The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
57
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structure length |
57
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Chain Sequence |
KELVLVLYDYQEKSPREVTVKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVDDRQGFIPAAYLKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Conformational Strain in the Hydrophobic Core and its Implications for Protein Folding and Design
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule tags |
Sh3-domain
|
| total genus |
6
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-02-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DEX A; 1UE9 A; 1JU5 C; 1Z9Q A; 1QCF A; 2D0N A; 2F2W A; 2AK5 A; 1QKW A; 1M3C A; 1WDX A; 2V1Q A; 4R0K A; 2EW3 A; 2M0Y A; 3VS4 A; 3M0U A; 1T3L A; 1W70 A; 4RTY A; 2JMA A; 4J9E A; 5GJV B; 1JO8 A; 1KIK A; 5IH2 A; 2F2V A; 1EFN A; 2LX7 A; 5L23 A; 2LJ3 A; 1H3H A; 2JXB A; 4DEY A; 1M30 A; 4HVV A; 2E5K A; 1Y57 A; 1QWE A; 2EKH A; 1ARK A; 1AOJ A; 2J6F A; 1RUW A; 2JTE A; 2BTT A; 1BK2 A; 4OML A; 4OMN A; 1UJY A; 2HBW A; 2A36 A; 2ED0 A; 2KNB B; 2KEA A; 1GFC A; 1QKX A; 2FO0 A; 2RNA A; 2GNC A; 1FMK A; 1K1Z A; 1X6B A; 3PVL A; 3H0F A; 4E6R A; 4CC4 B; 1M27 C; 2O9V A; 2EYY A; 1PNJ A; 1J3T A; 3EHQ A; 2HDA A; 2LP5 A; 4HCK A; 2P4R A; 2EVR A; 1X2Q A; 5ECA A; 2KT8 A; 1KSW A; 1QLY A; 2AKK A; 1G83 A; 3PVQ A; 1U06 A; 1I0C A; 2DYB A; 2OJ2 A; 2CT4 A; 1N5Z A; 2YDL A; 2FPD A; 4JJC A; 3CQT A; 1YP5 A; 2PTK A; 1WX6 A; 2W10 A; 4Z89 A; 1VYV A; 3EG0 A; 4J9C A; 1U5S A; 1JXM A; 2KBT A; 4OMO A; 2I0N A; 4OMQ A; 4Y92 A; 2RQW A; 3JV3 A; 3VS5 A; 1AWW A; 2KYB A; 2K2M A; 2M51 A; 1MV3 A; 1X6G A; 2RF0 A; 4GLM A; 2B86 A; 1K4U S; 3I35 A; 5IHK A; 2O9S A; 3C0C A; 1B07 A; 3VS1 A; 2FEI A; 5FWB A; 2DNU A; 1PWT A; 1I07 A; 2MCN A; 1M3B A; 2A28 A; 1V1C A; 2RQV A; 1FYN A; 3UA7 A; 1UJ0 A; 2H8H A; 1UTI A; 1I1J A; 1ABO A; 2KRM A; 3ZL7 C; 2NUZ A; 2YUN A; 1AWX A; 1UG1 A; 1WI7 A; 2KXD A; 1YNZ A; 2EYW A; 2AZS A; 2KYM A; 4J9H A; 3TVT A; 1BU1 A; 2EGE A; 1AWO A; 1AZE A; 1BB9 A; 4ESR A; 2RQU A; 1UHF A; 2O31 A; 1SSH A; 1H8K A; 3GBQ A; 1YWP A; 2DL3 A; 1SRM A; 3U23 A; 4OMM A; 2F2X A; 1E6H A; 1CKB A; 1NYF A; 2DLP A; 1JQQ A; 3M0T A; 