1H6MA

Covalent glycosyl-enzyme intermediate of hen egg white lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFQSNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Catalysis by Hen Egg-White Lysozyme Proceeds Via a Covalent Intermediate
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1h6mA00
3F6ZA 4NGZA 3WL2A 1YAPA 4TTDA 2DQCY 4NGLA 2MEBA 4D9ZA 1BB5A 1GF6A 4M6DA 4DD9A 5II3A 4G4HA 1IIZA 4HV1A 2DQAA 1GB0A 4H8YA 1LYSA 4HTNA 4NHPA 2YDGA 3A94A 1LMQA 4ETDA 1FLWA 2DKVA 1EQ5A 4BADA 4CHXA 4U3XB 5KKIA 4H9IA 4GLAA 1LJEA 5LVIA 2LHMA 1VFBC 1GDWA 194LA 3P68A 4C5FA 1BWIA 3J4GA 4H9FA 3WH1A 4GCBA 5KXLA 1DI4A 1GF8A 1I20A 1N4FA 1XGPC 5FCPA 4PHIA 3RW8A 1XEIA 3B0KA 4N0JA 2BQIA 2Z12A 4LYBA 4MSTA 3N9AA 1OUIA 1GB8A 2D4JA 4NHSA 5L9JA 1XGUC 3EMSA 4B49A 4KPMA 4LGKA 4NSJA 1RFPA 4HTKA 4NHIA 4DDBA 4XJDA 3T36A 1IP6A 4FJRA 3TMUA 5B05A 1YAMA 1WVUA 9LYZA 3RZ4A 5LYTA 4B1AA 1JHLA 1CKHA 1GFVA 1GDXA 5A3EA 1IY3A 1DXJA 4GN4A 1GF7A 1LJNA 1CKFA 1FBIX 3CT0A 2D4IA 5D5CA 1LSPA 1B5WA 3B6LA 3LZTA 1LYYA 3T6UA 1LSAA 5B06A 1EL1A 1W6ZA 3N9CA 1IWYA 5KXMA 4QEQA 1LJGA 4FDYA 5ILCA 4HSFA 1JTPL 4WM1A 1JSEA 5APFA 4WLXA 1WQRA 1GBZA 1GE2A 3A8ZA 4W96A 2BQLA 1LZ1A 4LT1A 4KL7A 1OUHA 4NGIA 4OW1A 2EKSC 4NGJA 2CJLA 5C6LA 2RSCA 1TBYA 1GBXA 1LSYA 1VDQA 2MEEA 5LA5A 1B7MA 4BS7A 1HEMA 2BQFA 3WUMA 1XGRC 4UWVA 4ZEEA 3WW5A 1WQOA 2ZYCA 4GCFA 4H1PA 1HEOA 3EXDA 4EMNA 4N8ZA 4J1AA 2FBDA 1YAOA 1T3PA 1YILA 1B7PA 1VEDA 4II8A 4TSCA 1B5YA 3A96A 1UACY 4WG7A 3KAMA 2H5ZA 1GHLA 4H9AA 1LKSA 3WULA 4WLYA 4H93A 3AYQA 5I4WA 193LA 1G7MC 3CT1A 3FI7A 1XEJA 3M3UA 4GCCA 4PPOA 1UIHA 4WL6A 5DLAA 1HEQA 1LSDA 3WUAA 2MEGA 4NSGA 1GF4A 3A6CY 3CSRA 2DQEY 3LYZA 1LZYA 3W6EA 3WVXA 2G4PA 3N9EA 4WMGA 2EQLA 133LA 1NBZC 4PRUA 1G7LC 2HU3A 2XBSA 3EO5A 1IO5A 1WQQA 3G3AB 4G49A 5B1FA 3WXUA 2IHLA 2BLXA 3P4ZA 1LJHA 4HPEA 3ULRA 2IFFY 1D6PA 1DKKA 1LHKA 2BQGA 2I26L 1G7JC 4NGKA 4WL7A 4H9HA 2W1MA 2F2NA 5AMYA 5B1GA 1QIOA 2LZ2A 1BGIA 2ZIKA 3ZEKA 1WQMA 3BKVA 1LMAA 4LFXA 1IR9A 2ZIJA 1YKZX 5EBHA 1FN5A 1JKBA 1HFZA 4HJVA 1UIBA 1DI3A 4NY5A 4OWAA 4UWUA 