The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
MLTAEDKKLIQQAWEKAASHQEEFGAEALTRMFTTYPQTKTYFPHFDLSPGSDQVRGHGKKVLGALGNAVKNVDNLSQAMAELSNLHAYNLRVDPVNFKLLSQCIQVVLAVHMGKDYTPEVHAAFDKFLSAVSAVLAEKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structural and functional analysis of the hemoglobin D component from chicken.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
|
| molecule keywords |
PROTEIN (HEMOGLOBIN D)
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| total genus |
52
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UHB A; 1K0Y B; 1CH4 A; 1QPW B; 1RQ3 B; 1Y8W A; 5ILE A; 1XZV A; 2LH1 A; 3GQR A; 1O16 A; 3W4U A; 3WCV B; 1YCA A; 1JW8 A; 5E83 A; 1Y0A A; 1HDA B; 1J7W A; 1G0B B; 2G10 A; 3ED9 A; 3U3E A; 3A5B A; 1AJG A; 4WJG 1; 2ZT3 A; 2LHB A; 2ZLU A; 3UH5 A; 3KUO A; 1S61 A; 1UVY A; 3E5O A; 5EQM A; 1SHR B; 1XZU B; 1UX9 A; 3WTG A; 1FAW A; 3QJB A; 1MLQ A; 2HBF B; 2DC3 A; 4NZI A; 1MLS A; 2EKU A; 4FC3 A; 1M9P B; 5E29 B; 2ZSY A; 1O1M A; 2W31 A; 4F4O A; 2HBC A; 1YEQ A; 1MNO A; 1Y46 B; 4KJT A; 5CNB A; 2FRK X; 5EUI B; 1OUT A; 4MQJ B; 2H35 B; 5D5R A; 3UHZ A; 2ZFB B; 4MAX A; 1CG5 A; 3DHT B; 1KD2 B; 3UHV A; 3ZJO A; 5KER B; 4TWU A; 2IN4 A; 1THB B; 2PEG A; 3WCV D; 1YHR A; 1Y4B B; 2G0X A; 1EMY A; 5SW7 B; 2LH3 A; 2G0R A; 1N9X A; 1XZ5 B; 2AV0 A; 3CIU B; 1YMC A; 3S65 A; 1V4U B; 3QJC A; 3VRE B; 1JEB B; 1D8U A; 1DO1 A; 2BLH A; 2ZFO A; 5EE4 D; 1LFY B; 5KDQ A; 1GCW A; 2MBW A; 1YOI A; 4XS0 A; 2QSP A; 5MBN A; 1N9H A; 1MWC A; 5EOH A; 1JWN A; 4ROM A; 3UHE A; 3PEL B; 2D5X A; 4YU4 A; 1RPS A; 4MQG B; 3NMM A; 1RVW B; 4O35 A; 1F5P A; 1IWH A; 1DWS A; 105M A; 1MBA A; 1Y5J A; 4MXL A; 3CY5 A; 4HSW A; 1MLM A; 1CP0 A; 1A4F B; 1YFF A; 5ILR A; 1NZ5 A; 2D2M B; 1UIW B; 1OBM A; 2ZLX B; 1YH9 A; 4SDH A; 1BZZ B; 1C7D A; 4KMV A; 2ZS0 C; 4FH6 A; 2ZT4 A; 3QZZ A; 1YEN B; 2G11 A; 1LJW B; 1NQP A; 4PQB A; 1A00 A; 1N9F A; 1FHJ B; 4U8U A; 1NAZ A; 1MYJ A; 3MJP B; 1MLJ A; 3QJD B; 1KFR A; 5AZR A; 3M38 A; 1RSE A; 4HHB A; 1GJN A; 1Y0D B; 2QFK A; 1MLK A; 3LR7 A; 1Y0C B; 3HEO A; 1YGF A; 3FH9 A; 4XDI A; 1BIN A; 2XYK A; 1A9W E; 2WTH A; 2VEB A; 1CP5 A; 3O89 A; 5CMV A; 3G4W A; 4HRT A; 3HEN A; 3QJE A; 4DWT A; 2GNV A; 1FN3 B; 4MQI B; 2V1K A; 3ARK A; 1S0H