4IIO A; 2L3S A; 3H41 A; 4JJB A; 1WA7 A; 3IQL A; 1K9A A; 3SHW A; 1OV3 A; 2O2O A; 1SPK A; 2EGC A; 4OMP A; 1YN8 A; 4QT7 A; 3I5S A; 3M0S A; 3QWX X; 2J6O A; 2LJ1 A; 4CC7 A; 5FWC A; 4F14 A; 3LH5 A; 1Z9Z A; 2DBM A; 2YT6 A; 4D8K A; 1PKS A; 2JW4 A; 4LUD A; 2BZX A; 2DL7 A; 1M8M A; 2RQR A; 4Z8A A; 1B3Q A; 4AFZ C; 1RI9 A; 2RN8 A; 2RQT A; 4LN2 A; 1K0S A; 3TSZ A; 1NEB A; 2K3B A; 4J9F A; 2L0A A; 1SHF A; 2X3W D; 2KR3 A; 3H0H A; 1AWJ A; 1RLP C; 2EPD A; 3NPF A; 2X3X D; 2CUD A; 4CC2 A; 4X1V A; 1X2K A; 1GFD A; 3I5R A; 1CKA A; 2KXC A; 2EQI A; 2GTJ A; 2LQN A; 2DBK A; 1SHG A; 4JJD A; 2KRS A; 5IHI A; 4RTX A; 3RNJ A; 1A0N B; 4AFU C; 4M4Z A; 4WCI A; 2JS2 A; 2RPN A; 2L3Q A; 1ZBJ A; 3VS7 A; 1SRL A; 2JM8 A; 1GCQ A; 2DRM A; 1UDL A; 2YUO A; 2LJ0 A; 1E7O A; 1XOV A; 1GL5 A; 2JMC A; 1UGV A; 4A63 B; 3KFV A; 3NHN A; 2D1X A; 3M0Q A; 3TSW A; 4EIK A; 2C0T A; 1JEG A; 1AZG B; 1TUD A; 1OEB A; 1W1F A; 4AG2 C; 3EG2 A; 1KFZ A; 2AZV A; 1NLP C; 2DL5 A; 4ZNX A; 4FSS A; 3QWY A; 1YWO A; 1BBZ A; 2A08 A; 1X43 A; 3NGP A; 1UHC A; 2K79 A; 2FPE A; 2PNI A; 3UAT A; 2C0I A; 1G2B A; 4LE9 A; 2DA9 A; 2VVK A; 2GTO A; 4F17 A; 1KJW A; 3REA B; 5GJW B; 1GBR A; 1Y0M A; 3ULR B; 2HEQ A; 2LZ6 B; 3UF4 A; 2GQI A; 2CDT A; 1W6X A; 3EGU A; 4IIM A; 2GBQ A; 2OAW A; 3VS3 A; 2JM9 A; 1LCK A; 5I11 A; 2FG0 A; 3EG3 A; 2FPF A; 2DRK A; 3PE0 A; 3EG1 A; 1WLP B; 1GRI A; 3O5Z A; 2CH4 A; 4ORZ A; 1NYG A; 1E6G A; 2CH4 W; 1ZUU A; 2YUP A; 2J6K A; 2HSP A; 2FRY A; 2YUQ A; 2VKN A; 2LCS A; 3VRY A; 3M0P A; 1OPK A; 2CSQ A; 1NLO C; 5EC7 A; 2J05 A; 4F16 A; 2FRW A; 2LNH B; 2JS0 A; 1UUE A; 1ZUK A; 1MUZ A; 4JZ4 A; 3I9Q A; 2IIM A; 2DMO A; 1HSQ A; 1QWF A; 1GCQ C; 5IHN A; 1WXU A; 4HXJ A; 2LMJ A; 1WYX A; 4CC3 A; 1K0X A; 3THK A; 3M0R A; 3VS0 A; 5IXF A; 2SEM A; 4KRT A; 3VS2 A; 1S1N A; 2OI3 A; 1PKT A; 2W0Z A; 2KT1 A; 1OPL A; 4JPB W; 1VYU A; 2VWF A; 3RBB B; 1TG0 A; 1VYT A; 4LUE A; 2KRN A; 1ZSG A; 2DX1 A; 2LQW A; 2MIO A; 1ZLM A; 2J7I A; 1YCS B; 2EGA A; 2ENM A; 1OOT A; 2SRC A; 4K11 A; 4J9I A; 1K76 A; 2D8H A; 2CRE A; 1MV0 B; 1AD5 A; 2J06 A; 2V1R A; 2NWM A; 3R6N A; 2KE9 A; 1HD3 A; 2PZ1 A; 1UEC A; 2EYZ A; 2DF6 A; 3EHR A; 2A37 A; 2GGR A; 2CSI A; 3VS6 A; 1IO6 A; 2QDL A; 3FJ5 A; 3A98 A; 1GCP A; 1NEG A; 1PRL C; 