The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
143
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structure length |
143
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Chain Sequence |
VHWTAEEKQLITGLWGKVNVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAILGNPMVRAHGKKVLTSFGDAVKNLDNIKNTFSQLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLAAHFSKDFTPECQAAWQKLVRVVAHALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen storage/transport
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| molecule keywords |
PROTEIN (HEMOGLOBIN D)
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| publication title |
The structural and functional analysis of the hemoglobin D component from chicken.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
53
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| structure length |
143
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| sequence length |
143
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5D5R A; 1YVT B; 2SPO A; 1QPW A; 2GL3 A; 2OH8 A; 3LQD B; 1J40 A; 2XKI A; 1UC3 A; 4ROM A; 2MGA A; 2VLZ A; 5JOM A; 4FH7 A; 1GCV B; 4JYQ A; 3V2V A; 4F69 A; 1VXD A; 3W4U B; 1ECD A; 3VHB A; 3WCU B; 1NZ2 A; 1BZP A; 1BUW B; 1Y0T A; 1U7S A; 2GTL C; 4MQI A; 2XKH A; 2QLS A; 1YEO B; 3LR7 A; 1NIH A; 2R4W A; 2MHB A; 5CN8 A; 1A9W A; 2D2M C; 1MBC A; 2G0Z A; 4IT8 A; 1ASH A; 1PMB A; 3DR9 A; 3QZX A; 1LFZ A; 2DHB A; 3S66 A; 2RAO B; 3UHH A; 2OHB A; 2ZFO C; 3M3A A; 2BW9 M; 1A00 B; 2MYC A; 4TYX A; 1XY0 A; 2HBF A; 3WCV C; 4N7O B; 1V4U A; 1Y5F A; 1T1N B; 1IRD A; 3HF4 B; 3QM9 A; 2V1F A; 2OH9 A; 4KMV A; 1GBV B; 1LFY A; 1A01 A; 4MQC B; 1CPW A; 1RVW B; 3ECL A; 1Y4Q A; 1J7S A; 5SW7 A; 5KER B; 1SHR A; 1VXF A; 5ILE A; 1YGD B; 4NXA A; 1Y09 A; 5HLQ A; 1EBT A; 1THB A; 1Y4P A; 5F2A A; 1VWT A; 1LFQ B; 3MJP A; 5EE4 C; 4O4Z A; 1LFT A; 2R4Y A; 5CNC A; 2BMM A; 1MNO A; 4X0L A; 3M39 A; 1S61 A; 4FWZ A; 1A6M A; 1YG5 A; 3DHR A; 2R80 A; 1Y2Z B; 1Y31 A; 4MXL A; 2QU0 B; 3WCU C; 3PI9 A; 4SDH A; 1YFF B; 5HY8 B; 3ONZ A; 1BZ0 A; 4XS0 B; 1OUU A; 1HBH B; 6HBW B; 2FRK X; 2W6W A; 1OFK A; 4O4T A; 2OIF A; 3PI2 A; 3HEN A; 3D17 A; 1Y4R A; 4N7P A; 3NMM A; 1XZ7 B; 1YHU B; 3P5Q A; 2AUQ A; 2G10 A; 104M A; 1CQ2 A; 3K8B A; 2MGF A; 5ILM A; 1JZM A; 1Y85 A; 3QJE B; 1QSI B; 5EET A; 4F6I A; 1OR6 A; 2GTL A; 1A3N B; 1C7C