4WLTA 2FYCA 4HP0A 5HMJA 1LSEA 1ALCA 1HEWA 2HEAA 4GN5C 4X3BA 1JPOA 5D5FA 3TXDA 3A67Y 1NHEA 4XJIA 5HNLA 1DQJC 2F30A 5J7CA 1BB4A 4NEBA 3AGGG 3CB7A 4NGVA 4NSIA 2H9JA 1VDPA 1NMMA 1GE3A 3LYOA 1UIDA 3CSZA 2ZILA 4XJFA 1QSAA 5A3ZA 1CKCA 1JJ1A 1IP5A 2BQMA 1HC0A 1YANA 2NWDX 2LYZA 1GBSA 1GB3A 4TUNA 1JWRA 3D9AC 4WO6A 5K7OA 1KXYA 3WU7A 3TXGA 3CSQA 2Z38A 1JTOL 4I8SA 3A92A 134LA 2YBHA 1I1ZA 1D0KA 5KXRA 1LSBA 6LYZA 1GE4A 1YKYX 1REZA 1OUJA 1FDLY 2PC2A 1C7PA 5I5QA 2MEHA 1REMA 3VWOA 2DQJY 1ZMYL 3W3EA 1IC5Y 3A95A 1SQ2L 2Z19A 4ETAA 1IP4A 1IWTA 1IP3A 2DQHY 1B5VA 2MECA 1D6QA 2DQDY 4DD3A 1UBZA 4XADA 1D0MA 4M4OA 5LVGA 3TMVA 3RT5X 1JIYA 3LYMA 4N9RA 1F10A 2YSSC 4B4IA 1B2KA 1NQIA 4LYZA 2A7FA 4HTQA 4UWNA 1VATA 1FLUA 1YIKA 4H8XA 1AKIA 4OWBA 132LA 5I54A 2W1XA 1GXV2 1LZ5A 1NDMC 4NIJA 3RU5A 3WUNA 4QY9A 1E8LA 1LJJA 1IWZA 4YM8A 1WQNA 4WM2A 2C8PA 1IOTA 5FEKA 1LOZA 2LYOA 4LT3A 1GFJA 3OK0A 1LMTA 1BWJA 2ZNWY 3WYHA 4B4EA 1GB9A 3WXTA 3A3QA 4IATA 1B5XA 1J1PY 1J1OY 1LKRA 3WMKA 4BAPA 4WLDA 4C3WA 1QTEA 2HEDA 1HENA 1OUCA 1KIRC 3OJPA 5HLLA 1JJ3A 3TXIA 2Y8PA 4NG8A 4H94A 1B7RA 3LZ2A 4H9CA 4G4CA 4P2EA 1BVXA 1JJ0A 1B5UA 1IY4A 1IOQA 1GFRA 2BQNA 2HEFA 2W1YA 2Z2FA 4H8ZA 1C43A 5DL9A 5APDA 2ZQ3A 4WG1A 3J6KA 4YEMA 1LZ6A 2HUBA 4HJYA 3M18B 4GCDA 1B7QA 4NHTA 3GXRA 5M1YA 1UIAA 3D3DA 3G3BB 1RJCB 1C08C 5KXZA 3ATOA 2F4AA 3TXFA 1C46A 2ZQ4A 2H9KA 1OQMA 2XBRA 2BLYA 4XN6A 4CJ2A 3RNXA 5HMVA 3AGHA 4H9EA 3TXBA 1XSFA 3WPLA 1INUA 1GD6A 2YVBA 4DWXA 4MCKA 1KXXA 3AW7A 1QUSA 2D91A 5F16A 3TXEA 4CGEA 1IVMA 1MELL 4W94A 3ATNA 3WVYA 1GE1A 1IP2A 1HELA 2YBMA 1V7SA 4OOOA 1GEVA 1KXWA 1LZ8A 1JKCA 1IP7A 3B0IA 1IP1A 1IR7A 3IJVA 1QUTA 5FDJA 4PJ2C 4XJBA 1GB2A 1UIGA 4CFOA 4EOFA 4ML7A 1WTNA 1UICA 2ZWBA 4WM5A 5KXSA 4ET8A 1HMLA 1TAYA 2B5ZA 3CQLA 1C45A 1LZ9A 1DPXA 1V7TA 1QTKA 1UIFA 1A2YC 3HFMY 1LSNA 1LSFA 4Z98A 4NGYA 1GXXA 5IHGA 1YAQA 1BB6A 1AM7A 2W1LA 2XTHA 3IJUA 4CFPA 4DD2A 3GXKA 2BQCA 4RW1A 1RCMA 4BAFA 4G9SA 1UUZC 2VB1A 3W6AA 4ET9A 2BQHA 1CNSA 2Z39A 1HFYA 4J1BA 5LAFA 5F9UA 4GCEA 1LJKA 5KJ9A 1B9OA 1IOCA 1LYZA 5APCA 1GB5A 1AT5A 