A; 1XZ4 B; 3UH7 A; 1QXE A; 3WCP A; 2BK9 A; 2R4Z A; 3BJ3 B; 2D2M D; 1R1X A; 4MQK B; 1DXU A; 5HLU A; 3ECX A; 2B7H B; 2HCO B; 2ZT0 A; 1NPF A; 1Y4F B; 3D1A B; 2W6W A; 3PIA A; 5AZQ A; 1UFJ A; 4L2M A; 5CNG A; 3AQ8 A; 2HHD B; 5EE4 C; 1YEV B; 1HDS B; 2HHB A; 4N7N B; 3LB2 A; 1NS9 B; 1HAB B; 1T1N B; 1YE2 B; 2VM0 A; 3SDH A; 3D17 A; 3HHB A; 3H58 A; 2DHB B; 3D1K A; 1Y4V A; 2RAO B; 1EW6 A; 2G12 A; 1IOP A; 3HEP A; 4YU3 A; 3IXF A; 3LB4 A; 4N7O A; 2HZ1 A; 3WCU B; 1HBR A; 2JHO A; 1ECD A; 2ZS1 A; 3UH6 A; 1CMY B; 1C40 A; 1YDZ B; 1HCO B; 1LH5 A; 1LFT A; 1VXC A; 3MJU B; 2PGH A; 2HBS B; 3A0G B; 4C44 A; 3RJ6 A; 1ABY A; 2EF2 A; 1YHU A; 1IRD B; 1GBU B; 1VXE A; 1YGD B; 1YG5 B; 4ZVB A; 1YEU B; 3IC0 B; 5CND A; 1RTE A; 5JOM A; 1Y7D A; 2BNL A; 4F68 A; 2VYY A; 1J40 A; 102M A; 5ILM A; 5C6E A; 1A9W A; 2MGM A; 3WR1 A; 5HU6 A; 3KMF C; 3WHM B; 4X0L A; 2QMB B; 3GQP A; 1Y5F A; 108M A; 1MYF A; 2MHB B; 2M6Z A; 1Y0W A; 1A3N A; 1DXV B; 1MOH A; 2R80 B; 4ROL A; 3R0G A; 3G52 A; 101M A; 5F0B A; 4MQC A; 1MYZ A; 1HLB A; 2ZLW A; 3DHR A; 2HHE B; 3D7O B; 1S69 A; 3PI9 B; 1B86 B; 3VRF A; 3BCQ B; 3WCU D; 3LB1 A; 1IBE B; 3PI8 A; 1QI8 B; 1MBO A; 3WFU A; 1L2K A; 1O1P B; 1MDN A; 2QLS A; 3R5I A; 1MOD A; 5AB8 A; 1G08 B; 3V2V A; 3B75 A; 4NI0 B; 1A6M A; 3QZX A; 1YMA A; 103M A; 4F6D A; 1YVQ B; 3UHN A; 1Y4G A; 2MYB A; 3GKV A; 3UBC A; 3WCW B; 1FSL A; 2ZLT B; 3EU1 B; 2G14 A; 1ECN A; 1HGB A; 1MLL A; 1A01 A; 2XKG A; 1MLU A; 2D2N C; 1HBB A; 1DLW A; 1O1L A; 1H1X A; 1J7Y A; 1WMU A; 1G0A A; 3MKB B; 4ILZ A; 2ZSP A; 2LH5 A; 1BUW A; 1MKO B; 1Y7Z A; 1A0Z A; 5EU2 A; 1X3K A; 2G0Z A; 3P5Q A; 5D1V A; 3PI2 A; 1OUU A; 4JYQ A; 3GK9 A; 3QM6 A; 1Y8H A; 3ZJS A; 4NI1 A; 111M A; 1JPB A; 1SDK A; 1VRF A; 2OH9 A; 7HBI A; 5E6E A; 1HGA B; 1JF3 A; 1UFP A; 3UHK A; 1FLP A; 1Y7G A; 2VLZ A; 4MBN A; 3K9Z A; 3D4X B; 5CN7 A; 2ZLV A; 4O4T A; 3WCW D; 3ZJJ A; 110M A; 1SDL B; 2AUP A; 1DXT A; 1MYH A; 4O1T A; 1CG8 B; 1EWA A; 3UH3 A; 1JY7 B; 3NFE B; 3IC2 A; 1J7S A; 1LHT A; 1A6N A; 2W72 B; 2D60 B; 1YZI A; 1OR4 A; 2EKT A; 3FS4 A; 3PT8 A; 2XKI A; 4M4B B; 3DUT B; 1XQ5 B; 3QM9 A; 1U7S A; 1ECA A; 3WI8 A; 4MXK A; 1Y4Q A; 1X9F A; 1YE0 B; 5JDO F; 1YVT B; 1HBS A; 1PBX B; 1GVH A; 4VHB A; 1NZ3 A; 6HBW A; 4AVD A; 3WCU C; 1HRM A; 2VHB