B; 1QXD B; 2WTH A; 1BJE A; 1GJN A; 4GZG A; 3ECZ A; 2D2M A; 1NS9 A; 4HRT A; 1OFJ A; 3PI3 A; 1YVQ B; 2ZS1 D; 2ZSZ A; 3IC0 B; 3OO4 A; 3QM5 A; 2VLY A; 1MWD A; 2ZFO A; 1MLF A; 1XXT B; 4WCH D; 1XZ4 A; 1O1N A; 3WCW D; 2FRF A; 1I3E A; 3WCV A; 1Y8W B; 4O2G A; 4DWU A; 2VLX A; 4F4O A; 5C6E B; 2HZ3 A; 4ZVA A; 1C7B B; 2W6Y A; 3ARJ A; 2D5Z B; 3MYN A; 1MLK A; 1VHB A; 2ZSX A; 1YEV A; 1Y46 A; 2GNW A; 1YE2 B; 3WFT A; 1YMB A; 1GLI B; 1RQA A; 1MLQ A; 1OBM A; 1LTW A; 3GQG B; 1R1X B; 2O5M X; 1YVT A; 2HCO A; 3LQD A; 2MB5 A; 1A9W E; 1GCV A; 3BOM A; 1YHU C; 4UZV A; 2Z6N B; 3W4U A; 1GCW B; 3UBC A; 3WCU A; 1IBE B; 1FHJ B; 1XCH A; 1CBM A; 1LH3 A; 5JDO C; 5MBA A; 2BLH A; 5EUI B; 1BUW A; 5E6E B; 1YE0 B; 1DXV A; 2RI4 B; 1AJG A; 1YEO A; 2W72 B; 1HHO A; 1CH1 A; 1Y8H B; 1FN3 B; 1HV4 B; 2BNL A; 2GKM A; 2SPL A; 1O1M B; 1J3Z B; 5CHQ A; 2RAO A; 1X9F C; 1YDZ B; 1QI8 B; 2V1H A; 1XZV B; 2QSS B; 3NFE A; 1JW8 A; 1A00 A; 1Y0A B; 1MYI A; 3UH3 A; 1CG5 A; 2XYK A; 3VRF A; 1HLB A; 4N7O A; 1GDL A; 5D1V A; 4NK1 A; 1T1N A; 1OJ6 A; 3HF4 A; 3RJ6 A; 3TM9 A; 1Y0W B; 4MQC A; 1GBV A; 1ABS A; 1RVW A; 2G3H A; 4F68 A; 1V9Q A; 1Y22 B; 5KER A; 4MQH B; 1Y7G B; 2ZSQ A; 1NGK A; 4DWT A; 4KJT A; 2GRH A; 2VYY A; 2DN2 A; 4ODC B; 1O1L B; 1S5X B; 3OZU A; 2ZLV B; 1C40 B; 1LFQ A; 1DWR A; 1A6K A; 3WTG A; 1NPG A; 3PIA B; 4HSX A; 1FAW B; 1JP8 A; 3GQR B; 2O5O X; 3D4X B; 3R5I B; 2QRW A; 1LH2 A; 1B86 B; 1Y2Z A; 1Y4B B; 2DN1 A; 2QU0 A; 5HU6 B; 3AQ6 A; 1FDH G; 2PGH B; 1YFF A; 4QAU A; 5HY8 A; 1YIH B; 4XS0 A; 3WHM B; 4HSW A; 4AVE A; 1NXF A; 1HBH A; 6HBW A; 2G11 A; 1WMU B; 1MYM A; 1XYE B; 3ZJL A; 3ZJM A; 1Y7C B; 1C7D B; 4MQJ B; 1MYH A; 5F0B A; 1XZ7 A; 5B85 A; 1YHU A; 1LFL B; 5KKK A; 1N9F A; 3ZJJ A; 2ZS1 B; 3QJC B; 3QJE A; 3ARK A; 1JDO A; 1A3N A; 1C7C A; 1NWN A; 2R4Z A; 1QXD A; 2H8F B; 3UHU A; 3WCW B; 1VXB A; 1CO9 A; 2B7H B; 1UFP A; 1AJ9 B; 1NEJ A; 1Y8K A; 105M A; 3UHD A; 2Z6S A; 1FCS A; 3ARL A; 5E83 B; 3MN0 A; 2HZ2 A; 3G53 A; 3BJ2 B; 3PI4 A; 2EB9 A; 1YVQ A; 4OOD A; 1MTI A; 3IC0 A; 1MBN A; 6HBI A; 3DHT B; 5CNE A; 4HBI A; 1XXT A; 1V4W B; 5CNB A; 109M A; 1CP5 A; 3OK5 A; 2HHB B; 1Y8W A; 1DM1 A; 1Y0D B; 1HDA B; 5C6E A; 1Y4V B; 1DXU A; 2D5Z A; 3D7O A; 4FWY A; 5CN5 A; 2ZS0 D; 4NI0 B; 1IRC A; 3BCQ B; 2XKG A; 1DKE B; 3GOU B; 2ZT4 A; 1SI4 B; 1ECA A; 1Y5K B; 4WJG A; 1GLI A; 3GQG A; 3ORD A; 1R1X A; 1MYG A; 1Y45 B; 