4L41A 2N5ZA 1LJIA 3A3RX 2BQKA 4OOTA 1W08A 4ZFPA 2ZNXY 4LYOA 1GFTA 1GFUA 2AUBA 4OWHA 1IC4Y 1IWVA 1LZAA 1GB7A 1JUGA 5LYZA 1IEEA 3WU8A 1D9UA 1IWUA 1GFAA 5LVJA 4TWSA 5KXWA 4KXIA 3W6FA 1ZVHL 2BPUA 2DQGY 4NGOA 1DI5A 154LA 4LYCA 1NKHA 1GPQC 3BKHA 4TSBA 4DT3A 2F4GA 1LAAA 1OP9B 5LVKA 2MEIA 1XFPL 1LZNA 4LYTA 2CGIA 4N1CC 1GBOA 2BQAA 5L3HA 3AZ7A 2HEEA 4IASA 5FHWA 3A93A 4R0FA 5F81A 3WW6A 5LYMA 2X0AA 1G7HC 5FSTA 1BQLY 3LYTA 4N5RA 4ETEA 5KKJA 1B0DA 4DD7A 4WM4A 1FKVA 5B07A 4DYGA 5LVHA 1JKAA 1GFKA 1IR8A 5DN4A 1LHJA 1YL1X 2CDSA 1T6VL 1ZVYB 3IWRA 4LT0A 3LN2A 1PS5A 5KXXA 1LMPA 3K3TA 1LZCA 1UA6Y 1TCYA 2HTXA 4OWEA 3MGWA 3WPKA 5IELA 2D6BA 3EBAB 1LZGA 1GEZA 1IC7Y 2DBTA 5LXWA 5LINA 2YBIA 1Z55A 2MEAA 5KXOA 3P66A 1GE0A 1GFGA 1WTMA 1HMKA 1HFXA 1HNLA 3A6BY 3A90A 135LA 4HPIA 1REYA 1BB3A 4HV2A 2Q0MX 1B7OA 3TXHA 3WPJA 1EQEA 4PGJB 7LYZA 3HBHA 1YKXX 1XGQC 4QDNA 4TX7A 5DN5A 1SLYA 1OUAA 1NWGA 1PZYA 4AXTA 1LYOA 2C8OA 3AZ6A 4HJZA 2YBLA 4NWEA 4YF2A 1D0LA 2LZTA 1HF4A 5LA8A 1GFEA 2XJWA 3TXKA 4PRQA 1LZTA 3ZVQA 4AGAA 1LZEA 2WARA 2Z37A 3E3DA 4H9BA 3QY4A 4WOAA 1AT6A 3AGIA 4NFVA 5APEA 5C6JA 2BQOA 1CJ7A 4XYYA 1OUFA 4OWCA 4RLNA 1J1XY 1O23A 1LZSA 4GLVA 1DZBX 4B4JA 5HNCA 2EIZC 3AJNA 1CJ6A 1QDTA 1GB6A 1B5ZA 2BQEA 4R6CA 1XEKA 4I0CA 1HHLA 5FELA 1FLYA 1HERA 5F14A 4H90A 1VAUA 3P64A 2Z2EA 1GF9A 1LMOA 1IX0A 5HQ1A 2I25L 4RW2A 4LT2A 4DDCA 1LHMA 5KXYA 2BQJA 1QDRA 4DC4A 1A4VA 1FKQA 2G4NA 5KY1A 4XJHA 1B7SA 3FE0A 5B59A 2BQBA 1HSXA 4B0DA 5KXKA 4NGWA 1WVVA 1LMCA 1HSWA 1TEWA 1GBYA 4IJ4A 4ETBA 1I56A 4GN3A 3QE8A 1WQPA 1DPWA 2DQIY 3AW6A 1BVKC 1HEPA 1IOSA 2BQDA 4RDSA 5JENB 1CKDA 1LMNA 3TMWA 1LZBA 4J0LA 1F0WA 1GAZA 3A34A 2G4QA 1JSFA 1LTMA 1OUDA 2DQFC 1NF5A 4XJGA 5ILFA 1TDYA 1BB7A 1EQ4A 1YL0X 2ZYPA 1QSWA 4H91A 4J7VA 4YEOA 1VDTA 4YENA 1JITA 1LZRA 1DKJA 1JEFA 4NHQA 3P65A 2YBNA 1YQVY 1JISA 4Z41A 1F6SA 1CJ8A 2YBJA 1B7LA 5KXTA 3A91A 1H87A 1LSZA 3SP3A 1B7NA 5LIOA 4ANRA 1IWWA 1GAYA 4MR1A 2I6ZA 1LSMA 1FLQA 5C6IA 1JKDA 3HBDA 5E9RA 1UC0A 4DDAA 4RLMA 2D4KA 3QNGA 3HBEX 5L3IA 2Z18A 1GF3A 1AZFA 1KIPC 4LFPA 1F6RA 1CJ9A 