3UA6 A; 1WIE A; 2JT4 A; 4AFQ C; 1T0J A; 4Z88 A; 2EYX A; 4RTU A; 1ABQ A; 3SEM A; 1X69 A; 2RMO A; 2XMF A; 1HJD A; 1RLQ C; 2CUB A; 1ZX6 A; 3NMZ C; 2DL8 A; 1CSK A; 4HVU A; 1U3O A; 2D8J A; 2G6F X; 4J9D A; 2BZ8 A; 5I22 A; 2O88 A; 2EBP A; 2L3P A; 4AFS C; 2DL4 A; 2DVJ A; 4RTW A; 5HCK A; 1NM7 A; 1X27 A; 4RUG A; 4RTV A; 4RTT A; 1UFF A; 2ROT A; 2ED1 A; 1T3S A; 2ESW A; 2DJQ A; 1WXB A; 1T0H A; 4D8D A; 2YSQ A; 4JZ3 A; 2CT3 A; 2KRO A; 2K6D A; 1AVZ C; 2BZY A; 1GBQ A; 4J9G A; 2K7A A; 1TUC A; 1WFW A; 1M3A A; 1JXO A; 5FW9 A; 1H92 A; 4AG1 C; 1PRM C; 1ZUY A; 2ABL A; 2ROL A; 2K9G A; 1NG2 A; 2DM1 A; 4LNP A; 3REB B; 1WXT A; 2KGT A; 5IXB A; 1AEY A; 2C0O A; 2DE0 X; 4RTZ A; 2HCK A; 1SEM A; 3H0I A; 2DIL A; 2MOX A; 4HVW A; 2L2P A; 4GBQ A; 3VRZ A; 2ECZ A; 1PHT A; 2AKL A; 1VA7 A; 4J9B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1F1B B; 3CEY A; 2EQJ A; 1ZQ1 A; 1VQ7 T; 4XTW A; 1K8A U; 5HKC A; 2D0N A; 1M3C A; 1D0Y A; 1KK7 A; 2LCL A; 3VS4 A; 3JB9 F; 1T3L A; 4RTY A; 2JMA A; 5CVI A; 1KIK A; 1VQ4 Q; 2D0Q B; 4F7U G; 4M78 F; 3PIO A; 2EKH A; 1ARK A; 4XTU A; 2DJZ A; 4OMN A; 1UJY A; 2HBW A; 2KNB B; 3JCM e; 1GFC A; 2RNA A; 4PJO G; 2IVW A; 1X01 A; 1K1Z A; 2WSF E; 4KGV B; 4ELZ C; 3RKX A; 2P4R A; 1M5Q 1; 1X2Q A; 1BKB A; 3C95 A; 4LDW A; 3JCM X; 2DZ9 A; 2ZZD A; 2AKK A; 1QLY A; 4M7D A; 3G4S T; 3PVQ A; 2DYB A; 2OJ2 A; 3BDL A; 4J8O A; 5GAN d; 2H3J A; 3I55 T; 3NTI A; 1W2B S; 4KT0 E; 3M57 A; 4B9X A; 1VYV A; 2YRD A; 5GAN j; 1M1F A; 2E70 A; 2AIR B; 3RUX A; 2VXF A; 4OMQ A; 2K2M A; 3RDV A; 1X6G A; 1M4Z A; 3I35 A; 3CCL Q; 2O9S A; 1SF9 A; 3VS1 A; 4DOV A; 1Q95 G; 5J26 A; 2A28 A; 3X28 B; 5LJ5 f; 3HPW A; 1TUG B; 1UTI A; 1UB4 A; 4LXC A; 3V8L A; 3CCJ T; 2K5I A; 4C5G A; 4M7D G; 5EG2 A; 4FYX B; 1VQM Q; 5IT9 E; 3VU3 C; 2KXD A; 4J9H A; 1KC8 C; 1WHM A; 2E65 A; 5KE3 A; 1VQL A; 4ESR A; 3X24 B; 2ZPH B; 4OF1 A; 2XDB A; 2HD0 A; 1WPY A; 1VQK Q; 3CBM A; 4DA4 A; 1IHW A; 4OMM A; 1E6H A; 1YJN A; 1PCX A; 2YHT A; 1NPP A; 1RAF B; 1JQQ A; 2A7Y A; 4IIO A; 4JJB A; 2L3S A; 1LNX A; 4NOY A; 2V8J A; 4C8Q F; 5A0D A; 3CCU T; 4OMP A; 5LL6 S; 2E4H A; 3QKJ A; 4M7A E; 3HTR A; 1K8A C; 2LTO A; 4ELY C; 3CME T; 2J6O A; 4NL2 A; 3NFC A; 4F14 A; 2RM4 A; 4XAX B; 4R56 A; 2RQR A; 3MET A; 3BY7 