A; 2IG3 A; 2GL3 A; 3IA3 B; 2ZWJ A; 1Y8W B; 1NGK A; 3HRW A; 1XZV B; 3GQR B; 1HBH A; 1M6M A; 2MYA A; 1YIE A; 1DKE A; 1Y5K A; 2H8D B; 5IKS A; 3UHU A; 1R1Y A; 5E83 B; 1Y0A B; 1IT3 A; 4IT8 A; 4NS2 A; 1BVC A; 4N8T B; 1J7W B; 2GRF A; 1MLR A; 3BOM A; 2ZLU B; 3WCT A; 3MYM A; 3MVC A; 4H0B A; 2Z6N B; 1VXG A; 1Y45 B; 4MPM A; 3V2Z A; 3M39 A; 3ONZ A; 3E4N A; 1LFZ B; 2ZS0 A; 2R1H A; 4ESA A; 2CMM A; 4FC3 B; 1SWM A; 1O1M B; 1GBV A; 4F4O B; 2HBC B; 1CBL A; 1HAC A; 1OUT B; 3SZK A; 1DO3 A; 2VYZ A; 3DR9 A; 1MLO A; 3A59 B; 3QQQ A; 3ZJM A; 2PEG B; 1YHR B; 3E55 A; 3AG0 A; 1Y35 B; 3LQD A; 2MYC A; 1JL6 A; 1OR6 A; 1Z8U B; 3HYU A; 3AT6 B; 2VEE A; 3OO4 A; 3S65 B; 3QJC B; 2YRS A; 1ABW A; 1MTJ A; 3ZJI A; 2ZFO B; 1RQ4 A; 1GCW B; 4XS0 B; 2QSP B; 4FWY A; 1MLG A; 1DTM A; 1QPW A; 4ROM B; 2AUO A; 3PT7 A; 1DO7 A; 2D5X B; 2NSR A; 4HRR A; 1RQA A; 4DC7 A; 4YU4 B; 1RPS B; 5JDO D; 3NMM B; 2AV3 A; 2H8F B; 1IWH B; 5ILP A; 1XCH A; 1CH3 A; 2HZ2 A; 1Y5J B; 2C0K A; 2DN3 A; 3CY5 B; 1X9F C; 1XY0 A; 4MQH A; 1YFF B; 3LHB A; 1GDL A; 2V1J A; 4DWU A; 1I3E A; 3ZJN A; 3TM3 A; 1Y4P B; 3UHC A; 3ODQ A; 1NQP B; 1OFJ A; 1Y8I A; 1MNK A; 4U8U B; 1SPG A; 1Y83 A; 3ZJR A; 4JAC A; 4KMW A; 2DN1 A; 5E29 A; 1M9P A; 2VRY A; 3WCT C; 3ZJL A; 1LH6 A; 1V75 A; 5EUI A; 5JGG A; 4HHB B; 3GOU A; 4H2L A; 1YGF B; 1FSX A; 1NEJ A; 2G0S A; 2XKH A; 1THB A; 2W6V A; 4F6F A; 2HBG A; 1LFV A; 1Y4B A; 3UHI A; 4HRT B; 2Z6S A; 3QJE B; 5SW7 A; 1PMB A; 3KMF A; 1XZ5 A; 3UHS A; 3AQ7 A; 1MOC A; 1S6A A; 1S5Y A; 1MLN A; 1QXE B; 1Y31 B; 1ITH A; 1NS6 B; 3QMA A; 4WJG A; 1QSI A; 1YHE A; 2OLP A; 3PEL A; 1RVW A; 3PIA B; 2MGL A; 4U8U D; 1FCS A; 1JL7 A; 3S66 A; 1HGC A; 1Y8K A; 1MBI A; 1FDH G; 2HHB B; 1Y09 A; 1CH1 A; 2ZSO A; 4FWZ A; 3LR9 A; 1CQX A; 3D17 B; 3HHB B; 2NRL A; 1MCY A; 1O1J A; 2ZLX A; 3VHB A; 1VXH A; 1V4X A; 2O5Q X; 3D1K B; 3EOK A; 1Y4V B; 3GQG A; 1LJW A; 3WCV C; 4YU3 B; 1MLH A; 4N7O B; 2MGH A; 3HF4 B; 1HBR B; 3MYN A; 104M A; 3G4Y A; 1ECO A; 2ZS1 B; 1C40 B; 1A0U A; 1HHO A; 3GYS A; 5EET A; 1LFT B; 2FRJ X; 2GLN A; 1DXD A; 2D2N A; 1YHU B; 4N7P B; 1Y2Z A; 1VRE A; 1Y0D A; 1W92 A; 2BW9 M; 2R4X A; 3ASE A; 1VWT A; 4O2G A; 1H97 A; 2MB5 A; 4IRO A; 5C6E B; 3WR1 B; 1DM1 A; 1MYI A; 4X0L B; 3GQP B; 5CNF A; 1Y5F B; 3UHR A; 3BJ1 