4QGZA 5IDDA 2HECA 1VDSA 4O34A 1BWHA 5T3FA 4NWHA 2A7DA 1LSGA 1IORA 4H92A 5I53A 1LJ4A 4E3UA 3AZ5A 2FBBA 5DM9A 1LHHA 1LZ4A 2HU1A 5LAGA 3W6CA 1RI8B 1OUBA 1LJFA 1QQYA 2FYDA 1GF5A 3LHMA 4DD1A 1GF0A 1CKGA 1H6MA 4ETCA 3ZVQB 1YROA 4A7DA 2EPEA 1MLCE 3AB6A 1XGTC 4Z3MA 2HEBA 4N1EI 1ZV5L 5KXNA 4G4BA 1LSCA 2MEDA 3B0OA 4NSHA 1LPIA 4LZTA 4WO9A 3TXJA 1UCOA 8LYZA 5E4PA 1OUEA 1GBWA 1GFHA 3AZ4A 1GWDA 4XENA 5KXPA 1C10A 4Z46A 1UIEA 4LYMA 4KT3A 3TMXA 3W6DA 207LA 4WM3A 3CT5A 2MEFA 1LJ3A 1IWXA 3B72A 3WU9A 5I4XA 1KIQC 1G7IC 3W6BA 4NG1A 2GV0A 2LYMA 4WM6A 1LZDA 1REXA 5F9XA 2BAAA 1P2CC 1LHLA 4YOPA 153LA 1NDGC 1LHIA 1OUGA 2CWIA 1BHZA 1NBYC 208LA 4DD0A 1LCNA 6LYTA 1RE2A 5I4YA 1JTTL 4ZIXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
112LA 3DMXA 1YAPA 4NGLA 1BB5A 242LA 1L32A 4G4HA 4W53A 2A4TA 1L72A 1FLWA 5KKIA 1T8FA 4H9IA 1LJEA 2Q9DA 194LA 4W54A 4C5FA 4H9FA 4LDLA 1N4FA 1C6EA 1I20A 114LA 3RW8A 1XEIA 3SB8A 4ARJA 4N0JA 2Z12A 236LA 1L43A 4ARQB 4NSJA 1LWGA 4HTKA 4NHIA 3T36A 1CV6A 130LA 185LA 1L92A 1YAMA 3NY9A 1IY3A 1LJNA 3CDQA 1CKFA 1FBIX 1L46A 1LPYA 1L88A 1LSPA 140LA 1EL1A 3N9CA 1L62A 118LA 5APFA 1WQRA 1L00A 1C6TA 4LT1A 1QUOA 5C6LA 3PDSA 1GBXA 5LA5A 4BS7A 2BQFA 1XGRC 4ZEEA 4GCFA 4H1PA 1HEOA 1C63A 4J1AA 1YAOA 4I7KA 3L64A 2RAZX 4II8A 4TSCA 3A96A 4WG7A 1LKSA 193LA 3M3UA 3FI7A 123LA 4WL6A 1UIHA 5DLAA 1HEQA 3A6CY 143LA 3LYZA 3C8SA 4WMGA 4PRUA 4G49A 3G3AB 1IO5A 1WQQA 5B1FA 1L39A 2LCBA 2IFFY 2BQGA 1G7JC 4H9HA 2W1MA 5AMYA 3ZEKA 1QIOA 1CTWA 1JKBA 3OE9A 4UWUA 1UIBA 1L49A 1ALCA 1HEWA 1JPOA 3TXDA 1L17A 1DQJC 1BB4A 3AGGG 2H9JA 1VDPA 1NMMA 4I7LA 1UIDA 4EXMA 1L18A 2BQMA 4EKSA 1YANA 1L89A 4TUNA 119LA 1L35A 261LA 4EJ4A 1GE4A 1YKYX 2RBOA 2PC2A 2MEHA 3VWOA 1C60A 1SQ2L 2Z19A 1IP4A 2MECA 1D6QA 1UBZA 4XADA 232LA 1JIYA 3LYMA 2YSSC 1C6KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F6Z A;  4NGZ A;  3WL2 A;  1YAP A;  4TTD A;  2DQC Y;  4NGL A;  2MEB A;  4D9Z A;  1BB5 A;  1GF6 A;  4M6D A;  4DD9 A;  5II3 A;  4G4H A;  1IIZ A;  4HV1 A;  2DQA A;  1GB0 A;  4H8Y A;  1LYS A;  4HTN A;  4NHP