A; 3CPW P; 2COW A; 3VUB A; 5GAM h; 2R58 A; 4XTV A; 2K3B A; 5GMK i; 3OS5 A; 4BDY A; 4JUV A; 4X1V A; 2DFU A; 3CMA A; 3BE3 A; 3JCM W; 1KQS A; 1ZSZ B; 3RNJ A; 2NLU A; 2QEX Q; 5GAN 8; 1ZBJ A; 2RHI A; 4BB7 A; 1UDL A; 3E19 A; 1XOV A; 1VQ9 T; 2JMC A; 2BUD A; 2AT1 B; 4EMK B; 2NUT A; 2ZPG B; 4J6Y A; 4M75 F; 1TUD A; 1OEB A; 4AG2 C; 3RER A; 1LVK A; 4XU3 A; 5AT1 B; 3CBO A; 4EPC A; 5FRN A; 4BE1 A; 1YWO A; 3OYJ A; 2A08 A; 1C1A A; 2LC4 A; 2PNI A; 2DA9 A; 4FL6 A; 2CS7 A; 1KJW A; 1QVG S; 3REA B; 4NL3 A; 2FL7 A; 3OMG A; 2CP6 A; 3VV0 A; 3ULR B; 5GMK j; 2HEQ A; 2XG8 D; 1W6X A; 1ZSZ C; 5D6W A; 1BIB A; 2JM9 A; 2CKK A; 5I11 A; 2FG0 A; 4C5H A; 4HCC A; 2H3E B; 1G3W A; 4BD3 A; 1QVP A; 1Y96 A; 3PE0 A; 3EG1 A; 4M7A B; 2YRC A; 2JZ2 A; 1RAB B; 2CH4 A; 3HFO A; 4EMK C; 1X75 C; 1ZUU A; 2J6K A; 4ANJ A; 1W2B P; 1EX4 A; 2VKN A; 1XTD A; 4X34 A; 3M0P A; 1OPK A; 1YFN A; 4C5I A; 3G6E Q; 3QZ9 B; 3EGX A; 3C12 A; 2LNH B; 1RAD B; 1VQN T; 4QVC A; 2JS0 A; 5GAN 4; 2COY A; 2V26 A; 1R8O B; 3M4Y A; 1QCN A; 1MUZ A; 1TU0 B; 2IIM A; 5GAN h; 2GF7 A; 1QWF A; 2YLB A; 1OX8 A; 1WXU A; 2FZK B; 1MMD A; 1WYX A; 3THK A; 4KH0 B; 1Y96 B; 2GFA A; 3CCL A; 3O8V A; 3HRS A; 1R0B G; 3JB9 J; 2KT1 A; 1O9S A; 3CCV T; 1QVF S; 4KH1 B; 4KGZ B; 2VWF A; 2O01 E; 1TG0 A; 4LUE A; 2P4T A; 1MMG A; 1VQ6 T; 4M7A C; 1YIJ Q; 1B34 B; 4J6W A; 5FLX E; 2RHY A; 5A0L A; 4LDX A; 1WJS A; 2RK1 A; 4J9I A; 3SD4 A; 1K76 A; 2YWW A; 1BI1 A; 3EGX B; 4N4H A; 4GY5 A; 3E2U A; 2HKQ B; 2L8D A; 3JSC A; 3R6N A; 5GAM f; 2OTL T; 5CK9 A; 1KQ1 A; 2LVM A; 4QVD A; 1H64 1; 4DBH A; 4BDZ A; 1VQK A; 3VS6 A; 1G5V A; 3OYF A; 1YHQ T; 1GCP A; 3SDZ A; 3UA6 A; 3VYG A; 1WIE A; 3VKI A; 2DZC A; 2G3R A; 5C0M A; 3SEM A; 1HJD A; 1RLQ C; 2CP0 A; 2CUB A; 3GLX A; 1H3Z A; 2DL8 A; 2QA4 T; 4HVU A; 4XTY A; 2X51 A; 1U3O A; 2RD1 A; 4PLL A; 3E9F A; 5GAN 7; 3A8H B; 5I22 A; 1KQ2 A; 2EBP A; 4PNO A; 3A8G B; 1WJR A; 3T9N A; 3EGD A; 4RTW A; 3Q1J A; 1OU8 A; 1NM7 A; 2X4J A; 1X27 A; 1KD1 C; 4RTV A; 3JCM d; 1UFF A; 3OS1 A; 3ZBD A; 2ED1 A; 3INZ A; 2DJQ A; 1VQO Q; 1JJ2 S; 2V8I A; 4PK4 A; 3CCQ T; 2CT3 A; 2KRO A; 4JRI A; 1VQ8 T; 1TUC A; 1WFW A; 3JCM Q; 3MHX A; 3QUI A; 2ZPF B; 3C94 A; 1PRM C; 3BW1 A; 4DBF A; 1ZUY A; 2ROL A; 1NG2 A; 1AT1 B; 3REB