1BAB B; 1J3F A; 3WR1 B; 3EOK B; 4NI1 B; 3UH6 A; 3ODQ B; 2Z6N A; 2MGL A; 1GCW A; 3MBA A; 2GLN A; 2ZS1 C; 1BZ6 A; 3OVU C; 1IBE A; 3FS4 B; 1FHJ A; 4ILZ A; 1J7W B; 1JWN A; 1AJH A; 2OLP A; 2NRL A; 5EUI A; 3H57 A; 5E6E A; 1YE0 A; 1LUE A; 1A6N A; 2GNV A; 1X3K A; 2RI4 A; 3WCW C; 2W72 A; 4B4Y A; 3UBV A; 1Y8H A; 3ZJI A; 3UHQ A; 2MYA A; 1FN3 A; 1DO7 A; 3RGK A; 2HHE B; 3UHC A; 5AZQ A; 1YOG A; 3ZJQ A; 112M A; 1EMY A; 1O1M A; 1J3Z A; 3M3B A; 2OHA A; 3E5O A; 1YMA A; 3RJN B; 1MYJ A; 1HSY A; 2QSS A; 1YEQ B; 1PBX B; 1Y0A A; 4ZVB A; 1CG8 B; 2H8D B; 2QFK A; 3PI8 B; 2DN3 B; 1N9H A; 4HRR B; 1HCO B; 3G4U A; 1F65 A; 4MQK B; 1BZR A; 1Y0W A; 1YEU B; 1JL6 A; 3VRE B; 2AA1 A; 4FH6 A; 3MVC A; 1Y4F B; 4MXK A; 1Y22 A; 4PQ6 A; 1N9I A; 4MQH A; 2ZSN A; 1HGB A; 1Y7G A; 1V75 B; 2O5Q X; 1FSX A; 110M A; 1XZ5 B; 1L2K A; 1MNH A; 4MU5 A; 3WFX A; 2ZWJ A; 2G14 A; 1VXE A; 4ODC A; 1O1L A; 4C44 A; 1S5X A; 1Y4G B; 3ZJH A; 1C40 A; 1F5P A; 3PIA A; 1OUT B; 3SDH A; 1O16 A; 3ZJP A; 1FAW A; 3GQR A; 1S6A A; 4DC8 A; 1HAC B; 1Y0C B; 1IWH B; 4HHB B; 4PQC A; 3R5I A; 1DLW A; 1MYZ A; 1B86 A; 2PEG A; 1Y4B A; 5CN7 A; 5HU6 A; 2PGH A; 4MQG B; 1AZI A; 1YIH A; 5JDO E; 3WHM A; 1G9V B; 1O1I B; 1RQ4 B; 3DUT A; 1VRE A; 4YU3 B; 1WMU A; 1XYE A; 3B75 B; 5CND A; 1SPE A; 1YH9 B; 1UIW A; 3WFW A; 1Y7C A; 3IA3 B; 5JDO F; 1C7D A; 4MQJ A; 4G1V A; 2ZLU B; 1LFL A; 3G4Y A; 2DC3 A; 2ZS1 A; 3QJC A; 3HYU B; 4O35 A; 4ESA B; 2ZT1 A; 1J3Y B; 3A0G B; 1HAB B; 5EU2 A; 1XZU B; 1UVX A; 2DXM A; 2H8F A; 1HJT A; 3WCW A; 2GRZ A; 1AJ9 A; 3NL7 B; 2B7H A; 3QZZ A; 2D2N B; 1YHR B; 2ZT3 A; 2MGK A; 1JF3 A; 5E83 A; 1MLR A; 4O1T A; 1CQX A; 1S5Y A; 2ZSO A; 2ZS0 B; 2FAL A; 2GDM A; 4VHB A; 1MBS A; 1NQP A; 2LH6 A; 1V4W A; 1YOI A; 5JGG B; 2HHB A; 3ZJS A; 1LFV B; 3NML A; 2D6C A; 2EKU A; 3PT8 A; 1Y0D A; 1HDA A; 1SPG B; 3GKT A; 4PQB A; 3MKB B; 1O1K B; 3UHW A; 3UHK A; 2ZLT B; 1FSL A; 3BCQ A; 2ZSP A; 1FDH A; 4L2M A; 1DKE A; 3GOU A; 1S0H B; 2FAM A; 1SI4 A; 3QQQ A; 2HHD A; 3SZK B; 103M A; 1Y45 A; 1BAB A; 3WR1 A; 1RTX A; 4MBA A; 2QSP B; 3ODQ A; 1MOC A; 1J7W A; 1YCA A; 3BJ3 B; 1MGN A; 3WCT D; 2R1H B; 2NSS A; 1Y35 B; 1YGF B; 3G4R A; 1MBO A; 1NWI A; 1COH B; 3QJB B; 3OO5 B; 1X46 A; 3AT6 B; 2ZS0 C; 2O58 X; 3UHX A; 1GDI A; 2O5L X; 1S56 A; 1CIK A; 1JL7 A; 2G0R A; 1YEQ A; 2CMM A; 1PBX A; 1DUK A; 4L7Y B; 4N7N B; 1CG8 A; 2H8D A; 4HRR A; 3QMA A; 1HCO