A;  2YDG A;  3A94 A;  1LMQ A;  4ETD A;  1FLW A;  2DKV A;  1EQ5 A;  4BAD A;  4CHX A;  4U3X B;  5KKI A;  4H9I A;  4GLA A;  1LJE A;  5LVI A;  2LHM A;  1VFB C;  1GDW A;  194L A;  3P68 A;  4C5F A;  1BWI A;  3J4G A;  4H9F A;  3WH1 A;  4GCB A;  5KXL A;  1DI4 A;  1GF8 A;  1I20 A;  1N4F A;  1XGP C;  5FCP A;  4PHI A;  3RW8 A;  1XEI A;  3B0K A;  4N0J A;  2BQI A;  2Z12 A;  4LYB A;  4MST A;  3N9A A;  1OUI A;  1GB8 A;  2D4J A;  4NHS A;  5L9J A;  1XGU C;  3EMS A;  4B49 A;  4KPM A;  4LGK A;  4NSJ A;  1RFP A;  4HTK A;  4NHI A;  4DDB A;  4XJD A;  3T36 A;  1IP6 A;  4FJR A;  3TMU A;  5B05 A;  1YAM A;  1WVU A;  9LYZ A;  3RZ4 A;  5LYT A;  4B1A A;  1JHL A;  1CKH A;  1GFV A;  1GDX A;  5A3E A;  1IY3 A;  1DXJ A;  4GN4 A;  1GF7 A;  1LJN A;  1CKF A;  1FBI X;  3CT0 A;  2D4I A;  5D5C A;  1LSP A;  1B5W A;  3B6L A;  3LZT A; 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 4Z41 A;  1F6S A;  1CJ8 A;  2YBJ A;  1B7L A;  5KXT A;  3A91 A;  1H87 A;  1LSZ A;  3SP3 A;  1B7N A;  5LIO A;  4ANR A;  1IWW A;  1GAY A;  4MR1 A;  2I6Z A;  1LSM A;  1FLQ A;  5C6I A;  1JKD A;  3HBD A;  5E9R A;  1UC0 A;  4DDA A;  4RLM A;  2D4K A;  3QNG A;  3HBE X;  5L3I A;  2Z18 A;  1GF3 A;  1AZF A;  1KIP C;  4LFP A;  1F6R A;  1CJ9 A;  4QGZ A;  5IDD A;  2HEC A;  1VDS A;  4O34 A;  1BWH A;  5T3F A;  4NWH A;  2A7D A;  1LSG A;  1IOR A;  4H92 A;  5I53 A;  1LJ4 A;  4E3U A;  3AZ5 A;  2FBB A;  5DM9 A;  1LHH A;  1LZ4 A;  2HU1 A;  5LAG A;  3W6C A;  1RI8 B;  1OUB A;  1LJF A;  1QQY A;  2FYD A;  1GF5 A;  3LHM A;  4DD1 A;  1GF0 A;  1CKG A;  1H6M A;  4ETC A;  3ZVQ B;  1YRO A;  4A7D A;  2EPE A;  1MLC E;  3AB6 A;  1XGT C;  4Z3M A;  2HEB A;  4N1E I;  1ZV5 L;  5KXN A;  4G4B A;  1LSC A;  2MED A;  3B0O A;  4NSH A;  1LPI A;  4LZT A;  4WO9 A;  3TXJ A;  1UCO A;  8LYZ A;  5E4P A;  1OUE A;  1GBW A;  1GFH A;  3AZ4 A;  1GWD A;  4XEN A;  5KXP A;  1C10 A;  4Z46 A;  1UIE A;  4LYM A;  4KT3 A;  3TMX A;  3W6D A;  207L A;  4WM3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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