B; 1ZA2 B; 2EJF A; 2NUP A; 1PD0 A; 3HP9 A; 2HCK A; 1LPL A; 3OYI A; 3GP8 A; 1DJ7 B; 1SEM A; 1YIT A; 3JCM V; 3H0I A; 4M77 D; 2CGH A; 2DIL A; 2DPP B; 3HKS A; 2KSS A; 3CCE Q; 3MP6 A; 1BCO A; 4GBQ A; 3VRZ A; 1BI2 A; 2AKL A; 2X9H A; 4B6M A; 2VXE A; 2QQ9 A; 1JB0 E; 4KUL A; 3LX7 A; 1Z9Q A; 2QEX A; 3CCS T; 2F2W A; 1UGR B; 3JB9 D; 2V1Q A; 4R0K A; 2QK0 A; 1W70 A; 4ZGE B; 1BI0 A; 5A2Q E; 2L5Q A; 6AT1 B; 1U1S A; 2F2V A; 5L23 A; 2LJ3 A; 4M78 D; 5CIU A; 3MEA A; 4DEY A; 1M30 A; 1IB8 A; 2E5K A; 1Y57 A; 5I2S A; 4F7U E; 2J6F A; 1RUW A; 2JTE A; 2BTT A; 3QG1 A; 4OML A; 3A8L B; 4XU2 A; 3JCM b; 2A36 A; 3QYG B; 3PMT A; 2FO0 A; 1QVG P; 4C0Z A; 2RI5 A; 1FMK A; 1VIF A; 3LYI A; 3PVL A; 3AT1 B; 4PJO E; 2R5A A; 3VUZ A; 1M27 C; 1ZBX A; 4J7I A; 1WHJ A; 3L2V A; 2O9V A; 5IN1 A; 3RR6 A; 1RAC B; 3UPU A; 3EHQ A; 4LD6 A; 4FIB A; 4C8Q G; 2LP5 A; 5C6S A; 1U1T A; 5D7U A; 4HCK A; 3KXT A; 1FX7 A; 2DXC A; 1PD1 A; 2EVR A; 5ECA A; 3PGG A; 4AMC A; 4FM4 B; 1KSW A; 1XQH A; 4E47 A; 1G83 A; 1LJO A; 1FXX A; 1IHV A; 1I0C A; 2FPD A; 4ZTJ A; 4E7J A; 1M8V A; 1WX6 A; 2W10 A; 5J39 A; 1U8R A; 4Z89 A; 3CCR Q; 5GAO m; 1Q82 C; 2HMA A; 4OMO A; 4M75 A; 2I0N A; 4Y28 E; 5HY6 A; 4C0G A; 3TRE A; 2QG9 B; 2RF0 A; 3G6E A; 1VQP T; 1MND A; 1YJ9 T; 1YI2 Q; 2ATC B; 2FEI A; 1PWT A; 3G1J A; 3CC7 Q; 2AHJ B; 4PJL A; 3LW5 E; 9ATC B; 3CPW S; 2LRQ A; 2E5Q A; 3G71 T; 3S3O A; 1ABO A; 2KRM A; 4M7A F; 3MJX A; 1AWX A; 2MAM A; 4C92 F; 2RJD A; 1WI7 A; 2CZ6 B; 3QPH A; 4M7D E; 2MI6 A; 1YNZ A; 2KYM A; 2AZS A; 3TVT A; 2EGE A; 2P0K A; 1IRE B; 2DET A; 1BB9 A; 4PFZ A; 1N9R A; 1WZO A; 3V7S A; 1FMW A; 1WHL A; 2O31 A; 4M77 F; 3DLL A; 1G3S A; 2COZ A; 2ZPB B; 1H8K A; 3CC2 T; 3DB3 A; 3GBQ A; 4OGC A; 3OYH A; 1SRM A; 2HQE A; 2YRV A; 4M75 G; 2F2X A; 1TTH B; 1NYF A; 2DLP A; 3SWN A; 3RKY A; 4C8Q D; 3RMS A; 1KG1 A; 3LLR A; 3SHW A; 1OV3 A; 3QDR B; 4F7U B; 1YN8 A; 3DB4 A; 3OYM A; 3V8J A; 3CCM T; 2LJ1 A; 4OB0 B; 5FWC A; 2VAS A; 4PJO B; 5KYW B; 2LCC A; 3M58 A; 4J83 A; 2EWN A; 4D8K A; 5FRO A; 2JW4 A; 1I5L A; 1Q86 U; 2DD4 A; 3FLG A; 4LUD A; 4Z8A A; 3QBY A; 3CBP A; 1JJ2 P; 1VOM A; 4LN2 A; 4DQ2 A; 2P84 A; 4J9F A; 4XTX A; 1VQO A; 2KR3 A; 3H0H A; 3TCJ A; 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