A; 2V1G A; 1Y4R A; 5HAV A; 3MN0 A; 4NXC A; 3GDJ A; 1A3N B; 4ODC B; 3ECZ A; 4O4Z A; 3BJ3 A; 2GTL B; 4ROL B; 2DXM A; 1BZ0 A; 1AJ9 A; 2W6Y A; 4MQC B; 1O1N B; 1J52 A; 2EVP A; 2ZLW B; 3DHR B; 3UGY A; 1O1I A; 1V4W A; 3D1A A; 1V5H A; 4LPI A; 2SPO A; 1G9V B; 1O1K A; 2QU0 A; 2ZSZ A; 1HDS A; 4N7N A; 3R5I B; 2MGE A; 3B75 B; 1K1K A; 1YE2 A; 4NXA A; 1YHU D; 2ZT1 A; 3M3A A; 3GKV B; 1HBG A; 1Y01 B; 3S1I A; 1A3O A; 1URV A; 1YEO A; 3WFW A; 3A5G A; 1XXT A; 3G4Q A; 3WCU A; 1YIH A; 1YMB A; 1YDZ A; 2LH6 A; 1GLI B; 1HBB B; 1V07 A; 2ZST A; 2NSS A; 2VLY A; 1MGN A; 1O1L B; 1BIJ A; 1J7Y B; 3BJ2 B; 1Y0T A; 1WMU B; 2D2M C; 2SPM A; 2GTL D; 1G0A B; 1MTK A; 1YG5 A; 1YEU A; 3IC0 A; 2D5Z A; 2BMM A; 1Y7Z B; 1A0Z B; 3P5Q B; 1XZ2 B; 3ARL A; 1ASH A; 3UHY A; 1G09 B; 4MBA A; 1HJT A; 1BJE A; 1LFQ A; 2BWH A; 4NI1 B; 1MWD A; 1SDK B; 1DO4 A; 1MZ0 A; 5E6E B; 3HXN A; 1DXV A; 4PQ6 A; 4H07 A; 1Y7G B; 1J3Z B; 2O5B X; 1TES A; 3S1J A; 5CHQ A; 3OK5 A; 4F69 A; 2E2Y A; 1VXB A; 1DXT B; 4L7Y B; 1TU9 A; 1JP6 A; 4G51 B; 1S5X A; 3IC2 B; 2HHE A; 1LH2 A; 3BCQ A; 1NIH A; 2QSS A; 2MYD A; 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3TM9 A; 2MGF A; 4C0N A; 2H8D A; 4MU5 A; 4FWX A; 1XZ7 A; 1BBB A; 2ZSS A; 5C6Y A; 1Y22 A; 4N8T A; 2W6X A; 1MOB A; 2DN3 B; 1XY0 B; 4MQH B; 3WCW C; 3ORD A; 2HBD A; 3PI1 A; 3K8B A; 2Z6N A; 1C7C A; 1LA6 A; 1Y45 A; 1MYG A; 5KDQ B; 3ODQ B; 2ZT2 A; 1MBN A; 1K0Y A; 2MGD A; 1Y8I B; 2MGK A; 1RQ3 A; 1DUK A; 1LFZ A; 2O58 X; 3ZJQ A; 1SPG B; 1Y83 B; 1BZR A; 3WCV A; 3BA2 A; 2DN1 B; 5CN5 A; 1M6C A; 1HDA A; 1G0B A; 1V75 B; 5JGG B; 4HSX A; 3GOU B; 1JZK A; 4H2L B; 1FSX B; 1NEJ B; 2MGB A; 1SHR A; 1YH9 B; 1XZU A; 2ZSQ A; 2W6V B; 3A59 A; 1C7D B; 2GRH A; 3K3U A; 1YOG A; 1LFV B; 4G1V A; 1Y35 A; 3MOU A; 2HBF A; 4F6J A; 2FRF A; 1A00 B; 3AT6 A; 4TWV A; 1S5Y B; 1J3F A; 3ZJH A; 2WTG A; 107M A; 2OH8 A; 1MNH A; 1Y46 A; 1LUE A; 2FAM A; 2ZFO D; 2ZSX A; 2W72 C; 1QSI B; 4MQJ A; 3OZU A; 1YHE B; 2H35 A; 2ZFB A; 3FH9 B; 1LH7 A; 3DHT A; 1KD2 A; 4AVE A; 1MNJ A; 2H8F A; 5KER A; 1HBI A; 2GKM A; 1F63 A; 3OZW A; 3S66 B; 1HGC B; 1Y8K B; 3VAU A; 1YCB A; 1MOA A; 1Y09 B; 1HSY A; 2QFN A; 1S0H B; 1NPG A; 3CIU A; 5CHR A; 1V4U A; 3VRE A; 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