2Y62 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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