A; 1VRF A; 4AVD A; 1A6G A; 3AQ7 A; 4TWV A; 1MOD A; 1YEU A; 1EW6 A; 3VRE A; 1LJW B; 1DWT A; 1Y4F A; 2O5S X; 3QM7 A; 2ZFB B; 1V75 A; 1ITH A; 3OZV A; 1ABY B; 1XZ5 A; 1HBS B; 3ZJO A; 3OZW A; 4NS2 A; 1Y4G A; 1G08 B; 108M A; 1S69 A; 1CH2 A; 2O5B X; 1VXC A; 2R4X A; 1DXD A; 3ED9 A; 1OUT A; 3WCP B; 3S1J A; 2ZLW B; 3LHB A; 1HAC A; 1Y0C A; 1IWH A; 4HHB A; 1MBI A; 4PNJ A; 3VRG B; 1FLP A; 1SDL B; 1MCY A; 1ABW B; 2VEB A; 4F6J A; 4MQG A; 4YU4 B; 4MBN A; 4XDI A; 1G9V A; 1O1I A; 1RQ4 A; 1B0B A; 1QSH B; 2MYD A; 4YU3 A; 2D60 B; 4MPM A; 1QXE B; 1M6M A; 3B75 A; 2ZSS A; 1YH9 A; 4U8U D; 3OGB A; 2Z8A A; 107M A; 3AQ9 A; 2ZLU A; 3UHT A; 3D1A B; 5M3S A; 1XZ2 B; 1V5H A; 1RQ3 B; 2AUO A; 1YGD A; 1MWB A; 1Y7D B; 1J40 B; 3HYU A; 1J3Y A; 3A0G A; 3UH5 A; 1HAB A; 1Z8U B; 2AV0 A; 1RPS B; 3NL7 A; 1I3D A; 1DTI A; 1A0Z B; 5E29 B; 1YHR A; 1MLH A; 1MTK A; 1RSE A; 5CHR A; 3BJ1 B; 5ILR A; 2HBC B; 1F5O A; 2ZS0 A; 1GBU B; 2AUP A; 5CN9 A; 3IC2 B; 1MOA A; 1LHS A; 3WFU A; 3UHE A; 1A3O B; 5CN4 A; 3O89 A; 3S1I A; 5JGG A; 2W72 C; 3ZJN A; 3BA2 A; 1LFV A; 2IN4 A; 1KR7 A; 2AV3 A; 102M A; 1MOB A; 1SPG A; 2LH5 A; 3MKB A; 1O1K A; 3K3U A; 1A0U B; 106M A; 1O1J B; 2ZLT A; 2R50 A; 2MGE A; 3ZJR A; 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2MGM A; 1XZV A; 1DO3 A; 4YU4 A; 1J52 A; 1BBB B; 2HBE B; 1HBA B; 1MLS A; 1QSH A; 3HXN B; 2D60 A; 1MOH A; 1X9F D; 1QXE A; 2BLI A; 1OR4 A; 2EVK A; 1CH9 A; 3CY5 B; 2YRS B; 3UHY A; 1A4F B; 1CH7 A; 1HBR B; 2WY4 A; 1XZ2 A; 1RQ3 A; 2HCO B; 1IT3 A; 1Y01 B; 1Y7D A; 3K9Z A; 3KMF A; 1MLM A; 3S65 B; 2HBD B; 3BOM B; 3QM6 A; 2ZLV A; 3HC9 A; 1VXA A; 4JAC A; 1DUO A; 3UHV A; 3A9M A; 1RPS A; 1A0Z A; 5E29 A; 2H35 B; 3UHN A; 2LHB A; 3D4X A; 3QJD B; 3BJ1 A; 1DXV B; 3KUN A; 3HEO A; 2HBC A; 1HHO B; 1URY A; 1GBU A; 3IC2 A; 1MZ0 A; 1MWC A; 2NRM A; 1A3O A; 1YZI B; 4FWX A; 5ILP A; 1JPB A; 3NFE B; 4U8U C; 1K0Y B; 1CG5 B; 1A0U A; 3VRF B; 1O1J A; 3R0G A; 5CN6 A; 1R1Y B; 5KDQ B; 5EQM A; 2FRJ X; 1LH5 A; 3CIU A; 1JEB B; 3D1K A; 3WCT A; 3EU1 A; 1CBL A; 1YEN A; 1HBG A; 1GDJ A; 2MGB A; 1JZL A; 1O1P B; 2DN2 B; 3BJ2 A; 2D5X A; 1HDB A; 3WTG B; 3DHT A; 1EBC A; 5C6Y A; 1M9P B; 1Y7Z B; 5IKS A; 4FC3 A; 1VXH A; 1JP9 A; 2MGI A; 4H2L B; 4UIQ A; 4ROL B; 1HGC B; 3A5A A; 2DN1 B; 1K1K B; 3GYS A; 1G09 B; 3LR9 A; 1CMY B; 3MJU A; 1KD2 A; 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